Professional Documents
Culture Documents
איאורגנית
איאורגנית
תוכ ענייני:
* מצגת :1עמ' 2
* מצגת :2עמ' 4
* מצגת :3עמ' 8
* מצגת :4עמ' 14
* מצגת :5עמ' 17
* מצגת :6עמ' 21
* מצגת :7עמ' 25
* מצגת :8עמ' 30
* מצגת :9עמ' 35
* מצגת :10עמ' 38
* מצגת :11עמ' 42
1
מצגת :1
* שקופית :4
מטאלו חלבוני מכילי מתכת.
מטאלו אנזימי /אנזימי מכילי מתכת
* שקופית :6
אורגנו מתכתית – יש קשר ישיר בי מתכת לפחמ.
– Cpציקלופנטאדיאניל
* שקופית :8
שני תחומי מרכזיי:
.1חלק טבעי במערכות ביולוגיות
.2סינתזה של תרכובות אי אורגניות בעלות תפקודי ביולוגית .אפשרות לתפקוד כתרופה.
* שקופית :11
המתכת יושבת על האתר הפעיל של החלבו.
תכונות המתכת מאפשרות מגוו תהליכי
* שקופית :12
האתר הפעיל הוא ברזל שקשור לפורפירי.
היחידה הזו שקשורה לברזל נקראת .heme
הברזל נמצא במצב +2ויש לו אתר פנוי לקשרית החמצ .הברזל הופ למצב חמצו .+3
* שקופית :13
שני אתרי ע יוני נחושת.
בתגובה ע חמצ הוא מגשר בי יוני הנחושת.
2
* שקופית :14
מתכות בתו חלבו שמעבירות אלקט' .האלקט' עובר באתר שבו מתקיי תהלי של חמצו חיזור.
מתכות בעלות שני מצבי חמצו יציבי היא אפשרית בתהליכי כאלו למשל ברזל ,נחושת וכו'.
קומפלקס של ברזל וגופרית שיושב על חלבו ומשמש להעברת אלקט'.
* שקופית :15
מתכת משפיעה על מבנה החלבו .מבנה החלבו חשוב מאוד לתפקידו.
ההשפעות על כל חלבו שונות.
* שקופית :16
נית לשחזר חלק מ התגובות האנזימיטיות במעבדה.
למשל הניטרוגנאז.
* שקופית :17
אנזי מזרז הידרוליזה
* שקופית :18
חמצו חיזור של שני אלקט'.
במולקולה nadיש חנק ע זוג לא קושר שמשמש אתר תוק /מקבל פרוטו.
* שקופית :19
מערכות שכוללות בד"כ יותר מיו מתכתי אחד.
* שקופית :20
קואנזימי עוזרי לאנזימי לבצע את פעולת.
הקשר Co-Rיכול להתפרק לראדיקלי.
* שקופית :22
חומצות גרעי בעלות מטע שלילי ויוני מתכות מתקשרות לאתרי אלו כדי לנטרל את המטע.
זוהי אינטראקציה לא ספציפית.
א יו מתקשר לצור פעולה מסוימת זהו קשר ספציפי.
* שקופית :23
יוני כלור מתלחפי במי וה מתקשרי ל.DNA /
3
מצגת :2
*שקופית :4
חומצות ובסיסי רכי וקשי:
כאשר מסתכלי על קומפלקסי והאינטראקציה בי מתכת לליגנד היא כמו חומצת לואיס ובסיס
לואיס.
מתכת – חומצת לואיס ליגנד – בסיס לואיס.
נית לסווג את יוני המתכת לפי קושי/רכות – יש מתכות לקושרות חזק יותר את הליגנדי.
חלקיק קשה :חלקיק קט קשה לקיטוב.
חלקיק ר :גדול ופולרי .הקשר הקוולנטי הוא קשר פשוט בי אלקט' .קשרי דיפול/דיפול נמצאי בי
קשר יוני לבי קשר קוולנטי.
חלקיקי רכי יוצרי קשרי יותר קוולנטי באופיי .קשי האופי הוא יוני.
מתכות קשות יצרו בהעדפה קשרי ע ליגנדי קשי ורכי ע רכי.
מצבי חמצו רבי למתכת יכולי לשות את הקושי של המתכת.
זה לא אומר שר לא יתחבר ע קשה.
חלבו שעליו יש קבוצות צדדיות והוא רוצה לקשור מתכת אזי ההעדפה תהייה לפי הליגנדי שעל
החלבו.
*שקופית :5
חלבו זה מטאלותיוני – קושר יוני עופרת קדמיו וכספית.
צסטאי – CH2SHהיא הקבוצה הצדדית .היא מופיעה הרבה בחלבו זה.
לפי הטבלה כל היוני האלו ה מתכות רכות וג הגופרית היא רכה .יש התאמה בי החלבו שקושר
בי מתכות רכות לליגנדות רכות.
*שקופית :6
האפקט הקלאט – לגינד פולידנטטית תקשר למתכת בהעדפה על מס ליגנדי מונו דנטיי.
סיבת היציבות היא אנטרופיה .בביולוגיה כל קושרי המתכות ה בד"כ קלאטיות.
קישור לחלבו של יו מתכת משחרר מולקולות מי.
EDTAכולאת מתכות טובה מאוד ומשמשת להיפטר ממתכות או להוציאו ממטאלו/חלבו.
*שקופית :8
אלמנט נוס שמשפיע על הקישור – בשורה הראשונה של המתכות יש את מירב היוני הנפוצי
בביולוגיה.
4
כאשר יוני אלו בדרגת +2הרדיוס קט לאור ימי השורה .יש קורלציה בי הרדיוס לחוזק
האינטראקציה.
חוזק הקשר בי אלו עולה ככל שמתקדמי ימינה.
*שקופית :9
כאשר יש מולקולה שמשחררת פרוטו היא תוכל להתקשר למתכת.
pKaיורד א האניו הנגדי של חומצה נקשר למתכת.
*שקופית :11
יחידות שמדשרות בי אטומי מתכת
ליחידה ע מי נקראת אקווה.
מיו )האות היוונית(– מציי שיש גישור.
המעבר בי גישור אד לשני הוא ע"י דה/פרוטונציה .מתכות שיכולות לעבור חמצו/חיזור מבצעות
התאמה של מטע ע כל יציאת פרוטו.
*שקופית :12
חלבוני רבי דורשי מעברי אלקט' .צרי התאמה בי פוטנציאל החימזור של החלבו לבי פוטנציא
הפעולה.
לנחושת שני מצבי חמצו יציבי והיא יכולה לעבור חמצו/חיזור בקלות.
נחשות במצב Td – 1+
נחושת במצב / +2מרובע פלנרי.
כל מה שיעודד גיאומטריה של Tdיביא ליצירת נחושת +1וכו'.
Rיותר גדול יותר הפרעה סטרית .יש עיוות במישורית .יש דחיפה לכיוו טטרהדר .לכ המעבר בי +2
ל +1 /יהיה מועד .פוטנציאל החיזור יהיה גבוה יותר.
אפקטי סטריי משפיעי על פוט' החיזור.
גור נוס:
Xמשתנה – Xהוא ליגנד שתלוי בחוזקו )ר/חזק( .חמצ קשה יותר ולכ יקשור את ה +2 /שהוא חזק
יותר.
*שקופית :14
לא רק הליגנדי הקשורי למתכת משפיעי אלא ג ליגנדי אחרי
5
*שקופית :15
במערכות חיות יש ריאקציות מהירות מאוד ויש חשיבות למערכות לביליות .מערכת שיוצרת ושוברת
קשרי במהירות .לעומת מערכת אינרטית.
מוצאי שמתכות לביליות ה מתכות שנפוצות במערכות ביולוגיות.
מתכות אלו ה בעיקר מהשורה הראשונה.
*שקופית :16
פלטינה מתכת אינרטית והיא לא נמצאת באופ טבעי בגו.
נית לנצל זאת ע"י קישור של קומפלקס פלטינה שנקשר חזק לבסיסי DNAוהופ אותו לאינרטי.
*שקופית :17
ישנ מצבי שהקשרי ה פחות לבילי.
ביחידת ה לביליות של ברזל יורדת .העמדות האקסיאליות בפורפירי הופכי ליותר לבילי בעמדות
אלו.
וכ בהמוגלובי קישור החמצ נעשה בעמדות אלו.
במערכות מסוימות יש מתכת קבורה בתו החלבו ואז קשה להגיע אליה .זה מוריד את הלביליות של
המתכת.
*שקופית :18
שני מנגנוני:
אסוציאטיבי – חילו ליגנדי דמוי .SN2בעיקר במתכות בעלות מס' קואורדינציה נמו.
דיסוציאטיבי – מחליפי ליגנדי דמוי .SN1בעיקר מתכות בעלות מס קואורדינציה גבוה.
*שקופית :19
שני סוגי של מנגנו
– Inner sphereגישור ע"י ליגנד והמעבר דר המגשר.
*שקופית :20
– Outer shpereאי גישור אלא מעבר שמתרחש דר מולקולות קרובות ,למשל ממס.
במערכות ביולוגיות ה חו %ספריי.
זאת מכיוו שהמתכת מוקפת במולקולות ענק של החלבו ולכ יש עדיפות למנגנו זה.
*שקופית :21
לאשלג יש אורביטלי dרלוונטיי אבל אי לו אלקט'.
6
מוליבד הוא מתכת נפוצה בביולוגיה יש לה הרבה מצבי חמצו והיא יכולה לקחת חלק בתהליכי
חמצו/חיזור מרובי אלקט'.
אב %היא אינה חימזורית .היא יוצרת רמה מלאה והיא תמיד .+2לוקחת חלק בתגובות שלא משנות
את מצב החמצו שלה.
*שקופית :28
פיצול השדה חשוב במערכות ביולוגיות.
מתקבל כאשר יש הסרה של ניוו של אורביטלי .d
האורביטלי שנמצאי על הצירי יוצרי דחייה ע הליגנדי ולכ אורביטלי אלו יהיו באנ' גבוהה
יותר לאכלוס.
פיצול זה עוזר בכ שא אנו יודעי מצב חמצו של מתכת ומדידות הראו שהקומפלקס הואדיאמגנטי
נדע מהו סוג הפיצול.
*שקופית :30
אכלוס אלקט' של ניקל לפי הצורות השונות.
*שקופית :33
העיקרו של זירוז תגובה כימית הוא תפקיד חשוב של מתכת.
קישור של ליגנד למתכת מאפשר לתגובה כימית להתרחש באופ מהיר יותר.
למשל הורדת .pKaהמתכת סופגת את המטע השלילי.
דוגמה נוספת – הידרוליזה.
קישור של החמצ למתכת יוצר משיכת אלקט' וזה מזרז את ההתקפה של הנוקליאופיל.
*שקופית :34
זירוז יכול להיעשות ע"י אפקט התבנית:
עוזר ליצור תרכובות טבעתיות
האב %אוס את הליגנדי ואז יש קרבה כדי לקבל תגובת דחיסה בי האלדהיד לאמי.
