‫סיכומי לקורס בכימיה אי אורגנית ב'‪:‬‬

‫* נכתב ע"י‪ :‬תומר כה‬

‫* נער ע"י‪ :‬רונ גביזו‬
‫כותב הסיכומי אינו אחראי בשו דר לאמינות מה שכתוב בה‪.‬‬
‫מבנה הסיכומי‪ :‬מדובר בהערות שהכותב הוסי לכל שקופית בהתא למה שנאמר בהרצאה‪.‬‬
‫השקופיות לא מוצגות כא‪ ,‬ולכ לכל שקופית יובא מה שנכתב לגביה )א בכלל( בנוס למספר‬
‫השקופית במצגת הרלוונטית‪ .‬מומל‪ %‬לעבוד ע הסיכומי בצמוד למצגות עצמ‪.‬‬

‫תוכ ענייני‪:‬‬
‫* מצגת ‪ :1‬עמ' ‪2‬‬
‫* מצגת ‪ :2‬עמ' ‪4‬‬
‫* מצגת ‪ :3‬עמ' ‪8‬‬
‫* מצגת ‪ :4‬עמ' ‪14‬‬
‫* מצגת ‪ :5‬עמ' ‪17‬‬
‫* מצגת ‪ :6‬עמ' ‪21‬‬
‫* מצגת ‪ :7‬עמ' ‪25‬‬
‫* מצגת ‪ :8‬עמ' ‪30‬‬
‫* מצגת ‪ :9‬עמ' ‪35‬‬
‫* מצגת ‪ :10‬עמ' ‪38‬‬
‫* מצגת ‪ :11‬עמ' ‪42‬‬

‫אי סיכומי למצגת ‪.12‬‬

‫‪1‬‬
 ‫מצגת ‪:1‬‬

‫* שקופית ‪:4‬‬
‫מטאלו חלבוני מכילי מתכת‪.‬‬
‫מטאלו אנזימי ‪ /‬אנזימי מכילי מתכת‬

‫* שקופית ‪:6‬‬
‫אורגנו מתכתית – יש קשר ישיר בי מתכת לפחמ‪.‬‬
‫‪ – Cp‬ציקלופנטאדיאניל‬

‫* שקופית ‪:8‬‬
‫שני תחומי מרכזיי‪:‬‬
‫‪ .1‬חלק טבעי במערכות ביולוגיות‬
‫‪ .2‬סינתזה של תרכובות אי אורגניות בעלות תפקודי ביולוגית‪ .‬אפשרות לתפקוד כתרופה‪.‬‬

‫* שקופית ‪:11‬‬
‫המתכת יושבת על האתר הפעיל של החלבו‪.‬‬
‫תכונות המתכת מאפשרות מגוו תהליכי‬

‫* שקופית ‪:12‬‬
‫האתר הפעיל הוא ברזל שקשור לפורפירי‪.‬‬
‫היחידה הזו שקשורה לברזל נקראת ‪.heme‬‬
‫הברזל נמצא במצב ‪ +2‬ויש לו אתר פנוי לקשרית החמצ‪ .‬הברזל הופ למצב חמצו ‪.+3‬‬

‫* שקופית ‪:13‬‬
‫שני אתרי ע יוני נחושת‪.‬‬
‫בתגובה ע חמצ הוא מגשר בי יוני הנחושת‪.‬‬

‫מערכות ללא פורפירי נקרא ברזל ללא ‪.heme‬‬

‫תהליכי זהי יכולי להתבצע על מולקולות שונות‪.‬‬

‫‪2‬‬
 ‫* שקופית ‪:14‬‬
‫מתכות בתו חלבו שמעבירות אלקט'‪ .‬האלקט' עובר באתר שבו מתקיי תהלי של חמצו חיזור‪.‬‬
‫מתכות בעלות שני מצבי חמצו יציבי היא אפשרית בתהליכי כאלו למשל ברזל‪ ,‬נחושת וכו'‪.‬‬
‫קומפלקס של ברזל וגופרית שיושב על חלבו ומשמש להעברת אלקט'‪.‬‬

‫* שקופית ‪:15‬‬
‫מתכת משפיעה על מבנה החלבו‪ .‬מבנה החלבו חשוב מאוד לתפקידו‪.‬‬
‫ההשפעות על כל חלבו שונות‪.‬‬

‫* שקופית ‪:16‬‬
‫נית לשחזר חלק מ התגובות האנזימיטיות במעבדה‪.‬‬
‫למשל הניטרוגנאז‪.‬‬

‫* שקופית ‪:17‬‬
‫אנזי מזרז הידרוליזה‬

‫* שקופית ‪:18‬‬
‫חמצו חיזור של שני אלקט'‪.‬‬
‫במולקולה ‪ nad‬יש חנק ע זוג לא קושר שמשמש אתר תוק‪ /‬מקבל פרוטו‪.‬‬

‫* שקופית ‪:19‬‬
‫מערכות שכוללות בד"כ יותר מיו מתכתי אחד‪.‬‬

‫* שקופית ‪:20‬‬
‫קואנזימי עוזרי לאנזימי לבצע את פעולת‪.‬‬
‫הקשר ‪ Co-R‬יכול להתפרק לראדיקלי‪.‬‬

‫* שקופית ‪:22‬‬
‫חומצות גרעי בעלות מטע שלילי ויוני מתכות מתקשרות לאתרי אלו כדי לנטרל את המטע‪.‬‬
‫זוהי אינטראקציה לא ספציפית‪.‬‬
‫א יו מתקשר לצור פעולה מסוימת זהו קשר ספציפי‪.‬‬

‫* שקופית ‪:23‬‬
‫יוני כלור מתלחפי במי וה מתקשרי ל‪.DNA /‬‬

‫‪3‬‬
 ‫מצגת ‪:2‬‬

‫*שקופית ‪:4‬‬
‫חומצות ובסיסי רכי וקשי‪:‬‬
‫כאשר מסתכלי על קומפלקסי והאינטראקציה בי מתכת לליגנד היא כמו חומצת לואיס ובסיס‬
‫לואיס‪.‬‬
‫מתכת – חומצת לואיס ליגנד – בסיס לואיס‪.‬‬
‫נית לסווג את יוני המתכת לפי קושי‪/‬רכות – יש מתכות לקושרות חזק יותר את הליגנדי‪.‬‬
‫חלקיק קשה‪ :‬חלקיק קט קשה לקיטוב‪.‬‬
‫חלקיק ר‪ :‬גדול ופולרי‪ .‬הקשר הקוולנטי הוא קשר פשוט בי אלקט'‪ .‬קשרי דיפול‪/‬דיפול נמצאי בי‬
‫קשר יוני לבי קשר קוולנטי‪.‬‬
‫חלקיקי רכי יוצרי קשרי יותר קוולנטי באופיי‪ .‬קשי האופי הוא יוני‪.‬‬
‫מתכות קשות יצרו בהעדפה קשרי ע ליגנדי קשי ורכי ע רכי‪.‬‬
‫מצבי חמצו רבי למתכת יכולי לשות את הקושי של המתכת‪.‬‬
‫זה לא אומר שר לא יתחבר ע קשה‪.‬‬
‫חלבו שעליו יש קבוצות צדדיות והוא רוצה לקשור מתכת אזי ההעדפה תהייה לפי הליגנדי שעל‬
‫החלבו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:5‬‬
‫חלבו זה מטאלותיוני – קושר יוני עופרת קדמיו וכספית‪.‬‬
‫צסטאי – ‪ CH2SH‬היא הקבוצה הצדדית‪ .‬היא מופיעה הרבה בחלבו זה‪.‬‬
‫לפי הטבלה כל היוני האלו ה מתכות רכות וג הגופרית היא רכה‪ .‬יש התאמה בי החלבו שקושר‬
‫בי מתכות רכות לליגנדות רכות‪.‬‬

‫*שקופית ‪:6‬‬
‫האפקט הקלאט – לגינד פולידנטטית תקשר למתכת בהעדפה על מס ליגנדי מונו דנטיי‪.‬‬
‫סיבת היציבות היא אנטרופיה‪ .‬בביולוגיה כל קושרי המתכות ה בד"כ קלאטיות‪.‬‬
‫קישור לחלבו של יו מתכת משחרר מולקולות מי‪.‬‬
‫‪ EDTA‬כולאת מתכות טובה מאוד ומשמשת להיפטר ממתכות או להוציאו ממטאלו‪/‬חלבו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:8‬‬
‫אלמנט נוס שמשפיע על הקישור – בשורה הראשונה של המתכות יש את מירב היוני הנפוצי‬
‫בביולוגיה‪.‬‬

‫‪4‬‬
 ‫כאשר יוני אלו בדרגת ‪ +2‬הרדיוס קט לאור ימי השורה‪ .‬יש קורלציה בי הרדיוס לחוזק‬
‫האינטראקציה‪.‬‬
‫חוזק הקשר בי אלו עולה ככל שמתקדמי ימינה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:9‬‬
‫כאשר יש מולקולה שמשחררת פרוטו היא תוכל להתקשר למתכת‪.‬‬
‫‪ pKa‬יורד א האניו הנגדי של חומצה נקשר למתכת‪.‬‬

‫*שקופית ‪:11‬‬
‫יחידות שמדשרות בי אטומי מתכת‬
‫ליחידה ע מי נקראת אקווה‪.‬‬
‫מיו )האות היוונית(– מציי שיש גישור‪.‬‬
‫המעבר בי גישור אד לשני הוא ע"י דה‪/‬פרוטונציה‪ .‬מתכות שיכולות לעבור חמצו‪/‬חיזור מבצעות‬
‫התאמה של מטע ע כל יציאת פרוטו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:12‬‬
‫חלבוני רבי דורשי מעברי אלקט'‪ .‬צרי התאמה בי פוטנציאל החימזור של החלבו לבי פוטנציא‬
‫הפעולה‪.‬‬
‫לנחושת שני מצבי חמצו יציבי והיא יכולה לעבור חמצו‪/‬חיזור בקלות‪.‬‬
‫נחשות במצב ‪Td – 1+‬‬
‫נחושת במצב ‪ / +2‬מרובע פלנרי‪.‬‬
‫כל מה שיעודד גיאומטריה של ‪ Td‬יביא ליצירת נחושת ‪ +1‬וכו'‪.‬‬
‫‪ R‬יותר גדול יותר הפרעה סטרית‪ .‬יש עיוות במישורית‪ .‬יש דחיפה לכיוו טטרהדר‪ .‬לכ המעבר בי ‪+2‬‬
‫ל‪ +1 /‬יהיה מועד‪ .‬פוטנציאל החיזור יהיה גבוה יותר‪.‬‬
‫אפקטי סטריי משפיעי על פוט' החיזור‪.‬‬

‫גור נוס‪:‬‬
‫‪ X‬משתנה – ‪ X‬הוא ליגנד שתלוי בחוזקו )ר‪/‬חזק(‪ .‬חמצ קשה יותר ולכ יקשור את ה‪ +2 /‬שהוא חזק‬
‫יותר‪.‬‬

‫*שקופית ‪:14‬‬
‫לא רק הליגנדי הקשורי למתכת משפיעי אלא ג ליגנדי אחרי‬

‫‪5‬‬
 ‫*שקופית ‪:15‬‬
‫במערכות חיות יש ריאקציות מהירות מאוד ויש חשיבות למערכות לביליות‪ .‬מערכת שיוצרת ושוברת‬
‫קשרי במהירות‪ .‬לעומת מערכת אינרטית‪.‬‬
‫מוצאי שמתכות לביליות ה מתכות שנפוצות במערכות ביולוגיות‪.‬‬
‫מתכות אלו ה בעיקר מהשורה הראשונה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:16‬‬
‫פלטינה מתכת אינרטית והיא לא נמצאת באופ טבעי בגו‪.‬‬
‫נית לנצל זאת ע"י קישור של קומפלקס פלטינה שנקשר חזק לבסיסי ‪ DNA‬והופ אותו לאינרטי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:17‬‬
‫ישנ מצבי שהקשרי ה פחות לבילי‪.‬‬
‫ביחידת ה לביליות של ברזל יורדת‪ .‬העמדות האקסיאליות בפורפירי הופכי ליותר לבילי בעמדות‬
‫אלו‪.‬‬
‫וכ בהמוגלובי קישור החמצ נעשה בעמדות אלו‪.‬‬
‫במערכות מסוימות יש מתכת קבורה בתו החלבו ואז קשה להגיע אליה‪ .‬זה מוריד את הלביליות של‬
‫המתכת‪.‬‬

‫*שקופית ‪:18‬‬
‫שני מנגנוני‪:‬‬
‫אסוציאטיבי – חילו ליגנדי דמוי ‪ .SN2‬בעיקר במתכות בעלות מס' קואורדינציה נמו‪.‬‬
‫דיסוציאטיבי – מחליפי ליגנדי דמוי ‪ .SN1‬בעיקר מתכות בעלות מס קואורדינציה גבוה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:19‬‬
‫שני סוגי של מנגנו‬
‫‪ – Inner sphere‬גישור ע"י ליגנד והמעבר דר המגשר‪.‬‬

‫*שקופית ‪:20‬‬
‫‪ – Outer shpere‬אי גישור אלא מעבר שמתרחש דר מולקולות קרובות‪ ,‬למשל ממס‪.‬‬
‫במערכות ביולוגיות ה חו‪ %‬ספריי‪.‬‬
‫זאת מכיוו שהמתכת מוקפת במולקולות ענק של החלבו ולכ יש עדיפות למנגנו זה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:21‬‬
‫לאשלג יש אורביטלי ‪ d‬רלוונטיי אבל אי לו אלקט'‪.‬‬

‫‪6‬‬
 ‫מוליבד הוא מתכת נפוצה בביולוגיה יש לה הרבה מצבי חמצו והיא יכולה לקחת חלק בתהליכי‬
‫חמצו‪/‬חיזור מרובי אלקט'‪.‬‬
‫אב‪ %‬היא אינה חימזורית‪ .‬היא יוצרת רמה מלאה והיא תמיד ‪ .+2‬לוקחת חלק בתגובות שלא משנות‬
‫את מצב החמצו שלה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:28‬‬
‫פיצול השדה חשוב במערכות ביולוגיות‪.‬‬
‫מתקבל כאשר יש הסרה של ניוו של אורביטלי ‪.d‬‬
‫האורביטלי שנמצאי על הצירי יוצרי דחייה ע הליגנדי ולכ אורביטלי אלו יהיו באנ' גבוהה‬
‫יותר לאכלוס‪.‬‬
‫פיצול זה עוזר בכ שא אנו יודעי מצב חמצו של מתכת ומדידות הראו שהקומפלקס הואדיאמגנטי‬
‫נדע מהו סוג הפיצול‪.‬‬

