Oksinin Hikayesi

www.plantcell.org/cgi/doi/10.1105/tpc.110.tt0410
Oksin araştırmaları yeni teknolojiler
ile sürekli olarak artmaktadır

Abel, S., and Theologis, A. (2010). Odessey of auxin. Cold Spring Harb Perspect Biol. doi: 10.1101/cshperspect.a004572
Darwin (1890s) fototropizma -ışığa
yönelim- çalışmıştır

Darwin ve diğerleri,
koleoptillerle -çimlenme
sırasında monokot
yaprakları koruyan
dokular- çalıştılar.

Darwin, C., and Darwin, F. (1881) The power of movement in plants. Appleton and Co., New York.; Photos courtesy of Dr. R.L. Nielsen
 Koleoptil ucunun kesilmesi veya
kapatılması, cevabı engeller

Bu deneyler, eğilmenin alt

kısımlarda olmasına rağmen
ışık sinyalinin uçlarda
algılandığını göstermektedir.

Uygulama Işıktan korunan veya

yapılmamış kesilmiş uca sahip
koleoptil eğilir koleoptil eğilmez
Darwin, bir sinyalin uçtan alt kısımlara
doğru hareket ettiği sonucuna vardı

“Bu yüzden, filizler lateral ışığa maruz

bırakıldığı zaman, bir takım etkilerin
uç kısımdan altlara aktarıldığı, ve
bunun sonucu olarak alt kısmın
eğildiği sonucuna varmaktayız.”

Charles Darwin image courtesy of Patche99z

 Boysen-Jensen (1913) aktarılan
etkinin jelatin bir bloktan
geçebildiğini gösterdi
Önce Sonra

Sinyal, katı blok

veya tereyağdan
geçemez; bu da
sinyalin suda
çözünen bir
kimyasal olduğunu
göstermektedir.
 Ucun yerinin değiştirilmesi, aynı
ışıkta eğilmeyi indükleyebilir
Uç uzaklaştırıldı ve bir
kenara eklendi Asimetrik uç eklenmesi
eğilmeye neden olur

Paal (1919), ucun

uzaklaştırılıp alt
kısmın tek kenarına
eklenmesinin eğilme
için yeterli olduğunu
Uç
uzaklaştırıldı Önce göstermiştir.
Sonra
Kontrol Uç
uzaklaştırıldı
ve yeniden
konuldu
 Oksin 1930’larda saflaştırıldı ve
büyümeyi teşvik ettiği gösterildi
Eğim açısı, bloktaki
oksin miktarı ile
orantılıdır

Frits Went, sürgün ...ve agar bloklarda

uçlarından oksinleri alıp toplanan maddenin
agar bloklarda topladı... büyümeyi teşvik edici
bir madde olduğunu
gösterdi.

Oksinin büyümeyi teşvik edici

İndol-3-asetik etkisinin saptanması için yapılan bu
asit, IAA eğilme deneyi, oksinin saflaştırılması
için temel olarak kullanılmıştır.
Redrawn from Went, F.W. (1935) Auxin, the plant growth-hormone. Bot. Rev. 1: 162-182.
Oksinin kök büyütücü özelliği
1930’larda da bilinmekteydi

Oksin uygulanmış
üzüm sapından
türevlenen kökler

Yakın zamanda yapılan bir

deneyde ise turp kökleri oksine
batırılmış ve oksin derişimine
bağlı olarak lateral köklerin
oluştuğu gözlenmiştir. µM
IAA
Thimann, K.V. (1938). Hormones and the analysis of growth. Plant Physiol. 13: 437-449. Kerk, N.M., Jiang, K., and
Feldman, L.J. (2000). Auxin metabolism in the root apical meristem. Plant Physiol. 122: 925-932.
Oksinin apikal baskınlığındaki rolü
1930’larda da bilinmekteydi
Oksin, tomurcuk
gelişimini baskılar
Apeks, oksinli
Uç kesilir veya oksinsiz
agar blok ile
değiştirilir

Tomurcuk uzunluğu

Oksin yok
Oksin

Thimann, K.V., and Skoog, F. (1934). On the inhibition of bud development and other functions of growth substance in Vicia faba. Proceedings of the Royal Society of
London B. 114: 317-339 with permission; Went, F.W. and Thimann, K.V. (1937) Phytohormones. The Macmillan Company, New York.
 Farklı dokuların oksine farklı
duyarlılığı olduğu anlaşılmıştır

Gövdede uzamayı
sağlayan oksin
konsantrasyonu, kök
uzamasını engelleyebilir

Thimann, K.V. (1938). Hormones and the analysis of growth. Plant Physiol. 13: 437-449.
Oksinin kutupsal taşınımı 1930’larda
anlaşılmıştır
Parça ters çevrildiği
zaman, oksin alttan uç
Koleoptilden kesilmiş
kısma geçememiştir.
bir parça, oksini uçtan
alta hareket ettirebilir.

Üstteki agar blokta H.G. Van der Weij tarafından

bulunan oksin, alttaki agar yürütülen bu deney ile oksinin
bloka taşınmıştır. uçtan alt kısma doğru hareket
ettiği ortaya çıkmıştır.
Adapted from Went, F.W. (1935) Auxin, the plant growth-hormone. Bot. Rev. 1: 162-182.
 Klasik çalışmaların ortaya
çıkardıkları:
•Oksinin kimyasal yapısı
•Kök oluşumunu teşvik edip tomurcuk gelişimini inhibe ettiği
•Oksinin filiz boyunca uçtan alt kısma hareket ettiği
•Farklı dokuların farklı duyarlılığının olduğu
•Oksinin konsantrasyona ve dokuya bağlı olarak büyümeyi etkilediği

Bilmediklerimiz ise; oksinin

büyümeyi nasıl teşvik ettiği,
kutupsal yönde nasıl hareket ettiği,
tomurcuk oluşumunu nasıl inhibe
ettiği ve kök oluşumunu nasıl Bu derste, moleküler biyoloji,
uyardığı idi. genetik ve hücre biyolojisi teknikleri
ile oksin hakkında neler ortaya
çıkarıldığı anlatılacaktır.
 Oksine 21. yüzyıl bakışı

• Oksin dengesi
• Oksin çalışmalarında
kullanılan araçlar
• Kutupsal oksin taşınımı
• Algı ve sinyal
• Bütün bitkide oksin hareketi
• Diğer sinyallerle etkileşimler
 Oksin sinyal yolu

Katabolizma Birleşme

Sentez IAA Taşınım Algı TF aktivasyonu/ Hedef Boyolojik

(reseptör) inaktivasyonu genler işlevler

Oksinin etkisi; sentezi, taşınımı, algılanması, sinyali ve

hedef gen cevabına bağlıdır. Bu işlevlerin çoğu, farklı hücre
özgünlüğüne sahip birçok gen tarafından kontrol edilir.

Adapted from Kieffer, M., Neve, J., and Kepinski, S. (2010). Defining auxin response contexts in plant development. Current Opinion in Plant Biology 13: 12-20.
 Oksin sinyal yolu – feedback
regülasyonu

Katabolizma Birleşme

Sentez IAA Taşınım Algı TF aktivasyonu/ Hedef Biyolojik

(reseptör) inaktivasyonu genler işlevler

Sinyal yolu kendisini pozitif ve negatif

feedbackler yolu ile çoğunlukla düzenler.

Adapted from Kieffer, M., Neve, J., and Kepinski, S. (2010). Defining auxin response contexts in plant development. Current Opinion in Plant Biology 13: 12-20.
 Çevresel faktörler ve diğer
hormonlar tarafından düzenlenme

Katabolizma
Catabolism Conjugation
Birleşme

Synthesis
Sentez IAA Transport
Taşınım Perception
Algı TFaktivasyonu/
TF activation/ Target
Hedef Biological
Biyolojik
(receptor)
(reseptör) inactivation
inaktivasyonu genes
genler Functions
işlevler

Gravity,
Yerçekimi,
Nutrient
besin
status,
durumu,
Ioniciyonik
environment,
çevre, patojenler,
Pathogens,
Light: Işık:
directionality,
yönü, dalgaboyu,
intensity,
şiddeti
wavelength

Etilen, brassinosteroidler, sitokinin, giberellik asit, jasmonik asit, strigolaktonlar...

