SCE 3107- PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

1

PRAKTIKAL 6
MENGUKUR DIVERSITI GENETIK

Tujuan : Untuk mengkaji dan mengukur diversiti genetik

Teori :

Genetik merupakan bidang sains yang mengkaji fenomena pewarisan dan
variasi dalam kesemua makhluk hidup, samada manusia mahupun bakteria.
Kromosom adalah satu molekul makro DNA, dan merupakan unit asas DNA dalam
satu sel. Kromosom terdiri daripada kumpulan gen-gen dan ekspresi luar gen (individu
phenotype) boleh mempunyai perbezaan yang besar. Ini kerana gen-gen mempunyai
bentuk alternatif yang dikenali sebagai allele, dan perbezaan yang diperhatikan adalah
disebabkan variasi di mana allele hadir di dalam pembentukan genetik individu. Sel-sel
hidup yang menghasilkan generasi sel-sel anak memindahkan maklumat
genetiknya melalui kromosom dengan bilangan yang sama, kecuali sel gamet.
Bentuk dan saiz kromosom adalah berlainan mengikut organisma tertentu.
Maklumat genetik perlu berinteraksi bersama faktor luaran yang lain seperti
permakanan dan persekitaran untuk menentukan faktor fizikal dan perlakuan
organisma secara keseluruhan.

Gen adalah linear DNA yang merupakan unit berfungsi pada kromosom atau
plasmid. Keseluruhan maklumat bagi struktur dan fungsi sesuatu organisma dikodkan
dalam gennya. Bagi sesetengah maklumat yang dikodkan oleh gen menentukan hanya
SCE 3107- PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

2

satu ciri, tetapi sesetengah lokus (lokasi) bagi gen yang sama boleh membawa
maklumat yang berlainan. Gen yang mempunyai maklumat yang berlainan pada lokus
yang sama dinamakan alel. Gene pool spesies adalah himpunan allele-allele daripada
gen-gen di dalam sesebuah spesies. Alel terbentuk kerana adanya perbezaan kecil
(variasi) pada satu atau sejumlah urutan tertentu. Lokus yang memiliki alel dalam
suatu populasi dikatakan bersifat polimorfik dan, sebaliknya, dikatakan bersifat
monomorfik (satu bentuk) apabila tidak memiliki variasi. Disebabkan gen atau segmen
DNA dapat diekspresikan menjadi suatu fenotipe tertentu, adanya alel dapat
mengakibatkan perbezaan penampilan di antara individu-individu dalam suatu populasi.

Variasi merupakan perbezaan di kalangan organisma yang sama spesies dari
segi fenotip dan genotip. Fenotip merupakan suatu ciri fizikal yang boleh dilihat seperti
rupa, warna kulit dan lain-lain. Fenotip dipengaruhi oleh genotip dan
persekitaran.Genotip merupakan kandungan genetik di dalam sesuatu organisma.
Genotip tidak dapat dilihat dengan mata kasar, dan bergantung kepada pewarisan
gen daripada induk-induk organisma.







SCE 3107- PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

3

TUGASAN

Anda bertugas untuk sebuah agensi pemuliharaan dan
berdepan dengan satu krisis : sebuah kawasan dengan
enam jenis tanah lembap yang berbeza, yang diketahui
hanya tanah bagi dua jenis orkid liar yang sedang
dibangunkan menjadi kawasan perindustrian.
Organisasi anda hanya mampu membeli dan menjaga
empat tanah sahaja. Mana satukah antara keenam-
enam tanah yang harus dijaga? Dua daripadanya ialah
tanah lembap, tiga lagi adalah paya bersama dengan populasi Pterostylis
isozymus. Tiga jenis paya yang lain merupakan satu-satunya populasi yang
paling berkait rapat tetapi spesis yang jauh Pterostylis polyzymous tinggal. Anda
menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik, dan menerima
data seperti di bawah, iaitu di dalam bentuk gel protein elektroforesis untuk satu
lokus allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua spesis. Lokus tersebut
mempunyai dua allel, Cepat dan Perlahan kerana mereka bergerak pada kadar
yang berbeza merentasi gel tersebut, di mana allele yang cepat berada di bawah
allele yang perlahan


Langkah 1

Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara populasi, frekuensi allele
perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk.
Identiti bagi setiap allele di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern
yang ada di dalam gel. Sebagai contoh, individu pertama di baris pertama di dalam gel
pertama adalah heterozygous, di mana dua allele tersebut adalah berbeza dan diwakili
oleh simbol (+) bagi kedua-dua cepat dan perlahan. Sebaliknya, individu di baris kedua
ialah homozygous, yang mempunyai satu band mewakili dua allele perlahan.