‫*שקופית ‪:30‬‬
‫אכלוס אלקט' של ניקל לפי הצורות השונות‪.‬‬

‫*שקופית ‪:33‬‬
‫העיקרו של זירוז תגובה כימית הוא תפקיד חשוב של מתכת‪.‬‬
‫קישור של ליגנד למתכת מאפשר לתגובה כימית להתרחש באופ מהיר יותר‪.‬‬
‫למשל הורדת ‪ .pKa‬המתכת סופגת את המטע השלילי‪.‬‬
‫דוגמה נוספת – הידרוליזה‪.‬‬
‫קישור של החמצ למתכת יוצר משיכת אלקט' וזה מזרז את ההתקפה של הנוקליאופיל‪.‬‬

‫*שקופית ‪:34‬‬
‫זירוז יכול להיעשות ע"י אפקט התבנית‪:‬‬
‫עוזר ליצור תרכובות טבעתיות‬
‫האב‪ %‬אוס את הליגנדי ואז יש קרבה כדי לקבל תגובת דחיסה בי האלדהיד לאמי‪.‬‬
‫כדי לסנתז פורפירי משתמי במתכת שנית להוציאה בקלות‪.‬‬
‫*שקופית ‪:35‬‬
‫קומפלקסי של מולקולות קטנות שנעשי על מנת ליצר מודל של אתר פעולה של חלבו‪.‬‬
‫זה טוב ל‪:‬‬
‫‪ .1‬ללמוד על החלבו‪ .‬נית להשוות בי כמה איזומרי וכו'‪.‬‬
‫‪ .2‬ללמוד על המנגנו ולנסות לחקות אותו‪.‬‬
‫השיטה המרכזית ליצירת מודל היא לקחת מתכת וליגנדי וליצור אות‪.‬‬

‫‪7‬‬
 ‫מצגת ‪:3‬‬

‫*שקופית ‪:4‬‬
‫ציטופלאסמה – המרווח שבתו התא‪ .‬נמצא בסביבה מימית‪.‬‬

‫*שקופית ‪:5‬‬
‫חלבו – חומצות אמי שקשורות אחת לשנייה‪.‬‬
‫מספור החלבו נעשה מהקצה אמיני‪.‬‬

‫*שקופית ‪:6‬‬
‫‪ 20‬חומצות‪ .‬מורכבת מפחמ מרכזי קשור למימ‪ ,‬קרבוקסיל‪ ,‬אמי וקב' נוספת שמשתנה מחומצה‬
‫לחומצה‪.‬‬
‫חומצה אמינית פשוטה – גליצי‪ .‬בעל שני מימני‪.‬‬
‫הפחמ המרכזי כיראלי ובעיקר בקונ' ‪S‬‬
‫הקב' הרביעית יכולה להיות הידרופובית כמו מתיל או שיירי אורגני אחרי‪ .‬ה תורמי‬
‫להידרופוביות של החומצה‪.‬‬
‫יש קב' בעלות דיפול שבה יש קב' כמו ‪ OH‬וכו'‪ .‬קב' אלו הידרופיליות‪.‬‬
‫יש קב' שיכולות ליצור קשרי יוני למשל גלוטאמאט‪.‬‬
‫יש לכל אחת סימו של שלוש אותיות‪ .‬בשני האחרונות ה קיבלו ש של אות אחת‪.‬‬

‫*שקופית ‪:7‬‬
‫יש חומצות טעונות ויש מצב נטרלי‪ .‬הכול תלוי ב‪ .pKa /‬ב‪pH /‬מסוי נית למצוא יוני או ניטרליות‪.‬‬

‫*שקופית ‪:8‬‬
‫החומצות יוצרות את הקשר הפפטידי‪:‬‬
‫פפטיד – חלבו קט‪.‬‬
‫ע"י קשר אמידי – חומצה קרבוק' ע אמי‪.‬‬
‫בסו כל חלבו יהיו קצה אמיני וקצה קרבוק'‬
‫לקצה האמיני קוראי ‪/N‬טרמינוס‬
‫לקצה הקרבו' – ‪ C‬טרמינוס‪.‬‬
‫קשר פפטידי‪/‬אמידי בעל רזוננס והוא יחסית מישורי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:9‬‬
‫כל חומצה בעלת שייר רב אטומי יכולה להתקשר למתכת כליגנד‪.‬‬
‫הוא יכול להיות ג מגשר בי מתכות‪.‬‬

‫‪8‬‬
 ‫*שקופית ‪:10‬‬
‫קשרי נוספי שיכולי להיות‪.‬‬

‫*שקופית ‪:11‬‬
‫קישור אפשרי נוס יכול להתבצע דר הקצוות של החלבו )האמי והקרבו'( וג חנק של קשר אמידי‬
‫אחרי דה‪/‬פרוטונציה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:12‬‬
‫כל פעילות של חלבו תלויה במבנהו התלת מימדי‪.‬‬
‫המבנה תלוי ברצ החומצות המרכיבות את החלבו‪.‬‬
‫נהוג לפרק לרמות‪:‬‬
‫מבנה ראשוני – שורת החומצות שמרכיבות את החלבו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:13‬‬
‫מבנה שניוני – הקונפורמציה המקומית של איזור בחלבו שכולל בד"כ תבניות ספציפיות של קשרי‬
‫מימ‪.‬‬
‫הסוגי הכי נפוצי – סליל אלפא – חלק מ החלבו מסתדר כסליל ע"י יצירת קשרי מימ פנימיי‪.‬‬
‫קונפורמציה אחרת – יריעת בטה ‪ – beta sheet‬קשרי מימ שי שתי שרשראות חלבו‪.‬‬
‫יש שני סוגי יריעות – מקבילה )קשרי מימ בי שרשראות שהולכות לאותו כיוו‪ ,‬אי לקרבוקסיל(‬
‫ואנטי מקבילה )יותר נפוצה‪ ,‬החלבוני הפוכי אחד לשני(‪.‬‬
‫קשרי גופרית נוצרי בד"כ א יש שתי חומצות ציסטאי‬

‫*שקופית ‪:14‬‬
‫המבנה השלישוני – התלת מימד בו מסתדר החלבו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:15‬‬
‫מבנה זה מתאר ארגו של מספר יחידות חלבו שיוצרות מארז חלבוני של‪.‬‬
‫מספר יחידות יוצרות תת‪/‬יחידה שביחד יוצרות תא יחידה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:16‬‬
‫מהי תלות הקיפול –‬
‫יש חלבוני קושרי מתכות שהתלות במתכת היא רבה מאוד לקביעת המבנה )בעיקר המבנה‬
‫השלישוני(‪.‬‬
‫בלי המתכת יתקבל מבנה אחר לגמרי‪.‬‬

‫‪9‬‬
 ‫יש חלבוני בה המתכת לא משפיעה על המבנה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:17‬‬
‫א יודעי מבנה ראשוני הא נית לדעת מבנה שלישוני ואיזה איזור יקשור את המתכת‪:‬‬
‫לא נית לקבוע זאת בוודאות‪ .‬לעיתי נית להסיק שרצ מסוי יכול להתקפל למבנה מסוי ואולי‬
‫לשער מכא מה יהיה‪.‬‬
‫החלבו בתמונה ורצ חומצות האמינו שלו מכיל הרבה ציסטאי‪.‬‬
‫חלבו זה קושר ברזל דר ‪ 4‬ציסטאיני ולכ א יש שני אתרי של ‪ 4‬ציסטאיני נית לקשור שני יוני‬
‫ברזל‪ .‬א רק שלושה מאיזור אחד ואחד מהשני קושרי ברזל אחד והשני נקשר מ האחרי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:18‬‬
‫חומצת הגרעי – ‪ DNA‬פולימר של נוקלאוטידי‪.‬‬
‫כל נוקליאוטיד קשור לבסיס מסויי והוא קובע את רצ חומצות האמינו בחלבו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:19‬‬
‫יש סליל של ‪ DNA‬שמתורגי ל‪.RNA /‬‬

‫לפרוקריוטי‬

‫לאאוקריוטי יש מקטעי שלא מובילי לחלבו‪.‬‬

‫אקסו – יחידות שמובילות לחלבו‬
‫אינטרו – רצ מיותר‬

‫*שקופית ‪:20‬‬
‫לאאוקריוטי יש מקטעי שלא מובילי לחלבו‪.‬‬
‫אקסו – יחידות שמובילות לחלבו‬
‫אינטרו – רצ מיותר‬

‫*שקופית ‪:21‬‬
‫נית ע"י שיבוט להגיע למקטעי ‪ DNA‬מענייני‪.‬‬
‫ע"י סינתוז ה‪ DNA /‬נית לסנתז חלבו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:22‬‬
‫דוגמא לשיבוט גני –‬

‫‪10‬‬
 ‫את השרשרת מחלקי למס קטעי וכ נית לראות איזה חלק מייצר את החלבו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:23‬‬
‫נית להחלי חומצה אמינית אחת באחרת וכ נית לחקור תופעה של החלפות חומצות‪.‬‬

‫מספר – חומצה – מספר – ההחלפה של החומצה הראשונה במיקו המספרי בשרשרת בחומצה‬
‫השנייה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:25‬‬
‫‪ DNA‬ו‪ RNA /‬ה פולימרי של נוקליאוטידי‪.‬‬
‫נוקלאוטיד הוא סוכר שמחובר לבסיס ופוספאט‪.‬‬
‫נוקליאוזיד – סוכר ע פוספאט‬
‫ההבדל בי ‪ DNA‬ל‪ – RNA /‬בסוג הבסיסי ומבנה‪ – DNA .‬דו גדילי לעומת חד גדילי‪.‬‬
‫במקרה של יותר מפוספאט אחד‬

‫*שקופית ‪:26‬‬
‫בניגוד לחלבוני שבה הקשקר הפפטידי מישורי – כא אי בהכרח מישוריות אלא מגוו‬
‫קונפורמציות‪.‬‬
‫מבנה זה משפיע בעיקר על ‪ RNA‬כי הוא יותר נתו לשינויי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:27‬‬
‫ישנ ארבעה בסיסי‪ .‬שלושה משותפי עבור ‪ DNA‬ו‪ RNA /‬ואחד שונה‪.‬‬
‫פרימידיני – מכילי טבעת אחת‪.‬‬
‫תימי – רק ב‪.DNA /‬‬
‫פוריני – מכילי שתי טבעות‪.‬‬

‫*שקופית ‪:28‬‬
‫מבנה דו גדילי נוצר ע"י קשרי מימ‪ .‬יצירת מאוד ספציפי‬
‫קשרי הוגשטיי – פחות נפוצי‪ .‬מכילי קשרי מימ ע חנק‪.‬‬

‫*שקופית ‪:29‬‬
‫מספר סוגי של ‪ DNA‬השוני בתכונות שונות שלה למשל המרווחי וכו'‪.‬‬
‫המבנה המרכזי הוא ‪.B- DNA‬‬

‫*שקופית ‪:30‬‬

‫‪11‬‬
 ‫שעתוק – מעתיק את ה‪.DNA /‬‬
‫שליח – מעביר את המידע לריבוזו – היחידה שבה מתבצע התרגו של ‪ DNA‬לחלבו‪.‬‬
‫מעביר – קשור אימנו ומעביר לריבוזו‬
‫ריבוזיי – משמש לזירוז תגובות‪ .‬מכיל מתכת‪.‬‬

‫*שקופית ‪:31‬‬
‫ג ב‪ RNA /‬יש חשיבות למבנה שלישוני מבחינת התפקוד‬

‫*שקופית ‪:32‬‬
‫חנקני נוקליאופילי או חמצני‬
‫בפוריני ‪ 7 N‬הוא הפעיל ביותר‪.‬‬

‫*שקופית ‪:34‬‬
‫חמצני ופוספאטי ה ליגנדי קשי ולכ יתקשרו למתכות קשות‪.‬‬

‫הפלטינה בציס‪/‬פלאטי נקשרת ל ‪7 N‬‬

‫*שקופית ‪:35‬‬
‫מולקולת אנרגייה‪.‬‬
‫קישור זה נמצא הרבה בטבע‪ .‬הוא מקל על פירוק הקשר ‪ P/O/P‬במולקולה‪.‬‬
‫מגנזיו מתכת קשה והיא נקשרת לחמצני‪.‬‬

‫*שקופית ‪:36‬‬
‫קומפלקס ע קדמיו שנקשר דר ‪.7 N‬‬
‫קדמיו מתכת רכה‪.‬‬
‫*שקופית ‪:37‬‬
‫קישוריות למתכת מוביל לריאקציה של פירוק ה‪ RNA /‬וכו'‪.‬‬

‫*שקופית ‪:39‬‬
‫כרומוזו מכיל מידע גנטי‪ .‬מכיל סליל ארו מאוד של ‪.DNA‬‬

‫*שקופית ‪:40‬‬
‫נראה כמו שרשרת חרוזי שכל חרוז מכיל ‪ 8‬יחידות איסטו שעטו במקטע ‪.DNA‬‬
‫בי היחידות יש מקטע נוס של ‪.DNA‬‬

‫‪12‬‬
 ‫*שקופית ‪:41‬‬
‫חומצות גרעי מכילות גופרית ולא חמצ נמצאו ג‪.‬‬
‫גופרית רכה יותר מחמצ ולכ תקשור מתכות אחרות‪.‬‬
‫נית לנצל זאת לקביעת מבני וכו'‪.‬‬

‫*שקופית ‪:43‬‬
‫יחידות אורגניות שה לא יחידות גרעי ולא חומצות אמי‪.‬‬
‫כלורופיל מכיל יו מגנזיו‬

‫*שקופית ‪:44‬‬
‫‪ B12‬מכיל חומצה פרוסתתית )שאינה אמינית(‬

‫*שקופית ‪:45‬‬
‫פעילותה מתאפשרת ע"י יצירת קומפלקסי ע מתכות‬
‫זוהי תרכובת טבעית נגד פעילות סרטנית‪.‬‬

‫*שקופית ‪:47‬‬
‫תרכובת אורגנית – מקל על קליטת ברזל‪.‬‬

‫‪13‬‬
 ‫מצגת ‪:4‬‬

‫*שקופית ‪:4‬‬
‫שיטת מדידה נקבעת לפי מצבי אלקטרוניי שוני‪.‬‬
‫מקריני באור בעל תדירות או שהוא יתפזר או שהוא יבלע‪.‬‬
‫*שקופית ‪:5‬‬
‫צרי להתאי שיטת מדידה למהירות הריאקציה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:7‬‬
‫קרני ‪ – X‬אור גל של בער אנגסטר‪ .‬אנ' שלה גבוהה מאוד מתאמי לבדיקת מבנה מולקולרי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:8‬‬
‫מתבסס על הקרנה של גביש‪.‬‬
‫קר אור פוגעת ומוחזרת‪.‬‬
‫חייבי שיהיה גביש בעל מבנה מסודר )מרחקי זהי וכו'(‬
‫מרחקי אלו מענייני אותנו כמוכ זוויות הקשר‪.‬‬
‫קר פגועת באטו בשכבה‪ .‬מוחזרת‪ .‬אור הקשר יינת ע"י מס' של של אורכי גל‪ .‬הזווית תנת ע"י‬
‫גילוי השבירה של האור‪.‬‬
‫שיטה טובה לקביעת מבנה של תרכובות קטנות‪ ,‬דיוק גבוה מאוד‪ .‬נפוצה ג בחלבוני‪ .‬הדיוק‬
‫במולקולות גדולות קט יותר‪.‬‬
‫אטומי כבדי עוזרי לפתרו המבנה‪ .‬זאת בגלל צפיפות האלקט' הגדולה בה‪.‬‬
‫חסרו – סובל מסוביקטיביות‪.‬‬

