Hoorcollege 12 & 13 eiwitten

HC 12
Temperatuur kan een eiwit zodanig veranderen dat het een irreversibel proces wordt. Het kan niet meer worden terug gedraaid. Voorbeelden van eiwitten zijn hemoglobine (rode bloedcellen) en myoglobine (spiercellen). Gen regulerende eiwitten binden meestal aan het DNA en bevorderen zo de transcriptie. Sommige kunnen zo juist de transcriptie remmen.

De structuur bepaald de functie

De structuur van een eiwit bepaald de functie. Sommige eiwitten hebben een bolvormige vorm en dit wordt globulair genoemd. Ook kunnen de eiwitten de vorm hebben van vezels. Calmoduline bindt aan calcium. Wanneer de vorm anders is, bindt het niet meer aan calcium.

De omgeving
De meeste eiwitten bevinden zich in een waterige oplossing in ons lichaam. Water is een dipool, de lading van water is een beetje verdeeld. H is + en O is -. Hierdoor vormen water onderling waterstofbruggen. Deze waterstofbruggen zijn dynamisch. Ze blijven maar heel even in stand en dan worden de bruggen verbroken en worden er nieuwe waterstofbruggen gevormd. Eiwitten kunnen goed oplossen in water en dan hebben ze meestal ook hun ideale functie. Vet in water vormen micellen. Ook kan het een laag vormen op het wateroppervlak. De celmembraan is een bi-laag. Deze hebben een hydrofiele kop en een hydrofobe staart. Zo is er een min of meer ondoordringbare laag gecreerd. In de membraan zitten allerlei eiwitten waardoor er moleculen kunnen worden getransporteerd van de kern naar het cytoplasma en andersom. Het zit allemaal in een waterige oplossing en dus worden er waterstofbruggen gevormd. Deze laten ook snel weer los. Wanneer 2 moleculen heel veel waterstofbruggen maken, heb je een vrij sterke interactie. Het kan ook weer loslaten (reversibel), maar door de hoeveelheid blijft het bij elkaar. Een heleboel zwakke krachten bij elkaar geeft een stabiele structuur. Zwakke krachten: waterstofbruggen vanderwaals krachten dit zijn de dipoolbindingen. De ideale afstand tussen de elektronen van 2 moleculen of binnen een molecuul. Elektrostatische bindingen hier heb je te maken met geladen moleculen (fosfaatgroep) Hydrofobe groepen worden in een waterige oplossing weggedrukt en op een kluitje gedrukt.

Deze krachten zorgen ervoor dat een eiwit zich op een bepaalde manier vouwt, zodat deze krachten uitgeoefend kunnen worden. Vanderwaalskrachten tussen CH3 moleculen zit in een globulair eiwit en kan zo de binnenkant vormen van het eiwit. De elektrostatische bindingen in een eiwit worden vornamelijk gevormd door NH3+ en COO-. Al die interacties zorgen voor de structuur van je eiwit. De polaire zijgroepen van de aminozuren wijzen naar buiten en de apolaire zijgroepen wijzen naar binnen. De oplosbaarheid van een eiwit hangt onder andere af van de temperatuur. Voor een eiwit geldt hoe hoger de temperatuur, hoe beter de oplosbaarheid. Er zit echter ook een grens aan. Als de temperatuur te hoog is denatureert het eiwit. Dit is irreversibel. Ook is zout belangrijk, in ons lichaam is dat fysiologisch zout 0,9% NaCl. Als deze concentratie hoger wordt, heeft dit een effect. Ook is het oplosmiddel belangrijk. Als je het water wegvangt in een waterige oplossing met eiwitten, kan de vorm van het eiwit veranderen. Ook veranderd dan de functie of verdwijnt de functie. In een eiwit zitten dus nonconvalente bindingen. Deze bindingen zijn dynamisch. De structuur van een eiwit kan dus voortdurend veranderen. Water en pH is zeer belangrijk voor de vorm en de functie van het eiwit.

