Professional Documents
Culture Documents
Review Nabiel - Dr. Leli Edited2
Review Nabiel - Dr. Leli Edited2
Review Nabiel - Dr. Leli Edited2
/BULAN/TAHUN (DIKOSONGKAN)
Deteksi Gen E-Cadherin Pada Karsinoma Sel Skuamosa Rongga Mulut dari
Sampel Blok Paraffin.
Detection of E-Cadherin gene in Oral Cavity Squamous Cell Carcinoma from Paraffin
Blocks Sample
Nabiel, Pradipto Subiyantoro, Vita Nurmala A
Faculty of Medicine, Sebelas Maret University
ABSTRACT
Background : Oral Cavity cancer is the most cancer type often found across the globe.
The treatment and the progonosis of this cancer have a very good chance to be succeed
but otherwise the spread of the cancer cell (metastasis) has a very high extent on them.
There are numerous cases to be found in metastasis process. This research aims to
observe whether there is a E-Cadherin gene that function as factor inhibitor of cancer
cell metastasis on parafin block sample.
Methods : This research employed a DNA product which is resulted from DNA
isolation from 14 parafin block samples. First, the product is amplified using PCR and
primer act as a mold of PCR. Furthermore, the result of PCR product will undergo a
electrophoresis process to find out E-Cadherin on each 14 samples
Results : Based on 12 samples diagnosed with squamous cell carcinoma, the positive
results obtained when using 2% agarose gel, and obtained negative results when using
3% agarose gel.
Conclusion : From the results obtained electrophoresis performed positive and negative
results, these results could be due to errors in the analysis of molecular and
workmanship at the time. Furthermore, a more in-depth research is needed to detect the
presence of E-Cadherin gene in squamous cell carcinoma of the tongue.
PENDAHULUAN
Salah satu dari 20 kanker yang sering terjadi di dunia ini adalah kanker
rongga mulut. Pada tahun 2008 kanker rongga mulut ini menempati urutan ke-15
kanker yang sering terjadi dan mengakibatkan kematian di seluruh dunia
(WHO,2011). Badan Registrasi Kanker Indonesia menyatakan belum ada informasi
jernih dan dicetak dengan menggunakan comb atau cetakan gel agarose. Setelah dingin
dan mengeras gel agarose dimasukkan ke dalam apparatus elektroforesis yang telah
direndami dengan Buffer TBE 10x (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA).
Masing-masing sampel kemudian dimasukkan ke dalam well dengan
sebelumnya dicampur dengan gel-loading dye terlebih dahulu. Sampel dimasukkan ke
dalam well berurutan sesuai dengan nomor sampelnya, dan diawali dengan kontrol
negatif (RNAse-free water) terlebih dahulu pada well pertama sebanyak 10 l. Pada
well kedua dan seterusnya diisi sampel sebanyak 10 l dan dicampur dengan gelloading dye sebanyak 1 l. Well paling akhir diberi marker yaitu 100bp DNA ladder
(Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) sebanyak 10 l.
Selanjutnya dilakukan running pada aparatus elektroforesis dengan kondisi
tegangan 135 volt dan arus listrik 250 mA selama 30 menit untuk sampel nomor 1-12
dan kondisi tegangan 150 volt dan arus listrik 400 mA selama 30 menit untuk sampel
nomor 13 dan 14. Kemudian gel divisualisasikan pada Gel Documentation. Pita pada
gel kemudian dibaca disesuaikan dengan marker dan dilakukan interpretasi hasil.
HASIL
Sampel yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari biopsi yang
diawetkan pada Blok Paraffin. Sampel yang ada berjumlah empat belas, setelah
dilakukan pendataan dari rekam medik, didapatkan 12 pasien dengan dignosis
karsinoma sel skuamosa, yaitu pasien nomor 1, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 11, 12, 13, dan 14.
Kedua belas sampel ini memiliki tingkat diferensiasi yang berbeda, 5 pasien dengan
tingkat diferensiasi baik, 3 pasien dengan tingkat diferensiasi buruk, 1 pasien
dengan tingkat diferensiasi sedang, dan 3 pasien tidak teridentifikasi tingkat
deferensiasinya. Dari rekam medis kedua belas pasien ini didapatkan data belum
ada metastasis.
Sampel karsinoma sel skuamosa yang diperoleh dari blok paraffin selanjutnya
dilakukan ekstraksi DNA dengan menggunakan High Pure PCR Template
Preparation Kit (Roche, USA) sehingga diperoleh hasil isolat DNA.
Produk isolasi DNA yang telah diperoleh selanjutnya digunakan sebagai cetakan
untuk amplifikasi PCR. Dalam amplifikasi PCR tersebut, digunakan primer yang
didesain dengan urutan basa untuk amplifikasi dari 97 Pasangan Basa (BP) dari
PEMBAHASAN
pada pita DNA, atypical banding patterns, pita DNA bergelombang, ada sisa DNA
dalam sumuran, dan kesalahan dalam kuantifikasi data.