‫*שקופית ‪:9‬‬
‫למטה – מפת צפיפות אלקט'‪ .‬מיפוי זה נעשה לא באופ מדויק והוא נתו לטעות בפענוח‪.‬‬

‫*שקופית ‪:10‬‬
‫תרכובות מישוריות )בעיקר ארומטיות( יכולות להכנס בי קשרי המימ של ה‪.DNA /‬‬
‫לאלו קוראי אינטר‪/‬קלאטורי‪.‬‬
‫מערכות יכולות להיות אורגניות ואי אורגניות‪.‬‬
‫לפי המתכת הכבדה )‪ (Pt‬היה נית לפענח את המבנה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:11‬‬
‫בליעה בניגוד לשבירה‪:‬‬
‫האנ' שלה מסוגלת לעורר אלקט' לאורביטלי גבוהי באנ'‪.‬‬

‫‪14‬‬
 ‫נית לקבל מידע על האטו עצמו ועל שכניו‪.‬‬
‫חסרו גדול – פחות מדויקת‪.‬‬
‫יתרו – אי קשר למצב צבירה של החומר‪.‬‬

‫*שקופית ‪:12‬‬
‫‪ NMR‬ו‪EPR /‬‬
‫יש חלקיק ע מומנט מגנטי שנמצא בשדה מגנטי אזי יהיה לו מומנט מגנטי ע כיוו השדה או נגדו‪.‬‬
‫‪ /NMR‬מודדי מימ‪.‬‬
‫‪ – EPR‬עבור אלקט'‪ .‬אותו עקרו של שיטה רק מודדי הפרשי רמות בי אלקט'‪.‬‬

‫*שקופית ‪:13‬‬
‫אלקט' לא מזווג הוא בעל ספי ולכ נית למדוד אותו‪.‬‬
‫משינוי שדה או אנ' בשדה קבוע נת לקבוע את הספי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:14‬‬
‫ברזל ונחושת נפוצי מאוד לבדיקה ב‪.EPR /‬‬

‫*שקופית ‪:16‬‬
‫כל רדיקל נית למדידה ב‪.EPR /‬‬
‫סופר אוקסיד אניו – מזיק‪ .‬נית לעקוב אחריו‬

‫*שקופית ‪:18‬‬
‫דו‪/‬מימדית בודקת השפעה על שכני‪.‬‬
‫בעייה ע תרכובת פאראמגנטית‪ .‬הספי מתערב ויוצר ספקטרו רווי‪ .‬דר להתגבר – החלפת המתכת‬
‫במתכת דיאמגנטית‪.‬‬
‫הרזולוציה יחסית נמוכה )= טובה(‪.‬‬

‫*שקופית ‪:19‬‬
‫כל גרעי ע ספי שונה מ‪ 0 /‬והוא בעל מס' אי זוגי של חצאי ספי יכול לעבור ‪.NMR‬‬
‫שכיחות נמוכה של איזוטופי מחייבת ‪ .1 :‬העשרה של האיזוטופ ‪ .2‬ריכוז גבוה של תמיסה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:20‬‬
‫שימוש בקרני גאמא – אנ' גבוהה ביותר‪ .‬נותנות ימוש בשיטת מוסבאואר‪.‬‬
‫מאפשרת לראות שינויי בתו הגרעי‪.‬‬

‫‪15‬‬
 ‫*שקופית ‪:21‬‬
‫מוגבלת מאוד‪.‬‬
‫א ורק ברזל!!‬
‫בליעת האנ' נותנת מידע על מצב חמצו‪ ,‬סוג ליגנדי וכו'‪.‬‬

‫*שקופית ‪:22‬‬
‫‪ UV‬ונראה – מעבר אלקט' בי רמות‬
‫‪ – IR‬מעברי ויברציוני בתו המולקולה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:23‬‬
‫מעברי שקשורי לליגנד – מעבר אלקט' בתו הליגנד‬
‫מעברי שקשורי במתכת – מעבר אלקט' בתו המתכת‬
‫מעברי שקשורי במעבר מע בי מתכת לליגנד‪.‬‬

‫*שקופית ‪:24‬‬
‫נפוצות בכימיה אורגנית‬
‫ראמ נות מידע על ליגנדות ועל קומפלקסי ביניי‬

‫*שקופית ‪:25‬‬
‫‪ – CD‬בליעה של אור מקוטב ע"י אננטיומרי‪ .‬הספקטרו יכול לקבל ער שלילי או חיובי לפי‬
‫האננטיומר‪.‬‬
‫מראה מעברי אלקט'‬
‫שיטה נפוצה לקביעת מבנה שניוני של חבלו‪.‬‬
‫‪ – MCD‬בליעה של כל מולקולה בהפעלת שדה מגנטי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:26‬‬
‫נית למדוד את המומנט המגנטי ולהסיק על מצב האלקט'‪.‬‬
‫צימוד מגנטי – שני אוטמי מגושרי ולכל אחד מה אלקט' לא מזווגי‪ .‬הספי של שניה יכול‬
‫להגביר אחד את השני א שניה לאותו הכיוו או לקזז אחד את השני א הספיני הפוכי‪.‬‬
‫צימוד מקזז נקרא אנטי פרו‪/‬מגנטי‪.‬‬
‫צימוד בונה – פרו‪/‬מגנטי‪.‬‬
‫שני אלו נמדדי בערכי של ‪.J‬‬
‫מערכת מצומדת )ע מס' אי זוגי של אלקט'( באנטי תהייה בסה"כ דיאמגנטית ולכ לא יהיה לה‬
‫‪ .EPR‬ההיפ א ס' האלקט' זוגי‪.‬‬

‫‪16‬‬
 ‫מצגת ‪:5‬‬

‫*שקופית ‪:5‬‬
‫הנפוצי ביותר נמצאי בריכוזי הגבוה ביותר‬
‫נתר ואשלג מופיעי ג כממויימי וג כקומפלקס למשל מנטרלי אתרי שליליי בחומצות גרעי‪.‬‬
‫יוני מתכות המעבר הנפוצי – ברזל נחושת ואב‪.%‬‬
‫הסיבה העיקרית היא הלביליות של המתכות האלו‪ .‬ה יוצרות קישורי מהירי והתארגנות מרכז‬
‫מתכתי מהיר‪.‬‬
‫סיבה נוספת – שכיחות באטמוספירה‬

‫*שקופית ‪:7‬‬
‫יש מתכות שיכולות לבצע תפקידי דומי ואז תועד זו השכיחה יותר‬

‫*שקופית ‪:8‬‬
‫דרכי בה יו נכנס‪:‬‬
‫דיפוזיה – א ריכוזו גבוה בחו‪%‬‬
‫תעלות יוניות‬
‫ליגנדי קלאטי – מיקרואורגניזמי מפרישי תרכבות קלאטית שעובר את הממברנה קולט את‬
‫היו ומעביר אותו פנימה בדיפוזיה או ע"י רצפטורי‬
‫משאבות – חלבו המאפשר כניסת יוני בניגוד למפל ריכוזי‪ .‬זוהי השקעת אנ' ולכ היא מלווה‬
‫בראיקציה שנותנת אנ'‪.‬‬

‫המתכת יכול להכנס כיו פשוט או לקומפלקס‬

‫אחרי הכניסה – יכול להשאר כיו יכול להתקמפלקס או להקשר דר ליגנדי למבנה ענק כצבר‪.‬‬

‫*שקופית ‪:9‬‬
‫חלבוני שיושבי על ממברנה של התא )שומנית(‬
‫החלבו יושב עליה ומאפשר חדירה של היו דר התעלה‪.‬‬
‫התעלה בנויה כ שהיא יכולה להתחבר ע היו בשכבה הפנימית וע הממברנה בשכבה החיצונית‪.‬‬

‫*שקופית ‪:10‬‬
‫דוגמה להעברת יוני ברזל‪:‬‬
‫באמצעות קלאטי‬
‫סיידרופורי – תרכובת אורגנית שיוצרת קלאט חזק ע ברזל‪.‬‬

‫‪17‬‬
 ‫כשאר לקחו את ‪ a‬וקימפלקסו אותו ע ברזל מצאו שיש דמיו לטריקאטאחול‪.‬‬
‫הקישור מתבצע דר הקאטאחול )שתי קבוצות ‪ OH‬בבנז(‪.‬‬
‫הקומפלקס חזק מאוד‪.‬‬
‫יש שלושה מרכזי כיראליי ‪ S‬וכאשר יוצרי קומפלקס ע ברזל יש מרכז כיראלי נוס‪ .‬נוצר ‪C3‬‬
‫נית יהיה לקבל דיאסטריומרי בתערובת‪.‬‬

‫*שקופית ‪:11‬‬
‫דוגמא לכיראליות כאשר הכרו מחלי את הברזל ודומה לו‪.‬‬

‫א מגיבי את הכיראלי ע חומר נוס נית לקבל שני תוצרי‬

‫*שקופית ‪:12‬‬
‫בספקטרו זה בדקו את שני הקומפלקסי של הכרו ועשו ספקטרו ‪ CD‬מצאו שאחד‬
‫האננטימורי בולע חיובית והשני שלילית‪.‬‬

‫*שקופית ‪:13‬‬
‫החיידק מפריש את החומר שמקמפלקס את הברזל – סיידרופור ואז הרצפטור מזהה את הקומפקלס‬
‫ומחזיר אותו במשאבה‪.‬‬
‫חוזר ע רצפטור‪ .‬רצפטור מזהה קבוצה פונק' והוא זה‬

‫*שקופית ‪:14‬‬
‫כאשר לקחו קטאטחול ע רדיו הוא לא מעכב צריכת ברזל‪.‬‬
‫כאשר לקחו ליגנד דומה רק ע אמיד מצאו שקומפלקס ע רודיו כ מעכב את צריכת הברזל‪.‬‬
‫כ מצאו שיש יחידה שמזהה את התרכובת המתכתית‪.‬‬
‫המולקולה הימינית למטה יכולה להחלי את הטבעית‪.‬‬

‫*שקופית ‪:15‬‬
‫החלק האסטרי מאפשרת את שחרור הברזל א זה לא נכו כי הטבעת הארומטית שבתחלי ג היא‬
‫מעבירה את הברזל‪.‬‬

‫*שקופית ‪:16‬‬
‫תעלה שמזהה אניוני‪ .‬כלומר חומצות האמי הפנימיות בעלות מטע חיובי‪.‬‬
‫התהלי הזה מוביל לרעילות‬

‫‪18‬‬
 ‫האניו נכנס דר תעלה ומאפשרת חדירה‪ .‬כאשר הוא נכנס לתא הוא עובר חיזור תו תאי למשל ע‬
‫גלוטאטיו‪ .‬הכרו יורד למצב חמצו ‪ 5‬ואז הוא מתקמפלקס ע ‪ DNA‬ועובר ל‪ /‬מצחב חמצו ‪ .3‬אז‬
‫יש בעייה של יציאה מחו‪ %‬לתא‪.‬‬
‫בעייה זו יכולה לגרו לתא סרטני‪.‬‬
‫רעילות של חומר תלויה ביכולת ההחדרה של היו לתא‪.‬‬

‫*שקופית ‪:18‬‬
‫תרכובת זו ציס‪/‬פלאטי קומפלקס שמוחדר באמצעות הזרקה למערכת הד‪ .‬הוא נשאר בצורתו‬
‫המקורית ש‪.‬‬
‫כאשר הוא מגיע לתאי הוא יכול לחדור בדיפוזיה לתא‪ .‬ריכוז יוני ‪ Cl‬נמו יותר ויש חילופי ליגנדי‬
‫לליגנדי מי‪ .‬התרכובות האלו ה פעילות‪ .‬מקבליפ קישור של הפלטינה לבסיסי ה‪ DNA /‬ומעכבת‬
‫גדילה של תאי סרט‪.‬‬

‫*שקופית ‪:21‬‬
‫סוג הצברי הנפו‪ – %‬צברי ברזל‪/‬גופרית לצור העברת אלקט'‪ .‬לברזל יש שני מצבי חמצו והוא יכול‬
‫להעביר אלקט' לעבר תהליכי חמצו‪/‬חיזור‪.‬‬
‫‪ 4‬חברי במשפחה‪:‬‬
‫‪ – 2Fe-2S‬שני אטומי ברזל שמגשרי בינה שני אטומי ברזל‪ .‬הצבר הזה הוא אתר הפעיל של חלבו‬
‫שמתאשר בקישור לציסטאי‪ .‬ה‪ S /‬לא מתייחס לגופרית שעל הציסטאי‪.‬‬
‫‪ 1Fe-0S‬קשור לארבעה אטומי הגופרית של החלבו‬
‫‪ – EPR‬כאמור‪ ,‬ספקטרו שמודד אלקט' בלתי מזווגי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:22‬‬
‫איזור המתכת קרוב מאוד לשטח החלבו‪ .‬זה אופייני למתכת מעבירה אלקט'‪.‬‬

‫*שקופית ‪:24‬‬
‫דוגמא למצב בו הקריסטלוגרפיה טעתה לגבי מבנה מרחבי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:28‬‬
‫כדי לחקור מרכז מתכתי מסנתזי מרכז סינטתי‪ .‬לא קל לכוו את הברזל ע הגופרית‪.‬‬
‫לעיתי נית לקבל פולימר‪ .‬לעיתי נקבל מערכת בי‪/‬סולפיד וכו'‪.‬‬

‫‪19‬‬
 ‫*שקופית ‪:29‬‬
‫ברגע שעשינו מודל חוקרי כימיה‪:‬‬
‫במקרי מסויימי נית לקבל חילופי ליגנדי‬
‫נציי מונחי‪:‬‬
‫הולופרוטי – חלבו ע המתכת‪.‬‬
‫אפופרוטי – חלבו בלי המתכת‪.‬‬

‫*שקופית ‪:30‬‬
‫החמצ יכול ג הוא לגשר‬

‫*שקופית ‪:31‬‬
‫חלבו זה תפקידו לאגור ברזל לשעת חירו‪.‬‬
‫החלבו מתאי את עצמו לשמירה זו‪.‬‬
‫הצברי מכילי שתי תעלות – הידרופוביות והידרופיליות‬
‫התעלה ההידרופילית מאפשרת מעברי כאלו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:32‬‬
‫מודל זה הוא סינתטי‬

