Struktura DNK i RNK

Dezoksiribonukleinska kiselina (DNK) i ribonukleinska kiselina

(RNK) su polimeri izgraeni od monomernih jedinica
nukleotida.

Molekuli DNK se sastoje od dva polinukleotidna lanca koji su

spiralno uvijeni i formiraju dvolananu zavojnicu ili dupli heliks.

Molekuli RNK se sastoje od jednog polinukleotidnog lanca.

Graa nukleozida i nukleoida

ostatak fosforne kiseline

nukleotid
azotna baza

eer pentoza

nukleozid

Azotne baze

Pentoze

Fosfatna grupa

H3PO4 - fosforna kiselina je jaka kiselina

Kiselinski ostatak fosforne kiseline se naziva fosfatni jon
Jonizuje do dihidrogenfosfatnog jona i protona (H2PO4- i H+), a
zatim dalje do monohidrogenfosfatnog jona (HPO42-)i fosfatnog
jona (PO43-)
Iako se sve ove hemijske forme se nalaze u ravnotei u vodi,
konvencijom se fosfatni jon u biologiji predstavlja kao HPO42- ili
skraeno Pi (neorganski fosfat)
U biolokim molekulima fosfor se najee javlja u formi kisele
fosfatne grupe -PO42-

Sastav DNK nukleotida:

dezoksiriboza
azotna baza (A, G, C ili T)
ostatak fosforne kiselina

Sastav RNK nukleotida:

riboza
azotna baza (A, G, C ili U)
ostatak fosforne kiselina

Hemijske veze u nukleotidu

ostatak fosforne kiseline

azotna baza

eer pentoza

(Tad)

Nazivi nukleozida i nukleotida

Nukleotide moemo smatrati, s jedne strane kao estre nukleozida

(fosfate), a sa druge strane kao kiseline zbog prisustva ostataka
fosforne kiseline pa im u skladu sa tim dajemo i nazive.

Dezoksiribonukleotidi

NUKLEOTID:

dezoksiadenozin-5'-monofosfat
dezoksiadenozinmonofosfat
5'-dezoksiadenilna kiselina
dezoksiadenilat

SKRAENICE: A, dA, dAMP

NUKLEOZID:

dezoksiadenozin

dezoksiguanozin-5'-monofosfat
dezoksiguanozinmonofosfat
5'-dezoksiguanilna kiselina
dezoksiguanilat
G, dG, dGMP
dezoksiguanozin

Dezoksiribonukleotidi

NUKLEOTID:

(dezoksi)timidin-5'-monofosfat
(dezoksi)timidinmonofosfat
5'-(dezoksi)timidilna kiselina
(dezoksi)timidilat

dezoksicitidin-5'-monofosfat
dezoksicitidinmonofosfat
5'-dezoksicitidilna kiselina
dezoksicitidilat

SKRAENICE:

T, dT, dTMP

C, dC, dCMP

NUKLEOZID:

(dezoksi)timidin

dezoksicitidin

Ribonukleotidi

NUKLEOTID:

adenozin-5'-monofosfat
adenozinmonofosfat
5'-adenilna kiselina
adenilat

guanozin-5'-monofosfat
guanozinmonofosfat
5'-guanilna kiselina
guanilat

SKRAENICE:

A, AMP

G, GMP

NUKLEOZID:

adenozin

guanozin

Ribonukleotidi

NUKLEOTID:

uridin-5'-monofosfat
uridinmonofosfat
5'-uridilna kiselina
uridilat

citidin-5'-monofosfat
citidinmonofosfat
5'-citidilna kiselina
citidilat

SKRAENICE:

U, UMP

C, CMP

NUKLEOZID:

uridin

citidin

Nukleozid-difosfati i nukleozid-trifosfati
ne ulaze u sastav nukleinskih kiselina

adenozin-5-trifosfat (ATP)

Povezivanje nukleotida u polinukleotidni niz

fosfodiestarske veze izmeu

C3 atom pentoze jednog
nukleotida i C5 atoma pentoze
narednog nukleotida u lancu

Redosled nukleotida primarna struktura DNK i RNK

Poetak polinukleotidnog niza je 5 kraj

Sekundarna struktura DNK

dvolanana zavojnica
ili dupli heliks

Vodonine veze izmeu komplementarnih baza

guanin

citozin

timin

adenin

B DNK (Watson-Crick-ov model)

B DNK
DNK najee zauzima ovu konformaciju
desnogira zavojnica, jedan okret je 3,4 nm (34 ) i sadri 10 bp (10,5)
rastojanje izmeu dva bazna para je oko 0,34 nm (3,4 )
antiparalelni lanci
prenik 2nm (20 )
razlikujemo veliki i mali ljeb u kojima se nalaze atomi bonih grupa azotnih
baza
okosnicu molekula ine eeri i fosfati
baze nalaze u unutranjosti, ravni baza su skoro normalne u odnosu na osu
molekula, komplementarne baze se povezuju vodoninim vezama

 stabilnost zavojnice
1. vodonine veze izmeu komplementarnih baza
2. hidrofobne interakcije
negativno naelektrisane fosfatne grupe nasuprot nepolarnim bazama
3. Stacking interactions ili base stacking
nastaju usled interakcije elektrona baza koje su naslagane jedna na drugu u
nepolarnoj unutranjosti heliksa
4. Jonske interakcije
soli stabilizuju heliks jer maskiraju negativno naelektrisanje fosfatnih grupa
5. Rigidne difosfatne veze u okosnici DNK lanca