כדי לסנתז פורפירי משתמי במתכת שנית להוציאה בקלות.
*שקופית :35
קומפלקסי של מולקולות קטנות שנעשי על מנת ליצר מודל של אתר פעולה של חלבו.
זה טוב ל:
.1ללמוד על החלבו .נית להשוות בי כמה איזומרי וכו'.
.2ללמוד על המנגנו ולנסות לחקות אותו.
השיטה המרכזית ליצירת מודל היא לקחת מתכת וליגנדי וליצור אות.
7
מצגת :3
*שקופית :4
ציטופלאסמה – המרווח שבתו התא .נמצא בסביבה מימית.
*שקופית :5
חלבו – חומצות אמי שקשורות אחת לשנייה.
מספור החלבו נעשה מהקצה אמיני.
*שקופית :6
20חומצות .מורכבת מפחמ מרכזי קשור למימ ,קרבוקסיל ,אמי וקב' נוספת שמשתנה מחומצה
לחומצה.
חומצה אמינית פשוטה – גליצי .בעל שני מימני.
הפחמ המרכזי כיראלי ובעיקר בקונ' S
הקב' הרביעית יכולה להיות הידרופובית כמו מתיל או שיירי אורגני אחרי .ה תורמי
להידרופוביות של החומצה.
יש קב' בעלות דיפול שבה יש קב' כמו OHוכו' .קב' אלו הידרופיליות.
יש קב' שיכולות ליצור קשרי יוני למשל גלוטאמאט.
יש לכל אחת סימו של שלוש אותיות .בשני האחרונות ה קיבלו ש של אות אחת.
*שקופית :7
יש חומצות טעונות ויש מצב נטרלי .הכול תלוי ב .pKa /בpH /מסוי נית למצוא יוני או ניטרליות.
*שקופית :8
החומצות יוצרות את הקשר הפפטידי:
פפטיד – חלבו קט.
ע"י קשר אמידי – חומצה קרבוק' ע אמי.
בסו כל חלבו יהיו קצה אמיני וקצה קרבוק'
לקצה האמיני קוראי /Nטרמינוס
לקצה הקרבו' – Cטרמינוס.
קשר פפטידי/אמידי בעל רזוננס והוא יחסית מישורי.
*שקופית :9
כל חומצה בעלת שייר רב אטומי יכולה להתקשר למתכת כליגנד.
הוא יכול להיות ג מגשר בי מתכות.
8
*שקופית :10
קשרי נוספי שיכולי להיות.
*שקופית :11
קישור אפשרי נוס יכול להתבצע דר הקצוות של החלבו )האמי והקרבו'( וג חנק של קשר אמידי
אחרי דה/פרוטונציה.
*שקופית :12
כל פעילות של חלבו תלויה במבנהו התלת מימדי.
המבנה תלוי ברצ החומצות המרכיבות את החלבו.
נהוג לפרק לרמות:
מבנה ראשוני – שורת החומצות שמרכיבות את החלבו.
*שקופית :13
מבנה שניוני – הקונפורמציה המקומית של איזור בחלבו שכולל בד"כ תבניות ספציפיות של קשרי
מימ.
הסוגי הכי נפוצי – סליל אלפא – חלק מ החלבו מסתדר כסליל ע"י יצירת קשרי מימ פנימיי.
קונפורמציה אחרת – יריעת בטה – beta sheetקשרי מימ שי שתי שרשראות חלבו.
יש שני סוגי יריעות – מקבילה )קשרי מימ בי שרשראות שהולכות לאותו כיוו ,אי לקרבוקסיל(
ואנטי מקבילה )יותר נפוצה ,החלבוני הפוכי אחד לשני(.
קשרי גופרית נוצרי בד"כ א יש שתי חומצות ציסטאי
*שקופית :14
המבנה השלישוני – התלת מימד בו מסתדר החלבו.
*שקופית :15
מבנה זה מתאר ארגו של מספר יחידות חלבו שיוצרות מארז חלבוני של.
מספר יחידות יוצרות תת/יחידה שביחד יוצרות תא יחידה.
*שקופית :16
מהי תלות הקיפול –
יש חלבוני קושרי מתכות שהתלות במתכת היא רבה מאוד לקביעת המבנה )בעיקר המבנה
השלישוני(.
בלי המתכת יתקבל מבנה אחר לגמרי.
9
יש חלבוני בה המתכת לא משפיעה על המבנה.
*שקופית :17
א יודעי מבנה ראשוני הא נית לדעת מבנה שלישוני ואיזה איזור יקשור את המתכת:
לא נית לקבוע זאת בוודאות .לעיתי נית להסיק שרצ מסוי יכול להתקפל למבנה מסוי ואולי
לשער מכא מה יהיה.
החלבו בתמונה ורצ חומצות האמינו שלו מכיל הרבה ציסטאי.
חלבו זה קושר ברזל דר 4ציסטאיני ולכ א יש שני אתרי של 4ציסטאיני נית לקשור שני יוני
ברזל .א רק שלושה מאיזור אחד ואחד מהשני קושרי ברזל אחד והשני נקשר מ האחרי.
*שקופית :18
חומצת הגרעי – DNAפולימר של נוקלאוטידי.
כל נוקליאוטיד קשור לבסיס מסויי והוא קובע את רצ חומצות האמינו בחלבו.
*שקופית :19
יש סליל של DNAשמתורגי ל.RNA /
לפרוקריוטי
*שקופית :20
לאאוקריוטי יש מקטעי שלא מובילי לחלבו.
אקסו – יחידות שמובילות לחלבו
אינטרו – רצ מיותר
*שקופית :21
נית ע"י שיבוט להגיע למקטעי DNAמענייני.
ע"י סינתוז ה DNA /נית לסנתז חלבו.
*שקופית :22
דוגמא לשיבוט גני –
10
את השרשרת מחלקי למס קטעי וכ נית לראות איזה חלק מייצר את החלבו.
*שקופית :23
נית להחלי חומצה אמינית אחת באחרת וכ נית לחקור תופעה של החלפות חומצות.
מספר – חומצה – מספר – ההחלפה של החומצה הראשונה במיקו המספרי בשרשרת בחומצה
השנייה.
*שקופית :25
DNAו RNA /ה פולימרי של נוקליאוטידי.
נוקלאוטיד הוא סוכר שמחובר לבסיס ופוספאט.
נוקליאוזיד – סוכר ע פוספאט
ההבדל בי DNAל – RNA /בסוג הבסיסי ומבנה – DNA .דו גדילי לעומת חד גדילי.
במקרה של יותר מפוספאט אחד
*שקופית :26
בניגוד לחלבוני שבה הקשקר הפפטידי מישורי – כא אי בהכרח מישוריות אלא מגוו
קונפורמציות.
מבנה זה משפיע בעיקר על RNAכי הוא יותר נתו לשינויי.
*שקופית :27
ישנ ארבעה בסיסי .שלושה משותפי עבור DNAו RNA /ואחד שונה.
פרימידיני – מכילי טבעת אחת.
תימי – רק ב.DNA /
פוריני – מכילי שתי טבעות.
*שקופית :28
מבנה דו גדילי נוצר ע"י קשרי מימ .יצירת מאוד ספציפי
קשרי הוגשטיי – פחות נפוצי .מכילי קשרי מימ ע חנק.
*שקופית :29
מספר סוגי של DNAהשוני בתכונות שונות שלה למשל המרווחי וכו'.
המבנה המרכזי הוא .B- DNA
*שקופית :30
11
שעתוק – מעתיק את ה.DNA /
שליח – מעביר את המידע לריבוזו – היחידה שבה מתבצע התרגו של DNAלחלבו.
מעביר – קשור אימנו ומעביר לריבוזו
ריבוזיי – משמש לזירוז תגובות .מכיל מתכת.
*שקופית :31
ג ב RNA /יש חשיבות למבנה שלישוני מבחינת התפקוד
*שקופית :32
חנקני נוקליאופילי או חמצני
בפוריני 7 Nהוא הפעיל ביותר.
*שקופית :34
חמצני ופוספאטי ה ליגנדי קשי ולכ יתקשרו למתכות קשות.
*שקופית :35
מולקולת אנרגייה.
קישור זה נמצא הרבה בטבע .הוא מקל על פירוק הקשר P/O/Pבמולקולה.
מגנזיו מתכת קשה והיא נקשרת לחמצני.
*שקופית :36
קומפלקס ע קדמיו שנקשר דר .7 N
קדמיו מתכת רכה.
*שקופית :37
קישוריות למתכת מוביל לריאקציה של פירוק ה RNA /וכו'.
*שקופית :39
כרומוזו מכיל מידע גנטי .מכיל סליל ארו מאוד של .DNA
*שקופית :40
נראה כמו שרשרת חרוזי שכל חרוז מכיל 8יחידות איסטו שעטו במקטע .DNA
בי היחידות יש מקטע נוס של .DNA
12
*שקופית :41
חומצות גרעי מכילות גופרית ולא חמצ נמצאו ג.
גופרית רכה יותר מחמצ ולכ תקשור מתכות אחרות.
נית לנצל זאת לקביעת מבני וכו'.
*שקופית :43
יחידות אורגניות שה לא יחידות גרעי ולא חומצות אמי.
כלורופיל מכיל יו מגנזיו
*שקופית :44
B12מכיל חומצה פרוסתתית )שאינה אמינית(
*שקופית :45
פעילותה מתאפשרת ע"י יצירת קומפלקסי ע מתכות
זוהי תרכובת טבעית נגד פעילות סרטנית.
*שקופית :47
תרכובת אורגנית – מקל על קליטת ברזל.
13
מצגת :4
*שקופית :4
שיטת מדידה נקבעת לפי מצבי אלקטרוניי שוני.
מקריני באור בעל תדירות או שהוא יתפזר או שהוא יבלע.
*שקופית :5
צרי להתאי שיטת מדידה למהירות הריאקציה.
*שקופית :7
קרני – Xאור גל של בער אנגסטר .אנ' שלה גבוהה מאוד מתאמי לבדיקת מבנה מולקולרי.
*שקופית :8
מתבסס על הקרנה של גביש.
קר אור פוגעת ומוחזרת.
חייבי שיהיה גביש בעל מבנה מסודר )מרחקי זהי וכו'(
מרחקי אלו מענייני אותנו כמוכ זוויות הקשר.
קר פגועת באטו בשכבה .מוחזרת .אור הקשר יינת ע"י מס' של של אורכי גל .הזווית תנת ע"י
גילוי השבירה של האור.
שיטה טובה לקביעת מבנה של תרכובות קטנות ,דיוק גבוה מאוד .נפוצה ג בחלבוני .הדיוק
במולקולות גדולות קט יותר.
אטומי כבדי עוזרי לפתרו המבנה .זאת בגלל צפיפות האלקט' הגדולה בה.
חסרו – סובל מסוביקטיביות.
*שקופית :9
למטה – מפת צפיפות אלקט' .מיפוי זה נעשה לא באופ מדויק והוא נתו לטעות בפענוח.