pH en pK
voor een zwak zuur en een zwakke base geldt dat wanneer de helft een zuur is en een helft een base dan is 50% gedissocieerd, 50% heeft zijn H+ afgestaan en dan is de pH=pK. Dit is belangrijk voor de eigenschappen van aminozuren. Dit kan worden weergegeven in een dissociatie curve. Yas= hoeveel procent gedissocieerd is en de Xas= de pH. Als je deze eiwitten, die allemaal zwakke zuren met een geconjugeerde base zijn, brengt in een iets andere pH zie je dat deze goed kunnen functioneren als buffer. Een molecuul buffert het beste wanneer de pH rond de pK waarde ligt.

Aminozuursamenstelling en volgorde
Er bevinden zich veel losse aminozuren in je bloed. In ons lichaam bevinden zich enkel linksdraaiende aminozuren. De lading van een aminozuur kan veranderen. Dit heeft te maken met het aantal H+-jes in de oplossing. De lading van een aminozuur kan zijn: 1+, 0, 1-. Een aminozuur kan 2 keer een H+ afstaan, het heeft dus 2 dissocieerbare groepen. Het heeft dus ook 2 pK waarden. 1 voor de COOH groep en 1 voor de NH3+ groep. Aminozuren zijn dus hele goede buffers, omdat het 2 trajecten heeft waarop het goed buffert. Hierdoor wordt de pH in je lichaam goed in stand gehouden. Een eiwit is een polypeptideketen van aminozuren. Hier binden de COOH groep en de NH3+ groep met elkaar, deze groepen kunnen dus niet meer dissociren. De lading hangt dan dus af van de zijgroepen van de aminozuren. De COOH groep en de NH3+ groep aan het eind kunnen nog wel dissociren. Polyamfolyten kunnen meerdere H+-jes opnemen en afstaan. Eiwitten zijn dus polyamfolyten.

Een polypeptideketen die een eiwit genoemd wordt is een zeer lange keten van aminozuren en heeft een functie. Wanneer een polypeptideketen relatief kort is, wordt het gewoon een polypeptide genoemd. Bij het iso-elektrische punt (pI) is de lading van het eiwit 0. Het iso-elektrische punt is een pH-waarde. Bij die pH-waarde moet de netto lading 0 zijn.

HC 13 De structuur
De primaire structuur is de aminozuurvolgorde, dus welke zit N-terminaal en welke zit C-terminaal enz. De lineaire code is de primaire structuur. De secudaire structuur is het vormen van waterstofbruggen tussen carbonyl groepen en amino groepen. Er ontstaan dan bepaalde structuur elementen: -helix en -sheet. De peptide binding tussen de N en de C is een strakke binding. Deze zitten vrijwel altijd in trans positie, dus de C=O binding zit bijvoorbeeld naar boven en de N-H kant zit dan naar beneden. De O is een beetje negatief en de H is een beetje positief, dus deze kunnen weer bindingen aangaan, een waterstofbrug. Dit kan dus niet in 1 aminozuur, omdat deze allebei een andere kant op staan. De periodiciteit van een -helix is 3,5. De periodiciteit van DNA is echter 10,5 basenpaar. In deze structuur is, net als bij DNA, sprake van een soort backbone. Die backbone zit gedraaid in een helix en de polaire zijgroepen zitten allemaal naar buiten. Wanneer het eiwit in een membraan zit, wijzen de apolaire groepen of hydrofobe groepen naar buiten. Zon structuur geeft een lading aan het eiwitdomein. En de lading van een eiwit domein is weer gekoppeld aan de functie. Bij de -sheet vormen er waterstofbruggen tussen 2 ketens. De afstand tussen die ketens, als je kijkt naar de primaire structuur, de lineaire sequentie, kan heel ver uit elkaar liggen. Als de ketens niet allemaal in dezelfde richting lopen wordt dit antiparallel genoemd. Bij een parallelle richting lopen alle ketens dezelfde richting op. De afstand tussen de 2 ketens is dan nog groter omdat er een soort loep moet worden gevormd. Deze lussen lopen eigenlijk altijd karakteristiek tussen de verschillende vlakken. Als deze heel karakteristiek is en bestaat uit 3 aminozuren wordt deze de -turn genoemd.

