DNA

Otkria vezana uz DNA:

Friedrich Miescher (1869. godine) izolirao je tvar iz koritenih medicinskih zavoja uklanjajui lipide alkoholom i
proteine enzimima, a ostala je siva tvar koju je nazvao nuklein, kasnije nukleinska kiselina (svojstva slabe kiseline)
Phoebus A. Levene (1920. godine) otkrio je dvije, po grai sline nukleinske kiseline: DNA i RNA
Frederic Griffith (1928. godine) eksperimentom sa patogenim i nepatogenim sojem bakterije Streptococcus
pneumoniae otkrio je prijenos svojstava s jednog soja bakterija na drugi (otkrio transformaciju)
Robert Feulgen (1937. godine) dokazao da se veina molekule DNA nalazi u jezgri
Oswald Avery (1944. godine) dokazao je da je DNA tvar koja prenosi svojstva iz stanice u stanicu
Erwin Chargaff (1944. godine) otkrio je jednak udio pojedinih baza u DNA, temelj za komplementarnost
Rosalind Franklin otkrila je strukturu DNA koristei se tehnikom difrakcije X-zraka pomou koje je dobila sliku DNA
molekule, vjerojatno zbog rada sa X-zrakama obolila je od raka jajnika i umrla u dobi od 37 godina
Maurice Wilkins bio je suradnik Rosalind Franklin koji je dobio Nobelovu nagradu
James Watson i Francis Crick dobili su Nobelovu nagradu 1962. godine za otkrie strukture DNA (1953. godine)
pomou informacija koje su dobili od R. Franklin iji je doprinos samo natuknut u njihovim publikacijama
R. Franklin nije dobila Nobelovu nagradu zato to istu nije mogue dodijeliti posthumno
Roger Kornberg (1974. godine) opisao je nukleosom

Struktura DNA:
nukleotid = eer pentoza (deoksiriboza) + fosfatna skupina (vezana za 5' atom ugljika na pentozi) + duina baza
(purini koji imaju dva prstena: adenin i gvanin; pirimidini koji imaju jedan prsten: timin, citozin i uracil)
nukleozid = eer + duina baza; naziv dobio prema N-glikozidnoj vezi
DNA je polinukleotidna molekula, graena od dva meusobno komplementarna i antiparalelna polinukleotidna
lanca koji tvore zavojitu strukturu nazvanu heliks ili dvostruka zavojnica
nukleotidi se unutar lanca povezuju kovalentnom fosfodiesterskom vezom izmeu fosfata i OH skupine na 3' C atomu
nukleotidi razliitih lanaca povezuju se vodikovim vezama izmeu duinih baza (dvostruka A-T, trostruka C-G)
irina molekule DNA je 2 nm, udaljenost susjednih parova baza je 0.34 nm, a jedan zavoj ini deset parova baza
duljine 3,4 nm
duljinu odreenog gena izraavamo u jedinici pb ili kpb (pb = parovi baza)
teorijskih varijacija rasporeda nukleotida ima 4 n (4 vrste baza na ukupni broj nukleotida u jednoj molekuli)

Replikacija DNA:
sposobnost da DNA kopira samu sebe naziva se samoumnoavanje (autoreplikacija)
dogaa se tijekom S faze interfaze
mehanizam poznat kao semikonzervativna replikacija ili polukonzervativno udvostruenje
replikacija svake molekule poinje na veem broju mjesta (ishodita replikacije, jedno na 2-3 kpb)
prokariotska DNA replicira se kontinuirano po duini u krugu brzinom 16 kpb
enzim helikaza: kida vodikove veze izmeu komplementarnih duinih baza u molekuli DNA
mjesto na kojem zapoinje odvajanje lanaca DNA zove se replikacijska vilica
vodei lanac lake se replicira zbog 5'-3' smjera
zaostajui lanac tee je replicirati zbog 3'-5' smjera, suprotnog smjeru djelovanja DNA polimeraze
zaostajui lanac replicira se po djelovima dugim 1000 do 2000 parova baza (otprilike tona dijelova), koji zapoinju RNA
primerom, nazvanima Okazaki segmenti (fragmenti)
enzim RNA primaza: stvara niz duinih baza na koje se DNA polimeraza moe vezati (RNA primer)
enzim DNA polimeraza: dodaje komplementarne duine baze odvojenim lancima, ali samo u 5'-3' smjeru, mijenja
RNA nukleotide iz RNA primera u DNA nukleotide, te provjerava vezane duine baze
enzim DNA ligaza: povezuje segmentirane dijelove zaostajueg DNA u lanac
pri kopiranju se dogodi otprilike jedna pogreka na 100 000 kpb

