6.4.

Regulacija transkripcije dugim nekodirajuim RNK

Iako je dekadama istraivanje regulacije transkripcije bilo fokusirano na transkripcione (proteinske)
regulatore, danas je poznato da lncRNK reguliu transkripciju koristei razliite mehanizme. Smatra se da
dodatni ("skriveni") nivo regulacije transkripcije sa lncRNK slui da pojaava transkripcionu kontrolu
koja se postie tranksripiconim regulatorima.
Veliki broj lnc RNK prepisuje se sa promotra, uzvodnih promotorskih elemenata, pojaivaa
(eng. enhancer RNA, eRNK) i utiivaa. Postojana transkripcija sa nevedenih regulatornih regiona i
nastale lncRNK su vane, a po nekim autorima centralne, u regulisanju procesa transkripcije. Duge
nekodirajue RNK prepisane sa regulatornih elemenata imaju sve osobine lncRNK koje deluju in cis:
esto prisustvo u samo nekoliko kopija, kratak poluivot i preciznu kontrolu razliitim signalima. Sa
druge strane, neke lncRNK ukljuene u transkripcionu regulacju deluju in trans ili deluju kao tipini
(proteinski) trans faktori, koji stupaju u interakcju sa razliitim proteinima osnovne transkripcione
mainerije, ukljuujui i Pol II, kao i sa transkripcionim regulatorima. Na taj nain postaju deo velikih
regulatornih mrea i ostvarauju globalniji uticaj na regulaciju transkripcije.
Duge nekodirajue RNK razliitim mehanizmima mogu modulisati (1) osnovnu transkripcionu
maineriju, (2) transkripcione regulatore, ili (3) mogu sopstvenom transkripcijom uticati na okolnu
strukturu hromatina i time regulisati tranksripciju susednih gena (transkripcija-zavisno delovanje
lncRNK).

6.4.1. Duge nekodirajue RNK (lncRNK) i modulisanje opte transkripcione mainerije

Osnovnu transkripcionu maineriju lncRNK mogu inhibirati ili direktnim vezivanjem Pol II (na primer,
Alu RNK na taj nain inhibiraju transkripciju specifinih iRNK u uslovima fiziolokog stresa) ili utiui
na vezivanje i/ili aktivnost optih transkripcionih faktora (na primer, formiranje tripleks strukture izmeu
lncRNK i DNK inhibira se asembliranje pre-inicijacionog kompleksa), to predstavlja oblik
transkripcione interferencije (slika 28).

Slika 28. Duge nekodirajue RNK (lncRNK) i modulisanje opte transkripcione mainerije. a) Inhibicija
transkripcije sa lncRNK koja kao trans faktor direktno vezuje Pol II. b) lncRNK deluje in trans formirajui sa DNK
tripleks strukturu koja onemoguava formiranje preincijacionog kompleksa.

U elijama oveka u normalnim fiziolokim uslovima Alu RNK se eksprimiraju na niskom nivou,
dok se u uslovima fiziolokog stresa (toplotni stres, virusna infekcija, poveanje koncentracije etanola,
izlaganje UV svetlu) nivo Alu RNK znaajno i prolazno poveava. U uslovima fiziolokog stresa dolazi i
do prolaznog poveanja nivoa B1 i B2 RNK kod mia. Na primer, nakon uzimanja etanola nivo B1 i B2
RNK se poveava, a sa smanjenjem koncentracije etanola u periodu oporavka od stresa, nivo se smanjuje.
1

Istovremeno, u uslovima stresa dolazi do smanjenja opteg nivoa transkripcije zavisne od Pol II (slika
29), za koje su odgovorne Alu i B2 RNK. Tokom stresnih uslova Alu RNK uspostavlju direktne kontakte
sa Pol II na promotorima i blokiraju formiranje zatvorenog kompleksa (slika 29) delujui kao trans
faktori. Naime, slino modularnoj strukturi proteinskih transkripcionih represora, Alu i B2 RNK imaju
modularnu strukturu, a njihovi represivni domeni uspostavljaju interkacije sa DNK-vezivnim kanalom
Pol II, spreavajui tako da Pol II formira odgovarajue kontakte sa DNK. Na taj nain, uprkos injenici
da Pol II ostaje u asocijaciji sa promotorom, Alu RNK spreava formiranje zatvorenog kompleksa. Same
SINE RNK izbegavaju globalnu represiju transkripcije zavisnu od Pol II, jer njih prepisuje Pol III.
Imajui u vidu zastupljenost i distribuciju SINE elemenata u genomima sisara, njihovi
funkcionalni (represivni) domeni su tokom evolucije mogli biti kooptirani u drugim lncRNK. Ovu
pretpostavka je podrana nalazom da su funkcionalni domeni ovih elemenata zajednika karakteristika
nekoliko poznatih lncRNK.

Slika 29. Duge nekodirajue RNK (lncRNK) kao trans-faktori globalno reprimiraju transkripciju zavisnu od
Pol II. Nakon stresa, poveava se transkripcija B1 i B2 RNK kod mia i Alu RNK kod oveka aktivnou Pol III. B2
i Alu RNK kao tipini proteinski trans faktori imaju modularnu strukturu, koja ukljuuje i represivne domene kojima
direktno stupa u interakciju sa Pol II. Ova interakcija onemoguava formiranje zatvorenog kompleksa transkripcije i
dovodi do globalne inhibicije transkripciju zavisne od Pol II.

Uzvodni region gena za dihidrofolat reduktazu (DHFR) kod oveka sadri slab promotor sa koga
se prepisuje lncRNK. Ona in trans formira strukturu tripleksa sa dvolananom DNK u regionu glavnog
promotora za DHFR. Nastala tripleks struktura onemoguava vezivanje opteg transkripcionog faktora
TFIID i time dovodi do zatvaranja promotoraError! Bookmark not defined. (slika 30a). Smatra se da bi
ovaj mehanizam mogao da bude iroko korien u kontroli korienja promotora, s obzirom da je opisano
postojanje na hiljade tripleks struktura u eukariotskim hromozomima.

Slika 30. Nekodirajua RNK prepisana sa slabog promotra gena DHFR formira tripleks strukturu sa DNK u
regionu glavnog promtora ovog gena i onemoguava vezivanje TFIID.

6.4.1. Duge nekodirajue RNK (lncRNK) i modulisanje transkripcionih regulatora

2

Modulaciju transkripcionih regulatora lncRNK mogu ostvariti kao trans faktori koji imitiraju DNK
vezivno mesto za neki transkripcioni fakotor. Na primer, lncRNK GAS5 (eng. growth arrest specific 5) se
savija u strukturu koja imitira DNK-vezivno mesto za glukokortikoidni receptor, a rezultujua interakcija
reprimira transkripciju gena posredovanu ovim faktorom (slika 31).

Slika 31. Duge nekodirajue RNK (lncRNK) i modulisanje transkripcionih regulatora. a) Duge nekodirajue
RNK mogu vriti molekularnu mimikriju DNK-vezivnih mesta za trasnkripcione regulatore ili mogu delovati kao
koaktivatori ili korepresori, obino prepisani sa pojaivaa ili utiivaa b) Duge nekodirajue RNK mogu uticati na
elijsku lokalizaciju transkripcionih regulatora.

