Environmental Biotechnology-Dersnotlari Son

EVRE BYOTEKNOLOJS DERS
NOTLARI
Do. Dr. Erkan AHNKAYA

Harran niversitesi evre Mhendislii
Blm
evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

BYOKMYA
Mikroorganizmalar kimyasal maddeleri (organikler ve inorganikler) oksidasyon ve
indirgenme ile son rnlere dntrerek enerji elde ederler. Elde edilen enerjinin bir ksmn
hcre biyosentezinde kullanr. Mikroorganizmalar oksidasyon ve indirgenme reaksiyonu ile
enerji retmek iin kullandklar kimyasallar bizim kirlilik olarak tanmladmz maddelerdir.
Mikrobiyal sistemler ile elde edilelecek evresel faydalar aadaki gibi snrlandrlabilir;
Alg bymesini engellemek amac ile N ve P giderimi
Organik atklardan metan retimi
Organik atklar zararsz inorganiklere dntrme
Toprak ve sudaki toksik organik bileiklerin degradasyonu
Dolays ile mikroorganizmalarn enerji reten ve enerji kullanan reaksiyonlarnn yani

mikroorganizma biyokimyasnn bilinmesi gerekmektedir.
Enzimler btn biyolojik reaksiyonlar katalizler.
ENZMLER
Enzimler organik katalizrler olup binlerce enerji reten ve enerji harcayan (hcre sentezi)
reaksiyonlarn hzlarn arttrmada kullanlr. Enzimler spesifik proteinlerdir ve hcreler
(mikroorganizmalar) tarafndan retilir. Proteinler 20 aminoasit karmndan oluan
polimerlerdir. Enzimler byk molekler olup molekl arlklar 10.0000 1.000.000
arasndadr (ekil 1.11).
Enzimlerde aminoasit dizilim sras enzimin yapsna karar verir (birincil yap). Enzimlerin
yapsna karar veren ikinci nemli yap ise hidrojen balar (aminoasitlerdeki) ve slfr
slfr balar ile oluan boyutlu yaplardr (ikincil yap). Enzimlerin ncl yaps ise
proteinler kendi zerine kvrlarak hidrojen balar ile balanr. Bu nc yap olduka
hassas olup kimyasal ve scaklk ile kolaylkla krlarak enzim denaturasyon sebep olurlar.
Enzimlerin yaplar fiziksel koullardan ok kolay etkilenir ve scaklk, pH ve enzime
balanan kimyasallar yaplarn deitirebilir. Enzimlerin iki nemli karakteristii vardr;
Spesifiklii (hangi reaksiyonu katalizledii).
Katalizledii reaksiyon hz.
Enzimlerin katalizledikleri reaksiyonlar sonucunda elektronlar ve enerji retilir. Bu enerji

dier molekllerin oksitlenmesinde ve hcre sentezinde kullanlr. Enzimler reaksiyon sonucu
oluan enerji miktarn arttrmazlar. Sadece enerji retilmeyecek yollara (pathway)
elektronlarn kaymasn engeller. Bylece kaynaktan elde edilecek enerji miktar maksimum
olur.
Bir enzim molekl saniyede 1.000 100.000 molekl etkileyebilir. Ayrca kendileri
reaksiyon srecinde tketilmezler. Bu nedenle hcre her enzimden ok az miktarda ihtiya
duyar. Baz enzimler sadece protein yaplar nedeni ile reaksiyonlar katalizlerken bazlar
protein olmayan ksma ihtiya duyar. Eer protein olmayan ksm bir metal ise buna kofaktr
(cofactor) denir. Tablo 1.10 da metal kofaktrler ve katalizledikleri enzimatik reaksiyonlar
verilmitir. rnein Fe: oxygenose, Cytochrome, Nitrogenases enzimleri iin gerekli bir
kofaktrdr.
Eer enzimin aktif hale gelmesi iin gerekli protein olmayan ksm bir organik ise buna
koenzim (coenzyme) veya prosthetic gurup denir. Prosthetic guruplar bir enzime ok sk
balanr ve bu balanma genellikle kalcdr. Koenzimler ise genellikle daha gevek
balanrlar ve bir koenzim farkl zamanlarda farkl enzimlere balanabilir. Koenzimler
genellikle bir moleklden dier molekle kk molekllerin tanmasnda grev alr. Tablo
1.11de nemli koenzimler ve katldklar reaksiyonlar verilmitir.
Koenzimler (vitamin) ad verilen dk konsantrasyonlarda aktif ksm ierirler. Koenzimler
iin ihtiya duyulmas durumunda vitaminler dardan eklenebilir fakat hcre tarafndan
retilmezler. Enzimler katalizledikleri reaksiyon veya dntrdkleri substrat sonuna ase
eki getirilerek isimlendirilir. rnein: dehydrogenase enzimi Moleklden iki hidrojen ve
iki elektron uzaklatrr. Hydroxylase enzimi iki elektron giderilir ve molekle H2Odan
OH gurubu ekler. Proteinase : Proteinlerin aminoasitlere hidrolizinde grev alr. Hydroleases:
kompleks organikleri basit molekllere dntren enzim gurubu. Oksido redktaz:
oksidasyon ve redksiyon reaksiyonlarnda grev alarak hcre sentezi iin gerekli enerji
retilir.
Enerji oksidasyon, redksiyon reaksiyonlar ile retilir. Burada bir ortam veya moleklden
elektronlar transfer edilir. Elektron tayclar elektronlar bir ortamdan dierine transfer
ederler. Bunun olmas durumunda elektron kaynana primary elektron donor ve elektron
alcsnda- terminal elektron acceptor denir.
rnein; asetatn aerobik oksidasyonunda asettan elektron ve hidrojenler koparlr. Bu
basamak kompleks enzimatik reaksiyonlar ve elektron tayclaryla gerekleir. Cytochrome
sistemiyle tanan elektronlar nedeniyle retilen enerji, enerji tayclarna aktarlr. Enerjinin
alnmasndan sonra, elektronlar molekler oksijen ile birleerek suya dnr. Bu durumda
asetat elektron verici, oksijen terminal elektron alcsdr.
CH3COOH + 2 H2O = 2 CO2 + 8 H+ + 8 e8 H+ + 8 e- + 4 NAD+ = 4 NADH + 4 H+
4 NADH + 4 H+ + 2 O2 = 4 NAD+ + 4 H2O
Hidrolitik (Hydrolytic) reaksiyonlar sonucu normal olarak ok az enerji retirler ve hcre
tarafndan asl enerji kayna olarak kullanlmaktadrlar. Fakat hidroliz yoluyla retilen ara
rnler hcre sentezi ve enerji retiminde kullanlrlar.
Hidrolitik enzimler hcre d olabilirler ve exracellular veya exoenzyme olarak
adlandrlrlar. Bu enzimler byk moleklleri kk molekllere dntrerek hcre
duvarndan geebilecek duruma getirirler. Hidroliz amacyla kullanlan enzimler hcre ii
(intracellular veya endoenzyme) de olabilir. Bu enzimler hcre iinde faaliyet gsterirler.
Oxido-reductase enzimleri stoplazma membran zerinde bulunmakta olup hcre ii bir
enzimdir. Baz durumlarda bu enzim her iki taraftaki maddelerle reaksiyona girerler. Baz
enzimler hcre duvarnda yer alp hcre d ve hcre ii enzimler olarak grev yaparlar.

ENZM REAKTVTES
Bir enzimin bir substrata reaktivitesi spesifiklik ve kinetii ierir. Konvensiyonel gr ise;
substrat veya onun bir ksm enzimin aktif ksmna tam olarak uyarak anahtar-kilit grevi
grr. Enzim balanmadan sonra substrata gre pozisyon olarak boyutlu enzim ile substrat
birbirine fit eder. Koenzim, kofaktr yada kosubstratlar substarat ile birleerek elektrostatik
yada vibrational gler nedteniyle aktivasyon enerjisi der ve reaksiyon gerekleir.
Baz enzimler ok spesifik olup, sadece belirli bir molekle balanrken, bazlar ok fazla
spesifik olmayp bir grup molekle balanabilir. Bu enzimlerde reaksiyon hz balanan
molekle gre deiiklik gsterir. Bunun nedeni ise; her molekln enzime farkl
uyumu(fit)ndan kaynaklanmasdr. Reaksiyon hz ise substrat konsantrasyonuna baldr.
Teoriye gre enzim, substrat ile birleerek ES kompleksi oluturur. Bu kompleks daha sonra
ayrlarak product ve enzim oluur.
E+S
K1
ES
K-1
ES
K2
E+P
K-2
E ES = Toplam free (srebest) enzim
ES oluumu :
(dES \ dt) = k1*(E-ES)*S
E + P den ES oluumu ihmal edilebilir.
ES den E ve P retimi
(- dES \ dt) = k -1* ES + k2 * ES
Steady state durumunda ES oluum ve bozunma hz eittir.
k1*(E-ES)*S = k -1* ES + k2 * ES
S*(E-ES)\ES = (k -1 + k2) \ k1 = Km
Michealis-Menten Katsays
ES = (E-ES)*S \ Km
(ES) * Km = ES - (ES)*S
ES * (Km + S) = E*S
ES = E*S \ (Km + S)
Bizim amacmz rn oluum hzn bulmak olup, V= k2 * (ES) ile verilir. Bu durumda;
V = k2*E*S \ (Km + S)
Eer S >> Km ise;
V = k2*E*S \ (Km + S)
hmal
V = k2*E = Vm
Buna gre; V = k2*E *S \ (Km + S)

Vm
V = Vm* S \ (Km + S)
V = Vm\ 2
MCHAELS-MENTEN DENKLEM
S = Km olur.
Dk Km
Yksek substrat afinitesine sahip olup Vm deerine dk substrat
konsantrasyonlarnda ulalr.
Scaklk ve pH deiimleri, enzimin ikincil ve ncl yaplarn deitirerek enzim
aktivitesini etkiler. Optimum pH ve scaklktan sapmalar bakteri bymesini etkilemesine
benzer olarak enzim aktivitesini de etkiler. Optimum scaklna eriinceye kadar scaklktaki
her 10 0C lik art hz iki katna karr. Optimum scakla aldktan sonra enzimler
bozunur (denaturation) ve hz der.
Baz kimyasallar enzime balanarak hzlarn drrler. Baz toksik maddeler atksuda
bulunursa kolay paralanabilen organiklerin tketilmesini etkiler. Baz durumlarda toksik
maddeler enzimi yok etmez ve toksik maddenin ortamdan alnmas durumunda enzim tekrar
aktif hale gelir. Reversible inhibasyon iki eittir. Competitive ve noncompetitive inhibisyon.
Competitive inhibisyonda; inhibitr madde substrat ile benzer yapya sahip olup enzim
zerindeki aktif blge iin substrat ile inhibitr yarr. rnein; Trichloroethene (TCE),
metan monooxygenase enzimindeki aktif blge iin ile yarr ve metan oksidasyon hz der.
Eer metan konsantrasyonu arttrlrsa hz tekrar ykselir. nk TCE metan ile yerdeitirir.
Competitive inhibasyon iin verilen forml;
V = (Vm*S) \ (S + Ks*(1 + I \ KI))
I : nhibitr konsantrasyonu
KI : Competitive inhibisyon katsays
I konsantrasyonunun artmas Ks in artmas anlamna gelip hz azalacaktr. KI ne kadar
dkse I o kadar toksiktir.
I
KI

Non-competitive inhibsyonda ise kimyasal (I) metalik aktivatr ile kompleks oluturur veya
enzim zerinde aktif blge dnda bir blgeye balanarak enzimin substrata olan
reaktivitesini azaltr. rnein; demir gerektiren enzimlerde siyanr non-competitive
inhibisyon yapar. nk siyanr demir ile gl kompleks oluturur. Ayrca Cu (II), Mg (I)
ve Ag (I) gibi metaller cysteine (proteinlerdeki bir aminoasit) lerde bulunan slfihidril (-SH)
grubuyla birleerek enzimi etkiler. Substrat konsantrasyonunun artmas inhibisyonu ortadan
kaldrmaz. Denklem ise;
V = Vm \ (Km + S) * 1\ (1 + I/KI)
V = (Vm \ ) \ (S + Km)
Bir inhibisyonun competitive veya non-competitive olup olmadna karar vermek iin Km ve
Vm deerlerine baklr. Eer I; Km i etkilerse competitive, Vm i etkilerse non-competitive
inhibisyondur.
ENZM AKTVASYONUNUN REGLASYONU
Mikroorganizmalar yzlerce enzim retebilirler. Fakat her enzim her an retilmez. Bu
enerjinin bouna kaybdr. Dolaysyla, gerektii zamanda gerektii kadar enzim retilir ve
retilen enzim iin ihtiya ortadan kalktnda enzim retiminin durmas gerekmektedir. Bu
reglasyon enerjinin optimum kullanm iin gereklidir. retilen fazla enzim paralanarak
aminoasitlere dntrlr ve baka enzim yapmnda veya hcre eleman yapmnda
kullanlr. Bylece enerji boa harcanmam olur.
ENERJ KAZANIMI
Mikroorganizmalar ve tm yaayan canllar oksidasyon redksiyon reaksiyonlar sonucunda
ortaya kan enerjiyi kullanrlar. Birincil (primary) elektron vericisinden kopartlan
elektronlar, elektron tayclar ile son elektron alcsna aktarlr. Elektron alcs indirgenir
ve elektron tayc tekrar serbest hale geer. Bu arada ortaya kan enerji, enerji tayclar
yoluyla alnr.
ELEKTRON VE ENERJ TAIYICILAR
Elektron tayclar ikiye ayrlr; hcre stoplazmasna serbeste difz edebilen enzimler ve
stoplazma membrannda enzime yapk olanlar. Hcre iine difz edebilen enzimlerden en
nemli koenzimler nicotinamide adenin dincleotide (NAD+) ve NADP+ dir.
NAD+ enerji reten katabolik reaksiyonlarda grev alrken, NADP+ biyosentez (anabolik)
reaksiyonlarda grev alr. Stoplazma membrannda bulunan en nemli elektron tayclar
NADH dehydrogenoses, flavoproteinler, stokrom ve quinon lerdir. Bir hcrede grev yapan
elektron tayclar elektron alc ve vericilerdeki enerji seviyesine baldr.
NAD+ ve NADP+ iin reaksiyonlar;
NAD+ + 2 H+ + 2e- NADH + H+
NADP+ 2 H+ + 2e- NADPH + H+
G = 62 kj
G = 62 kj
NAD+ ve NADP+ bir moleklden iki elektron ve iki proton kopartarak indirgenmi formlara
dnr. Reaksiyonlarn serbest enerjisi pozitiftir. Bu, NADH retebilmek iin organik
moleklden enerji alnmas gerektiini gstermektedir. Eer O2 son elektron alcs ise
elektron olarak braklan enerji birok elektron tayc zincirden geerek oksijene aktarlr ve
enerji retilir.
NADH + H+ NAD+ + 2H+ + 2eG = - 62 kj
O2 + 2 H+ + 2e- H2O
G = - 157 kj
Net : NADH + H+ + O2 NAD+ + H2O G = - 219 kj
Dolays ile organik molekllerden elektronlar yolu ile transfer edilen enerji dier elektron
tayclarna ve en sonunda da oksijene tanr. Bu durumda her molekl NADH iin 219 kj
enerji retilir.
Peki bu enerji nasl tutulur?
Bu tutulma, elektron tayclar vastas ile tanan enerjinin enerji tayclara aktarlmasyla
olur. En nemli enerji taycs adenosine triphosphate (ATP) dir. Enerji bir elektron
taysndan serbest braklrsa bu enerji bir fosfat molekln adenosine diphosphatea
eklemek iin kullanlr.
ADP + H3PO4 ATP + H2O
ADP + P ATP
G = 32 kj
G = 32 kj
veya
Bir ATP molekl sadece 32 kj enerji ile oluturulabilmektedir. Fakat yukardaki rnekte
gsterildii gibi bir NADH moleklnden 210 kj enerji elde edilmektedir. Dolays ile teorik
olarak bir NADH moleklnden yaklak 6 mol ATP retilir.
Fakat gerekte bir NADH moleklnden 3 mol ATP retilmektedir. Bunun nedeni ise
reaksiyonlarda hibir zaman enerji % 100 verimle aktarlmaz ve gerekte NADHtan ATP
retiminde verim yaklak % 50 dir.
Peki 1 mole NADHdan anaerobik koullarda ka mol ATP retilir?
Farkl elektron alclar iin serbest enerjiler hesap edilerek bu soru cevaplanabilir.
NO3- : NADH+ 2/5 NO3- + 7/5 H+ NAD+ + 1/5 N2 + 6/5 N2O G = - 206 kj
SO4- : NADH + SO4- + 11/8 H+ NAD+ + 1/8 H2S + 1/8 HS- + H2O G = - 20 kj
CO2 : NADH+ 1/4 CO2 + H+ NAD+ + CH4 + H2O G = - 15 kj
Hesaplamalara gre NO3- elektron alcs olarak kullanldnda oksijene yakn bir enerji
retmektedir. Fakat SO4- oksijene kyasla 11 kat, CO2 ise yaklak 15 kat daha az enerji
retmektedir. Bu hesaba gre 1 mol NADH oksidasyonu ile slfat ve CO2 elektron alc olursa
bir mol ATP (32 kj) retilememektedir. Bu durum biyokimyaclar artm olup slfat ve
CO2 indirgenmesi ile enerji retilemeyeceine inanmaya itmitir. Bu bulmacay 1961 ylnda
ngiliz bilim adam Peter Mitchell zerek Nobel dl kazanmtr. Bu modele gre, ATP
retimi hcre membrannn hemen dnda oluturulan proton motive force ile retilmekte
olup PMF elektron transport reaksiyonlar ile olumaktadr ve direkt NADH oksidasyonu ile
retilememektedir. Denklemde grld zere;

NADH + H+ NAD++ 2 H+ + 2e- G = - 62 kj

NADH elektronlar vererek NAD+ ya oksitlendii zaman bir proton salmaktadr. Bu
proton hcre duvarnn dna atlarak Membran boyunca bir pH ve proton gradyant
oluturur. Bu bir pildeki olaya benzer bu proton gradyantnda depolanan kimyasal enerji
hcre iine iyon transferi, haraket ve ATP retimi amac ile kullanlr. Asl nemli olan
nokta; NADHdan elektronlarn son elektron alcsna transferi direkt ATP molekl
retimi ile alakal olmamasdr. Proton motive force; ATP retimi iin yeterli seviyeye
ulancaya kadar elektron transferi ile byr. Daha sonra elektron bir alcdan dierine
aktarlr ve bu srada alnan protonlar hcre dna atlarak hcre membran dnda ihtiya
duyulan potansiyel oluturulur.
ATP ierisinde depolanan enerji hcre sentezi ve korunumu iin kullanlr. ATP hcre
iine difz eder ve enerjiye ihtiya duyulduu zaman ATP, ADP ve fostafa dnerek
enerji serbest braklr. Bu durum ekil 1.13de gsterilmitir.
ENERJ VE ELEKTRON YATIRIMI

ATP ve NADH baz enerji reten reaksiyonlar iin gerekli bir yatrmdr. rnein Coenzim-a
(CoA) ya asitlerine balanarak onlar aktive ederler ve dier enzimler tarafndan
paralanarak enerji retilmesine yardmc olur. Fakat CoAnn ya asitine balanmas ATP
gerektirir.
R-COOH + H CoA + ATP R COCoA + ADP + H3PO4

kinci verilelecek rnek ise bir dizi reaksiyon gerektiren ve hidrokarbonlarn degredasyonunu
balatan oxygenations reaksiyonlardr. Oxygenase enzyme O2 moleklnden organik
molekle oksijen katlmasn katalizler. Bir ok toksik organik bileiin (alifatik
hidrokarbonlar, aromatik bileikler; benzen, polycylic aromatik hidrokarbonlar, naftalin)
paralanmas byle balar. Dioxygenation reaksiyonunda ise iki OH gurubu eklenir ve ne
NADH retilir ne de tketilir. rnein toluene (C7H8)nin dioksygenation reaksiyonu ile
katekol retilir.
(C7H8) + O2 C7H8O2
Bu reaksiyon iin iki mol NADH n ve ATP nin yatrm olarak kullanlmas gerekir.
METABOLZMA
Metabolizma hcredeki tm kimyasal proseslerin toplamdr. Metabolizma; katabolizma ve
anabolizma olarak ikiye ayrlr. Katabolizma enerji reten reaksiyonlardr. Bunlar organik
maddelerin oksidasyonu veya gne enerjisinin kullanm ile olur. Anabolizma ise karbon
kaynandan hcre retim reaksiyonlardr; dolays ile katabolizma anabolizma iin gerekli
enerjiyi retilir.
Katabolizmada enerji reten substat kademeli olarak oksitlenerek nce ara rnler
(metabolitler) retilir. Daha sonra ise son elektron alcsna aktarlr. Oksidasyon sonucunda
kimyasal enerji elektronlar eklinde retilir ve bu elektronlar NADH gibi elektron alclarna
aktarlr ve ATP retilir. Elektronlar ve enerji ieren fosfat moleklleri (ATP) hcre sentezi,
koruma, haraket gibi faaliyetlerin ihtiya duyulduu yerlere aktarlr. Katabolizma ve
anabolizma arasndaki enerji transferine enerji coupling denir.
Hcre byme ve koruma iin gerekli enerjiyi kimyasallarn oksidasyonundan (chemotrophs)
veya fotosentezden (phototrops) alr.
Chemoototroflar
Chemoorganotrops
(heterotrof)
Chemolithotrops
(ototroflar)
Organikleri
oksitleyerek enerji
kazanr.
norganikleri
oksitleyerek enerji
kazanr.
Her iki durumda da enerji elektronlar eklinde retilir ve bu elektronlar enerji coupling ile
anabolizmaya transfer edilir. Bu da ATP gibi koenzimlerin kullanlmas ile olur.
Katabolizmada retilen ATP anabolizmada kullanlr.
ekil 1.14te Hans A. Kreps tarafndan nerilen organiklerin katabolizmi iin oksidasyon
emas verilmitir. Btn organik molekller bu emaya uyar. Fakat, enerji retimi iin
inorganiklerin veya gne nlarnn kullanld durumlarda bu ema geerli olmaz.
1. Basamak : Hidroliz Byk molekller kk molekllere ayrlr. Az enerji retilir.
2. Basamakta tm ya asitleri ve aminoasitleri asetil CoAya dntrlr. Asetil CoA
asetik asit ve Koenzim Ann komplekslemesi ile retilir. Asetil CoA retimi
dnda aminoasitlerden ketoglutorate, succinate, fumarote ya da oxalaasetat
oluur.
Bu iki basamakta hcre kullanm iin enerji retilebilir. Son olarak 3. basamakta ikinci
basamaktaki rn sitrik asit dngsne girer ve CO2 ve H2Oya dntrlr. nc
basama kreps ya da sitrik asit dngs denir. Hcrenin kullanm iin en ok enerji ve
elektron bu basamakta retilir. Heterotroflar tek bir organik maddeyi hem katabolizma hem de
anabolizma iin kullanabilir. ekil 1.14te 2. basamak ya da 3. basamak ara rnleri
anabolizmada hcre materyali retmek iin kullanlr.
Baz durumlarda organizma baz yap talarn retmek iin gerekli vitamin ya da aminoasiti
retemez. Bu durumda gerekli vitamin ve amioasitler baka organizma tarafndan retilir ya
da bytme ortamna dardan eklenir. Birok byk ve gelimi organizma, rnein insan,
gelimeleri iin baz anahtar organik bileikleri retemezler. Bu gerekli vitamin ve
kofaktrleri hayvansal gdalardan almak zorundadr. Kk boyutlarna ve insanlara kyasla
ok kk olmalarna ramen birok bakteri ihtiya duyduklar btn materyalleri kendileri
retir.
KATABOLZMA
Mikroorganizmalar enerji ihtiyalarn oksidasyon redksiyon reaksiyonlarndan alrlar.
Oksidasyon elektron gideren ya da uzaklatran bir reaksiyondur, redksiyon ise elektron
kazandran bir reaksiyondur. Oksidasyon - redksiyon reaksiyonlarnda elektron olarak
indirgenen bileie elektron alc (elektron acceptor), elektron vererek oksitlenen bileie
elektron verici (elektron donor) ad verilir. Baz durumlarda (fermentasyon) elektron verici ve
alc ayn bileiktir.
Genel olarak elektron verici, organizmann besinidir. Elektron vericiler organikler ve dier
baz indirgenmi inorganiklerdir (rnek : HS-, Amonyak, Hidrojen).
Elektron alclar ise olduka az sayda olup oksijen, nitrat, nitrit, Fe (III), slfat, CO2
saylabilir. Fakat son yllarda farkl elektron alclarn olduu bulunmutur; Klorat, perklorat,
selenat, klorlu organik bileikler. Bu bileikler evre iin zararl bileikler olup
mikroorganizmalar tarafndan indirgenerek zararsz bileikler oluturmas ve
mikroorganizmalar tarafndan elektron alc olarak kullanlmas giderek byyen bir ilgi
ekmektedir. Her bir elektronun trasferi ile serbest braklan enerji miktar, elektron alc ve
vericinin kimyasal zelliklerine baldr. Bu reaksiyonlar yar (half) reaksiyonlar ile en iyi
gsterilir. Asetat ve O2 iin;
Asetat : 1/8 CH3COO- + 3/8 H2O 1/8 CO2 + 1/8 HCO3- + H+ + eO2 iin : O2 + H+ + e- H2O
G = - 27.40 kj
G = - 78.72 kj
Net : 1/8 CH3COO- + O2 1/8 CO2 + 1/8 HCO3- + 1/8 H2O
G = - 106.12 kj

