Antwoorden opdrachten colleges Biochemie 2

Opdracht 1 Bij de eiwitvouwing spelen H-bruggen en hydrofobe interacties een belangrijke. De enthalpieverandering is negatief door het vormen van H-bruggen en het aangaan van hydrofobe interacties. Toch is de H positief. Dit komt omdat er ook interacties met water van het niet gevouwen eiwit verbroken moeten worden. De entropieverandering is positief, terwijl er toch een meer geordende structuur ontstaat. De positieve entropieverandering is te verklaren doordat er bij de eiwitvouwing gestructureerd water vrijkomt, waardoor in totaal de entropie van het systeem toeneemt. Opdracht 2 Het chemisch evenwicht ligt bij 30% conversie. Met meer enzym wordt het evenwicht wel sneller bereikt, maar het evenwicht zal niet veranderen. De manier om toch al het fumaraat om te zetten is door het product van de reactie weg te vangen, bijvoorbeeld met een volgreactie door een ander enzym. Opdracht 3 Vmax = 60 M/min; kcat=30000 min-1 Opdracht 4 Bij een ping-pong mechanisme zal er A* ontstaan, bij een geordend mechanisme met een ternair complex niet. Opdracht 5 Het verschil is voornamelijk de kinetiek. Bij een remmer hebben we nog steeds normale Michaelis-Menten kinetiek. In geval van een allostere modulator is dat niet het geval (Sigmodale V versus S curve). Daarnaast speelt bij een negatieve allostere modulator altijd een conformatieverandering een rol, dat is bij een remmer niet noodzakelijkwijs het geval. Opdracht 6 Mg2+ is nodig om nucleotiden te kunnen binden aan eiwitten . Nucleotiden zijn sterk negatief geladen en Mg2+ compenseert deze lading. Binding van GTP aan Gs zal dus niet plaats vinden. Daarnaast kan Adenylyl cyclase geen ATP meer omzetten in cAMP. En PKA kan geen ATP meer gebruiken om eiwitten te fosforyleren. Opdracht 7 Je kan hier je eigen antwoord geven. Een voorbeeld van een goed antwoord: Fusie Gs- met YFP en Gs- met CFP. Als de -subunit nog met de - en -subunit verbonden is, dus inactief Gs, dan is FRET mogelijk. Bij excitatie van CFP bij 440 nm kan je emissie van YFP waarnemen bij 527 nm. Als Gs actief is, en de -subunit dus los is van de en -subunit dan zal bij excitatie bij 440 nm alleen emissie bij 490 nm waargenomen worden en niet bij 527 nm. Opdracht 8 90.3 mol ATP. Dat is 45.6 kg, ofwel 67% van het lichaamsgewicht. (als je uitgaat van T = 37C = 310 K). Werkelijke hoeveelheid ATP is ongeveer 100-200 g. Opdracht 9 G = -77.4 kJ/mol Opdracht 10 G = +1.4 kJ/mol; De reactie zal niet in de aangegeven richting lopen, maar wel een beetje in te omgekeerde richting tot het chemische evenwicht is bereikt.