Rendgenska

analiza kristala triju tipoua daostruko zauojite molekule DNA upufuje na zaktjuhk da informacija sadru*r,,:riffflt:*rjl?;: mo*e biti pobraniena u tokalnoj

i DNA Uzvojnica . Wo
crtanre
Ricbard. E. Dickerson
vije vrste genetidkih informacija pohranjene su u dvostrukoj uzvojnici DNA. One se deiifriralu i interpretiraju na vrlo razlidite nadine. Sama genetidka poruka, to jest informacija koja odreduje strukturu proteina, upisana je u poznatim trojkama genetidke iifre. Ta iifra je linearna i njena interpretacija je uanjska. Redoslijed u kojem su trolke kemijskih skupina zvanthbaza poredane dui jednog lancauzvojnice odreduje raspored po kojem 6e se aminokiseline vezivati formiraju6i proteine. Izgleda da nema unutrainje strukturne veze izmedu pojedinih tripleta baza i aminokiseline koju odredumodificira strukturu uzvojnice tako da omogu6uje prepoznavanje specifidnih mjesta kontrolnim proteinom? Do prije detiri godine pitanje bi bilo besmisleno zbog oskudnosti podataka

'rleno

vitljivih ljestava DNA zavijenih oko uzduZne osovine. Dvije uzduZne trake ljestava su lanci sastavljeni od prstenova 5e6era deoksiriboze fosfatnih grupa. Popredne preike su parovi baza purirr

kojima se raspolagalo. James D. \Tatson i Francis Crick predloiili su 1953. godine model dvostruke uzvoinice za strukturu DNA na osnovi fotografija rendgenske difrakcije

pirimidin. Dvije su vrste purinskih baza s dva prstena, adenin (A) i gvanin (G), te dviie vrste primidinskih baza s

jednim prstenom, timin (T) dikovim vezama. Adenin

koju su nadinili Rosalind Franklin i

Maurice \flilkins. To su bile fotografije niti DNA. Kasnije analize takvog tipa difrakcije uputile su na zakljudak da niti DNA mogu postojati u dva oblika: kao B-DNA u uvjetima velike vainosti i kao A-DNA kad je vlainost manja. Za oba ta oblika naiinjeni su molekulski

(C). Parovi baza medusobno se veiu vo-

citozin
a

i timin su

ju.

Dapade, informacije se posredno prenose preko sloZenog sustava izvan

DNA: glasniike ili RNA,

transfer-RNA

enzima. DNA nosi ne samo genetidku poruku ve6 takoder i instrukcije za selektivno oditavanje poruke. NeSto se

ribosoma,

skupine prikljudenih

malo zna

o toj vrsti informacija

u

proudavanja genetidke kontrole

iz bak-

terija. Dijelovi gena na bakterijskom kromosomu iskjuiuju se vezivanjem

proteinskog represora na neko podrudposeban raspored baza ito ga represor prepoznafe. Geni pak postaju aktivni kad se raz-

ie DNA (operator), koje ima

ne male molekule vei.u za represor i uklone ga s operatora. Mada joi mnogo toga ostaje da se ispita, ve6ina molekulskih biologa oiekuje da bi sliini mehanizmi mogli biti osnova genetidke kontrole

modeli. Informacije o strukturi koje su se mogle dobiti iz difrakcije na nitima DNA bile su naravno ogranidene zbog nepravilnosti lanca DNA oko osovine vlakna i dui nje. Najvi5e 5to se moglo uwrditi bila je prosjeina struktura uzvojnice. Bilo koja lokalna varijacija u strukturi, koia je mogla biti uvjetovana poiedinadnim slijedom baza, nije se mogla ustanoviti. Danas se one mogu ustanoviti i precizno mjeriti. Poboljiane metode organske sinteze kratkih molekula DNA bilo kojeg ieljenog slijeda omogu6ile su da se prvi put natine DNA-oligomere
(kratki) lanci DNA sa detiri do dvadeset detiri nukleotida u dovoljnoj kolidini i disto6i da bi se mogli kristalizirati i proudavati uobidajenim jednokristalnim metodama rendgenske difrakcije. Ovaj dlanak samo je pregled nekih zanimljivih novih rezultata dobivenih analizama strukture kratkih dvostruko

gvanln l cltozln s tfl veze. Dva mjesta vezanja sparenih baza s prstenovima deoksiriboze ne leie jedan nasuprot drugom (slika 3) a to je vaino za geometriiu uzvojnice DNA. Rub para baze koji je sa strane gdje je kut izmedu veza manji od 180 stupnjeva zove se rub manjeg Zlijeba, a drugi koje leii uz kut ve6i od 180 stupnjeva je rub ve6eg ilijeba. Kada se parovi baza sloie u uzvojnicu, fosfatna okosnica gradi dva zida ve6eg i manjeg ilijeba te je zavijena oko uzvojnice, dok rubovi baza

obidno spareni s dvije vodikove veze,

dinc dno iljebova. Dno velikog ilijeba sadinjeno je od duSikovih i kisikovih atoma, koji mogu
stvarati vodikove veze s boinim ograncima aminokiselina u proteinima, te tako moida imaju znaiajnu ulogu u unutraSnjem kodiranju. Raspored tih grupa

koje 6ine vodikove veze razlitit je

za

dvije vrste parovabaza. Gledano od pu-

i u iivotnim oblicima vi5im

od

bakterija. Neki bakterilski represor prepoznaje svoi operator neposredno, stvaraju6i vjerojatno vodikove veze izmedu atoma duiika i kisika svojih aminokiselina s jedne strane te s rubovima komplementarnih parova baze u dvostrukoj uzvojnici DNA s druge strane. Uzvoj-

NH,-skupinu (donor) i atom kisika (drugi akceptor). Suprotno tome, par GC nudi iste grupe u drugaiijem rasporedu: prvo dulik (akceptor), zatim kisik
(takoder akceptor)

rina prema pirimidinu, par A-T nudi duiikov atom (akceptor vodika), zatim

napokon NH,-

zavijenih molekula DNA.

nica vilo dobropristaje uz pojedini

DIFRAKCIJA NA VLAKNIMA DNA

stegnutih niti i tankih slojeva prirodne DNA otkrivena je osnovna struktura dvalu glavnih tipova dvostruke rrzvoinice: ie B-konfiguraciia, koia je uzvojnice: B-konfipuraciiastabilna pri relativnoj vlainosti od oko 92o/o, i A-konfiguracija, kakvu ve6ina slijedova baza zauzima pri padu vlainosti na kojih 71o/o. Obie imaiu oblik sa-

oblik proteina. Izgleda da je informacija koja odreduje genetidku kontrolu trodimenzionalna i njena interpretacija je unutrainja: ona ovisi o strukturnim ka-

p 'r-

regledom rendgenskih slika ra-

skupinu (donor). Budu6i da se svaki par baza (A-T i G-C) moie i preokrenuti (i postati T-A odnosno C-G), detiri razlidita oblika mogu biti ponudena repre-

soru

'

na svakoj stepenici uzvojnice. Znati da

ili

drugom kontrolnorrr proteinu

dno velikog ilijeba nosi poruku, slijed

baza DNA, u obliku 3to ga mogu pro-

rakteristikama proteina i uzvojnice. Ima li DNA samo pasivnu ulogu u tom

procesu prepoznavanja tako da se lanci

aminokiseline sami ubacuju u iljebove

statidne uzvojnice

ili

poredak baza sam

ditati druge velike molekule. Manji iliieb je manie informativan: raspored vodikovih veza u paru baza A-T jednostavno je akceptor - akcep-

tor bez obzira kako su baze okrenute;

