Medicinski fakultet

Univerzitet u Niu

Tema:
paketa u

Primena softverskih

Biomedicinskim
istraivanjima

Student:
Profesor:
Anica Radojkovi S1
Zoran Miloevi

Dr

1.1.

Pojam bioinformatike

Kako raste nae znanje o ivotnim i elijskim procesima na molekulskom nivou, rastu i
mogunosti da im pre otkrijemo sve genetske promene, ali i da ih leimo i, nadaju se
naunici, u budunosti i spreimo. Kljunu ulogu u tome igra posebna nauka
bioinformatika.

Kako oveanstvo grabi velikim koracima napred, razvija se svaka grana naeg drutva.
Velike promene u zadnjih dvadesetak godina doivljava medicina, premda to jo nije
nita prema onome to se od nje oekuje. Naime, kako raste nae znanje o ivotnim I
elijskim procesima na molekulskom nivou, rastu i mogunosti da im pre otkrijemo sve
genetske promene, ali i da ih leimo i, nadaju se naunici, u budunosti i spreimo.
Jednako je vano znanje o procesima koji se na genetskom nivou dogaaju u virusima i
bakterijama, koji se konstantno razvijaju i evoluiraju, stvarajui otpornost prema
lekovima i antibioticima. elja je naunika da daljim istraivanjima otkriju kako se
ponaaju pojedini virusi i bakterije, zato dolazi do odreenih malignih i genetskih
bolesti i kako sve to skupa spreiti i unaprediti medicinu na nain da broj neizleivih i/ili
smrtnih bolesti bude to manji.

1.2. Biomedicina

Najvanija nauka koja bi nam to mogla omoguiti je biomedicina, multidisciplinarna

znanost koja istrauje bioloke procese u telu i elijama s hemijskog, molekularnog,
elijskog, fiziolokog i medicinskog aspekta. Definicija je iroka, ali je biomedicina jo
ira nauka, u kojoj, mnogi e rei, lei budunost. Naime, u biomedicinskim
istraivanjima ne pokuavaju se pronai samo lekovi za odreene bolesti ili antibiotici za
viruse i bakterije, ve se pokuavaju dekodirati ivotni i elijski procesi na molekularnoj
i genetskom nivou. Time bi pak mogli otkriti koji su geni odgovorni za odreene procese
ili bolesti, na primjer gojaznost ili za rak. Osim toga, cilja se i na otkrivanje kako se
prenose genetski nasledne bolesti, kako ih uopte diagnostikovati i leiti.
Biomedicinska istraivanja rezultirala su gomilom podataka o genetici, kompleksnim
3

genomskim analizama, strukturama i sekvencama proteina i tako dalje. Najvei uspeh

biomedicine je sigurno Human Genom Project, odnosno mapa ljudskog genoma (genom
je sveukupna DNA unutar jedne elije, bez obzira na funkciju, grau i aktivnost), koja je
svojevrsna karta prema medicini budunosti. A da bi Human Genom Project
(HUGO),uopte bio dovren, trebalo je obraditi ogromnu koliinu podataka. Upravo ta
spominjana koliina, ali i raznolikost podataka nastala kao proizvod istraivanja
biomedicine zahtevala je moderan sistem prikupljanja, spremanja, obrade i deljenja tih
podataka meu naunicima i institucijama. Naravno, najlaki nain za to je automatska
obrada, pa je spojem informacijske tehnologije, kompjuterskih nauka i biomedicine
nastala nova nauna disciplina bioinformatika.

2.1. Znaaj istraivanja u oblasti

biomedicine
Primena i korienje rezultata informatike u biomedicinskim naukama,
medicinskoj praksi, odnosno, u pruanju zdravstvene zatite, poela

je

skoro paralelno sa nastajanjem tih rezultata, Holeritove (Herman Hollerit,

1890.) buene kartice kao informaciona tehnologija u epidemiolokim i
javnozdravstvenim

istraivanjima krajem i poetkom ovog veka, npr. Prvi

nauni rad iz oblasti medicinske informatike tampan je jo 1959. godine u

asopisu Science

, a u naoj deceniji

1970. Porast broja publikovanih

naunih i strunih radova, izrazit poslednjih godina, uslovio je od 1992.

