BiyoTeknoloji Elektronik Dergisi

Cilt: 1, No: 1, 2010 (27-34)

Electronic Journal of BioTechnology
Vol: 1, No: 1, 2010 (27-34)

TEKNOLOJK
ARATIRMALAR

www.teknolojikarastirmalar.com

Bu makaleye atf yapmak iin
Verim .
1
, Tagetiren S.
1
, ksz M., Bilgisayar Destekli Organ Mhendislii Temel Yaklamlar BiyoTeknoloji Elektronik Dergisi 2010 (1) 27-34

How to cite this article
Verim .
1
, Tagetiren S.
1
, ksz M., Basic Approaches to Computer Aided Organ Engineering Electronic Journal of BioTechnology, 2010 (1) 27-34


Ksa Makale
(Short Communication)

Bilgisayar Destekli Organ Mhendislii Temel Yaklamlar

zgr VERM
1
, Sleyman TAGETREN
1
, Mustafa KSZ
2

1
Afyon Kocatepe niversitesi Makine Eitim Blm Afyonkarahisar
2
Celal Bayar niversitesi Plastik ve Rekonstrktif Cerrahi Anabilim Dal Manisa
ozgurverim@hotmail.com
1
, drmustafaoksuz@hotmail.com
2





zet
Bu almada bilgisayar destekli organ mhendisliine rnek olarak Tibia kemik dokusunun bir takm
programlar araclyla 3D modelinin oluturulmas ve farkl vcut kitle indeksine (VK) sahip erkek insanlarn
ayakta duru pozisyonundaki Tibia kemiinin dayanm llmtr. Tibia kemiine ait veriler Bilgisayarl
Tomografi cihazndan alnmtr. Bu veriler Biyomekanik programlar aracl ile nokta bulutu haline aktarlm
ve ardndan CAD programlar ile 3D model formuna getirilmitir. Sonrasnda 3D model yardmyla ANSYS
programnda dayanm analizleri gerekletirilmitir. Bu yaplan ilemler canl dokusunun 3D modelinin
karlmasnda bir yaklam yntemi olarak grlmektedir.

Anahtar Kelimeler: Organ Mhendislii, Biyomodel, Biyomekanik

Basic Approaches To Computer Aided Organ Engineering

Abstract
In this study a 3D model of tibia bone tissue is created using a set of computer programs and Tibia bone strength
of male human with different body mass index (BMI) in erect position is measured. The data regard with Tibia
bone is obtained from computerized tomography device and converted to point cloud by Biomechanical
software. Then with the aid of CAD programs it is changed into 3D model which is used to perform strength
analyses in ANSYS program. All these processes are the methods of approach for creating a 3D model of living
tissue.

Keywords: Organ Engineering, Biomodel, Biomechanics


1- GR

Bilgisayar teknolojilerinin gelimesiyle birlikte Bilgisayar Destekli izim (CAD), Bilgisayar Destekli retim
(CAM), Bilgisayar Destekli Mhendislik (CAE), Tersine Mhendislik (RE) gibi modelleme ve retim
yntemlerinin kullanm yaygnlamaktadr [1-10]. Bu alanlardan biri de tbbi grntleme sistemlerinden alnan
verilerin analiz programlarna aktarm amacyla kullanlmasdr [11-13]. Bu modeller, kemik blgesinin
morfolojisini ve incelenen organn kemik dokusunun mekanik zelliklerinin dalmn dikkate almaktadr. Son
eyrek yzylda sonlu elemanlar metoduyla (FEM) mhendislik mekaniindeki yaplarn analizlerinde kkl bir
deiim meydana getirmelerinden sonra, iskelet paralarnn mekanik davranlarnn analizleri iin kullanlan bu
yeni metot ortopedi literatrn de yer almaya balamtr [14]. Bu alanda istenilen hedeflere birden fazla metot
cevap vermektedir.

