Biokemija II METABOLIZEM NUKLEOTIDOV 07/08

METABOLIZEM NUKLEOTIDOV

Metabolizem nukleotidov
Vloga nukleotidov:
 izhodne spojine v sintezi
nukleinskih kislin
 ATP služi kot donor
fosforilne skupine v različnih reakcijah
 GTP/GDP se vežeta na G-
proteine
 CTP je vključen v
biosintezo sestavljenih lipidov
 UTP je vključen v
biosintezo polisaharidov
 služijo kot izhodne spojine v biosintezi nekaterih koencimov (NAD,
FAD) in sekundarnih obveščevalcev (cAMP, cGMP)

Izhodne spojine za biosintezo purinskih in pirimidinskih nukleotidov.

Izhodna spojina za sintezo nukleotidov je aktivirana riboza, 5-fosforibozil-1-pirofosfat (PRPP).
V celicah se glukoza-6-fosfat v fosfoglukonatni poti pretvori v ribozo-5-fosfat, ki se s pomočjo
PRPP-sintaze pretvori v PRPP.

Izhodne spojine za biosintezo purinskega obroča so

aspartat, glicin, glutamin, format in CO2. Prve tri snovi
so tudi donorji dušikove skupine. Izhodne spojine za
pirimidinski obroč pa so glutamin, bikarbonat in
aspartat. Aspartat in glutamin sta donorja N-skupine.

Shematični pregled biosinteze ribonukleotidov.

Poznamo dva načina pridobivanja nukleotidov, sintezo nukleotidov de novo iz izhodnih spojin in
reciklažno pot, pot ponovne uporabe dušikovih baz. De novo sinteza purinskih nukleotidov se
začne z izgradnjo purinskega obroča na PRPP, pri sintezi pirimidinskih nukleotidov pa se najprej
zgradi pirimidinski obroč orotata, ki se nato poveže s PRPP ter kasneje modificira.
Ko se riboza aktivira v PRPP, le ta vstopi v nadaljne reakcije. Najprej se s PRPP-
amidotransferazo pretvori v 5-fosforibozilamin.
Donor amida je glutamin. To je glavna regulatorna
stopnja v biosintezi purinskih nukleotidov.
Sledi še sedem stopenj, po katerih dobimo
IMP, prvi nukleotid z izgrajenim obročem.
V teh sedmih reakcijah kot donorji N
skupine nastopajo glicin, aspartat in
glutamin. Za ta del poti je kot kofaktor
potreben N10-formil THF.

Od IMP vodita ločeni poti do GMP in AMP.

Intermediat sinteze AMP je adenilosukcinat, sinteze

1
 Biokemija II METABOLIZEM NUKLEOTIDOV 07/08

GMP pa ksantozinmonofosfat. Poti imata drugačna vira energije. Za nastanek AMP je potreben
GTP, za nastanek GMP pa ATP. Zaradi potrebe po ustreznem razmerju med nukleotidi, je to
dejstvo zelo pomembno. Namreč, če bo v celici dovolj GTP bo
tekla sinteza AMP in obratno, ob zadostni količini ATP bo tekla
sinteza GTP.

Nukleozidtrifosfate (NTP) dobimo z reakcijama fosforilacije iz nukleozidmonofosfatov (NMP).

K

Začetek biosintetske poti nastanka pirimidinskih nukleotidov je reakcija med aspartatom in

karbamoilfosfatom, produktom razgradnje AK. Karbamoilfosfat, ki vstopa v sintezo pirimidinov
nastane v citosolu s karbamoilfosfat sintetazo II,
tisti, ki vstopa v cikel uree pa v mitohondriju s
karbamoilfosfat sintetazo I.

Nato se biosinteza nadaljuje do

orotata, ki je prva spojina z
izgrajenim obročem in OMP, ki je
prvi pravi pirimidinski nukleotid. Iz
OMP se z modifikacijami tvori
najprej UMP in nato še CTP.

Pomen PRPP v biosintezi

ribonukleotidov in nukleotidnih koencimov.
PRPP je aktivirana oblika riboze in je kot taka ključna za biosintezo ribonukleotidov, saj
predstavlja izhodno spojino za nastanek purinskega obroča. Purinski obroč je osnova za nastanek
ATP in GTP. Pri pirimidinskih ribonukleotidih se s PRPPjem poveže obroč orotata, prve spojine v
biosintezi s pirimidinskim obročem, in z modifikacijami nastaneta CTP in UTP.

Reciklacija baz in njen pomen.

Do 90% dušikovih baz, ki jih zaužijemo s hrano oziroma nastanejo v biosintezi, se reciklira in
sproščene baze se zopet uporabijo za nastanek novih nukleotidov. V biosintezi de novo se porabi
veliko energije, zato reciklažna pot predstavlja alternativno, bolj ekonomično pot sinteze. Poleg
tega dobivamo z razgradnjo nukleotidov manj sečne kisline, ki je slabo topna in se lahko v
organizmu nabira v obliki kristalov. Reciklažna pot je najpomembnejša v eritrocitih, ki nimajo
sinteze de novo in so od nje popolnoma odvisni.