PRIRODA

1986

O OZU]AK_TRAVAN] O

199

jim kandidatom za oditavnaje informaDNA.

a G-C par se razlikuje samo po tome 5to je NH, donor umetnut izmedu dvaju akceptora. To dini manji Zlijeb slabicije. Kao 5to 6e se vidjeti kasnije, manji ilijeb ima drugu vainu funkciju kod Bse razlikuiu u poloiaju parova baza oko osovi-

njihov razmak iznosi 2,9 A (0,29 nm). Ti su razmaci prosjeini, izvedeni iz po-

nice sd 3,4 A. A-DNA ima oko 11 parova po jednom zavoju, te zbog nadina slaganja parova baza dui osi uzvojnice

DNA prvi put omogu6ile

prudavanje

dataka s vlaknom; jednokristalna anali-

A-DNA i B-DNa uglavnom

od prosjeinih vrijednosti. (Originalni mpdel \Tatsona i Cricka imao ie 10 pale poredane okomito na os, 5to je
diStu bila

za je otkrila velika lokalna odstupania rova baza po jednom zavoju koje su bi'
ka-

pojedinadnih kristala kratkih molekula s bilo kojim ieljenim rasporedom baza, dvije su grupe: jedna na Massachusetts Institute of Technology i druga na California Institute od Technology, neovisno jedna o drugoj,sintetizirale C-G ko-

ne uzvojnice i u niihovoi inklinaciji: nagibu baza prema osovini. U B-DNA

inklinacija je skoro nula (parovi baza su

poloieni skoro okomito na

os),

os

pomaknute U stranu tako da je u sreteristidno za A oblik. SmjeStaj prstenova 5e6era u originalnom modelu takoder je viSe sliiio A-obliku. To je bila razina naleg znania o gradi dvostruke uzvojnice DNA tokom prvih

rakteristidno za B-DNA, ali su one bile

prolazi kroz srediSte svakog pa1a baza. Mada je manji ilijeb uii od ve6eg zbog asimetridnog hvatiSta baza za prstenove
5e6era, iljebovi su slidne dubine. Kod A-DNA, s druge strane, parovi baza

Supljina to je viSe karak-

polintera: kratke molekule sastavliene iskljudivo od citozina i gvanina. Za izbor tog slijeda postajao je i razlog. Eksperimenti s otopinama upu6ivali su na to da je C-G kopolimer podvrgnut nekoi vrsti promjene strukture pri viso-

kim koncentracijama soli ili alkohola, te se tako dinilo da je to najbolji kandidat za proudavanje promjene iz jedne vrste uzvojnice u drugu.

nagnuti su izmedu L3 i 19 stupnjeva od normale; osim toga, oni su pomaknuti prema vanjskom dijelu uzvojnice diia
ze.

25 godina nakon \ilatsona i Cricka.

PROUEAVANJE POJEDINAENIH
KRISTALA

bs leZi u ve6em iliiebu, mimoil azeti ba-

Zbog toga je manji ilijeb plitak, te

duZ vanjske strane cilindra; ve6i ilijeb je prilidno dubok, proteZe se od povrSine do srediSnje osi te jo5 malo prema
suprotno

poput plitke spiralne udubine

zaviia

Mnoga pitanja ostala su bez odggvora i na njih nije mogu6e odgovoriti.'Zaito je B-uzvojnice oblik kod visoke vlainosti? Koji oblik prevladava u kromosomskoj DNA te da li jedan oblik moie prije6i u drugi u iivom organizmu? Da represori, stvarno iitaju informaciju s dna iljebova kada se veiu za specifidna podrudja DNA. U kasnim sedamdesetim godinaffia, kada su poboliSane metode sinteze

A ndrew H" - J. \flang s Massachusetts Instituie of Te?hnology rijeA L I 5io je strukturu heksamera
CGCGCG sredinom 1979, a Horace R.
sveopde iznenadenje naSlo se da te dvi-

li

prepoznavaju6i proteini, kao 5to su

strani.

Drew odredio je strukturu tetramera CGCG nekoliko mjeseci kasnije. Na

je molekule trisu ni A ni B oblik DNA. One dak nisu ni desno zavijene uzvojnice. To su bile lijevo zaviiene uzvojni-

za po jednom zavoiu,

B-DNA ima prosjeino 10 parova

s prosjednom

ba-

udaljenoS6u parova baza duZ osi uzvoj-

Slika t.

Analizc ulakana DNA, kop su obauili Arnott i drugi prije prouiauanja pojedinainib krhtala spomenutib u ilanku, stuori.le su- osnouu za sltematske crtei,e A-DNA (ijeuo) i B-DNA (dunQ itlo ih je iaiinio lr;in| Gek. Okosnicu gradeiu od iefura i fosfata prehtaalia traka,.a preike kop ib pouezuju, saiinjene od paroaa baza, predstauljaju pbit.U A-DNA paroui baza su ,nagnuti i pomahnuti izuan osi uzuojnice. U B-DNA paroui baza lzi;e du* wi i okomito su na nju.

2AO

PRIRODA

O OZU]AK-TRAVAN] O

1986

ce potpuno novog tipa, s iudnovatom cik-cak okosnicoffi, po iemu je i prozvana Z uzvojnica. Studije s vlaknom pripremile su nas da postavimo dobro pitanje: jesu li te molekule u A ili B obliku ? Priroda nam je odgovorila iednostavno i gotovo surovo: nije jedno ni
drugo!

A DI-.IA
ZAVIJENOST Spiralna zavijenost (u
stupnievima)

B DNA
UDESNO

DNA

UDESNO

ULIJEVO

G-C:-5L,3
33,r

+ 1,6
1,1

su prve dvostruko uzvojite molekule DNA proudavane pomo6u

Mada

Prosjek

standardna devijaciia

5,9
44,L

3J,9 + 4,3

CJ-G:-8

rendgenskih zraka iznevjerile sva odekivanja, slijede6e dv.ije. molekule bile su primjeri i za A i za B DNA.

Izrnjereni raspon

!6,1 do

27,7

do

42,0

Broj parova baza po jednom

zavoju
10,9 10,0 12,0

Drew je sintetizirao dodekamer

kompatibilni kraj CGCC sa Z-tnkompa-

CGCGAATTCGCG, polimer izabran zbog dva razloga. On ie ujedinio Z-

Porast zavojnice za jedan par

baza

tibilnom sredinom AATT omogu6uju6i nam da ispitamo sposobnost slijeda CGCG da utjede na stvaranje Z-oblika u svome susjedstvu. On je osim toga ukljuiivao slijed GAATTC, koji je bio zanimljiv jer je to mjesto prepoznavanja i djelovanja Eco RI, jedne restrikcijmolekulu DNA na todno odredenom
ske endonukleaze: enzima koji cijepa
mjestu. (eitalac moie zapaziti da je oligomer CGCGAATTCGCG, kao i'drugi kofi su sintetizirani za ove studije, sam sebi komplementaran; slije d baza iitan zdesna nalijevo kompletentaran je slijedu baza ditanom slijeva nadesno, pa se bilo koja dva lanca mogu kombinirati da stvore dvostruku uzvojnicu. Rezultat toga je velika uSteda vremena i energije jer se treba sintetizirati samo jedan lanac dvostruke uzvojnice). Pokazalo se da stmktura CGCGAATTCGCG nema ni5ta zaiednidko sa Z- DNA, ve6 da je klasidan primjer B-uzvojnice. Benjamin N. Conner takoder je sintetizirao tetramer CCGG, rijeSio njegovu strukturu i pokazao da je to fragment A - DNA. Iz nekoliko laboratorija su uslijedile strukture ostalih dvostruko zavojitih molekula DNA. A oblik predstavljaju

(u angstremima)

2,92t
I 3,0

39

t ,,36
2,O

G-C :3,52 + O,22 42 C-G :4,13 + 0,18

8,8

Inklinaciia baza (u stupnjevima) Propelerski obrtaj (u

stupnjevima)

+ 1,9

+ 4,6

+ 0,7

t5,4*6,2
5,9

ll,7 + 4,8

4,4+ 2,8
3,3

Obrtaj baza (u stupnjevima)

!.4,7

1,0

5,5

2,1

Glavni parametii uzvojnice i standardne devijaciie navedeni su za tri vrste DNA. Podaci se temelie na analizi rendgenskih proudavania poiedinalnih kristala molekula spomenutih u ovom ilanku.