‫*שקופית ‪:36‬‬
‫אוקסו טרנספר – העברת יחידת אוקסו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:37‬‬
‫למוליבד מספר מצבי חמצו יציבי ולכ יכול לשמש מתכת לתגובת חמצו‪/‬חיזור‬

‫*שקופית ‪:38‬‬
‫צברי של מוליבד וברזל – מופיעי בניטרוגנאז‪.‬‬
‫ההשערה היא שהחנק נקשר לברזל ולא ומוליבד‪.‬‬
‫מנגנו לא ברור‪.‬‬

‫‪20‬‬
 ‫מצגת ‪:6‬‬

‫*שקופית ‪:4‬‬
‫מתכת בעלת תפקיד ביולוגי – תא לא יוכל לתפקד בלעדיה‪.‬‬
‫ככל שהריכוז עולה יש עליה בתפקוד התא‪ .‬א הריכוז הוא מעבר לתחו הקריטי אז האפקט נהפ‬
‫לרעילות‪.‬‬
‫הרעילות נובעת ממספר סיבות כמו תחרות על אתרי קישור וכו'‪.‬‬
‫הומאוסתזיס – שמירה על גבולות ריכוז‪.‬‬
‫היוני שאינ פעילי בביולוגיה רעילי בכל ריכוז‪.‬‬
‫יש מערכות שמצליחות להיפטר מריכוזי נמוכי – תהלי זה נקרא דה‪/‬טוקסיפיקציה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:5‬‬
‫דוגמא למתכת הכרחית – ברזל‪.‬‬
‫המערכת הביולוגית לא יכולה להתקיי בלי ברזל‬
‫עוד ברזל נובע מתקלה‬
‫יכול להביא לחמצו‪ ,‬יצירת רדיקלי חמצ‬
‫את הברזל נית לקמפלקס ע"י קלאט ע הליגנד הנ"ל משמאל‪.‬‬

‫*שקופית ‪:6‬‬
‫פלטינה רעילה‪ .‬אינרטית יוצרת קשרי חזקי ע ‪.DNA‬‬
‫כאשר מדובר בסרט היא תרופה‪ .‬הפלטינה הורסת את תאי הסרט‪.‬‬
‫פלדיו לבילי יותר מפלטינה‪ .‬לא משתמשי בקומפלקסי פלידו מכיוו שה לבילי‬

‫*שקופית ‪:7‬‬
‫כיצד מגיע ברזל לתאי יונקי‪:‬‬
‫ע"י אוכל‪ .‬למשל אבוקדו‪ .‬הברזל מובל במחזור הד אל תהאי ע"י חלבו טרנספרי‪ .‬הוא קושר ברזל‬
‫לאתר פעיל ומעביר אותו‪.‬‬
‫כל חלבו קושר שני יוני ברזל‪.‬‬

‫*שקופית ‪:8‬‬
‫החלבו משנה את עצמו כאשר הוא קושר את הברזל‪ .‬יש קישור ג של יו קרבונט‪.‬‬
‫קישור הברזל מקל על קישור הקרבונט ולהיפ‪.‬‬

‫*שקופית ‪:9‬‬
‫הברזל קשור בי‪/‬דנטטית לקרבונט‪.‬‬

‫‪21‬‬
 ‫הברזל אוקטהדרלי‪.‬‬
‫יו הקרבונט יוצר קשרי מימ‬
‫ומה שמחזיק את המערכת הוא הקשר ברזל קרבונט‪.‬‬

‫*שקופית ‪:10‬‬
‫הטרנספרי מוביל ומגיע לתא‪ .‬הברזל נכנס לתא ע"י רצפטורי‪.‬‬
‫רצפטור הוא חלבו שיושב מחו‪ %‬לתא ומזהה טרנספרי שקשור לברזל‪.‬‬
‫חלק מ הממברנה נכנס ע הרצפטור והחלבו ויוצר אברו תו תאי‪ .‬זה נקרא אנדוזו‪.‬‬
‫אח"כ יש משאבת פרוטוני‪ .‬יש ירידת ‪ pH‬הלגיגנדי עוברי פרוטונציה ואז הברזל משתחרר‪.‬‬

‫*שקופית ‪:11‬‬
‫החלבו פריטי מאפשר להתמודד ע ריכוזי ברזל שוני‪ .‬הוא זה שישמור ברזל עוד‪.‬‬
‫מצבי התרגו של ‪ DNA‬ל‪ RNA /‬תלוי בריכוז החלבו המיועד‪.‬‬

‫*שקופית ‪:12‬‬
‫אי מתבעת הרגולציה‪:‬‬
‫היא מתרחשת בשלב תרגו ה‪DNA /‬ל‪ .RNA /‬אי?‬
‫מצד שמאל – תיאור של מסנג'ר ‪ .RNA‬ישנו לופ של מס' בסיסי שונ שנקראי ‪iron responsive‬‬
‫‪.elemnt‬‬
‫הקישור תלוי בריכוז של יוני הברזל‪.‬‬
‫הקישור מונע את יצירת החלבו‪.‬‬
‫מצד ימי – טרנספרי רצפטור – קישור מונע פירוק של מסנג'ר ‪.RNA‬‬
‫בריכוז גבוה יש קישור של ברזל לאתר ‪IRE-BP‬‬

‫*שקופית ‪:14‬‬
‫באנזי זה יש מעבר בי הצברי של ברזל וגופרית‪.‬‬
‫ג כא יש שינוי במבנה‬

‫*שקופית ‪:15‬‬
‫בקטריה זו קולטת תרכובות כספית ובשני שלבי היא הופבת אות לכספית מתכתית‬
‫לכספית יש אפיניות גבוהה מאוד לגופרית‪ .‬בגלל ששתיה רכות‪.‬‬
‫הבקטריה נקשרת לכספית‬
‫מערכת הסילוק מוכרבת משני אנזימי‬

‫‪22‬‬
 ‫*שקופית ‪:18‬‬
‫פוטנציאל שנוצר מיו מסוי מבוטא ע"י משוואת נרנסט‪.‬‬
‫כ למשל נובע שריכוז נתר מחו‪ %‬לתא גדול מבפני התא‪.‬‬
‫ההיפ הוא ע אשלג‪.‬‬

‫ריכוז כלור גבוה מחו‪ %‬לתא מאפשר הימצאות של ציס‪/‬פלאטי ע ליגנדי כלור‪ .‬ברגע שהוא נכנס לתא‬
‫הכור יוצא ומוחל במי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:19‬‬
‫זר שיעבור בתעלה יונית הוא לפי חוק אוה‬

‫*שקופית ‪:21‬‬
‫חלבו זה מאפשר שמירה על ריכוזי יוני נתר אשלג גבוהי בכל צד של הממברנה‪.‬‬
‫החלבו הזה קושר שלושה יוני נתר לאחר מכ ה‪ ATP /‬מתפרק ומשנה את מבנהו וכ פונה החוצה‪,‬‬
‫משחרר את הנתר‪ ,‬קושר אשלג‪ ,‬פונה חזרה לתו התא ומשחרר אות‪.‬‬

‫*שקופית ‪:22‬‬
‫תעלת יוני זו נקראת אצטיל‪/‬כולי רצפטור‪.‬‬
‫חלבו זה יושב על הממברנה בעל חמש תתי‪/‬יחידה‪ .‬שתי תתי יחידה זהות וכל תת כזו קושרת אצטיל‪/‬‬
‫כולי אחד‪.‬‬
‫תעלה זו תכלול קצוות הידרופיליות בתוכה‪.‬‬
‫תעלת יוני זו אינה סלקטיבית‪ .‬מעבירה קטיוני‪.‬‬

‫*שקופית ‪:23‬‬
‫תא העצב נמצא ליד תא המקבל מידע ממנו‪.‬‬
‫על הממברנה יושבי הרצפטורי‪ .‬לתא העצב יש בועות ע אצטיל‪/‬כולי‪.‬‬
‫הוא משוחרר ויוצר קומפלקס ע הרצפטור‪ .‬התעלה נפתחת ויש זרימה של יוני לתו התא‪.‬‬

‫*שקופית ‪:25‬‬
‫חשיפה ממושכת לאצטיל‪/‬כולי יכול להביא לאי פעילות של הרצפטור‪.‬‬

‫*שקופית ‪:26‬‬
‫תעלות נתר נוספות‪ ,‬ספציפיות לנתר מושפעות משינוי הפוטנציאל‪ .‬תעלות לאשלג מתנהגות דומה‬
‫א לאט יותר‪.‬‬
‫תהלי של העברת הסיגנל – יש שחרור‬

‫‪23‬‬
 ‫זרימה של נתר פנימה הורסת את הפרש המטעני בתו התא‪ .‬שינוי זה גור לתעלות ספציפיות‬
‫לנתר להכנס‪ .‬כ זה יכול להתפשט ולהתרחב‪.‬‬
‫לאחר מכ נפתחות תעלות האשלג‪.‬‬

‫*שקופית ‪:29‬‬
‫מבנה תעלות הנתר לא ממש ידוע‪ .‬בנויות משתי תתי‪/‬יחידה‪ .‬בכל תת יחידה יש שישה גדילי‬
‫הולכה יורדת ע ירידה של ‪.pH‬‬

‫‪24‬‬
 ‫מצגת ‪:7‬‬

‫*שקופית ‪:4‬‬
‫המבנה הוא בעל תפקיד‪ .‬יש התאמה בי תפקיד למבנה‪.‬‬
‫יוני מתכות משפיעי על מבנה וכ על התפקיד‪.‬‬
‫יש הרבה חלבוני המבנה שלה עוזר באינטראקציות‪ .‬בעיקר מבנה שלישוני‪.‬‬
‫יש הבדל בי קישור לחומצות גרעי לבי קישור לחלבו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:5‬‬
‫חלבוני שמבניה תלוי במבנה מתכות‪:‬‬
‫אנזי שנקרא אספרטט – מזרז את התגובה הכימית שבשק‪ .‬תגובה זו מתרחשת בשלב הראשו של‬
‫ביו סינתזה של פירמידי‪.‬‬
‫אנזי זה נמצא בבקרה אלוסטרית‪ .‬כאשר יש אתר פעיל שמבצע את הכימיה ואתר פעיל נוס שקושר‬
‫מעכב או מזרז‪.‬‬
‫האינטראקציה באיזורי אלו משפיעה על יציאה לפועל של התגובה‪.‬‬
‫במקרה זה נמצא שא מוסיפי את תוצר התגובה יש עיכוב ומולקולת ‪ ATP‬היא זרז‪.‬‬
‫אדנוזי מכיל יותר פוריני ולכ צרי יותר פירמידיני‪.‬‬
‫יש שני מצבי רבעוניי – מצב אחד בעל אפיניות גבוהה ומצב שני אפיניות נמוכה לסובסטרט‪.‬‬

‫*שקופית ‪:6‬‬
‫צורה סכמטית לתיאור המבנה‪ 12 .‬תתי יחידות‪.‬‬
‫‪ 6‬יחידות קשורות לבקרה )אפור‪ ,‬מופיעי כשלושה דימרי( ו‪ 6 /‬לאתר הקטליטי )בורוד‪ ,‬מופיעי‬
‫כשני טרימרי(‪.‬‬
‫בשחור האיזור שקושר מעכב‪/‬זרז‪.‬‬
‫משולש – איזורי היחידות הקטליטיות אליה נקשר המגיב‪.‬‬
‫חלבו זה קושר שישה יוני אב‪ .%‬יוני אלו נקשרי לאתרי הבקרה‪ .‬הוא נקשר דר ליגנדי‬
‫ציסטאיני‪.‬‬
‫נוכחותו הכרחית בכדי לשמור על המבנה של יחידות הבקרה והכימיות ביחד‪.‬‬
‫חוסרו של אב‪ %‬הביא לקריסה כללית של המבנה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:7‬‬
‫דוגמא נוספת לחלבו מושפע‪:‬‬
‫משפחת חלבוני אצבעות אב‪ .%‬חלבוני אלו – תפקיד להקשר לחומצות גרעי ולהשפיע על ביטוי‬
‫הגני‪.‬‬
‫לחסו גני או לעודד וכו'‪.‬‬

‫‪25‬‬
 ‫מכילי רצפי חוזרי שבה יש חומצות אמי קושרות אב‪ %‬ע"י ציסטאי והיסטידי )ע חנק(‪.‬‬
‫בתו הרצ יש שני ציסטאי‪ .‬הקישור מרובע‪.‬‬
‫מבנה כללי הוא מעי סליל אלפא ויריעת בתה‪.‬‬
‫יו האב‪ %‬קובע מבנה‪ .‬בלעדיו המבנה קורס‪.‬‬
‫חלבו זה יכול לקשור יוני אחרי של ‪+2‬‬

‫*שקופית ‪:8‬‬
‫חלבוני נוספי ממשפחה זו מכילי מספר שונה של יחידות אב‪ .%‬רצפי אלו יכולי להיות סמוכי‪,‬‬
‫רחוקי וכו'‪ .‬נפוצי מאוד‪.‬‬

‫*שקופית ‪:9‬‬
‫פירוט המבנה‪.‬‬
‫יש סליל אלפא שתור היסטידי ובתה תור ציסטאי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:10‬‬
‫מבנה פתור של חלבו‪.‬‬
‫‪ DNA‬ועליו חלבו שמכיל שלושה מקטעי של אצבע אב‪.%‬‬

‫*שקופית ‪:11‬‬
‫חלבוני אב‪ %‬נוספי –‬
‫הקישור של האב‪ %‬לא משתנה )לציסטאי או היסטידי או ג וג(‬

‫*שקופית ‪:12‬‬
‫לעיתי נית למצוא ג אתרי של שני יוני אב‪.%‬‬

‫*שקופית ‪:13‬‬
‫דוגמא שלישית לתלות – חלבו קושר סיד‬
‫שינוי בריכוז יוני סיד משפיע על העברות סיגנלי שונות‪.‬‬
‫מי שמזהה את יוני הסיד או חלבו קושר‪ .‬הוא משנה את המבנה והוא מאפשר אינטראקציה ע‬
‫גורמי אחרי ועושה אקטיבציה לפעילות שלה‪.‬‬

‫מספר הקואורדינציה יוצר הבחנה בי יו מגנזיו קט ליו סיד גדול יותר‪.‬‬

‫*שקופית ‪:14‬‬
‫האטומי הנקשרי ה בעיקר חמצני ומכיוו שה קשי וג סיד קשה‪.‬‬

‫‪26‬‬
 ‫יש שני סלילי אלפא ניצבי אחד לשני‪.‬‬

‫*שקופית ‪:15‬‬
‫מבנה נוס‪ .‬כל יחידה מכילה שני יוני סיד‪ .‬יש סליל אלפא ארו שמחבר בי הזוגות‪ .‬סליל זה מורכב‬
‫מחומצות אחרות‪.‬‬
‫אתר הקישור יחסית קט וטעו חיובית‪ .‬הסליל אלפא המקשר הוא גמיש מאוד‪.‬‬