Transkripcija i translacija DNA:

transkripcija je prepisivanje genske upute sa DNA na mRNA
translacija je sinteza proteina na ribosomima uz pomo mRNA i tRNA
molekula RNA graena je od ribonukleotida i jednolanana, osim u sloenim oblicima (dvolanana podruja)
ribonukleotid = eer riboza (sadri OH skupinu na 2' C atomu) + fosfatna skupina + duina baza (U umjesto T)
prekidanje vodikovih veza na poetku dijela molekule DNA koji se prepisuje (poetku gena)
promotor (TATA kutija, niz duinih baza TATAAAA) odreuje koji se lanac prepisuje
kretanje enzima u 5'-3' smjeru nazvano je jo i uzvodno, a u 3'-5' smjeru nizvodno
operator je redoslijed nukleotida nakon promotora na kojeg se vee represor
represor je alosteriki protein koji jednim mjestom prepoznaje operator, a drugim mjestom induktor (kemijski spoj
koji omoguuje transkripciju), kodiran genima regulatorima ija se aktivnost ne moe regulirati
ako je represor vezan na operator, RNA polimeraza ne prepoznaje promotor i transkripcija ne moe poeti
operon je skupina aktivnih gena koji djeluju zajedniki
transkripcijski initelji su proteini koji sudjeluju u regulaciji transkripcije, te pomau vezivanje RNA polimeraze na
odreeni promotor ili sprjeavaju RNA polimerazu u obavljanju posla
ulogu transkripcijskih initelja imaju i histoni koji mogu kovalentno modificirati svoje krajeve i zapoeti transkripciju
enzimi deacetilaze briu acetilne skupine i gase gensku aktivnost
u citoplazmi jajne stanice nalaze se molekule mRNA za neke transkripcijske initelje ili gotovi transkripcijski initelji
zbog neravnomjerne raspodjele prilikom dioba dolazi do aktivacije razliitih gena i diferencijacije (specijalizacije)
totipotentnost je svojstvo jezgre diferencirane stanica koja sadri sve potrebne informacije za razvoj novog
organizma
enzim RNA polimeraza: kopira sekvencu DNA nizvodno od promotora prema 5' kraju stvarajui mRNA
DNA lanac koji se prepisuje naziva se nekodirajui, a koji se ne prepisuje naziva se kodirajui
na 5' kraj mRNA dodaje se poseban tip G duine baze koji se zove jo i 5' kapa, a na 3' kraj dodaje se oko 250 A
duinih baza koji se zove i poli-A rep
ti dodaci olakavaju izlazak mRNA iz jezgre i vezanje za druge organele te spreavaju raspad molekule
nepotrebne informacije koje se nalaze u DNA izrezuju se iz RNA u procesu koji se zove RNA doraivanje pomou
SNURPS-a (small nuclear ribonucleoproteins) koji prepoznaju sljedove poetka i kraja dijela koji se treba izrezati i
spliceosoma (nakupina SNURPSa i drugih proteina) koji reu dijelove
duine baze iz izrezanih dijelova koriste se u sintezama drugih DNA i RNA molekula
dijelovi koji se spajaju nakon izrezivanja u konanu molekulu mRNA zovu se eksoni (dijelovi DNA koji nose informacije
za gene), a izrezani dijelovi zovu se introni (dijelovi DNA koji ne nose nikakvu informaciju)
konana (doraena) mRNA vee se s ribosomima na hrapavom endoplazmatskom retikulumu
hrapavi endoplazmatski retikulum na povrini sadri ribosome, to znai da sintetizira proteine koji ulaze u upljine
gdje ih enzimi dorauju u glikoproteine ili druge sloenije proteine
ribosomi su stanine strukture izgraene od rRNA i proteina, sastoje se od vee i manje podjedinice koje se
spajaju kad prihvaaju mRNA
ribosomi se mogu nalaziti na hrapavom ER ili slobodni u citoplazmi, pojedinano ili u nakupinama nazvanim
poliribosomi
u sastavu ribosoma nalazi se rRNA koja ne pridonosi genetikom materijalu, ve je samo prua mjesta za interakciju
mRNA i tRNA koja donosi aminokiseline
u stanici postoji barem toliko razliitih molekula tRNA koliko ima kodona
mRNA klizi kroz ribosom u 5'-3' smjeru i ita se u tripletima baza koji se nazivaju kodoni
translacija zapoinje START kodonom na mRNA (AUG ili Metionin)
tRNA odgovarajueg antikodona donosi odgovarajuu aminokiselinu
u citoplazmi postoji enzim koji na molekulu tRNA s odgovarajuim antikodonom vee aminokiselinu
molekula rRNA omoguit e povezivanje nove aminokiseline s prethodnom u peptidnom lancu
translacija traje sve do STOP kodona (UAA, UAG, UGA), znaka za svretak translacije