Teknolojik Aratrmalar: BTED 2010 (1) 27-34 Bilgisayar Destekli Organ Mhendislii Temel Yaklamlar

28

Martin Groesel ve arkadalar Bilgisayarl Tomografi (BT) ktlarn 3D biomodellere dntrmek iin alternatif
bir metot sunmulardr. Bir at omurgasna ait tomografiden elde ettikleri ktlar, 2D CAD programlaryla uyumlu
olarak allabilmesi iin ncelikle .TIF formatna evirmiler, ardndan kemikli yapy spline arac kullanlarak
manel olarak iaretlemi ve sonraki ilem olan, her bir kemiin sanal biomodelinin 3D CAD programlaryla
yaplmas amacyla .IGS formatna evirerek kaydetmilerdir. Bylece BT ktlarnn farkl tabakalar doru
uzaklkta konumlandrm ve sonrasnda tm spline erilerini kapsayacak kapal bir yzey oluturmulardr. Son
olarak yzeyi materyal ile kaplayarak kat blm olumasn salanmlardr[15].

Alexander Bohne [16], BT cihazndan alnan Pelvis kemiine ait kesitsel grntleri Vworks4.001 program
araclyla 3D modele VRML(.wrl) formatnda aktarmtr. Sonrasnda 3D modeli, Amapi 3D.6 (ATGS
Company) program yardmyla STL (Standard Triangulation Software) ve IGES (Initial Graphic Exchange
Standard) formatlarna evirmitir. Ardndan Catia ve Geomagic Studio 8 programlaryla model zerindeki bozuk
yzeyleri ve noktalar dzelterek analize hazr hale getirmitir.

Bu almada, BT cihazlarndan alnan insan Tibia kemiine ait farkl kesit ve admlardaki verilerle elde edilen
modellerin fark incelenmi ve bu ilem sonucunda 3D veriler ANSYS ortamna aktarlarak farkl vcut kitle
indeksine sahip insanlarn Tibia kemiklerinin mekanik dayanm gzlenmitir.

2- MALZEME VE METOD

Mimics yazlm araclyla biomodellerin oluturulmasnda, kemik model oluumu iin CT verilerinden, yumuak
dokularn oluturulmas iin ise MRI verilerinden faydalanlr. Programda model oluturulmas iin belirli
admlarn izlenmesi gerekir. Bu admlar ekil 1de gsterilmektedir.

Tpta 3D model oluturma ve analiz ilemleri almalar, bilgisayar yazlmlar ve tptaki yeni gelimelere bal
olarak art gstermektedir. Bu almada ilgilenilen alan Tibia kemiinin btndr.

ekil 1. CT verilerinden 3D model verilerine kadar geen aamalar

CT cihazndan alnan DICOM formatndaki kemik verilerinin 3D modelinin oluturulmas iin, nce program
ierisindeki Bone (CT) ve HU (Hounsfield) deerinden faydalanmak suretiyle bacak iindeki kemiin snr
izgileri belirlenir. HU deeri program ierisinde tanml bir deer olup, en dk 226, en byk ise 3071dir [15].
Programn bu deerinin yerine kendi belirlediimiz farkl deerler de atayabiliriz. HU deeri aslnda CT
cihazndaki her bir 3D hcredeki x n zayflatma (attenuasyon) deeri olarak tanmlanr [17]. Programdaki HU
deerleri ekil 2de verilmektedir.