Duge nekodirajue RNK magu regrutovati neke transkripcione regulatore na specifine

regulatorne elemente DNK delujui kao kofaktori. Na primer, lncRNK Evf2, koja spada u eRNK, deluje
ili kao in cis koaktivator kada regrutuje transkripcioni aktivator DLX2, ili deluje kao in cis korepresor
kada regrutuje transkripcioni represor MeCP2 (slika 31).
Transkripcija gena za proteine Dlx-5 i Dlx-6, koji imaju vanu ulogu u razviu nervnog sistema,
regulisana je evoluciono ultrakonzervisanim intergenskim regionom koji sadri pojaivae Ei i Eii za koje
se vezuje transkripcioni faktor Dlx-2. Ekspresija gena Dlx-5 i Dlx-6 je u visokoj koralaciji sa ekspresijom
lncRNK Evf2, za koju je pokazano da ima ulogu u razviu prednjeg mozga mia. Ova lncRNK se
transkribuje sa pojaivaa Ei i Eii i da deluje kao koaktivator koji regrutuje transkripcioni aktivator
Dlx-2 na pojaivae Ei i Eii, to indukuje ekspresiju gena Dlx-5 i Dlx-6. U ovom primeru lncRNK
regulie ekspresiju gena in cis kao kofaktor koji regrutuje transkripcioni regulator, a pojaivai Ei i Eii
sadre vezivno-mesto za koaktivator i nose informaciju za lncRNK.
U genomima kimenjaka u intergenskim regionima postoje pojaivai koje se odlikuju visokom
stepenom konzervisanosti sekvence (>90%) i koji su vani za kontrolu razvia. Smatra se da barem deo
pojaivaa deluje i na nivou DNK, kao ciljno mesto za DNK-vezivne proteine, ali i na nivou RNK, kao
mesto koje nosi informaciju za lncRNK, kako bi regulisli ekspresiju kljunih gena tokom razvia. Sve je
vei broj primera da se klasini pojaivai eksprimiraju, to ukazuje da eRNK imaju vanu funkciju na
nivou hromatina i u regulaciji transkripcije. U regulaciji nekih kljunih gena tokom razvia vanu ulogu
imaju lncRNK prepisane sa utiivaa, koje takoe deluju kao kofaktori i regrutuju transkripcione
regulatore.
Regulaciju transkripcije lncRNK ostvaruju i vezivanjem transkripcionih regulatora na nain koji
regulie njegovu loklizaciju u eliji. Tako, lncRNK NRON (eng. non-coding repressor of NFAT)
indirektno inhibira transkripciju tako to inhibira nukleocitoplazmatino kruenje transkripcionog
3

regulatora NFAT (eng. nuclear factor of activated T cells). NFAT se importuje iz citoplazme u nukleus
kao odgovor na kalcijum-zvisne signale. Ovaj import indirektno inhibira lncRNK NRON vezivanjem
receprotra za transport importina . Utiavanje ekspresije NRON rezultuje u nukleusnoj akumulaciji
NFAT, to ukazuje da ona kompetira sa NFAT za importin (slika 31b). U ovom primeru lncRNK
modulie aktivnost transkripcionog faktora kroz promenu njegove lokalizacije u eliji, delujui kao trans
faktor po modelu molekula mamca.

6.4.3. In cis aktivacija transkripcije samim procesom transkripcije lncRNK

Neke lncRNK sopstvenom transkripcijom (transkripcija lncRNK-zavisna regulacija) dovode do
topolokih promena koje ometaju drugu transkripcionu jedinicu, to, takoe, predstavlja jedan od oblika
transkripcione interferencije. Suprotno njima, sama transkripcija nekih lncRNK uzvodno od nekog
promotra moe sluiti progresivnom otvaranju strukture hromatina kako bi se poveala dostupnost DNK
transkripcionim faktorima i RNK polimerazi (na primer, fbp1+ ncRNK) (slika 32). Znaaj alternativnih
promotra u regulaciji ekspresije gena jo uvek nije kompletno sagledan, ali je zanimljivo da vie od 80%
gena ima alternativne promotore.

Slika 32. Kaskadna transkripcija dugih nekodirajuih RNK (lncRNK) "otvara" hromatin i ini ga dostupnim
za vezivanje transkripcione mainerije kako bi se transkribovao nizvodni gen.

U uslovima nedostatka glukoze kod S. pombe indukuje se ekspresija gena fbp1+. Meutim, pre
tranksripcije gena fbp1+, dolazi do sinteze najmanje tri transkripta ija se mesta poetka transkripcije
nalaze u regionu od -1,3 kb do -530 bp u odnosu na mesto poetka transkripcije gena fbp1+. Mesta
vezivanja za Pol II u uzvodnom regionu gena fbp1+ se pomeraju u smeru 5'3', dovodei prvo do sinteze
barem tri ncRNK, a zatim i fbp1+ iRNK (slika 32). Kaskadna transkripcija lncRNK sa Pol II u uzvodnom
regionu gena fbp1+ dovodi do otvaranja hromatina, to poveava dostupnost Pol II i optim
transkripcionim faktorima kako bi se sintetisala fbp1+ iRNK. U ovom primeru sama transkripcija, a ne
fbp1+ lncRNK, je neophodna za aktiviranje transkripcije nizvodnog gena, tako da uzvodni region sa
kojeg se prepisuju lncRNK deluje kao cis-element koji regulie ekspresiju gena fbp1+.

6.5. Post-transkripciona regulacija dugim nekodirajuim RNK

Sposobnost lncRNK da svojom digitalnom infromacijom prepoznaju komplementarnu sekvencu u
drugom transkriptu omoguava im visoko-specifine interakcije koje mogu regulisati razliite korake
post-transkripcione ekspresije gena. Antisense transkripti mogu maskirati kljune cis-regulatorne
elemente u iRNK kroz formiranje dvolanane RNK i time modulisati splajsovanje i editovanje RNK, kao
i transport, translaciju i stabilnost iRNK (slika 33). Mnogi geni sisara eksprimiraju antisense transkripte i

smatra se da bi oni mogli predstavljati klasu lncRNK posebno adaptiranih za post-transkripcionu

regulaciju kroz komplementarno sparivanje sa sense transkriptom.

Slika 33. Duge nekodirajue RNK (lncRNK) ostvaruju regulatorne i strukturne funkcije. Regulatorne lncRNK
kontroliu ekspresiju gena na epigenetikom, transkripcionom i post-transkricionom nivou koristei najrazliitije
mehanizme. Transkripcija sa uzvodnog promotora za lncRNK (narandasti pravougaonik) moe uticati na ekspresiju
nizvodnog gena (plavi pravougaonici) transkripcionom inetrferencijom (negativno) (1) ili epigenetikom
regulacijom (pozitivno ili negativno) (2). (3) Antisense transkript (ljubiasti pravougaonik) moe hibridizovati sa
preklapajuim sense transkriptom (plavo) i blokirati, na primer, prepoznavanje mesta splajsovanja od strane
splajsozoma, to rezultuje alternativno splajsovanim transkriptom. (4) Alternativno, hibridizacijom sense i antisense
transkripta moe se formirati supstrat za Dicer, ime se generiu endogene siRNK. (5) Nekodirajui transkript
(zeleni pravougaonik) moe vezati neki protein i tako modulisati njegovu aktivnost. (6) Nekodirajui transkript
moe imati strukturnu funkciju u formiranju velikih ribonukleoproteinskih kompleksa. (7) Nekodirajui transkript
moe vezati neki protein i time mu promeniti lokalizaciju u eliji. (8) Duga nekodirajua RNK (ruiasti
prvougaonik) moe formirati dvolananu strukturu i time postati prekursor za male regulatorne RNK, na primer
endo-siRNK, ili moe biti jednolanani prekursor za piRNK.

