Professional Documents
Culture Documents
MIKRO575 Outi Martikainen 071111
MIKRO575 Outi Martikainen 071111
MIKRO575 Outi Martikainen 071111
Luennon rakenne
17.11.2011
Gram-negatiivinen sauva
Fakultatiivisti anaerobi
Liikkuva, mys liikkumattomia kantoja
Biokemiallisia ominaisuuksia
Laktoosipositiivinen (90 % kannoista)
Beta-glukuronidaasipositiivinen (97 % kannoista)
Indolipositiivinen (99 % kannoista)
Sijoittuminen taksonomisesti
Fyyla: proteobakteerit luokka: gammaproteobakteerit lahko:
Enterobacteriales heimo: Enterobacteriaceae suku: Escherichia
laji: Escherichia coli
Lhilajeja mm. E. albertii, E. hermannii, E. fergusonii
Kolonisoi ihmisen ja muiden niskkiden ja lintujen paksusuolta, osa
normaaliflooran mikrobistoa
Vastasyntyneen suolisto kolonisoituu muutaman tunnin kuluttua
synnytyksest
Geneettisesti monimuotoinen laji
Geenien vaihtoa Salmonella spp., Shigella spp. ja muiden E. coli kantojen kanssa
17.11.2011
Escherichia coli
17.11.2011
Hydylliset kolit
Normaalimikrobiston kolit estvt tautia aiheuttavia mikrobeja
tarttumasta isnnn suolistoon tai lisntymst siell
K2-vitamiinin tuotto paksusuolessa
Probiootit
E. coli Nissle 1917:
kroonisten suolistosairauksien hoidossa
vhent patogeenisen kolin (invasiivinen ja
adhesiivinen) adheesiota suoliston epiteelisoluihin ja
lis sytokiinien tuotantoa (Huebner et al 2011)
Genetiikan malliorganismi
Kloonausisntn rekombinaatti-DNA-tekniikoissa
17.11.2011
Haitalliset kolit
1. Suolistoinfektiot
2. Virtsatieinfektiot
3. Meningiitti/sepsis
17.11.2011
17.11.2011
Ripulikolien virulenssimekanismit
17.11.2011
EHEC-bakteeri
A.K.A
VTEC = verosytotoksinen E. coli
toksinen Vero-soluille (apinan
munuaissoluja)
STEC = shigatoksiinia tuottava E. coli
Virulenssitekijt
Shigatoksiinit Stx1 ja Stx2 (stx1 ja stx2)
Intimiini = adheesioproteiini (eae)
Enterohemolysiini (EHEC-hly/ehx)
STEC-autoagglutinoiva adhesiini, Saa
(saa)
Ripuli/veriripuli
Jlkitautina hemolyyttis-ureeminen
oireyhtym (HUS)
EHEC O157-seroryhmn kannat vakavin
taudinkuva etsityin seroryhm
Riskiryhmt: alle 5-v lapset, vanhukset
17.11.2011
Patoryhmien virulenssimekanismit
Kaper et al
2004, Nature
Reviews
17.11.2011
10
EHEC-tartuntareittej
17.11.2011
11
Infektiiviset annokset
17.11.2011
12
Infektion hoito
Ripulit itsestn rajoittuvia
EHEC: antibiootteja ei suositella
Solujen hajoaminen shigatoksiinin vapautuminen
oireet pahenevat
Oireeton kantajuus
EAEC-patoryhm sek ripulia sairastavilla ett
terveill lapsilla Afrikassa (Bonkoungou et al 2011)
17.11.2011
13
E. colin eristminen
Elintarvikkeesta
Ympristnytteest
Ihmisest (uloste, virtsa, veri)
Rikasteet
Selektiivimaljat
SMAC (sorbitol-MacConkey)
Lihanytteit peptonisuola CT-SMAC (kefiksiimi-telluriittiliuoksessa.