SCE 3107- PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

4

Tentukan frekuensi allele di dalam setiap populasi bagi allele cepat (p) dan allele
perlahan (q) dengan mengira bilangan allele bagi individu di dalam setiap
populasi (homozygote mempunyai dua allele yang sama, oleh itu anda perlu
mengira + dua kali ganda, dan jumlah bagi allele bagi 15 individu tersebut ialah 2
x 15 = 30. Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah allele yang hadir dai dalam
populasi tersebut (sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu).



Pterostylis isozymus, Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Jum
Slow




23
Fast






7

Pterostylis isozymus, Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Jum
Slow








12
Fast



18

Pterostylis isozymus, Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Jum
Slow





4
Fast


26

Pterostylis polyzymus, Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Jum
Slow








12
Fast



18

Pterostylis polyzymus, Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)
SCE 3107- PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

5

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Jum
Slow








14
Fast






16

Pterostylis polyzymus, Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Jum
Slow






8
Fast



22


Langkah 2
Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. Biasanya Wrights
Fixation Index or F
st
digunakan, dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara
populasi tersebut, meningkat, menandakan kenaikan perbezaan. Untuk menentukan
F
st
, heterozygousity perlu dikira bagi setiap spesis (H
s
), dengan menggandakan 2pq
bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk
setiap spesis.


Frekuensi allele bagi Pterostylis isozymus,

Allele cepat,
p
Allele perlahan,
q
2 x p x q
Populasi 1 7/30 = 0.23 23/30 = 0.77
2 (0.23) (0.77)
= 0.35
Populasi 2
18/30 0.60 12/30 0.40
2 (0.6) (0.4) 01
= 0.48
Populasi 3
26/30 0.87 4/30 0.13
2 (0.87) (0.13)
= 0.23

Purata

SCE 3107- PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

6

(Hs) 0.35









Frekuensi allele bagi Pterostylis polyzymus,

Allele cepat,
p
Allele perlahan,
q
2 x p x q
Populasi 1 18/30 0.60 12/30 0.40
2 (0.60) (0.40)
= 0.48
Populasi 2
16/30 0.53 14/30 0.47
2 (0.53) (0.47) 01
= 0.50
Populasi 3
22/30 0.73 8/30 0.27
2 (0.73) (0.27)
= 0.23

Purata

(Hs) 0.46








SCE 3107- PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

7











Langkah 3
Kira heterozygosity jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan, (H
t
).
Lakukan kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi
bagi setiap spesis, digandakan dengan 2 x purata p x purata q. Jangkaan
frekuensi heterozygote di dalam populasi ini dikatakan mempunyai kawasan
pembiakan yang besar dengan tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi
biasa.

Jangkaan heterozygosity (H
t
) bagi Pterostylis isozymus

Allele cepat,
p
Allele perlahan,
q
Populasi 1 7/30 0.23 23/30 0.77
Populasi 2
18/30 0.60 12/30 0.40
Populasi 3
26/30 0.87 4/30 0.13
Purata
frekuensi
allele
1.70/3 = 0.57 1.30/3 = 0.43

(H
t
) = 2pq
= 2 x 0.57 x 0.43
= 0.49
SCE 3107- PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

8











Jangkaan heterozygosity (H
t
) bagi Pterostylis polyzymus

Allele cepat,
p
Allele perlahan,
q
Populasi 1 18/30 0.60 23/30 0.40
Populasi 2
16/30 0.53 14/30 0.47
Populasi 3
22/30 0.73 8/30 0.27
Purata
frekuensi
allele
1.86/3 = 0.62 1.14/3 = 0.38