1 Ledly RS Lusted JB: Reasoning Foundations of Medical Diagnosis. Science 1959;
130: 9 - 12
2 Pirc B Milat D Vukmanovi : Uslovi za kompjuterizaciju u naem
zdravstvu.Narodno zdravlje 1970; 11-12: 377-382
4

godine, i redovno

objavljivanje Godinjaka (Yearbook) odabranih radova i

rezultata iz ove oblasti. Samo kod nas, u periodu od 1993.-1995.godine

publikovano je preko 100 radova sa

problematikom iz oblasti medicinske

infomatke.
Medicinska informatika je danas prihvaena kao bazina medicinska nauka.
Analogija

sa

drugim

bazinim

naukama

prepoznaje

se

korienju

prethodnih iskustava i rezultata u cilju strukturisanja i kodovanja objektivnih i

subjektivnih medicinskih nalaza, ime ih ini pogodnim za analizu, integraciju
i dalju upotrebu.
Zadivljujui napredak molekularne genetike I biologije, ostavren u drugoj
polovini 20. veka
Bio je osnova za spektakularne I znaajne prodorene samo u oblasti genetike
I proteomike, vec u oblasti nauke uopte, a posebno u oblasti biomedicine. S
obzirom da u onovi patogeneze raznih oboljenja stoji poremeaju regulaciji I
ekspresiji gena I transdukcijisignala u elijama, istraivanja u molekularnoj
biomedicine danas predstavljaju jednu od najpropulzivnijih oblasti svetkse
nauke.ivimo u doba civilizacije u kojoj se javlja sve veci broj multifaktorskih
bolesti, ija je patogeneza sloena. Molekularna biomedicine uvodi nove
pristupe u savremenu medicine 21-og veka, s ciljem poboljanja kvaliteta I
efikasnosti preventivne medicine, dijagnostike I terapije, pa time I klinike
medicine.
Pravci istraivanja u savremenoj biomedicini su veoma raznovrsni, I
dostignua iz ovih oblasti poinju da nalaze svoju primenu u najrazliitijim
sferama nuke I svakodnjevnog ivta.Ipak, istraivanja koja u ovom trenutku
privlae najveu panju I najatraktivnija su kako za javnost tako I za
privlaenje

kapitalnih

investicija,

su

istraivanja

genoma

proteina(prvenstveno ljudskih) radi primene u medicine u cilju razvijnja novih

lekova I terapija.
5

Aktuelnu

primenjenu

razvojnu

oblast

biomedicinskih

istraivanja

predstavljaju biotehnoloska istraivanja ji je rezultat sinteza novih biolokih

aktivnih jedinjenja koja se mogu korititi u terapiji razliitih bolesti.
Na bazi informacija dobijenih na osnovu strukturnih

I funkcionalnih

ispitivanja genoma kao I proteomskih istraivanja, u toku narednih deset

godina

oekuje

se

znaajan

napredak

medicine,

farmaceutskoj

prehrambenoj industriji.

2.2 Uloga biomedicinskih istraivanjima se

ogleda u:
Razvoj I primena predikcionih metoda I preventivnih prisupa u oblasti
preventivne medicine
Razvoj I primena efikasnijih dijagnosikih pristupa, posebno u latentnim
fazama bolesti
Znaaj za drutvo je manja potronja neadekvatno odabranih lekova
Znaaj za lekare-ciljna genotipizacija pojedinih pacijenata, olakan
izbor leka, posebno za one pacijente, kojima je potrebna dugotrajna
terapija.
Znaaj za bolesnika- efikasan dijagnostiki terapijski pristup
Uvoenje individualnih medicinskih pristupa u kliniku praksu.

3.1. Korienje softverskih paketa za

obradu I skladitenje dobijenih
podataka
6

Veliki problem se javlja u vezi sa uvanjem I pristupom podataka, dobijenih

svakodnevnim ispitivanjem I pegledom pacijenata. Reenje za mnoge
problem donela je upotreba raunara I posebnih softverskih paketa za
njihovu obradu I skladitenje podataka. Dolazi do smanjenja papirologije koja
je

veoma

zahtevaloje

komplikovana

za

standardizaciju

medicinsko
podataka.