Antisense transkript gena za transkripcioni represor ZeB2 (eng. zinc finger E-box-binding
homeobox 2) je komplemenatran 5'-mestu splajsovanja introna u 5'-UTR-u sense ZeB2 transkrpta.
Eksprsija antisense transkripta maskira mesto splajsovanja i modulie obrazac splajsovanja tako da dolazi
do zadravanja introna. Zadrani intron sadri sekvencu IRES (eng. internal ribosome entry site), sa koje
se inicira efikasna translacija proteina ZeB2 (slika 34). Antisense transkripti se prepisuju sa introna
mnogih gena i smatra se da bi mnogi od njih na slian nain mogli modulisati splajsovanje sense
transkripata.
Duga nekodirajua RNK MALAT1 na indirektan nain utie na splajsovanje. MALAT1
lokalizuje u nukleusu i asocirana sa jednom vrstom nukleusinih tela nazvanih pege ili interhromatinske
granule. Ova lncRNK stupa u interkaciju sa fosforilisanim SR proteinima, regulatorima splajsovanja.
Kroz ovu interakciju ostvaruje se uticaj na nukleusnu distribuciju i nivo SR proteina, to menja obrazac
splajsovanja ciljnih pre-iRNK.

Slika 34. Post-transkripciona regulacija ekspresije gena dugim nekodirajuim RNK (lncRNK). Antisense
lncRNK maskira 5'-mesto splajsovanja u iRNK za traskripcioni represor ZeB2, tako da dolazi do zadravanja
introna. Zadrani intron sadri sekvencu IRES (eng. internal ribosome entry site), sa koje se inicira efikasna
translacija proteina ZeB2).

6.6. Duge nekodirajue RNK kao modulatori post-transkripcione regulacije u

citoplazmi
Nakon obrade i transporta u citoplazmu iRNK podlee razliitim post-transkripcionim regulatornim
putevima koji moduliu nivo ekspresije datog gena. Zbog takvih modulacija prosean nivo odreenog
proteina zavisi od efikasnosti translacije iRNK, njene stabilnosti i translacione represije (kontrole)
posredovane sa miRNK. Sve je vie podataka da u ovim nivoima modulacije ekspresije gena uestvuju i
lncRNK, koristei razliite mehanizme.

6.6.1. Kontrola translacije

Kod mia lncRNK Uchl1AS, koja se prepisuje sa antisense lanca gena Uchl1 (eng. ubiquitin
carboxyl-terminal esterase L1) stimulie translaciju Uchl1 iRNK preko ponovljenog elementa SINEB2
(slika 34). Zrela lncRNK Uchl1 u svom 3 regionu sadri sekvencu dugu 73 nt koja je komplemntarna 5
kraju iRNK Uchl1. Ova sekvenca-specifina intrakcija pozicionira efektorni domen lncRNK, SINEB2
elemnt, smeten u regionu uzvodno od regiona komplemantarnog ciljnoj iRNK, koji stimulie translaciju
Uchl1 iRNK bez promene njenog nivoa. Bioinformatikim analizama identifikovano je oko 60 antisense
cDNK koje sadre SINEB2 elemente, to ukazije da bi ovakav mehanizam translacione modulacije
mogao biti zastupljen i kod drugih iRNK.
Kod kavasca je pokazano da antisense lncRNK KCS1 regulie translaciju iRNK za inozitol
pirofosfat sinatzu KCS1, koja se transkribuje sa istog lokusa u sense orijentaciji. Nepoznatim
mehanizmom, koji verovatno ukljuuje interakciju kroz bazno sparivanje antisense i sense transkripta,
ekspresija lncRNK rezultuje u sintezi okrnjenog proteina KCS1.

Slika 34. Post-transkripciona regulacija ekspresije gena dugim nekodirajuim RNK (lncRNK).

6.6.2. Kontrola stabilnosti iRNK

Duge nekodirajue RNK mogu pozitivno i negativno regulisati stabilnost ciljne iRNK. Duge nekodirajue
RNK koje sadre Alu ponovke mogu usmeriti ciljne iRNK ka putu degradacije posredovanom proteinom
Staufenom 1 (eng. staufen-madiated decay, SMD). SMD se indukuje vezivanjem Staufena 1 za
dvolanane strukture RNK u 3UTR iRNK, koje se formiraju kroz neprefektno sparivanje Alu elementa iz
lncRNK i Alu elementa u 3UTR ciljne iRNK (slika 34). Vezani Staufen aktivira SMD i destabilizuje
ciljnu iRNK.
Neki antisense transkripti mogu biti u kompeticiji sa miRNK za vezivanje za iste ciljne sekvence
u iRNK, to za posledicu ima stabilizaciju ciljne iRNK. Sa antisense lanca gena BACE 1 (eng. beta-site
APP-cleaving enzyme 1), koji kodira -sekretazu koja je rate-limiting enzim u sintezu -amiloida,
prepisuje se lncRNK BACE1AS. BACE1 sense i antisense transkripti formiraju RNK-RNK dupleks, koji
stabilizuje iRNK kroz onemoguavanje represije sa miRNK-485-b (slika 34). Regulacija BACE1
ekspresije ima vane implikacije za Alchajmerovu bolest. Pokazano je da nivo BACE1AS povean u
mozgu bolesnika sa Alchajmerovom boleu, to ukazuje da bi regulacija ove lncRNK mogla biti vana u
etiologiji ove bolesti.

6.6.3. miRNK suneri

Pored toga to mogu kompetirati sa miRNK za vezivna mesta u ciljnim iRNK, lncRNK mogu delovati i
kao molekuli mamci (endogeni suneri) za preotine ili male nekodirajue RNK kako bi utiate regulaciju
posredovanu sa malim nekodirajuim RNK (videti kod hipoteze o kompetirajuim endogenim RNK, koja
7

predvia postojanje mree u kojoj kodirajue i nekodirajue RNK meusobno kompetiraju za vezivanje
miRNK).

6.7. Duge nekodirajue RNK kao regulatori aktivnosti proteina

Pored toga to lncRNK posreduju u modulaciji ekspresije gena preko efekata na iRNK, one takoe mogu
delovati na nivou proteina. U nekim sluajevima iste lncRNK mogu delovati na niovu iRNK i na
aktivnost transkripcionih regulatora (na primer, Evf2, GAS5, CCND1). Meutim, lncRNK mogu
modilisati i aktivnost proteina koji nisu tranksripcioni regulatori.
Duge nekodirajue RNK, oznaene kao sno lncRNK, mogu modulisati aktivnost regulatora
alternativnog splajsovanja. One stupaju u fiziku interkaciju sa regulatorima alternativnog splajsovanja i
dovode do njihovog zarobljavanja (sekverstacije), to utie na obrazac splajsovanja. Sno lncRNK se
prepisuju sa intorna, okruene su sekvencama za snoRNK i predominantno lokalizuju u nukleusu. Sno
lncRNk prepisane sa regiona hromozoma 15q11-q13 direktno inhibiraju master regulator alternativnog
splajsovanja FOX2, a utiavanje ovih sno lncRNK rezultuje u promenama dogaaja alternativnog
spljsovanja regulisanih sa FOX2 (slika 35).
Duga nekodirajua RNK rncs-1 kod C. elegans na slian nain inhibira aktivnost Dicera, utiui
tako na obradu malih nekodirajuih RNK. Rncs-1 RNK formira dvolananu strukturu za koju se vezuje
Dicer. Meutim njeno endonukleolitiko seenje Dicerom izostaje usled prisustva inhibitornih
sekundarnih struktura koje okruuju dvolanani heliks RNK (slika 35). Sugerisano je da rncs-1
kompetitivno vezuje ili Dicer ili pomone proteine koji se vezuju za dvolananu RNK kako bi se spreila
obradu dvolananih prekursora za mele nekodirajue RNK.