Tertiaire structuur
Als je naar een (meestal functioneel) domein kijkt van een eiwit bestaat dit meestal uit een combinatie van een -helix en een -sheet. En zon functioneel domein maakt dan weer onderdeel uit van een heel eiwit. Een eiwit bestaat vaak uit meerdere functionele domeinen. Sommige domeinen zitten in verschillende eiwitten. Zon domein heeft vaak een speciale functie (binding of het aangaan van interactie).

Quaternaire structuur
Een aantal polypeptideketens (dus allemaal met een kop en een staart) samengevoegd als een functionele eenheid multi-subunit eiwit.

Posttranslationele modificaties
Dan worden er posttranslationele modificaties gedaan. Posttranslationeel is na de translatie. Een voorbeeld hiervan is de posttranslationele modificatie van proline naar hydroxyproline. Komt voor in collageen. Dit gebeurd door een enzym. Deze modificaties

vinden na de translatie aan zijgroepen van aminozuren plaats, hier bestaat dus geen code voor. Serine, tyrosine en threonine hebben een OH groep aan de zijketen en met behulp van ATP en een kinase kan hier een fosfaatgroep aan worden gehangen. Als een eiwit gefosforyleerd wordt, gebeurd dit dus bij een van deze aminozuren. Cysteine aminozuren hebben een SH groep aan hun zijketen, deze kunnen een covalente binding met elkaar aan gaan. Dus tussen 2 cysteines. Als zoiets gevormd is wordt het een cystine genoemd. Deze binding wordt een zwavelbrug genoemd. Wanneer dit gevormd is, kunnen deze zijketens geen H+ meer afstaan. De heemgroep is geen eiwit, maar een organisch molecuul. Zon heemgroep kan in een eiwit zitten, dit zorgt dan voor het functioneel zijn van het eiwit. Dit wordt een prosthetische groep genoemd. Ook myoglobine en calcium zijn hier voorbeelden van. Collageen is strakker opgewonden dan andere -helixen. Deze heeft namelijk een periodiciteit van 3 in plaats van 3,5. Dit komt doordat elk 3e aminozuur een glycine is. Dit is het kleinste aminozuur, heeft alleen een H als zijketen. Collageen geeft stevigheid in het lichaam. Dit komt voornamelijk doordat er een heel hoog percentage prolines in collageen zit. Prolines hebben een zijketen die naast binding aan de centrale C ook vast zit aan de N, dit geeft een starre structuur. Ook zit in collageen hydroxyproline, dit zorgt voor de interactie tussen verschillende collageen helixen zodat er een vezelstructuur gemaakt kan worden. In eerste instantie wordt een keten alleen met glycines en prolines gemaakt, vervolgens modificeer je enkele prolines tot hydroxyprolines. Het benodigde enzym hiervoor heeft al co-factor vitamine C. Dit geeft de connectie met scheurbuik. Scheurbuik is een gebrek aan vitamine C. Als je dus geen vitamine C hebt, maak je niet meer het enzym wat zorgt voor de omzetting van proline naar hydroxyproline. Dus is er een gebrek aan stevigheid, waardoor je tanden of kiezen los kunnen gaan zitten en in het ergste geval scheurbuik kan ontstaan. Ook ontstaat er een ziekte waarbij af en toe zon glycine gemuteerd is. Hierdoor zit er een ander aminozuur en kan het collageen niet zo sterk worden opgewonden. Deze ziekte heet osteogenesis imperfecta, dit betekent niet perfecte botten. Deze mensen breken alles.