Workshop Bioinformatics

Debbie S. Retnoningrum Ana Indrayati School of Pharmacy, ITB

Pengenalan data base

National Center for Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) Pencarian gen lengkap dan protein yang dikodenya (ukuran gen dan panjang protein)

Streptokinase Streptococcus pyogenes Flagellin Salmonella typhi ESAT Mycobacterium tuberculosis Listeriosin O Listeria monocytogenes Khitinase Bacillus subtilis Interferon Homo sapiens

Pengenalan data base

Pencarian

genom (ukuran, jumlah gen pengkode protein dan gen lainnya):

Staphylococcus aureus Helicobacter pylori Plasmodium falciparum Candida albicans Homo sapiens Entamoeba hystolitica Drosophila melanogaster

BLAST
Tentukan

urutan primer ini berasal dari organisme apa dan posisinya dimana?
5 GGTTACGTTGTTACGACTT 3 5 TTCCGGTTGATCCTGCCGGA 3 5 CAAGGTATGTTGCCCTG 3 5 TTA TTT GTC TTT AGG GT 3 5 GTT TCT TGC CGA GCT GAT AG 3 5 ATG AGC AAG CTG ATC GAA 3

BLAST
Tentukan

pasangan primer ini berasal dari organisme apa dan berapa produk PCR yang diharapkan?

P1: 5 ATG AGC AAG CTG ATC GAA 3 dan P2: 5 TTT TGC GTC TGC TGA CC3 Pa: 5 GTT TCT TGC CGA GCT GAT AG 3 dan Pb: 5 5 GCG TAG ATG AAC ATG ACT AGG 3 Pmn1: 5 GGC GAT CAT TGC TGC GTT TTT 3 Pmn2: 5 GCC GGC CGG GTT TCC CCA GGT 3

BLAST (lanjutan)
Pbv1:

5CAAGGTATGTTGCCCTG3 Pbv2: 5AAAGCCCTGCGAACCACTGA3 PB1 : 5GGTTACCTTGTTACGACTT-3 PF1 : 5AGAGTTTGATCATGGCTCAG-3 Pes1: 5 GATGACAGAGCAGCAGTGGAATTTCGC3

Pes2: 5 CTATGCGAACATCCCAGTGACGTTGCC3

Identifikasi gen
ggatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc gaacggaaag gtctcttcgg agatactcga gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgggtaa tctgccctgc acttcgggat aagcctggga aactgggtct aataccggat aggacctcaa ggcgcatgcc tttgtggtgg aaagcttttg cggtgtggga tgggcccgcg gcctatcagc ttgttggtgg ggtgacggcc taccaaggcg acgacgggta gccggcctga gagggtgtcc ggccacactg ggactgagat acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggc cccaagcctg atgaagcgat gccgcgtggg ggatgacggc cttcgggttg taaacctctt tcaccatcga cgaaggttcg ggttttctcg gattgacggt aggtggagaa gaaacaccgg ccaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggtgcg agcgttgtcc ggaattactg ggcgtaaaga gctcgtaggt ggtttgtcgc gttgttcgtg aaatctcacg gcttaactgt gagcgtgcgg gcgatacggg cagactggag tactgcaggg gagactggaa ttcctggtgt agcggtggaa tgcgcagata tcaggaggaa caccggtggc gaaggcgggt ctctgggcag taactgacgc tgaggagcga aagcgtgggg agcgaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cggtgggtac taggtgtggg tttccttcct tgggatccgt gccgtagcta acgcattaag taccccgcct ggggagtacg gccgcaaggc taaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggcg gagcatgtgg attaattcga tgcaacgcga agaaccttac ctgggtttga catgcacagg acgcgtctag agataggcgt tcccttgtgg cctgtgtgca ggtggtgcat ggctgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt atcttatgtt ccagcgggt aatgccgggg actcgtgaga gactgccggg gtcaactcgg aggaaggtgg ggatgacgtc aagtcatcat gccccttatg tccagggctt acacatgct acaatggccg gaacaaaggg ctgcgatgcc ccaaggttaa gcgaatcctt ttaaaaccgg tctcagttcg gatcggggtc tgcaactcga ccccgtgaag tcggagtcgc tagtaatcgt agatcagcaa cgctgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcacgtca tgaaagtcgg taacacccga agccagtggc ctaacccttg ggagggagct gtcgaaggtg ggatcggcga ttgggacgaa gtcgtaacaa ggtaccgtac cggaaggtgc ggctggatca cctccttaag ctggatcc

Perancangan primer PCR (program yang diakses dari internet)

Rancangkan

sepasang primer PCR dari gen yang telah anda pilih dengan syarat sebagai berikut:

Ukuran produk PCR antara 500 -700 pb Panjang primer antara 20 22 basa Tm antara 50 55oC % G+C 50-55 Perhatikan pembentukan self dimer, pair dimer dan hairpin dari primer yang dipilih

Perancangan primer sekuensing

(program yang diakses dari internet)
Rancangkan

sebuah primer sekuensing dari gen yang telah anda pilih dengan syarat sebagai berikut:

Panjang primer antara 20 22 basa Tm antara 40 55oC % G+C 40-55 Perhatikan pembentukan self dimer dan hairpin dari primer yang dipilih

Perancangan pelacak
(program yang diakses dari internet)
Rancangkan

sebuah oligonukleotida yang akan digunakan sebagai pelacak dari gen yang telah anda pilih dengan syarat sebagai berikut:

Panjang pelacak 20 22 basa Tm antara 50 - 60oC % G+C 50 60 Perhatikan pembentukan self dimer dan hairpin dari primer yang dipilih