HU deeri ile snr izgileri belirlenen grntye program kendi tanml maskn atar. Farkl malzemeleri
tanmlamak istersek kendi belirlediimiz renkte masklar atayabiliriz. Mask ilemi dhilinde grntlerden
Verim ., Tagetiren S., ksz M. Teknolojik Aratrmalar: BTED 2010 (1) 27-34

29

kaynaklanan snr izgileri hatalar dzenlenerek maskeleme ilemine son verilir. Bu ilemden sonra belirlenen
masklarn 3D modelleri oluturulmaktadr. 3D model grntleri direk farkl formatlara dntrlebildikleri gibi
Remeshing ileminden sonrada istenilen formatlarda da kaydedilebilir.


ekil 2. Mimics programndaki HU deerleri[18]

ekil 2de grld gibi sngerimsi kemik (Trabecular bone) ve sert kemik (Cortical bone) yaplarnn HU
deerleri +200 ile +2000 arasndadr. Renk dalmlarna bakldnda, havann siyah olduu ve sert kemie
gidildike nce gri, sonrasnda ise beyaza dnt grlmektedir. Buradan, havann, yan ve suyun HU
deerleri dk olduu iin siyah rengi aldn grebiliriz. Sngerimsi ve sert kemik yaplarnn HU deerleri
byk olduu iin beyaza yakn renkler almaktadrlar.

Bu makaledeki alma iin kullanlacak malzeme olarak kendime ait Tibia kemiinin, belirli admlarla grntleri
alnp hassas 3D modeli oluturulmaya allmtr. CT cihazndan alnan verilerin says ve adm deerleri tablo
1de verilmektedir.

Tablo 1. CT cihazndan alnan verilerin deerleri
Adm (Pitch) Dicom veri says
Model A 1 mm 403
Model B 2 mm 203
Model C 3 mm 136

Tablo 1de gsterilen veriler, SIEMENS-Sensation 40 marka retimi, 120KV ve 65mAs deerlerine sahip
Afyonkarahisar Devlet Hastanesine ait CT cihazndan alnmtr. Resim znrlk deeri 512*512 pixel, pixel
boyutu ise 0.488mmdir.

Bu almada, Mimics programnda dzenlenerek elde edilen 3D modeller, Remeshing modlnde gen kaliteleri
artrlp Solidworks 2009 programna aktarlacaktr. Buradan elde edilen model ANSYS programna aktarlarak
istenilen analizler uygulanacaktr.

3- BOMEKANK MODELN OLUTURULMASI

CT cihazndan alnan veriler ile Tibia kemiinin Trabekler ve Kortikal ksmlar Mimics programnda ayr ayr
modellenmi, Remesh modlnde genleri kaliteli hale getirildikten sonra Solidworks 2009 program ile NURBS
(Non-Uniform Rational Basis Splines) yzeyler oluturulmutur. ekil 3te gsterilen CT cihazndan alnan veriler
Mimics program ile 3D modele, ardndan Solidworks program ile Nurbs yzeylere ve ANSYS program ile analiz
ilemlerine hazr hale getirilmitir.
Teknolojik Aratrmalar: BTED 2010 (1) 27-34 Bilgisayar Destekli Organ Mhendislii Temel Yaklamlar

30


ekil 3. Tibia kemiini analize hazrlama aamalar

CTde oluturulmu resim kaytlar taranm insan blgelerinin 2D kesitlerini gstermektedir. st ste bindirilerek
oluturulan kesit resimler uygun yazlmlar vastasyla 3D model haline getirilirler. ekil 4te gsterilen resimde bu
ilem Mimics programnda ksaca zetlenmitir.


ekil 4. Sol st: Coronal plane, sol alt: Sagittal plane, sa st: Transverse plane, sa alt: 3D Sanal model

Elde edilen 2D resimler zerinde kemik dokusunun ayrmn salamak iin Thresholding ilemi uygulanmtr. Bu
ilemde resimlerdeki kemiklerin HU deerleri seilerek dier dokulardan ayrmas salanr. ekil 5te gsterilen
farkl HU deerlerinin modellemedeki deiimleri verilmitir. Bu deiimler sonucunda kemik iin en uygun HU
deerinin 226 olduu anlalmtr.

HU deerlerinin artmlar sonucunda kemik dokusunun deiimi krmz okla gsterilmektedir. HU deerlerinin
ykseltilmesi ile kemik dokusunun ortaya kt ve daha fazla ykseltme ilemi ile model zerinde yumuak
dokulara doru gidildii belirlenmitir.

