Molekula DNA

STRUKTURA DNA I RNA

molekula DNA sastoji se od dva antiparalelna polinukleotidna lanca

okosnicu svakog lanca grade deoksiriboze povezane fosfodiesterskim vezama

ORGANIZACIJA GENOMA U EUKARIOTA

na svaku deoksiribozu vezana je po jedna od etiri nukleotidne baze (adenin,

REPLIKACIJA DNA U PROKARIOTA I EUKARIOTA

timin, gvanin, citozin)

purinska baza adenin se s dvije vodikove veze povezuje s pirimidinskom
bazom timin komplementarnog lanca

TRANSKRIPCIJA GENA U PROKARIOTA I EUKARIOTA

purinska baza gvanin se s tri vodikove veze povezuje s pirimidinskom bazom

citozin komplementarnog lanca

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Struktura DNA
Dvostruka uzvojnica DNA

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

DNA eukariota
Nukleosom
kromatin - DNA i strukturni proteini
heterokromatin - kondenzirana, neaktivna DNA (A)
eukromatin - nekondenzirana, aktivna DNA (B)
nukleosom je osnovna jedinica organizacije eukariotskog genoma
sastoji se od sri nukleosoma koju gradi osam histonskih proteina (po dva od
svakog; H2A, H2B, H3, H4) i molekule DNA (oko 200 nukleotida) koja je dijelom
omotana oko sri nukleosoma (146 nukleotida), a dijelom povezuje slijedei
nukleosom u nizu

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Struktura nukleosoma

Struktura nukleosoma

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Spiralizacija DNA eukariota

Kromatinsko vlakno

kromatinsko vlakno slijedei je stupanj spiralizacije eukariotskog genoma

histonski proteini H1 omoguuju meusobno pribliavanje nukleosoma i
njihovu spiralizaciju
jedan puni okret od est nukleosma oko osi spiralizacije naziva se solenoid
kromatinsko vlakno dalje se spiralizira u oblik

relaksiranog i zatim

kondenziranog kromosoma

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Spiralizacija DNA eukariota

Replikacija DNA
oba polinukleotidna lanca slue kao kalup za sintezu svog komplementarnog
lanaca (semikonzervativna replikacija)
svaki slijedei nukleotid vee se preko svog fosfata na 5 C-atomu deoksiriboze
na 3 C-atom deoksiriboze prethodno ugraenog nukleotida
sinteza novog polinukleotidnog lanca odvija se u smjeru 5-3 jer je jedino na taj
nain

omogueno

cijepanje

visokoenergetske

fosfoanhidridne

veze

oslobaanje energije potrebne za polimerizaciju lanca

odmatanjem uzvojnice DNA i cijepanjem vodikovih veza nastaje struktura koja
se naziva replikacijska vilica
jedan lanac DNA sintetizira se kontinuirano jer je smjer sinteze istovjetan
smjeru odmatanja uzvojnice (vodei lanac)
u ovjeka duljina genomske DNA u izduenom obliku iznosi 2 m, a promjer stanine jezgre
je 6 m
duljina jednog kromosoma je 10 000 puta manja od duljine iste DNA u izduenom obliku
Prof.dr.sc. Reno Hraan

drugi lanac sintetizira se nekontinuirano jer je smjer sinteze suprotan smjeru

odmatanja uzvojnice (tromi lanac)

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Sinteza novog lanca DNA

Replikacija DNA

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Replikacijska vilica DNA u eukariota

Replikacija DNA u eukariota

1. odmatanje uzvojnice DNA i cijepanje vodikovih veza (DNA helikaza)
2. sinteza novog lanca DNA u smjeru 5-3 (DNA polimeraza)
2.1. sinteza vodeeg lanca DNA (DNA polimeraza )
2.2. sinteza tromog lanca DNA (DNA polimeraza i DNA polimeraza )
2.2.1. sinteza RNA poetnice (DNA primaza)
2.2.2. poetak sinteze novog odsjeka DNA od mjesta nove RNA poetnice
(DNA polimeraza )
2.2.3. nastavak sinteze novog odsjeka DNA do prethodne RNA poetnice,
odnosno do prethodnog odsjeka DNA (DNA polimeraza ) nakon to je
razgraena RNA poetnica (RNaza)
2.2.4. spajanje odsjeaka DNA (DNA ligaza)