10
G0 standart artlarda ve pH = 7 de serbest braklan enerji miktarn gstermektedir.

Denklem bir elektron iin yazlm olup toplam net enerji 106.12 kj / e- eq. Buradaki (-)
enerjinin serbest brakldn yani enerji aa karan bir reaksiyon olduunu
gstermektedir.
Elektron alc deitike retilen enerji deiir.
Asetat - kabondioksit (asetat kullanarak metanogenesis)
e- verici : 1/8CH3COO-+3/8H2O 1/8 CO2+1/8HCO3-+H++ee- alc : 1/8CO2 + H+ + e- 1/8 CH4 + H2O
Net
1/8CH3COO-+1/8H2O 1/8 CH4 + 1/8 HCO3
G = -27,40 kj
G = 23,53 kj
G = -3,87 kj
Glukoz ve CO2
1/24 C6H12O6 + H2O CO2 + H+ +e1/8 CO2 + H+ +e- 1/8 CH4 + H2O
G = -41,35 kj
G = 23,53 kj
Net
G = 17,82 kj
: 1/24 C6H12O6 = 1/8 CH4 + 1/8 CO2
Hidrojen ve O2 (Hidrojenin aerobik oksidasyonu)

H2 H+ + eH+ + e- + O2 H2O
G = -39,87 kj
G = -78,72 kj
Net : H2 + O2 H2O
G = -118,59 kj
ekil 1.15te elektron alc ve vericiler iin enerji seviyeleri verilmitir. Enerjinin serbest
braklmas iin elektron vericinin denklemi alcnn stnde olmas gerekir. Ayrca alc ve
verici arasndaki mesafe ne kadar fazla ise o kadar ok enerji retilir. rnein asetat SO4
ikilisinde Asetat elektron verici SO4 elektron alc olup retilen enerji: 20 27 = - 7 kj /e.q
Glucose - SO4 : 20 40 = -20 kj
Etanol - SO4 : 20 30 = -10 kj /e.q
Etanol O2 : -80 30 = -110 kj /e- -e.q
Fermentasyonda organik molekl hem elektron alc hem de elektron verici olarak kullanlr.
Molekln bir ksm oksitlenirken dier ksm indirgenir. Oluacak olan enerji ise rnlere
bal olarak deiir. rnein fakltatif ve anaerobik bakteriler glukozu fermante ederler bu
fermantasyon sonucunda etanol, asetat, hidrojen veya bunlarn karm retilebilir. rnein
glukozun etanole fermentasyonu ekil 1.15 kullanlarak : 30 40 = - 10 kj/e- -e.q bulunur.
Ra Rdden;
Ra : 1/6 CO2 + H+ + e- 1/12 CH3CH2OH + H2O
-Rd : 1/24 C6H12O6 + H2O CO2 + H+ + e-
G = 30 kj
G = -40 kj
Net : 1/24 C6H12O6 1/12 CH3CH2OH + 1/12 CO2
G = -10 kj

11
Eer glukoz etanol yerine asetata fermente edilirse retilen enerji: -14 kj/e- -e.q bulunur.
Fermentasyonun olabilmesi iin balang organik maddenin yksek G a sahip olmas
gerekir.
Serbest enerji deiimi hesabna gre hangi pathwayin kullanld braklan enerji miktarn
deitirmeyecektir. Fakat organizma asndan bakldnda pahtway nemli olup retilen
enerjinin ne kadarnn organizma tarafndan kullanlabilecei pathwaye gre deiiklik
gsterir. Bazen yatrm gerekli olup net enerji kazanmn etkiler. rnein; molekl
monooxygenase enzimi ile aktive etmek.
DOYMU HDROKARBONAR, ALKOLLER, ALDEHTLER VE KETONLAR
Hidrokarbonlar sadece karbon ve hidrojen ierirler alifatik ( benzen halkas iermeyen ) veya
aromatik (benzen halkas ieren) olabilir. Hidrokarbonlar, gl C-C ve C-H balar nedeni
ile kimyasal ve biyolojik paralanmaya direnlidir. Gl balara sahip hidrokarbonlarda ilk
paralanma aamas oxygenation admdr. rnek: Metan monooxigenation ya da toluene
dioxigenation.
CH4 + NADH + H+ + O2 CH3OH + NAD+ + H2O
C7H8 + O2 C7H8O2
Her iki reaksiyon iin de molekler O2 gerekmekte olup, NADH monooksygenation iin
kosubstrat olarak kullanlr.
Oxygenation reaksiyonu termodinamik olarak harcama gerektiren pahal bir basamaktr.
yle ki; NAD+ NADHa indirgemede kullanlabilecek olan elektronlar O2i H2Oya
indirgemek iin kullanmakta olup hcre bundan bir enerji kazanmamaktadr. Bu byk enerji
kayb nedeni ile hidrokarbon oksidasyonunda ok daha az bakteri retilecektir. Fakat bu
oxygenation yani oksitlenme reaksiyonu art olup hidrokarbonu NADH- reten reaksiyonlar
ile daha kolay oksitlenebilecek bileiklere dntrr. Anaerobik koullarda da
hidrokarbonlarn paralanmas gzlenmekte olup yine ilk adm molekle O2 kazandrarak
alkole dntrmektadir. Bu basamak iin gerekli O2 anaerobik koullarda baka
organiklerden veya sudan elde edilir.
ekil 1.16da dz zincirli bir hidrokarbonun oksidasyonu verilmitir. lk basamak
monooxygenation olup iki elektron ve NADH gereklidir. Bu basamak hcre tarafndan
karlanr fakat dier basamakta NADH retir.
ekil 1.16da oluan ya asidi, ekil 1.17de gsterildii gibi oxidasyon prosesi ile
oksitlenir. Organik asidin karboksil gurubundaki ikinci karbon karbon atomu olup
oksidasyonu ile oksitlenir. oksidasyonunda ilk adm; Koenzim ann ilavesidir. HS CoA
olarak gsterilen koenzim A molekle ilave edilerek molekl aktif hale getirilir ve sonraki
oksidasyonlar iin molekl hazr hale getirir. Bu aktivasyon basama bir yatrm basama
olup ATP formunda enerji gerektirir.
Bu yolla retilen elektron ve protonlar elektron tayclarna aktarlr. FAD ve NAD+
elektron ve H+ni alarak FADH2 ve NADHa dnrler. lk basamakta elektronlar NAD
yerine FAD a aktarlr. Bunun nedeni ise daha az enerji retmekte olup daha az enerji
tamada kullanlan FAD bu basamakta grev alr.

12
Alkan :
R CH2 CH2 CH3

Monooxygenation
NADH + H+ + O2
NAD+ + H2O
H
Alkol :
R CH2 CH2 C OH
H
NAD+
Dehydrogenation
NADH + H+
O
R CH2 CH2 C H
Aldehit :
NAD+ + H2O
NADH + H+
O
Asit
Hydroxylagion
R CH2 CH2 C OH
ekil 1.16
KARBONHDRATLAR
Karbonhidratlar selloz, niasta ve komplex ekerler gibi polisakkaritlerdir. Enzimatik
hidroliz sonucunda karbonhidratlar genellikle 6 karbonlu heksoza ve 5- karbonlu pentoza
dnr. Bu basit ekerler asetata kyasla elektron bana daha fazla enerji ihtiva ederler. Bu
nedenle karbonhidratlarn anaerobik fermantasyonu ile bakteriler enerji retirler ve daha az
enerji ieren son rnlere dntrrler. Fakat, son elektron alcsnn olmas durumunda
karbonhidratlar asetil koenzim a ya dnr. Ve bu da dier organik substratlar gibi sitrik
asit dngsne girer.
Burada ilk olarak glikozun asetil CoA ya dnm ve fermantasyonu hakknda bilgi
verilecektir. ekil 1.19 da glikozun asetil CoA ya dnm verilmitir.
13
HS-CoA

14
ATP formunda enerji verilmesi ile glikoz 3- karbon atomlu iki molekle dntrlr
(gliseraldehit 3-fosfat). Adm adm oksidasyon ile glikoz 3 karbon atomlu iki mol pirvata
oksitlenir. Pirvat, karbonhidratlardan daha fazla oksitlenmi bir molekldr. Daha sonra
NADH+ CO2 braklarak asetil - CoA ya dntrlr. Asetil CoA sitrik asit dngs ile
oksitlenir. Genel reaksiyon;
C6H12O6 + 2HSCoA+4NAD++2ADP+Pi 2 CH3COSCoA+4 NADH+2 ATP+2 CO2 + 4H+
Eer ortamda elektron alcs (oksijen gibi) yoksa birok fakltatif organizma organik
maddeleri enerji kayna (elektron verici) ve elektron alcs olarak kullanr. Fermantasyon
prosesi birok basamak iermekle beraber glikozdan pirvata gider veya asetil CoA
retilmeden durur.
C6H12O6 + 2 NAD+ + 2ADP+ 2Pi 2 CH3COCOO- + 2 NADH+2 ATP+4H+
Denklemden grld gibi glikozun fermantasyonu ile iki mol ATP retilir bu yolla
oksidasyona substrat dzeyinde fosforilasyon denir. Fakat, ATP yannda ayrca 2 NADH da
retilir. Organizmann son elektron alcs olmad iin NAD+ retimi amacyla bu iki
elektrondan kurtulmas gerekmektedir. Organizma bunu; elektronlar pirvata aktararak yan
rnler oluturarak gerekletirir. Bu yan rnler: etanol asetat ya da dier basit bileikler
olabilir (r: proponol, butanol, succineate, butrat ve H2). Hangi ara rnlerin oluaca
organizmaya ve evre artlarna baldr. ok bilinen bir fermantasyon olan glikozun entanole
fermantasyonu aada verilmitir.
C6H12O6 2 CH3CH2OH + 2CO2
Burada etanol piruvat ve NADHdan iki basamakta gerekleir.
Pirvattan asetaldehit oluumu :
CH3COCOO- + H+ CH3CHO + CO2
Asetaldehit ve NADHdan etanol retimi
CH3CHO + NADH + H+ CH3CH2OH + NAD+
Net reaksiyonu ise ;
C6H12O6 + 2ADP + 2Pi 2 CH3CH2OH + 2 CO2 + 2 ATP
Alkol fermantasyonu ile glikozdan iki mol ATP retilmekte olup pirvatn etanole
indirgenmesi ile btn NADHlar tekrar NAD+ ya dntrlr. Glikozdan asetat
fermantasyonu daha fazla enerji retmekte olup birok durumda fermantasyon sonucu uucu
y a asitleri retilir.
STRK AST DNGS
Daha nce grdmz gibi besinler nce hidrolize urar daha sonra ise ksmen oksitlenerek
NADH ve Asetil CoA ya veya sitrik asit bileenlerinden birine dnr. Son elektron alcnn
olmas durumunda da Asetil CoA sitrik asit dngsne girer. Sitrik asit dngs ekil 1.20 de
verilmitir. Dngnn balamas iin Asetil CoA nce oxaloasetik asit ve su ile birleip sitrik
asidi oluturur. Ksaca sitrik asitte gerekleen nemli olaylar;
15
1) Asetattaki 8 elektron 4 basamakta giderilerek 3 NADH ve 1 FADH2 oluturulur.

2) 4 Basamak H2O ekler, 1 basamak H2O giderir.
3) Son basamakta molate oksaloasetata oksitlenir ve oksaloasetat asetil CoA ile
birleip sitrik asit oluturmak sureti ile yeni dngy balatr.
Reaksiyon :
CH3COSCoA+3NAD+ +FAD+GDP +Pi+3 H2O CO2+3NADH + FADH2+GTP+3 H+
+HSCoA
Eer glukoz katabolizmasna dnp net toplam reaksiyonu yazarsak
C6H12O6 +10 NAD+ + 2FAD + 2ADP + 2GDP + 4Pi + 6H2O 6CO2 + 10NADH + 2FADH2
+ 2GTP + 2ATP + 10H+
Dolays ile NADH ve FADH2 nin bir elektron alcya giderek NAD+ ve FAD tekrar elde
etmek gerekir bylece yksek enerji elde etmek iin oksidatif fosforilasyon gereklidir.
OKSDATF FOSFORLASYON
Oganizma biyosentez iin olduka fazla ATP formunda enerjiye ihtiya duyar. Bu enerji
NADH ve FADH2 eklinde depolanan enerjiyi ATPye evirerek karlanr. Asl sorun
organizma elektron tayc olan NADH ve FADH2yi nasl enerji molekl olan ATP ye
evrilecek? Bunlar byme haraket ve hcre koruma amac ile kullanlacak. te elektron
tayclarda biriken enerji oksidatif fosforilasyon ile enerjiye dntrlr. Bu terimle
ilikili solunum yani respirasyon ise elektron alcnn indirgenmesidir. Oksidatif
fosforilasyon respirasyon yolu ile hcre iin enerji retimidir. Ortaya kacak olan enerji
miktar kullanlacak olan elektron alcsna baldr. Eer oksijen elektron alc olarak
kullanlrsa olduka yksek miktarda enerji retilecek olup bir mol NADHdan 3 mol ATP
retilebilir.
16
ATP = ADP + Pi
G = -32 kj/mol ATP
Bu bir mol NADHdan ne kadar ATP retebileceine dair bir fikir vermektedir. Hcrelerdeki
konsantrasyonlar baz alnrsa gerek deeri yaklak -50 kj/mol ATP dir. Farkl enerji
seviyesinde olan bir elektron alcs (rnein nitrat) iin daha farkl ve muhtemelen daha az
sayda protein ve stokrom gerekir. Eer NO3-, slfat gibi daha potizif G deerine sahip bir
elektron alc kullanlrsa merdiven stokrom ao3 den nce sona erer (ekil 1.22).
G
40
CO2 + H+ + e- 1/24 C6H12O6 + H2O
30
NAD+ +1/2 H+ + e- NADH
20
Flavoprotein
10
Iron Sulfur protein
Quinone
-5
Stokrom bci
-25
Stokrom c
-15
Stokrom oo3
-78
O2 + H+ + e- H2O
Elektronlar NADHdan her bir e- taycna geerken protonlar serbest braklr ve bu

protonlar ya hcre dna pompalanr veya hcre iinde OH- ile reaksiyona girer.
NADH (in) + H+(in) + FP(ox) NAD+ (in) + 2 H+ (out) + FP (red) 22 H2O (in) 2 H+ (in) + 2 OH(in)
En ok iyon ayrm elektronlarn Flavoprotein den stokrombce geerken olur. H+ ve OHiyonlarnn hcrenin frkl ksmlarna (d ve i) pompalanmas bir proton motive Force
(PMF) yaratr. PMF bir enerji gradyant olup ADP ve fosfattan ATP retimi amacyla
kullanlr.
H+ (out) + ADP + P H(in) + ATP

17
Eer son elektron alcs O2 deilde baka bir e- alcs olunca PMF oluumu iin daha az
enerji olacaktr. Dolaysyla, daha fazla NADH oksitlenerek ATP oluumu iin gerekli PMF
oluturulur.
Tekrar Glikoz rneine Dnersek;
Glikozdan nce asetil CoA oluacak:
C6H12O6 +2 HSCoA+ 4NAD+ + 2ADP+2Pi 2CH3COSCoA + 4NADH+2ATP+2CO2+4H+
Sonra asetil CoA oksitlenerek (sitrik asit dngs)
2CH3COSCoA + 6 NAD+ + 2 FAD+2GDP+2Pi+6H2O 4CO2 + 6NADH+2FADH2 +2GTP
+ 6H+ + 2 HSCoA
Dolays ile glikozdan toplam 2 ATP, 10 NADH, 2 FADH2 ve 2 GTP oluur; oluan NADH
ve FADH2 elektron alcs olan O2 e giderse her bir mol NADHdan PMF yoluyla 2,5 ATP
ve her bir mol FADH2 den 1,5 mol ATP retilir. Buna gre toplam denklem:
C6H12O6 + 6 O2 +30 ADP +2 GDP+32 Pi 6 CO2 +6 H2O + 30 ATP + 2 GTP
Mikroorganizmalarn organik maddelerden enerji retim verimleri %100 olmaz. Bu durum
Tablo 1.12de verilmitir.
Tablo 1.12. Glikozdan ATP retiminde enerji verimi
Reaksiyon
C6H12O6 + O2 6 CO2 + 6 H2O

C6H12O6 2 CH3CH2OH + 2 CO2
C6H12O6 3 CH3COO-+3 H+
-2882
-244
-335
ATP
Oluum
Says
32**
2
3
Toplam
ATP/ADP
Enerjisi (kj)
1600
100
150
Enerji
Transfer
Verimi
% 56
% 41
% 45
1 mol ATP = 50 kj, ** 30 mol ATP + 2 mol GTP Tablodan grld zere enerjinin
yaklak yars ATP oluumuna aktarlabilecektir. Bu enerji hcre oluumu reaksiyonunda
kullanlrkende enerjinin yaklak yarsnn kaybolaca dnlrse, organik maddeden hcre
sentezi iin toplam verim ;
0,5 * 0,5 = %25 civarnda olur.
Bu enerji transfer verimi her organizmada farkllk gstermekle beraber maksimum % 60
beklenmelidir. Eer ortamda enerji uncoupling toksik bileikler varsa veya evresel koullar
optimum deilse, organizma elektronlarn bir ksmn bu toksik etkileri bertaraf etmek iin
kullanr. Bu durumda enerji verimi decektir. rnein tetrokloroetilenin H+ varlnda
indirgeme reaksiyonu aada verilmitir.
2 H2O + CCl2 = CCl2 CHCl + 2 H+ + 2 Cl-
G = - 374 kj.
Yaplan almalarda 1 mol H2 oksidasyonundan 1 mol ATP retildii yani reaksiyondan

toplamda sadece 100 kj enerji elde edildii bulunmutur. Buna gre enerji transfer verimi
sadece 100/374 % 27dir. Bunun nedeni FeClnin toksik etkisidir.

18
Bazen enerji sadece hcre sentezi iin kullanlmaz. Hareket ve hcre elemanlarnnn
yenilenmesi iin de kullanlr. Peki ne kadar enerji hareket iin kullanlr ve bu enerji substrat
katabolizminden hareket enerjisine nasl aktarlr? Bir ok bakteri flagella denen kamlaryla
hareket ederler. Salmonella typhimurium alt flogellaya sahiptir. Saat ynnn tersine bu alt
flogellay evirerek 100 tur/saniye ile dndrmek suretiyle ilerler ve 25 m/sn hzla hareket
eder. Bu ortalama olarak bir saniyede kendi boyunun 10 kat kadar yol alyor demektir.
Hareketi salayan PMF dur. Bir flagellann ir turu iin 1000 proton gerekir. Dolaysyla alt
flagella iin 600.000 proton/sn gerekmektedir. Bu ok byk bir rakam gibi grnse de br
mol maddenin 6.02.1023 olduu dnlrse bunun ok da yksek bir rakam olmad ortaya
kar. Gerekte hareket iin retilen tm enerjinin sadece yaklak %1i kullanlr. Hcre
enerjiyi direk olarak PMFdan alarak ATP kullanmaz. Bu daha etkili bir yol olup kullanlacak
enerji ve elektron tayclarnn says azaltlr. Ne kadar az transfer eleman kullanlrsa o
kadar etkili ve verimli bir ekilde enerji kullanlacaktr.
Fototrofik enerji Transferi
Birok fototrofik organizma enerjisini gneten alr. In enerjisi dalga boyu ile alakaldr.
Grnr blge dalga boyu 400-700 nm arasnda olup enerji 170-300 kj/Einstein arasnda
deiir. Peki organizma nasl alarak enerjiye dntrr? Klorofiller hcrenin k tutan
pigmentleridir. Genellikle klorofil yeildir nk klorofiller normal olarak krmz ve pembe
tutar ve yeil n tutamazlar. Tutamadklar bu yeil k fotosentetik pigmentlerden geri
yansr. Fakat btn fotosentetik organizmalar yeil deildir. In dier enerji boyutlarn
absorplayan organizmalar kahverengiden krmzya farkl renklerde olabilir. Aerobik ve
anaerobik fotosentezde reaksiyonlar deimekle birlikte sonu olarak ATP ve oksitlenmi bir
rn ortaya kar. Oksijenik fotosentezlerde net reaksiyon,
H2O + NADP+ + 2 ADP + Pi NADPH + H+ + ATP + 0,5 O2
Bu denklemin oluumundan ortalama 400 500 kj enerji kullanlmakla beraber ortaya kan
NADPH ve ATP DEK TOPLAM SERBEST ENERJ 251 kjdr. Dolays ile gne
nndaki enerjiyi kimyasal enerjiye evirmedeki verim % 50 60 civarndadr.
Anoksik fotosentezde mor ve yeil bakteri gibi bakteriler anaerobik koullarda fotosentez
yapar. Bu durumda redktant olarak H2O yerine H2S kullanlarak NADPH retilir ve O2
yerine de S retilir. Dolaysyla mikroorganizmalar birok farkl koulda enerji retebilir.
Anabolizma: Anabolizma hcre sentezidir. Basit olarak katabolizmann tersidir. Basit
kimyasal precusorlar (asetat gibi) daha kompleks yap bloklarna dntrlr (glikoz gibi).
Daha sonra bu kompleks yap bloklar daha byk makromolekl yapmnda (protein,
karbonhidrat, ya, nkleik asit ve dier hcre bileenleri) kullanlr. Katabolizma ve
anabolizmada kullanlan enzimler farkldr.
Anabolizmada iki seenek vardr. Birincisi organik karbon kullanarak hcre sentezi
(heterotrof), ikincisi ise inorganik karbonun kullanld ototrofik byme. Ototrofik
bymede az bir miktar organik karbon vitamin olarak gerekli olabilir. Baz organizmalar
hem ototrof hemde hetorotrof byme zelliine sahip olup buna mixotrof denir.
Organik maddeleri kullanarak hcre sentezi yapmak iin gerekli olan enerji, inorganik karbon
kullanarak hcre sentezi yapmak iin gerekli enerjiden ok daha azdr. Bu nedenle, organik
maddelerin mevcut olmas durumunda heterotforlar; ototroflara gre ok daha avantajldr.
Fakat ortamda organik madde bulunmamas durumunda ototroflar dominant olacaktr.
19
Hcre sentezi iin ototroflar ve heterotroflarn enerji ihtiyalar aada kyaslanacaktr.