‫*שקופית ‪:17‬‬
‫היוני מנטרלי אתרי שליילי‬

‫*שקופית ‪:18‬‬
‫ל‪ RNA /‬בעל מבנה שלישוני מסוי מושפע ג הוא מיוני מתכת‪.‬‬
‫במולקולה זו יש מספר אתרי לקישור‪.‬‬
‫נק' אדומה – אתר חשוב לקישור של מגנזיו‬

‫*שקופית ‪:19‬‬
‫הגדלה של השק הקוד‪:‬‬
‫המגנזיו מוק מולקולות מי וקישור דר חמצ פוספטי )בגלל קשיות( ליחידות בסיס‪.‬‬

‫ריבוזיי – מולקולת ‪ RNA‬המזרזת פעולה כימית‪.‬‬

‫מולקולה זו יכולה להיות בעלת תפקיד קטליטי או בעלת תפקיד מבני‪.‬‬

‫*שקופית ‪:20‬‬
‫במנה ה‪ DNA /‬הוא דו גדילי‬

‫*שקופית ‪:21‬‬
‫איזורי מיוחדי נקראי טלומרי – מקטעי ‪ DNA‬בקצה הכרומוזו‪ .‬תפקיד מניעת איבוד מידע‬
‫גנטי במהל השכפול‪.‬‬
‫רצ האמינו בטלומרי מכיל בעיקר גואני‬
‫מבבנה זה יכול להתייצב ע"י יוני אשלג וכו'‪.‬‬

‫*שקופית ‪:22‬‬
‫מספר מבני טלומרי‪ .‬יש מספר סידורי אפשריי‪.‬‬

‫‪27‬‬
 ‫*שקופית ‪:23‬‬
‫ציס פלטי – בתהלי הפירוק שלו מעורבי חלבוני‬

‫*שקופית ‪:24‬‬
‫שינוי ב‪ DNA /‬בעקבות קישור לציס פלטי מביא לשינוי מבני ב‪ DNA /‬והוא מעודד קישור של‬
‫חלבוני תאיי שנקשרי אליו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:25‬‬
‫קישור הפלטינה ל‪ DNA /‬מתרחש דר שני אתרי )חילו של שני כלור בשני מי(‪.‬‬
‫קישור זה מתרחש לגואני ואדאני‪ .‬האטו הקושר הוא חנק מס' ‪) 7‬הנוקליאופילי ביותר(‬
‫קישור זה מתרחש ב‪ 90% /‬מהמקרי לרצ של שני גואני או לרצ של גואני ואדאני שנמצאי על‬
‫אותו גדיל‪ .‬הקישור הוא קלאטי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:26‬‬
‫אינטראקציה שבה הארומטיות שבבסיסי יוצרות מערכת מישורית ונוצרת חפיפת אלקטרוני פאי בי‬
‫הטבעות‪.‬‬
‫הציס פלטי משנה את המבנה ולא מאפשר את החפיפה הזו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:27‬‬
‫יש קימור של כ‪ 30 /‬מעלות‬

‫*שקופית ‪:28‬‬
‫אלו שקשורי נקשרו לחלבוני אחרי לקבל קומפלקס חדש אלו שלא – לא‪.‬‬
‫הקישוריות הזו הייתה באיזורי קישור הפלטינה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:29‬‬
‫חלבוני אלו נקראי ‪.HMG BOX‬‬
‫‪ HMG- 1‬בעל תפקיד בשכפול ‪ .DNA‬חלבו זה יש לו איזור שהרצ שלו דומה לרצפי של ‪.SSRP‬‬

‫*שקופית ‪:31‬‬
‫השפעה נוספת על מבני‪:‬‬
‫אינטר קלאטורי – תרכובות ארומטיות שיכולות להיכנס בי הגדילי ולבצע חפיפה‪.‬‬
‫יש מערכות ע יוני מתכת שמבצעות זאת‪.‬‬

‫‪28‬‬
 ‫יו הפלטינה מאפשר הקלה על כניסת מערכות ארומטיות להיכנס בי הגדילי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:34‬‬
‫דוגמאות נוספות לאינטרקלאטורי‪ .‬המתכת נמצאת רחוק מ האתר המישורי‪.‬‬
‫יכול להיות שהיא עוזרת בכניסת האתר המישורי‪ .‬תפקיד נוס היא יצירת רדיקלי שיקטעו את ה‪/‬‬
‫‪ DNA‬וכו'‪.‬‬

‫*שקופית ‪:35‬‬
‫אי קובעי מבנה ‪:DNA‬‬
‫‪ NMR‬בתמיסה או בקריסטלוגרפיה‪ .‬שיטות קשות לביצוע‪ .‬דורש זמ ולא פשוט‪ DNA .‬מוצק לא‬
‫בהכרח זהה לנוזל‪.‬‬

‫*שקופית ‪:36‬‬
‫מפרקי את ה‪ DNA /‬למקטעי קטני ע"י פננטרולי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:37‬‬
‫המתיל לא מאפשר אינטרקלאציה‪ .‬קישור כזה מביא לפירוק ה‪ DNA /‬למקטעי‪.‬‬

‫‪29‬‬
 ‫מצגת ‪:8‬‬

‫*שקופית ‪:4‬‬
‫רדיוס – רדיוס היו מתאי לאזור האתר הקושר‬

‫*שקופית ‪:5‬‬
‫יש גורמי תרמודינמיי שמשפיעי על קישור יו‪ .‬מסתכלי על קבוע הקישור או על האנרגיה‬
‫הקשורה‪.‬‬
‫באצבעות אב‪ %‬יש קשירה טטרהדרלית לאב‪ %‬של שני היסטידי ושני ציסטאי‪.‬‬
‫מדידות הראו שקבוע קישור לאב‪ %‬חזק מאוד פי ‪ 3/5‬סדרי גודל‪.‬‬

‫*שקופית ‪:6‬‬
‫סיבה אפשרית – אב‪ %‬מול קובלט‪:‬‬
‫א מסתכלי על מרכז החלבו המתכתי – טטרהדרלי‪ .‬בקומפלקסי אלו יש פיצול ‪ 2‬נמו ושלושה‬
‫גבוה‪.‬‬
‫אב‪ +2 %‬מכיל ‪ 10‬אלקטרוני ‪ d‬ומילוי שלה באורביטלי – רמה ‪ d‬מלאה‪ .‬בסה"כ אי ייצוב לעומת‬
‫אורביטלי ‪ d‬לא מפוצלי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:7‬‬
‫קובלט – במצב ‪ +2‬שיתאי לאב‪ ,%‬הוא בעל ‪ 7‬אלקטרוני‪ .‬א נשי את הקובלט בדיאגרמה‪.‬‬
‫ליגנדי המי שיוצרי קומפלקסי אוקטהדרלי עבור קובלט טובי יותר מאשר ויתור עליה‬
‫ומעבר לטטרהדרלי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:8‬‬
‫קובלט משל באנרגיה גבוהה יותר ולכ לא יעשה זאת‪.‬‬

‫*שקופית ‪:9‬‬
‫כא משווי אב‪ +2 %‬לעומת קדמיו ‪ .+2‬קדמיו אנאלוג ברמת ערכיות‪.‬‬
‫יו הקדמיו קושר טוב יותר את הרצפטור‪ .‬קדמיו ר יותר מאב‪ %‬ולכ נקשר לליגנדי רכי‪.‬‬
‫היסטידי יקשר טוב לאב‪ %‬בגלל הליגנד החנקני‪.‬‬
‫אב‪ %‬יופיע ברצפטור עקב זמינות ולביליות )הוא בשורה הראשונה(‬

‫*שקופית ‪:11‬‬
‫חלבו זה מגיב בצורה מהירה לשינוי ברמת הסיד בתא ומוביל פעילויות שונות‪.‬‬

‫‪30‬‬
 ‫ספציפיות לסיד‪ .1 :‬אתר בעל ‪ 7‬ליגנדי )קואורדינציה ‪ (7‬מתאי ליוני גדולי ולכ סיד ולא‬
‫מגנזיו‬
‫‪ .2‬ליגנדי רכי מול קשי )סיד קשה וג ליגנדי חמצניי קשי(‪.‬‬

‫*שקופית ‪:12‬‬
‫צברי ברזל‪/‬גופרית מעבירי אלקטרוני בגלל מצבי חמצו של הברזל‪ .‬יש חשיבות שהצבר המתאי‬
‫יקשר לחלבו המתאי‪.‬‬
‫כא השיקול שמנחה – יציבות תרמו דינמית‪ .‬כאשר החלבו נוצר יש באזור ברזל וגופרית הצבר נוצר‬
‫ומתחבר‪.‬‬
‫יש הנחה אחרת – הצבר נוצר ואז מובל לחלבו ונקשר במקו ליגנדי אחרי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:13‬‬
‫בקרה קינטית – כאשר הקישור של היו איטי יש אנזימי שיכולי לזרז את הקישור הזה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:14‬‬
‫ככל שזמינות היו גבוהה בטבע כ הוא יופיע במערכת ביולוגית‪.‬‬
‫החלבו העליו מכיל יו ברזל שקשור לארבעה ציסטאיני‪.‬‬
‫החלבו התחתו הוא זה שמושפע מאוד מיו מתכת בתוכו‪ .‬קושר אב‪) %‬כתוב במצגת ‪.(7‬‬
‫מדוע יש שני יוני שוני?‬
‫ההנחה היא שזמינות של היוני עבור שני בקטריות אלו היו שונות‪.‬‬
‫ארבע יחידות ציסטאי יעדיפו להקשר לאב‪ %‬ולא לברזל‪.‬‬
‫עשו ניסוי – בודדו חלבו קושר ברזל‪ ,‬הוציאו אותו והכניסו אותו לחיידק השני בסביבת האב‪ %‬גילו‬
‫שהוא קושר אב‪%‬‬

‫*שקופית ‪:15‬‬
‫עקרו המטע – אי המטע של היו מתאי לאתר הפעיל בחלבו‪.‬‬
‫האזור הפעיל צרי בד"כ לנטרל את המטע החיובי של המתכת‪.‬‬
‫דר נפוצה לנטרל – דה פרוטונציה של הליגנד‪.‬‬

‫*שקופית ‪:16‬‬
‫המטע הוא ‪ 0‬או קרוב אליו‪.‬‬
‫באצבע אב‪ %‬יש ‪ /2‬על הליגנד ו‪ +2 /‬על המתכת‪.‬‬

‫‪31‬‬
 ‫חלבו הנחושת הכחולה )יובא בהמש(‪ .‬חלבו זה מכיל יו נחושת שקשור ל‪ 2‬היסטידי‪ ,‬מתיוני‬
‫וציסטאי‪ .‬הוא מעביר אלקט'‪ .‬הנחושת משנה מצב חמצו‪ .‬היחידה שעוברת דה פרוטונציה היא‬
‫ציסטאי‪ .‬כאשר הנחושת ב‪ +1 /‬המטע הכולל הוא ‪.0‬‬
‫בחלבו השלישי )הימני( – מכיל יו ברזל ‪ 2+‬או ‪ +3‬מכיל ‪ 4‬קבוצות ציסטאי שתורמות ‪ ./4‬כ יש מצב‬
‫שהמטע הכולל הוא ‪ /2‬או ‪./1‬‬
‫בחלבו זה האתר המתכתי קרוב לפני שטח החלבו וכ המטע יכול להתייצב ע"י גורמי חיצוניי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:17‬‬
‫ליגנד מי נוספת‪.‬‬
‫חלבו זה הוא אנזי שהסובסטרט שלו נקשר ליו האב‪.%‬‬
‫מטע האתר הפעיל – אב‪ ,+2 %‬שלוש היסטידי )‪ ,(0‬מי שמנטרל – מי )‪ ,(+1‬לחלבו עדיי יש מטע‬
‫ושנה מ‪ .0 /‬וזה יהיה חשוב מאוד לפעילות החלבו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:18‬‬
‫פורפירי – מכילה שתי קבוצות‪ NH‬שתורמות שתי יחידות מטע לאתר‪ .‬ברזל ‪ +2‬ינוטרל לעומת זאת‬
‫ברזל ‪ +3‬ואז הניטרול יתבצע באתרי האקסיאליי למשל חומצות אמי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:19‬‬
‫מוליבד ‪+6‬‬
‫יש ליגנד בעל שני אטומי גופרית שתורמות אחד‪ ,‬ושתי יחידות ‪ O‬שתורמת שתי יחידות מטע‬

‫*שקופית ‪:20‬‬
‫ג כא יש שמירה על העיקרו‪ .‬יש מטע כללי שונה מ‪ 0 /‬מראש‪ .‬לכ א יש מטע חיובי על מתכת‬
‫בסופו של דבר הוא יעבור אל‪/‬איתור‪.‬‬
‫אנזי זה מזרז את תגובת יצירת מי חמצ‪ .‬אנזי זה מפרק את החמצ הרדיקלי‪.‬‬
‫הנחושת משתתפת בתגובה והיא מנצלת את שני מצבי החמצו שלה לש כ‪.‬‬
‫תפקיד האב‪ %‬לא ברור והוא ככה"נ מסייע לריאקציה ולייצוב‪.‬‬
‫האב‪ %‬הוא ‪ +2‬והנחושת היא ‪ +1‬או ‪ .+2‬סה"כ מטע ‪ 3+‬או ‪ .4+‬אספרטאט תור ‪ /1‬ועוד היסטידי‬
‫מגשר‪ .‬במקרה זה ההיסטידי מוותר על פרוטו והופ ל‪ ./1 /‬וכ יש סה"כ ‪./2‬‬
‫סה"כ המטע באתר הפעיל היא חיובית‪.‬‬
‫אנו רוצי שאניו יימש לאתר פעיל זה ולכ זה טוב שהוא טעו חיובית‪.‬‬

‫*שקופית ‪:21‬‬
‫‪ 4‬ברזלי ושלושה גופרית‪:‬‬

‫‪32‬‬
 ‫צבר כזה הוא בעל שלושה מצבי חמצו – שלושה ברזלי ‪ +3‬ו‪ /‬אחד ‪+2‬‬
‫המטע הסופי כא שלילי‪ .‬במקרה זה יש פיצוי מקשרי מימ ומכ שהמרכז הפעיל נמצא קרוב לפני‬
‫שטח החלבו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:22‬‬
‫שני ברזל ‪ +2‬ו‪ +2 /‬או ‪ +3‬ו‪.+3 /‬‬
‫ליגנדי – ‪ 2‬קרבוקסיל‪ ,‬יחידת ‪.OH‬‬
‫ג במצב המחומצ וג במצב המחוזר יש מטע כולל של ‪.+1‬‬
‫*שקופית ‪:23‬‬
‫עבור קישור לחומצות גרעי יש דמיו לקישור לחלבו‪.‬‬
‫כא הסלקטיביות צריכה להיות גבוהה מאוד‪.‬‬