*שקופית :10
תרכובות מישוריות )בעיקר ארומטיות( יכולות להכנס בי קשרי המימ של ה.DNA /
לאלו קוראי אינטר/קלאטורי.
מערכות יכולות להיות אורגניות ואי אורגניות.
לפי המתכת הכבדה ) (Ptהיה נית לפענח את המבנה.
*שקופית :11
בליעה בניגוד לשבירה:
האנ' שלה מסוגלת לעורר אלקט' לאורביטלי גבוהי באנ'.
14
נית לקבל מידע על האטו עצמו ועל שכניו.
חסרו גדול – פחות מדויקת.
יתרו – אי קשר למצב צבירה של החומר.
*שקופית :12
NMRוEPR /
יש חלקיק ע מומנט מגנטי שנמצא בשדה מגנטי אזי יהיה לו מומנט מגנטי ע כיוו השדה או נגדו.
/NMRמודדי מימ.
– EPRעבור אלקט' .אותו עקרו של שיטה רק מודדי הפרשי רמות בי אלקט'.
*שקופית :13
אלקט' לא מזווג הוא בעל ספי ולכ נית למדוד אותו.
משינוי שדה או אנ' בשדה קבוע נת לקבוע את הספי.
*שקופית :14
ברזל ונחושת נפוצי מאוד לבדיקה ב.EPR /
*שקופית :16
כל רדיקל נית למדידה ב.EPR /
סופר אוקסיד אניו – מזיק .נית לעקוב אחריו
*שקופית :18
דו/מימדית בודקת השפעה על שכני.
בעייה ע תרכובת פאראמגנטית .הספי מתערב ויוצר ספקטרו רווי .דר להתגבר – החלפת המתכת
במתכת דיאמגנטית.
הרזולוציה יחסית נמוכה )= טובה(.
*שקופית :19
כל גרעי ע ספי שונה מ 0 /והוא בעל מס' אי זוגי של חצאי ספי יכול לעבור .NMR
שכיחות נמוכה של איזוטופי מחייבת .1 :העשרה של האיזוטופ .2ריכוז גבוה של תמיסה.
*שקופית :20
שימוש בקרני גאמא – אנ' גבוהה ביותר .נותנות ימוש בשיטת מוסבאואר.
מאפשרת לראות שינויי בתו הגרעי.
15
*שקופית :21
מוגבלת מאוד.
א ורק ברזל!!
בליעת האנ' נותנת מידע על מצב חמצו ,סוג ליגנדי וכו'.
*שקופית :22
UVונראה – מעבר אלקט' בי רמות
– IRמעברי ויברציוני בתו המולקולה.
*שקופית :23
מעברי שקשורי לליגנד – מעבר אלקט' בתו הליגנד
מעברי שקשורי במתכת – מעבר אלקט' בתו המתכת
מעברי שקשורי במעבר מע בי מתכת לליגנד.
*שקופית :24
נפוצות בכימיה אורגנית
ראמ נות מידע על ליגנדות ועל קומפלקסי ביניי
*שקופית :25
– CDבליעה של אור מקוטב ע"י אננטיומרי .הספקטרו יכול לקבל ער שלילי או חיובי לפי
האננטיומר.
מראה מעברי אלקט'
שיטה נפוצה לקביעת מבנה שניוני של חבלו.
– MCDבליעה של כל מולקולה בהפעלת שדה מגנטי.
*שקופית :26
נית למדוד את המומנט המגנטי ולהסיק על מצב האלקט'.
צימוד מגנטי – שני אוטמי מגושרי ולכל אחד מה אלקט' לא מזווגי .הספי של שניה יכול
להגביר אחד את השני א שניה לאותו הכיוו או לקזז אחד את השני א הספיני הפוכי.
צימוד מקזז נקרא אנטי פרו/מגנטי.
צימוד בונה – פרו/מגנטי.
שני אלו נמדדי בערכי של .J
מערכת מצומדת )ע מס' אי זוגי של אלקט'( באנטי תהייה בסה"כ דיאמגנטית ולכ לא יהיה לה
.EPRההיפ א ס' האלקט' זוגי.
16
מצגת :5
*שקופית :5
הנפוצי ביותר נמצאי בריכוזי הגבוה ביותר
נתר ואשלג מופיעי ג כממויימי וג כקומפלקס למשל מנטרלי אתרי שליליי בחומצות גרעי.
יוני מתכות המעבר הנפוצי – ברזל נחושת ואב.%
הסיבה העיקרית היא הלביליות של המתכות האלו .ה יוצרות קישורי מהירי והתארגנות מרכז
מתכתי מהיר.
סיבה נוספת – שכיחות באטמוספירה
*שקופית :7
יש מתכות שיכולות לבצע תפקידי דומי ואז תועד זו השכיחה יותר
*שקופית :8
דרכי בה יו נכנס:
דיפוזיה – א ריכוזו גבוה בחו%
תעלות יוניות
ליגנדי קלאטי – מיקרואורגניזמי מפרישי תרכבות קלאטית שעובר את הממברנה קולט את
היו ומעביר אותו פנימה בדיפוזיה או ע"י רצפטורי
משאבות – חלבו המאפשר כניסת יוני בניגוד למפל ריכוזי .זוהי השקעת אנ' ולכ היא מלווה
בראיקציה שנותנת אנ'.
אחרי הכניסה – יכול להשאר כיו יכול להתקמפלקס או להקשר דר ליגנדי למבנה ענק כצבר.
*שקופית :9
חלבוני שיושבי על ממברנה של התא )שומנית(
החלבו יושב עליה ומאפשר חדירה של היו דר התעלה.
התעלה בנויה כ שהיא יכולה להתחבר ע היו בשכבה הפנימית וע הממברנה בשכבה החיצונית.
*שקופית :10
דוגמה להעברת יוני ברזל:
באמצעות קלאטי
סיידרופורי – תרכובת אורגנית שיוצרת קלאט חזק ע ברזל.
17
כשאר לקחו את aוקימפלקסו אותו ע ברזל מצאו שיש דמיו לטריקאטאחול.
הקישור מתבצע דר הקאטאחול )שתי קבוצות OHבבנז(.
הקומפלקס חזק מאוד.
יש שלושה מרכזי כיראליי Sוכאשר יוצרי קומפלקס ע ברזל יש מרכז כיראלי נוס .נוצר C3
נית יהיה לקבל דיאסטריומרי בתערובת.
*שקופית :11
דוגמא לכיראליות כאשר הכרו מחלי את הברזל ודומה לו.
*שקופית :12
בספקטרו זה בדקו את שני הקומפלקסי של הכרו ועשו ספקטרו CDמצאו שאחד
האננטימורי בולע חיובית והשני שלילית.
*שקופית :13
החיידק מפריש את החומר שמקמפלקס את הברזל – סיידרופור ואז הרצפטור מזהה את הקומפקלס
ומחזיר אותו במשאבה.
חוזר ע רצפטור .רצפטור מזהה קבוצה פונק' והוא זה
*שקופית :14
כאשר לקחו קטאטחול ע רדיו הוא לא מעכב צריכת ברזל.
כאשר לקחו ליגנד דומה רק ע אמיד מצאו שקומפלקס ע רודיו כ מעכב את צריכת הברזל.
כ מצאו שיש יחידה שמזהה את התרכובת המתכתית.
המולקולה הימינית למטה יכולה להחלי את הטבעית.
*שקופית :15
החלק האסטרי מאפשרת את שחרור הברזל א זה לא נכו כי הטבעת הארומטית שבתחלי ג היא
מעבירה את הברזל.
*שקופית :16
תעלה שמזהה אניוני .כלומר חומצות האמי הפנימיות בעלות מטע חיובי.
התהלי הזה מוביל לרעילות
18
האניו נכנס דר תעלה ומאפשרת חדירה .כאשר הוא נכנס לתא הוא עובר חיזור תו תאי למשל ע
גלוטאטיו .הכרו יורד למצב חמצו 5ואז הוא מתקמפלקס ע DNAועובר ל /מצחב חמצו .3אז
יש בעייה של יציאה מחו %לתא.
בעייה זו יכולה לגרו לתא סרטני.
רעילות של חומר תלויה ביכולת ההחדרה של היו לתא.
*שקופית :18
תרכובת זו ציס/פלאטי קומפלקס שמוחדר באמצעות הזרקה למערכת הד .הוא נשאר בצורתו
המקורית ש.
כאשר הוא מגיע לתאי הוא יכול לחדור בדיפוזיה לתא .ריכוז יוני Clנמו יותר ויש חילופי ליגנדי
לליגנדי מי .התרכובות האלו ה פעילות .מקבליפ קישור של הפלטינה לבסיסי ה DNA /ומעכבת
גדילה של תאי סרט.
*שקופית :21
סוג הצברי הנפו – %צברי ברזל/גופרית לצור העברת אלקט' .לברזל יש שני מצבי חמצו והוא יכול
להעביר אלקט' לעבר תהליכי חמצו/חיזור.
4חברי במשפחה:
– 2Fe-2Sשני אטומי ברזל שמגשרי בינה שני אטומי ברזל .הצבר הזה הוא אתר הפעיל של חלבו
שמתאשר בקישור לציסטאי .ה S /לא מתייחס לגופרית שעל הציסטאי.
1Fe-0Sקשור לארבעה אטומי הגופרית של החלבו
– EPRכאמור ,ספקטרו שמודד אלקט' בלתי מזווגי.
*שקופית :22
איזור המתכת קרוב מאוד לשטח החלבו .זה אופייני למתכת מעבירה אלקט'.
*שקופית :24
דוגמא למצב בו הקריסטלוגרפיה טעתה לגבי מבנה מרחבי.
*שקופית :28
כדי לחקור מרכז מתכתי מסנתזי מרכז סינטתי .לא קל לכוו את הברזל ע הגופרית.
לעיתי נית לקבל פולימר .לעיתי נקבל מערכת בי/סולפיד וכו'.
19
*שקופית :29
ברגע שעשינו מודל חוקרי כימיה:
במקרי מסויימי נית לקבל חילופי ליגנדי
נציי מונחי:
הולופרוטי – חלבו ע המתכת.
אפופרוטי – חלבו בלי המתכת.
*שקופית :30
החמצ יכול ג הוא לגשר
*שקופית :31
חלבו זה תפקידו לאגור ברזל לשעת חירו.
החלבו מתאי את עצמו לשמירה זו.
הצברי מכילי שתי תעלות – הידרופוביות והידרופיליות
התעלה ההידרופילית מאפשרת מעברי כאלו.
*שקופית :32
מודל זה הוא סינתטי
*שקופית :36
אוקסו טרנספר – העברת יחידת אוקסו.
*שקופית :37
למוליבד מספר מצבי חמצו יציבי ולכ יכול לשמש מתכת לתגובת חמצו/חיזור
*שקופית :38
צברי של מוליבד וברזל – מופיעי בניטרוגנאז.
ההשערה היא שהחנק נקשר לברזל ולא ומוליבד.
מנגנו לא ברור.