Burada, asetat veya CO2 den glikoz (karbonhidrat retimi iin kullanlan temel yap
talarndan birisi) retimi iin gerekli enerji kyaslanacaktr.
3 CH3COO- + 3 H+ C6H12O6
6 CO2 + 6 H2O C6H12O6 + O2
G = 335 kj
G = 2880 kj
Grld gibi CO2 kullanarak glikoz retimi asetata gre 6 kat daha fazla enerji gerektiren
bir reaksiyondur. Hcre sentezi iin gerekli ATP katabolizma srecinde retilmektedir. Fakat,
zellikle inorganik karbonun kullanlmas durumunda indirgen g olarak NADH yada
NADPH kullanlr. Buda enerji harcanmas anlamna gelir. nk bir ksm elektron elektron
alcsyla buluup ATP retmeden alnarak hcre sentezinde kullanlr.
CO2 den glikoz retim pathway 1945 ylnda Melvin Calvin tarafndan bulunmu ve bu
dng Calvin dngs (Calvin cycle) olarak bilinmektedir. (ekil 1.24) Bu dngde ATP ve
NADH kullanlr. Net denklem:
6 CO2 + 18 ATP +12 NADPH + 12 H+ C6H12O6 +18 ADP+ + 12 NADP+ + 18Pi + 6 H2O
Bu reaksiyon iin gerekli enerji ok kolay hesaplanabilir.
Denklem 1.22 ve 1.24 kullanlarak;
18 ATP + 18 H2O 18 ADP + 18 Pi
12 NADH + 6 O2 + 12 H+ 12 NAD+ + 12 H2O
G = -576 kj
G = -2628 kj
Dolaysyla ATP ve NADH olarak toplam 3204 kj enerji gerekir. Enerjinin ou NADHdan
gelmekte olup az bir ksm ATPden salanr.
Daha nce bahsedildii gibi,
6 CO2 + 6 H2O C6H12O6 + 6 O2
G = 2880 kj
CO2 den glikoz retimi iin 2880 kj enerji gerekmektedir. Calvin dngsnde toplam 3204 kj
enerji kullanlmakta olup burada enerji transfer verimi yaklak % 90n zerinde olmaktadr.
Eer k enerjisinin ATP ve NADHa dnm veriminin % 50 60 arasnda olduunu kabul
edersek, k enerjisinden hexose (yani glikoz) retimi iin toplam enerji veriminin % 50
olduu kabul edilebilir.
CO2 alarak hcre retiminde kullanan baz organizmalar calvin dngsne gre CO2
fixasyonu yapmazlar. zellikle anaerobik metanojenler, baz slfat indirgeyenler,
homoasetojenik bakteriler calvin dngsne gre CO2 absorplamazlar ve bunlar CO2 den
nce asetil koenzim A (acetyl CoA) retir ve bu acethlCoA hcre sentezi iin balang
eleman olur. Bu dngde bir molekl CO2 asetil CoAnn metil gurubunu, dier bir molekl
CO2 ise asetil CoAnn karboksil gurubunu oluturmada kullanlr. Bu reaksiyonda H2
elektron vericisi olarak kullanlr. Bu dngde anahtar enzim karbon monoksit dehydrogenose
enzimidir. Bu enzim kompleks bir yapya sahip olup Ni, Fe, Zn gibi metal kofaktrleri
gerektirir.
Hcre retimi heterotroflar iin daha basittir. nk kullanlacak olan karbon zaten
indirgenmi formda mevcuttur birok organik maddenin katabolik reaksiyonunda asetil CoA
retilmekte olup bu direk olarak (birok ototrofta olduu gibi) hcre sentezinde kullanlabilir.
20
Alternatif olarak metl ototroflar ( methylotrophs) tek karbonlu moleklleri (metan, metanol,
karbon monoksit) kullanmakta olup bunlar serine pathwayi kullanarak formaldehit ile CO2 i
birletirerek asetil CoA retirler nk bunlarn katabolik reaksiyonlarnda asetil CoA
retilmez.
Asetil CoA retiminden sonra glikoz fermantasyonu veya glikoliz reaksiyonlarnn tersine
glikoz retilir ve glikoz karbonhidrat ve nkleotit yapm iin yapta olarak kullanlr.
Tablo 1.13de mikroorganizmalar Trophic guruplarna gre snflandrlmtr. Trophic
organizmann ne ile besleneceini gstermektedir.
GENETK VE BLG AKII
Btn organizmalar gibi mikroorganizmalarda kim olduunu ve ne yapmas gerektiini kntrol
eden karmak bir bilgi ak sistemine sahiptir. Bu bilgi akna genetik denir. Aktarm
yaplan bilgi gen lerde sakldr. Fakat gen bu bilgi aknn ve genetiin balang
noktasdr. Hcrede btn nemli bilgiler stoplazmada yaylm halde bulunan
deoksiribonkleik asit ya da DNAda sakldr. Aslnda DNA hibir ekilde olaylar ynetmez.
Sadece gerekli bilgiyi depolar. Kompleks bir bilgi ak sonucunda gerekli ilemleri
gerekletirilecek ve katalizleyecek enzimler retilir. Genetik kod ve enzimler arasnda bu ii
grecek 3 makromolekl vardr. mRNA (mesajRNA ya da messsenger RNA), Rrna
(Ribozomal RNA) ve tRNA (tayc RNA ya da transfer RNA)
ekil 1.25de gendeki bir bilginin enzime dnm gsterilmitir.
Gen, DNAnn bir paras olup bir dizi deoksiribo nkleotidden meydana gelir. Gendeki bu
deoksiribonkleotit dizisi tamamlayc bir ribonkleotit dizinine dntrlr (mRNA)
DNAdaki bu bilginin mRNAya aktarlmasyla DNA hibir zarar grmeden veya ilevini
engellemeden tm ilemin artk mRNA zerinden yaplmasna olanak salar. mRNA daha
sonra ribozomlara gider. Ribozom byk bir multicomponent olup baka bir RNA formu olan
ribozomal RNA (rRNA) ierir. Burada mRNA dizisine bal olarak tayc RNA (tRNA) lar
amino asit tayararak protein retimi gerekletirilir. Farkl tRNAlar farkl aminoasitlere
balanabilmektadir. Dolaysyla rRNA ve mRNA ancak ribozomlarda bu ii yaparak protein
retirler. Bu yolla hcre iin gerekli tm enzimler ve proteinler retilebilir.
21
Hcre blnecei zaman kendi DNAsnn bir kopyasn oluturur.

Deoksiribonkleik Asit (DNA)
Purine ve primidin (pyrimidine) nkleotitlerinin sras geni oluturmakla beraber bu
nkleotitler birbirlerine fosfat balaryla bal olup daha byk bir molekl oluturur. Her bir
nkleotitin basit bileeni vardr; 5 karbonlu karbonhidrat (yada deoksiriboz), azot ieren
bir baz, ve fosfat gurubu (ekil 1.26)
A ve G purin bazlar, C ve T pirimidin bazlardr. Arasndaki temel farklar purin bazlar iki
hetero ring ierir ve toplam 4 adet N atomu bulundurur. Pirimidin bazlar ise toplam 2 azot
atomu ierir ve tek hetero ring ierir.
Hem pirimidin (pyrimidine) hemde purin (purine) bazik yapdadr. nk azot atomlar
H2Odan H+ iyonu alarak OH brakr (Amonyak gibi). ekil 1.27 bu bazik azot ieren
yaplarn ve fosfat gurubunun ribozoma nasl balanarak deoksiribonkleotit oluturduunu
gstemektedir.

22
Riboz moleklnn birinci karbon atomu ile azotlu baz balanr. Fosfat grubu ise riboz
moleklnn 5. karbon atomuna balanr. Azotlu baz ile riboz arasnda glycosidic bond
(glikosidik ba) bulunur. Bu ba oluurken karbondan OH- ayrlr, azotlu badan da H+
ayrlarak H2O oluturur. Eer fosfat gurubu yoksa molekle ribonkleikaside denir.
Fosfat guruplar ard arda nkleotitlerin balanmasn salar. kisi iin rnek ekilde
verilmitir. Karlkl iplikikler ise birbirine hidrojen balar ile balanp ikinci iplikik ters
evrilmi vaziyettedir. Nkleotitlerde balanma 5 den 3e eklinde olur. Kar iplikikte ise
bu, tersine 3 ten 5e doru olur.
3 5 nkleotidten oluan ksa sraya oligonkleotit denir. Fakat ifre zm iin kullanlan
ve bilgi ieren bir gen yzlerce yada binlerce baz dizisinden oluabilir. Her bir nkleotit
yaklak 400 daltondan olumakta olup bir gen milyonlarca dalton olabilir. Bazen kilobaz
terimi ( 1000 baz sras) de kullanlr. Bir oligonkleotide rnek verecek olursak 5
ATCATTCGATAC 3. Burada 5 ile balayp 3 ile bittiini vurgulamak gerekir. Kardaki
baz sras tamamlayc olup 3 ile balayp 5 ile biter. Kimyasal yaplarndan dolay C ile G
hidrojen ba A ile T ise iki hidrojen ba oluturur (ekil 1.29). Dolays ile iki iplikik

23
arasnda hidrojen balar olup iplikiklerin (strand) birbirine skca tutunmasn salar (ekil
1.30)
C G arasnda hidrojen ba olduundan G ve C ieren dizinler daha salam olmaktadr.

rnein % 60 C + G ieren bir dizin % 40 C + G ieren bir dizine gre daha yksek
scaklklarda ift sarmal halinde kalabilmektedir.
Genetik bilgi iki sarmall DNAda bulunmaktadr. DNAnn iki sarmall oluunun iki nemli
sonucu vardr. Birincisi; DNA zarar grrse ikincisi kullanlarak onarlr. kincisi ise yazlm
ya da replikasyon iin DNA sarmallarnn ayrlmas ancak nemli ilemlerle mmkn olur.
KROMOZOM
Bir mikroorganizmay tanmlayan genetik bilgi kromozomlarda ifrelenmitir. Kromozom iki
sarmall DNA olup; enerji retimi, hcre duvar sentezi, membran, ribozom ve replikasyon
gibi fonksiyonlara ait bilgileri bnyesinde barndrr. Hcre kendini kopyalarken kromozomu
da kopyalayarak yeni hceye gemesi gerekir. Buna vertical transfer of DNA denir.
Prokaryotik DNA ift sarmall olup hcrenin ortasnda yer alr fakat kendini evreleyen bir
zar iermez. Bir bakteri kromozomu 5x106 baz ifti ierir. Bir arke tipik olarak 2x106 baz ifti
ierir.
Bir karyotik kromozom bakteri kromozomundan daha kompleks bir yapya sahiptir. lk
olarak DNA bir membran ierisinde olup nucleus adn alr. Ayrca karyotlarda kromozomal
DNA daha kompleks ve byktr. Genelikle 10000 kat daha byktr. ncs her okaryot
iki ile yzlerce kromozom ierebilir. 4. ise DNA kromozomlar histon ad verilen proteinler
ile ilikilidir. Son olarak, karyot DNAsnda kod iermeyen ksmlar mevcuttur. Bunlarn ne
ie yarad ise allmaktadr.
PLAZMTLER
Prokaryotlar, kromozomun bir paras olmayan DNA paracklar ierirler. Plazmit ad
verilen ift sarmall halka halinde kromozomdan ayr DNA paracklar vardr. Tipik bir
plazmit 105 adet baz ifti iermekle beraber says deiiklik gsterir. Plazmitler zor artlar
altnda bakterinin fonksiyon gstermesine yardmc olacak genler ierir. rnek olarak;
antibiotiklere dayankllk ile, zor paralanan organiklerin biyodegredasyonu gibi.
24
Prokaryotlar bir veya daha fazla sayda plazmit ierirler. Prokaryotlar genel karakteristik ve
fonksiyonlarn yitirmeden plazmit kazanp kaybedebilir.
evresel alanda plazmit kazanm ve transferi horizontal transfer of DNA nn en nemli
tipidir. Horizontal (yatay) DNA transferi hcre kopyasnn iermedii DNAy kazanma
anlamna gelir. Conjugation da plazmit ieren hcre ve iermeyen hcrenin temas
gerekmektedir. Enerji gerektiren bir proseste, plazmit DNA oaltlarak alc hcreye
aktarlr. Bylece her iki hcrede plazmit kazanm olur. Konjugasyon ile hcre
blnmesinden bamsz olarak plazmit oaltlarak bir hcreden dierine aktarlr. Dolays
ile konjugasyon yeni hcre bytmeden genetik bilginin bir prokaryotik hcreden dierine
aktarmdr.
DNA REPLKASYONU
Genetik bilginin bir sonraki nesle kusursuz aktarlmas iin, DNA sarmallarnn kusursuz
olarak kopyalanmas gerekmektedir. DNA replikasyonu (kopyalanmas) 5 nemli basamak
ierir;
1. DNA ift sarmal replikasyon merkezi ad verilen bir noktadan ayrlr. zel bir enzim
ve balama proteini sarmallar ama ve ak tutma ile sorumludur.
2. DNA polimeraz enzimi bir sarmala balanarak 3 5 ynnde bazdan baza haraket
eder.
3. Polimeraz enzimi baland DNA sarmalnn tamamlayc kopyasn retir ve bazlar
birbirine fosfat balar ile balanr. Bu ilemde nkleotit trifosfatlar hcre
stoplazmasndan alnr.
4. Her iki sarmaln kopyas ayn anda retilir ve bylece kopyalama gerekleir
5. DNA hatasz kopyalanmas gerektiinden hcre baz dizisini okuyarak hatalar
dzelten bir mekanizmaya sahiptir. Polimeraz hatalar fark ederek dzeltir. Hata oran
olduka dk olup 108 - 1011 baz iftinde bir hata yaplmaktadr.
RBONKLEK AST (RNA)
DNAdaki genetik kodun alan proteinlere dntrlmesinde eit RNA kullanlr.
Birincisi DNAdaki kodun tek sarmall RNAya dntrlmesi ve yazlm ad verilen poseste
oluturulan mesajc RNA (mRNA). kincisi mRNAdaki baz srasna gre proteinlerin
retildii ribozomlar RNAdan olumakta olup rRNA ad verilir. ncs ise ribozoma
balanan baz dizisine gre aminoasit tayan tayc RNAlar (tRNA).
RNAnn yaps DNAya ok benzemektedir. Ayn ekilde bir ribozom birincil karbon
atomunda prin ya da pirimidin bazna baldr. 5. karbon atomunda ise bir fosfat grubuna
baldr. DNA ve RNA arasnda iki fark fardr. lki RNAnn ribozom gurubunda ikinci
karbon atomuna OH bal iken DNA da H baldr. kincisi ise RNAda timin baz
bulunmaz. Urasil bulunur. Aada gsterilmitir.

25
ekil. RNAdaki riboz gurubu

Transkription(Yazlm)
DNAdaki kod gen ve ya segment olarak paketlenmitir. Yazlmda DNAnn bir
segmentindeki baz sras kaynak olarak kullanlr ve tamamlayc tek sarmall RNA retilir.
Bu ilem be basamakta gerekleir.
1. RNA polimeraz ad verilen enzim prometer region ad verilen ksmdan DNAya
balanr. Prometer Region yazlmn balayaca noktadan nce yer alan yaklak 35
bazlk bir ksmdr.RNA polimeraz enziminin balanabilmesi ve mRNAnn
retilebilmesi iin Prometer region (Balatc blge)nn bo olmas gerekmektedir.
Normal olarak prometer blgesi bir protein tarafndan bloke edilmi olup, bu proteinin
(repressor) amac polimeraz enziminin prometer blgesine balanarak bu genden
retilecek olan protein ya da enziminin retimini engellemektir. nk daha nceden de
akland gibi hcre tm enzimleri ve proteinleri ayn anda retmez. Sadece ihtiya
duyduka retir. Bu dzenlemeyi de ite yazlm aamasnda repressor proteinle
gerekletirir ve yazlm engelleyerek yapar. Bir proteinin retilmesi gerekirse hcre
repressor protein; uzaklatrmak iin gerekli mekanzmaya sahip olup, repressor protein
uzaklatrdktan sonra RNA polimeraz enzimi prometer blgesine balanr ve mRNA
retilir.
2. ift sarmal ayrlr ve RNA polimeraz enzimi bir bazdan dier baza kayarak 3'-5' ynnde
mRNAy retir.
3. Her bir bazda RNA polimeraz enzimi tamamlayc ribonkteosit trifosfat byyen RNA
zincirine ekler. Tamamlayc bazlar;
DNA
A
T
C
G
RNA
U
A
G
C
Zincire giren tirfosfat ribonkleosit difosfat brakarak tek fosfatl birmolekle dnr. Bu
ilem enerji aa karr. Bylece mRNA retimi iin gerekli enerji karlanm olur.
DNA replikasyonunda olduu gibi zincir 5'-3' eklinde byr.
4. Transcriptionunun olduu noktadan itibaren DNA sarmal kapanr.
26
5. RNA polimeraz enzimi yazlm yaplan genin sonuna gelince RNA ayrlr ve daha sonra
RNA polimeraz enzimi DNA molekln terk eder. RNA sonlandrc sra (sequence)
iermekte olup yazlm durdurur.
DNA ift sarmall iken RNA molekl tek sarmalldr.
mRNA (messenger RNA)

Eer yazlm yaplan RNA molekl protein sentezinde kullanlrsa bu RNA ya mesaj RNA
(mRNA) denir. mRNA ribozomlara tanr. Ribozomlarda mRNA daki kod aminoasit
polimerlerine dntrlr. Bu dnm ilemi, RNA tarafndan gerekletirilir.
Transfer RNA (tRNA,Tayc RNA)
Hibrit bir molekl olup hem RNA hem de aminoasit ksm ierir. ekil 1.32 de
gsterilmitir.tRNA nn RNA ksm 73-90 nkleotid ierir. tRNA loop tan ve bir de
acceptor dan oluur. Anti kodon bir kod oluturacak adet nkleotid ierir. Acceptor ise anti
kodonunun koduna spesifik olarak aminoaside balanr. Anti kodondaki baz, mRNA daki
bazn tamamlaycsdr. Bylece mRNA aminoasidin srasn belirleyerek protein retimini
ynlendirir. Tablo 1.14 mRNA daki herbir kodona karlk gelen aminoasitleri
gstermektedir. rnein,mRNA daki UCU tRNA nn anti kodonundaki AGA ile eleir ve
AGA anti kodonuna sahip tRNA serine aminoasidini tayarak protein zincirine ekler.
Benzer olarak mRNA daki GCG alanine aminoasidine karlk gelir. Toplam 20 aminoasit
varken 3 kodonda 4 nkleotid toplam 64 farkl kodon oluturabilir. Bu nedenle birok
aminoaside birden fazla kodon karlk gelir. 4 adet kodonun (kodon=3 baz dizisi) zel
fonksiyonlar vardr.
AUG - mRNA da okumann balayaca noktay gsterir.
UAA, UAG ve UGA - bitirme sinyalleridir.
Balama ve bitirme sinyalleri DNA baz dizinindeki genlerin belirlenmesinde ok faydaldr.
DNA daki balang ve biti kolonlarna karlk gelen baz dizinleri ise;
DNA da
TAC-DNA daki balang kodonu
ATT, ATC, ACT- bitirme veya sonlandrma kodonlar DNA da balama ve
sonlandrma kodonlar arasndaki DNA ksm gen veya expressible DNA y kodlamakta
olup open reading fromes (okumaya ak ksm) olarak adlandrlr.
Translation ve Ribozomal RNA
mRNA kodonu ile tRNA daki anti kodonun elemesi ribozomlrada gerekleir. Bylece
mRNA daki bazl kodon aminoasit polimerine veya proteine evrilmi olur (translation).
AUC srasndan balayarak ribozom mRNA daki her bir kodu bir seferde okur. Ribozomlar
eleen tRNA y bularak hidrojen balaryla kodon ve anti kodonu balar. tRNA lar
tarafndan tanan aminoasit kovalent olarak peptit balaryla birbirine balanr ve aminoait
zincirleri oluur. Peptit balarnn balanmas H2O brakr. Aminoasidin balanmasndan
sonra ribozom RNA, mRNA nn 3 ynnde dier bir kodonuna giderek ayn prosesi devam
27
ettirir. Ribozom mRNA zerinde stop kodonuna ulaana kadar proteinin uzamasn
srdrr.
Bir hcre binlerce ribozoma sahip olup, hcre hzl bymesi sonucunda ribozom saysn
arttrr. Ribozom byk bir molekl olup, 150-250 arasndadr. Ribozomlar yaklak olarak
%60 RNA ve %40 protein ierir. rRNA iki alt birimden oluur. Bu alt birimler kme hzyla
llen boyutlarna gre belirlenir. rRNA prokaryotlarda 50S ve 30S alt birimlerini ierir. 30S
alt birimden oluur; 5S, 16S, 23S. Bu birimler srasyla yaklak 120, 1500 ve 2900 adet
nkleotit ierirler.
ekil 1.33 E.coli ye ait ait baz srasn ve ikincil yapsn gstermektedir. karyotlarda 18S
boyutunda benzer bir yapya sahiplerdir. 16S ve 18S rRNA lar kk sistem alt birimleri
(small systemsubunits-SSU) olarak adlandrlr. Btn SSU ler benzer ikincil yapya sahip
olmalarna ramen baz sralar (birincil yaplar) farkldr. Birincil yapdaki bu farkllk
genetik olarak benzer organizmalarn tanmlanmasna yardmc olur. Buna flogeni
(phylogeny) denir.
Ribozomlar protein iermelerine ramen aktif ksm RNA lardr. Translation (evrim)
balad zaman ribozomlardaki 50S ve 30S bir araya gelerek aktif ribozom oluur.
Translation (eviri)
Translasyon be basamakta gerekleir. Bu be basaman hepsi ribozomun birbire komu
blgesinde meydana gelir. Bu blgeler (site) A, P ve E blgeleridir.
A-arrival yani var, geli blgesi
P- polimerizasyon (yani balama)
E- enit yani k blgesi
lk olarak, mRNA, rRNA nn 30S paracnda konumlanr. Balang kodonu olan AUG
ribozomun P blgesine gelir. Balang kodonuna uyan ve UAC anti kodonuna sahip olan
tRNA P blgesine formylmethionine tayarak gelir ve AUG ye yerleir. kinci basamakta ise;
bir sonraki kodon ile eleecek olan ikinci tRNA A blgesine gelir. nc aamada ise,
aminoasitler arasnda peptit balar oluur ve tRNA dan formylmethionine serbest braklr. 4.
aamada ise ribozom zerindeki mRNA ve buna bal olan iki tRNA kayarak E ve P
blgesine gelir. Son olarak tRNA E blgesinden serbest braklr ve A blgesine yeni bir
tRNA aminoasit getirir.
Bu ilem devam eder ve stop kodonuna gelince artk ilem tamamlanr. Ribozomun alt
niteleri (50S ve 30S) birbirinden ayrlarak mRNA nn serbest kalmas salanr. Baka bir
mRNA gelince bu niteler tekrar birleerek evrim yenilenir.
Regulation
Bir hcre Express (altrmak) ettii genden daha fazlasna sahiptir. Yani bir ok gene sahip
sadece bazlarn altrr veya enzim retir. te bu kontrol mekanizmasna regulation
(dzenleme) denir.