STRUKTURA OBILJEZJA
rosjedne vrijednosti svake uzvojnice posebno su bile odredene analizom podataka dobivenih studiio* jednog kristala (tablica l). Strukture A i B DNA desno su zaviiene uzvoj-

nice s prosjeinim kutom zavoia od jed-

nog do drugog para baza 33,1 i

stupnjeva, 5to odgovara 10,9
H

i 10,00 pa-

35,9

CCGG, GGCCGGCC grupe sa MIT te GGTATACC grupe s Olgom Kennard sa SveudiliSta u Cambridgeu i Zipporom Shakke d iz \Teismann Institute of Science u Izraelu. \ilang je takoder rijelio strukturu A-DNA molekule: ona je mijelana, hibridn a uzvoinica RNA DNA: (GCG) TATACGC (slova unutar zgrade prikazuju RNA baze; vanjska tri para baza na svakom kraju molekule RNA - DNA jesu hibridi, dok su srediSnja ietiri para baza dista DNA). BDNA jo5 je za sada predstavljena samo molekulom CGCGAATTCGCG i njenim derivatima. Z-DNA je pronadena

\g
t I

N.

ADENIN

TIMIN

//
GVANIN

crToztN

u prije spomenutim redosljedima CGCG i CGCGCG te u varijantama

Slika
Slika
2.

3.

posljednje u kojima su metilne skupine (CH,) dodane citozinima 5to favorizira Z-strukturu. Te se molekule mogu sada analizirati da bi se vidjelo koliko se one uklapaju u model A i B DNA sworen na temelju difrakcije na vlaknima, kolika su odstupanja od svojstava prosjedne uzvojnice, i do koje mjere se ta odstupanja mogu pripisati samome slijedu baza u DNA.

Uzuoinica ie razmotana da bi se prikazala okwiica f,itf"n i iefera te preike faroya ba' za. Okosiici teku u suprotnim smierouint*, A za oriientaciiu ril nilhoui kraieui obilpi;eni po-, i 3 ugliikouu atomu iz prstena hao 5i ieina. irhh; par bZza ima^iedY purinsku bazu, adenin'A ili guanin G, i iednlt pirimite su dinsku bazu, timii T ili citozin C, baze pouezane uadikoairn aezarna (toikaste li-

Paroui baza prikazaii tu detaljnije, a isprekidane linije prikazuju aezu s prstenom iefera iz okosnice, Saaki par baza irna rub uefug i;lijeba (gon ji) i rub koji leti u manjem i;lijebu (donji) Aminoskupine (NH,) su potencijalni donori aodika pri staaranju aodikoaih aeza s represorima ili drugim regulacijskim molekulama; dufikoui i kisikoui atami potencijalni su akceptori uodika. Karakteristiian

broj

nije).

para baza moida je ono ito prepoznaje kontrolni protein.

i raspored donora i akceptora

pojedinog

1986

O OZU]AK_TRAVAN] O MRODA O

201

dardna devijacija od t 6 stupnieva za A strukturu DANa i + 4 stupnja za B oblik. Ponaosob uzevii, kutovi se

nom paru baza dui osovine takoder nije bio iznenaduju6i. lznenaduie medutim, Sirok raspon varijaciir r., kutovima zavoia oko prosjeine vrijednosti: stan-

rova baza za 360 stupnjeva. To je vrlo blizu predvidanjima koje su dale studije na vlaknima DNA. Uspon po i.d-

zama iznad

i ispod.

S druge pak strane

baze definira se kao pozitivan ako je

to dovodi do previSe bliskog kontakta izmedu purina (G i A) na suprotnim

lancima okosnice susjednih paiova baze. To je, kako je C. R. Calladine iz Cambridgea pretpostavio, najve6im dijelom odgovorno za nekoliko vainih

kut otvoren prema manjem ilijebu,

je L6 stupnjeva pa do 44 stupnja za A - DNA, za B konformaciju DNA ^ od 28 do 42 stupnia. Ova one se kre6u variiacija u lokalnoj rotaciji uzvojnice
moZe se direktno predvidjeti iz redoslijeda baza metodom koju 6u kasnije opisati. (D. li je ta varijaclia jedan element pomo6u koje represor - protein i druge vladna.) Baze su zakrivliene (inklinacija)

kre6u od tako malih vrijednosti kao 5to

strukturi uzvojnice, ukljuduju6i tu i sam propelerski zaokret, lokalni zaokret uzvojnice te ono 5to je nazvano
dava

redoslijedom uvjetovanih varijacija

Ilijebu.. Nema naiina da se ti kutovi mjere iz podataka dobivenih difrakcijo* vlal;ana DNA, ali studije jednog kristala DNA upu6uju na to da je nagib nice DNA. Budu6i da su u B - DNA parovi baza skoro okomrti na os uzvojnice DNA, nema potrebe da postoji nedo drugog para. Medutim, u A obliku parovi baza otvaraiu se poput mijeha
harmonike prema unutralnjem Zlijebu.
baza jedan od vaZnih parametara uzvoj-

negativan ako je otvoren prema ve6em

orijentaciju cijelog para baza (bolje redeno, najbolje ravnine koia prolazi kroz purin i piramidin) prema njegovoj

kutom 'nagiba baze'. Nagib baza ozna-

ki kut medusobnog

nagiba od jednog

duljoj osi. Ako qu dva

susjedn

para

baza nagnuta u suprotnim smjerovima, one zatvaraiu medusobno odreden kut

kontrolne molekule prepoznaju odreden redoslje d baza? Ideja je doista pri-

prema velikom ili malom Zlijebu. T^i kut nagiba od jednog od drugog para

Prosjedni kut nagiba u A - DNA je 6 stupnjeva. Ovdje je io5 znalainiie odstupanje od oko * 5 stupnjeva od prosjedne vrijednosti u oba oblika zavojni-

ce DNA.

od okomice prema osovini uzvojnice pribliino koliko se moglo odekivati iz analize studije s DNA vlaknima: L3
stupnjeva z^

Or

z^

A-DNA i oko 2 stupnja

Ve6e odstupanje od odekivanog nadeno i. t'r 'propelerskom zaokretur sVrkog para baze. Propelerski zaokret je rotacija ravnina dviju baza jednog para u suprotnim smjerovima oko njihove uduine osi: smjer tih okretaia naziva se pozitivnim kad blila baza (gledano duZ osi jednog par4 rotira u smjeru kazali-

DNA.

ke na satu (slika 4). Malo ie pai,nje poklonjeno tom rotiranju u studiiama DNA vlakana. Skup koordinata za A struktunr DNA objavljen L972. godine upu6ivao je na negativan propelerski okret, a neobjavljena reviziia 1981. godine imala je pravilan
smjer, ali vrijednost od svega 8 stupnjeva. Studije na jednom kristalu pokazale

su da je tai zaokret uviiek pozitivan, uglavnom oko 15 stupnjeva za A DNA i 12 stupnjeva za B - DNA. Po-

Slika

5.

jedine vrijednosti kre6u se od 3 do 2J stupnjeva. U desnom zavoiu zavojnice DNA pozitivan propelerski zaokret poboljlava slaganje baze dui okosnice te se baze bolje uklapaju sa susjednim ba-

t:rt:q.