Adapted from Kieffer, M., Neve, J., and Kepinski, S. (2010). Defining auxin response contexts in plant development. Current Opinion in Plant Biology 13: 12-20.
 Biyosentez ve homeostazi
IAA, çeşitli yarı bağımsız ve bir
triptofan bağımsız (mavi ok)
yollarla triptofandan (TRP)
üretilir.

YUCCA genlerindeki
mutasyonlar (halka
içinde) embriyogenezi;
TAA1 genlerindeki
mutasyonlar ise Arabidopsis ve
çevresel cevabı etkiler. yakın akrabalarında
IAOx yolu
kısıtlanabilir.

Sugawara, S., et al. (2009) Biochemical analyses of indole-3-acetaldoxime-dependent auxin biosynthesis in Arabidopsis. Proc. Natl. Acad. Sci. 106: 5430-5435.
 Oksin sentezi gelişimsel ve çevresel
olarak kontrol edilir
Metil
Jasmonat

Etilen

Kırmızı / Kızılötesi
ışık oranı

Sıcaklık

Oksin biyosentezi, diğer

hormonlar ve çevresel
koşullardan etkilenir.

Sugawara, S., et al. (2009) Biochemical analyses of indole-3-acetaldoxime-dependent auxin biosynthesis in Arabidopsis. Proc. Natl. Acad. Sci. 106: 5430-5435.
YUCCA genleri embriyogenez için
gereklidir

Bir flavin monooksijenaz enzimi kodlayan

dört YUCCA geninin işlev kaybı, azalmış
oksin sentezine ve kökün gelişmemesi gibi
ciddi embriyonik anomalilere neden olur.

Cheng, Y., Dai, X., and Zhao, Y. (2007) Auxin synthesized by the YUCCA flavin monooxygenases
is essential for embryogenesis and leaf formation in Arabidopsis. Plant Cell 19: 2430-2439.
 Lokalize oksin sentezi, gelişimsel
olarak önemli gradientleri oluşturur

DR5::GFP anlatımı (oksin ile

YUCCA1::GUS anlatımı
indüklenebilen promotör)

Arabidopsis’te dişi gametofit gelişimi için, oksin

sentezinde kısmen açığa çıkan bir oksin gradienti
gereklidir.

From Pagnussat, G.C., Alandete-Saez, M., Bowman, J.L., and Sundaresan, V. (2009) Auxin-dependent patterning and gamete specification in the Arabidopsis
female gametophyte.Science 324: 1684-1689. Reprinted with permission from AAAS.
Aydınlıktaki hipokotil uzama cevabı
için TAA1 gereklidir

Oksin sentezi
Beyaz ışık
Gölge

Gölgeli ortamda
Yabani tip taa1
yabani tip bitkilerde
Yabani tip taa1 oksin sentezi
Kızılötesi ışıkla aydınlatılan artarken taa1 işlev
ortamda yetiştirilen fideler. kaybı mutantlarında
Kızılötesi ışık, diğer bitkilerde artış olmaz.
gölge ortamını taklit eder ve
hipokotil uzamasını teşvik eder.

Reprinted from Tao, Y., et al. (2008) Rapid synthesis of auxin via a new tryptophan-dependent pathway
is required for shade avoidance in plants. Cell 133: 164–176, with permission from Elsevier.
 Oksin dengesi aynı zamanda
bağlanma ve yıkımla da kontrol edilir
GH3 geni tarafından kodlanan oksin bağlayıcı bir
enzimin aşırı anlatımı ile bitkideki oksin seviyesi
IAA düşer ve cüce fenotip gözlenir.
Pirinç
GH3
genleri
oksin ile (GH3 genes)
Arabidopsis
indüklenir

GH3.13 aşırı
Yabani tip
anlatımı
GH3.13 aşırı
Yabani tip
anlatımı
Zhang, S.-W., et al., (2009) Altered architecture and enhanced drought tolerance in rice via the cown-regulation of indole-3-acetic acid by TLD1/OsGH3.13 activation.
Plant Physiol. 151:1889-1901. Staswick, P.E., et al., (2005) Characterization of an Arabidopsis enzyme family that conjugates amino acids to indole-3-acetic acid.
Plant Cell 17: 616-627.
 Oksin dengesi – özet

Katabolizma Birleşme

Oksin dengesi; sentezi,

katabolizması, bağlanması
Sentez IAA Taşınım (birleşmesi) ve taşınımı ile
korunur. Bütün bu işlemler sıkı
olarak kontrol altındadır.
Oksin araştırmalarındaki yöntemler

•Doku veya hücre ekstrelerindeki oksin miktarının

belirlenmesi

•Oksin tarafından indüklenen genlerin anlatımı

•Oksine özgü antikorlarla in situ belirleme

•PIN oksin-transport proteinlerininin oryantasyonu

Bitki ekstrelerinde oksin düzeyinin
kimyasal analizi
Gaz kromatografi – kütle
spektrometrisi (GC-MS) ile
kimyasal analiz, oksin
miktarının belirlenmesinde
önemli bir yoldur.

Bu deney, genç
yapraklarda uçtan alta
doğru bir oksin
gradientini
göstermiştir. A: genç;
B: yaşlı yaprak

Edlund, A., Eklof, S., Sundberg, B., Moritz, T., and Sandberg, G. (1995) A microscale technique for gas chromatography-
mass spectrometry measurements of picogram amounts of indole-3-acetic acid in plant tissues.Plant Physiol. 108: 1043-1047.
 Hücreye özgü oksin ölçümü
Hücreleri Son zamanlarda GC-MS
ayır ve ölçümlerinin çözünürlüğü
protoplastları
izole et oldukça artmıştır.

Tek hücrelere
ayır

Yüklü plakalar, hücreleri

işaretli olan ve
Lazer olmayanlara göre ayırır

Belirlenmiş hücre
popülasyonlarında GFP
anlatımı yapan
köklerden başla

Petersson, S.V., Johansson, A.I., Kowalczyk, M., Makoveychuk, A., Wang, J.Y., Moritz, T., Grebe, M., Benfey, P.N., Sandberg, G., and Ljung, K.(2009) An auxin
gradient and maximum in the Arabidopsis root apex shown by high-resolution cell-specific analysis of IAA distribution and synthesis. Plant Cell 21:1659-1668.
 Hücreye özgü oksin ölçümü

Auxin amount

Bu yöntem kullanılarak,
Arabidopsis kök uçlarındaki
En yüksek oksin oksin konsantrasyonunun
konsantrasyonu, yüksek çözünürlüklü haritası
kök ucundaki oluşturulmuştur.
quiescent center
(QC)’dadır.
QC

Petersson, S.V., Johansson, A.I., Kowalczyk, M., Makoveychuk, A., Wang, J.Y., Moritz, T., Grebe, M., Benfey, P.N., Sandberg, G., and Ljung, K.(2009) An auxin
gradient and maximum in the Arabidopsis root apex shown by high-resolution cell-specific analysis of IAA distribution and synthesis. Plant Cell 21:1659-1668.
 Reporter gen transkripsiyonu ile
oksin cevabının izlenmesi
TGTCTC GUS (veya GFP)

AuxRE
Hours of
Oksin cevabının seviyesinin staining
izlenmesinde DR5 reporter yapısı
sıklıkla kullanılmaktadır.

DR5, bir oksin cevap elementinin

(AuxRE) yedi tekrarından oluşur.
AuxRE, oksin cevabını veren
transkripsiyon faktörlerinin
(ARF’ler) bağlanma bölgesidir.

Oksin cevabı, eksojen oksin

(NAA) ile artar
Ulmasov, T., Murfett, J., Hagen, G., and Guilfoyle, T.J. (1997). Aux/1AA proteins repress expression of reporter genes
containing natural and highly active synthetic auxin response elements. Plant Cell 9: 1963-1971.
DR5 anlatımı, kök ucunda ve QC’de
yüksek oksin aktivitesini ortaya
çıkarmıştır

Reprinted by permission from Macmillan Publishers, Ltd. Blilou, I., et al. (2005) The PIN auxin efflux
facilitator network controls growth and patterning in Arabidopsis roots. Nature 433: 39-44.
 Oksin, anti-oksin antikorları ile de
saptanabilir
Primer kök
Anti-IAA antikoru
Lateral kök oluşumunda oksin birikimi
Anti-IAA antikoru
DR5::GUS

+ oksin Negatif
QC kontrol

Reprinted from Benková, E. et al. (2003) Local, efflux-dependent auxin gradients as a common module for plant organ formation. Cell 115: 591-602, with
permission from Elsevier.
 Oksin akışı, PIN proteinlerinin
konumundan da anlaşılabilir
PIN proteinlerinin
oklarla gösterildiği bir
sürgün apikal
meristemi

Oksin taşınımı, hücre membranında polar dağılıma sahip

PIN proteinleri de dahil olmak üzere oksin taşıyıcıları ile
sağlanır. PIN proteinlerinin konumlarının incelenmesi ile
hücreler arası oksin taşınım yönü kabaca anlaşılabilir.