Slika 35. Regulacija aktivnosti proteina i duge nekodirajue RNK.

Gadd7 je UV-inducibilna lncRNK koja utie na stabilnost iRNK preko modulacije aktivnosti
proteina TDP43, ukljuenog u patogenezu amiotrofine lateralne skleroze. TDP43 je ukljuenn u razliite
aspekte metabolizma RNK (splajsovanje, transport, translaciju i stabilnost iRNK). Vezivanje TDP43 za
3UTR velikog broja ciljnih iRNK rezultuje u poveanju ili smanjenju njihove stabilnosti. Asocijacija

lncRNK Gadd7 sa TDP43 utie na vezivanje ovog proteina za nekoliko ciljnih iRNK (slika 35),
ukljuujui i iRNK za ciklin-zavisnu kinazu 6 (CDK6), to modulie njihovu stabilnost.

6.8. Duge nekodirajue RNK kao prekursori malih nekodirajuih RNK

Antisense transkripti spareni sa sense transkriptima mogu biti obraeni i do endo-siRNK koje
utiavaju ekspresiju gena putem RNKi (slika 33) (videti kod biogeneze endo-siRNK). Na ovaj nain,
mnoge lncRNK imaju potencijal da se ukljue u puteve RNKi. Pored, antisense transkripata, dugi
transkripti sa IR koji formiraju sekundarne strukture sa dugom drkom i petljom ili jednolanane duge
RNK imaju potencijal da se ukljue u puteve RNKi, kao prekursori malih nekodirajuih RNK.

6.9. Duge nekodirajue RNK kao strukturni molekuli

Fleksibilnost molekula RNK da stupa u interakciju sa serijom proteinskih kompleksa, kao i da se prua
du velikih fizikih razdaljina, ukazuje da molekuli RNK ima potencijal da bude strukturni molekuli, kao
i da oblikuje trodimenzionalnu strukturu nukleusa. Funkcije nekodirajuih RNK, kao to su rRNK i
snRNK u formiranju i odravanju strukture ribozoma, odnosno splasozoma su opte poznate. Analogno
njima lncRNK bi mogle imati funkciju u formiranju i odravanju integriteta drugih ribonukleoprotinskih
kompleksa, ali i potencijal da organizuju/reguliu arhitekturu nukleusa (slika 31). Jedna od takvih
lncRNK je NEAT1 (eng. Nuclear Enriched Abundant Transcript 1) koja lokalizuje u parapegama,
nukleusnim telima koja zadravaju hipereditovane transkripate u nukleus.
Parapege se formiraju u blizini gena NEAT1kroz interakciju rastue NEAT1 RNK i dimera
familije proteina DBHS (Drosophila melanogaster behavior, human splicing), koji vezuju jednolanane i
dvolanane DNK i RNK (slika 36). Kada se dostigne maksimalna, ograniena veliina parapega, dolazi
do pupljenja, tako da se grupe parapega uoavaju u blizini NEAT1 gena. U ovom primeru lncRNK deluje
kao molekul spona koji proteine parapega dovodi i odrava u kompleks (slika 33). Pokazano je da je
transkripcija NEAT1 gena neophodna za formiranje parapega i da veliina parapega korelie sa koliinom
transkribovane NEAT1 RNK, tako da ova lncRNK pored strukturne uloge ima i ulogu nukleatora
parapega.

Slika 36. Strukturana uloga dugih nekodirajuih RNK (lncRNK). NEAT1 RNK je kao molekul spona
neophodna za formiranje i odravanje strukture parapega, koje zadravaju hipereditovane transkripte u nukleus.
Rastua NEAT1 stupa u interakciju sa proteinima familije DBHS (Drosophila melanogaster behavior, human
splicing) formirajui parapege u kojima lokalizuju hipereditovani transkripti.

6.10. Duge nekodirajue RNK kao signalni molekuli

Molekuli RNK i proteini mogu da se transportuju izmeu elija pomou egzozoma - membranskih
vezikula endozomalnog porekla koje oslobaaju razliite vrste elija i koje se fuzioniu sa recipijentnim
elijama. Molekuli RNK koji se nalaze u egzozomima nazivaju se RNK koje krue pomou egzozoma
(eng. exosomal shuttle RNA, exRNK). Sastav exRNK ne odraava kompoziciju sastava RNK elija iz
kojih potiu, to ukazuje da se odreene RNK selektivno pakuju u egzozome. Nakon dospea u
recipijentnu eliju, molekuli RNK su funkcionalni, to ukazuje da exRNK mogu biti signalni molekuli
koji menjaju ekspresiju gena u recipijentnoj eliji. Nedavno profilisanje svih exRNK koje se nalaze u
plazmi oveka ukazalo je da se, pored iRNK i miRNK, u egzozomima nalaze i lncRNK, koje bi mogle
predstavljati signale koji mogu bitno uticati na ekspresiju gena u recipijentnoj eliji.

6.11. Funkcionalnost dugih nekodirajuih RNK vs. transkripcioni "um"

Otkrie da se ogroman procenat genoma transkribuje i da se veina lncRNK odlikuje malim stepenom
evolucione konzervisanosti sekvence i dalje namee pitanje da li su nekodirajue RNK transkripcioni
"um" ili funkcionalni molekuli. Transkripcioni "um" je posledica transkripcionog "curenja" vezanog
za osobinu RNK polimeraze da se nespecifino vezuje za DNK u bilo kojem mestu u genomu vrei
neefikasnu transkripciju. injenice da se procenat transkribovanih lncRNK poveava sa poveanjem
sloenosti organizama, da veina lncRNK ima preciznu vremensku i prostornu regulaciju, preciznu
unutarelijsku lokalizaciju, da se transkripcioni faktori vezuju za delove genoma sa kojih se prepisuju
lncRNK, kao i injenica da se lncRNK koje deluju in cis prepisuju u malom broju kopija, ukazuju na
njihovu funkcionalnost. Najzad, funkcija izvesnog broja lncRNK je dobro izuena.
Bez obzira na navedene injenice koje govore u prilog funkcionalnosti lncRNK, mnoge odlikuje
mali stepen evolucione konzervisanosti sekvence, to pitanje njihove funkcionalnosti ostavlja otvorenim.
Meutim, niska evoluciona konzervisanost sekvence lncRNK zahteva neto drugaija shvatanja u odnosu
na ona kada se razmatraju geni za proteine. Duge nekodirajue RNK odlikuju se razliitim obrascem
evolucione konzervisanosti sekvence u odnosu na gene za proteine, koji imaju jaka selektivna ogranienja
kako bi sauvali funkcionalnost (otvoreni okvir itanja). Suprotno njima, lncRNK se odlikuju kraim
nizovima konzervisanih sekvenci kako bi se odrali njihovi funkcionalni domeni (analogna i digitalna
informacija). Dalje, niska konzervisanost se moe objasniti i brzom evolucijom originalne sekvence
lncRNK, slino promotorima i drugim regulatornim elementima, koji imaju mnogo plastiniji odnos
strukture i funkcije u odnosu na proteine. Tako, mnogi regioni genoma koji su pretrpeli skore i brze
evolucione promene transkribuje se u lncRNK i mogli bi odreivati fenotipske razlike izmeu i unutar
vrsta. Njazad, u nekim primerima niska konzervisanost sekvence lncRNK ukazuje da bi proces u kome
one uestvuju, a ne same lncRNK, mogao biti evoluciono ouvan. Primer su lncRNK ija kaskadna
transkripcija uzvodno od nekog promotora slui progresivnom otvaranju hromatina kako bi se poveala
dostupnost transkripcionim faktorima i RNK polimerazi u cilju ekspresije nizvodnog gena. Dakle,
razliite lncRNK su mogle trpeti razliite selektivne prtiske koji verovatno odraavaju iroki spektar
njihovih funkcija, kao i nain na koji ih obavljaju.