28
Regulasyon; regulasyon protenin genin promoter blgesine balanmasyla olur. Bu protein

RNA polimeraz enziminin promoter blgesine balanarak mRNA retmesini engeller.
Balanan ve mRNA retimini durduran bu proteine repressor protein denir. Eer hcre
transcribtion yeni mRNA retimini isterse, hcre repressor proteinin yapsn deitirir ve
protein daha fazla promoter balanamaz. Repressor proteinin yapsn deitiren molekle
inducer denir. nducer genellikle bir rn veya substrattr.
Baz durumlarda, transcription (yazlm, mRNA retimi) aktivator (activator) proteinler
yardmyla olur. Aktivatr protein RNA polimeraz enziminin promoter blgesine yapmasn
salar. Bu durumda inducer molekl aktivatr proteinin yapsn deitirerek RNA polimeraz
enziminin DNA ya yapmasn salar.
Baz genler srekli Express edilir. Yani baz genler srekli kullanlp proteine evrilirler. Bu
genlere -constitutive- genler denir ve genellikle hcrenin temel metabolizmas iin gerekli
proteinleri retir. Constitutive genler regule edilmez ve hep Express edilirler.
Phylogeny
Phylogeny kaltsal genetik zelliklere dayanarak trleri sistematik gruplamadr. Modern
filojenik yaklama gre her tr bir ataya sahip olup filojenik aacn kklerini oluturur.
Btn trler bu kkten dallanr.
ekilde basite bu gsterilmitir. (ekil 1.34, 1.35)
ekle gre yeryzndeki btn hayatlar gruba ayrlr: Arke, bakteri ve karyot. Arke ve
bakteri - prokaryot grubunu oluturur. Filojenik snflandrma her hcrede bulunan ve
hcrenin genetik zelliiyle ilikili olan bir molekle dayanr. lk bakta kromozomun bu i
iin uygun olduu dnlebilir. Fakat, kromozom bu i iin uygun deildir. nk ok
byktr. ok byk bir molekl olmas, tm nkleotit srasnn belirlenmesini zorlatrr.
Ayrca kromozomun baz blgeleri deiiklie urar.
Bu nedenle filojenik aacn oluturulmasnda, ribozomal RNA kullanlmaktadr. Btn
hcreler translation iin rRNA ya ihtiya duyduundan tm hcrelerde bulunmakta ve
ribozomlarn yaps btn hcrelerde neredeyse ayndr. kincil yaplar ayn olmasna ramen
birincil yaplar yani baz sralar farkl olup trlerin tanmlanmasnda kullanlr.
ounlukla SSU (18S veya 16S) bu ama iin kullanlr. SSU rRNA yaklak 1500 baza sahip
olup bu baz says bakterileri genetik olarak ayrmak iin yeterli olup, baz srasnn
belirlenmesini zorlatracak kadar da uzun deildir.
ekil 1.38 de 16S, rRNA nn ikincil yaps gsterilmektedir. Bu ekil hangi bazlarn tm
organizmalar iin ayn olduunu ve hangilerinin organizmadan organizmaya deitiini
gstermektedir. Deimeyen rRNA blgelerine conserved region denir. Organizmadan
organizmaya deien ksma ise variable region ad verilir ve organizmalar ayrt etmede
kullanlr.
rRNA baz dizisinin belirlenmesi iin nce rRNA extract edilir. Sonra bu rRNA, PCR ile
oaltlarak baz sras belirlenir. Klasik yntemde extraksiyonda fenol kullanlr. Bylece
protein ile RNA birbirinden ayrlr. Ribozomal RNA daha sonra alkol ile ktrlr. PCR ile
16S rRNA oaltlr. Sonra da baz sras belirlenir. Conserved RNA blgesi deien blgeyi
oaltmak iin kullanlr.
29
Mikrobiyal Ekoloji
zel aratrmalar ve baz endstriyel uygulamalar dnda mikroorganizmalar olduka farkl
genetik ve fenotipik zelliklerde karm halinde bulunurlar. Farkl mikroorganizma tiplerinin
birbirleriyle ve evreleriyle olan ilikisine mikrobiyal ekoloji denir. Bir bakteri grubunun
mikrobiyal ekolojisini belirlemek iin aadaki sorularn cevaplandrlmas gerekmektedir.
1. Hangi mikroorganizmalar mevcut?
2. Mikroorganizmalar hangi metabolik reaksiyonlar gerekletirebilirler?
3. Mikroorganizmalar hangi reaksiyonlar gerekletiriyor?
4. Mikroorganizmalar birbirleriyle ve evreleriyle nasl bir iliki iindeler?
lk soru community structure olarak bilinir. Mhendisler reaktrler kullanarak uygun
mikrobiyal topluluun yeteri kadar oalarak istenilen reaksiyonlarn istenilen hzlarda
gereklemesi salanr. stenilen mikroorganizmalarn gelimesi iin uygun besin ortama
verilerek mikroorganizmalarn sistemde kalmas salanr.
Mikroorganizmalar ortama zamanla uyum salayarak istenilen
gerekletirebilir. Bu selection (seleksiyon) materyallerinin deiimi ile olur.
reaksiyonlar
Seleksiyon
Bir mikrobiyal toplulukta btn mikroorganizmalar ayn biyokimyasal reaksiyonlar
gerekletiremezler. Seleksiyon; evresine en ok uyum salayabilen bakterilerin say olarak
daha abuk artmas ve canl kalmasdr. Zamanla seilen mikroorganizmalar ortama hakim
olarak bu ortamda ok rahat yaayabilecek duruma gelirler ve kaltsal genetik zelliklerini
koruyabilirler.
Mikroorganizma bak asndan mikroorganizmann ilk amac genetik zeliklerini bir
toplulukta korumaktr. Bunu bir Niche bularak ya da oluturarak gerekletirir. Niche
yolu ile mikroorganizmalar yaamas zor olan ortamda yaama yolunu bulur. Genellikle
birok bakteri ayn kaynak iin (elektron alc, elektron verici) yarr. Seilen
mikroorganizmalar kendileri iin gerekli ntrientleri ortamdan alabilirler. Yar kaybeden
mikroorganizmalarn ise zamanla grupta saylar azalarak yok olurlar.
Mhendisler ortam artlaryla oynayarak istenilen mikroorganizmalarn seilmesini salarlar.
evre biyoteknolojisinde giderilmek istenen kirlilikler genellikle prokaryotlar iin elektron
alc veya organik maddelerin bir lsdr. BO yi atksudan gidermek ve heterotrofik
bakterilerin seilmesi amacyla elektron alcnn ortama verilmesi gerekmektedir. Bu amala
suya oksijen verilir. Ortam artlarnn (pH, scaklk, tuzluluk) uygun olmas ve tm
ntrientlerin yeterli olmas durumunda BO oksidasyonu gerekleecek ve aerobik
heterotroflar seilecektir. Dolaysyla bir elektron verici ve elektron alcnn mevcut olmas
durumunda mikroorganizmalarn seilmesi olduka kolay olup elktron vericinin
kullanlmasyla oluan enerji bakteri bymesi iin kullanlr. Birok elektron verici organik
iin, farkl prokaryotlar farkl elektron alc kullanrlar. Bu mikroorganizmalar, ortamda farkl
elektron alclarnn bulunmas durumunda ayn substrat (elektron verici) iin yarrlar. Bir
mikroorganizmann ayn elektron verici iin yart ve kendine en yakn rakibi tamamen
elektronlar alcya aktarlmasyla ortaya kacak olan enerjiye baldr. Organik maddenin
elektron verici olarak kullanlmas durumunda en yksek enerji oksijenin elektron alcs
olarak kullanlmas durumunda olur. Dolaysyla, aerobikler nemli bir avantaja sahiptir.
30
Ortaya kan enerji kullanlacak olan elektron alcya bal olup, verilen srayla ortaya kacak
olan enerji azalmaktadr;
O2 > NO3- > SO4 > CO2
Organik madde oksidasyonuyla oluacak olan elektronlarn en ok enerji reten elektron alc
tarafndan tketilmemesi artyla, farkl elektron alclar kullanan mikroorganizmalar beraber
bulunabilirler. Seleksiyonda sadece elektron alc ve vericinin bulunmas nemli deildir.
Ayrca, bakterilerin reaktrde tutulabilmeleri iin yumak veya biofilm oluturmalar
geremektedir.
Baz mikroorganizmalar birok organii elektron verici olarak kullanabilir. Ayrca farkl
elektron alclar da kullanabilir. rnein Pseudomonas grubu ok farkl organikleri elektron
kayna olarak kullanabilir. Bylece ok farkl ortamda yaayabilir. Benzer olarak slfat
indirgeyen bakteriler slfat olmamas durumunda fermantasyon yaparak canl kalabilir.
Bylece slfat indirgeyen bakteriler hemen hemen her ortamda bulunabilir.
Materyallerin Deiimi
Canl kalmak ve seleksiyonda baarl olmak iin en nemli stratejilerden biri; farkl bakteri
gruplar arasnda materyal deiimidir. Materyal deiimi ekilde olur; substrat deiimi,
genetik materyal deiimi ve kominikasyon sinyal deiimi.
Substrat deiimi: Mikroorganizmalarn bir besin zinciri vardr. ekilde gsterilmi olup;
besi zincirinin en stnde birincil reticiler vardr. Bitki ve algler gne nlarn kullanarak
organik madde olutururlar. Birincil tketiciler direk olarak birincil reticileri tketirler.
kincil ve 3. tketicilerde mevcuttur. Bir seviyeden dierine geite toplam canl ktlesi azalr.
Fakat genellikle tekil olarak canllarn fiziksel boyutlar artar. rnek olarak predation.
Predationda protozoa ya da basit kurtuklar bakterileri, algleri, siyanobakterileri tketirler.
Bu durumda protozoa kk hcrelileri tketir ve onlar besin olarak kullanrlar. Predation da
dolaysyla tm hcre deiim materyalidir.
Fakat birok mikrobiyal ekosistemlerde tm hcre deiim materyali deildir. Daha ok bir
bakterinin rettii bir molekl dier bir bakteri tarafndan kullanlabilir. Bylece her iki
bakteri de bu durumdan fayda grr. Bylece tm hcre deil sadece retilen bir molekl
dier bakteri iin deiim materyalidir.
Deiim materyalinin karakteristii vardr; serbest braklan CO2nin ototrofik bakteriler
tarafndan alnmas ksmen oksitlenmi organik maddelerin deiimi, inorganik maddelerin
deiimi.
Ototroflar ve kemoototroflar CO2 kullanarak hcre retirler. Ayrca ototroflar byrken
organik moleklde ortama salabilirler. Bylece ortama salnan znm organik molekller
heterotrofik bakteriler tarafndan kullanlabilir. Ototroflar gibi heterotroflarda byrken
znm organik ortama salarlar. Buna znm mikrobiyal rnler denir. Ortama
braklan soluble microbiyal product lar dier heterotroflar tarafndan besin kayna olarak
kullanlabilirler.
Organik ara rnlerin retilerek paylalmas ikinci nemli deiimidir. rnein
fermantasyonun gerekletii ortamda fakl ara rnler oluur. rnein; fermantasyonla
glikoz, H2 ve asetata dnr. Bunlar da metan bakterileri tarafndan kullanlr. Buna
31
synerjistik iliki denip, ortamdaki btn mikroorganizmalar bu durumdan olumlu etkilenir.

Elektron verici maddelerin mikroorganizmalar arasnda paylald duruma syntrophy
denir. ou anaerobik sistem zorunlu syntrofik olup birok bakteri grubu bulunur ve her
bakteri grubunun varl baka bakteri grubuna baldr.
Ayrca bir grup iin elektron verici madde, dieri iin elektron alc olarak kullanlabilir.
rnein anaerobik ortamda Fe+3 ve slfat elektron alc olarak kullanlr ve oluan H2S ve
Fe+2 de aerobik ortamda elektron verici olarak kullanlr.(Tablo 1.15)
Materyallerin deiimi iin oxidizing ve reducing koullarn zamana ve ya mekana bal
olarak deimesi gerekir. Stabilizasyon havuzlarnda gndz alg aktivitesiyle O2 retilir ve
oksitleyen artlar hakimdir. Gece ise O2 retimi durur ve reducing koullar hakimdir.
Biyofilm reaktrlerde ise yuman farkl noktalarnda elektron alc konsantrasyonu dk
olup mekana bal olarak oxidizing veya reducing koullar hakim olur.
Genetik bilgilerin deiimi: Mikroorganizmalar yol ile genetik bilgi deiimi yapabilir;
conjugation, transformation ve transduction. Bunlardan en nemlisi conjugation dr. Ksaca
conjugation, Plazmid DNAnn replikasyonu ve bir hcreden dierine aktarlmasdr.
Conjugation sonunda her iki hcre de plazmide sahip olur. Plazmid alan hcreye trans
conjugant denir. Plazmid DNA zel genlere sahip olup; toksisiteye dayanklk baz toksik
organiklerin biyodegradasyonu iin gereken genler ierir.
Transformation ise serbest DNAnn bir bakteri tarafndan alnarak kromozoma yerlemesidir.
Her zaman serbest DNA alnarak kromozoma entegre edilmez. Entegre edilmeyen DNA
hzlca paralanr.
Transdksyon (transduction) ise; DNAnn bir hcreden dierine bakteriofajlar ile
aktarmdr. lk olarak bakteriphage DNA verici bakteriyi enfekte eder ve onun DNAsnn bir
ksm kendi DNAsna aktarr. Daha sonra virs DNAs bulalan bakteri iinde oaltlr.
Bakterinin paralanmasyla beraber donor bakterinin DNAsn ieren faj serbest kalr. Fajn
dier bir bakteriyi enfekte etmesiyle donor DNA alc bakteriye eklenmi olur.
Byme Faktrleri: Baz prokaryotlar bymeleri iin; aminoasit, ya asidi veya vitamine
ihtiya duyarlar. rnek olarak; vitamin B12, thiamine, biotin, riboflavin ve folic asit. Normal
olarak bu byme faktrleri dier mikroorganizmalar tarafndan ortama verilir.
Kimyasal Sinyallerin Deiimi: Baz zel durumlarda, mikroorganizmalar kimyasal
sinyaller alrlar. Bu sinyal molekller hcre membran zerinde bir alcya balanarak
fizyolojik bir tepki oluturur.
ADAPTASYON
Komplex yaplarndan dolay mikrobiyal ekosistemlerler evresel koullarn deimesine
tepki verir. rnein; scaklk, pH, tuzluluk, toksik madde gibi deikenler bakteri zerinde
stres oluturur. te bakteri topluluunu bu strese cevap vermesi ve baa kmasna
adaptasyon (adaptation) denir. Ayrca, ayn anlama gelen acclimation da kullanlabilir.
Adaptasyon ile bakteri bu stresi elemine etmenin bir yolunu bulur veya strese ramen bakteri
fonksiyonunu srdrr.
Adaptasyon peryodu; bakteri topluluunun strese ilk ekspoz olduu zaman ile adapte olduu
zaman arasndaki zaman dilimine denir. En genel ve en nemli rnek; toksik ve xenobiotic bir
kimyasala adaptasyondur. Adaptasyon periyodu srasnda ok az ya da hi giderim olmaz.
32
Bakteri kltrne ve kimyasala bal olarak adaptasyon sresi birka saatten birka aya kadar
deiebilir. Adaptasyon periyodu sonunda bakteri topluluu xenobiotii hzlca kullanr.
Bakteri topluluu 5 nemli adaptasyon mekanizmalarn bir veya bir kan kullanarak adapte
olur. Bu mekanizmalar;
1. Selektive enrichment (seici zenginletirme)
2. Enzyme regulation
3. Genetik bilginin deiimi
4. Kaltsal genetik deiim
5. Yaama ortamnn deiimi
Seici zenginletirmede; stresten fayda salayan bakteri daha ok byyecek ve toplam
bakteri topluluunda daha ok yer tutacak. Zor paralanan bir maddeye maruz kalma
durumunda ise; bu toksik maddeyi gideren ve ondan enerji salayabilen bakteri grubu
oalarak dominant olacaktr. Yine toksik bir maddeye maruz kalma durumunda bu toksik
maddeye dayanabilen bakteri grubu ortama dominant olur.
Baz mikroorganizmalar dk substrat konsantrasyonunda yaarlar. Reaktr dk bir hzda
srekli beslenirse hz limitleyen (genelde elektron verici) substrat ok dk seviyelerde kalr.
Bu tip reaktrlerde dominant olan bakteriler dk substrat tketim hzna sahip olup substrat
adinitesi yksektir. Bu bakterilere oligotrof denir ve olduka dk K deerine sahiptir.
Yksek hzda beslenen reaktrlerde ise tersine yksek byme hzna ve yksek K deerine
sahip bakteriler geliir. Bu bakterilere copiot rophic denir. Bu tr bakteriler feast ve famire
besleme sistemine (SBR) kendilerini adapte edilebilir. Genellikle feast beslemede hzlca
geliir ve substratn bir ksmn depolar. Bylece famine dnemde depo rnlerini kullanarak
sabit bir hzda byr.
Seici zenginletirmede en nemli gsterge bakteri kompozisyonunun nemli
deiimesidir. Eer adaptasyon srasnda bakteri kompozisyonunda nemli bir
deiiklik gzlenirse seici zenginletirme rol oynamtr denebilir.
Adaptasyonda en nemli mekanizma seici zenginletirme dir.
Enzim regulasyonu ise; bakteri kompozisyonunda nemli bir deiiklik olmadan

adaptasyondur. Enzim regulasyonu ancak uygun bakteri grubunun yeterli konsantrasyonda
ortamda mevcut olmas ve oluacak olan stresin stesinden gelmek iin gerekli enzimlerin
bakteri DNAsnda kodlanmas durumunda olur.
Enzim regulasyonu ile adaptasyon, seici zenginletirmeye gre daha ksa zamanda
gerekleir. Enzim regulasyonu ile adaptasyon birka saat iinde gerekleebilir.
nc adaptasyon mekanizmas ise; genetik materyalin deiimidir. Bu; conjugation,
transformation ve transduction ile gerekleir. En nemlisi ve en hzls conjugation dr.
Conjugation da kritik genetik bilgi tm kominiteye hzlca (saat ve ya gn) yaylr. Genetik
bilginin deiimiyle adaptasyon da bakteri kompozisyonunda bir deiim olmayabilir.
33
Kaltsal genetik materyalin deiimi (bozulmas) ise mutasyon, deplikasyon veya

rekombinasyon yolu ile olur. Deiim etkilenen bakteri iin kalcdr ve kompozisyonda
evrim gerekleir. ounlukla genetik bilgideki bu bozulma her zaman olmaz ve geliigzel
bir olaydr. Dolaysyla bu yolla adaptasyon ok zaman alr ve nadiren gzlenebilir.
Kolay paralanabilen organik maddelerin giderimi olduka allmtr. Glikoz kolay
paralanabilen organik madde olup, ou zaman dier organiklerin tketilmesi iin gerekli
enzimleri repress (engellemek) eder. Bu durumda diaxie gzlenir.
Bunun dnda, xenobiotics ler kolay paralanabilen organik maddelerin giderimini inhibe
edebilir. Dolaysyla evre biyoteknolojisinde inhibisyon ieren kinetik denklemlerin
kullanm olduka yaygndr.
Anaerobik mikroorganizmalar, kolay paralanabilen elektron vericilerin olmas durumunda
klorlu organik bileikleri indirgeyebilirler. Bu durumda klorlu organik bileikler elektron
alcs olarak kullanlr. Buna reductive dechlorination denir. Klorlu organik maddeler bu
yolla klorsuzlatrlarak elektron verici olarak kullanlabilecek duruma gelebilir.
Baz durumlarda baz bakteri gruplarnn lysis (lm) sonucu ortama ntrient ve growth
factor salnabilir. Bunun sonucunda baz bakteri gruplarnn bymesi hzlanabilir.
Heterotrofik byme inorganik karbon salar ve bu inorganik karbon ototroflar tarafndan
kullanlabilir. Benzer olarak ototrofik byme sonucunda organik substratlar salnabilir ve bu
da heterotrofik bymeyi hzlandrabilir.
Ortamda birden fazla elektron alcsnn bulunmas durumunda sral tketim genellikle
gzlenir. Sra ise; termodinamik olarak en ok enerji aa karan alcdan, en az enerji aa
karan alcya dorudur. Dolaysyla metanojenik aktivitenin balayabilmesi iin ncelikle
O2, NO3- , SO4-2, Fe+3n tketilmesi gerekir.
Baz durumlarda baz bakteri gruplarnn aktiviteleri sonucunda ortamn pH s deiebilir. Bu
pH deiimi bir grup bakterinin dominant olmasna yol aabilir.
Ortam pH, redox, ntrient koullarnn deiimi toksisiteyi azaltabilir. rnek olarak metallerin
hidroksi karbonat, slfr ile kelmeleri metal toksisitesini azaltacaktr. Ayrca organik
xenobiotic lerin biotransformasyonu da toksisiteyi azaltr. Tablo 1.16 da adaptasyon
mekanizmalar ve durumlar verilmitir. Adaptasyon tam olarak anlalabilmi bir proses
deildir. almalar devam etmekle beraber yeni molekller metotlarn bulunmasyla bu
konudaki bilgimiz artmaya devam etmektedir. Adaptasyon eidine bal olarak mikrobiyal
poplasyon ok farkl ekilde deiebilir. Fakat bu durumlarda mikrobiyal topluluun
fonksiyonu ok ciddi olarak deise de bakteri eitlilii (community structure) ok fazla
veya hi deimemektedir.(Tablo 1.16)
Mikrobiyal Enerji alma Metotlar
21. yy da molekler biyolojik tekniklerin evre biyoteknolojisine adaptasyonuyla beraber ok
nemli gelimeler olmutur. Bunlardan en nemlisi mikroorganizmalar ve
mikroorganizmalarn gerekletirdii reaksiyonlar hakknda daha fazla bilgi sahibi
olmamzdr. Bylece aadaki 3 soruya molekler biyolojik teknikler ile cevap
bulabilmekteyiz.
34
1. Hangi mikroorganizmalar ortamda mevcuttur?

2. Hangi metabolik reaksiyonlar gerekletirebilirler?
3. Hangi metabolik reaksiyonlar gerekletirmekteler?
Bu blmde ilk olarak geleneksel bir yntem olan zenginletirmeden bahsedilecek. Daha
sonra molekler biyolojiden adapte edilen yeni metotlardan ve son olarak da yeni gelien bir
alan olan ve mikrobiyal ekoloji almalarnda kullanlan multi species mathematical
modeling anlatlacak.
Geleneksel Zenginletirme Metodu
Pek ok yldr mikrobiyolojistler mikrobiyal komnite hakknda bilgi sahibi olabilmek
amacyla tek bakteri trleri izole ederek, fenotip karakteristiklere gre bakterileri tanmlamya
almlardr. rnein; nitrifikasyon bakterilerini zenginletirmek iin NH4 ve bikarbonat
ieren besin ortam hazrlanarak aerobik ortamda zenginletirme yaplabilir. ekilde
grld zere pe pee seyreltme yntemi kullanlarak olduka seici bir besin
kullanlmasyla sadece nitrifikasyon yapan bakteriler seilebilir. Baka elektron alc
bulunmad iin nitrifikasyon yapan bakteriler dndaki tm bakteriler elemine edilmi
olacaktr. Tek bir bakteri kltr elde etmek iin gerekli zaman ve seyreltme faktr
aadaki deikenlere baldr.
1. Balang kltrnn komplekslii

2. Seilen bakterinin byme hz
3. Byme ortam
4. Balang kltrnn konsantrasyonu
Baz durumlarda bakteriler arasnda synerjistik iliki olup, saf kltr elde etmek imkanszdr.
Pure (saf) kltr elde edildikten sonra bu kltr zerinde genetik (DNA ve rRNA baz sras)
metabolik potansiyeli optimum pH ve scaklk gibi almalar yaplabilir.
Yllarca saf bakteri kltrleri ve komnite analizi almalarnda zenginletirme yntemi
kullanldysa da bu yntemin nemli dezavantaj vardr.
1. Enrichment iin mikroorganizmalar hakknda ve yaam koullar hakknda n bilgi
gereklidir.
2. Synerjistik yaamaya ihtiya duyan mikroorganizmalar hibir zaman izole
edilemeyebilir.
3. ou nemli bakteri evresel koullarda oligotroph olarak yaarken zenginletirme
yntemi genellikle copiotroph lar izole edilirler.