Reprinted from Heisler, M.G., et al. (2005). Patterns of auxin transport and gene expression during primordium development revealed by live imaging of the
Arabidopsis inflorescence meristem. Curr. Biol. 15: 1899–1911, with permission from Elsevier.
Kutupsal oksin taşınımı

Oksin, floem ile uzun mesafelere

taşınabilir.

Oksin, oksin transport proteinleri ile

de taşınır.

Oksin normalde sürgün ucundan

kök ucuna doğru hareket eder. Kök
ucunda yönünü değiştirerek, kökte
yukarı doğru kısa bir mesafe daha
alır.

Reprinted with permission from Macmillan Publishers, Ltd. Robert, H.S., and Friml, J. (2009) Auxin and other signals on the move in plants. Nat. Chem. Biol. 5: 325-332
. Reprinted from Muday, G.K., and DeLong, A. (2001). Polar auxin transport: Controlling where and how much. Trends Plant Sci. 6: 535–542, with permission from
Elsevier.
Tropik eğilme için Cholodny-Went
teorisi
Tropik eğilme için Cholodny-Went teorisine göre; bir uyaranın (ör.
asimetrik ışık veya yerçekimi) algılanması ile oksin lateral olarak yer
değiştirir ve farklı büyümeye neden olur.
 Koleoptil veya sürgünlerde oksin
gölge olan tarafa hareket eder
Fototropik olarak Gölge olan taraftaki artmış
uyarılan Brassica
oksin konsantrasyonu ile o
oleracea
taraftaki hücreler uzar ve
hipokotillerinde, IAA
gölge olan tarafta
bitki ışığa doğru eğilmiş olur.
birikir.
DR5::GUS

DR5 promotörünün
Hücre
uzunluğu
oksin ile indüklenmiş
transkripsiyonu, bu
fototropik olarak
Oksin uyarılmış Arabidopsis
konsantrasyonu hipokotilinde artmıştır.

Esmon, C.A. et al. (2006) A gradient of auxin and auxin-dependent transcription precedes tropic growth responses. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103: 236–241. Reprinted
by permission from Macmillan Publishers, Ltd: Friml, J., Wisniewska, J., Benkova, E., Mendgen, K., and Palme, K. (2002) Lateral relocation of auxin efflux regulator
PIN3 mediates tropism in Arabidopsis. Nature 415: 806-809.
 Gravitropizma, yerçekimine göre
konumun değişmesine karşı bir
cevaptır Sürgünler negatif
olarak gravitropiktir
– yerçekiminin
merkezinden uzağa
doğru büyür
dikey

Yerçekimi
vektörü
yatay
Kökler pozitif olarak
gravitropiktir –
yerçekiminin
merkezine doğru uzar

Luschnig, C., Gaxiola, R.A., Grisafi, P., and Fink, G.R. (1998) EIR1, a root-specific protein involved in
auxin transport, is required for gravitropism in Arabidopsis thaliana. Genes Dev.12: 2175-2187.
 Eğilme, alt ve üst kısmın farklı
miktarda büyümesinden kaynaklanır
uzunluk

zaman
dikey
zaman

uzunluk
Alt kısım
yatay

Üst kısım

zaman

Parker, K.E., and Briggs, W.R. (1990) Transport of indole-3-acetic acid during gravitropism in intact maize coleoptiles. Plant Physiol. 94: 1763-1769.
 Daha fazla büyüme, artmış oksin
birikimine bağlıdır

Oksin birikimi
zaman
dikey

yatay

yatay dikey

Parker, K.E., and Briggs, W.R. (1990) Transport of indole-3-acetic acid during gravitropism in intact maize coleoptiles. Plant Physiol. 94: 1763-1769.
 Oksin, kökte alt kısımlarda birikir ve
kökler eğilir

Dikey olarak konumlandırılmış (A) ve yatay olarak

konumlandırıldıktan 6 saat sonra (B) kökte DR5::GUS Kökün alt kısımlarındaki
anlatımı oksin miktarının
arttırılmasıyla, optimalin
üstünde oksin düzeyi
sonucu hücre uzaması
inhibe olurken, kök
aşağı doğru eğilir.
Rashotte, A.M., DeLong, A., and Gloria K. Muday, G.K. (2001) Genetic and chemical reductions in protein phosphatase activity alter auxin transport, gravity response,
and lateral root growth. Plant Cell 13: 1683-1697; Thimann, K.V. (1938). Hormones and the analysis of growth. Plant Physiol. 13: 437-449; Luschnig, C., Gaxiola, R.A.,
Grisafi, P., and Fink, G.R. (1998) EIR1, a root-specific protein involved in auxin transport, is required for gravitropism in Arabidopsis thaliana. Genes Dev.12:
2175-2187.
Tropik eğilimin altında kutupsal
oksin taşınımı yatar

“İlk olarak, Cholodny-Went "teorisi“, aslında tam da bir teori değildir;

gerçeğin ta kendisidir. Tropizmalara lateral oksin taşınımı eşlik eder ve
aslında neden olur.” – Kenneth Thimann, 1992

Thimann, K.V. (1992) The Cholodny-Went “theory” . Plant Mol. Biol. Rep. 10: 103-104.
Çoğu Arabidopsis mutantlarında
anormal gravitropik cevaplar
tanımlanmıştır
eir1 = pin2

WT

Bu mutantların analizi ile çeşitli oksin transport

proteinleri ve bunların aktivitesi ile dağılımını
WT pin2 düzenleyen proteinler tanımlanmıştır.

Reprinted with permission from Macmillan Publishers, Ltd. Muller, A., et al. (1998) AtPIN2 defines a locus of Arabidopsis for root gravitropism control. EMBO J 17:
6903-6911; Luschnig, C., Gaxiola, R.A., Grisafi, P., and Fink, G.R. (1998) EIR1, a root-specific protein involved in auxin transport, is required for gravitropism in
Arabidopsis thaliana. Genes Dev.12: 2175-2187. Rahman, A., Ahamed, A., Amakawa, T., Goto, N., and Tsurumi, S. (2001). Chromosaponin I specifically interacts
with AUX1 protein in regulating the gravitropic response of Arabidopsis roots. Plant Physiol. 125: 990-1000.
 Oksin taşınımı – kemiozmotik model
Hücre
duvarı
İndol-3-asetik asit, sitoplazmada pH 5.5
(pH 7) bulunan yüklü bir anyondur Bir proton Sitoplazma
pH 7
(IAA-). ATPaz, pH H+
gradientinin
devamını sağlar IAA-
Daha asidik hücre duvarında (pH
Hücreden
5.5), bazıları yüksük olarak hücreye
bulunur (IAAH). Yüksüz form, IAAH IAA- + H+
polar oksin
transportu
plazma membranından geçip
diğer hücreye girer; burada bir
IAAH
proton kaybeder ve spesifik
taşıyıcılar haricinde hücreden
çıkamaz hale gelir. IAA- + H+

Redrawn from Robert, H.S., and Friml, J. (2009) Auxin and other signals on the move in plants. Nat. Chem. Biol. 5: 325-332.
Oksin, taşıyıcı proteinler ile taşınır

ABCB PIN ailesi proteinleri,

oksinin hücre dışına
doğrusal hareketine
ABCB
yardımcı olur.

Hücreden
AUX1/LAX hücreye
polar oksin
taşıyıcıları, transportu

IAAH’nin
ABCB taşıyıcıları,
sitoplazmaya
oksinin çeşitli yollarla
taşınımına ABCB taşınmasına yardımcı
yardımcı olur.
olur (MRD veya PGP
proteinleri).