Belirlenen HU deerleri ile analiz ncesinde oluturulan kemik modele Mimics programnn Remesh modl ile
birtakm ilemler yaplr. Bu ilemleri 3 ana balkta toplanr[18].

1- Modelin gen deerlerinin azaltlmas
2- Modelin gen kalitesinin gelitirilmesi
3- Ekstra kabuklarn kaldrlmas

Verim ., Tagetiren S., ksz M. Teknolojik Aratrmalar: BTED 2010 (1) 27-34

31


ekil 5. Farkl Thresholding (HU) deerleri sonucundaki model deiimi

Bu admlar yardmyla ekil 6da kalite histogram ile belirtilen renklendirilmi kaliteli genlerin says artrlr.
ekildeki yeil izgiler dzgn gen saylarn, sar izgiler, krmz ve yeil arasndaki gen saylarn, krmz
izgiler ise dzeltilmesi gereken gen saylarn gstermektedir.


ekil 6. Remesh modlndeki modelin kalite histogram

Kalite iyiletirmesi yaplan gen modeller istenilen CAD veya FEA yazlmlarnn destekledii formatlara
dntrlr. CAD programlarnda gen yzeyler yzeylere dntrlerek analiz ncesi kaliteli modeller
oluturulur.

4- RNEK UYGULAMA

Remesh moddlnde kalitesi artrlm genlerden oluan Tibia kemii Mimics programndan nokta bulutu
(point cloud, .txt) olarak SolidWorks programna aktarlr. ekil 7de nokta bulutu olarak alnan verilerin
SolidWorks programnda ilendikten sonraki durumu ve ANSYS programndaki durumu gsterilmektedir.

CT cihazndan alnan Model A, B, C verileri Mimics, Remesh ve SolidWorks programlarndan sonra ANSYS
programna alnarak analiz ncesinde sonlu elemanlar asndan a yaps oluturma ilemine tabi tutulur. Srasyla
elde edilen modellemelere ait gen ve nokta saylar tablo 2de verilmitir.

Teknolojik Aratrmalar: BTED 2010 (1) 27-34 Bilgisayar Destekli Organ Mhendislii Temel Yaklamlar

32


ekil 7. Tersine mhendislik kullanarak 3D modelin oluturulmas

Tablo 2. Programlardaki modele ait nokta ve gen deerleri
Para Mimics Remesh SolidWorks
gen Nokta gen Nokta gen Nokta
Model A 75352 37688 49686 24846 43648 21860
Model B 92430 46229 49121 24536 43756 21950
Model C 121050 60531 48768 24385 43944 22048

Tablodan da grld gibi Mimics programnda elde edilen deerler ANSYS programna gidildike d
gstermektedir. ANSYS programnda isteimize bal gen boyutlar verdiimiz iin ANSYS blmndeki
deerler deitirilebilir. Ayrca CT cihazndan elde edilen resim oranlarna gre modeldeki nokta ve gen saylar
artmaktadr. rnein Model Adaki resim says 136, Model Bdeki resim says ise 203dr. Buna bal olarak
modellerdeki nokta ve gen saylar da artmtr. Sonu olarak CT cihaznda adm says ne kadar derse o kadar
kaliteli model elde edilir.

CAD programna alnan Tibia kemii ksmdan (Trabekler, Kortikal ve lik) olumaktadr. Bu ksmlarn
iyaplarna bal olarak mekanik zellikleri farkllk gstermektedir. Tablo 3te Tibia kemiin ait E, ve G
deerleri dorultulara bal olarak verilmitir[19-22].

Tablo 3. Tibia kemiinin ve mekanik zellikleri (MPa)




Trabekler kemik 4.48 4.48 9.64 0.35 0.12 012 1.41 1.28 1.28
Kortikal kemik 6.91 8.51 18.4 0.49 0.12 0.14 2.41 3.56 4.91

Kortikal ve Trabekler kemik katmanlarnn kalnlklar boyunca deiimleri az olduu iin homojen olarak kabul
edilmitir. Kemik ilii, ya ve sv ierdii iin mekanik zellikleri yok saylmaktadr.