35
rnein; yksek NH4-N ieren bir zenginletirme ortamnda copiotroph nitrifikasyon

bakterileri zenginleebilirken oligotroph lar daha zor geliir. nk yksek NH4-N
bulunmasyla zaten yksek byme hzna sahip copiotroph lar oligotroph lara gre daha
avantajl olur. Fakat doal ortamda oligotroph lar daha baskn olabilir. Bu enrichment
ynteminin nemli bir dezavantajdr.
Limitasyonlarna ramen klasik zenginletirme yntemi sonular doru veya uygun
yorumlandka nemli bilgi verebilirler.
Molekler Metotlar
Klasik zenginletirme ynteminin dezavantajlarn yenebilmek iin molekler metotlar
gelitirilmitir. Klasik yntemlerde fenotipik zelliklere baklrken molekler metotlarda ise
bakterilerin DNA veya rRNA baz srasna baklr.
Eer community structure anlamak istenirse farkl organizmalar belirlemek ve saymak
gereklidir. Bunun iin en genel yntem kaltsal genetik bilgileri belirlemektir. Bu amala SSU
rRNA genelde kullanlr. Oligonkleotide prop yntemi en yaygn yntemdir.
Oligonkleotide prop 15-20 baz uzunluunda tek iplikikden oluan bir DNA parasdr. Bu
prop sadece belirli bir grup bakterinin DNA snn bir ksmnn tamamlaycsdr. Prop
eklenirse baz zel artlarda prop kendini tamamlayc ve sadece baz bakteri gruplarnda
bulunan DNA parasna yapr. Daha sonra hibridize olmayan DNA paralar ykanarak
atlr. Sadece istenilen bakteri DNA sna hibridize olanlar atlmazlar. zel yntemlerle bu
DNA paracklar bakteri DNA snda gzlemlenerek toplam bakteri ierisindeki says
belirlenebilir.
Oligonkleotide hybridization iki yntemle gerekletirilir. lki, slot blotting denen

yntemdir. Bu yntemde ilk olarak RNA numuneden extract edilir. Extraksiyonda fenol ve
kloroform kullanlr. Daha sonra RNA alkol ile ktrlr. RNA peletleri tekrar sspansiyona
alnr ve denature edilir. 32P ieren oligonkleotide proplar hibridization buffer ile bir gece
boyunca RNA peletleriyle temas ettirilir. Daha sonra membran ykanr( scaklk kontroll
olarak) kurutulur ve radyoaktiflik iin analiz edilir.
Oligonkleotide probun kullnld ikinci yntem ise; Fluorescence insitu hybridization ya da

FISH yntemidir. FISH ile slot blotting arasndaki en nemli fark; FISHde oligonkleotide
prop zel bir molekl ile iaretlenmi olup flourescence mikroskobu ile izlenir. Bu zel
madde zel bir dalga boyunda k saar ve mikroskop ile gzlenir. kinci nemli fark ise
FISH ynteminde hcrenin RNAs extract edilmez. Hcre sabitlenir ve probun ieriye
girebilmesi iin gzenekli hale getirilir. FISH yntemiyle bakteriler paralanmad iin
yntem bakterilerin birbirine olan konumlar hakknda da bilgi verir.
FISHn dier zellikleri slot blotting e benzemektedir. Benzer olarak iaretleni proplar hcre
DNAsna elemeli olarak yerleir ve balanmayan proplar dikkatlice seilen bir scaklkta
ykanarak uzaklatrlr.
Community structure hakknda bilgi kromozomal DNA kullanlarak da elde edilebilir. Bu
yntemde DNA RNA gibi ekstrat edilir. Daha sonra spesifik primerler kullanlarak SSU
rRNAy kodlayan ve DNAda bulunan gene Polymerase chain reactor kullanlarak oaltlr.
oaltlan DNA bir membran zerinde sabitlenerek istenilen oligonkleotide proplar ile
hibridize edilir.
36
Oligonkleotide prop ynteminin en nemli dezavantaj ise; bu yntem sadece izole edilen ve
SSU rRNAs bilinen bakteri gruplar iin kullanlabilir. Fakat mikrobiyolojistlere gre sadece
bakterilerin ok az bir ksm izole edilmitir. Dolaysyla mikrobiyal community iin
Fingerprint of the communitys diversity hakknda bilgi verecek molekler tekniklere
ihtiya vardr.
Baz durumlarda bir veya grup halindeki bakterilere spesifik katabolik genleri kodlayan DNA
parac iinde prop dizayn edilebilir. rnein; slfat indirgeyen bakterilerin belirlenmesi
iin dissimilatory bisulfote reductase genini kodlayan DNA parac iin prop dizayn
edilebilir.
Community fingerprinting iin en ok kullanlan metot denaturing gel elektrophoresis dir. Bu
metot da extract edilmi ve PCR ile oaltlan DNA DGGE kullanlarak ayrlr ve bakteri
topluluunu oluturan her bir bakteri belirlenmi olur. DGGEde polycrylamide jel kullanlr.
DNA bir utan yklenir.gelin her iki ucunda elektrot olup bir elektriksel alan oluturur.
DNAnn yklendii ucun karsnda pozitif elektrot olup negatif ykl DNA pozitif yke (
elektroda) doru hareket eder.
Acrylamide jel yle hazrlanrki srekli olarak bir gradyana sahip denaturing ajan bulunur. Bu
amala re + formamide kullanlr. DNA pozitif yne doru hareket ederken daha youn bir
denaturing ortamyla karlar. DNAnn G+C ieriine bal olarak denature olur ve farkl
baz srasna sahip DNA paracklar farkl noktalarda durur. Bylece bakteri komminitesine
sahip finger printing elde edilmi olur.
DGGE ileminden sonra bantlar jel zerinden kesilerek yeniden PCR ile oaltlr ve
sequencing yaplr. Bulunan DNA dizisi data banklarla kyaslanarak bakteri ve filojenik aa
elde edilir. Ayrca bu DNA sras kullanlarak oligonkleotide proplar dizayn edilebilir.
DGGEde en ok SSU rRNA kullanlr.
BLM 2
Stokiyometri ve Bakteriyal Enerjitik
Biyolojik artm sistemlerinin dizaynnda belki de en nemli konsept ktle dengesi (mass
balance)dir. Belli miktarda bir atk iin ktle dengesi kurularak mikroorganizmalarn ihtiya
duyduu enerji ntrient ve evresel gereksinimler hesaplanabilir. Ayrca retilen son rn
miktar da hesaplanabilir. rnein O2 ihtiyac metan retimi azot ve fosfat gereksinimi, pH
ayar ve kimyasal denklemler stkiometri ye dayanlarak yazlr. Mikrobiyal sistemlerde
genellikle birden fazla kimyasal oksidasyon ve redksiyon reaksiyonlarna girer. kinci olarak
mikroorganizmalarn iki rol vardr. Mikroorganizmalar reaksiyonlarda hem kataliz hem de
reaksiyonun bir rndr. nc olarak mikroorganizmalar kimyasal reaksiyonlar
gerekletirerek enerjinin bir ksmn hcre sentezi bir ksmn da hcre aktivitesini korumak
iin kullanr. Bu nedenle reaksiyon enerjitik, element dengesi, elektron dengesi ve yk
dengesi gz alnmaldr.
Bu blmde, element, elektron, yk ve enerji dengelerini ieren stkiyometrik denklemlerin
yazm zerinde durulacaktr.
2.1. Stokiyometrik Denkleme Bir rnek
lk stokiyometrik denklemlerden biri 1956 ylnda Cazein ieren atksuyun oksidasyonu iin
yazlmtr.
37
ATIKSU:
C8H12O3N2 + 3O2 C5H7NO2 + NH3 + 3CO2 + H2O
184
96
113
17
132
18
1000 kg/gn kazein gideriminde; 520 kg/gn O2 verilmelidir. Ayrca 610 kg/gn atk amur
olumaktadr. Dolaysyla elde edilen denklem ile gerekli O2 ve retilecek atk amur miktar
tahmin edilebilir. Kazein kompleks protein ieren bir karm olup C8H12O3N2 amprik bir
denklemdir. Ktle dengesine gre kazein hem elektron verici hem de bakteriler iin bir
organik karbon kaynadr. Kazein elektron verici olarak kullanlarak tam olarak oksitlenir ve
CO2 retilir. Bir ksm kazein ise hcre iine alnarak yeni bakteri hcresi halini alr.
C5H7O2N bakteriyi temsil etmekte olup Porges (1956) bu denklemi nermitir. Buradaki drt
element dnda bakteri P, S, Fe gibi elementleri ierse de kolaylk iin bu 4 elementin
dndakiler ihmal edilmitir. Genel olarak bakteri hcresi %2 P ierir. Dolaysyla 1000 kg
kazein ieren su artm iin 0,02 (610) 12 kg/gn P fosfata ihtiya duyulur. Benzer olarak
farkl kimyasallar iin benzer stokiometrik denklemlerin yazlmas iin nemli noktann
bilinmesi gerekmektedir.
1. Hcrenin amprik forml
2. Elektron verici madde enerji retimi ve sentez arasnda nasl paylalr?
3. Elektron verici katabolik ve anaerobik reaksiyonlarda nasl paylalr?
2.2 Mikrobiyal Hcre in Amprik Denklem
Daha nce hcre denklemi C5H7NO2 olarak verildi. Fakat, hcrenin denklemi birok faktre
baldr. Mikroorganizmann karakteristii, enerji iin kullanlan substrat, mikroorganizmalar
iin gerekli ntrient miktar ve evresel koullar gibi.
Eer hcre azot ierii az olan bir ortamda byrse oluacak hcrede daha ok ya asidi ve
karbonhidrat reterek hcrenin N ierii bir miktar decektir. Tablo 2.1 eitli almalarda
bulunan hcre denklemlerini gstermektedir. Hcrenin N ierii 6-15 aras olup ortalama
%12 dir.
Farkl bakteri hcre denklemlerini kyaslamak iin bakterinin tam oksidasyonu iin gerekli O2
miktarlar hesaplanabilir. C5H7NO2 iin bu deer; 1.42 g COD/g bakteri dir.
C5H7NO2 + 5O2 5CO2 + 2H2O + NH3
113
5*32
COD/weight = 32*5/113=160/113 = 1.42 gCOD/ g bakteri
2.3. Substratn Paylam ve Hcre retim
Mikroorganizmalar elektron verici bir maddeyi oksitleyerek retilen enerjinin (elektronun) bir
ksmn elektron alcya (fe0) gndererek enerji retir. Elektron verici maddenin bir ksm ise
hcre sentezi (fs0) iin kullanlr. ekilde bu durum gsterilmi olup fe0 + fs0= 1 dir.

38
Hcre ryebilir ve fs0 daki baz elektronlar elektron alcya aktarlarak daha fazla enerji
retilir. Dier ksm ise aktif olmayan hcre kalntsna dnr.
Elektron verici maddenin katabolik ve anabolik reaksiyonlar arasndaki paylam e- eq olarak
verilir. Eer hcre retimine aktarlan ksm ktle olarak verilirse buna (true yield) dnm
katsays denir.
Eer hcre C5H7NO2 ile ifade edilirse ve amonyum azot kayna olarak kullanlrsa
Mc=113 g/mol
ne=20 e- /mol hcre
C5H7NO2 + 8 H2O 5CO2 + 20 H+ + 20 e- + NH3
20 H+ + 20 e- + 5O2 10 H2O
C5H7NO2 + 5O2 5CO2 + 2 H2O + NH3
Dolaysyla Y= 0,706 fs0
Y= g hcre /g KO
Bakterinin bir ksm ryerek tekrar enerji retiminde kullanlr. Dolaysyla net
dnm katsays ,Yn < Y dir. Bu durumda yeni net dnm dnldnde fs0 yerine fs;
fe0 yerin de fe kullanlr. Bu durumda
fs + fe =1 ve fe > fe0 ve fs0< fs dr.
dXa/dt =Y(-dS/dt)-bXa
Yn=(dXa/dt)/(-dS/dt) = Y- (bXa/(-dS/dt)
RNEK: 500 mg/L aktif hcre ieren bir reaktr 750 mg/L.gn gn hznda asetat
tketmektedir. Y= 0,6 g hcre /g asetat b= 0,15 gn-1 ise spesifik byme hzn, spesifik
substrat kullanma hzn ve Yn deerlerini bulun?
Yn=?
dX/dt=YdS/dt bXa
dX/dt=0,6*750 mg/Lgn 0,15 gn-1 *500 mg/L

dX/dt= 450 75 = 375 mg/Lgn
dX/dt /Xa = 375 mg/L.gn/500 mg/L = 0,75 gn-1
(dS/dt)/X0= (750 mg/L/gn)/(500mg/L)=1,5 gn-1
Yn=(dX/dt)/(dS/dt) =[(dX/dt)/Xa]/ [(dS/dt)/Xa] = 0,75/1,5 = 0,5
2.4. Enerji Reaksiyonlar
Mikroorganizmalar byme ve onarm iin enerjiye ihtiya duyarlar. Enerji oksidasyonredksiyon reaksiyonlarndan elde ederler. Fototrofik bakteriler bile gne enerjisini
kullanarak enerji elde ederken indirgenme ykseltgenme reaksiyonlarn kullanr.

39
Oksitlenme- indirgenme reaksiyonlarnda bir elektron alc ve bir de elektron verici vardr.
Genellikle elektron verici bakteriler iin besin olarak kullanlan maddelerdir. Kemolitotrofik
prokaryotlar ve fototrofik bakteriler dnda ou prokaryotlar organik maddeleri elektron
verici olarak kullanr. Kemolitotrofik prokaryotlar amonyum, slfid gibi inorganikleri enerji
metabolizmasnda elektron verici olarak kullanr. Prokaryotlar grld gibi olduka farkl
olmakla beraber birok farkl besini kullanabilir. En yaygn elektron alc diatomik yada
molekler oksijen(O2) dir. Anaerobik ortamda NO3-,NO2-, SO4-2 ve CO2 gibi elektron
alclarda kullanlabilir.
Baz durumlarda organik madde hem elektron alc hem de elektron verici olarak kullanlr.
Bu duruma fermantasyon denir. Glikozun elektron verici olarak kullanld ve farkl elektron
alclarnn kullanld durumlar aada gsterilmi olup aa kan enerji kullanlan
elektron alcsna baldr.
Aka mikroorganizmalar bir reaksiyondan maksimum enerji aa karmak isterler. Bu
nedenle de oksijeni elektron alcs olarak tercih ederler. Fakat tm bakteriler oksijeni elektron
alcs olarak kullanamazlar ve anaerobik bakteriler oksijen varlnda aerobik bakterilerle
yaramazlar. Fakat oksijenin olmad durumlarda anaerobik bakteriler ortama hakim
olabilir. Dolaysyla sadece ortaya kan enerji dnlr ve mikroorganizmalarn elektron
tercihi srasyla O2 > NO3- > SO4-2 > CO2 eklinde olur. E-koli gibi baz mikroorganizmalar
O2, Nitrat ve organik madde (fermantasyon ) gibi birok elektron alcs kullanlabilir. Fakat,
metanojen gibi baz grup organizmalar sadece metan reten reaksiyonlar gerekletirmekte
olup oksijen metanojenlere zararldr.
Aerobik oksidasyon
C6H12O6 + 6O2 6CO2 + 6H2O
serbest enerji:kj/mol glikoz

-2880
Denitrifikasyon
C6H12O6 + 24NO3 + 24 H+ 30CO2 + 42H2O + 12 N2
-2720
Slfat indirgeme
C6H12O6 + 6SO4 -2+ 9H+ 12CO2 + 12H2O + 3H2S + 3HS
-492
Metanojen
C6H12O6 3CO2 + 3CH4
-428
Etanol fermantasyon
C6H12O6 2CO2 + 2CH3CH2OH
-244
Aerobik ortamda daha fazla enerji retileceinden fs0 ve Y deerleri aerobik ortamda daha
byktr.
Enerji reaksiyonlarn oluturmak, mikrobiyal byme iin stokiyometrik denklemlerin
yazlmas iin iyi bir balangtr. Bu amala half reaktions (yar reaksiyonlar ) yazlr.
rnein glikoz iin NO3- elektron alc olarak kullanlr.
C6H12O6 + 6 H2O 6CO2 + 24H+ + 24 e2NO3 -+ 10e- + 12H+ N2 + 6 H2O
Her iki denklemde tek e iin yazlrsa
1/24C6H12O6 + 1/4 H2O 1/4CO2 + H+ + eevre Biyoteknolojisi Ders Notlar
40
1/5NO3 -+ e- + 6/5H+ 1/10N2 + 3/5 H2O

1/24C6H12O6 + 1/5NO3 -+ 1/5H+1/4CO2 + 1/10N2 + 7/20 H2O
Eer denklemin her taraf 120 ile arplrsa
5C6H12O6 + 24NO3 -+ 24H+30CO2 + 12N2 + 42 H2O
Tablo 2.2 ve 2.3 de bir e- iin eitli elektron alclar ve vericiler iin denklemler yazlmtr.
Tablo 2.3 de organikler iin verilmi olan denklemler organikler elektron verici olarak
kullanldnda ters evrilir ve bylece elektronlar sada yer alr.
Half reaksiyonlarn kullanlarak elektron alc ve vericiler iin denklemlerin nasl yazlaca
rnek zerinde gsterilmitir. Aminoasit alanine iin yazlmtr.
3CO2 + NH3 + 12 H+ + 12 e- CH3CHNH2COOH + 4H2O
Bir elektron iin yazlrsa
1/4CO2 +1/12 NH3 + H+ + e- 1/12CH3CHNH2COOH + 1/3H2O
norganiklerin oksidasyonunda da benzer metot kullanlr. ncelikle bu inorganiin
oksitlenmi ve indirgenmi formlarn bilmek gerekmektedir.
Kromat iin (CrO4-2)
Cr+6 den Cr+3 e indirgenirken elektron alr.
CrO4-2 + 3e- + 8H+ Cr+3 + 4H2O
+6
+3
Bir elektron iin yazlrsa ;
1/3CrO4-2 + e- + 8/3H+ 1/3 Cr+3 + 4/3H2O
Bakteri oluumu iin
5CO2 + 20H+ + 20 e- + NH3 C5H7NO2 + 8H2O
1/4CO2 + H+ + e- +1/20 NH3 1/20 C5H7NO2 + 2/5H2O
Eer NH4+ azot kayna olarak kullanlrsa
4CO2 + NH4+ + HCO3 + 20H+ + 20e- C5H7NO2 + 9H2O
1/5CO2 +1/20 NH4+ + 1/20HCO3 + H+ + e- 1/20 C5H7NO2 + 9/20H2O
Atksudaki organikler iin kullanlan forml en basit olarak CnHaObNc olarak verilir.
Organikler ayrca P ve S de iermekte olup istenirse bunlarda eklenecektir. Toplam
oksitlenme indirgenme reaksiyonlar gz nne alnarak tm toplam reaksiyon yazlabilir.
Alanine iin metanojenik reaksiyon yazlrsa
Ra: 1/8CO2 + H+ + e- 1/8 CH4 + 1/4 H2O
-Rd: 1/12CH3CHNH2COOH + 5/12 H2O1/6 CO2 + 1/12 NH4+ +1/12 HCO3-+ H+ + e
Re:
1/12 CH3CHNH2COOH + 1/6 H2O1/8 CH4 + 1/24 CO2+ 1/12 NH4+ + 1/12 HCO3-

41
RNEK: Bir endstriyel atksu 100 mL alanine iermektedir. Eer tm karbon enerji iin
kullanlr ve bakteri retimi ihmal edilirse oluacak gaz kompozisyonu ve k suyundaki
amonyum ve bikarbonat hesaplayn.
1/12 CH3CHNH2COOH + 1/6 H2O 1/8 CH4 + 1/24 CO2+ 1/12 NH4+ +1/12 HCO3Oluacak gazda CH4, CO2 nin 3 kat olup %75 CH4 %25 CO2 mevcuttur. 100 mM alanine de
100 mM NH4 retilir ve 1400 mg/lt NH4-N amonyum azotu atksuya verilecektir. Ayrca
5000 mg/L CaCO3 alkalinite artacaktr. Bylece retilen bikarbonat pH y ntral deerlerde
tutmaya yardm edecektir.
Negatif yk olan organik maddelerin oksidasyon denklemlerinin yazmnda HCO3- yk
dengelenmesi iin kullanlabilir. Pyruvate iin;
1/5CO2 + 1/10 HCO3- + H+ + e- 1/10 CH3COCOO- + 2/5 H2O
Ayrca HCO3- azot kayna olarak NH4+ yada organik anyonlar kullanldnda yk dengesi
iin kullanlr. CH3CHNH2COOH iin NH3 yada NH4+ un azot kayna olmas durumunda
denklemleri yazalm. Baz durumlarda farkl denklem formlar yazlabilir. Denklemde btn
elementler eletikten sonra bir problem yoktur. (bknz sayfa 140 denklem 2.22 - 2.25)
NH3
3CO2 + 12H+ + 12e- +NH3 CH3CHNH2COOH + 4 H2O
1/4CO2 + H+ + e- + 1/12NH3 1/12 CH3CHNH2COOH + 1/3 H2O
NH4+
NH4+ + HCO3- + 2CO2 + 12H+ + 12e- CH3CHNH2COOH + 5 H2O
1/12NH4+ +1/12 HCO3- + 1/6CO2 + H+ + e- 1/12 CH3CHNH2COOH + 5/12 H2O
2.5. Biyolojik Byme in Toplam Denklemlerin Yazlmas
Bakteriyel byme iki temel reaksiyon ierir. Biri enerji retimi dieri ise hcre sentezidir.
Elektron verici elektron retir ve bu elektronlar elektron alcsna gelerek enerji retilir. Bu
ksm yukarda incelendi. Ayrca sentezinde denklemlere konulmas gerekir. Bunu
yapabilmek iin elektron vericisinden retilen elektronlarn ne kadarnn enerjiye ne kadarnn
sentez aktarldn bilmek gereklidir.
Bunu yapmak iin ncelikle hcre sentezi iin yar denklemin bilinmesi gerekir. Tablo 2.24
de eitli azot kaynaklar iin yar denklemler verilmitir. Azot protein ve nkleik
asit
sentezi iin kullanlr. Amonyum en tercih edilen azot kaynadr. Amonyum olmad
durumda dier azot kaynaklar kulanlabilir. rnein, benzoat n karbon kayna olduunu
dnelim. Nitrat elektron alc olarak amonyumda hcre sentezi amacyla kullanlsn. Net
dnm gz nne alnarak elektronlarn %40 nn hcre sentezi(fs=0,40) iin %60 nn ise
enerji ( fs=0,60) iin kullanldn dnelim.
42
ncelikle genel enerji ve sentez denklemleri yazlr. Elektron vericiye ait yar reaksiyon Rd
ile gsterilir.elektron alcya
ya ait denklem ise Ra ile, hcre sentezine ait denklem ise Rc ile
gsterilir. Dolaysyla enerji denklemi
Re=Ra-Rd
Sentez denklemi
Rs=Rc-Rd olur.
Rd - iaretini
aretini alr. nk elektron verici oksitlenecektir. Buna gre benzoatn
oksitlenmesinde
Ra:1/5 NO3- + 6/5 H+ + e- 1/10N2 + 3/5 H2O
-Rd: 1/30C6H5COO- + 13/20 H2O 1/5 CO2 + 1/30 HCO3-+ H+ + eRe: 1/30C6H5COO- + 1/5 NO3- + 1/5 H+ 1/5 CO2 + 1/30 HCO3 + 1/10N2 + 1/6 H2O
Benzer olarak ;
Rc: 1/5 CO2 +1/20NH4 + 1/20 HCO3 + H+ + e- 1/20 C5H7NO2 + 9/20 H2O
-Rd: 1/30C6H5COO- + 13/20 H2O 1/5 CO2 + 1/30 HCO3+ H+ + eRs: 1/30C6H5COO- + 1/20NH4 + 1/60 HCO3 1/20 C5H7NO2 + 1/60 H2O
kinci
kinci olarak sentez ve enerji denklemlerinin birletirilmesi
birle tirilmesi gerekir. Bunun iin Re denklemi
fe ile Rs denklemi
lemi fs ile arplarak toplanr.
fe*Re: 0,02C6H5COO- + 0,12 NO3- + 0,12 H+ 0,12 CO2 + 0,06 N2+ 0,02 HCO3- + 0,1 H2O
fs*Rs: 0,0133C6H5COO- + 0,02 NH4 ++ 0,0067 HCO3 0,02 C5H7NO2 + 0,0067 HCO3R: 0,0333 C6H5COO- + 0,12 NO3- + 0,02 NH4 ++ 0,12 H+ 0,02 C5H7NO2 +0,06 N2 +
0,12 CO2 + 0,0133 HCO3- + 0,1067 H2O
Buna gre 1 mg/L NO3- gidermek iin gerekli benzoat KO
KO cinsinden bulalm. nce
benzoatn KO sini hesaplayalm.
C6H5COO- + H+ + 15/2 O2 7 CO2 + 3 H2O
121
240
208/121
1,98 mg KO/
KO mg benzoat
Denkleme gre 0,0333*121mg benzoat *1,98 mg KO/

KO / mg benzoat / 0,12 mg NO3N*14
=4,75 mg KO/mgNO
KO
3 N
Eer
er hcre bymesi olmaz ve tm elektron sadece enerjiye dolaysyla elektron alcsna
giderse;
(1/30 *121 *1,98) / (1/5 *14) = 2,85 mg KO
KO / mg NO3N
Dolaysyla denitrifikasyonda Y deeri
de eri yani bakteri bymesi iin gerekli karbon miktar
arttka denitrifikasyon iin gerekli karbon veya KO
KO miktar da artacaktr. Sadece enerji
denklemi kullanlarak yani byme
by
ihmal edilerek gerekli KO miktar alternatif olarak
aadaki gibi bulunabilir.
NO3- + 6H+ + 5e- 1/2 N2 + 3 H2O
43
1 mol NO3- indirgenmesi iin 5 mol elektron gereklidir. Bu elektronu retmek iin ne kadar
KO gereklidir.
5H+ + 5e- +5/4 5/2 H2O
5 mol elektron retmek iin 40 g KO gereklidir. Dolaysyla 1 mg NO3N indirgemek iin
gerekli KO;
40 gKO / 14 g NO3N = 2,86 mg KO / mg NO3N
Genel denklem:
R = fe*Re + fs*Rs forml ile bulunmutu. Bu denklem ayrca:
R=fe*(Ra-Rd) + fs*(Rc-Rd ) eklinde de yazlabilir. Buna gre:
R=fe*Ra-fe*Rd + fs*Rc- fs*Rd
R=Ra(fe) +fs*Rc Rd (fe +fs)
fe+fs=1
Buna gre;
R= fe*Ra + fsRc Rd forml ile de bulunabilir.

