Syaharuddin Kasim Bagian Kimia Klinik FFUH

Protein merupakan polimer yang tersusun atas beberapa peptida Peptida merupakan polimer yang tersusun atas asam amino melalui ikatan peptida. Monomer peptida disebut residu asam amino.

Berdasarkan jumlah penyusunnya peptida terbagi:

Dipeptida Tripeptida Oligopeptida Polipeptida 2 residu asam amino 3 residu asam amino 4-10 residu asam amino >10 residu asam amino

Protein terdiri dari polipeptida yang tersusun atas 40-400 residu asam amino

Pembagian asam amino menurut gugus fungsinya: 1. Asam amino dengan rantai samping alkil (5) 2. Asam amino dengan gugus OH (2) 3. Asam amino dengan atom S (2) 4. Asam amino dengan gugus karboksilat (2) 5. Asam amino dengan gugus amida (2) 6. Asam amino mengandung 2 atau lebih gugus N (2) 7. Asam amino dengan cincin benzen (2) 8. Heterosiklik asam amino (3)

Glisin mengandung rantai samping H Alanin mempunyai rantai samping metil Valin mempunyai rantai samping isopropil Leusin mempunyai rantai samping isobutil Isoleusin mempunyai rantai samping butil

Serin merupakan alanin dengan subtitusi gugus OH (subtituennya metanol) Threonin mempunyai subtituen percabangan etanol

Sistein adalah alanin dengan subtitusi SH Metionin mempunyai subtituen 2methylthioethyl

Aspartat adalah alanin dengan subtituen karboksilat (mempunyai gugus metil karboksilat) Glutamat mempunyai gugus etil karboksilat

Asparagin merupakan amida dari aspartat Glutamin merupakan amida dari glutamat

Terdapat 2 basis asam amino (asam amino mengandung 2 atau lebih N) Lisin mempunyai - gugus amino
Arginin mempunyai - gugus guanidino

Simbol dan mempermudah untuk mengingat jumlah atom C yang dimiliki oleh asam amino tersebut

Fenilalanin merupakan alanin dengan subtitusi benzen (fenil) Tirosin merupakan alanin dengan subtitusi fenol

Prolin mempunyai atom nitrogen pada cincin furan dan merupakan satu-satunya asam amino yang mengandung gugus amin sekunder Histidin merupakan alanin dengan subtitusi imidazol Triptofan merupakan alanin dengan subtitusi indol

Notasi D- dan L-asam amino berlaku seperti pada monosakarida Proyeksi Fischer asam amino digambarkan dengan menempatkan gugus karboksilat di sebelah atas dan gugus R disebelah bawah. Bila gugus amino (-NH3+) disebelah kanan disebut D-asam amino Bila gugus amino (-NH3+) disebelah kiri disebut L-asam amino

Ikatan peptida adalah ikatan amida yang terbentuk antar unit asam amino Peptida dan protein digambarkan dengan gugus amino bebas (asam amino N-terminal) di sebelah kiri dan gugus karboksilat bebas (asam amino C-terminal) di ujung kanan

Ikatan disulfida adalah ikatan S-S Apabila thiol teroksidasi akan menghasilkan ikatan disulfida

Apabila ikatan disulfida direduksi menghasilkan thiol

Sistein merupakan asam amino yang mengandung gugus thiol, sehingga dapat membentuk ikatan disulfida Apabila protein mengandung 2/lebih as. amino sistein, dapat terbentuk jembatan disulfida yang merupakan ikatan kovalen

Ketika asam amino saling berikatan melalui ikatan peptida terbentuk peptida Apabila peptida yang terbentuk mengandung lebih dari 100 unit asam amino disebut protein

Jaringan penunjang: kolagen, ion channel, prealbumin Transport senyawa kimia dalam tubuh: hemoglobin Proteksi tubuh: imunoglobulin Kontrol dan regulasi tubuh: hormon, insulin Katalisis : enzim Pergerakan: miosin Cadangan energi: protein otot

Struktur primer protein merupakan urutan asam amino dalam rantai peptida dan lokasi jembatan sulfida

1.
2. 3. 4.

Pemutusan jembatan disulfida peptida/protein Pemutusan ikatan peptida Penentuan asam amino N-terminal Penentuan asam amino C-terminal

Menggunakan reagen pereduksi seperti 2merkaptoetanol, yang akan teroksidasi menjadi disulfida Gugus tiol dari asam amino direksikan dengan asam iodoasetat untuk mencegah pembentukan kembaliikatan disulfida

Menggunakan larutan asam (HCl 6N) Protein/peptida dilarutkan dalam 6 N HCl dan dipanaskan 100 oC selama 24 jam

Menggunakan Edmans Reagent (fenil isotiosianat) Reagen ini bereaksi dengan N-terminal membentuk tiazolinon

Menggunakan karboksi peptidase A apabila C-terminal bukan berasal dari asam amino arginin atau lisin Menggunakan karboksi peptidase B apabila C-terminal berasal dari asam amino arginin atau lisin

-helix -pleated sheet

Rantai peptida terikat menyerupai sekrup Bentuk helix terbentuk dengan adanya ikatan hidrogen antara nitrogen amida dan oksigen karbonil yang diantarai oleh 3 unit asam amino

Rantai polipeptida membentuk zigzag menyerupai lipatan kertas. Terjadi apabila rantai peptida membentuk lipatan Bentuk paralel apabila arah rantai peptida sama sedangkan antipararel apabila rantai peptida berlawanan arah

Merupakan struktur tiga-dimensi Dalam mempertahankan stabilitasnya, protein membentuk interaksi antar atom yang membentuk lipatan dan lekukan

Denaturasi terjadi apabila struktur tersier protein terganggu Faktor yang mempengaruhi: pH Senyawa kimia, seperti urea dan guanidin HCl Deterjen Pelarut organik Pemanasan