10

1.

KRUNE RNK

Opte je prihvaeno da su transkripti prepisani sa eukariotskih genoma linearni sa slobodnim 5'- i

3'-krajevima. Krajem sedamdesteih godina prologa veka opisane su krune RNK poreklom od biljnih
virusa, dok su poetkom osamdesteih godina kod niih organizama opisane krune RNK nastale od
autokatalitikih introna pre-rRNK. Poetkom devedestih godina opisan je izvestan broj krunih
transkripata kod ivotinja nastalih, kako se tada mislilo, grekom u procesu splajsovanja pre-iRNK.
Naime, u retkim sluajevima mainerija za splajsovanje grei, odnosno splajsuje "unazad" (eng.
"backsplicing"), odnosno splajsuje po principu "glava-rep" (eng. head-to-tail splicing), tako da ne spaja
3'-kraj jednog egzona sa 5'-krajem sledeeg, ve se meusobno spajaju krajevi jednog ili nekoliko ve
splajsovanih egzona stvarajui krunu RNK. Meu prvim otkrivenim bila je circRNK nastala od antisense
transkripta gena Sry (eng. sex-determining region Y), koji ima kljunu ulogu u razviu testisa. Meutim,
circRNK su smatrane retkim sve do 2012. godine kada je objavljeno da su one iroko zastupljene u
transkriptomu eukariota (oveka, mia i C. elegans) i arhea. Naime, sekvenciranjem transkriptoma i
primenom specifinih algoritama u obradi podataka, otkriveno je na hiljade krunih RNK (circRNK ili
ciR). Na primer, u fibroblastima oveka detektovano je preko 25 000 circRNK nastalih od ~15% gena
koji se aktivno transkribuju i koje se, uglavnom, sastoje od sekvenci jednog do pet egzona.

Slika 37. Krune RNK (circRNK ili ciR) nastaju splajsovanjem "unazad" i reguliu nivo miRNK . Pre-iRNK
se obrauje u nukleusu i linearna zrela iRNK se transportuje u citoplazmu, gde e biti translatiana u protein. Veliki
broj iRNK u citoplazmi regulisan je sa miRNK. Vezivanje kompleksa miRNK-AGO za ciljnu iRNK ili blokira
njenu translaciju ili pokree njenu degradaciju. Mainerija za splajsovanje moe izvriti splajsovanje "unazad" (eng.
"backsplice") ime nastaje circRNK iji su 5'- i 3'-krajevi meusobno povezani kovalentnom vezom. Veliki broj
circRNK u citoplazmi obvalja funkciju endogenih "sunera" koji zarobljavaju miRNK, onemoguavajui im da
reguliu ciljne RNK (preuzeto iz Wilusz&Sharp, Science, 2013).

Smatra se da je u biogenezi circRNK ukljuena mainerija za splajsovanje koja prepoznaje, jo

uvek slabo okarekterisane, signale za cirkularizaciju (slika 37). Veliki broj circRNK akumulira u
11

citoplazmi i nekada su i do 10 puta ee zastupljene u odnosu na odgovarajue linearne iRNK. Ova

njihova osobina mogla bi da se objasni veom otpornou na elijske mainerije za degradaciju RNK koje
deluju sa krajeva linearnih molekula RNK, kao i veom otpornou na degradaciju sa miRNK. Krune
RNK se odlikuju konzervisanom sekvencom i neke od njih se eksprimiraju u specifinom tipu elija ili
tokom odreene faze razvia. Ove njihove karakteristike ukazale su da bi one mogle biti funkcionalni
molekuli koji, verovatno, posreduju u regulaciji ekspresije gena.
Eksperimantalni rezultati su ukazali da circRNK reguliu nivo miRNK u elijama sisara. One
sadre MRE koji efikasno vezuju miRNK i deluju po modelu endogenih "sunera" (slika 34).
Zarobljavanjem miRNK postie se smanjenje njihove efektivne koncentracije i time manje efikasno
reprimiranje ciljnih transkripata. Na primer, circRNK CDR1as ili ciR7, duine ~15 000 nt, nastaje od
antisense transkripta gena za protein 1 povezan sa cerebelarnom degeneracijom (eng. cerebellar
degeneration-related protein 1, CDR1) koji se dominantno eksprimira u mozgu oveka i mia. Ona sadri
vie od 70 evoluciono ouvanih MRE za drevnu miR-7 i moe efikasno vezivati ~20 000 miR-7 po eliji.
Njena glavna funkcija je da vezuje miR-7 u nervnom tkivu. Smanjenje ekspresije ove circRNK dovodi do
smanjenja broja ciljnih iRNK za miR-7, to ukazuje na njihovu degradaciju posredovanu sa miR-7.
Kruna RNK nastala od antisense transkripta prepisanog sa gena Sry sadri 16 MRE za mir-138. U
poreenju sa lineranim RNK koje obavljaju funkciju endogenih sunera (videti kod ceRNK), circRNK su
potentnije s obzirom da se eksprimiraju u veoj koliini, sadre vei broj MRE i imaju dui polu-ivot
usled otpornosti na mainerije za degradaciju RNK.
Pored toga to reguliu nivo miRNK, circRNK bi mogle vezivati i zarobljavati RNK-vezivne
proteine ili bi se mogle bazno sparivati se drugim molekulima RNK, to bi rezultovalo u formiranju
velikih ribonukleoproteinskih kompleksa. Takoe, smatra se da bi circRNK mogle da se translatiraju, s
obzirom da se sintetike krune RNK efikasno translatiraju i da iRNK u eliji formira krunu strukturu
tokom translacije kroz interkacije proteina vaznih za njene krajeve.

12

2.