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Doc.dr.sc. Reno Hraan

Pokretanje replikacije DNA

Replikacijska vilica DNA u eukariota

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Replikacija DNA u prokariota

Pokretanje replikacije DNA
jedno mjesto poetka
replikacije DNA

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prijenos genetike informacije od DNA do proteina

(Centralna dogma molekularne biologije)

Replikacija DNA u eukariota

vie mjesta poetka replikacije DNA
razliite regije kromosoma repliciraju se u razliito vrijeme tijekom S faze staninog ciklusa

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Struktura RNA

Transkripcija gena
prepisivanje gena kontrolirano je regulatornim proteinima koji su specifini za
svaki gen i veu se na regulatorne sekvence DNA u kontrolnoj regiji gena
u kontrolnoj regiji gena nalazi se i promotorska sekvenca (promotor); na
promotorsku sekvencu vee se RNA polimeraza
regulatorni proteini mogu poticati prepisivanje nekog gena pa se onda nazivaju
aktivatori ili koiti prepisivanje pa je onda rije o represorima; vezanje
aktivatorskih proteina aktivira odreene transkripcijske faktore koji se udruuju
s RNA polimerazom; na taj nain potaknuto je kretanje RNA polimeraze du
lanca DNA, odnosno prepisivanje odreenog gena
u eukaroita, vezanje aktivatora dovodi do promjene strukture kromatina; da bi
se odreeni gen mogao prepisati, molekula DNA se mora odmotati od
histonskih proteina kako bi se transkripcijski faktori i RNA polimeraza mogli
vezati na DNA

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Orijentacija RNA polimeraze i smjer transkripcije

Kontrolna regija transkripcije gena eukariota
o orijentaciji (usmjerenju) promotorske
sekvence ovisi koji lanac DNA e se
prepisivati, odnosno u kojem smjeru e
se odvijati transkripcija gena

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Izrezivanje i preslagivanje primarnog mRNA transkripta

Procesiranje primarnog mRNA transkripta
za razliku od prokariota, u eukariotskom genu sekvenca DNA koja nosi uputu
za sintezu proteina isprekidana je sekvencama koje ne nose uputu za protein;
isprekidane kodirajue sekvence nazivaju se eksoni, a nekodirajue introni
RNA polimeraza II prepie eksone i introne pa se neposredni produkt naziva
primarni mRNA transkript
iz primarnog mRNA transkripta izrezuju se i uklanjaju intronske sekvence, a
isprekidane eksonske sekvence povezuju u kontinuiranu kodirajuu sekvencu
za

obradu

primarnog

mRNA

transkripta

zadueni

su

mali

jezgrini

ribonukleoproteini koji se veu na granicu eksona i introna te kataliziraju

reakciju izrezivanja i preslagivanja primarnog mRNA transkripta (RNA splicing)
na 5- i 3-kraju mRNA transkripta veu se zatitni proteini koji spjreavaju
razgradnju zrele mRNA u jezgri i citoplazmi dok se na ribosomima ne izvri
sinteza proteina
Prof.dr.sc. Reno Hraan

Struktura mRNA u prokariota i eukariota

jedinica transkripcije prokariota - uputa za vie od jednog proteina (policistronska mRNA)
jedinica transkripcije eukariota - uputa samo za jedan protein (monocistronska mRNA)

STRUKTURA RIBOSOMA
SINTEZA PROTEINA
MODIFIKACIJA PROTEINA

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Razlika u transkripciji i translaciji kod prokariota i eukariota

Ribosomi

zatiena zrela mRNA naputa jezgru i u citoplazmi se udruuje s ribosomima

zrnate endoplazmatske mreice gdje se odvija sinteza proteina
ribosom je ribonukleoprotein, graen od ribosomske RNA i proteina
sastavljen je od dvije podjedinice, vee i manje, ija se veliina izraava
mjerom sedimentacije pri ultracentrifugiranju (S)
u jezgrici dolazi do udruivanja ribosomskih RNA i ribosomskih proteina u
prekursorski ribonukleoprotein iz kojeg nastaju dvije podjedinice koje svaka
zasebno odlaze u citoplazmu gdje se udruuju u ribosom