Reprinted with permission from Macmillan Publishers, Ltd. Robert, H.S., and Friml, J. (2009) Auxin and other signals on the move in plants. Nat. Chem. Biol. 5: 325-332.
 AUX1 oksini hücre içine alır
AUX1/LAX

Taşıyıcı
ile oksin
alınımı

AUX1’e benzeyen
protein kodlayan birçok Oksin alınımı aux1
gen bulunmaktadır; bu mutantlarında
proteinler LAX kusurludur.
proteinleridir (Like
AUX1).
Reprinted with permission from Macmillan Publishers, Ltd. Marchant, A. et al., (1999) AUX1 regulates root gravitropism in Arabidopsis by facilitating auxin uptake
within root apical tissues. EMBO J. 18: 2066–2073.
 Oksin taşınımı AUX1/LAX proteinleri
kolaylaştırır

aux1
mutantında,
oksin taşınımı
hatalıdır, oksin
sürgünden köke
daha yavaş
hareket eder.

DAG = Days After Germination

Marchant, A., Bhalerao, R., Casimiro, I., Eklof, J., Casero, P.J., Bennett, M., and Sandberg, G. (2002). AUX1 promotes lateral root formation by facilitating indole-3-
acetic acid distribution between sink and source tissues in the Arabidopsis seedling. Plant Cell 14: 589-597 Reprinted from Muday, G.K., and DeLong, A. (2001). Polar
auxin transport: Controlling where and how much. Trends Plant Sci. 6: 535–542, with permission from Elsevier.
ABCB proteinleri oksin taşınımı için
önemlidir

ABCB
PGP
WT abcb19-2 abcb19-2
abcb19-1 abcb1 – abcb1

WT abcb19-1
Arabidopsis 21 ABCB proteinini
Bazı ABCB genlerinin işlev
kodlar, bunların çoğu oksinin
kaybı sonucu, cücelik ile farklı
düzgün taşınımı için gereklidir.
tropizmalar gibi çeşitli fenotipler
gözlenir.

Wu, G., Lewis, D.R., and Spalding, E.P. (2007) Mutations in Arabidopsis multidrug resistance-like ABC transporters separate the roles of acropetal and basipetal
auxin transport in lateral root development. Plant Cell 19: 1826–1837. Noh, B., Murphy, A.S., and Spalding, E.P. (2001) Multidrug Resistance–like genes of
Arabidopsis required for auxin transport and auxin-mediated development. Plant Cell 13: 2441–2454.
 ABCB proteinlerinin çeşitli anlatım
paternleri vardır

ABCB19, bu kök ABCB19,

hücrelerinin PIN1’in
ABCB genlerinin işlevi, farklı anlatım paternleri çevresinde eşit
konumunu da
olarak toplanır.
ve hücresel lokalizasyon ile belirlenebilir; çoğu stabilize
hata karakterize edilememiştir. edebilir...

Wu, G., Lewis, D.R., and Spalding, E.P. (2007) Mutations in Arabidopsis multidrug resistance-like ABC transporters separate the roles of acropetal and basipetal
auxin transport in lateral root development. Plant Cell 19: 1826–1837. Titapiwatanakun, B., and Murphy, A.S. (2009) Post-transcriptional regulation of auxin
transport proteins: cellular trafficking, protein phosphorylation, protein maturation, ubiquitination, and membrane composition. J. Exp. Bot. 2009 60: 1093-1107 by
permission of Oxford University Press for the Society of Experimental Biology.
PIN proteinleri adını pin-formed
mutantlardan alır
PIN1 geninde mutasyon olan pin-
formed’da anormal yapraklanma
görülür ve çiçek oluşumu
gözlenmez.

Galweiler, L., Guan, C., Muller, A., Wisman, E., Mendgen, K., Yephremov, A., and Palme, K. (1998). Regulation of polar auxin transport by AtPIN1 in Arabidopsis
vascular tissue. Science 282: 2226 – 2230, reprinted with permission from AAAS.
PIN oksin taşıyıcıları, hücreye özgü
anlatımı olan büyük bir gen ailesi
tarafından kodlanır

PIN

Křeček , P., Skůpa , P., Libus, J., Naramoto, S., Tejos, R., Friml J., and Zažímalová, E. (2009) The PIN-
FORMED (PIN) protein family of auxin transporters. Genome Biology 10: 249.
PIN proteinleri bitki hücrelerinde
asimetrik olarak bulunur
PIN1, kök korteks Kök
hücrelerinin alt tabanı
kısımlarına
yerleşir.

Sürgün ucundan
kök ucuna oksin
akışından PIN1
sorumludur.

Kök
ucu

Reprinted by permission from Macmillan Publishers, Ltd. Dhonukshe, P., et al. (2008). Generation of cell polarity in plants links endocytosis, auxin distribution and cell
fate decisions. Nature 456: 962-966. Reproduced with permssion from Dolan, L., et al. (1993). Cellular organisation of the Arabidopsis thaliana root. Development 119:
71-84.
Farklı PIN proteinleri farklı yerlerde
bulunur

PIN2 kök korteksinin alt

yüzeyinde ve epidermal
hücrelerin üst yüzeyinde
bulunur.

PIN2 özellikle kökte

gravitropizma
sırasında oksinin
dağılımında işlev
görür

Reprinted by permission from Macmillan Publishers, Ltd. Dhonukshe, P., et al. (2008). Generation of cell polarity in plants links endocytosis, auxin distribution and cell
fate decisions. Nature 456: 962-966. Reproduced with permssion from Dolan, L., et al. (1993). Cellular organisation of the Arabidopsis thaliana root. Development 119:
71-84.
 PIN proteinlerinin dağılımı, oksin
gradienti oluşumuna yardımcı olur

Křeček , P., Skůpa , P., Libus, J., Naramoto, S., Tejos, R., Friml J., and Zažímalová, E. (2009) The PIN-
FORMED (PIN) protein family of auxin transporters. Genome Biology 10: 249.
 PIN3, yerçekimi vektöründeki
değişimlere cevap olarak polariteyi
değiştirir

Dikey
Yatay PIN3, sürgün ve kök
fototropizma ve
gravitropizması sırasında,
oksinin lateral yer
değiştirmesinden
sorumludur.

Reprinted by permission from Macmillan Publishers, Ltd. Friml, J., Wisniewska, J., Benkova, E., Mendgen, K., and Palme, K. (2002). Lateral relocation of auxin
efflux regulator PIN3 mediates tropism in Arabidopsis. Nature 415: 806-809. Adapted from Tanaka, H., Dhonukshe, P., Brewer, P. & Friml, J. (2006)
Spatiotemporal asymmetric auxin distribution: a means to coordinate plant development. Cell. Mol. Life Sci. 63: 2738–2754.
PIN proteini dağılımı oksin aracılı
motiflere katkıda bulunur

Dğer şeylerin dışında,

embriyonik patern
oluşumu için gerekli
oksin maxima’nın
durumunu kontrol
ederler.

Reproduced with permission from Petrášek, J., and Friml, J. (2009) Auxin transport routes in plant development. Development 136: 2675-2688.
 PIN proteinleri hücre ve dokular
arasında çok dinamik olarak hareket
edebilir

Daha stabil konumlu ABCB

proteinlerinin tersine, PIN
proteinleri hücre içindeki
konumlarını çok hızlı olarak
değiştirebilir.

Reprinted from Heisler, M.G., et al. (2005). Patterns of auxin transport and gene expression during primordium development revealed by live imaging of the
Arabidopsis inflorescence meristem. Curr. Biol. 15: 1899–1911, with permission from Elsevier.
PIN proteinleri plazma membranı ve
endozom arasında devir yapar

PIN proteinleri sürekli olarak

plazma membranı ve endozomal
kompartmanlar arasında devir
endozom
yapar.

Plazma
membranı

Redrawn from Kleine-Vehn, J., et al. (2009). PIN auxin efflux carrier polarity is regulated by PINOID kinase-mediated
recruitment into GNOM-independent trafficking in Arabidopsis. Plant Cell 21: 3839-3849.
Brefeldin A, endositozu engeller ve
PIN proteinlerini yakalar

Brefeldin A (BFA), PIN’i endozomal

kompartmanlarda hapsederek endozomların
plazma membranı ile kaynaşmasını engeller.

Kontrol BFA uygulaması

Redrawn and reprinted from Kleine-Vehn, J., et al. (2009). PIN auxin efflux carrier polarity is regulated by PINOID
kinase-mediated recruitment into GNOM-independent trafficking in Arabidopsis. Plant Cell 21: 3839-3849.
PIN’lerin fosforilasyon durumları
dağılımlarını etkiler

P P P P PIN proteinleri protein kinaz

PINOID (PID) ile fosforillenip
protein fosfataz PP2A ile
defosforillenir.

