Fagmodul Eksamen (NB 2 sider)

Cellebiologi 10 og 15

4 timers skriftlig prøve mandag den 27. maj 2002

Hver opgave vurderes særskilt og med lige stor vægt
Eksamen er uden hjælpemidler

Opgave 1

Den cellulære matrix i højerestående celler indeholder et komplekst netværk af

uopløselige proteiner, det såkaldte cytoskelet. Cytoskelettet inddeles i tre systemer: i)
Mikrofilamenter, ii) Mikrotubuli og iii) Intermediære Filamenter.

Spørgsmål:

1. Angiv de principielle funktioner for hver af disse systemer i cellen.

2. Følgende tre klasser af motor-proteiner er associeret med transport langs cytosolisk

mikrotubuli:
1) Cytosoliske kinesiner
2) Spindle (spindel) kinesiner
3) Cytosoliske dyneiner
Angiv kort disse motor-proteiners funktion (hvad transporterer de?) og i hvilken
retning langs mikrotubuli denne transport foretages?

3. Tegn et skematisk tværsnit gennem et cilie/flagel og angiv de enkelte strukturer.

4. Hvilke to motor-proteiner er ansvarlige for ciliets bevægelighed (dvs.

cilieslagfrekvens og cilieslagform), og hvor mange tunge kæder er de opbygget af?

5. Nævn mindst tre eksempler på funktionen af bevægelige cilier/flageller i eukaryote

celler.

6. Som eksempler på primære intermediære filament-proteiner i pattedyrceller kan

nævnes keratiner, vimentin, desmin og laminer. Angiv mindst tre af disse proteiners
funktion.
Opgave 2
Ca2+ signalering

1. Beskriv de vigtigste ”ON” mekanismer i Ca2+ signalering, både dem der er ansvarlige
for frigørelse fra indre ”stores”, og dem der er ansvarlige for Ca2+ influxen.

2. Beskriv de vigtigste ”OFF” mekanismer, der efter et Ca2+ signal bringer Ca2+
koncentrationen i cytoplasma tilbage til normal niveauet.

3. Hvordan aktiveres phospholipase C isoenzymet PLC-∃, og phospholipase C

isoenzymet PLC-γ.

4. Beskriv Ins(1,4,5)P3 (IP3) receptoren

5. Giv to eksempler på cellulære processer, der reguleres af Ca2+.

Opgave 3

Eukaryote cellers delingscyklus.

Fremdriften af cellens delingscyklus reguleres af protein fosforylering / defosforylering

og af protein nedbrydning.

1. Giv 2 eksempler på proteiner, der på reguleret måde bliver nedbrudt i løbet af

cellecyklus.

2. Giv 2 eksempler på cellecyklus-relevante proteiner, der bliver fosforylerede i G2 og /

eller under mitosen, og forklar kort hvilken rolle fosforyleringen spiller.

Opgave 4
Receptorer og G-proteiner.

Der findes forskellige typer af G-proteiner.

1. Angiv hvilke og hvorledes disse er opbygget?

2. Hvad er G-proteinernes funktion, og hvorledes indgår de i forskellige signal-

transductions-veje?

3. Nogle G-protein koblede receptorer findes både i en form, der har en høj, og i en
form der har en lav affinitet for hormonet. Hvordan påviser man at affiniteten er
ændret? Hvordan forklares en ændring i affiniteten?

4. Hvad forstås der ved desensibilisering (Desensitization) og ved nedregulering

(Down- regulation) af receptorer? Hvilke molekylære ændringer er ansvarlig for
desensibiliseringen?
 Fagmodul Eksamen (NB 2 sider)

Cellebiologi 10 og 15

4 timers skriftlig prøve den 28. januar 2003

Hver opgave vurderes særskilt og med lige stor vægt
Eksamen er uden hjælpemidler

Opgave 1.

Protein-sortering

1. Der findes en udgave af Hsc70 i ER. Hsc70 fra ER kaldes også BiP (Kar2 i gær) og
er et opløseligt protein.. Hvilke funktioner har Hsc70/BiP i ER?

2. Hvilke sorteringssignaler i BiP bestemmer, at proteinet er lokaliseret netop i ER,

og hvorledes er (i brede træk) strukturen af sorterings-signalerne?

3. Hvorledes vil BiP blive sorteret i cellen, hvis henholdsvis det N-terminale- og
det C-terminale sorteringssignal fjernes ad genteknologisk vej?

4. Beskriv det proteinkomplex, som genkender det N-terminale sorteringssignal i

BiP.

5. Proteiner, der secerneres fra cellen, passerer gennem Golgi apparatet. Der er to
modeller for Golgi-apparatets funktion, nemlig (A) vesikel-transport modellen og
(B) cisterne-modnings modellen. Ifølge vesikel-transport modellen er cisternerne
stabile og protein, der skal secerneres, transporteres i vesikler fra cis-cisterner til
mediale cisterner og tilslut til trans-cisterner. Ifølge den alternative modningsmodel
er det istedet den enkelte Golgi-cisterne, som bevæger sig gennem Golgi-stakken
medens den modnes fra at indeholde de enzymer, der er typiske for cis-cisterne til at
indeholde enzymer, som lokaliseres til trans-cisterner. Hvilken af modellerne er den
rigtige, og hvad er argumenterne for netop denne model?