Konf.ormgcrya ANTI (dano) pojauljuji si u suim A i B oblicima ti kod'citozina u Z-DNA, g konf:rry7cija_SYN Qii:ry) fioia":ljuj9 se kod guanlna ,kod Z-DIvA. Izmjene purina i izmjdnu SYN-ANTI potoilaja,"ito iuietuie .ltirimidina (G, C) d.u,* .niti Z-DNA omo{u7uje -oznaiine cik-cak strukturu molekule Z-DNA. Tri 6ike sa A, B i Z frokorilu polo*ij isi uzuojnice u odnosu na par baza zd sv^dki oblik DNA. Os u ueieri I;tijebu nia d-OXd -pojedini prolazi kroz par baza u B-DI,LA, a u manjem *;lijebu kod ZlOtttd,

Prikazane su duiil.ko?{2ya9ije C:N ulze. koia pouezuje suaku bazu za od,gouarajuii prsten

EKSPANZTJA DO BESKONAENIH

z/rvoJNrcA

POZITIVN I PROPELERSKI ZAKR ET

Slika

4.

para baza purina i pirimidina. Rotacija kad se glef,a niz uidu*nu os naziuA"se pozitiuan zakreL Trq.ba^primijetiti da se CI atomi kojima si baze uetu za okosnicu od ieiera i fosfata, pomiht prema glre pri firopelerskom obrtanju,

P.ropelerski obrtaj (efiniran ie. sltetnatskim. prikazom ciielgS. para u smjertt.kazaljke na s_atu blii;e baze,

programiranjem kompjutora da rotira sliku date uzvojnice molekule duZ nie'zine osi sve dok se atomi na podetku te molekule ne podudaraju s onim a na najbliZem kraju originalne molekule to se moie ponavljati koliko god se ho&. Na taj nadin, na primjer, srediSnjih

ajdulja DNA zavojnica koja je do sada bila ispitana proudavanjem a r jednog kristala pomo6u rendgenskih zraka jest iest dodekamer: CGCGAATTCGCG. Kako bi izgledala dulja zavojnica, moZe se predoiiti proSirenjem triju tipiinih molekula do duljih zavojnica (rl. .5 - 11.). To se. postiie

202

PRIRODA

O OZU:NK-TRAVAN] O

1986

parova baza

zavojnice GGTA-

TACC ponavljalo se 4 puta da bi nastala uzvojnica sa 24 para baza s redoslijedom GTATACGTATACGTATAC-

i Siroka s dubokim velikim ilijebom te Sirokim i plitkim.. m.lliim ilijebom. B uzvojnica je uia (i viSa za isti broj parova baza) sa Sirokim velikim ilijeboqn te uskim maniim Llijebom, podjednake

zaviiena uzvojnica

Z prilidno je tanka

GTATAC. Prvi put je postalo mogu6e

izduiena s dubokim, uskim maniim ilijebom, dok je ve6i 'Iliieb. izguran do povrline tako da praktidki viSe i niie
Zlijeb. Uzduini lanac Z-DNA sastav-

naiiniti drugu dvostruku zavojnicu od

zama, bez uprosjedavanja

dubine. Suprotno tome, nova ulijevo

lieh od

5e6era

fosfata sliiedi cik-cak

molekula dobivenih proudavanjem pojedinadnih kristala rendgenskim anali-

i ideali zirania

lokalnih odstupania u strukturi uvjetovanih resporedom baza. Kao 5to se odekivalo iz ranijih proudavanja vlakana,

uzvoinica je kratka

Slika

6.

Slika
Stereo

7,

l,la ouam crte*u, kaji je nastaa kompjutorskom

obradom, prikaza.na .ie A-DItiA uzuojnica u perspektir-i. Crtef, je nastao tako irb se iest sre-

diinjih baza oktamera GGTATACC proiirilo

na obje strane oktamera koji su odredili Ken' nard, Sbakked i Viswamitra. Paroui baza ni' ur id.ealizirani, oni su tako uideni u anali' zama strukture kristala, Primjefuje se kako se fosfatne grupe na suprotnim lancima suo' tauaju preko uefug ilijeba,

par nastao manipulacijom s trodimenzionalnim skupom kaordinata, Predstaulja sliku duastruko zau^ijenog A-DI{A heksamerA GT'ATAC, koji je iiueden izbaciuanjem paroua baza nA krajeuima oktamera (jer su im nedostajale fosfatne skupine). Slika se rotirafa i mjenjala

dui

postupak

postii

par fosfatq na dnu nije odgoaaraa unom na urltu nepromijenjene uzuojnice; ponaulja nekoliko puta da bi se proizueo efekt beskonaine A zaiojnice, Mbtoda omogufuje stuir,ranje dugaike specifiine Dl{A bez i.rtuouanja lakalnih uarijacija u strukturi. Taj sterea par se najlakie trodimenzionalno uidi kraz poueialo-stereaskop. Medutim, isto se mof,e
osi sue dok
se

i bez stereoskopa ako se postigne razdaajanje duiju slika, koje su norrnalno stopljene u jednu, i to ajeilbgryjem, tako da se oti usmjere da gledaju u daljinu, ali su foku"sirane u blizinu. Zapazite dubinu uefug i;lijeba! Uzuojnica sliii duosjtrukoj traci otnotanoj-oko cilindra.
1986

O OZU:NK-TRAVAN] O

PRIRODA

O 203

putanju, pa. ostlovna ponavljai.uta jedinica zavojnice nije jedan par baza, kao kod A i B oblika, nego dva susjedna para koji se sukcesivno smjenjuju: G C te zatim C - G. To nastaje zbog razlike u nadinu kako se citozin i gvanin veZu za Sederni prsten u Z-DNA. Kod svakog citozina 5e6er se rotira oko yeza s bazom tako da se skupljeni prsten 5e6era odmide od manjeg ilijeba

TA Sy / konformacija stereokemijski je mog. u6a samo 3"* je 5e6er povezan s manjim

gqvija unutra prema manjem llijebu.

peterodlanim prstenom puri-

na, a ne sa Sesterodlanim prstenom pirimidina. Razm ak rzmedu SyN prstena 5e6era i kisika atoma na poziciji 0 2 citozinskog ili timinskog prstena bio bi prekratak da bi stereokemijski opstao.

5e6era i baza te tvori cik-cak okosnicu lanca. Smjer lanca od jednog do drugog atoma fosfora

u Z-DNA

Stoga smjenjivanje nekog purina (G) i nekog primidina (C) dui, svakog lanca

ANTI sveza izmedu

dopu5ta izmjenu

SYI/-

B[Xl"f#lllli,l i# *u:, ": "'ffil:I': ca od jednog fosfornog a.toma alanina

(slika. 5). Ta konformacija oznadena ANTI prisutna ie takoder u sv{h detiriju baza, to jest u svakom koraku u A i B strukturi DNA. Medutim, prsten
5e6era

'Y/r
T1;2=+

kod svakog gvanina u Z-DNA

se

rotira se za 180 stupnjeva, tako da

,ry;4?4

'!,

)t

;.+rfi.*<({

r-t(,n-t i-JxL-<!E".U

r-/'

_L_
t

-trto

Slika

8.

nauljanjem srediinjeg segmenta s deset parova baza dodekamera CGCGAATTCGCG, Crtei ltokazuje uelik stupanj ltropelerskog obrtanja tc kako to poma*,e u slaganju baza du* Ianca
okasnice.