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Struktura ribosoma prokariota i eukariota

Sinteza proteina

genska ifra ili kod je redosljed nukleotida DNA koji nosi uputu za redosljed
aminokiselina u proteinu (redosljed od tri nukleotida nosi uputu za jednu
aminokiselinu); kodon je redosljed nukleotida mRNA koji prenosi uputu za
redosljed aminokiselina u proteinu; kod je degeneriran jer, osim za dvije
aminokiseline, vie od jedne kombinacije tri nukleotida nosi uputu za jednu
aminokiselinu (u pravilu je promjenljiv trei nukleotid)
transportna RNA (tRNA) je dijelom jednolanana, a dijelom dvolanana
molekula; specifina je za odreenu aminokiselinu jer redosljed nukleotida
antikodona odgovara vezanoj aminokiselini; uloga tRNA je u donoenju
odgovarajue aminokiseline pri sintezi polipeptida; zbog degeneriranosti ifre
vie tRNA prenosi jednu aminokiselinu

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Genska ifra

Struktura transportne RNA

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Aktivacija aminokiselina

Sinteza proteina

1. aktivacija

Prof.dr.sc. Reno Hraan

aminokiselina aminoacil tRNA sintetaza katalizira vezanje

odreene aminokiseline za specifinu tRNA

2. formiranje peptidne veze peptidil transferaza katalizira reakciju povezivanja
amino grupe slijedee aminokiseline s karboksilnom grupom prethodne
aminokiseline; na taj nain polipeptidni lanac raste od amino kraja prema
karboksilnom kraju to odgovara 5-3 redosljedu nukleotida mRNA
na manju podjedinicu ribosoma vezana je mRNA, a na veoj se odvija sinteza
polipeptida
sinteza svakog polipeptidnog lanca zapoinje s aminokiselinom metionin (Met)

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Sinteza proteina
Ugradnja aminokiselina u polipeptidni lanac
vea podjedinica ribosoma posjeduje tri vezna mjesta za tRNA (A, P, E)
na A-mjesto vee se tRNA s aminokiselinom koja se treba ugraditi u polipeptid
na P-mjestu ve je vezana tRNA s prethodno ugraenom aminokiselinom, a
preko nje s preostalim aminokiselinama polipeptidnog lanca
na

P-mjestu

formira

se

peptidna

veza

izmeu

prethodno

ugraene

aminokiseline i aminokiseline koja se treba ugraditi, pritom dolazi do

prebacivanja svih do tada ugraenih aminokiselina na zadnje vezanu tRNA i do
pomaka prvo vee, a potom i manje podjedinice ribosoma za tri mjesta udesno
kako bi se mogla dalje oitati slijedea tri kodona; zbog pomaka vee
podjedinice ribosoma, tRNA na kojoj je sada vezan polipeptid nalazi se na Pmjestu, a slobodna tRNA na E-mjestu s kojeg naputa podjedinicu; A-mjesto je
slobodno za vezanje slijedee tRNA s odreenom aminokiselinom i sinteza
polipeptidnog lanca se nastavlja

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Sinteza polipeptidnog lanca

Vezna mjesta na ribosomu

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Sinteza polipeptidnog lanca

Modifikacije proteina

sintetizirani polipeptidni lanac na ribosomima premjeta se kroz membranu u

lumen zrnate endoplazmatske mreice pri emu dolazi do N-glikozilacije
polipeptida; N-glikozilacije su neophodne za nabiranje polipeptidnog lanca
konani rezultat svih modifikacija na polipeptidu je zauzimanje konane
konformacije proteina

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Nabiranje polipeptidnog lanca tijekom njegove sinteze

(formiranje sekundarne i tercijarne strukture proteina)

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Promjene na polipeptidnom lancu nakon

zavretka njegove sinteze

graevni proteini
metaboliki proteini
transport proteina u druge
dijelove stanice ili izvan stanice

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Sumarna slika sinteze proteina u eukariota

Slike su preuzete iz knjige:

Alberts B, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walter P
Molecular Biology of the Cell
Garland Science/Taylor & Francis Group, Fourth Edition
New York, USA, 2002

Prof.dr.sc. Reno Hraan

Prof.dr.sc. Reno Hraan