6. Proteiner transporteres fra den ene Golgi cisterne til den anden i vesikler. Forklar
hvorledes transporten foregår og nævn de proteiner, der indgår i og medvirker ved
dannelse af vesiklerne.
 Opgave 2.

Cellulær signalering involverer fysisk interaktion mellem signalproteiner.

1. Hvilke strukturer/sekvensmotiver er involveret i interaktion med henholdsvis SH2,

SH3, PH og PTB domæner.

2. Beskriv en signaleringskaskade, der aktiveres ved binding af en vækstfaktor, f.eks.

PDGF (platelete derived growth factor) eller EGF (epidermal growth factor), til sin
receptor og som fører til gentransskription.

3. Beskriv en signaleringskaskade, der aktiveres ved binding af cytokiner, f.eks. IL-3

(interleukine-3) eller GH (growth hormone) og som fører til gentransskription.

Opgave 3.

Cellers adhæsion til hinanden og det omgivende ekstracellulære matriks er en

fundamental egenskab i opbygningen af væv.

1. Der findes mange celleadhæsionsmolekyler (cell adhesion molecules, CAMs), som

medierer celle-celle bindinger. Nævn de 5 overordnede klasser af CAMs.

2. Cadheriner udgør en familie af Ca2+-afhængige CAMs. Nævn de 3 mest udbredte

typer.

3. Beskriv den overordnede molekylære opbygning af et cadherin.

4. Hvilken to typer cytoskeletkomponenter binder cadheriner til, hvilken gruppe

intracellulære proteiner medierer denne binding, og hvad kaldes de to overordnede
celle-celle adhæsionsstrukturer, som derved dannes?

5. For at kunne integreres i et væv hæftes celler også til det omgivende ekstracellulære
matriks (ECM). Hovedparten udgøres af fibrøse proteiner, hvoraf collagen er det mest
udbredte. Giv mindst to eksempler på vævsstukturer, som collagen indgår i.

6. Type I collagen kan pakkes i parallelle bundter og danne fibre. Hvilken funktion
har sådanne fibre?

7. Glykoproteiner er en anden gruppe af ECM molekyler, hvoraf fibronektin er

velbeskrevet. Der findes kun ét gen for fibronektin. Hvordan opstår de mere end 20
forskellige fibronektinkæder, hvilken gruppe CAMs på cellens overflade er fibronektins
primære receptor, og hvilke tre aminosyrer i det celle-bindende domæne er ansvarlig for
adhæsion?
 Fagmodul Eksamen (NB 2 sider)

Cellebiologi 7,5 samt 10 og 15

4 timers skriftlig prøve mandag den 16. juni 2003

Hver opgave vurderes særskilt og med lige stor vægt
Eksamen er uden hjælpemidler, lommeregner må bruges.
Opgaven må skrives med blyant

Opgave 1

Apoptose eller programmeret celledød:

1. Nævn to fundamentalt forskellige måder hvorpå apoptose

kan initieres.
2. Nævn nogle karakteristiske morfologiske ændringer ved
celler i apoptose
3. Nævn et proapoptotisk og et antiapoptotisk regulatorisk
protein.
4. Hvad hedder effektormolekylerne i den apoptotiske
proces og hvilken enzymatisk aktivitet har de.
5. Skitser den apoptotiske signalvej, der starter når cellen
mangler stimulering med overlevelsesfaktor “trophic
factor”.
6. Hvordan forhindrer tilstedeværelse af en
overlevelsesfaktor ” trophic factor” at cellen går i
apoptose.

Opgave 2.

Mikrotubuli (MT) er polære cellulære strukturer, som spiller en afgørende rolle for
mitose, transport af cellekomponenter og bevægeligheden af visse organeller i
dyreceller.

1) Beskriv kort hvor MT optræder i cellen, og beskriv MTs opbygning i

forskellige strukturelle arrangementer.

2) MT findes både i stabile (permanente) og ustabile (transiente) strukturer. Nævn

hvor disse strukturer optræder i cellen og beskriv de cellulære funktioner, som
kan gå tabt, hvis de stabile MT bliver ustabile.

3) Hvilke typer af motorproteiner er associeret med MT, hvad er deres

bevægelsesretning på MT, hvad transporterer de (cargo), og hvilke funktioner
varetager de?

4) Beskriv kort de enkelte faser i mitosen, og de forskellige typer af MT, som er

involveret i de enkelte faser.
 Opgave 3.

Hormoner og Receptorer.

Når man undersøger effekten af et hormon, måler man ofte relationen mellem
koncentrationen af hormon og den fysiologiske effekt (koncentration effekt kurve, dosis
respons kurve). Tegn en dosis respons kurve og angiv EC50 værdien. Hvad forstås der
ved EC50?