B-DIIA uzuojnicci na ouoj slici nastala je Po'

Slika

9,

je nastao izbaciuanjem krajnjih baza te stalnim panauljanjem sekuencije CGCGAATTCGCG, Oudje se mo*e zAmi.ietiti da su i manji i uefi ilijeb B-DIVA podjednake dubine, mada je manji tlijeb neita ui,i, On je zaprauo u*i sprijeda na dijelouima s AATT rnnogo CG parom, bazama, a iiri je straga na dijelouima u kojima
Ouaj stereo par

l*o

204

PRIRODA

O OZU]AK-TRAVAN] O

1986

do sliiede6eg fosfata tz^ citozina tan-

RNA

noi kiselini: RNA (ribonukleinskoi kio sada se sPominiala. iedino molekula DNA koia Pohraniujt, ge-

senciialna ie] medutim, na cilindri6nu oko iil"te uzvoinice i okomita na itort,i je'n|.ttr.t os. Kao posliedi.ca loga prava uzvoinice d\L se'ponavlia diti.t koia para baza koii se iesu. aX sukceiioll Iako Z uzvoinica smieniuiu. rzmlenlcno ima' dvanaest Paiova baza Po iednom zavoiu, ona i. I swari Sesteiostruka li-

selini). Redosliied baza iednog lanca vzvoiniie DNA prepisuie se " i:qlgstmku glasnidku iti rtnsSnser RNA' (ry

iezsri. Ispoliavanie te informaciie. ovisi ;;.likoi'mieri o vrlo srodnoi nuklear-

netiiku inforrnaciiu stantce

iri"tttf"t RNA)
IJnot"
a.

RNA): transPortne mo'iekule nNn

odredene aminokiseline do ri-

oditavaiu redosliied i

i;;o'zaviiena uzvotnrca, sa .Sest iedinica

'oa po dva para baza po idnom zavoiu'

Slika

10,

guanina i itL"rlitio-oa izmie{iui"!i!t-.!o:o . "od"

citoiina, nastala
CG,aGCG. Prouiuali su ie

OuoieZ-DI{Auzuoinica,lijeuozauiiena's4'
siediiniih tetiriiu. paraua

lesama. Prope:l-ersk; 'i"?li'i ,raiti6, zaaijenih uzu6jnicq' pulte se fos' dubokog uefug faine grupe suoiauaiu preko xltielia.

Vang i Ricb t ,frook'eiai ie rnanii nego kod

t::;
,',1,;,,

pa,

ptoiillx,-I'pryA i: !o^nK!ia^nig"fy:?:y'

GC99'

u"niiV':,'i:#:#::i4'?--i'fr {iryV-;#t:ii#"i:ir,-^i:,,.* ;'e;;ril; ,ti;* i:liiebom, urlo Plitkim n O 205 1eB6 o OZUIAK-TRAVANI a PRIRODA

"'Ti;:!'ofq#,f :::;::,

bosoma gdje se one medusobno veiu u lanac proteina. Ribosomi su pak di.lomidno sastavljeni i od RNA.- Postoje samo dvije razlike izmedu DNA i

vezane sa

RNA. Timin

iz DNA

soko orgallzrjlqe, to jest tako jako poZ-DNA da zauzimaju uvijek ista mjesta oko svake molekuie u liristalu. (Ne5to slabije veiu se molekule

'

zamijenjen je

5ko razlikuju od

vode koje su na razliditim udaljenostima od jedne $9 9ryge molekule i tada 9y nejaslg i difrakcijskoj slici pa se tepozadine.)
-

Vodena

tilna skupina a umjesto 5e6era deoksiriboze u okosnici DNA RNA ima Seder

uracilom u RNA kojemu nedostaje me-

umjesto hidroksilne skupine (OH) pri_dv$6en na ugljikov atom (C 2'). Vaina posljedica jedne hidroksilne skupine viSka u RNA iest da ona ne moie imati B oblik dvostruke uzvoinige: U hipotetskoj B-RNA OH skupine
leiale bi u sredini izmedu atoma fosfatne skupine, prstena Sedera i baza. Razdaljina izmedu tog dodatnog atoma kisika i nekoliko drugih atoma bila bi neprihvatljivo mala te bi tako struktura bila stereokemijski nemogu6a. U ADNA, s druge strane, 2' OH skupina sqrli iz povr5ine uzvojnice, dalje od okolnih atoma. Medusobno komplementarne dvostruko zavijene petlje i zavojnice u transportnoj RNA (transoblika. Ako, kao 5to je bilo prerposravljeno, kratki autokomplementarni redoslijedi jednostruke glasnidke RNA mogu stvarati zavijene petlje povezane vodikovim vezam4 onda ove moraju takoder biti A-RNA a ne B-RNA (U jedinorn poznatom primjeru gdie RNA tvori B uzvojnicu, jednom sintetidnom hibridu s adeninima u RNA lancu i ti-

ribozu. Deoksiriboza ima vodikov atom

fgr;RNA) moraju zata biti varijacii. A

minima u DNA lancu problematidna OH skupina povezana je vodikovom

vezom da 4'O atomom slijede6e molekule riboze.) Nitko nije ozbiljno pomiSljao na poitojanje Z-Rt tR , ili pbUtilt ispitivanja upu6uju na to da bi OH skupina dodana citozinskom 5e6eru vjerojatno leiala preblizu odgovarajudem O 2 atomu iz prstena citozina.
STABI

Slika

12.

RNd ne iini B-uzaojitu strukturu hada

se stuara autokomplementarna daostruka uzuojnica. Izgleda da it tome razlog ito RN,4 ima fuferni prsten riboiu, koja ima hidroksilnu skupinu tamo gdie deohsiriboza ima samo aodikou a.tam. Oadje je pridodana OH skupina B-DNA okosnici da bi se**stimulirao postana& B-Rl/..{, Stuara se nepodnoiljiao blizak kontakt izmedu dodanog Afu;ffi atuma i'ietiriiu bliskih atoma fosfatai iefura" baze (kprekidane liniie),

LIZACIJA HIDRATACIJOM

i RNA prilikom prepisivanija Sifre DNA u glasnidki RNA, onda vjerojatno ona prima A oblik. U posebnim uvjetima naprezanja desno zavijena DNA's izmjenidnim slijedom purinskih i pirimidinskih baza moie prije6i i u lijevo zavijen Z oblik . Za uobidajene slijedove baza i pod uuobidajenim uvjetima vlainosti izgleda, medutim, da je B-DNA
normalan oblik. Kako voda stabilizira B uzvojnicu? Molekula DNA detaljnije je upoznata rendgenskom analizom, pa je mogu6e
(vode) oko

endgenska ispitivanja pojedinadnih kristala definirala su tri tipa dvostruke DNA uzvojnice umjesto dva te jedan tip dvostruke uzvojnice RNA. Za DNA B oblik je stabilan pod uvjetima visoke vlainosti. lzgleda da je B uzvojnica najvjerojatnije oblik prisutan u iezgri stanice. Kada nastaje privremeni hibrid izmedu uzvojnice DNA