P P PP2A

PID Kontrol Staurosporine

uygulanmış

Staurosporine,
protein kinazları
inhibe eder
Sukumar, P., Edwards, K.S., Rahman, A., DeLong, A., and Muday, G.K. (2009). PINOID kinase regulates root gravitropism through modulation of PIN2-dependent
basipetal auxin transport in Arabidopsis. Plant Physiol. 150: 722-735. Redrawn from Kleine-Vehn, J., et al. (2009). PIN auxin efflux carrier polarity is regulated by
PINOID kinase-mediated recruitment into GNOM-independent trafficking in Arabidopsis. Plant Cell 21: 3839-3849.
 ABCB proteinleri PIN proteinlerini
membran domenlerine sabitleyebilir

ABCB19 Plazma Turuncu =

Membran overlap
proteini
ABCB proteinleri, PIN proteinlerinin aksine plazma membranında
kalabilirler. İki taşıyıcı arasındaki etkileşim sonucu PIN’lerin
sabitlenmesi sağlanabilir.

Titapiwatanakun, B., and Murphy, A.S. (2009) Post-transcriptional regulation of auxin transport proteins: cellular trafficking, protein phosphorylation, protein
maturation, ubiquitination, and membrane composition. J. Exp. Bot. 2009 60: 1093-1107, by permission of the Society for Expiremental Biology.
 Oksin taşınımı - özet
Oksin hareketinin düzenlenmesi;
fototropizma, gravitropizma, embriyonik
patern oluşumu ve organogenez için
önemlidir.

Oksin taşıma proteinleri tanımlanmıştır.

Bunların konumunu ve aktivitelerini
kontrol eden faktörler araştırılmaktadır.

Arabidopsis’te 6 AUX1/LAX
proteini, 21 ABCB proteini ve 8
PIN proteini bulunmaktadır -
oksin taşınımının karmaşıklığı
hala anlaşılamamıştır!
 Algı ve sinyal

Katabolizma Birleşme

Sentez IAA Taşınım Algı TF aktivasyonu/ Hedef Biyolojik

(reseptör) inaktivasyonu genler işlevler
Oksinin etkileri en az iki tip reseptör
tarafından yönlendirilir

Algı ABP1
(reseptör)

IAA

Algı
(reseptör) SCFTIR1
AUXIN-BINDING Protein1 hücre
bölünmesi ve genişlemesi için
gereklidir
ABP1’nin işlev kaybı
EtOH ile embriyoda ölümcüldür.
Yabani tip
indüklenmiş
kontrol
ABP1- ABP1 genini sessizleştiren
antisense indüklenebilir antisense yapı
taşıyan bitkiler üretilmiştir.
Bunlar 12 gün boyunca
indükleyici koşulların
bulunmadığı ortamda
yetiştirilmiştir.

12. günde, ABP1

sessizleştirilmiş ve bitki
büyümesinin ciddi biçimde
kısıtlandığı gözlenmiştir.
Braun, N., et al. (2008). Conditional repression of AUXIN BINDING PROTEIN1
reveals that it coordinates cell division and cell expansion during postembryonic shoot
development in Arabidopsis and tobacco. Plant Cell 20: 2746-2762.
 Auxin-Binding Protein1’in
Algı ABP1 downstream’indeki olaylar
(reseptör) henüz anlaşılamamıştır.

IAA

SCFTIR1 ile oksin

Algı
SCFTIR1 algılanmasının downstream
(reseptör) yolu incelenmiştir.
Oksin reseptörü TIR1, SCF ubikitin
ligaz kompleksi SCFTIR1 ’in bir
bileşenidir

F-box TIR1
oksin
reseptörü F-box TIR1
proteini
SKP1

SCF kompleksi

CUL1
SCF ubikitin ligaz kompleksi
(SKP1, CUL1 ve F-box proteinleri)
 Ubikitin ligaz kompleksleri, hedef
proteinleri ubikitinler

Ubikitin F-box proteini hedef

proteini tanır ve
Hedef bağlanır. Daha sonra
Hedef kompleks, hedefe
ubikitin proteinlerini
SKP1 transfer eder.

CUL1

Ubiquitin by Rogerdodd
Proteolitik hedefler ubikitine
kovalent olarak bağlanır

Ubikitin
Ubiquitin, proteolitik yıkım için
proteinleri hedefleyen küçük bir
Hedef proteindir (76 aa).

Ubiquitin by Rogerdodd
 Ubikitinlenmiş hedefler 26S
proteozom tarafından proteoliz edilir

Hedef

Proteozom hedef
proteinleri yıkar ve
ubikitinlerin yeniden
kullanılır hale gelmesini
sağlar.

26S proteozom
Oksin, SCFTIR1 kompleksine spesifik
olarak bağlanır

Radyoaktif IAA, çeşitli

Benzoik asit maddelerin varlığında SCFTIR1
Triptofan kompleksine bağlanmıştır.
2,4-D Etkileşimlerin özgünlüğü çeşitli
NAA oksinler (IAA, NAA, 2,4-D)
IAA tarafından gösterilirken, ilgili
bileşenler (benzoik asit,
triptofan) tarafından
gösterilmemiştir.

Reprinted by permission from Macmillan Publishers, Ltd. Dharmasiri, N., Dharmasiri, S., and Estelle, M.
(2005) The F-box protein TIR1 is an auxin receptor. Nature 435: 441-445.
 TIR1, hedefine bağlanmak için
oksine ihtiyaç duyar
Oksin, TIR1 ve
hedefinin
bağlanmasında
yapıştırıcı
görevi görür.
Oksin Hedef
 TIR1, hedefine bağlanmak için
oksine ihtiyaç duyar

Oksin Hedef

SCFTIR1 aracılı
proteolizin hedefleri
nedir?

I II III IV

Aux/IAA proteinleri, oksin cevabının

baskılayıcıları olan kısa ömürlü nüklear
proteinlerdir.
 Aux/IAA genleri oksin tarafından
indüklenir
1980’lerde, oksin tarafından
indüklenen genlerin izolasyonu GmAux22
için yeni moleküler biyoloji
teknikleri kullanıldı.
GmAux28
Bu oksin tarafından indüklenen
gen ailelerinden biri, Aux/IAA
genleri olarak bilinmektedir.

Kontrol 15 30 60 90
Oksin uygulanması (dk)

Oksini
tükenmiş

Walker, J.C. and Key, J.L. (1982) Isolation of cloned cDNAs to auxin-responsive poly(A)+RNAs
of elongating soybean hypocotyl. PNAS 79: 7185-7189.
 Aux/IAA proteinleri çok kısa ömürlü
nüklear proteinlerdir

Çoğu Aux/IAA
proteinlerinin çok
kısa yarılanma
süresi vardır; bu
da onların
düzenleyici işlevi
olduğunu Nüklear birikim
düşündürmüştür. gösteren bir
füzyon (+GUS)
proteini

PS-IAA6

Abel, S., Oeller, P.W., and Theologis, A. (1994). Early auxin-induced genes encode short-lived nuclear proteins. PNAS 91: 326-330.
Aux-IAA proteinleri oksin varlığında
destabilize olur
Oksin, IAA1::LUC’un LUC kodlayan bölge
Lusiferaz
proteotilik hızını arttırır LUC (LUC) kontrol veya Aux/IAA1
proteinine bağlanmış
Aux/IAA1 LUC taşıyan transgenik
LUC proteinine
bitkiler geliştirilmiştir.
I II III IV bağlanmış LUC

LUC bitkilerinde oksin protein

stabilitesini etkilememiştir;
2 saat LUC
oksin aktivitesinin ancak LUC, Aux/IAA1
ölçümü proteinine bağlanmış olduğu
Uyarıcı zaman proteinlerin %50’si 2
LUC
uygulaması
aktivitesinin saatlik oksin uygulamasından
ölçümü sonra yıkılmıştır.