20
מצגת :6
*שקופית :4
מתכת בעלת תפקיד ביולוגי – תא לא יוכל לתפקד בלעדיה.
ככל שהריכוז עולה יש עליה בתפקוד התא .א הריכוז הוא מעבר לתחו הקריטי אז האפקט נהפ
לרעילות.
הרעילות נובעת ממספר סיבות כמו תחרות על אתרי קישור וכו'.
הומאוסתזיס – שמירה על גבולות ריכוז.
היוני שאינ פעילי בביולוגיה רעילי בכל ריכוז.
יש מערכות שמצליחות להיפטר מריכוזי נמוכי – תהלי זה נקרא דה/טוקסיפיקציה.
*שקופית :5
דוגמא למתכת הכרחית – ברזל.
המערכת הביולוגית לא יכולה להתקיי בלי ברזל
עוד ברזל נובע מתקלה
יכול להביא לחמצו ,יצירת רדיקלי חמצ
את הברזל נית לקמפלקס ע"י קלאט ע הליגנד הנ"ל משמאל.
*שקופית :6
פלטינה רעילה .אינרטית יוצרת קשרי חזקי ע .DNA
כאשר מדובר בסרט היא תרופה .הפלטינה הורסת את תאי הסרט.
פלדיו לבילי יותר מפלטינה .לא משתמשי בקומפלקסי פלידו מכיוו שה לבילי
*שקופית :7
כיצד מגיע ברזל לתאי יונקי:
ע"י אוכל .למשל אבוקדו .הברזל מובל במחזור הד אל תהאי ע"י חלבו טרנספרי .הוא קושר ברזל
לאתר פעיל ומעביר אותו.
כל חלבו קושר שני יוני ברזל.
*שקופית :8
החלבו משנה את עצמו כאשר הוא קושר את הברזל .יש קישור ג של יו קרבונט.
קישור הברזל מקל על קישור הקרבונט ולהיפ.
*שקופית :9
הברזל קשור בי/דנטטית לקרבונט.
21
הברזל אוקטהדרלי.
יו הקרבונט יוצר קשרי מימ
ומה שמחזיק את המערכת הוא הקשר ברזל קרבונט.
*שקופית :10
הטרנספרי מוביל ומגיע לתא .הברזל נכנס לתא ע"י רצפטורי.
רצפטור הוא חלבו שיושב מחו %לתא ומזהה טרנספרי שקשור לברזל.
חלק מ הממברנה נכנס ע הרצפטור והחלבו ויוצר אברו תו תאי .זה נקרא אנדוזו.
אח"כ יש משאבת פרוטוני .יש ירידת pHהלגיגנדי עוברי פרוטונציה ואז הברזל משתחרר.
*שקופית :11
החלבו פריטי מאפשר להתמודד ע ריכוזי ברזל שוני .הוא זה שישמור ברזל עוד.
מצבי התרגו של DNAל RNA /תלוי בריכוז החלבו המיועד.
*שקופית :12
אי מתבעת הרגולציה:
היא מתרחשת בשלב תרגו הDNA /ל .RNA /אי?
מצד שמאל – תיאור של מסנג'ר .RNAישנו לופ של מס' בסיסי שונ שנקראי iron responsive
.elemnt
הקישור תלוי בריכוז של יוני הברזל.
הקישור מונע את יצירת החלבו.
מצד ימי – טרנספרי רצפטור – קישור מונע פירוק של מסנג'ר .RNA
בריכוז גבוה יש קישור של ברזל לאתר IRE-BP
*שקופית :14
באנזי זה יש מעבר בי הצברי של ברזל וגופרית.
ג כא יש שינוי במבנה
*שקופית :15
בקטריה זו קולטת תרכובות כספית ובשני שלבי היא הופבת אות לכספית מתכתית
לכספית יש אפיניות גבוהה מאוד לגופרית .בגלל ששתיה רכות.
הבקטריה נקשרת לכספית
מערכת הסילוק מוכרבת משני אנזימי
22
*שקופית :18
פוטנציאל שנוצר מיו מסוי מבוטא ע"י משוואת נרנסט.
כ למשל נובע שריכוז נתר מחו %לתא גדול מבפני התא.
ההיפ הוא ע אשלג.
ריכוז כלור גבוה מחו %לתא מאפשר הימצאות של ציס/פלאטי ע ליגנדי כלור .ברגע שהוא נכנס לתא
הכור יוצא ומוחל במי.
*שקופית :19
זר שיעבור בתעלה יונית הוא לפי חוק אוה
*שקופית :21
חלבו זה מאפשר שמירה על ריכוזי יוני נתר אשלג גבוהי בכל צד של הממברנה.
החלבו הזה קושר שלושה יוני נתר לאחר מכ ה ATP /מתפרק ומשנה את מבנהו וכ פונה החוצה,
משחרר את הנתר ,קושר אשלג ,פונה חזרה לתו התא ומשחרר אות.
*שקופית :22
תעלת יוני זו נקראת אצטיל/כולי רצפטור.
חלבו זה יושב על הממברנה בעל חמש תתי/יחידה .שתי תתי יחידה זהות וכל תת כזו קושרת אצטיל/
כולי אחד.
תעלה זו תכלול קצוות הידרופיליות בתוכה.
תעלת יוני זו אינה סלקטיבית .מעבירה קטיוני.
*שקופית :23
תא העצב נמצא ליד תא המקבל מידע ממנו.
על הממברנה יושבי הרצפטורי .לתא העצב יש בועות ע אצטיל/כולי.
הוא משוחרר ויוצר קומפלקס ע הרצפטור .התעלה נפתחת ויש זרימה של יוני לתו התא.
*שקופית :25
חשיפה ממושכת לאצטיל/כולי יכול להביא לאי פעילות של הרצפטור.
*שקופית :26
תעלות נתר נוספות ,ספציפיות לנתר מושפעות משינוי הפוטנציאל .תעלות לאשלג מתנהגות דומה
א לאט יותר.
תהלי של העברת הסיגנל – יש שחרור
23
זרימה של נתר פנימה הורסת את הפרש המטעני בתו התא .שינוי זה גור לתעלות ספציפיות
לנתר להכנס .כ זה יכול להתפשט ולהתרחב.
לאחר מכ נפתחות תעלות האשלג.
*שקופית :29
מבנה תעלות הנתר לא ממש ידוע .בנויות משתי תתי/יחידה .בכל תת יחידה יש שישה גדילי
הולכה יורדת ע ירידה של .pH
24
מצגת :7
*שקופית :4
המבנה הוא בעל תפקיד .יש התאמה בי תפקיד למבנה.
יוני מתכות משפיעי על מבנה וכ על התפקיד.
יש הרבה חלבוני המבנה שלה עוזר באינטראקציות .בעיקר מבנה שלישוני.
יש הבדל בי קישור לחומצות גרעי לבי קישור לחלבו.
*שקופית :5
חלבוני שמבניה תלוי במבנה מתכות:
אנזי שנקרא אספרטט – מזרז את התגובה הכימית שבשק .תגובה זו מתרחשת בשלב הראשו של
ביו סינתזה של פירמידי.
אנזי זה נמצא בבקרה אלוסטרית .כאשר יש אתר פעיל שמבצע את הכימיה ואתר פעיל נוס שקושר
מעכב או מזרז.
האינטראקציה באיזורי אלו משפיעה על יציאה לפועל של התגובה.
במקרה זה נמצא שא מוסיפי את תוצר התגובה יש עיכוב ומולקולת ATPהיא זרז.
אדנוזי מכיל יותר פוריני ולכ צרי יותר פירמידיני.
יש שני מצבי רבעוניי – מצב אחד בעל אפיניות גבוהה ומצב שני אפיניות נמוכה לסובסטרט.
*שקופית :6
צורה סכמטית לתיאור המבנה 12 .תתי יחידות.
6יחידות קשורות לבקרה )אפור ,מופיעי כשלושה דימרי( ו 6 /לאתר הקטליטי )בורוד ,מופיעי
כשני טרימרי(.
בשחור האיזור שקושר מעכב/זרז.
משולש – איזורי היחידות הקטליטיות אליה נקשר המגיב.
חלבו זה קושר שישה יוני אב .%יוני אלו נקשרי לאתרי הבקרה .הוא נקשר דר ליגנדי
ציסטאיני.
נוכחותו הכרחית בכדי לשמור על המבנה של יחידות הבקרה והכימיות ביחד.
חוסרו של אב %הביא לקריסה כללית של המבנה.
*שקופית :7
דוגמא נוספת לחלבו מושפע:
משפחת חלבוני אצבעות אב .%חלבוני אלו – תפקיד להקשר לחומצות גרעי ולהשפיע על ביטוי
הגני.
לחסו גני או לעודד וכו'.
25
מכילי רצפי חוזרי שבה יש חומצות אמי קושרות אב %ע"י ציסטאי והיסטידי )ע חנק(.
בתו הרצ יש שני ציסטאי .הקישור מרובע.
מבנה כללי הוא מעי סליל אלפא ויריעת בתה.
יו האב %קובע מבנה .בלעדיו המבנה קורס.
חלבו זה יכול לקשור יוני אחרי של +2
*שקופית :8
חלבוני נוספי ממשפחה זו מכילי מספר שונה של יחידות אב .%רצפי אלו יכולי להיות סמוכי,
רחוקי וכו' .נפוצי מאוד.
*שקופית :9
פירוט המבנה.
יש סליל אלפא שתור היסטידי ובתה תור ציסטאי.
*שקופית :10
מבנה פתור של חלבו.
DNAועליו חלבו שמכיל שלושה מקטעי של אצבע אב.%
*שקופית :11
חלבוני אב %נוספי –
הקישור של האב %לא משתנה )לציסטאי או היסטידי או ג וג(
*שקופית :12
לעיתי נית למצוא ג אתרי של שני יוני אב.%
*שקופית :13
דוגמא שלישית לתלות – חלבו קושר סיד
שינוי בריכוז יוני סיד משפיע על העברות סיגנלי שונות.
מי שמזהה את יוני הסיד או חלבו קושר .הוא משנה את המבנה והוא מאפשר אינטראקציה ע
גורמי אחרי ועושה אקטיבציה לפעילות שלה.
מספר הקואורדינציה יוצר הבחנה בי יו מגנזיו קט ליו סיד גדול יותר.
*שקופית :14
האטומי הנקשרי ה בעיקר חמצני ומכיוו שה קשי וג סיד קשה.
26
יש שני סלילי אלפא ניצבי אחד לשני.
*שקופית :15
מבנה נוס .כל יחידה מכילה שני יוני סיד .יש סליל אלפא ארו שמחבר בי הזוגות .סליל זה מורכב
מחומצות אחרות.
אתר הקישור יחסית קט וטעו חיובית .הסליל אלפא המקשר הוא גמיש מאוד.
*שקופית :17
היוני מנטרלי אתרי שליילי
*שקופית :18
ל RNA /בעל מבנה שלישוני מסוי מושפע ג הוא מיוני מתכת.
במולקולה זו יש מספר אתרי לקישור.