Tl n( ^\

Sliha

13.

i pailjivo tragati za molekulama otapala DNA koje izgleda da su vi-

struktura {tffil u B-DNA naiinjena_je_od cik-cak slo*enog niza molekula aod.e. u mayii.i;.liigb rlzaijene..yzaojVice n-OX,q dodekamrra,"Okrrnica je urlo shematiziranA, a_ propelerski obrtaj priuueliian, donii sloi molekula aode M) aezan ii aodikoaim uezctrnA za duiikoue i kkikoie- atome bliskih b_aza te je pbueian r d,iugim slojem . Por.qog molekula uode s.t.uayaiyii tako bidrataciiski oblik. On spreiiui itij; *iiiiU-lo ,, ot"uori Qr/) i stuori ptitku depraiiu urui:ul:,,T:3yi;,",#,,,i:,t: fak"tor nlili r;ii B obtik
fidrTta,ciis,kq ouo le.pogled

l:;:"gtauni

206

PRIRODA

O OZU:NK-TRAVAN] O

1986

struktura bila je ispitana za sva tri obliobjavljeni samo za B-DNA. Molekule vode utvrdene su u B-DNA u blizini skoro svakog atoma koji moie stvarati vodikove veze s njima: slobodnih kisikovih..atoma u fosfatu, duSika i kisika na rubovima parova baza i, u manjoj
f.ata lanca

ka DNA, ali detaljniji su rezultati

mjeri, kisikovih atoma koji su dio fos'stvari,

debljine jedne molekule.

DNA. U DNA pokrivena je

uzvojnica

omotadern vode

Intenzivnija hidratacija opaiena' je u uskom malom lliiebu B-DNA (slika

13). Kombinacija propelerskog uviiania

pojedinih parova baza s uviianjem

za-

vojnice od jednog para baze do drugog dovodi kisikov ili du5iliov atom jednog lanca u bliski kontakt s kisikom ili duSikom na obliinjoj bazi drugog lanca. Dva akceptora vodikovih veza spojena su molekulom vode. Te .molekule plvog sloja povezane su zatim s onim a tz
drugog sloja molekula vode. Zaiedno ta dva skupa mblekula dine cik-cak okosnicu hidratacije koja tede dui manjeg Lliieba B-DNA i zaviia skupa s njim. Ta je okosnica.dobr.o razvijgra u pod*iii-

ma s parovima baza A-T, ali je preki-

PI RAM I DIN

UR IN

umetanja NH, skupine gvanina u manji ilijeb. U sintetskim vlaknima DNA svaki par baza.u koie* i: gvanin zamijenien modificiranom bazom inozinom, a kojem nedostaje ta NH, skupifra, pona5a se viSe kao par T-A nego kao par C-G te tako pomaie stabilizaciji B strukture. Mislimo da je taj hidratacijski hrbat koji leii u manjem Lliiebu B-DNA vrlo vatan stabiliziraju6i faktor cijele uzvojnice te da se on mora prvo fizidki razofiti da bi se manji ilijeb mogao otvoriti i cijeli oblik prebaciti u A oblik. Jedan od nadina da se to postigne u laboratoriju jest da se uklone molekule vode dehidracijom vlakna. Drugi
je.

nuta

u G-C regijama, vjerojatno zbog

naiin da.se uvede 5to viSe NH, skupina u manji Zlijeb; studiie difrakcije na vlaknima koje je naiinio Arnott Struther iz Ptrrdue Univesity pokazale su da porast sadrlaia G-C u vlaknu omogu6uje lakli prelazak iz B oblika u A oblik sulenjem. Nije pronadena sliina struktura vodenih molekula ni u A ni u Z zavoinici. Mada su molekule vode slobodno rasporedene oko atoma DNA koji bi mogli stvarati vodikove veze, ne postoji ni5ta slidno hidratacijskom hrptu manjeg ilijeba u B-DNA. Ne moie-se dak niti naslutiti neki slidni strukturni oblik; dak izgleda da je rnanji ilijeb A-DNA
uzvojnice. Vrlo ie teSko u sadainjem trenutku biti siguran o hidraciji u A-

Slika

14.

Propelerski. okret utjeie na kontakt izmedu susjednih purina na suprotnim Stranama. Oadje su purini i primidini sbematizirano prikazani kao plaie, C|' atomi iz prstena ieiera oznaieni su kao male lopte, a okosnica je reduciranA na isprekidAnu liniju; strClice ltokazuju smjer od

manje hidriran od ostalih diielova A

Za purin-primidin poloilaj (gore) pozitiuan propelerski okret douodi ruboue duaju purina Pretn-purin poloi;aja..(sredina) blizu bliiu u aefum aifum i,liiebu, f,lijebu, Kod Kod primldin-purin-po nebribaatliiao blizak kontakt brimidin-burin boloi,aia ftredina) nepribuatljiuo kontakt je jt* il;lijeb trtwrUortt w manjem il;lijebu. Jc u ^rtrJovn. tl les,t iest aa da , na,ctna Aa da se rtrs, riieii oaq oaai srAz sraV. voEe) (a:UQ dq se otaon otaori Rut kut .ob_rtg.nia obrtantr baza (i to narst @7n 9d naiina gtryanrm cijelog para baza) otamo gdie dolazi do njryja, u aaom sluiaju u rnanjem i,lijebu.

,nA3.

DNA, jer u sva tri A-DNA kristala CCGG/CCGG (dva tetramera vezana GGCCGGCC i GGTATACC zadnii parovi b^?^ _i?"d.tog oktamera utiskuiu
se

zajedno Iinila

bi

oktamer),

u manji, ilijeb susjednog, onemoguPRIRODA

1986

O OZU:NK-TRAVAN] O

O 207

r
favaiuti normalnu hidraciju koja
pojedine regulaciiske regije DNA
pristupadnosti
predstavili svoj model dvostruke uzvojmjena ovisna o slijedu baza. Jedna dru-

se

da

A oblik pri

moie odekivati kada su molekule izolirane u otopini. Ipak, sada molekularna slika objaSnjava zaSto prevladava B oblik pod uobidajenim uvjetima vla|nosti te zaSto dolazi do preokretani. u
dehidraciji.

obrne smier svojih spiralnih zavoia mote biti od kritidne vaZnosti u kontroli

informacije,

stupnja superzaviianja zaworene kruine DNA.

i oiitavanja genetidke na primjer promjenom

bio bi
primjer

nice. Prijelaz iz udesno zavijene B u ulijevo zaviienu Z-DNA velika. je qroga vrsta utjecaja strukture na oditavanje

GENETIEKA KONTROLA
opustite mi da se sada osvrnem
vania - pojedinadnih kristala na ono 5to bi moglo biti najvredproucanlra nija bioloSka DrorosKa posljedica Postreolca prouia-

Takav mehanizam

utjecaja slijeda baza ne na sadriai genetiike poruke nego na njenu ekspresiju. Selektivna ekspresija ili represija gene-

genetidke poruke otkriva se detaljnim prouiavhnjima lokalnih strukturnih variiaciia u A i B DNA. Kao 5to sam bio spomenuo, prosieine vrijednosti parametara uzvojnice bile su otprilike ona-

DNA rendredoslijeda

tidke informacije u pojedinirn stanica-

genskim zrakama: utjecaj

baza na lokalnu strukturu uzvojnice i ulogu koju bi to moglo imati na kon-

trolu ispoljavanja genetidke informacije. Ako i, Z uzvojnica zaista.ogranidena na samo mali broj redoslijeda baza s alterniraju6im slijedom purina i pirimidina, nije vjerojatno da bi ona mogla
mnogo utjecati u podrudjima gena koji odreduju strukturu proteina. Kao 5to su Rich i drugi pretpostavljali mogu6nost

ma u odredeno vrijeffie, kako god se to izvrSavalo, jest kljui za razvitak viSih viSestanidnih livotnih oblika., Nadalje, poremedaj u regulaciji genetidke informacije moie biti jedna od polaznih todaka za nastanak raka, a moida sudjeluje i u procesima starenia..Sadalniljazina razumijevanja kontrole genetidke

kve kakve su odekivane iz proudavania vlakana, ali ono 5to je bilo neoiekivano jesu velika lokalna odstupania od tih prosjeka. Prosjedni kut spirale za ADNA ie 33,1 stupanj, 5to odgovara skoro toin o za 1 1 parova baza po jednom
zavoju.