KOMPETIRAJUE ENDOGENE RNK

Velika proporcija dugih molekula RNK u transkriptomu, kao to su iRNK, transkripti pseudogena i
lncRNK, regulisana je sa miRNK. Tako, mnoge iRNK, uglavnom, u 3'-UTR sadre veliki broj MRE koja
su komplementarna ili parcijalno komplementarna sa veim brojem miRNK. Sa druge strane, miRNK
uglavnom funkcioniu na kombinatoran i kooperativan nain, tako da jedna miRNK moe regulisati veliki
broj transkripata, nekoliko desteina do nekoliko stotina ili hiljada.
MikroRNK su opte prihvaene kao post-transkripcioni represori, koje blokiraju translaciju ili
smanjuju stabilnost ciljne RNK. Prema takvom shvatanju, miRNK se doivljavaju kao aktivni regulatori,
a ciljne RNK kao pasivni molekuli koji se reprimiraju (slika 38a, levo). Meutim, stvari se mogu i
drugaije posmatrati: MRE iz ciljnih molekula RNK bi mogle regulisati miRNK. Naime, transkripti koji
sadre iste MRE mogu biti u kompeticiji za isti grupu miRNK, to utie na koliinu slobodnih miRNK, a
time i njihovu aktivnost (slika 38a, desno). Takvi transkripti nazvani su kompetirajue endogene RNK
(eng. competing endogenous RNA, ceRNA)

Slika 38. Kompetirajue endogene RNK (ceRNK). a) Prema konvencionalnom shvatanju miRNK
post-transkripciono reguliu iRNK vezujui se za njihove MRE. Prema hipotezi o ceRNK, veza izmeu iRNK i
miRNK je reciprona, tako da nivo iRNK utie na nivo slobodnih miRNK, a time i na aktivnost i ekspresiju drugih
iRNK. b) Prema hipotezi o ceRNK, molekuli RNK meusobno komuniciraju preko miRNK i osnovu tog "jezika"
ine slova predtavljana sa MRE i rei predstavljene sa kombinacijom (nizom) MRE koje nosi neka RNK. to je broj
zajednikih MRE vei, vei je i nivo meusobne "komunikacije", a time i koregulacija takvih RNK. Hipoteza o
ceRNK ujedinjuje ulogu svih dugih molekula RNK, ukljuujui iRNK, transkripte pseudogena, duge nekodirajue
RNK (lncRNK) i krune RNK (circRNK), u modulisanju nivoa slobodnih miRNK, i posledino u modulisanju
nivoa ekspresije iRNK posredovanog sa miRNK (preuzeto iz Salmena et al., Cell, 2011).

Hipoteza o ceRNK pretpostavlja da svi tipovi dugih molekula RNK, ukljuujui iRNK,
transkripte pseudogena, lncRNK i circRNK, meusobno "komuniciraju" preko miRNK (slika 38b). Slova
u tom novom "jeziku" su predstavljena sa MRE, a rei su kombinacija (niz) MRE koje nosi neka RNK
(slika 35b, levo). Komunikacija izmeu transkripata se ostvaruje kroz kompeticiju za vezivanje istih
miRNK, to ujedno regulie nivo slobodnih miRNK i, posledino, modulie nivo ekspresije iRNK (slika

13

38b, desno). to je broj zajednikih MRE vei, vei je i nivo meusobne "komunikacije", a time i
koregulacija takvih RNK.
Prema hipotezi ceRNK efikasnost odreene miRNK zavisi od koncentracije njenih ciljnih RNK,
tako da promena nivoa ekspresije neke RNK ima posledice na druge RNK koje sadre iste MRE (slika
39). MikroRNK koje deluju na vei broj ciljnih RNK u manjoj meri reprimiraju svoje ciljne molekule u
odnosu na miRNK koje imaju manji broj ciljnih RNK. Kada doe do poveane ekspresije neke RNK,
represivni efekat njenih miRNK e biti "razblaen" jer e ukupan broj MRE prevazii koliinu
odgovarajuih miRNK (slika 39, prekomerna ekspresija RNK Y). Istovremeno, doi e do derepresije i
poveanja ekspresije drugih ciljnih RNK za datu miRNK (slika 39, poveanje ekspresije RNK X). Sa
druge strane, smanjenje ekspresije neke RNK smanjuje koncentraciju specifinih MRE (slika 39,
smanjena ekspresija RNK Y), tako da druge ciljne RNK mogu biti efikasnije reprimirane sa specifinom
miRNK (slika 39, smanjenje ekspresije RNK X).

Slika 39. Efikasnost delovanja miRNK zavisi od koncentracije njenih MREs u eliji Vei broj transkripata
moe sadrati MRE za istu miRNK. Kako predvia hipoteza ceRNK, prekomerna ekspresija RNK Y (na primer,
transkripcionom aktivacijom) poveava koncentraciju specifinih MREs u eliji i moe dovesti do derepresije
drugih transkripata (na primer, RNK X) koje sadre iste MREs. Vice versa, represija RNK Y bi dovela po smanjenja
koncentracije specifinih MREs, hiper-represije RNK X, i posledino smanjene ekspresije (preuzeto iz Salmena et
al., Cell, 2011).

Time to hipoteza o ceRNK pored konvencionalne funkcije miRNKRNK, predvia i reverznu

funkciju RNKmiRNK ona dodeljuje novu, zajedniku funkciju svim nekodirajuim RNK
(transkriptima pseudogena, lncRNK i circRNK), ali i novu regulatornu funkciju molekulima iRNK
(slika 38). Usled ovakve interakcije veliki deo transkriptoma u datom trenutku moe biti u meusobnoj
interakciji kroz vezivanje jedne ili nekoliko miRNK. Danas je jasno da je trans regulacija sa ceRNK kroz
kompeticiju za miRNK opte zastupljen fenomen i da predstavlja dodatni nivo u sloenosti regulacije
ekspresije gena.
14

Kompetirajue endogene RNK svoju funkciju ostvaruju po modelu endogenih "sunera" za

miRNK", odnosno modelu mimikrije ciljnog molekula (eng. target mimics) " delujui in trans.
Poznato je da egzogeno unete, sintetisane RNK koje sadre vei broj tandemskih kopija MRE za neku
miRNK, oznaenih kao miRNK "suneri", mogu veoma specifino i efikasno inhibirati funkciju
odreene miRNK. Analogno njima, ceRNK deluju kao endogeno sintetisani "suneri" za miRNK. S
obzirom da sadre vei broj MRE za koje se vezuje vei broj miRNK, one bi, za razliku od egzogenih
"sunera", mogle uticati na vei broj miRNK, a time i na vei broj ciljnih RNK.
MRE u 3'-UTR neke iRNK in cis moduliu ekpsresiju sopstvenog transkripta (slika 40), a kroz
kompeticiju za miRNK in trans moe modulisati ekspresiju drugih transkripata koji sadre iste MRE
(slika 40), ime iRNK stie regulatornu funkciju, koja je nezavisna od njene protein-kodirajue funkcije.
Hipoteza o ceRNK moe, takoe, objasniti i otkrie da se 3'-UTR mogu eksprimirati nezvisno od svojih
asociranih kodirajuih sekvenci (eng. 3'-UTR assocaited transcripts). Iako pojedinane miRNK doprinose
malim promenama u ekspresiji gena, smatra se da kombinatorni efekat veeg broja iRNK koje deluju
kao ceRNK (meusobno stupaju u interkaciju preko zajednikih MRE) moe biti esencijalan u
regulaciji ekspresije gena u situacijama kada ne postoji njihova direktna interakcija na
transkripcionom ili post-transkripcionom nivou.
Pokazano je da veliki broj iRNK aktivno regulie iRNK prepisanu sa tumor-supresorskog gena
PTEN (eng. phosphatase and tensin homolog) kroz kompetitivno zarobljavanje miRNK. Jedna od takvih
iRNK je ZEB2 (eng. zinc finger E-box-binding homeobox 2) ije utiavanje u elijama melanoma dovodi
do znaajnog smanjena eksprsije PTEN na nain zavistan od miRNK, a nezavistan od samog proteina
ZEB2. Interesantno je da je ZEB2 transkripcioni faktor koji ima funkciju onkogena kod progresije
epitelnih kancera, to ukazuje da iRNK prepisana sa jednog gena moe imati funkciju tumor-supresora
kod jedne vrste tumora, dok njegov proteinski produkt moe imati funkciju onkogena kod druge vrste
tumora. Identifikacijom brojnih ceRNK za PTEN iRNK, ustanovljeno je da nekoliko kanonskih
onkogenih puteva u eliji ostavuje komunikaciju kroz titriranje aktivnosti zajednikih miRNK.