SMAC)
CLED (cysteine lactose electrolyte
deficient medium)
Suuri heikkous
Patogeeninen koli ei eroa ulkonllisesti tai biokemiallisilta
ominaisuuksiltaan normaalifloorasta
14
Selektiivimaljat
SMAC sorbitolin
fermentaatio
EHEC O157-seroryhmn
kannat usein
sorbitolinegatiivisia, mutta
mys sorbitolipositiivisia
kantoja eristetn usein
CLED laktoosin
fermentaatio
Enterohemolysiinin tuoton
osoittava malja (TBVP)
osoittaa vain enterohemolyyttiset kannat
17.11.2011
SMAC:
Sorbitolia
fermentoiva
kanta
SMAC:
Kanta, joka ei
fermentoi
sorbitolia
15
Peskkeiden seulominen
sekaviljelmst PCR:n avulla
Yksittiset peskkeet
Peskepoolit monen peskkeen testaus
yhdess reaktiossa
Voi olla tylst, jos patogeenin pitoisuus
nytteess alhainen
17.11.2011
16
Peskehybridisaatio
Positiivinen kontrolli
Negatiivinen kontrolli
17.11.2011
Positiivinen kontrolli
Positiivinen kontrolli
17
17.11.2011
18
17.11.2011
19
E. colin tyypittminen
Serotyypitys
seroryhm = O -rakenne (O = somaattinen antigeeni
LPS:ss)
serotyyppi = O:H -rakenne (H = flagellaarinen antigeeni)
EPEC: O26, O55, O86, O111, O125, O126, O127, O128
EHEC: O26, O45, O91, O103, O111, O113, O145, O157
(O157:H7, O157:H-)
17.11.2011
Virulenssigeenit
Pulssikenttgeelielektroforeesi geneettinen sormenjlki
Sekvensointi (geeni/koko genomi)
Virulenssigeenien kuten stx alatyypitys spesifisill alukkeilla tai
PCR-RFLP-menetelmll
20
Serotyypitys
O-tyypitys
H-tyypitys
Lasiagglutinaatio
Reaaliaikainen PCR
7 yleisint ihmispatogeenista E. colin O-ryhm
(O26, O55, O91, O157, O103, O111 ja O145) ja
flagella-antigeenia H7
17.11.2011
21
Faagityypitys
EHEC O157-kannoille
60 %
50 %
40 %
30 %
20 %
10 %
0%
PT2
17.11.2011
PT4
PT49
PT8
Othe r
22
Muut fenotyypitysmenetelmt
Mikrobilkeherkkyys
Biokemialliset identifioimistestit
Laktoosin ja sorbitolin fermentointi
-glukuronidaasin tuotto (PGUA)
Enterohemolysiinin tuoton osoitus
Shigatoksiinin tuoton osoitus
Verosolukoe
Lateksiagglutinaatio
17.11.2011
23
Pulssikenttgeelielektroforeesi (PFGE)
Vertailu saman serotyypin
(O:H-rakenne) kantojen
vlill
Bakteerin kromosomaalisen
DNA:n pilkkominen
restriktioentsyymill
EHEC XbaI
Elektroforeesi, jossa
shkvirran suunta muuttuu
tietyin vliajoin
Epidemiologiset tutkimukset
esim. ruokamyrkytykset
17.11.2011
24
17.11.2011
25
EHEC-diagnostiikka TABA:ssa
TABA:aan lhetetty
Ulosteen primaariviljelm /
Puhdasviljelm
Lopullisia vastauksia
EHEC + (O157)
EHEC + (non-O157)
EHEC EPEC +
17.11.2011
PCR
stx1 , stx2 , eae,
ehly, saa
Jos
+
PCR-positiivinen peske
eristetn ja
tunnistetaan
- API 20E
- O:H serotyypitys
- Faagityypitys (O157)
- Stx1 / Stx2 tuotto
- Ehly
- Antibiogrammi
- Sorbitolin fermentointi
- Beta-glukuronidaasi
- PFGE
(XbaI)
- stx2 alatyypit
- eae alatyypit
26
Ripulikolidiagnostiikka
Suomessa ja monessa muussa maassa etsitn
yleens vain EHEC-patoryhmn seroryhm O157
vaarallisin seroryhm (HUS)
Monissa tutkimuksissa jaottelu EHEC O157 ja
EHEC non-O157, vaikka mys muiden serotyyppien
on todettu olevan erittin virulentteja (esim. O26,