Hvilken effekt har tilsætningen af en reversibel antagonist på EC50 for hormonet (tegn
dosis respons kurverne for hormonet i nærvær og fravær af antagonisten). Hvad skyldes
den observerede ændring i EC50?

Man måler også ofte bindingen af det radioaktive hormon til receptoren. Ved at gøre
dette, kan man bestemme antallet af receptorer (Bmax), samt receptorens affinitet for
hormonet (Kd).
Beskriv hvorledes sådan et forsøg udføres, samt hvorledes Bmax og Kd bestemmes.
Beskrivelsen skal indeholde skitser af de relevante grafer (plot).

EC50 og Kd har samme enhed, de kan have samme værdi, men de to værdier kan også
være meget forskellige. Forklar hvorfor EC50 og Kd kan være forskellige?

Når man måler binding af hormon (agonist) til en receptoren finder man ofte, at
bindings-kurven viser, at vævet indeholder receptorer med forskellige Kd værdier.
Hvordan kan man forklare dette?

Opgave 4.

GTPaser og deres rolle i protein sortering i celler.

1. GTPaser medvirker ikke blot ved cellulær signaltransduktion, men også ved sortering
af proteiner i celler. Giv navnene på de GTPaser, der er involverede i følgende
processer:

a. transport af protein over ER membranen

b. vesikeldannelse med COPI coatomer.
c. vesikel-dannelse med COPII coatomer
d. vesikel-dannelse med clathrin-dækkede vesikler
e. membran-vesikel binding til acceptor membran

2. Forholdet mellem Ran-GTP og Ran-GDP er højt i cellekernen, men lavt i cytoplasma.

a. Hvilken rolle spiller denne skæve fordeling for henholdsvis import og eksport af
proteiner fra cellekernen?

b. Hvorledes opretholder cellen den skæve fordeling af Ran-GTP og Ran-GDP?

 Fagmodul Eksamen (NB 2 sider)

Cellebiologi 7,5 samt 10 og 15

4 timers skriftlig prøve tirsdag den 30. september 2003

Hver opgave vurderes særskilt og med lige stor vægt
Eksamen er uden hjælpemidler, lommeregner må bruges.
Opgaven må skrives med blyant

Opgave 1.

1. Hvorledes defineres
a. Et oncogen?
b. Et proto-oncogen?
c. Et tumour-suppressor gen?

2. Det først kendte oncogen, src, koder for en protein phosphokinase. Nævn mindst 4
andre biokemiske aktiviteter (cellulære funktioner), man ofte ser hos proto-oncogen
proteiner.

3. Hvorledes kan man eksperimentelt isolere oncogener?

Opgave 2.

Membranbundne receptorer spiller en central rolle i cellers kommunikation.

1. Beskriv struktur og virkemåde af henholdsvis a) Receptor Tyrosin Kinaser (RTK),

b) G-Protein Koblet Receptor (GPCR), og c) Cytokin Receptorer (CR)?

2. Giv et eksempel på en agonist til hver af de tre receptortyper samt et fysiologisk

respons som stimulering med disse resulterer i?

3. Gør rede for hvorledes a)RTK og b)GPCR er involveret i regulering af glycogen

metabolismen i skeletmuskel?

4. Angiv hvorledes et givet receptormedieret respons kan termineres?

Opgave 3.

Cellulær integration og bevægelse afhænger af det intracellulære cytoskelet og

interaktion med den omgivende ekstracellulære matrix.

1. Hvilke 3 typer filamenter indgår i cellens cytoskelet?

2. Filamentøst aktin (F-aktin) dannes ved polymerisering af globulære, monomere
aktinenheder (G-aktin). Benævn de 3 faser, som beskriver denne proces (filamentmasse
som funktion af tid) in vitro, dvs. i et reagensglas.

3. I cellen reguleres aktinpolymerisering bl.a. v.h.a. aktinbindende proteiner. Nævn

mindst to funktioner af sådanne proteiner.

4. Aktinfilamenter associerer med motorproteiner af myosinfamilien, hvilket er en

forudsætning for kontraktion af muskelceller. Aktin-myosin strukturer findes også i
celler, som ikke er muskelceller ("nonmuscle cells"). Nævn mindst tre cellulære
funktioner/strukturer i "nonmuscle" celler, der beror på actin-myosinstrukturer, samt
hvilken type myosin, der indgår.

5. Celler hæfter til den underliggende matrix via celleadhæsionsmolekyler (cell

adhesion molecules; CAMs), såsom integriner.
a. Hvordan er et integrin opbygget?

Integriner kan binde direkte til extracellulære matrixmolekyler, eller indgå i

adhæsionsjunctions, som medierer kontakt mellem cytoskelet og extracellulært matrix.

b. Giv et par eksempler på extracellulær matrixmolekyler, som integriner binder til.

c. Hvad kaldes disse to typer junctions, som intergriner indgår i?
d. Hvilke typer cytoskeletfilamenter er disse junctions forbindelsesled til?