Zenser, N., Ellsmore, A., Leasure, C., and Callis, J. (2001). Auxin modulates the degradation rate of Aux/IAA proteins. Proc. Nat.l Acad. Sci. USA 98:
11795-11800.Copyright National Academy of Sciences, USA.
 Aux/IAA proteinlerinin protein
destabilize edici domenleri vardır

I II III IV

Domen II’nin LUC reporter’a

bağlanması, oksin tarafından
indüklenen instabiliteye neden
olur. Domen III ve IV, LUC LUC
stabilitesini değiştirmez.
II
LUC
LUC
III IV

Zenser, N., Ellsmore, A., Leasure, C., and Callis, J. (2001). Auxin modulates the degradation rate of Aux/IAA proteins. Proc. Nat.l Acad. Sci. USA 98:
11795-11800.Copyright National Academy of Sciences, USA.
 Domen II’deki korunmuş “degron”
oksin instabilitesine neden olur
Degron adı verilen
LUC
kısa bir aminoasit
dizisi, oksin
tarafından
indüklenen protein LUC
I II III IV
stabilitesi için gerekli
ve yeterlidir. QVVGWPLVRSYRK
Mutant degron
Bu korunmuş dizideki
tek bir aminoasidin LUC
I II III IV
(kırmızı)
değiştirilmesi ile QVVGWPPVRSYRK
protein daha stabil
hale gelir. Yabani tip degron

Ramos, J., Zenser, N., Leyser, O., and Callis, J. (2001) Rapid degradation of auxin/indoleacetic acid proteins requires conserved amino
acids of domain II and is proteasome dependent. Plant Cell 13: 2349 - 2360.
 TIR1, domen II’deki korunmuş
degrona bağlanır
I II III IV
Oksin ve Aux/IAA proteininin
QVVGWPLVRSYRK domen II’siyle kompleks
Mutant degron kurmuş TIR1

I II III IV

QVVGWPPVRSYRK
Degrondaki mutasyon,
Yabani tip degron Aux/IAA proteininin TIR1’e
bağlanmasını ve proteolize
uğramasını engeller;
mutant proteinler daha
stabildir.
Bazı Aux/IAA genlerindeki mutasyonlar
oksine dirençli fenotipe yol açar
Aux/IAA genlerindeki dominant olan işlev
kazanımı mutasyonları, domen II’deki
degron dizisinde meydana gelir.

I II III IV

QVVGWPPVRSYRK

Nagpal, P., et al. (2000) AXR2 encodes a member of the Aux/IAA protein family. Plant Physiol, 123: 563-574
.
Degrondaki mutasyon in vivo
protein stabilitesini arttırır

GUS
I II III IV

QVVGWPPVRSYRK

IAA7/GUS AXR2-1/GUS

Nüklear lokalize!

Reprinted by permission from Macmillan Publishers, Ltd: Gray, W.M., Kepinski, S., Rouse, D., Leyser, O., and Estelle, M. (2001) Auxin regulates SCFTIR1 -dependent
degradation of AUX/IAA proteins. NATURE 414: 271-276. Nagpal, P., et al. (2000) AXR2 encodes a member of the Aux/IAA protein family. Plant Physiol, 123:
563-574.
 Aux/IAA proteinleri - özet
Aux/IAA proteinleri oksin
sinyalinin reseptörleridir;
oksin varlığında hızlı bir
şekilde yıkılırlar.
Oksin

INPUT OUTPUT

Aux/IAA proteinleri
oksin sinyalini nasıl
baskılar?
Aux/IAA proteinleri Auxin Response
Factors (ARFs)’lerinin aktivitesini
baskılar

ARF ve Aux/IAA proteinleri C- ARF

DNA- Aktivasyon / III IV
terminal bölgelerinde dizi bağlayıcı baskılama
benzerliği gösterir; böylece domen domeni
homodimerize olabilirler.
Aux/IAA
I II III IV

ARF homodimeri

ARF Aux/IAA heterodimeri

 ARF’ler oksin ile indüklenebilen
promotörlere bağlanan transkripsiyon
faktörleridir
Artan ARF1 miktarı

ARF1’in oksin cevap

elementi (AuxRE)’ne
bağlandığını gösteren
Dnaz parmakizi
analizleri

DNaz parmakizinde,
proteinin DNA’ya bağlandığı
bölge belirlenebilir; çünkü
bu bölge Dnaz
endonükleazı
parçalanmasına uğramaz.

Reprinted from Ulmasov, T., Hagen, G., and Guilfoyle, T. (1997). ARF1, a transcription factor that binds to auxin response elements. Science 276:
1865 – 1868 with permission from AAAS.
 Bazı ARF’ler transkripsiyonel
aktivatörlerken bazıları represördür
Arabidopsis ARF Aktivatörler
protein ailesi

ARF 2-4, 9;
represörler

ARF represörleri hakkında

şu anda çok bilgi yoktur.

Reprinted from Guilfoyle, T., and Hagen, G. (2007). Auxin response factors. Curr. Opin. Plant Biol. 10: 453 – 460 with permission from Elsevier.
 Oksin ile düzenlenen
transkripsiyonel kontrol için model
Düşük oksin düzeyi
Bazı ARF’ler Aux/IAA
represörleri ile
kompleks halindedir,
işlevlerine müdahale
eder

Yüksek oksin düzeyi

Aux/IAA’lar SCFTIR1
aracılı proteoliz ile yıkılır,
ARF’lerin baskılanmasını
azaltarak gen anlatımının
yapılıp baskılanmasını
düzenler
 ARF’ler ve Aux/IAA proteinleri
arasındaki kombinasyonel etkileşimler

Aktive edici
ARF’ler
Transkripsiyonel eldeler farklı
ARF ve Aux/IAA proteinlerinin
hücredeki göreceli
konsantrasyonlarına ve
birbirleri ile DNA bağlanma
Baskılayıcı
bölgelerine olan afinitelerine
ARF’ler bağlıdır.

ARF Aux/IAA
heterodimeri

Reprinted from Guilfoyle, T., and Hagen, G. (2007). Auxin response factors. Curr. Opin. Plant Biol. 10: 453 – 460 with permission from Elsevier.
monopteros (arf5/mp) ve bodenlos
(iaa12/bdl) mutantlarının görünümü
benzerdir

WT mp

Lau, S., Jürgens, G., and De Smet, I. (2008) The evolving complexity of
the auxin pathway. Plant Cell 20:1738-1746.
Bu mutantlar birbirine çok benzer; çünkü
mutasyonlarının etkileri benzerdir

ARF5 yok Kararlı IAA12

Lau, S., Jürgens, G., and De Smet, I. (2008) The evolving complexity of
the auxin pathway. Plant Cell 20:1738-1746.
 ARF5 aşırı anlatımı iaa12/bdl
mutantını kurtarabilir
iaa12/bdl mutantında,
ARF5 gen anlatımını
aktive edemez; çünkü
stabil IAA12 proteini
tarafından
baskılanmaktadır.

ARF5 anlatımının
arttırılması ile bu etki
kaybolur – daha çok ARF5
olunca, bazıları
transkripsiyonu
indükleyebilir.

Reproduced with permission from Hardtke, C.S., et al. (2004). Overlapping and non-redundant functions of the Arabidopsis auxin response factors
MONOPTEROS and NONPHOTOTROPIC HYPOCOTYL 4. Development 131: 1089-1100.
 Oksin sinyal yolu şaşırtıcı derecede
kısadır

Oksin OUTPUT

INPUT
 Tipik bir ökaryotik sinyal yolunda, çok sayıda
çoğaltım ve kaçış için fırsat içerir

MAPKKK MAPKK

OUTPUT
INPUT MAPKKK MAPKK MAPK

MAPK

MAP kinaz yolu ile sinyalde birçok

amplifikasyon basamağı (turuncu oklar)
vardır.
 Oksin cevabının çeşitliliği, sinyal
proteinlerinin çeşitliliği ile ilgili olabilir

Arabidopsis’te 29 Arabidopsis’te 23 ARF

Aux/IAA proteini vardır proteini vardır

Oksin OUTPUT

INPUT
ARF’ler ve Aux/IAA
proteinleri arasındaki
olası etkileşimler
oldukça fazladır ve
yüksek sayıda
TIR1, diğer beş kombinasyonda, oksin
oksin reseptör ile indüklenen gen
proteini AFB1-AFB5 anlatımının kontrolü için
ile de ilişkilidir. potansiyeli vardır.
 Oksin sinyali genleri, bitki evrimi
süresince çoğalmıştır
Oksin sinyaline
karışan genler
sayı
yüzde

Karayosunu ile
karşılaştırıldığında
angiospermdeki
genler daha
yüksek oranda
oksin sinyali ile
ilgilidir.