Razgradnja in reciklažna pot purinskih nukleotidov

Prva stopnja v razgradnji baz je razpad ribonukleotida na ribozo in bazo. Baza ima nato dve možni
poti, pretvorbo v sečno kislino in izločitev iz telesa ali pretvorbo v nov nukleotid. Reciklažna pot
purinov je bistveno pomembnejša od reciklažne poti pirimidinov, ker se njihov obroč ne more
razgraditi, medtem ko se pirimidinski lahko.

GMP odda fosfatno skupino in se pretvori v gvanozin. Gvanozin odda sladkor v obliki riboze-1-P,
tako da ostane samo še baza, gvanin. AMP se lahko po dveh različnih poteh pretvori v inozin, ki
razpade na sladkor in hipoksantin. Gvanin in hipoksantin se lahko pretvorita v ksantin in s
ketoenoltautomerijo preko urata izločita iz telesa s sečnino ali pa se reciklirata in tvorita z
novim PRPPjem nov ribonukleotid.

2
Biokemija II METABOLIZEM NUKLEOTIDOV 07/08

Pretvorbo baze nazaj v ribonukleotid katalizirata

hipoksantin/gvanin-fosforiboziltransferaza (HGPRT) in
adeninfosforiboziltransferaza (APRT).

Ker telo samo ne zna razgraditi purinskega obroča,

ga pretvarja v obliko, ki jo lahko odstrani iz telesa.
Ksantin se pretvori v sečno kislino, ki se nato v
procesu keto-enol tautomerije pretvori v enolno
obliko. Iz nje lahko nastane urat, ki se izloči iz
telesa.
*POZOR: sečnina ni isto kot sečna kislina, saj je prva
produkt razgradnje AK, druga pa razgradnje
nukleotidov!

Biosinteza deoksiribonukleotidov.
Deoksiribonukleotidi se sintetizirajo iz odgovarjajočih ribonukleotidov z odcepom –OH skupine na
C2 mestu riboze. Reakcija odcepa –OH skupine ima radikalski mehanizem, saj pri prenosu enega e -
dobimo prosti radikal. Katalizira jo ribonukleotid-reduktaza (RNR). Za reakcijo je potreben
donor redukcijskega ekvivalenta
NADPH. RNR ima v katalitskem
delu dve SH skupini, na katerih
poteče oksidacija. Prenos
elektronov z NADPH na RNR
lahko poteka preko dveh skupin
oksidoredukcijskih proteinov.

Edini deoksiribonukleotid, ki na ta način ne

more nastati, je timin, ker ga med
ribonukleotidi ne najdemo. Timin zato
nastane iz uracila (dUMP) s pomočjo
timidilat-sintaze. Možna je tudi pretvorba iz

3
Biokemija II METABOLIZEM NUKLEOTIDOV 07/08

dCMP z dCMP deaminazo v dUMP in nato naprej v dTMP. To reakcijo pospešuje visoka
koncentracija dCTP in zavira dTTP.

Za sintezo N5,N10-metilen-FH4 (tetrahidrofolat), ki je

potreben za sintezo dTMP, je nujno potrebna folna
kislina. Tetrahidrofolat je donor metilenske skupine.
Folna kislina je vitamin in naše telo je ne zna
sintetizirati.

Shematični pregled razgradnje ribonukleotidov in deoksiribonukleotidov.

O razgradnji purinov je že bilo govora pri 29.4.
Za razliko od purinskega, razgradnja
pirimidinskega obroča za telo ne
predstavlja ovire. Produkti
razgradnje so dobro topni β-alanin,
β-aminoizobutirat, CO2 in NH3. Ravno
topnost je glavna razlika med
produkti razgradnje pirimidinskih in
purinskih baz.

Uravnavanje metabolizma nukleotidov.

Biosinteza purinskih ribonukleotidov ima več mest uravnavanja:
 PRPP-sintazo alosterično inhibirajo GMP, GDP, AMP in
ADP
 PRPP-amidotransferazo (glavna regulatorna stopnja)
aktivira PRPP, inhibirajo pa jo končni produkti sinteze, IMP, AMP in GMP.

Pretvorba IMP v AMP in GMP je recipročno

uravnavana. GTP pospešuje sintezo AMP, ATP pa
sintezo GMP. Takšen način uravnavanja omogoča
nastanek GMP in AMP v pravilnem razmerju.

4
Biokemija II METABOLIZEM NUKLEOTIDOV 07/08

Uravnavanje biosinteze pirimidinskih ribonukleotidov.

V sintezi deoksiribonukleotidov je natančno uravnavana ribonukleotid-reduktaza, ki ima kar dve
mesti za vezavo alosteričnih modulatorjev. Alosterični modulatorji so nukleotidi, ki skrbijo, da je
koncentracija vsakega dNTPja primerljiva s koncentracijami ostalih. Na mestu regulacije
aktivnosti dATP inhibira, ATP pa aktivira encim za vse substrate, medtem ko je encim na mestu
regulacije specifičnosti natančneje uravnavan. dTTP inhibira redukcije CDP in UDP ter aktivira
redukcijo GDP. ATP na tem mestu aktivira redukcijo CDP in UDP.