Opgave 4.

Protein kinase C (PKC) spiller en central rolle i regulering af cellulære processer.

Gør rede for:

1. Hvorledes PKC inddeles i undergrupper (subgroups) og hvorledes disse

undergrupper er opbygget.

2. Hvorledes kinaseaktivitet kan reguleres via et pseudosubstrate site.

3. Hvorledes man påviser at PKC er involveret i en signaleringskaskade.

4. Hvorledes PKC aktiveres ved stimulering med en vækst-faktor (platelet derived

growth factor, PDGF).
 Fagmodul Eksamen (NB 2 sider)

Cellebiologi 7,5 samt 10 og 15

4 timers skriftlig prøve torsdag den 29. januar 2004

Hver opgave vurderes særskilt og med lige stor vægt
Eksamen er uden hjælpemidler, lommeregner må bruges.
Opgaven må skrives med blyant

Opgave 1.

Cellens delingscyklus.

1. Forklar de mekanismer, som sikrer, at cellernes DNA kun replikeres een gang i
hver cellecyklus.

2. I metafasen udøver mikrotubuli et træk i hvert chromatid. Alligevel begynder

chromosomerne først at bevæge sig ved den pludselige overgang til anafasen.
Hvorledes holdes chromatiderne sammen i metafasen, og hvorledes ophæves
bindingen?

3. En specialestuderende har isoleret en potentiel interessant Cdc mutant i

Saccharomyces cerevisiae. Hvorledes kan hun isolere det muterede gen og
identificere det?

4. Hvilken biokemisk aktivitet har Sic1 fra S. cerevisiae, og hvilken mekanisme

inaktiverer Sic1, og på hvilket tidspunkt i cellecyklus?

Opgave 2.

Cytokinesen i celler fra højere planter.

1. Angiv ganske kort de principielle forskelle på forløbet af og mekanismerne ved

cytokinesen i celler fra dyr og i celler fra højere planter.

2. Beskriv forløbet af cellepladens dannelse.

3. Hvilke cytoskelet-systemer optræder under plantecellers cytokinese, og

hvorledes kan man eksperimentelt undersøge deres eventuelle rolle under
cytokinesen?

4. Hvilken struktur signalerer forud for cytokinesen, hvor cellepladen vil blive
hæftet til modercellens vægge, og hvad er den formodede mekanisme ved denne
sammenknytning?
 Opgave 3.

1. Nævn tre phospholipider, der indeholder inositol.

2. Skitser formlen for Phosphatidyl inositol 4,5 bisphosphat. Hvilke to vigtige

second messengers omdannes den til af phospholipase C (PLC)?

3. Nævn nogle processer, der reguleres af disse to second messengers.

4. Nævn to aktiveringsveje for PLC

5. PI3 kinasen (phosphoinositid-3-kinasen) er et vigtigt enzym, der også virker på

Phosphatidyl inositol 4,5 bisphosphat . Hvilket signalstof dannes derved?

6. Skitser strukturen af PI3 kinasen.

7. Nævn nogle cellulære processer, der involverer PI3 kinasen.

8. Nævn mindst én vigtig ”upstream” og én vigtig ”downstream” regulator af PI3

kinasen og skitser signaleringsvejen.

Opgave 4.

Receptorer er ofte involverede i overførsel af et signal fra cellens yderside til

indersiden.
Disse receptorer inddeles i familier alt efter hvordan de signalerer og derved
opfører sig efter stimulation med en given ligand.

1. Beskriv kort tre typer af receptorfamilier, og nævn for hver familie en ligand.

2. Forklar hvordan én af disse receptorer efter en given stimulus, kan aktivere

transskription.

Ofte forholder det sig sådan at intracellulære proteiner undergår en eller flere
modifikationer efter stimulering af en receptor. Disse modifikationer kan have til
formål enten at forstærke eller afbryde et signal.

3. Beskriv to eksempler på hvorledes sådanne modifikationer kan foregå, og

hvilken indflydelse disse kan have på enten forstærkning eller terminering af et
givet signal.

4. Beskriv to måder hvorpå modificerede proteiner interagerer med andre proteiner.

 Fagmodul Eksamen (NB 2 sider)

Cellebiologi 7,5 og 15

4 timers skriftlig prøve mandag den 14. juni 2004

Hver opgave vurderes særskilt og med lige stor vægt
Eksamen er uden hjælpemidler, lommeregner må bruges.
Opgaven må skrives med blyant
De bedes opgive om de har læst efter gammelt eller nyt pensum.
Nyt pensum: The Cell (Alberts et al.), Signal Transduction (Gomperts et al.).
Gammelt pensum: Molecular Cell Biology (Lodish et al.) Signal Transduction
(Heldin et al.).

Opgave 1.