 dio proteina sintetizira se u mitohondrijima koji u sebi imaju DNA, RNA i ribosome
DNA, RNA i ribosomi mogu se nai i u plastidima (kloroplasti, kromoplasti)
poslijetranslacijska preinaka
aperoni su proteini koji pomau smatanje polipeptida
jedna molekula mRNA moe sluiti za sintezu vie kopija istog proteina prolaskom kroz poliribosome ili polisome
poliribosomi ili polisomi su nakupine ribosoma
proirena definicija gena: gen je svaki dio DNA koji se prepisuje neovisno o tome sadri li uputu za aminokiseline
gene dijelimo na:
strukturalne gene koji kodiraju funkcionalne proteine (enzime, hormone, protutijela)
regulacijske gene koji slue za kontrolu aktivnosti drugih gena
molekule tRNA i rRNA sintetiziraju se direktno prepisivanjem iz DNA
geni koji kodiraju rRNA molekule dolaze u multiplim kopijama i kod eukariota su smjeteni u sekundarna utanjenja na
kromosomima

Oblici DNA (organizacija kromosoma):

nukleosom je osnovna jedinica spiralizacije DNA, dio DNA namotan oko 8 molekula histona (H2A, H2B, H3 i H4)
histoni su bazini proteini koji sudjeluju u spiralizaciji (kondenzaciji) molekule DNA (H1, H2A, H2B, H3 i H4)
nukleosomsko vlakno je niz nukleosoma meusobno povezanih DNA molekulom
kromatin (nukleoprotein, solenoidno vlakno) je srednji stupanj spiralizacije DNA, kompleks DNA i histona
kromosom je intaktna genetika jedinica nekog organizma nastala spiralizacijom kromatina oko nehistonskih proteina
prokariotski kromosom je kruna dvolanana molekula DNA (virusi, bakterije i organeli eukariotske stanice)
eukariotski kromosom je molekula DNA na maksimalnom stupnju spiralizacije oko histona
zavijanje DNA oko nukleosoma ini omjer skraenja 10 : 1
daljnjim savijanjem u kromatin postie se omjer skraenja 100 : 1
omjer duljine DNA i maksimalno kondenziranog kromosoma je 10 000 : 1
omjer irina DNA, nukleosoma i kromatina je 1 : 5 : 15
posebno obiljeje kromosoma je centromer za koji se na posebnom mjestu zahvaaju mikrotubuli (diobeno vreteno)
telomer je kraj kromosoma posebnih sljedova DNA koji omoguuju linearan ili tapiast oblik te njegovu stalnu duljinu
kromatin se moe mijenjati promjenom organizacije nukleosoma, to se naziva kromatinsko remodeliranje
to je primjer epigenetske promjene koja je nasljedna, ali ne utjee izravno na redoslijed nukleotida u DNA
gorostasni ili politeni kromosomi su homologni kromosomi koji se sparuju i viestruko udvostruuju
kariotip je skup svih kromosoma jedne stanice
kariogram je skup svih kromosoma jedne stanice sloenih prema veliini i poloaju centromera