נק' אדומה – אתר חשוב לקישור של מגנזיו
*שקופית :19
הגדלה של השק הקוד:
המגנזיו מוק מולקולות מי וקישור דר חמצ פוספטי )בגלל קשיות( ליחידות בסיס.
*שקופית :20
במנה ה DNA /הוא דו גדילי
*שקופית :21
איזורי מיוחדי נקראי טלומרי – מקטעי DNAבקצה הכרומוזו .תפקיד מניעת איבוד מידע
גנטי במהל השכפול.
רצ האמינו בטלומרי מכיל בעיקר גואני
מבבנה זה יכול להתייצב ע"י יוני אשלג וכו'.
*שקופית :22
מספר מבני טלומרי .יש מספר סידורי אפשריי.
27
*שקופית :23
ציס פלטי – בתהלי הפירוק שלו מעורבי חלבוני
*שקופית :24
שינוי ב DNA /בעקבות קישור לציס פלטי מביא לשינוי מבני ב DNA /והוא מעודד קישור של
חלבוני תאיי שנקשרי אליו.
*שקופית :25
קישור הפלטינה ל DNA /מתרחש דר שני אתרי )חילו של שני כלור בשני מי(.
קישור זה מתרחש לגואני ואדאני .האטו הקושר הוא חנק מס' ) 7הנוקליאופילי ביותר(
קישור זה מתרחש ב 90% /מהמקרי לרצ של שני גואני או לרצ של גואני ואדאני שנמצאי על
אותו גדיל .הקישור הוא קלאטי.
*שקופית :26
אינטראקציה שבה הארומטיות שבבסיסי יוצרות מערכת מישורית ונוצרת חפיפת אלקטרוני פאי בי
הטבעות.
הציס פלטי משנה את המבנה ולא מאפשר את החפיפה הזו.
*שקופית :27
יש קימור של כ 30 /מעלות
*שקופית :28
אלו שקשורי נקשרו לחלבוני אחרי לקבל קומפלקס חדש אלו שלא – לא.
הקישוריות הזו הייתה באיזורי קישור הפלטינה.
*שקופית :29
חלבוני אלו נקראי .HMG BOX
HMG- 1בעל תפקיד בשכפול .DNAחלבו זה יש לו איזור שהרצ שלו דומה לרצפי של .SSRP
*שקופית :31
השפעה נוספת על מבני:
אינטר קלאטורי – תרכובות ארומטיות שיכולות להיכנס בי הגדילי ולבצע חפיפה.
יש מערכות ע יוני מתכת שמבצעות זאת.
28
יו הפלטינה מאפשר הקלה על כניסת מערכות ארומטיות להיכנס בי הגדילי.
*שקופית :34
דוגמאות נוספות לאינטרקלאטורי .המתכת נמצאת רחוק מ האתר המישורי.
יכול להיות שהיא עוזרת בכניסת האתר המישורי .תפקיד נוס היא יצירת רדיקלי שיקטעו את ה/
DNAוכו'.
*שקופית :35
אי קובעי מבנה :DNA
NMRבתמיסה או בקריסטלוגרפיה .שיטות קשות לביצוע .דורש זמ ולא פשוט DNA .מוצק לא
בהכרח זהה לנוזל.
*שקופית :36
מפרקי את ה DNA /למקטעי קטני ע"י פננטרולי.
*שקופית :37
המתיל לא מאפשר אינטרקלאציה .קישור כזה מביא לפירוק ה DNA /למקטעי.
29
מצגת :8
*שקופית :4
רדיוס – רדיוס היו מתאי לאזור האתר הקושר
*שקופית :5
יש גורמי תרמודינמיי שמשפיעי על קישור יו .מסתכלי על קבוע הקישור או על האנרגיה
הקשורה.
באצבעות אב %יש קשירה טטרהדרלית לאב %של שני היסטידי ושני ציסטאי.
מדידות הראו שקבוע קישור לאב %חזק מאוד פי 3/5סדרי גודל.
*שקופית :6
סיבה אפשרית – אב %מול קובלט:
א מסתכלי על מרכז החלבו המתכתי – טטרהדרלי .בקומפלקסי אלו יש פיצול 2נמו ושלושה
גבוה.
אב +2 %מכיל 10אלקטרוני dומילוי שלה באורביטלי – רמה dמלאה .בסה"כ אי ייצוב לעומת
אורביטלי dלא מפוצלי.
*שקופית :7
קובלט – במצב +2שיתאי לאב ,%הוא בעל 7אלקטרוני .א נשי את הקובלט בדיאגרמה.
ליגנדי המי שיוצרי קומפלקסי אוקטהדרלי עבור קובלט טובי יותר מאשר ויתור עליה
ומעבר לטטרהדרלי.
*שקופית :8
קובלט משל באנרגיה גבוהה יותר ולכ לא יעשה זאת.
*שקופית :9
כא משווי אב +2 %לעומת קדמיו .+2קדמיו אנאלוג ברמת ערכיות.
יו הקדמיו קושר טוב יותר את הרצפטור .קדמיו ר יותר מאב %ולכ נקשר לליגנדי רכי.
היסטידי יקשר טוב לאב %בגלל הליגנד החנקני.
אב %יופיע ברצפטור עקב זמינות ולביליות )הוא בשורה הראשונה(
*שקופית :11
חלבו זה מגיב בצורה מהירה לשינוי ברמת הסיד בתא ומוביל פעילויות שונות.
30
ספציפיות לסיד .1 :אתר בעל 7ליגנדי )קואורדינציה (7מתאי ליוני גדולי ולכ סיד ולא
מגנזיו
.2ליגנדי רכי מול קשי )סיד קשה וג ליגנדי חמצניי קשי(.
*שקופית :12
צברי ברזל/גופרית מעבירי אלקטרוני בגלל מצבי חמצו של הברזל .יש חשיבות שהצבר המתאי
יקשר לחלבו המתאי.
כא השיקול שמנחה – יציבות תרמו דינמית .כאשר החלבו נוצר יש באזור ברזל וגופרית הצבר נוצר
ומתחבר.
יש הנחה אחרת – הצבר נוצר ואז מובל לחלבו ונקשר במקו ליגנדי אחרי.
*שקופית :13
בקרה קינטית – כאשר הקישור של היו איטי יש אנזימי שיכולי לזרז את הקישור הזה.
*שקופית :14
ככל שזמינות היו גבוהה בטבע כ הוא יופיע במערכת ביולוגית.
החלבו העליו מכיל יו ברזל שקשור לארבעה ציסטאיני.
החלבו התחתו הוא זה שמושפע מאוד מיו מתכת בתוכו .קושר אב) %כתוב במצגת .(7
מדוע יש שני יוני שוני?
ההנחה היא שזמינות של היוני עבור שני בקטריות אלו היו שונות.
ארבע יחידות ציסטאי יעדיפו להקשר לאב %ולא לברזל.
עשו ניסוי – בודדו חלבו קושר ברזל ,הוציאו אותו והכניסו אותו לחיידק השני בסביבת האב %גילו
שהוא קושר אב%
*שקופית :15
עקרו המטע – אי המטע של היו מתאי לאתר הפעיל בחלבו.
האזור הפעיל צרי בד"כ לנטרל את המטע החיובי של המתכת.
דר נפוצה לנטרל – דה פרוטונציה של הליגנד.
*שקופית :16
המטע הוא 0או קרוב אליו.
באצבע אב %יש /2על הליגנד ו +2 /על המתכת.
31
חלבו הנחושת הכחולה )יובא בהמש( .חלבו זה מכיל יו נחושת שקשור ל 2היסטידי ,מתיוני
וציסטאי .הוא מעביר אלקט' .הנחושת משנה מצב חמצו .היחידה שעוברת דה פרוטונציה היא
ציסטאי .כאשר הנחושת ב +1 /המטע הכולל הוא .0
בחלבו השלישי )הימני( – מכיל יו ברזל 2+או +3מכיל 4קבוצות ציסטאי שתורמות ./4כ יש מצב
שהמטע הכולל הוא /2או ./1
בחלבו זה האתר המתכתי קרוב לפני שטח החלבו וכ המטע יכול להתייצב ע"י גורמי חיצוניי.
*שקופית :17
ליגנד מי נוספת.
חלבו זה הוא אנזי שהסובסטרט שלו נקשר ליו האב.%
מטע האתר הפעיל – אב ,+2 %שלוש היסטידי ) ,(0מי שמנטרל – מי ) ,(+1לחלבו עדיי יש מטע
ושנה מ .0 /וזה יהיה חשוב מאוד לפעילות החלבו.
*שקופית :18
פורפירי – מכילה שתי קבוצות NHשתורמות שתי יחידות מטע לאתר .ברזל +2ינוטרל לעומת זאת
ברזל +3ואז הניטרול יתבצע באתרי האקסיאליי למשל חומצות אמי.
*שקופית :19
מוליבד +6
יש ליגנד בעל שני אטומי גופרית שתורמות אחד ,ושתי יחידות Oשתורמת שתי יחידות מטע
*שקופית :20
ג כא יש שמירה על העיקרו .יש מטע כללי שונה מ 0 /מראש .לכ א יש מטע חיובי על מתכת
בסופו של דבר הוא יעבור אל/איתור.
אנזי זה מזרז את תגובת יצירת מי חמצ .אנזי זה מפרק את החמצ הרדיקלי.
הנחושת משתתפת בתגובה והיא מנצלת את שני מצבי החמצו שלה לש כ.
תפקיד האב %לא ברור והוא ככה"נ מסייע לריאקציה ולייצוב.
האב %הוא +2והנחושת היא +1או .+2סה"כ מטע 3+או .4+אספרטאט תור /1ועוד היסטידי
מגשר .במקרה זה ההיסטידי מוותר על פרוטו והופ ל ./1 /וכ יש סה"כ ./2
סה"כ המטע באתר הפעיל היא חיובית.
אנו רוצי שאניו יימש לאתר פעיל זה ולכ זה טוב שהוא טעו חיובית.
*שקופית :21
4ברזלי ושלושה גופרית:
32
צבר כזה הוא בעל שלושה מצבי חמצו – שלושה ברזלי +3ו /אחד +2
המטע הסופי כא שלילי .במקרה זה יש פיצוי מקשרי מימ ומכ שהמרכז הפעיל נמצא קרוב לפני
שטח החלבו.
*שקופית :22
שני ברזל +2ו +2 /או +3ו.+3 /
ליגנדי – 2קרבוקסיל ,יחידת .OH
ג במצב המחומצ וג במצב המחוזר יש מטע כולל של .+1
*שקופית :23
עבור קישור לחומצות גרעי יש דמיו לקישור לחלבו.
כא הסלקטיביות צריכה להיות גבוהה מאוד.
*שקופית :24
פרמטרי תרמודינמיי:
פלטינה נקשרת לשני בסיסי – גואני ואדאני בצורה קלאטית .היא מתקשרת לחנק מס' .7זהו
הקישור החזק ביותר שנית לקבל.
מבחינת קשיות – חמצני פוספטיי קשי יותר .פלטינה מתכת רכה.