Data from Rensing, S.A., et al. (2008) The Physcomitrella genome reveals evolutionary
insights into the conquest of land by plants. Science 319: 64 – 69.
 Aux/IAA ailesi özellikle
angiospermde çoğalmıştır

Her protein ailesini

kodlayan genlerin Karayosunu ile
sayısı
karşılaştırıldığı zaman
angiospermde Aux/IAA
genleri 10 kattan fazla
bulunur. Bu gen ailesinin
amplifikasyonu daha
karmaşık angiospermlerin
PIN oluşmasına mı yol
açmıştır?...

Data from Rensing, S.A., et al. (2008) The Physcomitrella genome reveals evolutionary
insights into the conquest of land by plants. Science 319: 64 – 69.
 Bütün bitki işlemlerinde oksin
hareketi
Sürgün apikal meristeminde
Patojenlere cevap
lateral organ oluşumunun
başlatılması Sürgünde dal
oluşumunun inhibe
Işık cevapları edilmesi
Hücre uzaması
Büyüme sinyal
Motif ve vasküler gelişimin
yollarının entegrasyonu
kontrolü
Kök apikal
meristeminde Kökte
kök hücre dallanmanın
özelliklerinin teşvik edilmesi
Büyüme sinyal korunması
yollarının entegrasyonu Besin dağılımı ve
Simbiyontlara cevap – miktarına cevap
nodül oluşumu
Reprinted by permission from Macmillan Publishers, Ltd: NATURE Wolters, H., and Jürgens, G. (2009). Survival of the flexible:
Hormonal growth control and adaptation in plant development. Nat. Rev. Genet. 10: 305–317. Copyright 2009.
 Oksin, bitki büyüme ve
gelişmesindeki bu kadar işlemi nasıl
etkiler?
Algı
(reseptör)
Cevap çok belirgin değildir.....
Bazı oksinle ilişkili genler
belirgin olarak downstream
işlevlerle ilgili iken diğerlerinin
işlevini tahmin etmek zordur.
Hedef
genler
Oksin ile indüklenen gen ürünleri
Aux/IAA proteinleri
GH3 (oksinle birleşme)
ACS (etilen sentezi)
Jasmonik asit sentezi
CKX (sitokinin yıkımı)
Transkripsiyon faktörleri Biyolojik
işlevler
Oksin ile baskılanan gen
ürünleri
Hücre duvarı proteinleri
ARR’ler (Sitokinin sinyali)
Transkripsiyon faktörleri
 Oksin ile indüklenmiş hücre
uzaması, büyüme kontrolüne de
yardımcı olur

Yabani taa1
tip

Oksin ile indüklenen hücre Oksin ile indüklenen hücre

uzaması, ışığa ya da uzaması gölgede yetiştirilen
yerçekimine cevap veren bitkilerde büyümeyi teşvik
bitkilerde farklı büyümeye eder (gölgeden kaçma
neden olur. cevabı).
Oksin ile indüklenmiş hücre uzaması
sinyali ABP1 ile yönlendirilebilir
Algı ABP1 Hedef Biyolojik
(reseptör) genler fonksiyonlar

IAA
Kontrol bitkiler ABP1 aşırı anlatımı ABP1 aşırı
anlatımı yapılan
bitkilerdeki
ortalama hücre
hacmi, kontrol
hücrelerinin
yaklaşık iki
katıdır.

From Jones, A.M., et al. (1998) Auxin-dependent cell expansion mediated by overexpressed Auxin-
Binding Protein. Science 282: 1114–1117, reprinted with permission from AAAS.
Oksin ile indüklenmiş hücre uzaması

Günümüzdeki, hücre duvarı

uzamasının oksin ile H+ Oksin
indüklenmesi modelinde; oksin, H+ H+
plazma membranına bağlı H+
proton pompasını uyararak H+
hücre duvarının daha asidik
H+
hale delmesini sağlar.

Hücre duvarının asidik

Uzunluk hale gelmesi hücre
uzaması için yeterlidir.

Zaman

McQueen-Mason, S., Durachko, D.M., and Cosgrove, D.J. (1992) Two endogenous proteins that induce cell wall extension in plants. Plant Cell 4: 1425-1433.
Duvarın asidik hale gelmesi, hücre duvarı
gevşetici enzimler olan ekspansinleri
aktive eder
H+ Oksin
H+
H+ Saf ekspansinler, hücre
uzamasının
indüklenmesi için
yeterlidir.

Orta Selüloz Ksiloglukan Plazma

lamel mikrofibril membranı
Hücre duvarı, proteinlerin ve
kompleks polisakkaridlerin
karmaşık bir düzenlemesidir.

Cosgrove, D.J. (1998) Cell wall loosening by expansins. Plant Physiol.118: 333–339; Cosgrove, D.J. (2001) Wall
structure and wall loosening. A look backwards and forwards . Plant Physiol.125: 131–134.
Oksin birikimi paterni, gelişimsel
paterni de belirler
Yakın zamanda, oksinin ana görevinin, bir
morfojen ve gelişimsel tetikleyici olarak
hareket eden konumsal bilginin kurulması
ve iletilmesini kapsadığı anlaşılmıştır.
 Morfojen, bir konsantrasyon
gradientiyle çalışan hareketli bir
sinyaldir
Kol-bacak oluşacak olan
embriyonik bölge

“Sonik kirpi”, omurgalılarda kol-bacak gelişimi sırasında

parmak gelişiminde görevli bir morfojendir. Üretildiği
bölgeden (kırmızı ok) difüze olarak, hangi parmağın
oluşacağını belirleyen bir gradient oluşturur.

From Tabin, C.J., and McMahon, A.P. (2008). Developmental biology: Grasping limb patterning. Science 321: 350-352. Reprinted by permission from AAAS.
 Morfojen gradienti değişince, sonuç
da değişir
Kol-bacak oluşacak olan
embriyonik bölge

Morfojen gradientinin değiştirilmesi ile birlikte hücrelerin

gelişim süresince hangi hücreye farklılaşacağı değişir.
İkinci bir morfojen kaynağının eklenmesi ile parmak motifi
iki katına çıkar.
Adapted from Tabin, C.J., and McMahon, A.P. (2008). Developmental biology: Grasping limb patterning. Science 321: 350-352.
 Arabidopsis embriyogenezi
sırasında, kök gelişimi için gerekli
olanları oksin gradienti sağlar

Reproduced with permission from Petrášek, J., and Friml, J. (2009) Auxin transport routes in plant development. Development 136: 2675-2688.
 Oksin biyosentezi, taşınımı veya
sinyali engellenirse belirli bir köksüz
fenotipe yol açabilir
Yabani tip yucca 1,4, 10,11 pin 1,3,4,7

yucca1,4,10,11, mp ve pin1,3,4,7
mutantlarının hepsi köksüzdür

Cheng, Y., Dai, X., and Zhao, Y. (2007). Auxin synthesized by the YUCCA flavin monooxygenases is essential for embryogenesis and leaf formation in Arabidopsis.
Plant Cell 19: 2430-2439. Lau, S., Jürgens, G., and De Smet, I. (2008) The evolving complexity of the auxin pathway. Plant Cell 20:1738-1746. Reprinted with
permission from Vieten, A., et al. (2005). Functional redundancy of PIN proteins is accompanied by auxin-dependent cross-regulation of PIN expression. Development
132: 4521-4531.
Odun oluşumu sırasında farklılaşmayı
da oksin gradienti sağlar
Kambiyal
Bölge 1996’da yapılan bu
Floem Trakeidler (ksilem)
çalışma, oksinin bir
morfojen olarak iş
gördüğünü gösteren
ilk çalışmadır.
Oksin, kambiyal
bölgenin iç
kısımlarına doğru bir
gradient oluşturarak
floem gelişimini, dış
kısımlarına bir
gradient oluşturarak
ise ksilem gelişimini
yönlendirir.