Yukardaki Tibia kemiine ait mekanik zellikler ile oluturulan ANSYS modelinin analizi insann be farkl vcut
kitle indeksi altnda yaplmtr. ekil 8de analiz deerlerinin sonularna ait bilgiler yer almaktadr. Vcut kitle
indeksi, insann kilosunun boyunun karesine blm ile elde edilir. Analizde kullanlacak 1.74 m boyuna sahip
insana ait vcut kitle indeksi deerleri 18(zayf), 21(normal kilolu), 27(fazla kilolu), 35(obez) ve 41(ileri derecede
obez) alnmtr.
Verim ., Tagetiren S., ksz M. Teknolojik Aratrmalar: BTED 2010 (1) 27-34

33



ekil 8. a- VK 18e (zayf) ait Von-Mises (Edeer) gerilme deerleri (Pa), b- Maksimum gerilmenin olutuu
blge, c- Gerilmelerin olutuu blge

Cismin snr artlar insann ayakta dik konumdaki pozisyonu dikkate alnarak uygulanmtr. Tibia kemiinin st
ksmna uygulanan kuvvet homojen olarak dalmamtr. Uygulanan kuvvetin %60 st eklem yzeyindeki
medial ksma, %40 ise lateral ksma gelmektedir[22]. Analiz sonucunda maksimum gerilmenin alt eklem yerinde
olutuu grlmektedir. Maksimum edeer gerilmeler vcut kitle indeksinin artmasyla paralel olarak
artmaktadr. VK=18 iin maksimum gerilme 34,4 MPa, 21 iin 41 MPa, 27 iin 53 MPa, 35 iin 69 MPa, 41 iin
81 MPa olarak elde edilmektedir. Maksimum gerilmenin alt eklem blgesinde olumas, kilonun artmasyla bu
blgede daha fazla sorunlarn ortaya kacann gstergesi olacaktr.

5- SONU

Bu almada, tbbi amalar iin CT ve MRI gibi medikal grntleme cihazlarndan alnan verilerin
kullanlmasyla hastalarn kemik veya dokular modellenmi ve zerinde belirli snr artlar altnda statik analiz
ilemleri uygulanmtr. Bununla birlikte nceden krlm veya zarar grm kemik veya dokunun, muayene
sresince hangi konumda olduu belirlenebilir ve ona gre tedavi uygulanabilir. Bu yntemin salkl kullanlmas
iin eksikliklerinin giderilmesi ve belirli bir sistematie oturtulmas gerekir.

6- KAYNAKLAR

1. Zheng Wang, Haiyun Li, A novel 3D finite element modeling based on medical image for intervertebral disc
biomechanical analysis, Proceedings of the 2005 IEEE Engineering in Medicine and Biology 27th Annual
Conference Shanghai, China, September 1-4, 2005

2. S. Scheuermann, Biomechanische Auswirkungen verschiedener orthodontischer Miniimplantate auf den
periimplantren Knochen- eine FEM Analyse, Mit Genehmigung der Medizinischen Fakultt der Universitt
Mnchen, 2009

3. Th. Hier, G. Wollny, F.P. Schulze, E. Scholz, J.G. Schmidt, G. Berti, J. Hendricks1 and A. Hemprich, CAD-
CAM Implants in Esthetic and Reconstructive Craniofacial Surgery, Journal of Computing and Information
Technology - CIT 14, 2006, 1, 6570
4. Wei-Chun Chang, M J Linden, S Robbins, C Mayott and P Engler, Computer Aided Stress Analysis Of The
Femur With Prosthetic Hip Stem Utilizing Computed Tomography