osoblje.Skladitenje
Pod

stndardom

podataka

mislimo

na

meunarodno priznatu, obznanjenu objavljenju sistemaizaciju. Bez ovih

standara bila bi neizvodljiva elektronska komunikcija podataka razliitih
korisnika iz razliitih zemalja.Najee korien internacionalni standard za
elektronsku razmenu podataka je EDIFACT- univerzalni jezik za razmenu
podataka.
Iako je upotreba raunara u ovu svrhu donela velike prednosti javili su se I
problem

razmeni

podataka.Razmena

podataka

izmeu

nezavisnih

raunarskih sistema,koja omoguuje korienje informacija od strane svih,

7

unapred odreenih, korisnika, jo uvek predstavlja problem. Razvitak I

uvoenje ovih softvera I danas je jedan od najveih izazova I projekata kojim
se bave inenjeri informatike.
Uglavnom svaka medicinska usanova ima individualna softverska reenja
koja e bave obradom I skladitenjem odreenih podataka, jer ih je puno. U
zavisnosti od elja I potreba osoblja interfejs ovih reenja moe biti razliit.
Najee korieni softverski paketi ove vrste su odreee elektronske
kartoteke koje slue za isitavanje odreenih podatakao pacijentima,
njihovim istorijama bolesti, optim podacima, imenima, prezimenima I
najrazliitijim podacima koji e mogu nai u softveru takve vrste.

4.1. Korienje softverskih paketa u

istraivanjima

Istraivanja I nova dosignua u medicine predstavljaju jedan od moda

najbitnijih segmenata.Obzirom na injenicu da je u medicini jo dosta toga
nedokuivo I nepoznato upravo najrazliitija istraivanja imaju cilj da odkriju
mnoge

tajne medicine koje su za sad apsolutna nepoznanica. Svaki od

softvera koji se koristi u medicinskim istraivanjima predstavlja inovativno

reenje koje bi u nekom period trebalo da na odreeni nain dovede
istraivae do nekih zakljuaka koji ce doprneti razvoju medicine.Neki od
softvera koji se koriste u medicinskim istraivanjima su: program za 2d I 3d
simulaciju strujanja inkompresibilnog viskoznog fluida sa prenosom toplote,
program za razne biomedicinske simulacije, program za razliite strukturne
analize I slino.

4.2. Biomedicinske simulacije

9

Programi za biomedicinske simulacije imaju znaajnu ulogu u biomedicinskim

istraivanjima. Jedan od takvih softvera je program za simulaciju strujanja
krvi kroz krvne sudove sa deformabilnim zidovima I vetacko srce.
Ovaj softver se moe koristiti za:
1. Proraun siueg napona u zidovima
2. Trodimenzionalnu CFD simulaciju strujanja kroz krvne sudove
3. Deformabilni zidovi, Fluid-solid interakcija
4. Strujanje krvi kroz ljudsku aortu, aortina bifurkacija, bifurkacia karotidne
arterije, grananje koronarne arterije
5. Prikaz nelinearnog ponaanja deformabilnih zidova
6. Dinamika fluida pri strujanju krvi u srcu

Ove mogunosti softvera predstavljaju numerie simulacije, I pored ovih

mogunosti softver takoe omoguava numerika simulacija transporta I
razmene mase u krvnim sudovima to obuhvata:
1.
2.
3.
4.

Transport makromolekula
Razvoj arterosklerote
Konvektivno difuzivni transfer mase kroz arteriju
Transport kiseonika kroz krv I arterijske zidove.

Ove simulacije obuhvataju I analizu skeletnih miia metodom konanih

elemenata koji obuhvata: osnovni Hilov trokompnentni model miia u okviru
metode konanih elemenata, modeliranje pasivnih I aktivnih uslova, funkcija
aktivacije.

10

Za istraivanje u biomedicini primena softvera moe

imati viestruki znaaj kao :

- Segment kimenih pokreta- invertebralni disk

- Mehaniki odziv segmenata lumbarnih pokreta pri aksijalnom
obrtnom momentu kombinovanim sa kompresijom
- Intradiskusni pritisak, promena sastava vode, mehaniki napon,
pritisak bubrenja, pritisak fluida, pomeranje solida, relativna brzina
fluida, elektini potencijal
- Sloena optereenja kime pri dinamikoj vebi podizanja
U softveru se radi I veliki broj ekspirimentalnih istraivanja:

- Razvoj vetakog srca, automatska kontrola parametara:frekvencija,

zapremisnko strujanje, pritisak
- Efekti bioloki aktivnih molekula (histamine, glucagon) na izolovani
krvni sud I izolovano srce
- Prouavanje transporta u izolovanom srcu
- Razvoj Stretch sistemaza odreivanje I dalje istraivanje mehaikih
I funkcionalnih karakteristika razliitih tkiva kao to su: zidovi
unutranjih organa ( mokrane beike, eludani zid, duodenalni I zid
creva) I krvni sudovi (arterije i vene)

5.1. Korienje softverskih paketa u

dijagnostike svrhe

Korienje softverskih I kompjuterskih metoda u dijagnostike svrhe je u

proteklom periodu znatno doprinelo razvoju medicine
11

I ispravnom leenju

pacijenata. Dijagnostika odnosno pravilno odreivanje terapije za leenje

pacijnata. U tom kontestu raunari mogu imati itekako veliku ulogu, a njihova
upotreba je itekako korisna. Postoji niz softvera koji se koriste u dijagnostike
svrhe. Jedan od takvih paketa je program softeho. Program softeho slui za
kardioloki ultrazvuni protocol I namenjen je svakodnevnom radu kliniara,
ehokardiografista.Sveobuhvatno

registrovanje

podataka

od

tokom

pregleda

je

ali

neprocenjivog

pravilno

znaaja

sortiranje

za

pravilnu

dijagnostiku kao I za praenje pacijenata. Program softeho omoguava

veoma

pristupano

brzo

korienje

podataka

pri

izradi

analiza,

naunoistraivakih radova I pravilno voenje medicinske dokumentacije.

6.1.Timeline budunosti
Biomedicina i bioinformatika napravie pravu revoluciju u sljedeih 20-ak godina.
Francis Collins, direktor amerikog National Human Genome Research Institute,
napravio je mali timeline budunosti ovih grana nauke.
Do 2010.

- Genetsko testiranje desetaka razliitih stanja

- Brojne javne rasprave oko genetske analize embriona
- Uinkoviti zakoni protiv genske diskriminacije
Do 2020.

- Leenje karcinoma na temelju genetske analize tumora

- Medicina prilagoena bolesnicima, na temelju genetskih testova
- Bolje metode genetske modifikacije elija uinie sigurnijim genetske terapije
zametaka (to ne mora znaiti da e se one i sprovoditi)
Do 2030.

- Sveukupna genetska zdravstvena zatita

- Prosena ivotna dob bie 90 godina
12

- Vodie se ozbiljne javne rasprave oko pitanja o preuzimanju nadzora nad

evolucijom i stvaranju dizajniranih beba.

7. Zakljucak
Zahvaljujui velikom napredku statistike I infomatikih nauka u oblasti
biomedicine, iz dana u dan medicina se sve bre I bre razvija,I time ini
posao zdravstvenih radnika lakim, brim I efikasnijim, ostavljajui im
vie vremena za bavljenje ovekom I njegovim potrebama. Statistika je
kao nauka u medicini omoguila bre I efikasnije prikupljanje I obradu
podataka. Bitnu ulogu statistika ima I u dijagnostikovanju I pronalaenju
novih bolesti, zahvaljujui emu se postavlja znatno preciznija I tanija
terapija, a samim tim je ozdravljenje bolesnika brze I u veem procentu.

Literatura:
Internet pretraiva:
1. Pirc B Milat D Vukmanovi : Uslovi za kompjuterizaciju u naem
zdravstvu. Narodno zdravlje 1970; 11-12: 377-382
2.Ledly RS Lusted JB: Reasoning Foundations of Medical Diagnosis. Science
1959; 130: 9 - 12

Sadraj:
1.1. Pojam
bioinformatike
...2
13

1.2. Pojam
biomedicine
..3
2.1. Znaaj istraivanja u oblasti
biomedicine...4
2.2. Uloga biomedicinskih
istraivanja...5
3.1. Korienje softverskih paketa za obradu I
skladitenje podataka.6
4.1.Korienje softverskih paketa u
istraivanjima8
4.2.Biomedicinske
simulacije
9
5.1.Korienje softverskih paketa u dijagnostike
svrhe.11
6.1.Timeline
budunosti
.11
7.1.Zakljuak
..12
8.1.Literatura
...12

14