Ang pinakamatandang tahanan ng mga katutubong Lipeño ay ang lugar
na kung tawagin ay Tagbakin. Ito ay matatagpuan sa bahaging timog silangan ng lawa ng Bombon na kilala ngayon sa tawag na lawa ng Taal. Sa Tagbakin unang natagpuan ng mga misyonerong Agustino ang mga katutubong Lipeño. Taong 1574, kasama ng iba pang naninirahan sa baybaying iyon ng lawa ay sama- sama nilang itinaboy ang grupo ng mga nagsisiyasat na Español na pinamumunuan ni Salcedo. Mula taong 1605 hanggang 1702 ang Lipa ang natatanging lugar na ginamit ng mga misyonerong Agustino bilang sentro ng pagpapalaganap ng Kristiyanismo. Dahil sa pagtaas ng tubig ng lawa ng Bombon, sanhi ng pagputok ng bulkang Taal, ang mga katutubo ay lumikas at nagtungo sa lugar na kung tawagin ay Lumang Lipa na ngayon ay isa na sa mga barangay ng Mataas-na- Kahoy na dati ring bahagi ng Lipa. Dahil sa paulit-ulit na pagputok ng bulkan ang mga katutubong Lipeño ay umabot hanggang sa Balete, isa rin sa dating nasasakupang barangay ng Lipa. Sa muling pagputok ng bulkang Taal, taong 1754, nawasak ang malaking bahagi ng Balete, kaya’t lumikas muli ang mga katutubo patungo sa mas mataas na lugar hanggang marating nila ang kasalukuyang Lipa taong 1756 sa ilalim ng panunungkulan ni Tomas Hernandez bilang gobernadorcillo. Sa taon ding ito sinimulang itayo ang simbahan at ang sentro ng Lipa. Taong 1763 sa ilalim ng pamamahala ni Nicolas Bravo bilang gobernadorcillo sinunog at winasak ng mga sundalo ng Britanya ang simbahan. Ito ay dahil sa paghahangad nila na mabawi ang kinamkam na kayamanan ng kanilang bansa na kung saan ay tinangay ng mga sundalong Español lulan sa barkong galyon at dinala patungong Pilipinas. Taong 1805 nagkaroon ng taggutom sa Lipa. Halamang amorsiko ang naging pantawid gutom ng mga katutubo. Sa pangunguna ni Galo de Leon Reyes taong 1808, sinimulan nila ang pagtatanim ng kape. Isang malakas na lindol ang sumira sa malaking bahagi ng Lipa noong 1852. Muling itinayo naman ito ni Reyna Cristina ng España bilang isang Villa de Lipa noong 1887. Gayundin ginawang Diocesan See ang Lipa noong 1910 ng mga obispo kabilang ang mga probinsiya ng Batangas, Laguna, Tayabas, Marinduque at Mindoro sa ilalim ng pamamahala ni Msgr. Jose Peytrelli bilang kauna-unahang obispo ng Lipa. Noong Agosto 31, 1974 inihain ni Jose B. Laurel sa batasan ang Lipa bilang charter city by virtue. Ito ang Batas Republika blg. 162 na napagtibay noong June 20, 1974. Noong Agosto 15, 1972 ang Lipa ay ipinahayag bilang Archdiocese kabilang ang Batangas, Lucena, Infanta at Calapan sa ilalim ng pamamahala ni Msgr. Alejandro Olalia, ang kauna-unahang arsobispo ng Lipa.