Teknolojik Aratrmalar: BTED 2010 (1) 27-34 Bilgisayar Destekli Organ Mhendislii Temel Yaklamlar

34

5. Fulvia Taddei, Saulo Martelli, Barbara Reggiani, Luca Cristofolini, and Marco Viceconti, Finite-Element
Modeling of Bones From CT Data: Sensitivity to Geometry and Material Uncertainties, EEE Transactons on
Biomedical Engineering, Vol. 53, No. 11, November 2006

6. A. Sauer, F. Beneke, D. Bergers, G. Witt, Modelle und Prototypen fr die Medizin, RTejournal Ausgabe 2,
2(2005)

7. P. J. Antunes, G. R. Dias, A.T. Coelho, F. Rebelo and T. Pereira, Non-Linear Finite Element Modelling of
Anatomically Detailed 3D Foot Model

8. A. zkurt, K. zmehmet, Boyutlu Medikal Veriden Sabit Deerli E Yzey retim,

9. Zhang Quan, Yao Yuan, Hu Qingxi, Developing and optimizing a finite element model of human skeleton
based on Mimics, Mimics Paper 2007

10. W. Sun, B.Starly, J.Nam, A.Darling, Bio-CAD modeling and its applications in computer-aided tissue
engineering Computer-Aided Design 37 (2005) 1097-1114

11. J. Lang, B. Erdmann, C. Kober, P. Deuflhard, H. F. Zeilhofer, R. Sader, Effiziente und zuverlassige Finite-
Elemente-Methoden zur Simulation des menschlichen Unterkiefers, Berichte des IZWR, Band 1, 2003: 4957.
FSU Jena.

12. A. K. Heine, Individuelle dreidimensionale Simulation von Weichteilvernderungen im Gesichtsbereich eine
Finite-Elemente-Studie, Dissertation zum Erwerb des Doktorgrades der Zahnheilkunde an der Medizinischen
Fakultt der Ludwig-Maximilians-Universitt zu Mnchen 2005.

13. P., S. Gtzburg, K. Entacher, A. Petutschnigg, M. Eichriedler, R. Forstner und H. Resch, Entwicklung von
3D-FE Modellen zur Simulation und Optimierung von Implantaten, Biomaterialien, 7(4), 2006

14. R. Huiskes, E., Y., S. Chao, A Survey of Finite Element Analysis in Orthopedic Biomechanics: The First
Decade. J. Biomechanics 16(6), 385409 (1983)

15. M. Groesel, M. Gfoehler, C. Peham, Alternative solution of virtual biomodeling based on CT-scans, Journal of
Biomechanics (2009)

16. A. Bohne, R. Scholz, berfhrung eines CT-Datensatzen eines menschlichen Beckenknochens in ein Finite
Elemente Modell, Universitataklinikum Leipzig.

17. B. Adapnar, R. zkan, T. Kaya, Temel Radyoloji Teknii, Nobel Tp Kitaplar.

18. Mimics User manual, Materialise;2004

19. J., N. Mankovich, D., R. Robertson, A., M. Cheeseman, Three-Dimensional Image Display in Medicine,
Journal of Digital Imaging, Vol 3, No 2 (May), 1990

20. I. Ionescu, T. Conway, A. Schinning, M. Almutairi, D., W. Nicholson, Solid Modeling and static Finite
Element Analysis of Human Tibia, Summer Bioengineering Conference,
Sonesta Beach Resort in Key Biscayne, Florida, 2003.
21. C. Radu, 3D Modelling and Static Finite Element Analysis of Human Tibia, Advanced Engineering, 2(2008)1,
ISSN 1846-5900.

22. G., N. Dudaa, F. Mandruzzatoa, M. Heller, J. Goldhahn, R. Moserd, M. Hehlic, L. Claesb, N., P. Haasa,
Mechanical boundary conditions of fracture healing: borderline indications in the treatment of unreamed tibial
nailing, Journal of Biomechanics 34 (2001) 639650