Vezani geni,

genetike rekombinacije i
mapiranje hromozoma

nezavisnim rasporedjivanjem
hromozoma u gamete, uvek je
rekombinantna klasa zastupljena
sa 50% verovatnoe, odnosno,
nezavisno rasporedjivanje daje
jednaku verovatnou parentalnih i
neparentalnih gameta u potomstvu

vai za gene na razliitim
hromozomima, ali i za lokuse jako
udaljene na istom hromozomu
mejoza
interhromozomske rekombinacije

grupe vezanih gena - segregiraju zajedno u gamete.
aleli odredjene grupe imaju ansu da ostanu zajedno-vezani su.


- mogu da stvaraju haploidne
genotipove potomaka koji se
razlikuju od haploidnih
parentalnih genotipova.



intrahromozomalne
Mejotike rekombinacije
krosing-over u mejozi. Potomstvo dobija po jedan homologi
hromozom od svakog roditelja

Razmena izmeu delova homologih parentalnih hromozoma daje
gamete sa razliitom kombinacijom alela na hromozomima od
roditeljskih
Rekombinacije
izmeu gena na
homologim
hromozomima
nastaju krosing-
overom nesestrinskih
hromatida u mejozi

Kada su dva gena vezana na istom hromozomu,
proporcija rekombinantnih gameta je manja od 50%
KROSING OVER se deava na stupnju 4 hromatide
KROSING-OVER se deava na stupnju 4 hromatide
odnosno, posle replikacije hromozoma
viestruki C.O
Dva rekombinaciona dogadjaja koja se dese u istom regionu mogu
ponititi medjusobne efekte;dogode se, ali ne uoe se
Na veim distancama se mogu maskirati CO dogaaji preko dvostrukih CO.
Dvostruki CO,
koji ukljuuje razliite hromatide,
moe voditi razliitim ishodima:
0 rekombinanata
50% rekombinanata
100% rekombinanata
RF uestalost rekombinacije
RF=broj rekombinanata/ukupan broj potomaka x 100

Trostruki heterozigot
3 vezana gena,
dvostruki-krosing over

Hromozomske mape
Dvostruki CO meu istim hromatidama
daje 2 najmanje zastupljena rekombinantna fenotipa
relativne razdaljine i povezanosti gena u odnosu na uestalost rekombinacije
RF=(SCO I + SCO II + DCO)x100/total
razlika izmedju uestalosti rekombinacije (RF) i
razdaljine izmedju gena.
m.u. mere koliko se rekombinacije stvarno
desilo izmedju gena, a RF govori o tome koliko
je rekombinacija uoeno.
Hromozomske (genetike) mape
Vezanost gena na hromozomu
moe se predstaviti genetikom
mapom - linearan raspored gena
du hromozoma
razmak izmeu gena
proporcionalan uestalou
rekombinacije izmedju njih
Jedinica razdaljine izmedju gena
je cM (centi Morgan)
ili m.u (map unit), pri emu
1m.u.=1% rekombinacije
Fizike mape predstavljaju potpunu
sekvencu DNK hromozoma sa
razdaljinama i lokacijama gena
merena brojem nukleotida
Mapiranje hromozoma
Ukrtanje trostrukog heterozigota sa
trostrukim recesivnim homozigotom
%rekombinanata
...sledece...
Dvostruki CO meu istim hromatidama
daje 2 najmanje zastupljena rekombinantna fenotipa
Da li rekombinacioni dogadjaji na hromozomu utiu medjusobno?
Interferenca - CO u jednom regionu redukuje CO u susednom

dobijena uestalost DCO < oekivane uestalosti DCO
(SCO I x SCO II)

Interferenca se rauna preko koeficijenta koencidencije (C)
C=DCOdob/DCOo

I =1-C = 1- DCOdob/DCOo

DCOdob=0, I=1
DCOdob< DCOo, C -, I + geni su blii
DCOdob> DCOo, C+, I - geni su udaljeniji
mapirajua funkcija poboljava tanost RF u odnosu na rastojanje
0,1,2,i dogaaja
m prosean broj dogadjaja (srednji broj CO po mejozi)
uestalost i-te klase: (i)=e
-m
m
i
/i!
uestalost za i=0 je: (0)=e
-m
m
0
/0!=e
-m
RF je m/2, polovina proizvoda onih mejoza koje su imale najmanje jedan CO
u regionu: RF = 1/2(1 - e
-m
)
mapirajua funkcija, za korekciju RF