‫*שקופית ‪:24‬‬
‫פרמטרי תרמודינמיי‪:‬‬
‫פלטינה נקשרת לשני בסיסי – גואני ואדאני בצורה קלאטית‪ .‬היא מתקשרת לחנק מס' ‪ .7‬זהו‬
‫הקישור החזק ביותר שנית לקבל‪.‬‬
‫מבחינת קשיות – חמצני פוספטיי קשי יותר‪ .‬פלטינה מתכת רכה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:26‬‬
‫פרמטר קינטי – ‪NMR‬‬
‫נית לעקוב אחר המצב בתמיסה באמצעות שיטה זו‪.‬‬
‫לגרעי המתכת יש ספי ½‪ .‬ג פלטינה קשורה לחנק או כלור יש סיגנאלי שוני‪.‬‬

‫*שקופית ‪:27‬‬
‫נית להוציא פרמטר של ‪ 1/2T‬לפי השתנות הפיקי‬

‫*שקופית ‪:28‬‬
‫יש קשרי מימ בי ליגנדי האמוניה לחומצות הבסיס‪ .‬גור זה מהווה זרז לאיבוד כלור וקשירת בסיס‬
‫חומצת גרעי‬

‫*שקופית ‪:29‬‬
‫אנזי זה מזרז קישור יוני למרכזי פורפירי‪ .‬למה צרי לזרז – קישור איטי‪ .‬קשה להגיע‬
‫לאלקטרוני שיזהו את הברזל‪.‬‬
‫האנזי יוצר עיוות במבנה הפורפירי ואז יש אפשרות לקשר בי האלקט' ליו הברזל‪.‬‬

‫‪33‬‬
 ‫*שקופית ‪:31‬‬
‫פלטינה נקשרת לאתידיו ול‪.DNA /‬‬

‫‪34‬‬
 ‫מצגת ‪:9‬‬

‫*שקופית ‪:4‬‬
‫חלבוני אלו מכילי מתכת שמשנה מצב חמצו‪ .‬חייב להיות מתכת בעלת שני מצבי חמצו יציבי‪.‬‬
‫יש מערכות כאלו שלא מבוססות על מתכת אלא על תרכובות אורגניות‬
‫רואי כי ברוב המקרי מבנה האתר הפעל לא משתנה בשני מצבי החמצו‪ .‬זה בא לעיתי בסתירה‬
‫למה שכבר ראינו לגבי היכולת הקואורדינטיבית של מתכת במצבי חמצו שוני‪.‬‬
‫המבנה הכללי כא כופה מבנה קבוע למתכת‪.‬‬
‫השינוי לא דורש אנרגיה גבוהה שדרושה לארגו מחדש של החלבו‪.‬‬
‫יש העדפה לתהליכי של מעבר של אלקט' אחד א ישנ יוצאי מ הכלל‪.‬‬
‫עקרו נוס – צימוד של מעבר אלקט' למעבר פרוטו‪ .‬זה מהווה נטרול למעבר אלקט'‪ .‬תהייה הורדה‬
‫של מצב חמצו ביחידה אחת ע"י דה‪/‬פרוטונציה‪.‬‬
‫פוטנציאל החיזור של המערכת תלוי ב‪ .pH /‬כ נית לשלוט על החיזור‬

‫*שקופית ‪:5‬‬
‫משפחה ראשונה – חלבוני ברזל‪/‬גופרית‪ .‬כזכור בא בצברי‪:‬‬
‫הצברי נקשרי דר ציסטאי‪.‬‬
‫יש צברי משמשי לחלבוני קטליזטור א נתמקד כרגע בכאלו שמעבירי אלקט'‪.‬‬
‫כאשר יש יותר מאטו ברזל אחד בצבר יש יוצר משני מצבי חמצו אפשריי ולכ יש מגוו רב של‬
‫אפשרויות‪.‬‬
‫‪ EPR‬עוזר למדידת הספי ומדידת המגנטיות‪.‬‬
‫מודלי ג ה עוזרי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:6‬‬
‫קשרי הברזל גופרית זהי מבנה ‪ .Td‬לא משתנה במהל המעבר‪.‬‬

‫*שקופית ‪:7‬‬
‫שני אטומי ברזל‪:‬‬
‫יש מידה של קשר מתכת‪/‬מתכת‪.‬‬
‫יש חיזור חד אלקט'‪ .‬יש אל איתור של האלקט' על פני שני הברזלי‬

‫*שקופית ‪:8‬‬
‫שלושה ברזלי‪:‬‬
‫צימוד פרומגנטי במצב מחומצ )שלושה ברזלי ב‪ .(III /‬מוצאי מידה מסוימת של ברזל‪/‬ברזל‪.‬‬

‫‪35‬‬
 ‫במצב המחוזר יש ברזל אחד ‪ III‬באופ קבוע והשאר בער ממוצע של ‪ .2.5‬זה יכול לנבוע מהמיקו‬
‫היחסי של הברזל במערכת‪.‬‬

‫*שקופית ‪:9‬‬
‫ארבעה ברזלי‪:‬‬
‫מערכת זו יכולה לעבור בי שלושה מצבי חמצו שוני‪.‬‬
‫כל חלבו מאופיי במצב חמצו שונה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:10‬‬
‫דוגמא לשינוי מבני‬
‫השמאלי מציי את המחומצ ביותר )‪(3,3,3,2‬‬
‫והימני המחוזר ביותר‪.‬‬
‫אורכי הקשר – יש שינוי קט בה‪ .‬דבר חשוב להעברה מהירה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:11‬‬
‫משפחה שנייה – משפחת הנחושת הכחולה‬
‫הנחושת הכחולה – פיזית ה כחולי‪ .‬נחושת ‪ II‬בעלת אלקט' לא מזווג‪.‬‬

‫*שקופית ‪:12‬‬
‫המבנה הגבישי אישר את התחזית‪.‬‬
‫בחלבוני האתר הפעיל קרוב לפני שטח החלבו וזה כדי שההעברה תעשה באופ טוב יותר‬
‫האתר הוא ‪.Td‬‬
‫על פני השטח יש חלק הידרופובי שנועד ככה"נ להרחיק מולקולות לא רצויות שייקחו את האלקט'‪.‬‬
‫לעיתי נית לראות קואורדינציה ‪ 5‬ע ליגנד חמצ אמידי‪.‬‬
‫מבנה האתר הפעיל נכפה ע"י החלבו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:13‬‬
‫משפחה שלישית – ציטוכרומי‬
‫חלבוני ‪ hem‬מכילי באתר הפעיל פורפירי קשור לברזל‪.‬‬
‫תפקיד של חלבוני אלו שונה‪.‬‬
‫ציטוכרו עוסק בהעברה של אלקט'‪.‬‬
‫שונה מהמוגלובי בכ להמוגלובי יש עמדה אקסיאלית לקשור חמצ‬
‫בציטוכרו ‪ c‬הוא קולט אלקט' ולכ או אוקטאהדרלי מלא‪.‬‬
‫שוני נוס – הקישור של האתר הפעיל שליחידת הפורפירי לחלבו הוא קוולנטי‬

‫‪36‬‬
 ‫*שקופית ‪:14‬‬
‫אי ה עוברי‪:‬‬
‫מעבר האלקט' צרי להיות מהיר‪ ,‬ספציפי )ע"י הכרת החלבו המקבל(‬

‫מרחקי ארוכי למעבר אלקט'‪.‬‬

‫*שקופית ‪:15‬‬
‫מדידת החמצו של החלבו וכו'‪.‬‬

‫*שקופית ‪:16‬‬
‫לחלבו ציטוכרו ‪ C‬קשרו קומפלס רותניו דר יחידה היסטידינית‪.‬‬
‫ע"י חמצו הרותניו יגרו לחמצו הברזל‪ .‬מתי זה יקרה – נית לראות לפי ‪ EPR‬וכו'‪.‬‬

‫*שקופית ‪:17‬‬
‫המנגנו נתו לויכוח‪ .‬התלות במרחק היא ביחס הפו‬

‫*שקופית ‪:18‬‬
‫תוצאות הניסוי עבור הניסוי המדובר‬
‫מנגנו המעבר לא ברור עד היו ונתו למחלוקת‪.‬‬

‫*שקופית ‪:19‬‬
‫במערכת של פוטוסינתזה – ‪ sys 1‬קורת בחיידקי‪ sys 2 ,‬בצמחי‪.‬‬
‫האור נקלט בכלורופילי מתבצע עירור אלקט' והוא עובר למערכת אחרת ותהלי זה מאפשר לקבל‬
‫אנרגיה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:20‬‬
‫זוהי תגובה מהירה מאוד‪.‬‬

‫*שקופית ‪:22‬‬
‫‪ – Sys 2‬אלקט מעורר עובר בי מערכות‪ ,‬עובר דר ברזל‪/‬גופרית ואז מנג‪/‬חמצ‪.‬‬

‫*שקופית ‪:23‬‬
‫מערכת מסובכת ומעניינת שלא פתורה עד הסו‪.‬‬
‫זוהי ככה"נ הדר לייצר חמצ מולקולרי‬

‫‪37‬‬
 ‫מצגת ‪10‬‬

‫*שקופית ‪:4‬‬
‫יו האב‪ – %‬מתכת לא חימזורית‪ .‬מצב חמצו יציב אחד בלבד‪ .‬מתאי לשימוש בתגובות כאלו‪.‬‬
‫באדו – ש האנזי המזרז את התגובה הרשומה‪.‬‬
‫החלבוני לתגובה השנייה מגווני מכיוו שמפרקי האמיד ה מגווני או מיקו הפירוק‪.‬‬

‫*שקופית ‪:5‬‬
‫א יש פירוק חלבו למרכיביו‪:‬‬
‫מי משמש נוקליאופיל וכו'‪.‬‬
‫יו האב‪ %‬ישמש חומצת לואיס‪.‬‬

‫*שקופית ‪:6‬‬
‫אנזי המזרז פירוק קשר אמידי לחומצות אמי‪ .‬הוא חות את החומצה האמינית הראשונה מהקצה‬
‫‪COO-‬‬
‫האתר הפעיל במרכז מכיל יו אב‪ %‬קואורדינציה ‪5‬‬
‫האנזי קושר סובסטרט – החלבו שהול להתפרק הגלוטומאט הופ מבי‪/‬דנטטי לחד‪/‬דנטטי‪.‬‬
‫הקואורדינציה נשמרת‪.‬‬
‫הכיס ההדירופובי מתאי את הפירוק לשייר הדירופובי‪.‬‬
‫חשיבות קשרי המימ – הורדת ‪.pKa‬‬

‫*שקופית ‪:7‬‬
‫מבנה זה נפתר עבור החלבו כאשר החלבו קשור למעכב‪ .‬לא נית לקשור סובסטרט‬
‫המעכב הוא די‪/‬פפטיד המורכב מגליצי וטירוזי‪.‬‬
‫האתר הפעיל של המעכב – במרכז יו אב‪ %‬ע שני היסטידי‪ ,‬גלוטומאט והמעכב )בעיגול(‪.‬‬
‫החמצ הקרבונילי יוצר יחד ע האמי לידו קישור קלאטי‪.‬‬
‫מולקולת המי השתחררה כדי לקשור את הבי‪/‬דנטט‪ .‬זהו רמז לכ שלמולקולת המי שהיתה על‬
‫האב‪ %‬יש תפקיד נוקליאופילי בפירוק האמיד‪.‬‬

‫*שקופית ‪:8‬‬
‫אנזי אחר שמבצע הידרוליזה של קשר אמידי‪ .‬מבנה זה הוא אחר מהחלבו הקוד‪.‬‬
‫מבנה האתר הפעיל דומה‪ .‬הגלוטומאט הוא מונו‪/‬דנטטי‪ .‬ג כא יש מי‪.‬‬
‫תפקיד כמעט זהה מתאפשר למרות מבנה שונה של חלבו‪.‬‬

‫‪38‬‬
 ‫*שקופית ‪:9‬‬
‫כא לא נית לעשות שיטות מגוונות של ספקטרוסקופיה‪ .‬אב‪ %‬לא בולע ‪ IR‬וכמעט ולא ‪.UV‬‬
‫מה עושי – מחליפי מתכת ומנחשי תפקוד‪.‬‬
‫‪ NMR‬דווקא כ תופס‪.‬‬

‫*שקופית ‪:10‬‬
‫עובדות התומכות בכ שהמי אחראי על הפירוק‪:‬‬
‫הירידה ב‪ pKa /‬משתי סיבות – ‪ .1‬מולקולה זו קשורה לאב‪%‬‬
‫‪ .2‬סיבה שנייה – קשרי מימ בי המי לחלבו‪.‬‬
‫חשוב להוריד ‪ pKa‬מכיוו שהפירוק נעשה ע"י מי ולכ כל דבר שיזרז שחרור פרוטו מזרז תגובה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:11‬‬
‫מולקולת המי שמשמשת נוקליאופיל קשורה למתכת ואז היא חזקה יותר כנוקליאופיל‬

‫*שקופית ‪:12‬‬
‫המנגנו של האנזי‪:‬‬
‫‪ .1‬שמאל למעלה – תיאור האתר הפעיל‪ :‬האב‪ %‬במרכז קשור לליגנדי שלו‪ .‬זהו מצב המנוחה‪.‬‬
‫הגלוטמאט נמצא קרוב מאוד ולכ יכול לעבור התקפה‪.‬‬
‫‪ .2‬מגיע סובסטרט‪ :‬יש קישור של חמצ קרבונילי יש יחידת האמיד שנקשר לאב‪ .%‬החלבו חות‬
‫חומצה אמינית קיצונית של השרשרת‪ .‬באדו החומצה האמינית שמשתחררת‪ .‬האב‪%‬‬
‫כחומצת לואיס החמצ מוש אלקט' מהפחמ הקרבונילי ומאפשר תקיפה על הפחמ הזה‬
‫מולקולת המי נהיית נוקליאופיל ומכיוו שהכול באזור אזי הכול קורה מהר‪.‬‬
‫‪ .3‬מקבלי את מצב המעבר ה‪ .Td /‬זרז נוס – המימ על חנק נמש ע"י השייר של‬
‫הגלוטומאט‪.‬‬
‫‪ .4‬החנק משתחרר כקב' עוזבת‪ .‬השייר העוזב הידרופובי בי היתר בגלל הכיס‬