NH4+ gibi NO3- de bakteriler iin azot kayna olarak kulanlabilir. Yine benzoat iin
denklemi yazalm. Bu durumda fs = 0,55 olsun.
fe= 1-fs = 0,45
R= fe*Ra+ fs*Rc - Rd
fe*Ra= 0,09 NO3- + 0,54H+ + 0,45e- 0,045 N2 + 0,27 H2O
fs*Rc= 0,0196 NO3- + 0,0982 CO2 +0.5696H+ +0.55e- 0,0196 C5H7NO2+ 0,2161 H2O
-Rd:
0,0333C6H5COO- + 0,4333 H2O 0,2 CO2 + 0,0333 HCO3+ H+ + eR: 0,0333C6H5COO- +0,1096 NO3- + 0,1096H+ 0,0196 C5H7NO2+ 0,045 N2 + 0,0333
HCO3- + 0,1018 CO2 + 0,0528 H2O
Organiklere benzer olarak kemolitotoroflar inorganikleri oksitler ve enerji retir. Hcre
sentezi iin gerekli karbonu ise CO2 den alr. Benzer olarak elektron alcsnn
indirgenmesiyle oluan elektron (enerji) enerji retimi ve hcre sentezi arasnda paylatrlr.
RNEK 2.4: Nitrifikasyon stokiometrisi
Bir atksuda NH4-N 22 mg/L ise 1000 m3 atksuda nitrifikasyon gerekletirmek iin gerekli
oksijen miktarn bulun. Ayrca retilecek amur miktarn bulun. fs= 0.1 ve hcre retimi iin
inorganik karbon kullanlacaktr.
R=fe*Re+fs*Rs
R= fe*(Ra-Rd)+fs(Rc-Rd)
44
R=fe*Ra+fs*Rc-Rd
Ra:
1/4O2 + H+ + e- 1/2 H2O
feRa:
0,225 O2 + 0,9 H+ + 0,9 e- 0,45 H2O
Rc:
4 CO2 + 20 H+ + 20 e- + NH4 + HCO3- C5H7NO2+ 9 H2O
Rc:
1/5 CO2 + H+ + e- + 1/20 NH4+ +1/20 HCO3- 1/20 C5H7NO2+ 9/20 H2O
fs*Rc:
0,02 CO2+0,1 H++0,1 e- +0,005 NH4++0,005 HCO3- 0,005 C5H7NO2 + 0,045H2O
-Rd:
NH4+ + 3 H2O NO3- + 10 H+ + 8 e-
R=fe*Ra - fs*Rc Rd
0,13 NH4++0,225O2+0,02CO2+0,005HCO3-0,25H++0,12 H2O+0,125 NO3-+0,005 C5H7NO2
Denklemlere gre;
0,225* 32 g O2/0,13*14 g NH4-N = 3,956 g O2/ NH4-N
Gerekli O2 = 1000 m3 *22 NH4-N / m3* 3,956 g O2/ NH4-N
Gerekli O2= 87000 g O2 = 87 kg O2
retilen bakteri= 1000 m3 22 NH4-N * 0,005*113g bak/0,13 * 14 g NH4-N =6,83 kg
Artlm atksudaki azot konsantrasyonu ise;
0,125 NO3- /0,13 NH4*22 mg NH4 = 21,15 mg/L
RNEK 2.5. Metanojenler iin stokiyometri
Bir endstriyel atksudaki organik maddenin formlnn C8H17O3N olduu belirlenmitir.
Organik madde konsantrasyonu 23000 mg/L debi 150 m3/gn dr. 35 C ve 1 atm de retilen
metan gaz miktarn bulun? fs= 0,08 ve organik madde giderim verimi %95 dir.
R= fe*Ra + fs*Rc Rd
fe= 1-0,08= 0,92
Ra=? Ra= CO2 + 8 H+ + 8 e- CH4 + 2 H2O
1/8 CO2 + H+ + e- 1/8 CH4 + 1/4 H2O
feRa=0,115 CO2 + 0,92 H+ + 0,92 e- 0,115 CH4 + 0,23 H2O
Rc= 4CO2 + 20 H+ + 20 e- + NH4+ + HCO3- C5H7NO2+ 9 H2O
45
Rc= 1/5 CO2 + H+ + e- + 1/20 NH4+ + 1/20 HCO3- 1/20 C5H7NO2 + 9/20 H2O
fs*Rc= 0,016 CO2 + 0,008 H+ + 0,008 e- + 0,004 NH4+ + 0,004 HCO3- 0,004 C5H7NO2+
0,036 H2O
-Rd=?
C8H17O3N + 14 H2O 7 CO2 + 40 H+ + 40 e- + NH4+ + HCO3-
1/40C8H17O3N + 14/40 H2O 7/40 CO2 + H+ + e- +1/40 NH4+ +1/40 HCO3-Rd= 0,025C8H17O3N + 0,35 H2O 0,175 CO2 +H+ + e- +0,025 NH4+ +0,025 HCO3R= fe*Ra + fs*Rc Rd
R: 0,025C8H17O3N + 0,084 H2O 0,021 HCO3-+ 0,004 C5H7NO2 + 0,021 NH4+ + 0,044
CO2 + 0,115 CH4
CH4 miktarnn bulunmas:
Gnlk organik yk 23 kg/m3*0,95*150 m3/gn=3277,5 kg/gn
1 mol C8H17O3N =175 g
3277,5*1000/175/ gn=18728,57mol/gn
0,115 mol CH4/0,025 mol organik*18728,57 mol organik/gn =86151,43 molCH4/gn
35 C ve 10 atm de 1mol gaz =25,34 L
1000 mol CH4
25,34 m3
86151,43 mol CH4
x m3
X=2183 m3/gn
Metan ierii = 0,115 / (0,044+ 0,115) *100 = % 72,32
2.5.1 Fermantasyon Reaksiyonlar
Fermantasyon; bir organiin hem elektron alc hem de elektron verici olarak kullanlmas
durumudur. rnein glikozun etanole fermantasyonu. Bu reaksiyonda 1 mol glikoz 2 mol
etanole ve 2 mol CO2 ye dnr.
C6H12O6 2 C2H5OH + 2CO2
Bu denklemlerde de mikroorganizma bymesinin hesaba katlmas gerekmektedir. Bunun
iin yine uygun half reaksiyonlarn seilmesi gerekmektedir. Bu tr denklemlerin
yazlmasnda tm ara rnlerin gz nne alnmas gerekmemektedir. Sadece giren ve kan
(rn) bileiklerin bilinmesi balanced(dengeli) bir denklem yazmak iin yeterlidir.
Basit Fermantasyon: Bu tr fermantasyonda sadece bir adet indirgenmi rn oluur.
rnein glikozdan etanol retimi. ncelikle elektron verici yan reaksiyonlarn seilmesi
gerekir. Burada elektron verici glikozdur. kinci olarak elektron alcnn seilmesi gerekir.
46
Burada CO2 den etanol retim yar reaksiyonu kullanlr. Sadece enerji retimi dnlr
d
ve
bakteri retimi ihmal edilirse;
Ra: 1/6 CO2 + H+ + e- 1/12 C2H5OH + 1/4 H2O
-Rd: 1/24C6H12O6 + 1/4 H2O1/4 CO2 + H+ + eRe: 1/24 C6H12O6 1/12CH3CH2OH + 1/12 CO2
RNEK:2.6: Basit Fermantasyon Stokiyometrisi
Glikozdan etanol fermantasyonu iin stokiometrik denklemi yazn. fs=0,22
R=fe*Ra+fs*Rc Rd
fe= 1- 0,22 =0,78
feRa: 0,13 CO2 + 0,78H+ + 0,78 e- 0,065 C2H5OH + 0,195 H2O
fs*Rc: 0,044 CO2+0,011 NH4+0,011 HCO3-+0,22H++0,22 e- 0,011 C5H7NO2 + 0,099 H2O
-Rd: 0,0417 C6H12O6 + 0,25 H2O0,25 CO2 + H+ + eR: 0,0417 C6H12O6 + 0,011 NH4 + 0,011 HCO3- 0,011 C5H7NO2 + 0,065 C2H5OH + 0,076
CO2 +0,044 H2O
KARIIK
IK FERMANTASYON
Bir ok fermantasyon reaksiyonunda birden fazla rn oluur.
olu
rnein
in E.coli genellikle
glikozu asetat, etanol, format ve hidrojene dntrr.
trr. Metan fermantasyonunda bakteri ve
arke organik maddeleri metan ve tam oksitlenmemi
oksitlenmemi fermantasyon rnlerine dntrr.
dn
ndirgenmi organik maddelerin birbirine gre oranlar bilinirse enerji reaksiyonlar yazlarak
denklemler kurulabilir.
Kritik adm; oluucak
ucak ara rnlerin relatif oranlarn bilinmesidir. Herbir rnn elektron
equvolenti hesaplanr ve toplam elektron equvolent kullanlarak relatif oranlar hesaplanr.
Reaksiyon denklemleri bu oranlar ile arplr.
Ra=
Ra=elektron alc reaksiyonu
eai =
ve
Rd=
edi=
ve
rnek 2.7: (Sitratn

Sitratn iki indirgenmi
indirgenmi rne dnm)) Bacteroide sp. 1 mol sitrat
si
1mol
format, 2 mol asetate, bir mol de bikarbonata dntrr.
dn trr. Bu reaksiyon iin toplam enerji
denklemi yazn.

47
ndirgenmi rnler, asetat ve formattr. Bikarbonat CO2 olup en yksek oksitlenme

dzeyindedir ve elektron dengesi yazarken hesaba katlmaz.
Tablo 2.3de
Asetat: 1/8 CO2 + 1/8 HCO3- + H+ + e- = 1/8 CH3COO- + 3/8 H2O
Format: HCO3- + H+ + e- = HCOO- + 1/2 H2O
Bir mol asetat retmek iin 8 e- gerekli. Bir mol format retmek iin ise 2 e- gereklidir. ki mol
asetat ve bir mol format iin 18 e-eq gereklidir. Dolaysyla, elektronlarn asetata ve formata
kayan ksm;
eac = 16/18 = 0,889
eform= 2/18 = 0,11
Bu oranlar yukardaki denklemler ile arplrsa;
0,111Rform :
0,889Rac:
0,0555HCO3- +0,111H+ +0,111e-=0,055HCO3-+0,0555H2O

0,11CO2+0,111HCO3-+0,889H+0,889e-=0,11CH3COO-+0,333H2O
Ra:
0,111CO2+0,166HCO3-+H++e-0,0555HCOO-+0,111CH3COO-+0,388H2O
Genel enerji denklemi

Re=Ra-RdTablo2.3
-Rd= 1/18(COO)CH2COH(COO-)CH2COO+4/9H2O=1/8CO2+1/6HCO3-+H++eRe=Ra-Rd
(COO)CH2COH(COO-)CH2COO-+H2OHCOO-+2CH3COO-+CO2
rnek 2.8: (Kark elektron verici ve elektron alc). 1,1 mol laktat ve 1,1 mol glikozun
metan fermantasyonunda 3,6 mol metan, 0,21 mol asetat, 0,42 mol proponat olumaktadr. Bu
durumda enerji denklemini yazn.
Elektron verici
mol
e- eq /mol
eq
edi
Laktat
Glikoz
1.1
1.1
12
24
12*1.1=13,2
26,4
39,6
13.2/39.6=0.33
0,67
1,00
eqeai
28,8
0,796
1,68
0,046
5,74
0,158
36,22
1,00
Elektron vericide toplam 39,6 eq- retilirken rnlerin oluumu iin gerekli e-eq=36,22 dir.
Dolaysyla yaklak % 10 luk bir elektron verici alclara ulamamtr. Bu farkn bakteri
bymesi in kullanld dnlmektedir. Bulunan relatif oranlarla denklemler arplp tek
bir Ra ve Rd yazlrsa;
Elektron alc
Metan
asetat
propionat
mol
3,6
0,21
0,42
e- eq/mol
8
8
14
Alclar iin:
48
0,796Rmet:0,0995CO2+0,796H++0,796e-0,0995CH4+0,199H2O
0,046Rac:0,0058CO2+0,0058HCO3-+0,046H++0,046e-0,0058CH3COO-+0,0172H2O
0,158Rprop:0,0226CO2+0,0113HCO3+0,158H++0,158e-0,0113CH3CH2COO-+0,0564H2O
Ra:0,128CO2+0,017HCO3-+H++e-0,0995CH4+0,0058CH3COO-+0,0113CH3CH2COO+0,273H2O
Verici iin yazlrsa;
0.33Rlak.: 0,055CO2+0,0275HCO3-+H++e- = 0,0275CH3CHOHCOO-+0,11H2O
0.67Rglu.: 0,168CO2+0,67H++0.67e- = 0,0279C6H12O6+0,168H2O
Rd: 0,223CO2+0,0275HCO3-+H++e-0,0275CH3CHOHCOO-+0,0279C6H12O6+0,278H2O
RaRd:
0,0275CH3CHOHCOO- + 0,0279C6H12O6 + 0,005H2O 0,0995CH4 + 0,0058CH3COO +
0,0113CH3CH2COO- + 0,095 CO2 + 0,0105HCO3Eer; fs=0,1/1,1=0,091 ve fe=1-0,091=0,909 alnarak;
R=fe*Re+Rs*fs
Rs=Rc-Rd
R=(Ra-Rd)fe+fs(Rc-Rd)
R=fe*Ra+fs*Rc-Rd
R: 0,0275CH3CHOHCOO-+ 0,0279C6H12O6 + 0,0046NH4+ 0,0046C5H7NO2 + 0,0904CH4
+ 0,00527CH3COO-+0,0103CH3CH2COO-+0,088CO2+0,0075HCO3-+0,011H2O bulunur.
Benzer olarak Desulfovibrio desulfuricansn laktat slfat varlnda asetata dntrmesi
ise;
0,084CH3CHOHCOO-+0,042SO4-2+0,063H+0,084CH3COO-+0,021H2S+0,021HS0,084CO2 + 0,084H2O
ENERGETICS VE BAKTER BYMES
Mikroorganizmalar oksidasyon ve redksiyon reaksiyonlaryla byme ve hcre onarm iin
enerji retirler. Her bir elektron iin ortaya kan enerji, elektron alcya gre deiir. Hcre,
subsrat konsantrasyonun yksek olduu durumda enerjinin byk ksmn sentez iin harcar.
Fakat elektron verici konsantrasyonu dk ise, subsrat oksidasyonunda elde edilen enerjinin
byk ksm hcre onarmna aktarlr. Dolasyla yksek subsrat kullanm olmas durumunda
byme daha fazla olup Y yksek olur. Bu aadaki denklemde gsterilmitir.
Yn= [(dXa/dt)/(-dS/dt)] =Y-bXa/(-dS/dt)
Benzer olarak, elektron vericinin oksitlenmesiyle retilen enerji, hcre onarm iin gereken
enerjiye (m) eitse Yn=0 olur.
Eer, Yn=0 ise (dS/dt)/Xa = b/Y = m
True Yield ile elektron alc oksidasyonundan retilen enerjinin ilikilendirilmesi zerine
eitli almalar yaplmakla beraber zerinde uzlalm bir metod yoktur. En kabul
49
grenlerden biri; elektron edeer cinsinden yazmak olup, elektron alcnn oksidasyonu ile
retilen elektronlarn ne kadarnn hcere sentezi, ne kadarnn enerji iin kullanldn
belirlemektir.
Olduka teorik bir yaklam gibi grnsede elektron edeeri, evre mhendisliinde kolayca
llen birok parametre ile (KO, oksijen ihtiyac) ilikilendirilebilir. rnein bir edeer
gram oksijen 8g O2 olup, bir elektron edeeri herhangi bir elektron alc 8g O2e edeerdir.
Bu kolaylkla kullanlarak Yn deeri KO edeeri cinsinden hesaplanabilir.
rnek: Bir atksu 12,6 g/l etanol iermektedir. e-eq/l ve KO sini hesaplayn.
C2H5OH+3H2O 2CO2 + 6H+ + 6e6e-eq
6e-eq
x
1mol C2H5OH
46 g
12,6
1e-eq O2
1,64 e- eq
X = 1,64 e-eq
8g
x
X = 13,12 g KO/l
veya ,64 H+ + 1,64e-+ 0,82/2 O2 0,82 H2O 13,12 g KO/l
ENERJ REAKSYONLARININ SERBEST ENERJS
Tablo 2.2 ve 2.3de PH=7.0de standart serbest enerjileri verilmitir. Kitapta Ek Ada her bir
rn iin standart serbest enerjiler verilmi olup, Tablo 2.2 ve 2.3 dndaki reaksiyonlar iin
gerekli hesaplamalar yaplabilir. Bir reaksiyondaki serbest enerji rnlerin toplam serbest
enerjisinden girenlerin toplam serbest enerjisi karlarak hesaplana bilir.
Bir reaksiyonun serbest enerjisini, Gr, hesaplamak iin elektron alcya ait yar rn
reaksiyonunun serbest enerjiyle, elektron vericiye ait yar reaksiyonun serbest enerjisi
toplanr. Tpk yar reaksiyonlardan toplam denklem elde etmek iin kullanlan prosedr
izlenir. rnein etanoln aerobik oksidasyonu iin genel enerji denklemini ve serbest enerji;
G0,kj/e-eq
Tablo2.4 R-I-14:
1/4O2 +H++e-=1/2H2O
-78,72
Tablo2.3 R-D-5:
1/12CH3CH2OH+1/4H2O =1/6CO2 +H++e
-31,18
1/12CH3CH2OH+1/4 O2 =1/6CO2+1/4H2O
-109,90
G0r standart artlarda (1M etanol, 1 atm O2 ve CO2 ksm basnc, pH=7.0)
ekil 2.2 de farkl elktron alc ve vericiler iin serbest enerjiler verilmitir. Elektron alc
oksijen veya nitrat olmas durumunda serbest enerji degiimi birbirine yakn olmakta ve
organik maddelerin elektron alcs olarak kullanlmas durumun da G0r=-96 ile -120 kj/ e-eq
arasnda deimektedir. norganiklerin aerobik oksidasyonundan bu aralk ok deimektedir.
50
rnegin Fe+2nin oksitlenmesinde serbest enerji deiimi

de
yaklak -5kj/
5kj/ e-eq iken H2 nin
aerobik oksidasyonunda serbest enerji deiimi
de
-119 kj/e eq dir.
Anaerobik koullarda
ullarda metan reteminde
reteminde asetat ve glikoz organik madde olarak
kullanldnda,
nda, serbest enerji deiimi
de
srasyla -3,87 kj/ e-eq ve -17,82
17,82 kj/ e-eq dir.
Grld gibi aerobik ve anaerobik ortamda ortaya kan enerji miktar olduka farkl olup
bu durumda bakteri dnm
m katsaysna
k
da yansmakatadr.
Bulunan bu serbest enerjiler standart artlarda olup, normal ve gerek artlardaki deerler
de
ok
kolay hesaplanabilir.
Gr=G0r + RT lnk
Etonoln aerobik oksidasyon rneinde;
rne
1/12CH3CH2OH + 1/4O2 = 1/6CO2 + 1/4 H2O
G0r =-109,9 kj/ e-eq
Gr = G0r+RT lnk
1/6
1/4
1/12
= -109,9+8,314(273+0)*ln
109,9+8,314(273+0)*ln {[(CO
{
)}
2) .(H2O) ] / [(CH3CH2OH)
Dolaysyla serbest enerji, standart artlarda elde edilen deere
ere olduka yakndr. pH ile ilgili
gerekli dzeltme yapld takdirde bu durum ok sk gzlenebilir (biyolojik reaksiyonlarda).
pHnn 7.0 den farkl olmas durumunda pH dzeltmesi gerekir;
Gr=G0r-RTUH + ln[10-7]
G0r =PH 7.0deki deer
DNM
M KATSAYISI ve REAKSYON
REAKS
ENERJS
Subsrat
at kullanmnda enerji retimi iki aamada
a
gerekleir.
ir. Birinci aamada;
a
enerji
reaksiyonlar yksek enerjili tayclar
ta
retir (ATP gibi). kinci aamada
amada ise bu enerji
tayclar
yclar harcanarak reilen enerji hcre sentezi ve hcre onarmnda kullanlr. Bu durum
aadaki ekilde gsterilmitir.
tir.
Tm reaksiyonlarda olduu
uu gibi her basamakta bir ksm serbest enerji kaybolur.
Termodinamik prensiplerine dayanarak fs0 ve Y hesap edilebilir. True Yieldin tahmininde
onarm iin harcanan enerji sfr olarak alnr.
=Y(
)-bxa