*שקופית :26
פרמטר קינטי – NMR
נית לעקוב אחר המצב בתמיסה באמצעות שיטה זו.
לגרעי המתכת יש ספי ½ .ג פלטינה קשורה לחנק או כלור יש סיגנאלי שוני.
*שקופית :27
נית להוציא פרמטר של 1/2Tלפי השתנות הפיקי
*שקופית :28
יש קשרי מימ בי ליגנדי האמוניה לחומצות הבסיס .גור זה מהווה זרז לאיבוד כלור וקשירת בסיס
חומצת גרעי
*שקופית :29
אנזי זה מזרז קישור יוני למרכזי פורפירי .למה צרי לזרז – קישור איטי .קשה להגיע
לאלקטרוני שיזהו את הברזל.
האנזי יוצר עיוות במבנה הפורפירי ואז יש אפשרות לקשר בי האלקט' ליו הברזל.
33
*שקופית :31
פלטינה נקשרת לאתידיו ול.DNA /
34
מצגת :9
*שקופית :4
חלבוני אלו מכילי מתכת שמשנה מצב חמצו .חייב להיות מתכת בעלת שני מצבי חמצו יציבי.
יש מערכות כאלו שלא מבוססות על מתכת אלא על תרכובות אורגניות
רואי כי ברוב המקרי מבנה האתר הפעל לא משתנה בשני מצבי החמצו .זה בא לעיתי בסתירה
למה שכבר ראינו לגבי היכולת הקואורדינטיבית של מתכת במצבי חמצו שוני.
המבנה הכללי כא כופה מבנה קבוע למתכת.
השינוי לא דורש אנרגיה גבוהה שדרושה לארגו מחדש של החלבו.
יש העדפה לתהליכי של מעבר של אלקט' אחד א ישנ יוצאי מ הכלל.
עקרו נוס – צימוד של מעבר אלקט' למעבר פרוטו .זה מהווה נטרול למעבר אלקט' .תהייה הורדה
של מצב חמצו ביחידה אחת ע"י דה/פרוטונציה.
פוטנציאל החיזור של המערכת תלוי ב .pH /כ נית לשלוט על החיזור
*שקופית :5
משפחה ראשונה – חלבוני ברזל/גופרית .כזכור בא בצברי:
הצברי נקשרי דר ציסטאי.
יש צברי משמשי לחלבוני קטליזטור א נתמקד כרגע בכאלו שמעבירי אלקט'.
כאשר יש יותר מאטו ברזל אחד בצבר יש יוצר משני מצבי חמצו אפשריי ולכ יש מגוו רב של
אפשרויות.
EPRעוזר למדידת הספי ומדידת המגנטיות.
מודלי ג ה עוזרי.
*שקופית :6
קשרי הברזל גופרית זהי מבנה .Tdלא משתנה במהל המעבר.
*שקופית :7
שני אטומי ברזל:
יש מידה של קשר מתכת/מתכת.
יש חיזור חד אלקט' .יש אל איתור של האלקט' על פני שני הברזלי
*שקופית :8
שלושה ברזלי:
צימוד פרומגנטי במצב מחומצ )שלושה ברזלי ב .(III /מוצאי מידה מסוימת של ברזל/ברזל.
35
במצב המחוזר יש ברזל אחד IIIבאופ קבוע והשאר בער ממוצע של .2.5זה יכול לנבוע מהמיקו
היחסי של הברזל במערכת.
*שקופית :9
ארבעה ברזלי:
מערכת זו יכולה לעבור בי שלושה מצבי חמצו שוני.
כל חלבו מאופיי במצב חמצו שונה.
*שקופית :10
דוגמא לשינוי מבני
השמאלי מציי את המחומצ ביותר )(3,3,3,2
והימני המחוזר ביותר.
אורכי הקשר – יש שינוי קט בה .דבר חשוב להעברה מהירה.
*שקופית :11
משפחה שנייה – משפחת הנחושת הכחולה
הנחושת הכחולה – פיזית ה כחולי .נחושת IIבעלת אלקט' לא מזווג.
*שקופית :12
המבנה הגבישי אישר את התחזית.
בחלבוני האתר הפעיל קרוב לפני שטח החלבו וזה כדי שההעברה תעשה באופ טוב יותר
האתר הוא .Td
על פני השטח יש חלק הידרופובי שנועד ככה"נ להרחיק מולקולות לא רצויות שייקחו את האלקט'.
לעיתי נית לראות קואורדינציה 5ע ליגנד חמצ אמידי.
מבנה האתר הפעיל נכפה ע"י החלבו.
*שקופית :13
משפחה שלישית – ציטוכרומי
חלבוני hemמכילי באתר הפעיל פורפירי קשור לברזל.
תפקיד של חלבוני אלו שונה.
ציטוכרו עוסק בהעברה של אלקט'.
שונה מהמוגלובי בכ להמוגלובי יש עמדה אקסיאלית לקשור חמצ
בציטוכרו cהוא קולט אלקט' ולכ או אוקטאהדרלי מלא.
שוני נוס – הקישור של האתר הפעיל שליחידת הפורפירי לחלבו הוא קוולנטי
36
*שקופית :14
אי ה עוברי:
מעבר האלקט' צרי להיות מהיר ,ספציפי )ע"י הכרת החלבו המקבל(
*שקופית :15
מדידת החמצו של החלבו וכו'.
*שקופית :16
לחלבו ציטוכרו Cקשרו קומפלס רותניו דר יחידה היסטידינית.
ע"י חמצו הרותניו יגרו לחמצו הברזל .מתי זה יקרה – נית לראות לפי EPRוכו'.
*שקופית :17
המנגנו נתו לויכוח .התלות במרחק היא ביחס הפו
*שקופית :18
תוצאות הניסוי עבור הניסוי המדובר
מנגנו המעבר לא ברור עד היו ונתו למחלוקת.
*שקופית :19
במערכת של פוטוסינתזה – sys 1קורת בחיידקי sys 2 ,בצמחי.
האור נקלט בכלורופילי מתבצע עירור אלקט' והוא עובר למערכת אחרת ותהלי זה מאפשר לקבל
אנרגיה.
*שקופית :20
זוהי תגובה מהירה מאוד.
*שקופית :22
– Sys 2אלקט מעורר עובר בי מערכות ,עובר דר ברזל/גופרית ואז מנג/חמצ.
*שקופית :23
מערכת מסובכת ומעניינת שלא פתורה עד הסו.
זוהי ככה"נ הדר לייצר חמצ מולקולרי
37
מצגת 10
*שקופית :4
יו האב – %מתכת לא חימזורית .מצב חמצו יציב אחד בלבד .מתאי לשימוש בתגובות כאלו.
באדו – ש האנזי המזרז את התגובה הרשומה.
החלבוני לתגובה השנייה מגווני מכיוו שמפרקי האמיד ה מגווני או מיקו הפירוק.
*שקופית :5
א יש פירוק חלבו למרכיביו:
מי משמש נוקליאופיל וכו'.
יו האב %ישמש חומצת לואיס.
*שקופית :6
אנזי המזרז פירוק קשר אמידי לחומצות אמי .הוא חות את החומצה האמינית הראשונה מהקצה
COO-
האתר הפעיל במרכז מכיל יו אב %קואורדינציה 5
האנזי קושר סובסטרט – החלבו שהול להתפרק הגלוטומאט הופ מבי/דנטטי לחד/דנטטי.
הקואורדינציה נשמרת.
הכיס ההדירופובי מתאי את הפירוק לשייר הדירופובי.
חשיבות קשרי המימ – הורדת .pKa
*שקופית :7
מבנה זה נפתר עבור החלבו כאשר החלבו קשור למעכב .לא נית לקשור סובסטרט
המעכב הוא די/פפטיד המורכב מגליצי וטירוזי.
האתר הפעיל של המעכב – במרכז יו אב %ע שני היסטידי ,גלוטומאט והמעכב )בעיגול(.
החמצ הקרבונילי יוצר יחד ע האמי לידו קישור קלאטי.
מולקולת המי השתחררה כדי לקשור את הבי/דנטט .זהו רמז לכ שלמולקולת המי שהיתה על
האב %יש תפקיד נוקליאופילי בפירוק האמיד.
*שקופית :8
אנזי אחר שמבצע הידרוליזה של קשר אמידי .מבנה זה הוא אחר מהחלבו הקוד.
מבנה האתר הפעיל דומה .הגלוטומאט הוא מונו/דנטטי .ג כא יש מי.
תפקיד כמעט זהה מתאפשר למרות מבנה שונה של חלבו.
38
*שקופית :9
כא לא נית לעשות שיטות מגוונות של ספקטרוסקופיה .אב %לא בולע IRוכמעט ולא .UV
מה עושי – מחליפי מתכת ומנחשי תפקוד.
NMRדווקא כ תופס.
*שקופית :10
עובדות התומכות בכ שהמי אחראי על הפירוק:
הירידה ב pKa /משתי סיבות – .1מולקולה זו קשורה לאב%
.2סיבה שנייה – קשרי מימ בי המי לחלבו.
חשוב להוריד pKaמכיוו שהפירוק נעשה ע"י מי ולכ כל דבר שיזרז שחרור פרוטו מזרז תגובה.
*שקופית :11
מולקולת המי שמשמשת נוקליאופיל קשורה למתכת ואז היא חזקה יותר כנוקליאופיל
*שקופית :12
המנגנו של האנזי:
.1שמאל למעלה – תיאור האתר הפעיל :האב %במרכז קשור לליגנדי שלו .זהו מצב המנוחה.
הגלוטמאט נמצא קרוב מאוד ולכ יכול לעבור התקפה.
.2מגיע סובסטרט :יש קישור של חמצ קרבונילי יש יחידת האמיד שנקשר לאב .%החלבו חות
חומצה אמינית קיצונית של השרשרת .באדו החומצה האמינית שמשתחררת .האב%
כחומצת לואיס החמצ מוש אלקט' מהפחמ הקרבונילי ומאפשר תקיפה על הפחמ הזה
מולקולת המי נהיית נוקליאופיל ומכיוו שהכול באזור אזי הכול קורה מהר.
.3מקבלי את מצב המעבר ה .Td /זרז נוס – המימ על חנק נמש ע"י השייר של
הגלוטומאט.
.4החנק משתחרר כקב' עוזבת .השייר העוזב הידרופובי בי היתר בגלל הכיס
*שקופית :15
הדירוליזה של חומצה פוספורית.
.1האנזי מכיל שני מרכזי אב .%אב %אחד בעל שני ליגנדי היסטידי ,אספרטט .לשני היסטדי
אחד ושני אספרטט .הפוספט מגשר דר החמצני.
.2יש קשרי מימ בי חומצת ארגני לבי הפוספאט .הנוקליאופיל הוא החמצ שנמצא על סרי.
העמדה מתאימה לתקיפה.
.3חומצת RO-משתחררת והנוקליאופיל תופס את מקומה.
.4תקיפה נוספת של חמצ ושחרור הסרי.