Slika 40. Cis i trans regulacija informacionih RNK (iRNK). 3'-UTR u iRNK sadri brojne MRE. Oni deluju in cis
kako bi regulisali stabilnost i nivo ciljne RNK, ali isto tako mogu in trans regulisati stabilnost i nivo drugih iRNK
koje sadree iste MRE, kroz regulisanje nivoa miRNK

Smatra se da su nekodirajue RNK (transkripti pseudogena, lncRNK i circRNK) efikasnije kao

ceRNK u odnosu na iRNK, kod kojih postoji interferencija izmeu vezivanja miRNK i translacije.
Najvei broj eksperimentalnih dokaza koji podrava hipotezu o ceRNK, vezan je, upravo, za transkripte
pseudogena, lncRNK i circRNK.
Iako tradicionalno prihvaeni kao nefunkcionalni, pseudogeni u genomu oveka esto se
transkribuju na tkivno-specifian nain, njihove sekvence pokazuju visok stpen homologije sa
sekvencama roditeljskog gena i mogu vezivati istu kolekciju miRNK. Mnogi od prouavanih parova
roditeljski gen-pseudogen sadre iste MRE, to transkriptima pseudogena dodeljuje regulatornu funkciju
15

koju ostvaruju kao ceRNK. Na primer, mnogi MRE su konzervisani izmeu tumor supresornog gena
PTEN i njegovog pseudogena PTENP1. Prekomerna ekspresija 3'-UTR PTENP1 poveava nivo proteina
PTEN i dovodi do inhibicije rasta elije na nain zavistan od Dicera.
Prva lncRNK za koju je opisano da deluje kao endogeni "suner" bila je IPS1 (eng. Inducedby
Phosphate Starvation 1) kod biljaka koja posreduje u odgovoru na sredinski stres. Ona sadri vezivna
mesta za miR399. Ova miRNK se neperfektno sparuje sa ciljnim sekvncama u IPS1, usled ega ne dolazi
do degradacije IPS1, tako da ona efikasno deluje kao endogeni suner za miR399. MikroRNK 399
regulie iRNK prepisanu sa gena za PHO2, koji regulie unos fosfata. Inicijlano, u uslovima nedostatka
fosfora, indukuje se ekspresija miR399 koja negativno regulie PHO2 iRNK. Istovremno dolazi do
indukcije ekspresije IPS1 RNK, nakon ega sledi zarobljavanje miR399, to rezultuje u stabilizaciji i
akumulaciji PHO2.
Sposobnost lncRNK da deluju kao ceRNK kod ivotinja prvo je opisano kod diferencijacije
miinih elija. Intergenski transkript MD1, kao ceRNK, zarobljava dve miRNK (miR-133 i miR-135)
iji su ciljni transkripti iRNK prepisane sa dva gena (MAML1 i MEF2C) koji aktiviraju program
diferencijacije u mijim i ovjejim mioblastima. Duga intergenska RNK RoR (eng. regulator of
reprogramming) deluje kao ceRNK u obnavaljanju embrionalnih matinih elija. Vezivanjem miR-145
ona kompetira sa iRNK kljunih transkripcionih faktora koji odravaju pluripotentnost (OCR4, NANOG i
SOX2). RoR se eksprimira na visokom nivou u embrionalnim matinim elijama, dok njen efekat
endogenog "sunera" nestaje tokom diferencijacije.
U poreenju sa iRNK, transkriptima pseudogena i lncRNK, circRNK Za razliku lineranih ce
RNK (iRNK, transkripata pseudogena i lncRNK), koje se eksprimiraju na niem nivou, sadre ogranien
broj MRE i podleu destabilizaciji posredovanoj sa miRNK, circRNK sadre vei broj MRE i u in vivo
ulsovima due ive od njihovih lineranih parnjaka i potpuno su rezistentne na destabilizaciju posredovanu
sa miRNK. Zbog navedenih osobina, circRNK imaju najvei potencijal kao endogeni "suneri" za
miRNK i predstavljau najpotentije ceRNK. Smatra se da e circRNK predstavaljati sledeu generaciju
sintetikih egzogeni "sunera" koji e se koristiti za terapeutske svrhe (na primer, kao terapeutici sa
anti-tumorskim dejstvom).

KLJUNI KONCEPTI
Transkripcija ogromnog procenata genoma sisara poznata je pod nazivom pervazivna transkripcija.
Duga nekodirajua RNK (lncRNK) je bilo koja eksprimirana RNK dua od 200 nt bez protein-kodirajueg
potencijala. Na osnovu pozicije u odnosu na gene za proteine lncRNK dele se na: intergenske transkripte, transkripte
koji se preklapaju sa genima, ncRNK asocirane sa promotorima i uzvodnim promotorskim regionima, intronske
ncRNK, antisense transkripte, transkripte asocirane sa 3'-UTR-ovima, RNK prepisane sa pojaivaa (eRNA) i
bidirekcione transkripte.
Duge nekodirajue RNK stupaju u interkacije sa proteinima i/ili nukleinskim kiselinama i u poreenju sa proteinima
su fleksibilnije i specifinije u interkaciji sa partner-molekulima. Vezivne-povrine za proteine su njihove
sekundarne i tercijalne strukture (analogna informacija), dok njihova primarna struktura omoguava
komplementarno bazno sparivanje sa ciljnom nukleinskom kiselinom (digitalna informacija).
Duge nekodirajue RNK imaju regulatornu ulogu u procesima ekspresije genoma na epigenetikom,
transkripcionom i post-transkripcionom nivou, koju ostvaruju koristei najrazliitije mehanizme, kao i strukturnu
ulogu u formiranju ribonukleoproteinskih kompleksa.