Dilihat dari hasil penelitian (Gambar 4.1 dan Gambar 4.2) kelemahan hasil
eleketroforesis adalah intensitas hasil visualisasi yang rendah pada beberapa pita DNA.
Menurut guide Fermentas (2012), intensitas hasil visualisasi yang rendah disebabkan
karena jumlah DNA yang di-elektroforesis tidak cukup. Hal tersebut sesuai dengan
kesalahan yang dilakukan pertama, yaitu tidak dilakukan perhitungan konsentrasi dan
kemurnian DNA hasil isolasi.
Intensitas hasil visualisasi yang rendah dapat juga disebabkan karena pewarnaan
DNA sampel yang tidak cukup atau tidak rata. Pada elektroforesis pita DNA yang
terbentuk akan dapat tervisualisasi dengan bantuan pewarna yang dicampurkan pada
saat pembuatan gel agarose.
DNA bisa juga lari atau hilang dari gel karena posisi aparatus elektroforesis yang
tidak dalam keadaan horizontal atau karena konsentrasi gel agarose yang tidak sesuai
dengan panjang DNA. Hal ini menyebabkan intensitas visualisasi DNA menjadi rendah.
Lamanya jeda antara proses elektroforesis dengan visualisasi gel agarose dapat juga
menyebabkan DNA berdifusi ke dalam gel agarose sehingga pada saat dilakukan
visualisasididapatkan hasil denga intensitas rendah.
SIMPULAN
1. Pada penelitian didapatkan hasil positif pada kedua belas sampel saat
menggunakan gel agarose 2%.
2. Pada penelitian didapatkan hasil negatif pada kedua belas sampel saat
menggunakan gel agarose 3%.
3. E-Cadherin memiliki peran dalam menekan terjadinya penyebaran tumor dengan
cara melekatkan antara satu sel dengan sel lainnya, sehingga tumor tidak dapat
menyebar ke organ lain.
SARAN
1. Dalam suatu penelitian berbasis molekuler sebaiknya dilakukan pengulangan
beberapa kali agar mendapatkan hasil yang maksimal.
2.
Untuk penelitian selanjutnya agar lebih teliti dan memperhatikan kesalahankesalahan yang mungkin terjadi.
UCAPAN TERIMA KASIH
Puji syukur senantiasa penulis panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah
melimpahkan rahmat dan karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan naskah
publikasi dengan judul Deteksi Gen E-Cadherin Pada Karsinoma Sel Skuamosa
Rongga Mulut Dari Sampel Blok Paraffin. Selesainya penyusunan naskah publikasi
ini tidak terlepas dari bantuan berbagai pihak. Untuk itu, perkenankan penulis
mengucapkan terima kasih kepada:
1. Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr., Sp.PD-KR-FINASIM, selaku
Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret.
2. Ari Natalia Probandari, dr., MPH., Ph.D., selaku Ketua Tim
Skripsi Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret.
3. Dr. Risya Cilmiaty AR, drg,M.Si.,SpKG selaku Penguji Utama yang telah
memberi saran dan kritik demi kesempurnaan naskah publikasi ini.
4. Widia Susanti, drg.,M.Kes selaku Anggota Penguji yang telah memberi
saran dan kritik demi kesempurnaan naskah publikasi ini.
DAFTAR PUSTAKA
Agur AMR, Daley AF (2012). Grant's Atlas of Anatomy, 13th Edition. Toronto:
Lippincott Williams & Wilkins.
Agus, P (2010). Prognostic Value of Molecular Markers of Oral Pre-Malignant
and Malignant Lesons. Departements of Oral and Maxillofacial Surgery,
Faculty of Denstistry, Airlangga University. Dental Journal, Majalah
Kedokteran Gigi. Vol 42 (2): 104-108.
Alam M, Ratner D (2001). Cutaneous Squamous-Cell Carcinoma. NEJM. 344:
975-83.
Astuti AK (2008). Profil Protein p73 Pada Sel Galur Karsinoma Sel Skuamosa
Rongga Mulut HSC-3 dan HSC-4 Serta Jaringan Mukosa Mulut Normal.
Universitas Indonesia, Jakarta, Indonesia.
Benton G, Crooke E, George J. (2009). Laminin-1 induces E-cadherin
expression in 3-dimensional cultured breast cancer cells by inhibiting
DNA methyltransferase 1 and reversing promoter methylation status. The
Faseb Journal vol.23 no.11 3884-3895.
Berx G, Cleton-Jansen A, Nollet F, Leeuw WJF, Vijver MJ, Cornelisse C, van
Roy F. (1995). E-Cadherin is a tumour/invasion suppressor gene
CDH1.
10
11
Slaus, NP (2003). Tumor Supressor Gene E-Cadherin and its Role in Normal
and Malignant Cell. Department of Biology, School of Medicine,
University of Zagreb, Salata 3.
WHO
(2011).
Cancer
Stats:
Cancer
Worldwide.
http://publications.cancerresearchuk.org/downloads/Product/CS_CS_WO
RLD.pdf (Diakses pada Januari 2013)
12