to je m vee, e
-m
je manje, a RF dostie max. 50%
primer:
na osnovu ukrtanja dobijeni RF=30%.
Koliko je to u stvari m.u., radaljine?
0.30=1/2(1-e
-m
)
0.60=1-e
-m

e
-m
= 1-0.60=0.40
iz tablice, za e
-m
=0.40, korigovano m je 0.90,
RF korigovano je 45m.u.
korekcija razdaljine: nije 30 m.u ve 45 m.u.
Analiza pojedinanih mejoza i rekombinacije kod haploida
svi produkti mejoze dostupni na
jednom mestu
Uredjene i neuredjene tetrade
jedan hromozomski set,
nema maskiranja ekspresije gena,
fenotip je direktni odraz genotipa

Nema C.O. izmeu centromere i lokusa

Aleli A i a segregiraju u odvojena jedra
posle I mejotike deobe

Segregacija M tipa

Ima C.O. izmeu centromere i lokusa

Aleli A i a segregiraju u odvojena jedra tek
posle II mejotike deobe

Segregacija M tipa

produkti mejoze su razliiti zavisno od toga da li ima ili ne CO
izmedju centromere i heterozigotnog lokusa u 2n mejociti
Zavisno od toga kako se centromere prikae na deobno vreteno
u II mejotikoj deobi razlikovae se raspored spora u linearnom askusu
iz ukrtanja a
+
b
+
x ab, svaki produkt je jedna haploidna jedinka
Samo T i NPD sadre rekombinante; NPD samo
rekombinante, a T polovinu spora kao rekombinante
RF = 1/2T + NPD/ NPD+PD+T (x100 u %).
RF < 50%, lokusi su vezani
ako je PD >NPD, lokusi su vezani
ako je PD =NPD onda su
na razliitim hromozomima.
tipovi tetrada
PD - parentalni ditip -
sadre 2 parentalna
genotipa
NPD - neparentalni
ditip - sadre 2
neparentalna genotipa
T -tetratip, sadre 4
genotipa -mogu se
dobiti bilo da su lokusi
na odvojenim ili istim
hromozomima

Razdaljina lokusa od centromere
= %rekombinanata, tj. tetrada koje
pokazuju segregaciju M /2.

primer: Neurospora crassa
lokus za tip parenja (A,a).

Ako nema CO izmedju centromere i
lokusa, spore A su na jednoj, spore a
na drugoj strani askusa
(M' tip segregacije).

Ako ima CO, izmedju centromere i
lokusa, promena redosleda spora u
askusu zavisno od toga da li imaju a ili
A alel
(M tip segregacije).

Mapiranje centromere
varijegacija, mozaicizam, stvaranje sektora,
grupa elija u tkivu, koje imaju razliit fenotip od
tipinog za to tkivo
Redak dogaaj, oko 1000 puta redje nego u
mejozi
kod nekih gljiva, kvasaca, Drosophila
Poveana uestalost somatske mitotike
rekombinacije zapaena je nakon delovanja
pojedinim mutagenima
Mitotike rekombinacije
Mitotike rekombinacije
takodje na stupnju 4 hromatide
dovodi u homozigotno stanje lokuse distalno od CO (deo izmedju
CO i kraja hromozoma) i na istom hromozomu, dalje od
centromere.
Mapiranje genoma oveka
Nisu mogua test ukrtanja
Mogua je: analiza rodoslova, upotreba
molekularnih DNK markera rekombinacione
analize
razvojem molekularnih tehnika mogue je
analizirati haploidne produkte mejoze -
razblaene do jedne elije, jednog
spermatozoida, amplifikovane
detekcijom varijabilnih mesta na DNK kod
neke osobe i njegovih haploidnih
spermatozoida kao produkata mejoze,
mogue je raunati RF

Mapiranje genoma oveka
X hromozom
prvi mapirani hromozom oveka i to samo na osnovu rekombinacionih analiza