16

Duge nekodirajue RNK mogu delovati in cis, kada funkciju obavljaju na mestu svoje sinteze i direktno deluju na
jedan ili nekoliko kontinuiranih gena, ili mogu delovati in trans, kada ili difunduju sa svog mesta sinteze i direktno
deluju na udaljene gene, ili deluju kao trans faktori i postaju deo globalnih regulatornih mrea.
Na osnovu modela koji opisuje kako obavljaju funkcije, lncRNK dele se na molekule vodie uspostavljaju
direktne interakcije sa DNK na odreenom mestu u genomu, in cis ili in trans, i istovremno asembliraju proteinske
komplekse, molekule pojaivae istovremno regrutuju proteine koji savijaju DNK formirajui hromatinsku
petlju, i epigenetike komplekse koji ire svoj efakt na gene u okviru hromatinske petlje, molekule spone
povezuju dva li vie proteina u ribonukleoproteinski kompleks ili dovode dva ili vie proteina u neposrednu blizinu i
molekule mamce vezuju DNK-vezivne proteine ili miRNK onemoguavajui njihovu interkaciju sa ciljnim
nukleinskim kiselinama.
Mehanizam delovanja nekih lncRNK je takav da je proces transkripcije lncRNK, a ne sama lncRNK, bitan za
regulaciju ciljnih gena. Kaskadna transkripcija lncRNK uzvodno od nekog promotora slui progresivnom otvaranju
strukture hromatina kako bi se poveala bazalnoj transkripcionoj maineriji i inicirala transkripcija nizvodnog gena.
Sa druge strane, transkripcija neke lncRNK moe omatati transkripciju ciljnog gena, to predstavalja jedan oblik
transkripcione interferencije (ometanje jedne transkripcione jedinice drugom).
Duge nekodirajue RNK imaju kljunu uloga u epigenetikoj regulaciji i zavaljujui analognoj i digitalnoj
informaciji idealane su za alel- i/ili lokus-specifinu regulaciju. U epigenetikoj regulaciji odgovornoj za doznu
kompenzaciju (genetiko utiskivanje i inaktivaciju jednog X hromzoma kod enki sisara) lncRNK deluju kao
molekuli vodii koji alel- i lokus-specifino in cis regrutuju proteine za promenu strukture hromatina ili delujuju
posredstvom transkripcione interferencije. U lokus-specifinoj epigenetikoj regulacji lncRNK deluju in cis ili in
trans kao molekuli vodii ili molekuli pojaivai. Veina lncRNK regrutuje epigenetike proteinske komplekse
posredstvom RNK-vezivnih proteina. Kao takve, mree lncRNK-proteini deluju kao senzori razliitih signala u eliji
i integratori aktivnosti velikog broja regulatornih kompleksa na jedinstvenom mestu u genomu i zajedno sa mreom
DNK-vezivni elementi-transkripcioni faktori, reguliu ekspresioni program genoma.
Duge nekodirajue RNK koriste razliite mehanizme u transkripcionoj regulaciji. Postojana transkripcija promotora
i pojaivaa je izuzetno vana u transkripcionoj regulaciji: lncRNK prepisane sa pojaivaa mogu delovati kao
kofaktori i regrutovati transkripcione aktivatore, dok one prepisane sa alternativnih promotora mogu ometati
transkripciju nizvodnih gena ili gena koji se prepisuju sa drugog lanca DNK kroz kompeticiju za cis-elemente ili
trans-faktore, to predstavlja transkripcionu interferenciju. Neke lncRNK deluju kao trans faktori, slino
transkripcionim represorima, kada stupaju u interkaciju sa osnovnom transkripcionom mainerijom Pol II i ostvaruju
globalniji uticaj na reprimiranje transkripcije. Najzad, kaskadna transkripcija lncRNK uzvodno od nekog promotora
dovodi do progresivnog otvaranja strukture hromatina, tako da sam proces transkripcije lncRNK bitan za regulaciju
transkripcije ciljnih gena.
Sposobnost lncRNK da svojom digitalnom infromacijom prepoznaju komplementarnu sekvencu u drugom
transkriptu omoguava im visoko-specifine interakcije koje mogu regulisati post-transkripcionu ekspresiju gena.
Antisense transkripti mogu maskirati kljune cis-regulatorne elemente u iRNK kroz formiranje dvolanane RNK i
time modulisati splajsovanje i editovanje RNK, kao i transport, translaciju i stabilnost iRNK. Neke lncRNK
(antisense transkripti spareni sa sense transkriptima, dugi transkripti sa IR koji formiraju strukture ukosnice ili
jednolanane duge RNK) imaju potencijal da se ukljue u puteve RNKi kao prekursori malih nekodirajuih RNK
(endo-siRNK ili piRNK). Kao trans faktori po modelu molekula mamca, lncRNK mogu vezivati transkripcione
regulatore i modulisati njihovu aktivnost ili im menjati lokalizaciju u eliji (na primer, NRON lncRNK).
Fleksibilnost molekula RNK da stupa u interakciju sa serijom proteinskih kompleksa, kao i da se prua du velikih
fizikih razdaljina, ukazuje da molekul RNK ima potencijal da bude strukturni molekul (na primer, rRNK, snRNK,
NEAT1) u formiranju i odravanju ribonukleproteinskih struktura, kao i u organizaciji/regulaciji arhitekture
nukleusa.
Fenomen transkripcionog "uma" i mala eveoluciona konzervisanost sekvence veine lncRNK ostavalja otvorenim
pitanje o funkcionalnosti ovih molekula. Meutim, injenice da se procenat transkribovanih lncRNK poveava sa
poveanjem sloenosti organizama, da veina lncRNK ima preciznu vremensku i prostornu regulaciju i preciznu
unutarelijsku lokalizaciju, da se lncRNK koje deluju in cis prepisuju u malom broju kopija, kao i razliit obrazac
evolucione konzervisanosti lncRNK u odnosu na gene za proteine (krai nizovi konzervisanih sekvenci kako bi se
odrali njihovi funkcionalni domeni, brza evolucija originalne sekvence karakteristina za regulatorne elemente i
konzervisanost procesa u kome uestvuju) govore u prilog funkcionalnosti lncRNK.

17

Krune RNK (circRNK ili ciR) su klasa regulatornih RNK koja je nastaje splajsovanjem unazad jednog do pet
egzona pre-iRNK. Reguliu nivo miRNK u eliji delujui kao endogeni suneri za miRNK. Akumuliraju u citlazmi,
otporen su na elijske mainerije za degradaciju iRNK, kao i na degradaciju sa miRNK i eksprimiraju u specifinom
tipu elija ili tokom odreene faze razvia.
Kompetirajue endogene RNK (ceRNK) su transkripti koji sadre iste MRE usled ega kompetiraju za istu grupu
miRNK, moduliui nivo slobodnih miRNK. to je broj zajednikih MRE vei, vei je i nivo meusobne
"komunikacije", a time i koregulacija takvih RNK. Hipoteza o ceRNK ujedinjuje ulogu svih dugih molekula RNK,
ukljuujui transkripte pseudogena, lncRNK i circRNK, ali dodeljuje novu regulatornu funkciju molekulima iRNK,
koje je nezavisna od njihove protein-kodirajue funkcije. In trans regulacija sa ceRNK je opte zastupljen fenomen i
predstavlja dodatni nivo u sloenosti regulacije ekspresije gena.

PITANJA
1. ta su prevazivna transkripcija i koje implikacije ima njeno otkrie na shvatanje o funkcionalnim sekvencama
genoma?
2. ta su duge nekodirajue RNK (lncRNK) i koje funkcije obavljaju?
3. Objasnite zato su molekuli RNK fleksibilniji i specifiniji u interakcijama sa proteinima i DNK u odnosu na
proteine?
4. Obasnite modele po kojima lncRNK ostavruju svoje funkcije?
5. Opiite kako lncRNK vre epigenetiku regulaciju i zato su idealne za lokus- i alel-specifino uvoenje
epigenetikih promena.
6. Opiite kako lncRNK vre transkripcionu regulaciju.
7. Opiite kako lncRNK vre post-transkripcionu regulaciju.
8. Objasnite zato se veina lncRNK ne smatra transkripcionim umom.
9. ta su krune RNK (circRNK) i koju funkciju obavljaju?
10. ta su kompetirajue endogene RNK (ceRNK), koje klase molekula RNK obuhvataju i na koji nain reguliu
ekspresiju gena?

18