Promjene DNA:
trajne promjene strukture genske upute nazivamo mutacije
somatske mutacije su mutacije u tjelesnim stanicama koje utjeu samo na dio tkiva
germinitivne mutacije su mutacije u spolnim stanicama koje se prenose na potomke i utjeu na varijabilnost
stopa ili uestalost mutacija izraava se kao broj mutacija na milijun gameta
imbenici koji utjeu na stopu mutacija su: veliina gena, genotip, temperatura, starenje i mutageni
promjene jednog para nukleotida nazivamo tokaste mutacije
supstitucija (zamjena): jedan par nukleotida zamijenjen drugim
srpasta anemija posljedica je supstitucije tripleta za aminokiselinu Glu i triplet za aminokiselinu Val
adicija (dodatak): par nukleotida ubaen u postojeu strukturu DNA
delecija (gubitak): par nukleotida izbaen je iz DNA
tokaste mutacije prema posljedicama na strukturu proteina:
zamjenska mutacija: uzrokuje zamjenu jedne aminokiseline drugom
srpasta anemija
besmislena mutacija: aminokiselina je zamijenjena STOP kodonom, sintetizira se krai nefunkcionalan protein
istoznana mutacija: struktura proteina ostaje ista zbog vie kombinacija nukleotida po aminokiselini

 adicija i delecija imaju vee posljedice zbog pomaka okvira itanja upute koja utjee na sve daljnje aminokiseline
ukoliko je rije o promjeni strukture jednog gena, govorimo o genskoj mutaciji
mutageni su razliiti fiziki (ionizirajua: X i zraenje; neionizirajua: UV zraenje) i kemijski (analozi baza,
alkilirajui spojevi, fenoli, pesticidi, azbest) imbenici koji uzrokuju oteenja molekule DNA
UV zraenje izaziva dimere timina i citozina (dvije susjedne molekule na jednom od lanaca DNA se poveu)
zraenja visoke energije mogu uzrokovati dvolanane lomove DNA zbog ega se gube dijelovi molekule
mutacije uzrokovane fizikim i kemijskim imbenicima nazivaju se inducirane (potaknute) mutacije
promjene u genskoj uputi uzrokovane biolokim procesima nazivaju se spontane mutacije

Kromosomske mutacije:
mutacije na kromosomu nazivaju se kromosomske anomalije ili aberacije
promjene strukture kromosoma nazivaju se strukturne mutacije
delecija: gubitak dijela kromosoma koji ne sadri centromeru (sindrom majeg plaa, delecija na 5. kromosomu)
duplikacija: udvostruenje dijela kromosoma vezivanjem otkinutog dijela na homologni kromosom
translokacija: vezivanje otkinutog dijela na nehomologni kromosom
reciprona translokacija: crossing-over nehomolognih kromosoma
inverzija: vezivanje otkinutog dijela na ishodini kromosom u obratnom smjeru
promjene broja kromosoma nazivaju se numerike mutacije:
najee su posljedica nepravilnog razdvajanja kromosoma ili sestrinskih kromatida u diobama
aneuploidija: promjena broja pojedinih kromosoma
Down sindrom: trisomija kromosoma 21
Edward sindrom: trisomija kromosoma 18
Patau sindrom: trisomija kromosoma 13
Turner sindrom: monosomija X0, enski spol
Klinefelter sindrom: trisomija XXY ili tetrasomija XXXY, muki spol
superene: trisomija XXX ili tetrasomija XXXX, enski spol
euploidija: promjena broja kompleta kromosoma
monoploidija ili haploidija: jednostruki set kromosoma
poliploidija: viestruki set kromosoma
aneuploid: organizam nastao iz stanice sa promijenjenim brojem kromosoma
euploid: organizam nastao iz stanice sa promjenjenim brojem kromosomskih kompleta
monoploid ili haploid (trutovi kod pela)
poliploid (ei kod biljaka)
poliploidi s neparnim brojem kromosomskih kompleta obino su sterilni zbog nemogunosti stvaranja bivalenata
kromatski mozaicizam: promjena broja kromosoma samo u nekim stanicama organizma (citogenetike kimere)