1. Cancer-kritiske gener kan overordnet inddeles i 2 kategorier.

a) Hvilke?
b) Beskriv mekanismen, hvorved cancer kan initieres i de 2 kategorier.
2. I normalt væv adskilles epitel fra det underliggende/omgivende
kollagenholdige bindevæv af en specialiseret ekstracellulær matriks.
a) Hvad kaldes denne struktur?
b) Hvilke ekstracellulære matrikskomponenter indgår i strukturen?
c) Hvilken betydning har strukturen for klassifikation af carcinomer?
3. Cancer udviser mutation af p53 i over halvdelen af tilfældene.
a) Hvilke funktioner har p53 i normale celler?

Opgave 2.

Cellulær calcium-ioner (Ca2+).

1. Beskriv de mekanismer der er ansvarlige for opretholdelsen af cellens
(cytosolens) lave Ca2+ niveau (niveau af frit Ca2+).
Tilsætning af en del agonister medfører en transient stigning i cytosolens Ca2+
niveau.
2. Giv en udførlig beskrivelse af en signaleringsvej samt af de komponenter, der
indgår i signaleringsvejen, der fører til Ca2+ mobiliseringen (stigningen).
N.B. underspørgsmål 2 tæller dobbelt ved bedømmelsen.
 Opgave 3.
Det monomere GTP-bindende protein Ras

1. Beskriv aktiveringen og deaktiveringen af G-proteinet Ras.

2. Nævn to kendte effektorer ”downstream” for Ras.
3. Skitser en signaleringsvej, der involverer Ras, og som starter med stimulering af
en receptor tyrosin-kinase.
4. Angiv en anden signalvej, der kan aktivere Ras?
5. Hvad betyder det for en celle, hvis Ras er konstant stimuleret?
6. Hvordan ville du eksperimentelt vise, at Ras er involveret ”downstream” for
vækstfaktor-receptorerne?
7. Skitser strukturen af Ras.
NB. underspørgsmål 3. tæller dobbelt ved bedømmelsen.

Opgave 4.

Den cAMP afhængige protein kinase A (PKA) spiller en central rolle i regulering af
cellulære processer. Angiv følgende:

1. Strukturformlen for cAMP.

2. Hvorledes adrenalin inducerer en stigning i cAMP - herunder ønskes angivet
hvilke receptor- og effektor-systemer, der er involveret.
3. Strukturen for PKA og hvorledes denne aktiveres.
4. 3 proteiner, som fosforyleres af PKA.
5. Hvilke kanaltyper aktiveres af cAMP og hvordan vil man påvise deres
tilstedeværelse?
6. Hvorledes cAMP inducerer en ændring i gentransskription.
7. Hvorledes et cAMP induceret respons termineres.
8. Hvorledes man påviser at cAMP/PKA er involveret i en signaleringskaskade.
 Cellebiologi – Cellers struktur og funktion
samt
Cellebiologi 7,5 og 15
NB. opgavesættet består af 3 sider

4 timers skriftlig prøve onsdag den 3. november 2004

Hver opgave vurderes særskilt og med lige stor vægt
Eksamen er uden hjælpemidler, lommeregner må bruges.
Opgaven må skrives med blyant

Opgave 1.

Øjets stavceller udgør en central enhed i vores (vertebraters) opfattelse af lys.

1. Angiv hvordan stavcellen er opbygget.

2. Angiv rhodopsins struktur samt hvor/hvorledes rhodopsin er lokaliseret i

stavcellen.

3. Beskriv den signaleringskaskade i vertebraters stavceller, der aktiveres ved

lyspåvirkningen og som fører til en reduktion i stavcellens frigørelse af
neurotransmitter til de bipolære celler

4. Beskriv hvorledes Ca2+ spiller en rolle i synsprocessen.

Opgave 2.
Vesikel transport i celler.

1. Beskriv kort dannelsen af COPII-dækkede vesikler.

2. Hvor i cellen foregår dannelsen af COPII-vesikler, og hvor foregår dannelsen

af clathrin-vesikler?

3. Fusionerne mellem vesikler og mål-membraner er specifikke. For exempel vil

en vesikel fra ER kun fusionere med membraner i cis-Golgi/”vesicular tubular
cluster” og ikke med f.eks. kernemembranen eller lysosomer. Hvilke proteiner
giver fusions-processerne specifitet?

4. Hvilken rolle spiller NSF (NEM-sensitive factor) i forbindelse med

membranfusioner?
 Opgave 3.

Ekstracellulært ATP og UTP (15 μM) stimulerer de G-protein koblede P2 receptorer i

Ehrlich ascites tumor celler (EATC) og aktiverer fosfolipase C.
Figuren viser den stigning i den frie cytosoliske Ca2+ concentration ([Ca2+]i) der ses i
EATC suspenderet i henholdsvis medium med 1 mM Ca2+ og Ca2+ frit medium efter
tilsætning af ATP eller UTP.