Primer:
Mukarac sa retkim X-
vezanim recesivnim
poremeajem za metabolizam
eera (g) i slepilom za boje
(c) daje potomke sa enom
bez ovih mutacija (CG/CG)
erke su sve heterozigoti, sa
dvostruko spregnutim CG/cg.
muko potomstvo ovih erki
moe dati uvid u RF - javljaju
se parentalni i rekombinantni
fenotipovi.
Korienje rekombinacija za mapiranja
muki pol je hemizigot za X
dovoljno analizirati muko potomstvo od odredjene enke,
heterozigota za 2 vezana lokusa
"NEINFORMATIVNA MEJOZA
i rekombinantni i nerekombinantni gameti su isti
A1 B1 A1 B1
ili
A2 B1 A2 B1

"INFORMATIVNA MEJOZA
A1 B2
A1 B1 rekombinantni gameti su: A2 B1

A2 B2 nerekombinanti gameti su: A1 B1
A2 B2
Da bi se uoili rekombinanti u potomstvu potrebne su
"informativne mejoze:
veliki rodoslovi i potomstvo kod koga moemo, praenjem
pojave dve osobine za koje pretpostavljamo da se zajedno -
vezano nasledjuju, prepoznati rekombinaciju, tj pojavu nastanka
osobina odvojeno
DNK polimorfizam varijabilnost u restrikcionim
mestima i mapiranje hromozoma
Jedinka A je heterozigot za
odredjeno restrikciono
mesto

Jedinka B je homozigot za
dugi fragment

Jedinke A i B mogu u
medjusobnom ukrtanju dati
deo potomstva sa 3
fragmenta, a drugi samo sa
jednim.
Jedinka A
Jedinka B
varijabilnost u restrikcionim mestima na DNK (RFLP) kao MARKER
za mapiranje gena
Ako je neko heterozigotno restrikciono mesto vezano za neki gen D u
heterozigotnom stanju, u spregnutoj konformaciji, krosing over izmedju
ova dva mesta dae rekombinantno potomstvo kao D-3 i d-2-1.
RF je mogue izraunati izmedju razliitih marker lokusa
i izmedju marker lokusa i gena sa poznatim fenotipskim efektom.
Primer: Mukarac heterozigot za gen koji nosi neko oboljenje, D/d i za
molekularni marker, M1/M2, ena homozigot za oba.
Pedigre na slici daje genotipove dece u odnosu na gamete koji dolaze od
oca. Dvoje su rekombinanti, RF = 33%
mape vezanosti gena
"LOD skor" izraava vezanost markera i gena
poredi verovatnou da e odredjeni rezultati
rodoslova da se dobiju ukoliko su 2 lokusa vezana i
ukoliko nisu vezana
LOD skor je log
10
odnosa te dve verovatnoe
LOD skor >ili = +3, ukazuje na vezanost
(log
10
1000=3)

Razdaljina medju lokusima se rauna iz RFs koje
daju najvii LOD skor
U humanom genomu, 1 m.u. odgovara 1Mb.
x x
x
x x
x
x
x
x x
5 razliitih haplotipova
4 segregirajua mesta

rekombinacija u mejozi kod 1 roditelja
izmedju 2 mesta daje rekombinantni haplotip
Haplotip je set DNK sekvenci (SNP alela) du regiona hromozoma
koji se nasledjuju zajedno u haploidnom gametu
pregled
Geni na istom hromozomu su vezani i nasleuju se zajedno
Ukrtanja koja ukljuuju vezane gene daju vie zastupljenu
parentalnu i manje zastupljenu rekombinantnu klasu, usled krosing-
overa, tj. mejotike intrahromozomske rekombinacije
Krosing-over je reciprona razmena delova homologih hromozoma
izmeu nesestrinskih hromatida za vreme profaze I mejoze
to su geni udaljeniji na hromozomu, vea je ansa za
rekombinaciju, ali i za viestruke krosing-overe
Mape vezanosti zasnivaju se na odnosu krosing overa i rastojanja
meu genima i mapirajue funkcije se koriste da isprave previd
uestalosti dobijenih rekombinacija
Analiza tetrada je tehnika mapiranja gena kod haploidnih eukariota,
kod kojih produkti pojedinane mejoze ostaju zajedno u askusima
Rastojanje meu genima analizom tetrada odreuje se relativnom
porporcijom tipova tetrada
Krosing over se moe deavati i u mitozi i tada nastaje mozaini
fenotip ili se stvaraju razliiti klonovi elija
Za prepoznavanje rekombinanata i mapiranje gena u humanom
genomu koriste se rodoslovi i molekularni markeri, vezani za lokuse
koji odredjuju neku osobinu, u heteozigotnom stanju.