51
Y=
Y=Yn+
eer
er b=0 ise Y=Yn
lk olarak bir edeer

er hcre retimi iin gerekli enerjiyi Gs
Gs ve hcre retemi iin
i azotun
amonyumundan karlandn
n dnelim. lk olarak organik subsratn, bakterilerin makro
molekllerini sentezlemek iin kulland
kulland ara rnlere dntn
n kabul ederek bunun iin
gerekli enerjiyi bulmalyz. Bu amala ara organik rnn
r
piruvat olduu
u kabul edilir. Privuta
oluum reaksiyonu Tablo
ablo 2.3 de verilmi
verilmi olup,
1/5CO2 +1/10HCO3- +H++e 1/10CH3COCOO-+2/5H2O G0=35,09 kj/ e-eq
Bir organik maddeyi pirivuta dntrmek
dn
iin gerekli enerji Gp
Gp ise aadaki forml
kullanlarak bulunabilir;
Gp=35,09-Gcoelektron
elektron vericiye ait yar reaksiyonun enerji deiimi
Gco deerleri
erleri Tablo 2.3 den alnabilir. rnein
rne in elektron verici (organik karbon) asetat ise
Gco =27,4 kj/ e-eq
Ototrofik koullarda ise inorganik karbon kullanlr. Bu durumda CO2i piruvata dntrmek
dn
iin olduka yksek enerji gerekir. Fotosentezde, hidrojen veya elektron (karbonu CO2den
piruvata indirgemek iin) sudan gelir. Buna gre
Gco = - 78,72 kj/ e-eq alnr . (ototrofik reaksiyonlarda )Buna gre ototrofik reaksiyonlarda
Gp = 35,09-(-78,72)=113,8
78,72)=113,8 kj/e-eq
Piruvat retildikten sonraa hcresel karbona dntrlr.
dn
Burada genellikle enerji (Gp)
(
3,33
kj/ g hcre ( Mr.Carty,1971) olarak kabul edilir.
Hcrenin e-eq deeri
eri =113g/20e- =5,65g /eDolaysyla Gpc=3,33*5,65=18,8
Gpc=3,33*5,65=18,8 kj/ e-eq olarak bulunur (Eer
er azot kayna olarak
amonyum kullanlacaksa).
Son olarak
arak elektron transferinde her zaman enerji kayb sz konusudur. Dolaysyla, hcre
sentezi iin enerji ihtiyac aa
adaki ekilde bulunabilir.
Gs = Gp/n + Gpc/
eklinde olur.
Burada Gp
Gp organik maddenin piruvat dntrlmesi
dn
iin gerekli enerjiyi
erjiyi gstermektir.
Gp; glikoz gibi organikler iin negatiftir. Yani glikozdan enerji aa
a karak piruvat
dnmektedir. Bu enerjinin bir ksm kaybolur ve bu durumda n-11 deerini
de
alr. Dier
52
durumlarda; rnein asetatn organik madde kayna olarak kullanld durumda n deeri +1
olacaktr.
Hcre retimi iin gerekli enerji miktarnn bulunmasyla beraber artk bu hcrenin
retilebilmesi iin oksitlenmesi gerekli elektron verici miktar A olarak tanmlanr.
Dolaysyla A kadar elektron vericinin oksitlenmesiyle retilecek enerji miktar A.Gr
olacaktr. Burada Gr 1e-eq elektron vericinin oksitlenmesiyle ortaya kacak enerji
miktardr. Bu kadar enerji ,enerji tayclarna transfer edilirken yine bir miktar enerji
kaybolacaktr . Eer enerji kayb, bir nce verilen tayclardan senteze aktarlrken meydana
gelen kayp ()ile ayn ise enerji retimi AGr olacaktr.
Eer tayclar iin dengeli durumda enerji dengesi yazlrsa;
A**Gr-Gs=0
Gs = Gp/n + Gpc/
A= [Gp/n + Gpc/] / (Gr)
eklini alr.
Bu denklem hcre onarm iin gerekli subsrat kapsamad iin bu ekilde elde edilen yield
katsays True Yield deerini verecektir. Daha nce bahsedildii zere elektron vericinin bir
ksm enerji retimi iin, dier ksm ise hcre sentezi iin kullanlr.
A=1 e-eq hcre retimi iin kullanlan elektron verici miktardr. Buna gre 1 e-eq hcre
retimi iin harcanan toplam elektron verici miktar 1+A olur.
Dolaysyla;
fs0= 1/(1+A)
fe0= A/(1+A)
Enerji transfer verimi ise; bir kabul sonucu seilen deerdir. Enerji transfer verimi genellikle
%55-70 aras olup genellikle 0,60 alnr.
Baz enzimatik reaksiyonlarda rnein; hidrokarbonlarn ilk oksitlenme aamasnda bir enerji
yatrm gerekmektedir. Tm reaksiyon sonucunda enerji retilecek olsa bile ilk yatrm
nedeniyle genel enerji transfer verimi decektir. Fakat buradaki reaksiyonlar ve denklemler
bu durmu gz ard edecektir.
rnek: nin heterotrofik Y zerine etkisine etkisi. Aerobik asetat oksidasyonunda
deerlerini 0.4, 0.6 ve 0.7 olarak fs0ve Y degerlerini kyaslayn. PH=7.0 ve her bir reaktant ve
rnnde aktivitesinin birim (1) olduunu kabul edin. Hcre sentezi iin amonyum
kullanlmaktadr.
=0,4 ise
Asetat oksidasyonunda G0 = - 27,40 kj/ e-eq
A= [Gp/n + Gpc/] / (Gr)
Gp=35,09-Gpc=35,09-27,40=7,69 kj/ e-eq (enerji gerektiren bir eaksiyon olup n deeri 1
alnacaktr.)
Gpc=18,8 kj/ e-eq
53
A=[(7,69 kj/ e-eq /0,4)+(18,8/

(18,8/0,4) / (0,4*(Gr)]=
Gr=Ga-Gd= -78,72-27,40=
27,40=-106,12
A= - [(66,225) / (0,4*(-106,12)
106,12)]= 1,56
fs0=1/(1+A) = 1/(1,56+1)=0,39
=0,39
fe0=A/(1+A) = 0,61
Y deerini
erini bulabilmek iin dengelenmi
dengelenmi denklemi yazmak gerekir. Buna gre,
Re=Ra-Rd
Rd
R=fe*Re+fs*Rs
Rs=Rc-Rd
R=fe(Ra-Rd)+ fs(Rc-Rd)
R= fe*Ra- fe*Rd+ fs*Rc- fsRd
R= feRa+fs*Rc-Rd
Ra: 1/4 O2+H++e-1/2H2O
fe*Ra: 0,1525 O2+0,61+H+0,61 e-0,305 H2O
fs*Rc:0,078 CO2+0,0195 HCO3-+0,0195NH4++0,39H++0,39e-0,0195C5H7NO2+0,1755 H2O
-Rd=0,125 CH3COO-+0,375 H2O+ 0,125HCO3-+ H++eR: 0,125CH3COO- + 0,1525O
O2 + 0,0195NH4+ 0,797CO2 + 0,1055 HCO3- + 0,1055H2O +
0,0195C5H7NO2
Y=
= 0,298
0,30g/g
Y=
fs0
0,4
0,6
0,7
0,30
0,59
0,66
Y (g cell/g subst)
0,30
0,45
0,51
Y (g cell/KO
cell/KO subs)
0,28
0,42
0,47
rnek 2.11: Elektron alc ve elektron vericinin heterotroflar zerine etkisi.

etkisi Glikoz ve
asetatn O2, nitrat, slfat ve CO2in elektron alc olduu ve =0,60 olduu durumda A, fs0,
Gr, G0 sayfada verilmitir (sayfa 158).
Ototroflarda fs0deerleri dolaysyla Y deerleri
de
dktr.
ktr. Bunun nedeni ise;
ise CO2den hcre
retimi olduka yksek miktarda enerji gerektiren bir reaksiyondur. rnein
rne
ototrofik
bakteriler iin Gs deerini deerini
de
0,6 kabul ederek hesaplayalm.
Gs=substrattan
Gs=substrattan hcre retimi iin gerekli enerji
Gs = Gp/n + Gpc/
Gp=35,09-Gpe
=35,09-(-78,72)=113,8
78,72)=113,8 kj/ e-eq
Gs=113,8/0,6+18,8/0,6=221
Gs=113,8/0,6+18,8/0,6=221 kj/ e-eq
54
Asetat kullanan aerobikler iin bu deer

de
daha nce 66,22 bulunmutu.
tu. Dolaysyla, ototrof
hcrelerin retimi iin olduka yksek enerji gerekir.
OKSTLENM AZOT KAYNAKLARININ HCRE RETM
RET AMACIYLA
KULLANIMI
Mikroorganizmalar hcre sentezi iin amonyumu tercih eder. nk amonyumdaki N (-3)
(
deerlikli
erlikli olup hcre ierisindeki N ile ayn
ay oksidasyon seviyesindedir.
dir. Dolaysyla,
D
NH4+
kullanldnda
nda hcre sentezi iin daha
d
az enerjiye ihtiya duyulur. Fakat amonyumun mevcut
olmamas durumunda birok prokaryot oksitlenmi
oksitlenmi azot formlarn (NO2-,NO3-,N2) azot
ihtiyalarn gidermek iin kullanrlar.
kull
Oksitlenmi azot formlarnn kullanlmas durumunda
bu azot ncelikle -3 deerlikli
erlikli amonyuma dntrlr.
dn trlr. Bunun iin elektron ve enerji gerekir.
te bu durum oksitlenmi azot formlarna kyasla, amonyumun kullanmn tercih sebebi
yapar. Dolaysyla
yla oksitlenmi azot formalarnn kullanlmas Gs deerini
erini etkileyecektir.
Gs=
Gp: Organiin
in piruvata dnmesi
dn
iin gerekli enerji miktar olup,, NH4+yerine NO3-n
kullanlmas Gp deerini
erini deitirmeyecektir
de
.
Gpe ise piruvat ve azot kaynandan
kayna
hcre retimi olup azot kaynana
na bal
ba olarak deiir.
1 mol C5H7NO2 retirken NH4+ kullanrsa 20e-, NO3- kullanrsa 28, NO2- kullanrsa 26,
N2kullanrsa 23 elektrona ihtiya duyulur (Tablo2.4). Piruvattan hcre retimi iin
ii gerekli
enerji azot kaynana bal
l olup;
Amonyum iin,
Gpc = 3,33kj/g hcre*113 ghcre/20e-eq=18,8 kj/ e-eq
NO3- iin;
Gpc = 3,33 kj/g hcre*113 ghcre/28=13,4 kj/e-eq
NO2- iin=14,5ve N2 iin 16,4 kj/ e-eq olarak bulunur.
erleri hesaplanr daha sonra Ra, Rd ve Re yar
A deeri hesaplanarak fs0 ve fe0 deerleri
reaksiyonlarndan genel denkleme ulalarak Y deeri hesaplanr.
rnek: Oksitlenmi azot kaynann
kayna
etkisi. fs0 ve Y deerini NO3- azot kayna olark
kullanlmas durumunda asetatn
asetatn aerobik oksidasyonu iin hesaplayn. Oksijen ihtiyacn
bulun =0,6.
A=Gs/Gr =
Gp0=27,40
Gp=35,09-27,40=7,69 kj/ e-eq n=+1
Gr=Ra-Rd=-78,72-27,40=-106,12
106,12
A= [Gp/n + Gpc/] / (Gr)
Gr)
Gpc=13,4 kJ/e-eq
55
A = [7.69/0.6+13,4/06]/(0,6*106,12)
A=0,55
fs0=1/1+A=0,645
fe0=A/1+A=0,35
R=feRe+fsRs
R=fe(Ra-Rd)+fs(Rc-Rd)
R=feRa+fsRc-Rd
R=0,125 CH3COO-+0,0875O2+0,0232NO3-+0,0232H+0,0232 C5H7NO2+0,0089CO2+0,125
HCO3-+0,0554H2O
Y=0,33g hcre/g KO
KO olarak
Azot kayna olarak NH4+n kullanlmas durumunda ise Y=0,42 g hcre/g KO
bulunmutur.
BLM 3
MKROBYAL KNETK
Mikroorganizmalar enerji retmek iin oksidasyon ve redksiyon reaksiyonlarn
gerekletirir. Burada iki nokta nemlidir. Birincisi; kirleticilerin giderimi iin aktif
biyoktleye ihtiya vardr. kincisi ise; aktif biyoktlenin retilebilmesi iin elektron alc ve
vericinin kullanlmas gerekir. Dolaysyla bakteri retim hz ile elektron alc ve verici
kullanm hz birbiriyle ilikilidir.
kilidir.
Bir hz denklemi aktif bakteri ktlesi ve bymeyi snrlayan substrat
subs rat iin ktlesine dengesine
sahip olmas gerekir. Genellikle bymeyi snrlayan besin elektron verici olup buna birincil
elektron verici substrat denir. Ktle dengesinin tamamlanmas
tam
anmas iin hem bakteri hem de
substrat
rat kullanm iin hz ifadeleri gerekir.
Bakteri bymesi kinetiii iin en ok kullanlan denklem 1940 larda Fransz mikrobiyolojist
Jacques Monod tarafndan gelitirilen
gelitirilen monod denklemidir. Monod denklemi bakteri byme
bym
hz (spesifik byme hz) ile substrat konsantrasyonu arasndaki ilikiyi
ili kiyi gstermektedir.
syn
1 dX a
S
=(
.
) syn =
X a dt
K +S
=sentez dolaysyla spesifik
spes
byme hz, zaman-1
S= Substrat konsantrasyonu,, mg/l

K= Yar
ar hz sabiti (maksimum hzn yarsna ulamak
mak iin gerekli substrat konsantrasyonu,
mg/l)
Bu denkleme gre; byme hz dk
d k substrat konsantrasyonlarnda substrat
konsantrasyonun artmasyla lineer olarak artmakta, yksek substrat konsantrasyonlarnda ise
spesifik byme hz ile substrat konsantrasyonu arasnda sfrnc dereceden bir iliki
ili vardr.
56
Yava byyen bakterilerle alan bilim adamlar (rnein evre biyoteknolojistleri) fark
ettiler ki bakteriler hcre onarm, hareket, ozmotik basn gibi nedenlerle ilave bir enerjiye
ihtiya duymaktadr Bu enerji endogenous decay olarak tanmlanr. Ksacas; hcre kendi
kendini oksitleyerek bu maintenance-enerji ihtiyacn karlar. Erdogenous decay hz;
dec = (
1 dX a
.
) decay = b
Xa dt
Burada;
b= Endogenous decay (i solunum) hz sabiti, zaman-1
dec= rmeden dolay spesifik byme hz, zaman-1
Bakterinin oksitlenmesiyle bir ksm inert rn olumaktadr. Dolaysyla, bakterinin bir ksm
oksitlenebilen bir ksm da oksitlenemeyen ksmdr. Bu durumda bakterini oksidasyon hz
(enerji retimi iin gerek respirasyon);
(
1 dX a
.
) resp = f d .b
Xa dt
fd: hcrenin biyodegradable ksm(oran)

Bakteri oksidasyonu nedeniyle inert kalnt oluum hz ise;
(
1 dX a
1 dX
.
) = ( . a ) inert = (1 f d ).b
Xa dt
Xa dt
Xi = inert biyoktle konsantrasyonu

Dolaysyla net byme hz;
1 dX
S
= ( . a ) = syn + dec =
b
Xa dt
K +S
Bizim iin substrat kullanm hzn bilmek biraz daha nemli olup, bakteri byme hz,
substrat kullanm hzndan tretilir. Bu durumda Monod denklemi;
qS
rut =
Xa
K+S
Burada;
rut = substrat kullanm hz (mg/l zaman)
q = maksimum spesifik substrat kullanm hz, zaman -1

57
Bakteri bymesiyle substrat kullanm arasndaki iliki ise;
= q.Y
Y = True Yield, yeni biyoktle retiminde elektron vericiden gelen elektronlarn biyoktle
elektronuna dntrrlen ksmdr.
Net hcre byme hz;
rnet
qS
=Y
X a bX a
K +S
dX
qS
= X a = Y
X a bX a ,
dt
K+S
qS
q=
,
K +S
= qY b
Bazlar hcre faaliyetleri iin gereken enerjiyi bakteri oksitlemesiyle karlamak eklinde
dnmektense; direk olarak substratn bir ksmnnbu enerjiyi karlamak iin kullanlmas
veya oksitlenmesi eklinde dnerek
qS
= Y(
m)
K +S
eklinde ifade etmektedir. Burada m: substratn maintenance iin kullanm hzdr. Sistem
karal haldeyken iki yaklam arasnda bir fark yoktur ve b=Ymdir.
PARAMETRELERN DEERLER
Biyoktle bymesi ve substrat kullanmn belirleyen biyokinetik sabitler rastgele
seilmezler. Bu sabitlerin birimleri ve belli aralklar vardr. Tablo3.1de eitli bakteri
gruplar iin verilmi fs0ve Y deerleri vardr. Y deerleri aerobik iin maksimum (0,5-0,6)
58
anaerobikler iin ise minimum (0,05-0,1)dur. Aerobikler iin Y deeri fs0 deerlerinden direk
olarak tahmin edilebilir.
rnein aerobik ve amonyumu azot kayna olarak kullanan bakteriler iin
Y=0,6 e-eq hcre /e-eq donor
4CO2+ NH4+ + HCO3-+20H++20e C5H7NO2+ 9H2O
113g hcre =20 e-eq
2H++2e+1/2O2 H2O
1mol O2 = 4 e-eq
1mol KO = 4 e-eq
32g KO = 4 e-eq
1 e-eq = 8gKO
Buna gre;
Y=0,6 e-eq hcre/ e eq donor * 113ghcre/20eqhcre * e eq donor/8gKO
Y=0,42g VSS/gKO BOL
Eer Y=0,5 eq hcre/ e eq subs ve azot kayna olarak nitrat kullanlrsa
Y=0,5-eq hcre/ e eq donor * 113ghcre/28 e-eqhcre*e-eq donor/8gKO
Y=0,25g VSS/gKO
Bakterilerin genel enerji substratlar iin maksimum substrat tketim hz, elektron alcya
akan elektron miktarna baldr. 200Cde enerji reaksiyonlarna akan maksimum elektron
miktar 1e-eq/gVSS.gn dr. Eer bu deer q e ile gsterilirse; q = q e /fe0 ifadesi ile bulunur.
Dolaysyla q deeri fe0 deerine baldr. fe0 ne kadar kk ve fs0 ne kadar bykse bakteri
o kadar hzl substrat tketecektir. Dolaysyla, hzl byyen bakteriler byk fs0, Y ve q
deerlerine sahiptirler.
Scaklk q deerini etkilemektedir. Optimum scakla kadar, her 100Clik scaklk art
substrat tketim hzn iki kat arttracaktr. Bu durum aadaki denklemde verilmitir.
q T = q 20 (1.07) T 20 veya
q T = q Tr (1.07 ) T Tr
b deeri de scaklkla artar. Ayrca b deeri hem ortam koullarna hem de bakteri eidine
baldr. ile bnin deiimi paralellik gsterir. deeri byk ise b deeri de byktr.
McCarty (1975) mikroorganizmalarn biyodegradable (fd) ksmn 0,8 olarak bulunmutur.
Monod denklemindeki K deeri tahmini en zor olan parametredir. K deeri enzimin substrat
aktivitesine bal olarak deiir. Sspanse biyo-reaktrlerde ktle transfer hz ihmal edilerek
K deeri iinde dnlr ve bu durum K deerinin artmasna neden olur. Kolay
paralanabilen organik maddeler iin ktle transfer reziztans (mass tranport resistance) ihmal
edilirse K deeri 1 mg/l civarndadr. Zor paralanabilen organik madde ve mass tranport
resistance durumunda K deerleri 100mg/lnin zerine kadar kabilir. Dolaysyla, K
deerinin tahmini iin deneysel verilere ihtiya vardr.
59
TEMEL KTLE DENGES
Ktle dengesi aktif biyoktle ve hz snrlayc substrat iin yazlr.

0 = XaV-QXa
Aktif biyoktle
substrat
0=QSo-qVXa-QS
0=Q(So-S)-qXaV
Denklem 1de
0=
b V Q
K+S
Denklem 2de
S=
q SX aV
0 = Q( S 0 S )
K+S
K (1 + b(V / Q))
Y q(V / Q) (1 + b(V / Q))

X =
Y (S 0 S )
1 + b(V / Q)
Hidrolik bekleme zaman =V/Q=T=

Solid retention time (amur ya)
X = sistemdeki aktif biyoktle /aktif biyoktle retimi = -1

Kemostat reaktrlerde retilen tm bakteri dar atlr. Bu nedenle;
x=VXa/QXa = = 1/D olur.
S=
K (1 + b X )
Y q X (1 + b X )
60
Bulunur.
X=
Y (S 0 S )
(1 + b X )
amur ya deiimi ile S ve X deiimi ekil 3.3 de gsterilmitir.
Buna gre;
1. Eer x ok kkse S=So ve Xa=0 bu duruma wash out denir. Wash outun balad
x deerine xmindenir. Sistemin x deerinin xmin deerinden byk olmas istenir.
min
X
K + So
S 0 (Y q b) bK
2. Eer x > xmin substrat konsantrasyonu azalacaktr.

3. x ok bykse S deeri Smin ad verilen bir limit deere ular. Smin, steady state
bakteri bymesini destekleyen minimum substrat konsantrasyonudur. x sonsuza
giderse SSmin olur.
S=
K (1 + b X )
Y q X (1 + b X )
S=
K (1 / X + b)
Y q (1 / X + b)

61
Eer x sonsuza giderse 1/ x = 0 olur ve S=Smin olur.

Buna gre; S min =
Kb
olur.
Y q b
Eer S<Smin ise net spesifik byme hz negatif olur ve biyo ktle konsantrasyonu zamanla
azalr. Dolaysyla ancak SSmin ise steady state biyo ktle ortam da tutulabilir.
4.
x bykse Xa artar fakat yksek x lerde Xa deeri azalmaya balar. Bunun nedeni
ise;isel solunum n plana kmasdr.Eer x sonsuza giderse Xa sfra yaklar.
Reaktrlerin sorunsuz iletilmesi iin mhendisler bir mikrobiyolojik emniyet katsays seer.
Emniyet kat says =x/xmin olup bu deer 5ila100 arasndadr.
NERT BYOKTLE ve UUCU KATILAR N KTLE DENGES

Bakterinin bir ksm self oksidasyona dayankl olduundan self oksidasyon sonrasnda inert
biyoktle birikecektir. Ayrca giri atk suyu refractory uucu kat iermektedir. Atksuyun
iindeki bu inert uucu kat ile inert biyoktleyi birbirinden ayrt etmek olduka zordur.
naktif biyoktle iin ktle dengesi yazarsak;

0 = (1-fb)bXaV + Q(Xi0-Xi)
Xi = Xi0+(1-fb)*Xab
amur ya arttka Xi deeri Xi0 deerinden maksimum olan Y(So-Smin)(1-fd)+Xi0

deere gider. Dolaysyla, yksek amur yalarnda iletim inert biyktlenin
birikmesine neden olur.
Xi ile Xann toplam Xv (uucu askda kat madde) olarak gsterilirse ve kemostat iin x =
olup,
Xv=Xi+XaXi0+Xa(1-fd)b+Xa
Xv=Xi0+Xa(1+b(1-fd))
Y (S 0 S )
Xv = X +
(1 + b X (1 f d )) kemostat iin
1 + b X
0
i
Net dnm katsays ise;
Yn = Y
1 + (1 f d )b X
1 + b X
Yn ile Y arasndaki iliki ile fs ilefs0 arasndaki iliki benzerdir.

fs=fs0

62
f s = f s0
1 + (1 f d )b X
1 + b X
ZNM MKROBYAL RNLER

Bakteriler substrat kullanm ve yeni hcre olumunun yan sra znm mikrobiyal rnler
retilir. SMP ad verilen bu rnler hcrenin bir bileeni olup rme srasnda ortama verilir,
hcre membranndan difze eder ve sentez ile yok olur. Molekler arlklar orta derecede
olup, biyolojik olarak paralanabilirler. SMPlar katabolik ara rnlerden farkldr. SMP
olduka nemli olup, artma tesisi kndaki BO ve KO nin ou SMPden gelmektedir.
SMPlar metaller ile kompleks oluturur. Ayrca, renk ve kpk olumuna sebep olur.
SMP ikigruba ayrla bilir. lk grup UAP substrat utilization associated products (UAP)olark
bilinen ve substrat tketiminden kaynaklanan SMP dir. Oluum kinetii ise;
rUAP=-k1*rut
k1:UAP oluum katsays
kinci kategori ise BAP (biomass associoteed product)olarak bilinir ve mikroorganizmadan
kaynaklanan znm mikrobiyal rnlerdir.
Oluum kinetii ise
rBAP = k2*Xa
k2 : BAP oluum hz katsays
Yaplan almalar gstermitir ki oluan mikrobiyal rnler her ne kadar paralanabilir de
olsa, olduka heterojen olup her oluan rn farkl biyodegradasyon kinetiine sahiptir. Fakat
SMP artm kinetii henz zlebilmi deildir. Fakat UAP ve BAP larn biyodegrasyan
kinetikleri farkl olup ayr Monod denklemi ile verilir.
rdeg UAP
q UAP UAP
=
Xa
K UAP + UAP
rdeg BAP
q BAP BAP
=
Xa
K BAP + BAP
UAP ve BAP iin steady-state ktle dengesi yazlrsa;
q UAP
0 = k1 rutV UAP
X aV Q.UAP
K UAP + UAP
q BAP
0 = k 2 X aV BAP
X aV Q.BAP
K BAP + BAP
Bu denklemler zlrse;
63
UAP =
(qUAP X a + K UAP + k1 rut ) 2 4 K UAP k1 rut