1. Tegn en skitse der viser de involverede receptorer, signalmolekyler, Ca2+ kanaler

og Ca2+ ATPaser i hele forløbet i fig. A. (N.B. denne opgave tæller dobbelt)
2. Forklar herudfra: (i) hvorfor der sker en stigning i [Ca2+]i efter stimulering med
ATP, og hvorfor den er mindre i Ca2+ frit medium (fig. A sammenlignet med fig.
B); (ii) hvad der stopper stigningen i [Ca2+]i ved ca. 300 nM, og hvorfor den
falder igen (fig. A)
3. I fig. F er der tilsat en PLC hæmmer (U73122), og i fig. E en uvirksom analog til
PLC hæmmeren (U73343). Forklar hvorfor [Ca2+]i stigningen stort set er helt
forsvundet i nærvær af PLC hæmmeren (fig. F) selv om der er 1 mM Ca2+
udenfor.
4. Ca2+ virker ofte sammen med Calmodulin (CaM). Beskriv aktiveringen af en
proteinkinase der aktiveres af Ca2+/CaM.
5. Beskriv et fysiologisk eksempel, hvor Ca2+ spiller en vigtig rolle som second
messenger.
 Opgave 4.

Programmeret celledød - Apoptose.

1. Apoptose er en vigtig proces under udviklingen af multicellulære organismer.

Hvorfor?

2. Hvad er de vigtigste forskelle på nekrose og apoptose. Giv 5 karakteristiske

ændringer i den apoptotiske celle.

3. Beskriv hvordan apoptose kan induceres via en dødsreceptor.

4. Beskriv hvordan stimulering med en overlevelsesfaktor hæmmer apoptosen.

5. Beskriv mitochondriets rolle i visse former for apoptose.

 Cellebiologi – Cellers struktur og funktion
samt
Cellebiologi 7,5 og 15
NB. opgavesættet består af 3 sider

4 timers skriftlig prøve fredag den 4. februar 2005

Hver opgave vurderes særskilt og med lige stor vægt
Eksamen er uden hjælpemidler, lommeregner må bruges.
Opgaven må skrives med blyant

Opgave 1.

Cellecyklus/Cancer

Cancer forårsages af defekter i cellernes styring af deres delingscyklus. Ændringerne i

cellerne involverer ofte proteiner, som er produkter af en gen-klasse, som kaldes proto-
oncogener. Proto-oncogen protein driver cellen fremad i cellecyklus.

1. Det først kendte proto-oncogen, c-src, viste sig at kode for en protein kinase. Det er
principielt forståeligt, at et protein kinase kan fungere som regulator af cellecyklus,
da protein phosphorylering virker regulerende på mange proteiners aktiviteter. Nævn
mindst 3 andre typer (funktionsklasser) af proteiner, der omfatter proto-oncogener.

2. Forklar de forskellige mekanismer hvorved aktiviteten af et proto-oncogen produkt

kan øges, når normale celler udvikler sig til cancer celler?

3. Man mener, at en enkelt mutation i et proto-oncogen ikke er tilstrækkelig til, at

cellen transformerer til en cancercelle. De mest almindelige former for cancer synes
at være udviklet trinvist ved, at cancercellen har akkumuleret adskillige mutationer
før canceren kommer til udtryk.
Hvad er argumenterne for denne antagelse?

4. Foruden proto-oncogener er andre typer gener ændrede i cancerceller. Nævn mindst

2 funktionsklasser af proteiner, som udtrykkes af sådanne ændrede gener.
 Opgave 2.

Under normale omstændigheder er meningen med signal transduktions

kaskader/signaleringsveje at disse kan forstærke/videregive et signal fra en given
ekstracellulær stimulus.
I tilfældet insulin har dette hormon flere forskellige signaleringsveje som kan aktiveres.

1. Beskriv hvad der sker med insulin receptoren efter at insulin er bundet dertil og
hvilken rolle denne ændring har/medfører?

Aktivering af insulin-receptoren medfører foruden translokation af glucosetransportøren

Glut4 til cellemembranen også en aktivering af transskription af forskellige gener.

2. Beskriv hvorledes en signaleringsvej fra insulin receptoren til transskription af et gen

kunne se ud?

Foruden receptorer med tyrosin-kinase aktiviteter findes der også receptorer uden egen
tyrosin kinase aktivitet. Cytokin familien af receptorer er en af disse.

3. Beskriv hvorledes en given cytokin-receptor efter stimulering signalerer uafhængigt

af fosforylering af aminosyrer i receptoren?

Signalering via cytokin-receptorer involverer ofte transskription af gener.

4. Beskriv en signaleringsvej som disse receptorer benytter ved regulering af

transskription af gener?

5. Angiv en generel måde hvorpå receptor-medieret signalering termineres?

 Opgave 3.

Transport over cellemembraner

1. Definer begreberne (i) passiv transport, (ii) primært aktiv- og (iii) sekundært aktiv
transport. Giv for hver af disse tre kategorier et konkret eksempel på en transportør,
der medierer denne type af transport.

2. Forklar hvad der forstås ved at en ionkanal er ”gated”. Angiv tre generelle typer af
gating-mekanismer. Giv for en af dem et konkret eksempel.

3. Forklar hvad der forstås ved at en ionkanal er selektiv. Beskriv mekanismen som
gør at den spændingsgatede K+ kanal er selektiv for K+.