(H
t
) = 2pq
= 2 x 0.62 x 0.38
= 0.47


Langkah 4
Anda perlu mengira jumlah local, dengan variasi populasi. Frekuensi sisihan bagi
heterozygotes di dalam populasi yang berasingan, (H
s
) perlu dicari jika mereka
adalah dari populasi besar yang sama, (H
t
), sertakan indeks jumlah variasi
genetik yang ditemui di dalam satu populasi local. Oleh itu, F
st
= (H
t
- H
s
) / H
t
, di
mana nilai F
st
< 0.1 menunjukkan nilai divergen yang besar di dalam populasi
SCE 3107- PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

9

(iaitu populasi yang berbeza dari segi genetik antara satu sama lain). Nilai
antaranya menunjukkan beberapa divergen genetik.

RUMUSAN

Pterostylis isozymus

F
st
= (H
t
- H
s
) / H
t

= 0.49 0.35 / 0.49
= 0.29

F
st
> 0.1 , menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis
isozymus.


Pterostylis polyzymus

F
st
= (H
t
- H
s
) / H
t

= 0.47 - 0.46 / 0.47
= 0.02

F
st
<0.1 , menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis
polyzymus.

Populasi Pterostylis isozymous adalah lebih divergen daripada populasi
Pterostylis polyzymous. Oleh itu, populasi Pterostylis polyzymous, adalah sama
secara genetik antara satu sama lain.



PERBINCANGAN

SCE 3107- PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

10

1. Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama
lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi
daripada yang lain? Yang mana satu?

Populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain.
Berdasarkan data yang telah dikumpul, terdapat spesies yang mempunyai
diversiti antara populasi yang lebih daripada yang lain. Untuk memiliki
diversiti genetik yang tinggi di dalam sesebuah variasi populasi, F
st
yang
dikumpul mestilah melebihi 0.1 di mana ia menunjukkan divergen yang besar
antara populasi.

2. Bagaimanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan
tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam
konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang
menggambarkan kedua-dua spesies.

Saya akan memilih genetik yang menunjukkan diversiti genetik yang tinggi
antara populasi. Dana tersebut akan digunakan untuk memulihara tanah
lembap yang mempunyai diversiti genetik yang tinggi untuk medapatkan
populasi yang lebih baik.

3. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan
anda?

Selain daripada faktor genetik, saya akan melihat kepada spesies yang
terancam dan yang terdedah kepada masalah sukar untuk hidup di dalam
habitat sedia ada. Apabila spesies tersebut makin kurang di dalam
persekitaran, ia perlu dipelihara bagi mengelak berlakunya kepupusan
terhadap spesis tersebut daripada ekosistem yang akan memberi impak
besar jika kehilangannya. Selain itu, saya juga akan mengambil kira kualiti
SCE 3107- PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

11

persekitaran pembiakan, saiz populasi dan sumbangannya terhadap
ekosistem.

4. Diberi bahawa kedua-dua allele pada lokus yang dikaji ditemui bagi
setiap spesies. Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud
bagi setiap spesis yang dilindungi?

Biasanya, bagi setiap satu populasi spesis, mereka akan dilindungi apabila
diversiti genetik di dalam populasi itu berbeza antara satu sama lain, dan
mungkin terdapat variasi antaranya. Populasi dengan variasi genetik yang
tinggi menunjukkan bahawa semakin tinggi peluang populasi tersebut untuk
hidup.

5. Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk Trouble in
Paradise, bagaimanakah saintis memaksimakan diversiti genetik bagi
pengenalan semula populasi? Mengapakah mereka tidak memilih hanya
sejenis haiwan dari pulau tersebut?

Berdasarkan pembacaan yang telah dibuat, saintis memaksimakan diversity
genetik bagi re-introduce population, dengan memilih haiwan daripada pulau
yang berbeza. Ini adalah kerana haiwan daripada spesis yang sama tetapi
berbeza persekitaran (pulau) mempunyai peluang terbentuknya populasi
yang pelbagai. Haiwan daripada satu pulau sahaja akan mempunyai profil
identiti yang sama dan kajian menunjukkan populasi di pulau itu akan
mengalami kekurangan variasi genetik. Apabila hanya satu haiwan sahaja
dipilih, ia berkemungkinan akan terkena penyakit dan seterusnya akan mati.