Ali tko je mogao oiekivati

da

pojedinadne vrijednosti mogu varirati od tako malo kao 5to je 16 do toliko

mnogo kao 5to je 44 stupnja? Prosjedni

poruke u vi5im iivotnim oblicima pribliino ie na razini na koioi ,t 11" ra-

zumijevanje njenog Sifriranja L9)3. godine kada su \Tatson i Crick prvi put

kutovi za okretanje ravnine parova baza od 6 stupnjeva za A i skoro O za B DNA mogli su se odekivati zbog nadina na koji su parovi baza ovijeni bko osi uzvojnice, ali nitko nije oiekivao da je vrijednosti od oko + 5 stupnjeva u oba sludaja. Takva lokalna kolebanja ispodetka su natierala kristalografe da provjere svoje analize da bi se uvjerili da opaiene varija.cije nisu greika u. procesu usavr5avanja postupaka. Kada je to
zadovoljeno postavilo se pitanje da standardna devijacija od

tih prosjednih

44 42 40

'

=38
uJ

=
lll

38 36 34 32 30 28 26

;36 P34 I
o

,^i
VR z= Jr!
z
GN

o-

li

6A

fluktuacije imaju neku predvidivu

6

te os-

Es2

novu.

G30

:
o-

v -r -z l
lI(E

?2a N
H26 J
go
24 22

6ur NZ
E
oah

-1

6 N

24 22 20

OD

SEKVENCIJE (SLIJEDA) DO

.n
F

:)

t-

STRUKTURE

v20
t8
r6

r8

ilo je nekoliko
1234567 G-G-C-C-G-G-C-C +l -2 +t -2 +t +2 -4 +2 !r=ffi
+1

pokuSaia da se na-

l6

1234567 c-G-c-G-A-A-T-T +1 -2 +t -4 +2 +1 -2 +1

de obja5njenje za opaiene strukda baza

Snije tumadenje Calladina, koii je_pri-

turne varijaciie pomodu redosliiedui DNA. Do sada ie naiuspieelastidnog

; q4
z

Eo N

32 F
v,

+4E +2 hi
n(J :N

= u, -'
f

mijenio nadela mehanike

r6
14 12

i,
ao

6-z
2-l iu c -6 v o-8
F

-1^J?t! -4=

lo
8 6 4 2

z [
q

6U -6N 1234567E9t0 c-G-c-G -A -A-T

1t

? -to

o tf v

+1 -2 +l +a -2 -2 +t -2 +t -2 +t +1 -2 +4 -2 -2 -2 +5

-T - C -G-C

+4

-G

+l'
+s

-6

+5

-2 +r -2 +' -2 +5 -6

1234567 c-c-G-G c-c-G-G -2 +.3 -2 -2 +4 -2 +t -2 +l I:= -2 +4 -1 -? -t +4 '2

+4<

hl

v +22
:] lt OZ G 6 N -2

snopa na dvostruki heliks. Prema toi analizi lokalne varijaciie su u spiralnoi zavijenosti uzvoinice i nagibu baza 5to je posliedica propelerskog zaokreta po-

iedinih baza. (Treba se sjetiti da_tai zaokret sam po sebi poboliSava slaganje
baza

dui

svakog lanca uzvoinice).

Purini (G ili A) sa svoja dva prstena ve6i su od pirimidina (C ili T) s jednirn prstenom te se stoga oni 55e preko osi uzvoinice u svakom paru baza. Ako su dy purina la.suprotnim stranama okosnice
se lagano preklapaju gledano niz os uzvojnice. Ako sada svaki par baza dobije

stika;;
Lokalna od*upanja u_kutu spiralne zauijenasti i kutu obrtanja baza predaidena su na osnovi slijeda. baza P,utem zbirnib funkcija. Oudie je prikazan posiupak zi B-zauijeni dodekhrner "okiamer (gort l.ijeuo i 7ol1e lijeua) te ia A,-zaaijeni (gor9 lanai i pseudooktamer (dotje d,esno). U saakom sluiaju uturdene.urijednosti prikazane su debljim crtami i skalom na lijeudj strani,a preduidene arijednosti tankim linijama i skalom na desnoj strani, Izuodenje zbirni funkciie -za suaki razmak iTmedu pojedinih susjednib baza prikazino je ispod saakbg grafa, kr;uui1e poznatib i predaidenih aiilidnost; url6 se dobro sliilu: kaeficijent^ korelaciji izrnedu ta dia s.kupa urijed-no1ti ie 0,99! za A o_ktamer spiralni kut te 0,99i za A pseudooktamer kut obrtaja bazA, Pseudooktarner (slo*,ena dua tetramera, poaezana preko fosfata) se ponaia kao prd,ui -mnogo oktamer; sQganje payoaa bqza i.zgleda da je uainije za lokainu ipiralnu strukturu
nego poueziuanje

u susjednim parovima baza, oni

pozitivan propelerski okret, rubovi ptrina dovode se u neprihvatljivo bliski kontakt, 5to " dini stereokemijski nesklad. Ako je neki slijed purin-primidin u uobidajenom smjeru od 5 prema 3 dui uzvojnice, taj bliski kontakt je u ve6em ilijebu. Za sliied od pirimidina do purina sudar se odigrava u maniem

fosfatne

okosnice,

iliiebu

(s1.. 14).

208

PRIRODA

OZUINK-TRAVAN]

O 1986

Kako se mogu olaklati ti bliski kontakti izmedu rubova purinskih baza? Jedan od nadina je da se jednostavno otvori kut nagiba baza na strani gdie dolazi do kontakta. Za sraz u manjem ilijebu pri pirimidin-purin slijedu pravilno bi trebalo biti otvaranje kuta od ravnine para baza prema manjem iliie-

ne korake buduCi da se

zamaranjem

OD STRUKTURE DO KONTROLE

srediSnjlg razmaka rotacijom obaju parova baze stvorio upola manji razmak na obje strane. Tako 6e konadni iznos

a li ta lokalna odstup anja u

strukturi uzvojnice utjedu na oditavanje ponlke DNA redoslijeda baza putem represora i sliinih kontrolnih proteina? Ako se prihvati ideja da je u otitavanju redoslijeda baza umijeSano swaranje vodikovih veza izmedu bodnih lanaca proteina i kisikovih i duSikovih atoma s rubova baza, onda bi bilo teSko ne povjerovati da te varijacije od dak 1t stupnjeva od prosjeka ne bi igrale glavnu ulogu u procesu prepoznavania. MoZda su strukturno uvjetovane fluktacije izraz fine podelenosti u slaganju DNA i proteina, koja daje procesu oditavanja dimenziju koja ie iznad pukog slaganja donora i akceptora vodikovih veza dui ruba svakog para baza. Da li je to tako, moie se powrditi jedino - rendgenskim analizama kristala jednog takvog proteina prepoznavanja u kompleksu s odgovarajudim dijelom DNA. Nekoliko takvih studija ve6 se