4. Beskriv hvordan glucose transporteres over en tarmcelle (fra tarmsiden til

blodsiden). Herunder (i) hvorfor involverer denne proces to typer af
glucosetransportører, (ii) hvordan påvirker membranpotentialet transporten via disse
to transportører, og (iii) hvilke(n) rolle(r) har tight junctions i glucosetransporten
over tarmcellen.

Opgave 4.

Cytoskelettet

1. Hvilke tre forskellige typer af filamenter indgår i eukaryote cellers cytoskelet, og

hvilke principielle funktioner er knyttet til hver af disse typer af filamenter?

2. Angiv den strukturelle opbygning af mikrotubuli, og forklar hvad der skal forstås
ved, at mikrotubuli er defineret som et polært molekyle med en (-)-ende og en (+)-
ende.

3. Angiv tre forhold, som har betydning for stabiliteten af mikrotubuli.

4. Nævn mindst to forskellige typer af dynein og mindst to forskellige

familiemedlemmer af kinesin-relaterede proteiner (KRPs), og beskriv deres
cellulære funktion og mulige transportretning langs mikrotubuli.

5. Tegn et tværsnit gennem et cilie/flagel, og angiv de enkelte strukturer. På hvilke

celler forekommer cilier/flageller og hvad er deres funktion (nævn mindst tre
eksempler)?
 Cellebiologi – Cellers struktur og funktion
samt
Cellebiologi 7,5 og 15
NB. opgavesættet består af 3 sider

4 timers skriftlig prøve tirsdag den 9. august 2005

Hver opgave vurderes særskilt og med lige stor vægt
Eksamen er uden hjælpemidler, lommeregner må bruges.
Opgaven må skrives med blyant

Opgave 1.

TGFβI (Transforming Growth Factor, Tumor derived Growth Factor) inducerer

transcription af en række proteiner.

1. Gør rede for opbygningen af dels liganden TGFβI og dels af TGFβ-receptorerne

Type-II og Type-I.

2. Beskriv den signalerings kaskade, der induceres af TGFβI og som fører til en
øget gentransskription.

Opgave 2.

Ca2+ signalering

1. Beskriv de mekanismer i Ca2+ signalering, der er ansvarlige for frigørelse af Ca2+

fra indre "stores", og dem der er ansvarlige for Ca2+ influxen.

2. Beskriv de mekanismer, der efter et Ca2+ signal, bringer Ca2+ koncentrationen i

cytoplasma tilbage til normalniveauet.

3. Hvordan aktiveres phospholipase C isoenzymet PLC-β, og phospholipase C

isoenzymet PLC-γ.

4. Beskriv Ins(1,4,5)P3(IP3) receptoren

5. Giv to eksempler på cellulære processer der reguleres af Ca2+.

 Opgave 3.

Protein export fra cellen.

1. Mange extracellulære proteiner er N-glycosylerede. Oligosaccharidet er koblet

til en bestemt aminosyrerest i peptidkæden. Hvilken?

2. Oligosaccharidet i N-glycosylerede proteiner bliver opbygget trinvist ved

sammenkobling af monosaccharider. Denne opbygning sker imidlertid ikke
direkte på peptidkæden, men på en ER membran-komponent, hvorfra
oligosaccharidet overføres til peptidet. Hvilken membrankomponent er der tale
om?

3. Proteinerne, som syntetiseres ind i ER, skal folde på en bestemt måde for at give
en nativ struktur, og en række proteiner i ER hjælper med denne foldning. Nævn
mindst 2 proteiner i ER, som medvirker til korrekt foldning af proteinerne.

4. Oligosaccharidet på glucoproteinerne i ER bruges af cellen som markør for

ukomplet foldning. Hvorledes?

5. Proteoglycaner er O-glycosylerede. Hvor i cellen sker glycosyleringen?

6. Hvad sker der med proteiner, som ikke kan foldes korrekt i ER?

7. Ophobning af ukorrekt foldet protein i ER inducerer ”unfolded protein

response”. Forklar hovedtrækkene i denne reaktion.

8. Der er en stadig strøm af både membranproteiner og opløselige proteiner fra ER

til Golgi apparatet og videre til plasma membranen. Hvorledes undgår cellerne,
at de proteiner, der er en del af ER selv (”resident ER proteins”), bliver revet
med i denne strøm af proteiner og således ender f.eks. ved plasmamembranen?

9. Cystein rester i cytoplasmatiske proteiner er fuldt reducerede (-SH), medens

extracellulære proteiner ofte indeholder disulfid broer (-S-S-). Hvor i cellen
oxideres cysteinresterne, så de danner disulfid broer?
 Opgave 4.

Cellers vækst hos højere planter.

1. Angiv kort det karakteristiske ved plantecellers vækst i volumen

(størrelse) sammenlignet med celler fra dyr.

2. Hvad karakteriserer plantecellers primære vægge i mekanisk-fysisk

henseende?

3. Hvilke typer makromolekyler findes typisk i plantecellers primære

vægge?