Okvare encimov, povezanih z metabolizmom nukleotidov in sečna kislina.

Bolezni, povezane z razgradnjo purinskih nukleotidov so:
Protin (putika) je hiperurikemija, ki lahko nastane iz različnih vzrokov. Vzrok je lahko povečana
aktivnost PRPP-sintaze, ki se odraža v prekomerni sintezi purinskih nukleotidov, ali zmanjšana
aktivnost HGPRT, kar pomeni, da do
reciklaže dušikovih baz ne prihaja. Ker
je reciklažna pot zavrta, se porabi tudi
manj PRPP, zato njegova koncentracija
naraste. PRPP je aktivator sinteze
nukleotidov in v telesu se prične aktivna
sinteza. Telo večje količine nukleotidov
ne potrebuje, zato jih pospešeno
razgrajuje. Obe stanji imata tako za
posledico prekomerno nastajanje sečne
kisline. Sečna kislina je slabo topna,
zato se v obliki kristalov nalaga v
okončinah, ker je tam tempertaura
malenkost nižja kot drugod po telesu in
topnost temu primerno še manjša.
Lesch-Nyhanov sindrom je zelo močna hiperurikemija, ki se ji pridružita še mentalna zaostalost
in težnja k samopoškodbam. Nastane zaradi skoraj minimalne dejavnosti ali celo popolne
inaktivacije HGRPT.
Zdravilo za putiko in Lesch-Nyhanov
sindrom je alopurinol, ki ima skoraj
identično zgradbo kot hipoksantin in
zato deluje kot inhibitor ksantin
oksidaze. Kot posledica se povečata
koncentraciji ksantina in hipoksantina
ter zmanjša koncentracija sečne
kisline. Ksantin in hipoksantin sta bolj
topni spojini od sečne kisline, zato
povzročata manj težav in se lažje
odstranjujeta iz telesa.
Bolezni, povezane z de novo biosintezo pirimidinov:
Orotska acidurija je redka genetska okvara, ki se odraža v anemiji, motnjah v rasti in izločanju
orotske kisline (kopiči se substrat: orotat). Vzrok zanjo je okvarjen encim orotat-
fosforiboziltransferaza ali OMP-dekarboksilaza. Zdravi se jo z dodatkom uridina/citidina, ker
inhibirata sintezo orotata in preprečita pomanjkanje končnih produktov.

5
Biokemija II METABOLIZEM NUKLEOTIDOV 07/08

SCID (Severe Combined Immunodeficiency) je genska bolezen, ki prizadane limfocite. Povzroči

jo mutacija na genu za adenozin-deaminazo (ADA). Zaradi nedelovanja ADA se dATP ne more
pretvoriti v sečno kislino in se kopiči v celici. Povišana koncentracija dATP alosterično inhibira
ribonukleotid-reduktazo, ki katalizira reakcijo pretvorbe ribonukleotidov v deoksiribonukleotide.
Poleg tega je dATP toksičen za limfocite.
Zdravljenje SCID je bil prvi primer uporabe genske terapije, ki je bil tudi uspešen.

Inhibitorji metabolizma nukleotidov

Inhibitor sinteze purinskih nukleotidov je alopurinol, pirimidinskih pa uridin in citidin. Več o tem
pri prejšnjem vprašanju.

Inhibitorje sinteze dNTP-jev delimo v tri skupine:

 Antifolati so strukturni analogi folata in
inhibirajo delovanje dihidrofolat reduktaze. Metilen
tetrafolat se ne more obnoviti, zato se sinteza dTMP
ustavi.
Sulfonamidi so kompetitivni inhibitorji dihidropteroat-sintaze,
bakterijskega encima v sintezi folne kisline. Folno kislino proizvajajo samo bakterije in rastline, zato
sulfonamidi ne morejo vplivati na človeške celice.
 Antimetaboliti so strukturni analogi purinskih in pirimidinskih baz. Primer je fluorouracil,
ki ni direktni inhibitor sinteze, ampak se v organizmu
pretvori v nukleotid in nato lahko inhibira timidilat
sintazo.
 Antagonisti glutamina imajo zelo podobno
strukturo glutaminu, vendar nimajo N skupine, ki bi jo
lahko donirali. So inhibitorji glutamin-
amidotransferaze.

6
Biokemija II METABOLIZEM NUKLEOTIDOV 07/08

Glavni viri:
• Predavanja prof. M. Žakelj-Mavrič 2007/08
• Predavanja prof. Vite Dolžan 2007/08
• Smith, Colleen, Marks, D. Allan and Liebermann, Michael. Marks' Basic Medical Biochemistry: A
Clinical Approach. 2nd ed. USA: Lippincott Williams & Wilkins, 1996. ISBN 0-7817-2145-8