Uggla, C., Moritz, T., Sandberg, G., and Sundberg, B. (1996) Auxin as a positional signal in pattern formation in plants. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 9282-9286
Oksin, kök ucunda morfojen olarak
iş görür

Auxin amount

Düşük oksin Quiescent

seviyesinemaruz center’daki hücreler
kalan hücreler uzar en yüksek oksin
ve farklılaşır düzeyine maruz
kalır ve dinlenme
Uca yakın hücreler, halini sürdürür
orta düzeyde
oksine maruz kalır Quiescent
ve sık olarak center
bölünür

Petersson, S.V., Johansson, A.I., Kowalczyk, M., Makoveychuk, A., Wang, J.Y., Moritz, T., Grebe, M., Benfey, P.N., Sandberg, G., and Ljung, K.(2009) An auxin
gradient and maximum in the Arabidopsis root apex shown by high-resolution cell-specific analysis of IAA distribution and synthesis. Plant Cell 21:1659-1668.
Oksin gradientinin değiştirilmesi ile kök
ucundaki hücrelerin kaderi de değişir

Bu şekilde, oksinin konsantrasyonuna bağlı olarak hücre gelişiminde

kaderi değiştirdiğini kanıtlayan seçilmiş bazı deneyler özetlenmiştir.

Reprinted from Sabatini, S., et al. (1999). An auxin-dependent distal organizer of pattern and polarity in the Arabidopsis
root. Cell 99: 463-472. with permission from Elsevier.
 Oksin bir tetikleyici olarak da iş
görerek gelişimsel olayları başlatır

Lokalize bir oksin maksimum (veya minimum), gelişimsel

bir olayın başlaması için yeterli olabilir. Burada, artmış
oksin seviyesi ile farklılaşmaya teşvik edilmiş hücreler
kırmızı olarak gösterilmiştir.
Oksin sürgünde organ oluşumunu
tetikler

Heisler et al., 2005),

Arabidopsis pin1 mutantında çiçek oluşturacak

olan meristemden çiçek oluşmaz. Bir noktaya
oksin (kırmızı) uygulaması ile organogenez
tetiklenir.
Reinhardt, D., Mandel, T., and Kuhlemeier, C. (2000). Auxin regulates the initiation and radial position of plant lateral organs. Plant Cell 12: 507-518.
Oksin maxima yaprak primordiumunu
oluşturacak bölgeyi belirler
PIN1::PIN1-GFP anlatımı yapan bitkilerin
sürgün ucunda PIN anlatımı ve konumu
görüntülenmiştir. Yaprak başlangıcı
öncesinde lokal oksin maxima nedeni ile
PIN1’in dağılımında değişimler olur.

Reprinted from Heisler, M.G., et al. (2005). Patterns of auxin transport and gene expression during primordium development revealed by live imaging of the
Arabidopsis inflorescence meristem. Curr. Biol. 15: 1899–1911, with permission from Elsevier.
 Endodermis ve floem arasında kalan
dokudaki tek bir hücrede oksin sentezinin
artması, lateral kök oluşumu için yeterlidir

Bir hücredeki oksin sentezinin

deneysel olarak arttırılması, lateral
kök oluşumunun tetiklenmesi için
yeterlidir.

Oksin biyosente-
zini başlatan tek
hücre (DR5::GUS
ile gözlenmiş).
Dubrovsky, J.G., et al., (2008) Auxin acts as a local morphogenetic trigger to specify lateral root founder cells. Proc. Natl. Acad. Sci. 105: 8790–8794,
copyright © by the National Academy of Sciences.
Arabidopsis’te tohumun yayılması
için bir oksin minimum gereklidir
Kapakçık

Kapakçık Floroglusinol boyası

DR5::GFP
kenarı
Lokal minimum (beyaz oklar)
Arabidopsis’te, tohumun
sonrası hücre odunlaşmasından
yayılması için tohum
(mavi oklar) sonra hücre
kabuğunun, kenarındaki
ayrılması gerçekleşir.
hücrelerin ayrılması ile
açılması gerekmektedir.

Ogawa, M., Kay, P., Wilson, S., and Swain, S.M. (2009)ARABIDOPSIS DEHISCENCE ZONE POLYGALACTURONASE1 (ADPG1), ADPG2, and
QUARTET2 are polygalacturonases required for cell separation during reproductive development in Arabidopsis. Plant Cell 21: 216-233. Reprinted by
permission from Macmillan Publishers, Ltd. Sorefan, K. et al. (2009) A regulated auxin minimum is required for seed dispersal in Arabidopsis. Nature 459:
583-586.
 Arabidopsis’te tohumun yayılması
için bir oksin minimum gereklidir
Yabani tip

indehiscent2
mutantında,
oksin minimum
oluşmaz ve
hücreler
indehiscent2
ayrılmaz.

Reprinted by permission from Macmillan Publishers, Ltd. Sorefan, K. et al. (2009) A regulated auxin minimum is required for seed dispersal in Arabidopsis.
Nature 459: 583-586.
Oksin, yeri doldurulamaz bir
hormondur

Hücre uzunluğu düzenleyicisi,

morfojen, gelişimsel tetikleyici,
transkripsiyonel düzenleyici.....
 Oksin sinyali

Oksin sinyalinin her basamağı, oksin aktivitesinin yanı sıra; ışık,

yerçekimi, besin durumu ve stres gibi çevresel etkiler ile diğer
hormonlar tarafından düzenlenir.

Reprinted from Kieffer, M., Neve, J., and Kepinski, S. (2010). Defining auxin response contexts in plant development. Current Opinion in
Plant Biology 13: 12-20. with permission from Elsevier.
 Oksin ve sitokinin antagonistik
olarak iş görür
Oksin ve sitokinin (CK) antagonistik Artan [Oksin]
olarak hareket eder – oksin daha
çok kökleri etkilerken, CK sürgünleri
etkiler. Artan
[Sitokinin]

Oksin, CK sentezini baskılar. CK Roots

bazı Aux/IAA represörlerinin

anlatımını indüklerken PIN geninin
anlatımını downregüle eder.

Oksin Sitokinin Shoots

Skoog F, Miller CO (1957) Chemical regulation of growth and organ formation in plant tissue cultured in vitro. Symp Soc Exp Biol XI: 118–131; Figure from
Amasino, R. (2005) 1955: Kinetin Arrives. The 50th Anniversary of a newplant hormone. Plant Physiol. 138: 1177 – 1184.
 Etilen ve oksin sinerjik olarak işlev
görmeye yatkındır
Etilen, oksin sentezini Hava Etilen Oksin aynı
teşvik eder zamanda etilen
üretimini uyarır

Oksine cevap veren bir

D2O uygulanan bitkilerde de novo
promotörün anlatımı,
oksin sentezi ölçülmüştür. Oksin
sentezinin derecesi, bir etilen
eksojen etilen ile artmıştır
ölcülü olan ACC varlığında Oksin Etilen
artmıştır.

Swarup, R., et al. (2007). Ethylene upregulates auxin biosynthesis in Arabidopsis seedlings to enhance inhibition of root cell elongation. Plant Cell 19:
2186-2196. Kang, B.G., Newcomb, W., and Burg , S.P. (1971) Mechanism of auxin-induced ethylene production. Plant Physiol. 47: 504-509.
 Özet
Geçtiğimiz 30 yılda, oksinin hikayesinde birçok moleküler karakter
tanımlanmıştır. İçerik genel olarak anlaşılmış olmasına rağmen hala
arada boşluklar vardır.

Katabolizma Birleşme

Sentez IAA Taşınım Algı TF aktivasyonu/ Hedef Biyolojik

(reseptör) inaktivasyonu genler işlevler

Adapted from Kieffer, M., Neve, J., and Kepinski, S. (2010). Defining auxin response contexts in plant development. Current Opinion in Plant Biology 13: 12-20.
 Devam eden araştırmalar

Oksin ayrılması
nerede olur? Bütün bu taşıyıcı proteinler ne iş
yapar? Bunların dağılımı ve Hedef genler nedir ve
aktivitesini ne kontrol eder?
ne işlevleri vardır?
Katabolizma Birleşme

Sentez IAA Taşınım Algı TF aktivasyonu/ Hedef Biyolojik

(reseptör) inaktivasyonu genler işlevler

Neden bu Bütün bu parçalar

Oksin sentezini ne Diğer TIR1 benzeri kadar çok ARF nasıl biraraya
düzenler? proteinlerin ve ve Aux/IAA gelip bir bitki
ABP1’in işlevi var?
oluşturur?
nedir?
Adapted from Kieffer, M., Neve, J., and Kepinski, S. (2010). Defining auxin response contexts in plant development. Current Opinion in Plant Biology 13: 12-20.