39
האב %מוש את האלקט מהחמצ שמוש מהזרח .זה מהווה זרז
*שקופית :16
המתכת גורמת לזירוז ע"י כ שהיא חומצת לואיס .בחלבו יש יו מגנזיו א הוא לא תור לכלו.
*שקופית :17
האנזי הזה מזרז הידרוליזה של פחמ דו חמצני.
מבנה זה של החלבו מכיל אתר פעיל של אב .%ליגנדי האב 3 – %היסטידי ואחת מי .בד"כ דר
החנק של הsp2 /
ככל שה pH /נמו כ זה קורה יותר .זה אומר שהמי ה הנוקליאופיל.
נמצא שא מכניסי אניוני ה נקשרי במקו מי ואז יש עיכוב של הריאקציה .לכ זוהי עדות
לחשיבות המי.
*שקופית :18
CO2הוא סובסטרט במקרה זה והוא מחלי את המי.
pKaנמו הוא מאוד חשוב כי אנו צריכי נוקליאופיל חזק כמו ROויש צור בשחרור פרוטו.
יש לציי כי יש עקרו של שימור מטע .השאיפה שהמטע יהיה קרוב מאוד ל .0 /הסיבה – מרכז פעיל
קבור בתו החלבו והפרדת המטעני טובה יותר כאשר המתכת עטופה בתו החלבו.
המטע במרכז זה הוא +2שהוא גבוה עבור מרכז זה .לכ איבוד הפרוטו מוריד את יחידות המטע
החיובי במערכת .זוהי סיבה נוספת לירידה של ה.pKa /
*שקופית :19
אנזי זה מזרז חמצו כוהל לאלדהיד .תגובה זו המתכת לא משנה דרגת חמצו.
מי שמאפשר את התגובה הוא זה שמקבל את האלקט המשתחררי – מולקולה זו היא .NAD+
מולקולה זו נפוצה מאוד והיא מקבלת אלקט' ומשנה את המבנה ל.NDH /
יש שני מרכזי אב %אחד שקשרו רק למבנה האנזי והוא קשור לארבעה ציסטאיני והשני מזרז את
התגובה .יש לו מי ,היסטידי ושני ציסטאי.
*שקופית :20
האתר בטבעת העליונה הוא זה שיקבל את הפרוטו )רזוננס(.
*שקופית :21
האנזי נקשר לאתר הפעיל ומאפשר את התגובה .הקו/אנזי מסדר את החלבו כ שהוא מסוגל
לקשור את המימ.
הכוהל קשור ישירות לאב .%קישור החמצ/אב %הכרחי להוצאת הפרוטו.
40
המי כא אי לה משמעות מלבד לשמור על קואורדינציה .4
מולקולת המי צריכה להיות מורחקת מ האיזור כדי לא לשמש נוקליאופיל.
*שקופית :22
מנגנו העברת ההידריד.
*שקופית :23
החמצ עוד קשור לאב %בקשר קואורדינטיבי.
*שקופית :24
רוב האנזימי הללו מכילי מגנזיו .ה קשורי וגורמי לייצוב הסובסטרט .מגנזיו יכול ג
לשפעל עקב היותו חומצת לואיס
*שקופית :25
דוגמאות לנוקליאוטידי ע מגנזיו ATP .נקשר קלאטית ע"י חמצני הפוספאט.
ג זה קשור לרכות וקושי של היוני.
הוא יכול לתת איזומרי שוני .כא אי לזה קשר לכיראליות.
קומפלקסי אלו ה לבילי .במקרי מסויימי מחליפי אות בקובלט וכרו.
*שקופית :28
דוגמא לקומפלקס שמזרז פירוק של .DNA
הצליחו לגבש אותו ללא מגנזיו מכיוו שהוא היה מפעיל את האנזי.
41
מצגת :11
*שקופית :4
כא יש שינוי במצב החמצו של המתכת א יתכ מאוד שבסו התהלי המצב חוזר לקדמותו.
במקרי רבי העלאת מצב החמצו תלווה בשחרור פרוטו כדי ליצור צימוד לשחרור אלקט' ושימור
מטע.
יש מערכות שמזרזות טרנספורמציות מסובכות וצרי שיתו של מספר יחידת שונות כגו מספר
חלבוני
*שקופית :5
שלוש מערכות בסה"כ המובילות חמצ ע"י קשירה אליו:
.1המוגלובי – יחידת פורפירי ע יו ברזל .אתר קואורדינציה אחד פנוי לקשירה של חמצ.
הברזל הוא IIולאחר קישור .IIIקישור זה צרי להיות חזק וספציפי לחמצ אבל מצד שני
לדעת לשחרר אותו בזמ .מ הצד שהני יש ליגנד היסטידי
*שקופית :6
.2המוציאני .חלבוני המבוססי על נחושת .בד"כ שני אתרי .שלוש חיגנדי היסטידי .הנחושת
לפני הקישור Iואח"כ קישור נעשה ע"י גישור ואז נחושת נהיית II
.3המיריתרי – חלבוני ברזל ללא מערכת ה .נקראי ג .nonhemeכא יש שני ברזלי אחד ע
אוקטהדר והשני בעל 5יחידות קואורדינציה כאשר שני מה מגשרות בי הברזלי.
החמצ המולקולרי נכנס לברזל ע החמש קשרי ואז המימ נקשר אליו .שני אטומי ברזל לפני ה II
ואחרי ה .III
*שקופית :7
מערכות להובלת חמצ – סיכו.
הצבע של החלבו נובע מבליעת המתכת
*שקופית :8
מיוגלובי – שיי למשפחה .תפקידו – לאגור חמצ ברקמות .בעיקר בשרירי.
יש כא מבנה משופע בסלילי אלפא.
הקישור לחלבו מתבצע דר ההסיטידי .הפורפירי לא קשור קוולנטית לחלבו.
יש את קואורדינציה פנוי לקשור חמצ.
42
*שקופית :9
יש מספר חלבוני ה שפעילי בחמצו של סובסטרטי שוני.
*שקופית :10
הרעלת COנוצרת ע"י כ ש CO /תופס את אתרי החמצ ולא משחרר מהר כל כ ולכ ריכוז החמצ
יורד.
*שקופית :12
נמצא ג שבמצב החמצו IIהמערכת נמצא במצב HS
יש פיצול אוקטאהדרלי בגלל פיצול יא טלר .במצב IIIיש .LS
מערכת זו רגישה מאוד
*שקופית :13
מערכת סינטטית של פורפירי קלה להכנה .א יצירת מודל פעילות הוא בעייתי .כאשר קושרי
פורפירי לחמצ הוא לא משחרר מהר כל/כ.
*שקופית :15
קבוצה שנייה של מעבירי חמצ – זהו מבנה של חלבו ממשפחה זו.
אדו – בי נוקלארי של ברזל
ורוד – חמצ
יש ליגנדי היסטידי שלוש על אחד ושתיי על שני.
גלוטמאט ואספרטאט מגשרי.
מבנה זה נפתר באמצעות יו אזיד שייצב את האתר הפעיל .האזיד החלי את הקישור לחמצ .אתר זה
הוא השישי עבור ברזל שמכיל בפועל רק 5ליגנדי.
*שקופית :16
משמאל – מצב מחוזר.
המימ ,במצב המחומצ עובר למולקולת החמצ
יש עליה בשתי דרגות חמצו.
המצב המחוזר הוא .HSבמצב המחומצ יש צימוד אנטי/פרומגנטי ולכ הוא דיאמגנטי.
ג לפי ראמא רואי את קבוצת ה.OOH /
קשרי המימ בי המימ לחמצ המגשר – גור לחמצ המגשר להדמות למצב המחוזר.
זה משפיע על הסידור מחדש – אי שינוי מהותי באתר הפעיל .הפיכות תגובה היא מדד לשינוי במבנה
מכיוו ששינוי מהותי כרו באנרגיה.
43
*שקופית :17
מודל זה נחקר רבות
לקחו את האתר הפעיל וניסו לדמות אותו לאתר הפעיל של החלבו.
לקחו מלח ברזל וניסו לראות הא באופ ספונטני ה מסתדרי כ .א לא היה יעיל מאוד א כי
התקבלו כמה כאלו .כמוכ ג הספקטרוסקופיה הראתה אתרי זהי לחלבו.
המבנה מתפרק למונו נוקלארי וזה לא טוב .ואז מגדילי נפח של ליגנדי ולכ יש העדפה למרכזי
בי/נוקלארי
המודלי שהתקבלו לא היו דומי פונקציונלית.
*שקופית :18
ציטוכרו 450מכיל ה והוא מזרז תגובות חמצו .הוא לא נושא חמצ.
ג עבור המיריטרי יש דומי וג ה מזרזי תגובות חמצו ולא נשאי חמצ MMO / PAP .או
RNRה דוגמאות לכ.
*שקופית :19
מבוססי על מרכז של שני יוני נחושת .מבנה החלבו הוא גדול ומכיל מספר תתי יחידות.
יוני הנחושת לא מגושרי .לכל נחושת 3היסטידי .החלל בינה מתאי לקישור החמצ.
ממדידות התקבל נחושת IIבמצב מחומצ ויש צימוד אנטי/פרומגנטי.
*שקופית :20
יש מספר אפשרויות קישור של חמצ לנחושת – מדידת ראמא שללה את הקישור לנחושת אחת.
הוסק קישור חדש א ג הוא נפסל.
*שקופית :21
המודל השלישי )התחתו( הוא זה שאושר.
*שקופית :23
מודלי נוספי לקישור החמצ לנחושת.
*שקופית :24
ג לנחושת יש חלבו דומה מבנית המזרז חמצו:
חלבו זה מכיל שני אטומי נחושת.
44
*שקופית :25
מודל מבני ופונקציונלי של החלבו המזרז חמצו.
מודל זה מראה אי מוסיפי קבוצת OHלטבעת המרכזית.
*שקופית :26
נבדיל בי שני סוגי אנזימי:
אנזימי שהמחמצ הוא חמצ מולקולרי .מונו לעומת די:
מונו – רק אטו אחד של החמצ המולקולרי הולכי לטובת הסובסטרט המחומצ והשני הול
לטובת המי.
די – מנצלי את שני אטומי החמצ
*שקופית :27
חלבו ה דומה להמוגלובי .מחמצ מגוו רב של סובסטרטי.
מחמצ אלקאני ,טבעות ארומטיות וכו'.
*שקופית :28
תרומת המודל היתה משמעותית להבנת התפקיד.
ישנ מספר מצבי:
ג כא יש קישור לחמצ באתר השישי של הקישוריות א לא רק להעברתו.
משמאל יש ליגנד מי .א יש סובסטרט ה מי עוזבי ואז השדה נהפ ל .HS /מצב שלישי – מצב
LSע חמצ מולקולרי.