O103, O111, O145)
Muita ripulikoliryhmi ei yleens etsit, kun
selvitetn suolistoinfektion aiheuttajaa
17.11.2011
27
Elintarvikevlitteiset
bakteeritartunnat vuosina 2000-2010
Tapaukset
Tiedot: THL/TT-rekisteri
4500
4000
3500
3000
2500
2000
1500
1000
500
0
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
Campylobacter
17.11.2011
Salmonella
Yersinia
Shigella
EHEC
28
EHEC-tapaukset vuosittain
Varmennetut EHEC tapaukset 1996-2010
70
61
60
50
sor+ O157:H7/H(n=25)
43
38
13
1 21
51
13
23
Yhteens (n=351)
2011
14
3
0
9
2010
6
2
6
20
3 11 15
12
0
8
5 13 9 5
0
3
3
2008
21
2007
2005
2004
2003
2002
2001
2000
1999
1996
7
0
2
6
18
15 15 15
29 6
12 7 7 9
10
1 0 6 10
11 0 1
6 7 7 6 0
4 5
1997
10
sor- O157:H7/H(n=168)
29
2006
20
1998
30
2009
40
Non-O157 (n=135)
9
1
17.11.2011
29
EHEC-epidemiat Suomessa
Pohjanmaa, vuonna 1997
Seroryhm O157
n. 15 tartuntaa
Uimavesi
Etel-Suomi, 1998-2002
Seroryhm O157
Pieni epidemiaklustereita
Jauheliha, nautakarja
17.11.2011
30
17.11.2011
31
32
17.11.2011
33
17.11.2011
34
17.11.2011
35
Tutkimuksen johtoptksi
17.11.2011
36
E. coli -valvonta
Elintarvikevalvonta
Elintarvikkeiden laatuun liittyvt tutkimukset ovat
ensisijaisesti toimijan vastuulla
Omavalvonnan valvonta
E. colin kytt indikaattorina (tuotteet, tuotantotilat)
kertoo ulosteperisest kontaminaatiosta
Kontaminaatioiden vhentminen tuotantoelinten
teurastuksen jlkeen: ruhojen pesu ja ksittely laimealla
hapolla + kylmketju
Veden laadun valvonta lmpkestoiset koliformit, E. coli
Talousvesi
Uimavesi
17.11.2011
37
Mikrobikriteeriasetuksen (2073/2005)
mukaiset tutkimukset
E. coli etsittv:
LIHAT: jauheliha, raakalihavalmiste, mekaanisesti erotettu
liha (nauta ja lammas: EHEC-listutkimus)
KALAT: kuorettomat ja kypsennetyt yriis- ja nilviistuotteet,
elvt simpukat, nilviiset
MAITO: kulutukseen sellaisenaan tarkoitettu pakattu
raakamaito, raakamaidosta tai pastrointia heikommasta
lmpksitellyst maidosta valmistettu kerma ja voi,
pastrointia voimakkaammasta lmpksitellyst maidosta tai
herasta valmistetut kypsyttmttmt pehmet juustot tai
kypsytetyt juustot
KASVIKSET JA HEDELMT: Pilkotut hedelmt ja
vihannekset, kun tarkoitettu sellaisenaan sytvksi (esim.
salaatit, raasteet, pakastevihannekset), Hedelm ja
vihannesmehut (pastroimattomat, sellaisenaan juotavat)
Listutkimuksena voidaan etsi EHEC-bakteeria
17.11.2011
38
EHEC-valvonta
Tartuntatautilaki (989/2006) ja -asetus (1376/2006)
Elintarvikevalvonta
Lihantarkastus
Esim. ELISA-mentelmn perustuva pikatesti (antigeenivasta-ainekompleksin muodostuminen) EHEC O157:lle
THL:ss
Humaanikantojen tyypitys
Epidemioiden tilastointi
EVIRA:ssa
17.11.2011
39
17.11.2011
40
Elintarvikevirasto
Ruokamyrkytysrekisteri
Sairaanhoitopiirit
Lninhallitus
Terveyskeskus
Terveydensuojeluviranomainen
Elinlkint- ja elintarviketutkimuslaitos
Kunnallinen
elintarvikelaboratorio
Ruokamyrkytysten selvitystyryhm
Niemi ym. 2004
17.11.2011
41
Yhteenveto
17.11.2011
42
KIITOS!
outi.martikainen@thl.fi
17.11.2011
43