(qUAP X a + K UAP + k1 rut )
+
2
2
BAP =
( K BAP + (q BAP k 2 ) X a ) 2 + 4 K BAP k 2 X a

( K BAP + (q BAP k 2 ) X a )
+
2
2
rut'un deeri negatif olup, aadaki forml ile bulunabilir.
rut =
(S 0 s)
q SX a
=
K+S
SMP oluum ve tketim katsaylarn belirlemek olduka zor olup, Noguero(1991) aagdaki
deerler nemsenmitir.
k1=0,12 gKOp/g KOs
k2=0,09gKOp/gUSSa-d
qUAP=1,8gKO/gUSSa-d
kUAP100mgKOp/l
qUAP/kUAP=18 l/gUSSa-d
qBAP=0,1gKOp/gUSSa-d
kBAP=85mgKOp/l
qBAP/kBAP=1,2l/gUSSa-d
Bu sonular gstermektedir ki substratn nemli bir ksm UAP oluumuna gitmektedir.
yleki k1=0,12 gKOp/g KOs demek substratn %12elektron alc veya vericiye gitmeden
UAP olarak ortama salnmaktadr. kinci nemli nokta ise; BAP oluumu aktif biyoktle
miktarn nemli derecede azaltmaktadr (0,1 gKOp/gVSSa-d). nc nemli nokta ise;
UAP, BAPdan ok daha hzl tketilmektedir.
rnek V=2000 m3 hacmindeki kemostat Q=1000m3/gn debisi ile beslenmektedir. Atksu

sadece biyolojik olarak paralanabilir birleikler iermekte olup So=500 mg/l dir. Ayrca inert
VSS Xi0=50mgVSS/l dir. Elektron verici hz snrlayc olup aerobik oksidasyon iin
aadaki deerler verilmitir. Performansn analiz ederek k deerlerini hesaplayn.
q=20 gBAP/gVSS a-d
Y=0,42 gUSSa/g BAP
K=20 mgBAP/l
b=0,15/d
fd=0,8
k1=0,12 gKOp/g KOs
Smin= K *(b/Y*q-b)
xmin=1/x=Yq-b
1/x=(qS*Y/K+S )-b
k2=0,09 gKOp/gVSSa-d
qUAP=1,8gKO/gVSSa-d
kUAP100mgKOp/l
qBAP=0,1gKOp/gVSSa-d
kBAP=85mgKOp/l
Smin=0,36 mg BOD/l
x= xlim ise S=So

64
1/ xlim=qY-b
xminlim=1/20*0,42-0,15=0,12 gn
1/xmin=q*So*Y/(K+So) -b xmin=0,126 gn
x=2 gn
x gvenlik katsays = x/ xmin2/0,126=16

ksubstrat konsantrasyonu ise;
S=
K (1 / X + b)
Y q (1 / X + b)
=1,7 mg/l
Xa =
Y (S 0 S )
=161 mg/l
(1 + b X )
Xi=Xi0+(1-fb)*Xab =60mg USS /l

Xv=Xi+Xa = 161+60=221 mg USS /l
SMP oluumu ise;
rut=-(So-S)/=-249 mg BAP /l*d
(qUAPXa+kUAP+k1rut)=620 mgKO/l
UAP=9,5 mg KO /l
BAP=22,3mgKO/l
SMO=9,5+22,3=31,8 mgKO/l
znm KO =S+SMP
=1,7+31,8=33,5 mgKO/l
Grld gibi k KO deerinin nemli bir ksm SMP den dolay olumaktadr. ktaki
toplam KO ise znm KO ile biyoktleden gelen KOden oluur. Buna gre;
Toplam KO =znm KO+1,42Xv
=347 mgKO/l
Toplam BO =znm BO +1,42Xafd
=216 mg/l
Birok dearj standardnda BOD yerine BO5 kullanl .
BO5=BOl(1-e-kt)
K deeri atksu organiine bal olarak deimekle beraber orijinal atksu iin 0,23 gn-1 aktif
biyoktle iin 0,1 gn-1, SMP iin 0,03 gn-1 olarak alnabilir.
Orginal atk su iin BO5/BOl=0,68
Aktif biyoktle iin BO5/BOl=0,40
SMP iin BO5/BOl=0,14
NUTRENTLER ve ELEKTRON ALICILAR

65
rn = nYrut
1 + (1 f d )b X
1 + b X
n. Nutrient /USS oran

rn:nutrient kullanm hz
En nemli nutrientler N ve P dir. Bakteri forml C5H7NO2 olup n=14/113=0,124 P ise azot
ihtiyacnn 520si kadardr. p=0,2*0,124 =0,025 g p/g USS
Nutrient iin ktle dengesi yazlrsa,
0=Q*Cn0-Q*Cn + rnV
Cn=Cn0+rn
Giri oksijen ihtiyac=Qs0+1,42 gKO/gUSS*XvQ
k oksijen ihtiyac=Qs+Q(SMP)+1,42XvQ
Dolaysyla O2 ihtiyac giri O2ihtiyac ile k oksijen ihtiyac farkl olacaktr.
So/t=a*Q(So-S-SMP+1,42(Xu0-Xv))
a=elektron alc ktlesi/oksijen ihtiyac, bu deer oksijen iin 1 dir.
NO3N iin ise a=0,35gNO3N/g KO
rnek :Aada kemostat sonular verilen durum iin rn ,rp k N ,P ve oksijen ihtiyacn
bulun
So=500 mg /l BOL
S=17 mg /l BOL
X0=50 mg VSS/l
Xu=221 mg VSS/l
SMP=31,8 mg BOL/l
rut= 249 mg BOL/l
giri N=50mg
P=10mg
rn = nYrut
1 + (1 f d )b X
1 + b X
rn = 0.124( 249 ).0.42
1 + (1 0.8)0.15.2
= 10.6
1 + 0.15 * 2
rn=-10,6 mgN/l.d
rp=0,2*(-10,6)=-2,1mg P/l.d
QC0-QC+rn*V=0
C=QC0+rnV/Q C=C0+rn=50-10,6 mg N/lgn*2 gn
CN=28,8 mg/l
CP=10-2,1*2=5,8 mgP/l
66
Gerekli oksijen ihtiyac ise;

1 gO2/gKO*1000m3/gn*(500-1,7-31,8+1,42(50-221))
103l/m3*10-3g/mg=2,24*105g O2/l*d
Giriteki O2 konsantrasyonu, oksijen ihtiyac yannda nemsiz olup, dardan oksijen
verilmesi gereklidir.
Verilmesi gerekli O2 ise;
R O2=gereken O2 ihtiyac Q(So0-So)
R O2=2,20*105g O2/gn
So0:giriteki e-alc konst.

So: ktaki e-alc kons.
PARTKL ve POLMERK MADDELERN HDROLZ

Hidroliz olduka nemlidir. nk atksudaki organiklerin byk ksm partikl halinde olup
hcre zarndan geebilmeleri iin ncelikle hidrolize uramas gerekir. Hidroliz hznn
tahmini olduka zordur. nk retilen hidrolitik enzim miktar ne aktif ktle konsantrasyonu
ile baldr ne de enzim direk olarak aktif ktleyle ilikilendirilebilir.
Basit fakat doru sonu veren bir yaklam ise; hidroliz hznn partikl madde
konsantrasyonu ile 1. dereceden olduunu kabul eden yaklamdr.
rhyd=-khyd*Sp
Temel olarak, khyd hidrolitik enzim konsantrasyonu ile orantldr. Baz aratrmaclar ise khyd
iine aktif biyoktleyi de katmaktadr. Bu durumda;
khyd=k hyd*Xa olacaktr.
k hyd: spesifik hidroliz hz sabiti (m3/mg USS* zaman )
Bu yaklam avantaj, aktif biyoktle konsantrasyonu sfr ise hidroliz sfr olacaktr. Bu
yaklamn dezavantaji ise; hidrolitik enzim miktar ile biyoktle konsantrasyonunun lineer
olarak deitiinin kabul edilmesidir.
Steady- state ktle dengesi;
0=Q(Sp0-Sp)-khyd*Sp*V
Sp =
S po
k hyd + 1
Buradaki hidrolik bekleme zaman olup x ile kartrlmamaldr. Partikl halindeki

substratn hidrolizi sonucu, znm substrat retilir ve BOl korunur. Hem partikl
halindeki substrat hem de znm substrat BOL ile llr. Partikl halindeki substratn
paralanmas znm substrat oluumuna yol aacaktr. Dolaysyla partikl halindeki
substratn paralanmas nedeniyle znm substrat oluum hz basit olarak khyd*Sp
olacaktr. Dolaysyla znm substrat iin ktle dengesi;

67
q SX aV / Q
0 = (S 0 S )
+ k hyd S pV / Q
K +S
Hidroliz srasnda sadece BOL deil ayn zamanda ntrientlerde ortama verilir. Bu durumda
rhydN = n k hyd S p forml ile braklan ntrientin hz bulunur. Burada n=partikl halindeki
subsratn ierisinde n ntrient orandr.
rnek: hidrolizin etkisi. rnek 3.1 de 500mg/l BOL ile beslenen kemostat iin zm
yaplmt. Bu rnek iin
S=1,7mg/l
Xa=161 mgUSS/l
Xv=221 mgUSS/l
SMP=32 mgKOi/l
znm BOL=33,5mg/l
Toplam KO=348 mg/l
Ayn rnek iin imdi giriin 100 mg/L partikl ierdiini ve khyd =0,2 gn-1 olduunu kabul
edelim.
Buna gre;
1) Oluucak Sp=100/(1+0,2*2)=71 mg/l
2) Kemostat iin x= olup S=1,7 mg/l
3) Giriteki substrat konsantrasyonu ise artk ;
So=500mg/l+(100-71)=529 mg/l
Xa=0,42*(529-1,7)*1/(1+bx),
Xi=Xi0+(1-fd)bXaQ
Xi=60 mg VSS /l
Xa=170mg VSS/l
4)UAP =9,4 mgKO/l

BAP=23,2 mgKO/l
SMP=32,6 mgKO/l
5)k KO, BO konsantrasyonlar Xa, Xi ve SMP ile ve k partikl substrattan, Sp
etkilenir.
znm KO ve BOL=S+SMP=34,4mg/l
Toplam KO =S+SMP+1,42 Xv=432mg/l
Toplam BOL=S+SMP+1,42fdXa+Sp=299mg/l
NHBSYON
Substrat kullanm ve mikrobiyal byme inhibitr madde varlnda azalacaktr. nhibitrlere
rnek; ar metaller, aromatik hidro karbonlar ve klorlu solventlerdir. nhibisyon kark bir
68
durum olup baz durumlarda inhibitr madde belirli bir enzimi etkileyerek substrat kullanm
hzn drr. Baz durumlarda ise hcrenin daha genel bir zelliini etkileyerek biyo ktle
konsantrsayonun dmesine, substrat kullanm hznn dmesine sebep olacaktr. ekilde
inhibitrn balanabilecei nemli noktalar gsterilmitir.
nhibitrn etkisiyle ilk olarak substrat kullanm hz der. Sonraki admda ise azalan
elektron ak ve enerji akyla birlikte biyoktle konsantrasyonunda azalmalar gzlenir.
Decoupler lar ise enerji oluumunu azaltr. Elektronlarn vericiden alcya ak devam etse de
decoupler bulunmas nedeniyle enerji retimi azalacaktr. Baz durumlarda decoupling
bulunmasyla elektron alc kullanm artar. Bunu nedeni ise; dk enerji retimini kompense
edebilmek iin bakteri elektron alcya daha ok elektron gnderir.
nhibitr varlnda substrat kullanm ve biyoktle retimini modellemede efektif kinetik
parametreler kullanlr. Bu yolla daha nce kullanlan modeller geerliliini korusa da
inhibitr varl parametrelerin deerlerini deitirecektir. Buna gre; inhibitr varlnda hz
denklemleri;
rut ,eff =
q eff S
K +S
Xa
eff = Yeff ( rut ,eff ) beff

Bu blmde en ok gzlenen inhibisyon eitleri zerinde durulacaktr. Aromatik
hidrokarbonlar ve solventler iin gzlenen en nemli inhibisyon eidi kendi-kendini
inhibisyondur. Bu durum Haldane veya Andrew kinetii ile modellenebilir. Bu inhibisyon
eidinde, substratn degradasyonu yksek substrat konsantrasyonlarnda azalr. Bu
inhibisyonda substrat dk konsantrasyonlarda toksik olmad halde yksek
konsantrasyonlarda toksik olup kendi kendini inhibe eder.
Kendi kendini inhibisyon Haldane veya Andrew denklemi olarak bilinen denklem ile verilir.
ekilde grld zere dk substrat konsantrasyonlarnda hz substrat konsantrasyonun
artmasyla artmakta, fakat belli bir substrat konsantrasyonunda hz maksimum olup substrat
konsantrasyonun daha fazla artmas hz drecektir. Haldane denklemi CSTR (kemostat) a
uygulanr ve xin S zerine etkisi incelenirse ekilde grld zere, belli bir x deerinden
sonra, her bir xe iki S karlk gelecektir. i gnde n daha byk olduu durumlar iin her bir
x deerine iki S karlk gelecektir. Peki hangi deer doru? Bu tamamen reaktrn steadystate deerine nasl ulatyla alakaldr.
Eer atk sudaki toksik madde konsantrasyonu 45mg/l ise ve bu su reaktre direk olarak
doldurulur ve reaktr x = 10 gnde iletilirse reaktr k konsantrasyonu 33 mg/l olacaktr.
Eer artma balarken reaktrn iindeki atksu seyreltilir ve 33 mg/l veya daha dk
yaplrsa steady state de k konsantrasyonu 1mg/lnin altnda olacaktr.

69
ekil. Kendi kendini inhibisyon ve Andrew denklemi
ekil. Andrew denklemine gre S ile x arasndaki iliki

En ok gzlenen ikinci inhibisyon eidi ise competitive yani yarcl inhibisyondur. Bu
durumda serbest substratn kendisi deil baka bir madde inhibisyona neden olmaktadr.
Yarsl inhibitr degradasyondan
dasyondan sorumlu
sorumlu enzimin aktif blgesine balanr ve bylece
substratn enzimin aktif blgesine balanmasna engel olmu olur. Bu durumda inhibitr I
sedece yar hz sabitini etkiler ve keff =>
olur.
Dk
degeri
yksek
toksisit
toksisite
anlamna
gelmektedir.
Yksek
substrat
korsanstrasyonlarnda inhihisyon tamamen azalabilir. nk q eff , q deerine yaklar.

70
Yarl inhibisyona rnek verecek olursak; byme substrat olarak metann kullanlmas
durumunda TCE varlnda yarl inhibisyon gzlenir. Burada ilk basamak metann, metan
monooxygenose (MMo) enzimi ile metanole oksitlenmesidir. Metandaki karbona bal
hidrojen OH grubu ile yer deitirir. Burada TCE ve metan ayn enzim iin yarr. TCEnin
varl metan giderim hzn etkiler ve sonu olarak metan varl MMOnun TCE ile olan
reaksiyon hzn da etkiler. Aadaki ekilde bu durum gsterilmitir.
ekilde grld gibi 20mg TCE metan kullanm hzn nemli derecede azaltmaktadr.
Ayrca metan konsantrasyonunun artmas TCE giderim hzn ciddi derecede drmektedir.
TCE giderim hz ise;
q TCE
rut = TCE
Xa
K eff + TCE
K eff = K (1 + S
KI
Burada S= metan konsantrasyonu.
ekil. Competitive inhibisyon

nc inhibisyon eiti ise: nonrcompetitive inhibisyondur. Competitive inhibisyonda
substrat ile inhibitrn yaplar ok benzerdir. rnegn; fenol ve 4-kloro fenol gibi. Ayr bir
inhibitr tarafndan sebep olan nc inhibisyon eidi ise noncompetitive inhibisyondur.
Bu durumda, inhibitr enzim de reaktif blgeden baka bir blgeye balanarak enzimin
yapsn bozar ve substrat kullanm yavalar. Bu durumda etkilenen parametre qeff dir.
qeff=q/(1+I/KI)
Noncompetitive inhibitr varlnda yksek substrat konsantrasyonlarnda toksik etki
azaltlamaz. Toksik etki tm substrat konsantrasyonlar iin geerlidir. Bu enzim eidine
allosterik inhibisyonda denir. Bu inhibisyonda substrat ve inhibitr maddenin yapsal bir
benzerlik iermesi gerekmez. Competitive inhibisyonda sadece K, non-competitive
71
inhibisyonda ise sadece q etkilenir. Baz durumlarda competitive ve non-competitive

inhibisyon etkisi ayn anda gzlenir. Yani hem q hem de K inhibitrden etkilenir. Bu durum
da uncompetitive inhibisyon olarak adlandrlr.
qeff
q
=
1+ I / K I
K eff = K (1 + I / K I )
Mixed inhibisyon; uncompetitive inhibisyonun daha genel hali olup KI farkl deerler alabilir.
Son inhisyon eidi ise: decouplingdir. Decoupling inhibitr, rnein aromatik
hidrokarbonlar, stoplazma membrann protonlar iin geirgen yaparlar. Bunun sonucunda
stoplazma membran dndaki proton motive force azalr ve ATP sentezi der. Decoupler
baz durumlarda protonophones olarakta bilinir. Bu durumda Yeff azalr ve/veya beff artar. Bu
durumda decoupling inhibisyon aadaki gibi modellenir.
Yeff =
Y
1+ I / KI
beff = b(1 + I / K I )
Baz durumlarda, bir reaksiyonun rnleri inhibitr olarak davranabilir. Bu duruma

verilebilecek en genel rnek ise alkol fermantasyonudur. Etanolun ekerden retilmesiyle
oluan etanol toksik etki yapabilir. arap retiminde, ekerden etanol retilerek konsantrasyon
%10-13e kadar ular ve bu noktada etanol toksitesinden dolay fermantasyon durur. Buda
ierisindeki alkol orannn neden %10-13 arasnda olduunu aklamaktadr.
DER ALTERNATF HIZ DENKLEMLER

Monod modeli en ok kullanlan modeldir. Dierleri ise;
Contois model;
q SX a
rut =
BX a + S
Bbir sabit
Bu modele gre spesifik reaksiyon hz Xa ya bal olup

konsantrasyonlarnda spesifik substrat kullanma hz decektir.
yksek
biyoktle
Spesifik substrat kullanma hz =q
qS
q=
BX a + S
yksek bakteri (biyoktle )konsantrasyonunda
q SX a
rut =
BX a + S
72
qS
rut =
BX a
Xa ise
olur
Yani yksek biyoktle konsantrasyonlarnda substrat kullanm hz S ile birinci dereceden

ilikili iken Xadan bamszdr. Contois denklemi zellikle partikl halindeki substratn
hidrolizinde (n keltme ve aktif amur) kullanlmaktadr. Bu durum deneyler ile
degsterilmi olup hidroliz hz bakteri konsantrasyonundan bamszdr. ok dk
biyoktle konsantrasyonlarnda dahi bu durum gsterilmitir. Bunun nedeni ise; hidroliz
reaksiyonu extracellular enzimlerle gereklemekte olup bakterinin kendisi tam anlamyla
kullanlmamaktadr.
Hidroliz iin tipik q /B deeri 1-3 gn-1 dir. Dier iki nemli alternatif denklemler ise Moser
ve Tessier denklemleridir.
q SX a
rut =
K + S
rut = q (1 e
Moser
) X a Tessier
Eer birden fazla substrat limiting substrat ise hz denklemi;
qS
A
rut =
Xa
K + S KA + A
olup dual limitation denir.

73

Environmental Biotechnology-Dersnotlari Son

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

You might also like

Environmental Biotechnology-Dersnotlari Son

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Environmental Biotechnology-Dersnotlari Son

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

EVRE BYOTEKNOLOJS DERS

Do. Dr. Erkan AHNKAYA

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

Alg bymesini engellemek amac ile N ve P giderimi

Organik atklardan metan retimi

Organik atklar zararsz inorganiklere dntrme

Toprak ve sudaki toksik organik bileiklerin degradasyonu

Dolays ile mikroorganizmalarn enerji reten ve enerji kullanan reaksiyonlarnn yani

Spesifiklii (hangi reaksiyonu katalizledii).

Katalizledii reaksiyon hz.

Enzimlerin katalizledikleri reaksiyonlar sonucunda elektronlar ve enerji retilir. Bu enerji

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

E + P den ES oluumu ihmal edilebilir.

Buna gre; V = k2*E *S \ (Km + S)

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

NADH + H+ NAD++ 2 H+ + 2e- G = - 62 kj

ENERJ VE ELEKTRON YATIRIMI

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

Net : 1/8 CH3COO- + O2 1/8 CO2 + 1/8 HCO3- + 1/8 H2O

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

G0 standart artlarda ve pH = 7 de serbest braklan enerji miktarn gstermektedir.

1/8CH3COO-+1/8H2O 1/8 CH4 + 1/8 HCO3

: 1/24 C6H12O6 = 1/8 CH4 + 1/8 CO2

Hidrojen ve O2 (Hidrojenin aerobik oksidasyonu)

Net : 1/24 C6H12O6 1/12 CH3CH2OH + 1/12 CO2

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

R CH2 CH2 CH3

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

1) Asetattaki 8 elektron 4 basamakta giderilerek 3 NADH ve 1 FADH2 oluturulur.

G = -32 kj/mol ATP

CO2 + H+ + e- 1/24 C6H12O6 + H2O

NAD+ +1/2 H+ + e- NADH

Iron Sulfur protein

Elektronlar NADHdan her bir e- taycna geerken protonlar serbest braklr ve bu

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

C6H12O6 + O2 6 CO2 + 6 H2O

Yaplan almalarda 1 mol H2 oksidasyonundan 1 mol ATP retildii yani reaksiyondan

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

Hcre sentezi iin ototroflar ve heterotroflarn enerji ihtiyalar aada kyaslanacaktr.

Hcre blnecei zaman kendi DNAsnn bir kopyasn oluturur.

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

C G arasnda hidrojen ba olduundan G ve C ieren dizinler daha salam olmaktadr.

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

ekil. RNAdaki riboz gurubu

DNA ift sarmall iken RNA molekl tek sarmalldr.

mRNA (messenger RNA)

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

Regulasyon; regulasyon protenin genin promoter blgesine balanmasyla olur. Bu protein

synerjistik iliki denip, ortamdaki btn mikroorganizmalar bu durumdan olumlu etkilenir.

Adaptasyonda en nemli mekanizma seici zenginletirme dir.

Enzim regulasyonu ise; bakteri kompozisyonunda nemli bir deiiklik olmadan

Kaltsal genetik materyalin deiimi (bozulmas) ise mutasyon, deplikasyon veya

1. Hangi mikroorganizmalar ortamda mevcuttur?

1. Balang kltrnn komplekslii

evre Biyoteknolojisi Ders Notlar

rnein; yksek NH4-N ieren bir zenginletirme ortamnda copiotroph nitrifikasyon

Buna gre; V = k2E S \ (Km + S)

dX/dt=0,6750 mg/Lgn 0,15 gn-1 500 mg/L

Denkleme gre 0,0333121mg benzoat 1,98 mg KO/