‫*שקופית ‪:15‬‬
‫הדירוליזה של חומצה פוספורית‪.‬‬
‫‪ .1‬האנזי מכיל שני מרכזי אב‪ .%‬אב‪ %‬אחד בעל שני ליגנדי היסטידי‪ ,‬אספרטט‪ .‬לשני היסטדי‬
‫אחד ושני אספרטט‪ .‬הפוספט מגשר דר החמצני‪.‬‬
‫‪ .2‬יש קשרי מימ בי חומצת ארגני לבי הפוספאט‪ .‬הנוקליאופיל הוא החמצ שנמצא על סרי‪.‬‬
‫העמדה מתאימה לתקיפה‪.‬‬
‫‪ .3‬חומצת ‪ RO-‬משתחררת והנוקליאופיל תופס את מקומה‪.‬‬
‫‪ .4‬תקיפה נוספת של חמצ ושחרור הסרי‪.‬‬

‫‪39‬‬
 ‫האב‪ %‬מוש את האלקט מהחמצ שמוש מהזרח‪ .‬זה מהווה זרז‬

‫*שקופית ‪:16‬‬
‫המתכת גורמת לזירוז ע"י כ שהיא חומצת לואיס‪ .‬בחלבו יש יו מגנזיו א הוא לא תור לכלו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:17‬‬
‫האנזי הזה מזרז הידרוליזה של פחמ דו חמצני‪.‬‬
‫מבנה זה של החלבו מכיל אתר פעיל של אב‪ .%‬ליגנדי האב‪ 3 – %‬היסטידי ואחת מי‪ .‬בד"כ דר‬
‫החנק של ה‪sp2 /‬‬
‫ככל שה‪ pH /‬נמו כ זה קורה יותר‪ .‬זה אומר שהמי ה הנוקליאופיל‪.‬‬
‫נמצא שא מכניסי אניוני ה נקשרי במקו מי ואז יש עיכוב של הריאקציה‪ .‬לכ זוהי עדות‬
‫לחשיבות המי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:18‬‬
‫‪ CO2‬הוא סובסטרט במקרה זה והוא מחלי את המי‪.‬‬
‫‪ pKa‬נמו הוא מאוד חשוב כי אנו צריכי נוקליאופיל חזק כמו ‪ RO‬ויש צור בשחרור פרוטו‪.‬‬
‫יש לציי כי יש עקרו של שימור מטע‪ .‬השאיפה שהמטע יהיה קרוב מאוד ל‪ .0 /‬הסיבה – מרכז פעיל‬
‫קבור בתו החלבו והפרדת המטעני טובה יותר כאשר המתכת עטופה בתו החלבו‪.‬‬
‫המטע במרכז זה הוא ‪ +2‬שהוא גבוה עבור מרכז זה‪ .‬לכ איבוד הפרוטו מוריד את יחידות המטע‬
‫החיובי במערכת‪ .‬זוהי סיבה נוספת לירידה של ה‪.pKa /‬‬

‫*שקופית ‪:19‬‬
‫אנזי זה מזרז חמצו כוהל לאלדהיד‪ .‬תגובה זו המתכת לא משנה דרגת חמצו‪.‬‬
‫מי שמאפשר את התגובה הוא זה שמקבל את האלקט המשתחררי – מולקולה זו היא ‪.NAD+‬‬
‫מולקולה זו נפוצה מאוד והיא מקבלת אלקט' ומשנה את המבנה ל‪.NDH /‬‬
‫יש שני מרכזי אב‪ %‬אחד שקשרו רק למבנה האנזי והוא קשור לארבעה ציסטאיני והשני מזרז את‬
‫התגובה‪ .‬יש לו מי‪ ,‬היסטידי ושני ציסטאי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:20‬‬
‫האתר בטבעת העליונה הוא זה שיקבל את הפרוטו )רזוננס(‪.‬‬

‫*שקופית ‪:21‬‬
‫האנזי נקשר לאתר הפעיל ומאפשר את התגובה‪ .‬הקו‪/‬אנזי מסדר את החלבו כ שהוא מסוגל‬
‫לקשור את המימ‪.‬‬
‫הכוהל קשור ישירות לאב‪ .%‬קישור החמצ‪/‬אב‪ %‬הכרחי להוצאת הפרוטו‪.‬‬

‫‪40‬‬
 ‫המי כא אי לה משמעות מלבד לשמור על קואורדינציה ‪.4‬‬
‫מולקולת המי צריכה להיות מורחקת מ האיזור כדי לא לשמש נוקליאופיל‪.‬‬

‫*שקופית ‪:22‬‬
‫מנגנו העברת ההידריד‪.‬‬

‫*שקופית ‪:23‬‬
‫החמצ עוד קשור לאב‪ %‬בקשר קואורדינטיבי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:24‬‬
‫רוב האנזימי הללו מכילי מגנזיו‪ .‬ה קשורי וגורמי לייצוב הסובסטרט‪ .‬מגנזיו יכול ג‬
‫לשפעל עקב היותו חומצת לואיס‬

‫*שקופית ‪:25‬‬
‫דוגמאות לנוקליאוטידי ע מגנזיו‪ ATP .‬נקשר קלאטית ע"י חמצני הפוספאט‪.‬‬
‫ג זה קשור לרכות וקושי של היוני‪.‬‬
‫הוא יכול לתת איזומרי שוני‪ .‬כא אי לזה קשר לכיראליות‪.‬‬
‫קומפלקסי אלו ה לבילי‪ .‬במקרי מסויימי מחליפי אות בקובלט וכרו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:28‬‬
‫דוגמא לקומפלקס שמזרז פירוק של ‪.DNA‬‬
‫הצליחו לגבש אותו ללא מגנזיו מכיוו שהוא היה מפעיל את האנזי‪.‬‬

‫‪41‬‬
 ‫מצגת ‪:11‬‬

‫*שקופית ‪:4‬‬
‫כא יש שינוי במצב החמצו של המתכת א יתכ מאוד שבסו התהלי המצב חוזר לקדמותו‪.‬‬
‫במקרי רבי העלאת מצב החמצו תלווה בשחרור פרוטו כדי ליצור צימוד לשחרור אלקט' ושימור‬
‫מטע‪.‬‬
‫יש מערכות שמזרזות טרנספורמציות מסובכות וצרי שיתו של מספר יחידת שונות כגו מספר‬
‫חלבוני‬

‫*שקופית ‪:5‬‬
‫שלוש מערכות בסה"כ המובילות חמצ ע"י קשירה אליו‪:‬‬
‫‪ .1‬המוגלובי – יחידת פורפירי ע יו ברזל‪ .‬אתר קואורדינציה אחד פנוי לקשירה של חמצ‪.‬‬
‫הברזל הוא ‪ II‬ולאחר קישור ‪ .III‬קישור זה צרי להיות חזק וספציפי לחמצ אבל מצד שני‬
‫לדעת לשחרר אותו בזמ‪ .‬מ הצד שהני יש ליגנד היסטידי‬

‫הצד לכיוו ההסיטידי נקרא פרוקסימל והצד לחמצ נקרא דיסטאל‪.‬‬

‫*שקופית ‪:6‬‬
‫‪ .2‬המוציאני‪ .‬חלבוני המבוססי על נחושת‪ .‬בד"כ שני אתרי‪ .‬שלוש חיגנדי היסטידי‪ .‬הנחושת‬
‫לפני הקישור ‪ I‬ואח"כ קישור נעשה ע"י גישור ואז נחושת נהיית ‪II‬‬
‫‪ .3‬המיריתרי – חלבוני ברזל ללא מערכת ה‪ .‬נקראי ג ‪ .nonheme‬כא יש שני ברזלי אחד ע‬
‫אוקטהדר והשני בעל ‪ 5‬יחידות קואורדינציה כאשר שני מה מגשרות בי הברזלי‪.‬‬
‫החמצ המולקולרי נכנס לברזל ע החמש קשרי ואז המימ נקשר אליו‪ .‬שני אטומי ברזל לפני ה ‪II‬‬
‫ואחרי ה ‪.III‬‬

‫*שקופית ‪:7‬‬
‫מערכות להובלת חמצ – סיכו‪.‬‬
‫הצבע של החלבו נובע מבליעת המתכת‬

‫*שקופית ‪:8‬‬
‫מיוגלובי – שיי למשפחה‪ .‬תפקידו – לאגור חמצ ברקמות‪ .‬בעיקר בשרירי‪.‬‬
‫יש כא מבנה משופע בסלילי אלפא‪.‬‬
‫הקישור לחלבו מתבצע דר ההסיטידי‪ .‬הפורפירי לא קשור קוולנטית לחלבו‪.‬‬
‫יש את קואורדינציה פנוי לקשור חמצ‪.‬‬

‫‪42‬‬
 ‫*שקופית ‪:9‬‬
‫יש מספר חלבוני ה שפעילי בחמצו של סובסטרטי שוני‪.‬‬

‫*שקופית ‪:10‬‬
‫הרעלת ‪ CO‬נוצרת ע"י כ ש‪ CO /‬תופס את אתרי החמצ ולא משחרר מהר כל כ ולכ ריכוז החמצ‬
‫יורד‪.‬‬

‫*שקופית ‪:12‬‬
‫נמצא ג שבמצב החמצו ‪ II‬המערכת נמצא במצב ‪HS‬‬
‫יש פיצול אוקטאהדרלי בגלל פיצול יא טלר‪ .‬במצב ‪ III‬יש ‪.LS‬‬
‫מערכת זו רגישה מאוד‬

‫*שקופית ‪:13‬‬
‫מערכת סינטטית של פורפירי קלה להכנה‪ .‬א יצירת מודל פעילות הוא בעייתי‪ .‬כאשר קושרי‬
‫פורפירי לחמצ הוא לא משחרר מהר כל‪/‬כ‪.‬‬

‫*שקופית ‪:15‬‬
‫קבוצה שנייה של מעבירי חמצ – זהו מבנה של חלבו ממשפחה זו‪.‬‬
‫אדו – בי נוקלארי של ברזל‬
‫ורוד – חמצ‬
‫יש ליגנדי היסטידי שלוש על אחד ושתיי על שני‪.‬‬
‫גלוטמאט ואספרטאט מגשרי‪.‬‬
‫מבנה זה נפתר באמצעות יו אזיד שייצב את האתר הפעיל‪ .‬האזיד החלי את הקישור לחמצ‪ .‬אתר זה‬
‫הוא השישי עבור ברזל שמכיל בפועל רק ‪ 5‬ליגנדי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:16‬‬
‫משמאל – מצב מחוזר‪.‬‬
‫המימ‪ ,‬במצב המחומצ עובר למולקולת החמצ‬
‫יש עליה בשתי דרגות חמצו‪.‬‬
‫המצב המחוזר הוא ‪ .HS‬במצב המחומצ יש צימוד אנטי‪/‬פרומגנטי ולכ הוא דיאמגנטי‪.‬‬
‫ג לפי ראמא רואי את קבוצת ה‪.OOH /‬‬
‫קשרי המימ בי המימ לחמצ המגשר – גור לחמצ המגשר להדמות למצב המחוזר‪.‬‬
‫זה משפיע על הסידור מחדש – אי שינוי מהותי באתר הפעיל‪ .‬הפיכות תגובה היא מדד לשינוי במבנה‬
‫מכיוו ששינוי מהותי כרו באנרגיה‪.‬‬

‫‪43‬‬
 ‫*שקופית ‪:17‬‬
‫מודל זה נחקר רבות‬
‫לקחו את האתר הפעיל וניסו לדמות אותו לאתר הפעיל של החלבו‪.‬‬
‫לקחו מלח ברזל וניסו לראות הא באופ ספונטני ה מסתדרי כ‪ .‬א לא היה יעיל מאוד א כי‬
‫התקבלו כמה כאלו‪ .‬כמוכ ג הספקטרוסקופיה הראתה אתרי זהי לחלבו‪.‬‬
‫המבנה מתפרק למונו נוקלארי וזה לא טוב‪ .‬ואז מגדילי נפח של ליגנדי ולכ יש העדפה למרכזי‬
‫בי‪/‬נוקלארי‬
‫המודלי שהתקבלו לא היו דומי פונקציונלית‪.‬‬

‫*שקופית ‪:18‬‬
‫ציטוכרו ‪ 450‬מכיל ה והוא מזרז תגובות חמצו‪ .‬הוא לא נושא חמצ‪.‬‬
‫ג עבור המיריטרי יש דומי וג ה מזרזי תגובות חמצו ולא נשאי חמצ‪ MMO / PAP .‬או‬
‫‪ RNR‬ה דוגמאות לכ‪.‬‬

‫*שקופית ‪:19‬‬
‫מבוססי על מרכז של שני יוני נחושת‪ .‬מבנה החלבו הוא גדול ומכיל מספר תתי יחידות‪.‬‬
‫יוני הנחושת לא מגושרי‪ .‬לכל נחושת ‪ 3‬היסטידי‪ .‬החלל בינה מתאי לקישור החמצ‪.‬‬
‫ממדידות התקבל נחושת ‪ II‬במצב מחומצ ויש צימוד אנטי‪/‬פרומגנטי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:20‬‬
‫יש מספר אפשרויות קישור של חמצ לנחושת – מדידת ראמא שללה את הקישור לנחושת אחת‪.‬‬
‫הוסק קישור חדש א ג הוא נפסל‪.‬‬

‫*שקופית ‪:21‬‬
‫המודל השלישי )התחתו( הוא זה שאושר‪.‬‬

‫*שקופית ‪:23‬‬
‫מודלי נוספי לקישור החמצ לנחושת‪.‬‬

‫*שקופית ‪:24‬‬
‫ג לנחושת יש חלבו דומה מבנית המזרז חמצו‪:‬‬
‫חלבו זה מכיל שני אטומי נחושת‪.‬‬

‫‪44‬‬
 ‫*שקופית ‪:25‬‬
‫מודל מבני ופונקציונלי של החלבו המזרז חמצו‪.‬‬
‫מודל זה מראה אי מוסיפי קבוצת ‪ OH‬לטבעת המרכזית‪.‬‬

‫*שקופית ‪:26‬‬
‫נבדיל בי שני סוגי אנזימי‪:‬‬
‫אנזימי שהמחמצ הוא חמצ מולקולרי‪ .‬מונו לעומת די‪:‬‬
‫מונו – רק אטו אחד של החמצ המולקולרי הולכי לטובת הסובסטרט המחומצ והשני הול‬
‫לטובת המי‪.‬‬
‫די – מנצלי את שני אטומי החמצ‬

‫*שקופית ‪:27‬‬
‫חלבו ה דומה להמוגלובי‪ .‬מחמצ מגוו רב של סובסטרטי‪.‬‬
‫מחמצ אלקאני‪ ,‬טבעות ארומטיות וכו'‪.‬‬

‫*שקופית ‪:28‬‬
‫תרומת המודל היתה משמעותית להבנת התפקיד‪.‬‬
‫ישנ מספר מצבי‪:‬‬
‫ג כא יש קישור לחמצ באתר השישי של הקישוריות א לא רק להעברתו‪.‬‬
‫משמאל יש ליגנד מי‪ .‬א יש סובסטרט ה מי עוזבי ואז השדה נהפ ל‪ .HS /‬מצב שלישי – מצב‬
‫‪ LS‬ע חמצ מולקולרי‪.‬‬
‫מצב רביעי – ברזל ‪ II‬במצב ‪.HS‬‬