Veliki ljeb je bogat hemijskom informacijom

na osnovu koje se razlikuju baze
v ivice baza nalaze se u velikom i malom ljebu kreirajui odreen patern
donora ili akceptora vodonine veze kao i patern Van der Valsove povrine koja
identifikuje svaki bazni par
A - akceptor vodonine veze
D - donor vodonine veze
M - hidrofobna povrina
H - nepolaran vodonik
v to je kao kod po kom se razlikuju A-T, T-A, C-G i G-C bazni parovi
v na osnovu ove hemijske informacije proteini prepoznaju DNK sekvencu
v mali ljeb je siromaan u hemijskoj informaciji (ne moe se razlikovati A-T od
T-A kao i G-C od C-G)

Primer: A-T bp prikazuje sledee hemijske grupe, sledeim

redosledom u velikom ljebu
A - akceptor vodonine veze N7 adenina
D - donor vodonine veze amino grupa vezana za C6 adenina
A - akceptor vodonine veze karbonilna grupa vezana za C4 timina
M - hidrofobna povrina metil grupa vezana za C5 timina

Veliki ljeb
A:T

T:A

Mali ljeb

Veliki ljeb

C:G

G:C

Mali ljeb

Veliki ljeb

A:T

T:A

Mali ljeb

Polimorfizam sekundarne strukture DNK

A DNK

ira i kraa od B zavojnice

desnogira zavojnica, jedan okret sadri 11 bp
osa zavojnice ne prolazi kroz baze, a ravni baza su pod uglom u odnosu na osu
familiji A zavojnica pripadaju konformacije oznaene sa A i A koje formiraju
dvolanani molekuli RNK, kao i hibridi RNK-DNK (dvolanana RNK ne
moe da formira B zavojnicu jer 2 OH grupa riboze predstavlja sternu
smetnju)
mali ljeb je veoma plitak, fosfatne grupe vezuju manje vode nego kod B DNK
i u in vitro sistemu utvreno je da dehidratacija favorizuje ovu
konfomaciju dvolanane DNK

Z DNK

ua i dua od B zavojnice
levogira zavojnica, jedan sadri 12 bp
ima samo jedan ljeb
okosnica molekla ima oblik cik-cak linije pa po tome nosi naziv
ovu konformaciju zauzimaju delovi polinukleoidnog lanca u kojima se purinski
i pirimidinski nukleotidi naizmenino smenjuju (kod takve primarne
strukture uzastopne glikozidne veze se nalaze u sin i anti konformaciji,
dok se kod A i B zavojnice sve nalaze u anti konformaciji)
metilacija C stabilizuje ovu strukturu
znaaj u genskoj regulaciji
spoj izmedu Z i B konformacije ini niz od oko 10-ak nukleotida, na tom delu
dolazi do savijanja lanca, pa se smatra da su i delovi vani za
superspiralizaciju DNK

Denaturacija DNK
v denaturacija - naruavanje sekumdarne strukture DNK i razdvajanje dva
lanca
v denaturacija je reverzibilna, ako npr. zagrejan rastvor DNK polako hladimo
dolazi do ponovnog spajanja komplementarnih lanaca renaturacija
v denaturacija i renaturacija DNK su visoko kooperativni procesi

v hibridizacija - sposobnost jednolananih polinukleotidnih lanaca koji imaju

kompelmentarne redoslede nukleotida da nagrade dvolanani hibridni molekul
v denaturisana DNK moe da hibridizuje sa denaturisanom DNK iste ili
razliite vrste, ili sa RNK
v hibridizacija je osnova za nekoliko izuzetno vanih tehnika u mol. biologiji

Temperatura topljenja DNK

v na povienim temperaturama ili pri visokoj pH vrednosti DNK se

denaturie (topi)
v

Tm temperatura topljenja (melting temperature)

- ona temperatura na kojoj je polovina DNK lanca denaturisana

- predstavlja merilo stabilnosti DNK

Optiki test za praenje denaturacije DNK

v DNK ima maksimum apsorpcije na 260 nm (zbog prisustva azotnih baza)

v denaturacijom DNK poveava se njena absorpcija na 260 nm za (30-40%)
hiperhromni efekat
v razlog: stacking interakcije uzmeu baza u dvolananoj zavojnici smanjuju
njihovu sposobnost da apsorbuju UV svetlo

Kriva topljenja DNK

Unutranja svojstva DNK koja utiu na Tm:

1. GC sastav
- vie GC parova vea Tm
- uticaj se moe opisati jednainom: Tm=T0 + 0,41 (% GC), T0 razni faktori
2. Duina lanca
- dui lanac via Tm (preko 500 bp vie nema efekta)
3. Procenat tano sparenih baza
- na 1,5% netano sparenih baza Tm opada za 1C
4. Redosled nukleotida u lancu
- hidrofobne interakcije baza nisu iste za svih 10 nukleotida koji se mogu
nai jedan pored drugog
- postoji termodinamika karakterizacija svih interakcija

Kako karakteristike rastvora u kom je DNK utiu na Tm:

1. Jonska snaga rastvora
- ukoliko je vea koncentracija soli, vea je i koncentracija jona (Na+, K+, Mg2+...) koji
neutraliu negativno naelektrisanje DNK, smanjujui elektrostatiko odbijanje dva
lanca, ime se poveava stabilnost DNK i Tm
- uticaj koncentracije soli se moe opisati jednainom:
Tm=T0+16,6 log[NaCl], [NaCl] < 1M, T0 - razni faktori
2. pH rastvora
- pri ekstremnim vrednostima pH (izvan opsega pH 5-9) baze se jonizuju i prekidaju se
vodonine veze, tako da Tm dramatino opada
3. Polarnost rastvaraa
- polarniji rastvara vea stabilnost i Tm jer su jae hidrofobne interakcije izmeu
baza (organski rastvarai uglavnom tee da smanje Tm)
4. Temperatura
- vea temperatura rastvora favorizuje neureene strukture
5. Destabiliui agensi
- formamid, urea, dimetilsulfoksid (DMSO)

Superspiralizacija DNK

Ako posmatramo cirkularne molekule dvolanane DNK na elektronskim

mikrografijama moemo da vidimo da su izuzetno izuvijani. To se naziva
superspiralizacija DNK, a prisutna je i kod linearnih DNK molekula.
Superspiralizacija nastaje kada se dvolanana DNK dodatno uvija u prostoru.

Odreen nivo superspiralizacije je neophodan i za cirkularne i za linearne DNK

molekule, jer omoguava procese replikacije i transkripcije.
Enzimi topoizomeraze kontroliu stepen superspiralizacije.

Nukeozomi su odgovorni za negativnu superspiralizaciju

kod eukariota

DNK iraza je odgovorna za negativnu

superspiralizaciju prokariotskih hromozoma

Sekundarna i tercijerna struktura RNK

uracil

adenin

tRNK i rRNK imaju

karakteristinu sekundarnu i
tercijernu strukturu, dok je
savijanje iRNK spreeno raznim
proteinima koji sa njom
interaguju

Pored standardnog Watson-Crick-ovog sparivanja baza (G-C i A-U) formiranju

sekundarne i tercijerne strukture RNK doprinose i nestastandardno tzv.
kolebljivo sparivanje baza koje je manje stabilno (najee G-U) .

Invertovani ponovci

Palindromi

5' AGAACAnnnTGTTCT 3
3' TCTTGTnnnACAAGA 5'

5' GGCC 3
3' CCGG 5'

Ukosnica (drka + petlja)

(Stem and loop or hairpin loop)

Isupenje
(bulge loop)

Spoj ili viestruka petlja

Pseudovor
(pseudoknot)

Sekundarne strukture RNK

pseudovor

ukosnica

Stem

jednolanana RNK

ispupenje

spoj ili viestruka petlja

unutranja
petlja

Sekundarna i tercijerna struktura tRNK

vezivanje
aminokiseline

vodonine veze
izmeu baza

antikodon

Zato je DNK molekul (a ne RNK) nosilac

naslednih informacija?

Dve osnovne razlike u hemijskoj grai izmeu DNK i RNK molekula:

1. DNK sadri deoksiribozu umesto riboze
2. DNK sadri timin umesto uracila

Genetiki materijal mora da bude stabilan da bi se informacija

prenela sa jedne na drugu generaciju

1.
DNK je termodinamiki stabilniji od RNK molekula jer nema 2 OH grupu
RNK je podlona alkalnoj hidrolizi, a DNK nije

Alkalna hidroliza RNK

Deprotonizacija u
baznoj sredini i
nakon toga
nukleofilni napad na
P atom to dovodi do
raskidanja
fosfodiestarske veze

2,3 ciklini fosfat

(intermedijer)

 Dvovalentni katjoni stabilizuju ciklini fosfat (intermedijer)

tako da promoviu RNK degradaciju
Poviena temperatira i pH takoe promoviu RNK degradaciju

Sluajnom hidrolizom ciklinog fosfodiestra (intermedijer) nastaje 2 i 3

nukleozid monofosfati

Kompletnom alkalnom hidrolizom RNK nastaje smea 2NMP i 3NMP

2.
Timin umesto uracila
Deaminacijom citozina nastaje uracil kod reparacioni mehanizmi prepoznaju
jer se prirodno ne nalazi u DNK molekulu

Deaminacija citozina

Timin (5 metil uracil)