מצב רביעי – ברזל IIבמצב .HS
*שקופית :29
מצב המנוחה )ברזל (LS ,IIיכול לקשור מולקולת .CO
קישור לחמצ נות מרכז פעיל .למצב זה יש מצבי רזוננס שתלוי בסוג הקשר חמצ ברזל )קוולנטי או
קואורדינטיבי( .מבנה זה הוא .LS
השלב הבא )משוער( שני החמצני קושרי ברזל יש כניסה של אלקטרו ממקור חיצוני וכ ברזל
שומר על מצב חמצו .III
נוכחות שני הפרוטוני גורמי ליצירת מי .זה אומר שהחמצ המשתחרר הוא ע אוקטט מלא
כלומר )– .(2נותר החמצ ע הקשר הבודד וזהו חמצ ע מטע +ולכ
הברזל תור שני אלקטרוני וכרגע הוא במצב חמצו .Vזהו מצב לא טוב עובר ברזל והוא יוצר
רזוננס ע המערכת הפורפירינית ואז הוא יורד למצב .IV
מצב זה הוא זה שמגיב ע הסובסטרט וגור לחמצו שלו.
45
מי שנמצאי בסביבה מחליפי את החמצ )שהל לטובת החמצו של הסובסטרט( באתר
הקואורדינציה ואז הברזל יורד למצב III
זוהי דוגמא למונו מכיוו שחמצ אחד הל למי והשני הול לחמצו.
המקור החיצוני מכניס למנגנו שני אלקטרוני בשלבי שוני .א נבצע חמצו לכוהל – החמצ
שנכנס הוא 0מכיוו הוא מגיע כחמצ ניטרלי .האלקטרו השני מגיע מהסובסטרט .החמצ השני של
החמצ המולקולרי שהגיע כ (/2) /שנת מי.
יש כא סה"כ שני אלקטרוני שנוספו יצאו ע החמצ )– (2האספקה החיצונית היא זו שמאפשרת
לתגובה להמשי ולהתבצע.
א לוקחי את הברזל IIIומגיבי ע מחמצ אחר ,לא חמצ ,נקבל מעבר ישיר ליצור המחמצ
שיכול לחמצ את הסובסטרט ולשחרר את התוצר .מעגל כזה יכול להיווצר ע"י פראוקסיד.
שחרור מולקולת המי מלווה בשינוי מבני קל מאוד.
אלקטרו ממקור חיצוני – מגיע ממקור תור אלקטרוני .למשל חלבו תור אלקטרוני .מערכות
כאלו מצומדות לתור/מקבל אלקטרוני
*שקופית :30
NADPHהוא זה שמצומד למערכת החמצו של השק הקוד.
*שקופית :31
מודלי מבניי לא מסוב לעשות א הפונקציונליות היא בעייתית.
הטבעת הארומטית משמשת מחמצ אחר
*שקופית :32
חלבו זה דומה להמיריטרי .חלבו זה מכיל אתר פעיל בעל שני אטומי ברזל.
התהלי מאופשר ע"י האנזי.
החלבו הזה מורכב מארבעה תתי חלבוני .החלבו בו יש את המרכז הברזל נקרא הידרוקסילאז.
ג כא זה מונו אוקסי .חלבו נוס רדוקטאז אחראי על אספקת האלקטרוני שמגיע מ.NADH /
בפני יש צברי ברזל גופרית המעבירי אלקט'.
ההפרדה מתבצעת כדי לספק זמ לתגובה לקרות.
חלבו Bאחראי רגולציה בי שתי היחידות.
חלבו / Dהתגלה לא מזמ ולא ידוע מה קורה איתו.
*שקופית :33
מרכז בי נוקלארי מאפשר חמצו של מתא למתאנול .ריאקציה זו קשה מאוד כי מתא לא פעיל.
החלל ההידרופובי מתאי לקישור המתא.
46
*שקופית :34
המנגנו לא ממש ידוע א במצב המחוזר שני הברזלי ה במצב II
בנוכחות החמצ יש אקטיבציה לקבלת פראוקסו והברזל נמצא במצב .III
יחידה זו מגיבה לתת ברזל IV
מצב מנוחה – שני ברזלי שמכילי קבוצות .OH
*שקופית :36
כעת נראה חלבו די אוקסי.
חלבו זה מזרז חמצו של קתאחול .אנזי זה מבוסס על ברזל.
החלו עצמו גדול מאוד והוא מופיע 12פעמי ביחידה אחת .לברזל ליגנדי טירוזי ושתי היסטידי.
*שקופית :37
הסובסטרט נקשר קלאטית דר החמצ .הליגנדי המשתחררי ה ההידרוקסי ואפשרות נוספת –
טירוזי.
למצב זה יש צורות רזונטיביות שאחת מה היא פחמ רדיקל .החמצ נכנס לפחמ הרדיקלי
ואז כדי לסיי את ההלי יש שחלו
המנגנו הוא די מכיוו ששני החמצני הגיעו מהחמצ המולקולרי.
מדוע אב %לא יכול לשמש תחלי לברזל – אי שינוי במצב חמצו וכו' .א בשל צורות הרזוננס אב%
לא יכול להיות כא.
*שקופית :38
חלבוני המכילי מוליבד כמרכז פעיל מכילי את היחידה המופיעה למעלה .זהו לא שייר חלבוני.
מולקולה זו נקשרת ע" גופרית ולא ברור מדוע זוהי המולקולה שיכולה לבצע את תפקידה.
*שקופית :39
ישנ מספר תגובות המזורזות ע"י מוליבד:
היכולת של המתכת להיות במצבי חמצו רבי מאוד מאפשרי לבצע גתגובות חמצו וג תגובות
חיזור.
*שקופית :41
הקשר הקואורדינטיבי אינו משפיע על מצב החמצו.
המוליבד נע בי 6+ל.+4 /
המי נקשרי ונעשה מרכז חיובי ואז משתחרר פרוטו מהמי והחמצ נהפ לקבוצת .OHאז
משתחרר עוד פרוטו בגופרית ואז הגופרית משחררת אלקטרו ונהפכת רדיקלית .אלקטרו שמגיע
מהמוליבד יוצר ע הגופרית קשר כפול והוא נהפ ל .+5 /א צרי להחזיר אותו ל +6 /לכ
משחררי פרוטו של ה OH /וכ חזרנו במעגל לחומר התוצר.
47
כדי לוודא את המנגנו השתמשו בחמצ מסומ.
*שקופית :42
האנזי הבא –
מכיל את היחידה של המוליבד .הפע יש לו שני חמצני במקו חמצ וגופרית.
יש לו יחידת ה בתו האנזי ,באתר הפעיל .לחלבו זה יש ציטוכרו Cצמוד אליו ומקבל את
הלאקטרוני.
*שקופית :44
ישנה העברת חמצ אחד ממצב של SO3ל.SO4 /
האלקטרו עובר מהמוליבד לה ומהה לציטוכרו .C
הה נמצא יחסית על פני השטח ואילו המוליבד נמצא בתו החלבו והציטוכרו Cנמצא בתוו
והוא אחראי על העברת האלקטרו.
*שקופית :45
ליגנד זה קושר באופ קלאטי ע"י חנק וגופרית.
ע ליגנד זה הצליחו לחמצ גופרית וכו' .בכיוו השני – המוליבד יכול לחזר גופרית וכו'.
הליגנדי מכילי קבוצות נפחיות שמונעות היווצרות תרכובות יציבות תרמודינמית א לא רצויות.
*שקופית :46
מה שנמצא מתחת למוליבד ישאר לפי התגובה הרשומה על הסקלה ומה שמעליו יתהפ.
*שקופית :47
מרכזי מוליבד
*שקופית :48
אנזי זה מזרז תגובה ליצירת מי חמצ.
מבנה האנזי – שני איזורי :כל איזור יש מרכז די מתכת .שתי המתכות שונות ,נחושת ואב.%
היסטידי מגשר בי נחושת לאב.%
הנחושת מתכת חימזורית משמשת מרכז לקבלת התהלי של המי חמצ.
שלב ראשו :האנזי שבו הנחושת ) (2+מגיב ע החמצ בולע את האלקטרו העוד מהחמצ ויוצר
חמצ מולקולרי .הנחושת נמצאת כרגע ב (+1) /והיא מוסרת אלקטרו לחמצ רדיקלי חדש ומתקבל
חמצ ) (/2ואז מגיעי שני פורטוני ויוצרי את מי החמצ.
48
חמצ רדיקלי הוא רעיל מאוד ולכ האנזי עובד במהירות גבוהה מאוד כדי לפרק אותו .הנחושת
אחראית לכ.
תפקיד האב %לא ברור .יתכ לש מבנה או לש יצירת פוטנציאל חשמלי מתאי.
האנזי בנוי בצורה כזו שלאניו אי בעיה להגיע למרכז המתכת.
*שקופית :50
האנזימי המגיני אחראי על פירוק מי חמצ למשל.
*שקופית :51
מספר דוגמאות.
הליגנד האקסיאלי הוא זה שקובע את המבנה.
*שקופית :52
קטלאז הופ מי חמצ למי וחמצ.
קטלאז מבוסס על מערכת ה .ליגנדה אקסיאלית – טירוזי .יש לו אתר פנוי לקשור מי חמצ.
הברזל מוסר אלקטרוני והופ למצב ) .(+5מי החמצ מקבלי שני אלקטרוני ובנוכחות הפרוטוני
נוצר מי.
אפשרות שנייה היא קבלת שני האלקטרוני ממי החמצ עבור הברזל ) (+5ואז הוא חוזר למצב )(+3
אבל הפע מי החמצ מתפרקי למי וחמצ מולקולרי.
*שקופית :53
יש שני סוגי :נבדלות במערכת שיוצרת את הרדיקלי.
משפחה אחת מבוססת על היחידה שרואי אותה בקו/אנזי .B-12הקשר מתפרק ל /רדיקל R
משפחה שנייה – יוצרי מערכת רדיקלית ע"י מרכז בי/נוקלארי של ברזל.
האינטראקציה של מרכזי הברזל ע חמצ מאפשרת לקבל טירוזיל רדיקל מטירוזי .זהו רדיקל
מיוצב בגלל הטבעת הארומטית.
*שקופית :54
כאשר החליפו לפניל/אלני החלבו לא יצר פעילות דומה .כלומר הטירוזי קשור לפעילות.
הברזל נמצא במצב חמצו ) (+3וא הוא חוזר לחמצו ) (+2אזי החמצ מחזיר אותו למצב ).(+3
*שקופית :55
דוגמא נוספת:
ג כא יש קבלת רדיקלי שיכולי לשבור איזורי ב .DNA /תרכובת זו משמשת תרכובת אנטי
סרטנית.
49
*שקופית :56
מרכז שהוא למעשה אורגנו/מתכתי .קשר ישיר בי פחמ לקולבט R .יכול להיות כל דבר שהוא אורגני.
קשר זה עובר פירוק הומוליטי והקולבט משנה את מצב החמצו שלו.
*שקופית :57
תהליכי המזורזי ע"י הקו/אנזי.
*שקופית :59
הרדיקל שול רדיקל מימ ואז יש שחלו לצור ייצוב ואז הרדיקל חוזר.
לא בכל המערכות השחלו מתבצע על הרדיקל .לעיתי נוצר מצב של קרבאניו או קרבוקטיו.
50