‫*שקופית ‪:29‬‬
‫מצב המנוחה )ברזל ‪ (LS ,II‬יכול לקשור מולקולת ‪.CO‬‬
‫קישור לחמצ נות מרכז פעיל‪ .‬למצב זה יש מצבי רזוננס שתלוי בסוג הקשר חמצ ברזל )קוולנטי או‬
‫קואורדינטיבי(‪ .‬מבנה זה הוא ‪.LS‬‬
‫השלב הבא )משוער( שני החמצני קושרי ברזל יש כניסה של אלקטרו ממקור חיצוני וכ ברזל‬
‫שומר על מצב חמצו ‪.III‬‬
‫נוכחות שני הפרוטוני גורמי ליצירת מי‪ .‬זה אומר שהחמצ המשתחרר הוא ע אוקטט מלא‬
‫כלומר )–‪ .(2‬נותר החמצ ע הקשר הבודד וזהו חמצ ע מטע ‪ +‬ולכ‬
‫הברזל תור שני אלקטרוני וכרגע הוא במצב חמצו ‪ .V‬זהו מצב לא טוב עובר ברזל והוא יוצר‬
‫רזוננס ע המערכת הפורפירינית ואז הוא יורד למצב ‪.IV‬‬
‫מצב זה הוא זה שמגיב ע הסובסטרט וגור לחמצו שלו‪.‬‬

‫‪45‬‬
 ‫מי שנמצאי בסביבה מחליפי את החמצ )שהל לטובת החמצו של הסובסטרט( באתר‬
‫הקואורדינציה ואז הברזל יורד למצב ‪III‬‬
‫זוהי דוגמא למונו מכיוו שחמצ אחד הל למי והשני הול לחמצו‪.‬‬
‫המקור החיצוני מכניס למנגנו שני אלקטרוני בשלבי שוני‪ .‬א נבצע חמצו לכוהל – החמצ‬
‫שנכנס הוא ‪ 0‬מכיוו הוא מגיע כחמצ ניטרלי‪ .‬האלקטרו השני מגיע מהסובסטרט‪ .‬החמצ השני של‬
‫החמצ המולקולרי שהגיע כ‪ (/2) /‬שנת מי‪.‬‬
‫יש כא סה"כ שני אלקטרוני שנוספו יצאו ע החמצ )–‪ (2‬האספקה החיצונית היא זו שמאפשרת‬
‫לתגובה להמשי ולהתבצע‪.‬‬
‫א לוקחי את הברזל ‪ III‬ומגיבי ע מחמצ אחר‪ ,‬לא חמצ‪ ,‬נקבל מעבר ישיר ליצור המחמצ‬
‫שיכול לחמצ את הסובסטרט ולשחרר את התוצר‪ .‬מעגל כזה יכול להיווצר ע"י פראוקסיד‪.‬‬
‫שחרור מולקולת המי מלווה בשינוי מבני קל מאוד‪.‬‬
‫אלקטרו ממקור חיצוני – מגיע ממקור תור אלקטרוני‪ .‬למשל חלבו תור אלקטרוני‪ .‬מערכות‬
‫כאלו מצומדות לתור‪/‬מקבל אלקטרוני‬

‫*שקופית ‪:30‬‬
‫‪ NADPH‬הוא זה שמצומד למערכת החמצו של השק הקוד‪.‬‬

‫*שקופית ‪:31‬‬
‫מודלי מבניי לא מסוב לעשות א הפונקציונליות היא בעייתית‪.‬‬
‫הטבעת הארומטית משמשת מחמצ אחר‬

‫*שקופית ‪:32‬‬
‫חלבו זה דומה להמיריטרי‪ .‬חלבו זה מכיל אתר פעיל בעל שני אטומי ברזל‪.‬‬
‫התהלי מאופשר ע"י האנזי‪.‬‬
‫החלבו הזה מורכב מארבעה תתי חלבוני‪ .‬החלבו בו יש את המרכז הברזל נקרא הידרוקסילאז‪.‬‬
‫ג כא זה מונו אוקסי‪ .‬חלבו נוס רדוקטאז אחראי על אספקת האלקטרוני שמגיע מ‪.NADH /‬‬
‫בפני יש צברי ברזל גופרית המעבירי אלקט'‪.‬‬
‫ההפרדה מתבצעת כדי לספק זמ לתגובה לקרות‪.‬‬
‫חלבו ‪ B‬אחראי רגולציה בי שתי היחידות‪.‬‬
‫חלבו ‪ / D‬התגלה לא מזמ ולא ידוע מה קורה איתו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:33‬‬
‫מרכז בי נוקלארי מאפשר חמצו של מתא למתאנול‪ .‬ריאקציה זו קשה מאוד כי מתא לא פעיל‪.‬‬
‫החלל ההידרופובי מתאי לקישור המתא‪.‬‬

‫‪46‬‬
 ‫*שקופית ‪:34‬‬
‫המנגנו לא ממש ידוע א במצב המחוזר שני הברזלי ה במצב ‪II‬‬
‫בנוכחות החמצ יש אקטיבציה לקבלת פראוקסו והברזל נמצא במצב ‪.III‬‬
‫יחידה זו מגיבה לתת ברזל ‪IV‬‬
‫מצב מנוחה – שני ברזלי שמכילי קבוצות ‪.OH‬‬

‫*שקופית ‪:36‬‬
‫כעת נראה חלבו די אוקסי‪.‬‬
‫חלבו זה מזרז חמצו של קתאחול‪ .‬אנזי זה מבוסס על ברזל‪.‬‬
‫החלו עצמו גדול מאוד והוא מופיע ‪ 12‬פעמי ביחידה אחת‪ .‬לברזל ליגנדי טירוזי ושתי היסטידי‪.‬‬
‫*שקופית ‪:37‬‬
‫הסובסטרט נקשר קלאטית דר החמצ‪ .‬הליגנדי המשתחררי ה ההידרוקסי ואפשרות נוספת –‬
‫טירוזי‪.‬‬
‫למצב זה יש צורות רזונטיביות שאחת מה היא פחמ רדיקל‪ .‬החמצ נכנס לפחמ הרדיקלי‬
‫ואז כדי לסיי את ההלי יש שחלו‬
‫המנגנו הוא די מכיוו ששני החמצני הגיעו מהחמצ המולקולרי‪.‬‬
‫מדוע אב‪ %‬לא יכול לשמש תחלי לברזל – אי שינוי במצב חמצו וכו'‪ .‬א בשל צורות הרזוננס אב‪%‬‬
‫לא יכול להיות כא‪.‬‬

‫*שקופית ‪:38‬‬
‫חלבוני המכילי מוליבד כמרכז פעיל מכילי את היחידה המופיעה למעלה‪ .‬זהו לא שייר חלבוני‪.‬‬
‫מולקולה זו נקשרת ע" גופרית ולא ברור מדוע זוהי המולקולה שיכולה לבצע את תפקידה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:39‬‬
‫ישנ מספר תגובות המזורזות ע"י מוליבד‪:‬‬
‫היכולת של המתכת להיות במצבי חמצו רבי מאוד מאפשרי לבצע גתגובות חמצו וג תגובות‬
‫חיזור‪.‬‬

‫*שקופית ‪:41‬‬
‫הקשר הקואורדינטיבי אינו משפיע על מצב החמצו‪.‬‬
‫המוליבד נע בי ‪ 6+‬ל‪.+4 /‬‬
‫המי נקשרי ונעשה מרכז חיובי ואז משתחרר פרוטו מהמי והחמצ נהפ לקבוצת ‪ .OH‬אז‬
‫משתחרר עוד פרוטו בגופרית ואז הגופרית משחררת אלקטרו ונהפכת רדיקלית‪ .‬אלקטרו שמגיע‬
‫מהמוליבד יוצר ע הגופרית קשר כפול והוא נהפ ל‪ .+5 /‬א צרי להחזיר אותו ל‪ +6 /‬לכ‬
‫משחררי פרוטו של ה‪ OH /‬וכ חזרנו במעגל לחומר התוצר‪.‬‬

‫‪47‬‬
 ‫כדי לוודא את המנגנו השתמשו בחמצ מסומ‪.‬‬

‫*שקופית ‪:42‬‬
‫האנזי הבא –‬
‫מכיל את היחידה של המוליבד‪ .‬הפע יש לו שני חמצני במקו חמצ וגופרית‪.‬‬
‫יש לו יחידת ה בתו האנזי‪ ,‬באתר הפעיל‪ .‬לחלבו זה יש ציטוכרו ‪ C‬צמוד אליו ומקבל את‬
‫הלאקטרוני‪.‬‬

‫*שקופית ‪:44‬‬
‫ישנה העברת חמצ אחד ממצב של ‪ SO3‬ל‪.SO4 /‬‬
‫האלקטרו עובר מהמוליבד לה ומהה לציטוכרו ‪.C‬‬
‫הה נמצא יחסית על פני השטח ואילו המוליבד נמצא בתו החלבו והציטוכרו ‪ C‬נמצא בתוו‬
‫והוא אחראי על העברת האלקטרו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:45‬‬
‫ליגנד זה קושר באופ קלאטי ע"י חנק וגופרית‪.‬‬
‫ע ליגנד זה הצליחו לחמצ גופרית וכו'‪ .‬בכיוו השני – המוליבד יכול לחזר גופרית וכו'‪.‬‬
‫הליגנדי מכילי קבוצות נפחיות שמונעות היווצרות תרכובות יציבות תרמודינמית א לא רצויות‪.‬‬

‫*שקופית ‪:46‬‬
‫מה שנמצא מתחת למוליבד ישאר לפי התגובה הרשומה על הסקלה ומה שמעליו יתהפ‪.‬‬

‫*שקופית ‪:47‬‬
‫מרכזי מוליבד‬

‫*שקופית ‪:48‬‬
‫אנזי זה מזרז תגובה ליצירת מי חמצ‪.‬‬
‫מבנה האנזי – שני איזורי‪ :‬כל איזור יש מרכז די מתכת‪ .‬שתי המתכות שונות‪ ,‬נחושת ואב‪.%‬‬
‫היסטידי מגשר בי נחושת לאב‪.%‬‬
‫הנחושת מתכת חימזורית משמשת מרכז לקבלת התהלי של המי חמצ‪.‬‬
‫שלב ראשו‪ :‬האנזי שבו הנחושת )‪ (2+‬מגיב ע החמצ בולע את האלקטרו העוד מהחמצ ויוצר‬
‫חמצ מולקולרי‪ .‬הנחושת נמצאת כרגע ב‪ (+1) /‬והיא מוסרת אלקטרו לחמצ רדיקלי חדש ומתקבל‬
‫חמצ )‪ (/2‬ואז מגיעי שני פורטוני ויוצרי את מי החמצ‪.‬‬

‫‪48‬‬
 ‫חמצ רדיקלי הוא רעיל מאוד ולכ האנזי עובד במהירות גבוהה מאוד כדי לפרק אותו‪ .‬הנחושת‬
‫אחראית לכ‪.‬‬
‫תפקיד האב‪ %‬לא ברור‪ .‬יתכ לש מבנה או לש יצירת פוטנציאל חשמלי מתאי‪.‬‬
‫האנזי בנוי בצורה כזו שלאניו אי בעיה להגיע למרכז המתכת‪.‬‬

‫*שקופית ‪:50‬‬
‫האנזימי המגיני אחראי על פירוק מי חמצ למשל‪.‬‬

‫*שקופית ‪:51‬‬
‫מספר דוגמאות‪.‬‬
‫הליגנד האקסיאלי הוא זה שקובע את המבנה‪.‬‬

‫*שקופית ‪:52‬‬
‫קטלאז הופ מי חמצ למי וחמצ‪.‬‬
‫קטלאז מבוסס על מערכת ה‪ .‬ליגנדה אקסיאלית – טירוזי‪ .‬יש לו אתר פנוי לקשור מי חמצ‪.‬‬
‫הברזל מוסר אלקטרוני והופ למצב )‪ .(+5‬מי החמצ מקבלי שני אלקטרוני ובנוכחות הפרוטוני‬
‫נוצר מי‪.‬‬
‫אפשרות שנייה היא קבלת שני האלקטרוני ממי החמצ עבור הברזל )‪ (+5‬ואז הוא חוזר למצב )‪(+3‬‬
‫אבל הפע מי החמצ מתפרקי למי וחמצ מולקולרי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:53‬‬
‫יש שני סוגי‪ :‬נבדלות במערכת שיוצרת את הרדיקלי‪.‬‬
‫משפחה אחת מבוססת על היחידה שרואי אותה בקו‪/‬אנזי ‪ .B-12‬הקשר מתפרק ל‪ /‬רדיקל ‪R‬‬
‫משפחה שנייה – יוצרי מערכת רדיקלית ע"י מרכז בי‪/‬נוקלארי של ברזל‪.‬‬
‫האינטראקציה של מרכזי הברזל ע חמצ מאפשרת לקבל טירוזיל רדיקל מטירוזי‪ .‬זהו רדיקל‬
‫מיוצב בגלל הטבעת הארומטית‪.‬‬

‫*שקופית ‪:54‬‬
‫כאשר החליפו לפניל‪/‬אלני החלבו לא יצר פעילות דומה‪ .‬כלומר הטירוזי קשור לפעילות‪.‬‬
‫הברזל נמצא במצב חמצו )‪ (+3‬וא הוא חוזר לחמצו )‪ (+2‬אזי החמצ מחזיר אותו למצב )‪.(+3‬‬

‫*שקופית ‪:55‬‬
‫דוגמא נוספת‪:‬‬
‫ג כא יש קבלת רדיקלי שיכולי לשבור איזורי ב‪ .DNA /‬תרכובת זו משמשת תרכובת אנטי‬
‫סרטנית‪.‬‬

‫‪49‬‬
 ‫*שקופית ‪:56‬‬
‫מרכז שהוא למעשה אורגנו‪/‬מתכתי‪ .‬קשר ישיר בי פחמ לקולבט‪ R .‬יכול להיות כל דבר שהוא אורגני‪.‬‬
‫קשר זה עובר פירוק הומוליטי והקולבט משנה את מצב החמצו שלו‪.‬‬

‫*שקופית ‪:57‬‬
‫תהליכי המזורזי ע"י הקו‪/‬אנזי‪.‬‬

‫*שקופית ‪:59‬‬
‫הרדיקל שול רדיקל מימ ואז יש שחלו לצור ייצוב ואז הרדיקל חוזר‪.‬‬
‫לא בכל המערכות השחלו מתבצע על הרדיקל‪ .‬לעיתי נוצר מצב של קרבאניו או קרבוקטיו‪.‬‬

‫‪50‬‬