bul; kut nagiba postaie viSe pozitivnim Pri koraku od purina do pjrimidina taj

bi se kut trebao oworiti prema

ve6em

vrijednosti za zbirnu funkciju svakbg koraka purin-pirimidin i njihova dva bodna razmaka biti + 1, -2,+ t, a vrijednosti za svaki korak pirimidin-purin bit 6e + 2, -4, + 2. 3. Zbtoje se iznosi za sve korake d; bi se dobila potpuna zbirna funkcija
prosjednog kuta zavijenosti uvjetovano redoslijedom ' baza. Deriva ciia zbirne funkcije > , nacrtana je za B zavijeni

ilijebu; kut nagiba postaje viSe negativnim. Drew i j^ smo proudavali takvo ponalanje kuta nagiba baza, ovisno o

njihovom slijedu, u strukturi CGGAATTCGCG, ali nale obialnjenje bilo je zapetljanije i manje uvjerljivo od onog Calladineovog. Bez obzfta na ko-joj strani se tai sraz dogada, on se moie uvijek umanjiti smanjivanjem lokalnog kuta zaokreta zavojnice izmedu dvaiu

parova baza. To upu6qie na to da variiacija u zavijenosti moie imati isto tako jednostavno stereokemijsko objalnjenie kao 5to ima kut nagiba. Sraz purina nasuprot zavojnice takoder se moie ukloniti direktno umaniivanjem propelerskog okreta u iednom ili oba para baza

dodekamor CGCGAATTCGCG te su usporedene predvidene i dobivene vriiednosti (Slika 1J). Komparaciia linearne regresije opaZenih kutova s X, pokazuje da je korelacijski koeficijent A,994, dviju vriiedno.sti. Ta zbirna funkcija vjerno reproducira sve uspone i ptdove promatranih kutova, osim izuzetaka na dva kraja redoslijeda gdie je intramolekularno preklapanje u kristalu uzrokovalo izoblitenje uzvojnice.
Slidan postupak moZe se nadiniti da bi se izradun ala zbirna funkcija X , koja mjeri lokalno odstupanje u kutu nagiba, osim 5to vrijednosti za korak piri-

provode, ukljuduiu6i

lac-represor,

ili indirektno pomicanjem para baza dui uzduZne osi, tako da je purin di.lomidno pomaknut iz svog leiiSta na okosnici. Calladine je zakliudio iz svojih analiza tog drugog efekta da ie steridki sraz u manjem iliiebu skoro dva puta izrai,eniji nego onaj u ve6em ilijebu te zato trali dvostruko pode5avanje iokalnih parame tara uzvojnice.
PRE

midin-purin imaju obrnute predznake (-2,+4,-2),jer se ovdje steridka zapreka uklanja ofvaranj.* kuta na strani manjeg Llijeba, dine6i ga viSe pozitivnim. Derivacija funkcije 2 , te njeno usporedivanje s opaienim kutovima nagiba
Ponovo su porasti i padovi kutova nagib.u ispravno predvideni, osim na kra,evrma uzvolnrca. Da su te dvije zbirne funkcije vrijedile samo za iedan tip uzvojnice, metoda bi izgledala kao mnoge briljantne znanstvene ideje koje prorade jednom u rukama njihova izumitelja, ali nikada viSe ni kod koga dnrgog. Medutim, sliiedilo. ie . da su fa itl" pravila vrijedila primijenjena na detiri poznate A uzvojnice, a 'rezultati su bili isto tako dobri kao i za B uzvojnice. Jedna od A struktura bila je zaista strog test. Dviie molekule tetramera CCGG/CCGG, postavljene vrhom jedna uz drugu, d kristalu dine oktarner, iako srediSniim dvama parovima nedostaju fosfatne veze. Usprkos nedostatku te kovalentne veze, obje variiable i kut zaokreta zavoinice i kut nagiba baza u tom srediSnjem dijelu uzvojnice bile su todno onakve kao 5to se predvidalo zbirnim funkcijama za kompletan potpuno kovalentno vezani oktamer. lzgleda da sile slagania koje drie parove baza zaiedno prevladavaju utjecaj veza unutar okosnice 5e6er - fosfat u odredivaniu

lambda-represor, cro-represor, katabolit-aktivator protein (CAP) te razne restrikcijske enzime. John Rosenberg s Univerztteta u Pittsburghu nedavno ie izradio mapu elektronske gusto6e restrikcijskog enzima Eco RI vezanog uz njegovo mjesto prepoznavania na dodekameru CGCGAATTCGCG. On nalazi da je vezana DNA saduvala svoj B oblik, ali je uzvojnica iskrivljena.

ilustrirani su za CGCGAATTCGCG.

Razumna pitanja koja netko mole

postaviti uvijek ovise o njegovom predznanfit. Nov napredak u znaniu moIe

DYIDANJE VARIJACIJA

olaze6i od Calladinovih postavki, grupa na University of California u Los 'Angelesu razvila je detiri jednostavne zbirne funkcije pomocu kojih se predvidaju, na osnovi redoslijeda baza DNA, lokalne varijaciie u zavijenosti, kutu nagiba, propelerskoj za-

vijenosti
oko C

takoder

u torzijskom kutu

(mjera konformaciie okosnice

C 3'veze). Funkcije za propelersku zavijenost i torzijski kut rzgleda da vrijede samo za B-DNA, a Prve

4'

lanca

problem preseliti iz podruija spekulativnih teorija u sferu znanstvenog istrai,ivania. To su istraiivania s poiedinadniin kristalima udinila s nekim pitanjima kao 5to su: kako slijed baza u dvostrukoj uzvojnici DNA utjede na njenu strukturu i ponalanje te do koje mjere su ti efekti znatajni za oditavanje informacije. Odgovori tek predstoje, ali je sigurno da su ta pitania vrijedna da ih
se postavi

li.g

i vjerojatno 6e dovesti do borazumijevanja genetidke kontrole.

dvije funkcije vrijede

oblik. Kao primjer ovog

za

A i za B
postupka

predvidanja zbirna funkciia. 1 .F"t uvijanja zavojnice dobiva se kako slijedi: 1. Na svakom intervalu izmedu j.dnog para baza i slijede6eg para odredi se neki broj koji odriava relativnu tendenciju tog miesta da se reducira kut zavijenosti, da bi se smanjio stereokbmijski sraz. Neka to bude broi 2 za

Iz iasopisa Scientific American Vol, 249, br, 6. lgli, Preueo Darko Potani(

korak purin-pirimidin gdie. dolaz.i do

^ s njiho4 za korak pirimidin-purin vim vi5e izralenim srazom u manjem Zlijebu, te. neka to bude 0 za korake
du6i da tu nema prostornog

sraza

u vecem iliiebu,

neka to bude

purin-purin

i primidin-pirimidin

bu-

sudara.

di1je" zakazivati u. RNA-DNA hibridu

strukture dvostruke uzvojnice DNA. Obje te funcije i za zaokret i za nagib takoder vrijede i za A oblik GGTATACC. Jedino funkcija zaviienosti po-

2. Odrede se brojevi protivnog predznaka i polovidne vrijednosti za susjed-

mijelanim uzvojnicama (GCG) TATACGC.

1986

C OZU]AK-TRAVAN] O PRIRODA O 209