4. Den forsøgsopstilling, som er skitseret i fig. 1A, anvendes ofte til

undersøgelse af forskellige stoffers indflydelse på cellevæggens
strækningsvækst. Hvilke stoffer i et ekstrakt fra cellevægge kan
stimulere så kraftig en længdeforøgelse, som den vist i fig. 1B og C?

5. Hvilken funktion formodes disse stoffer at have under

strækningsvæksten?

6. Strækningsvæksten i den levende celle drives af en kraft. Hvad kaldes

denne kraft, og hvor i cellen skabes den?

7. Hvilke strukturelle forhold i cellevæggen er afgørende for, hvorvidt en

celle strækker sig lige meget i alle retninger eller overvejende strækker
sig i én bestemt retning?
 Cellebiologi – Cellers struktur og funktion
samt
Cellebiologi 7,5 og 15

Opgavesættet består af 4 sider

NB. der er 5 opgaver, kun 4 af dem skal besvares.
NB. Altså, vælg 4 af opgaverne og besvar dem.

4 timers skriftlig prøve fredag den 4. november 2005

Hver opgave vurderes særskilt og med lige stor vægt.
Eksamen er uden hjælpemidler, lommeregner må bruges.
Opgaven må skrives med blyant

Opgave 1.

Der ønskes en gennemgang af den adrenalin-inducerede mobilisering af glucose fra

musklens glycogendepot. Besvarelsen skal også indeholde en karakterisering af de
involverede proteiner.

Opgave 2.

Mikrotubulis struktur, opbygning og funktion i dyreceller

1. Beskriv opbygning og funktion af basallegemer og centrosomer.

2. Hvad forstås ved, at mikrotubuli er defineret som polære molekyler med en (-)-ende
og en (+)-ende?

3. Beskriv polariteten og organiseringen af mikrotubuli i nervecellers akson og

dendritter.

4. Et barn fødes med en mutation i et gen, der koder for en essentiel komponent i
proteinkomplekset af det aksonemale ”outer arm dynein”. Hvilken konsekvens kan
man forestille sig, at denne mutation har for barnet?

5. Beskriv mikrotubulis grad af dynamik og stabilitet i interfaseceller i forhold til

celler, der er i mitosens M-fase. Hvilke faktorer spiller en rolle for mikrotubulis
stabilitet og dynamik?
 Opgave 3.

1. Enzymet, der hydrolyserer PIP2 kaldes phosphoinositidase C (PIC) eller

Phospholipase C (PLC). Skitser processen som det katalyserer.

2. To typer af receptorer kan aktivere denne vej. Hvilke typer af receptorer er det?
Hvad hedder de to isoenzymer af PLC, som er involveret?

3. Hvad er downstream effekten af de to signalstoffer, der dannes? Bliver de begge i

membranen?

4. Ca2+ eksisterer i tre former: frit, bundet og ”trapped”.

Frit: Hvad er koncentrationen i vævs-væskerne?
Hvad er den cellulære koncentration?

Bundet: Hvad er Ca2+ bundet til i cellerne?

”trapped ” Nævn et eksempel på trapped Ca2+.

5. Hvilke iontransportører i celle-membranen er involveret i at holde Ca2+ lav i

cellerne?

6. Nævn en intracellulær iontransportør, der deltager i at holde koncentrationen af frit

cellulært Ca2+ lavt

7. Beskriv kort en metode til at måle frit intracellulært Ca2+?

8. Hvilke to parametre bestemmer åbningen af IP3 receptor kanalen?

9.. Beskriv Rhyanodin receptoren. Hvor sidder den?

10. Hvilket stof har samme effekt på ryanodin receptoren som IP3 har på IP3 receptoren?

Opgave 4.

Vesikel-trafik i celler

1. Hvor i cellen dannes COPII-coatede membranvesikler?

2. Dannelsen af COPII-coatede vesikler kræver kun 3 proteiner: Sar1p og de 2
heterodimere proteiner, Sec13/31p, og Sec23/24p. Fig. 1A viser resultater fra et
forsøg, hvor mikrosomer blev inkuberede med forskellige kombinationer af
disse proteiner i en buffer med GTP. Mikrosomerne blev derefter centrifugeret
 ned og analyseret for bundne proteiner ved SDS gelelektroforese og Western-
blotting med antistoffer mod Sec23p, Sec13p, og Sar1p (Fig. 1A). I hvilken
rækkefølge bindes proteinerne til membranen under dannelsen af COPII
vesikler? Giv et begrundet svar.
3. I forsøget, hvis resultat er vist i Fig. 1B, blev Sec13/31p + Sec23/24p (=COPII i
figuren), Sar1p og membraner inkuberet i en buffer med enten GDP, GTP, eller
en ikke-spaltelig GTP-homolog, GMP-PNP. Vesiklerne blev igen undersøgt for
binding af de forskellige proteiner ved Western-blotting. Hvad kan man
konkludere fra Fig. 1B?

Fig. 1

Opgave 4 fortsat.

Protein import i mitochondrier.

Barnase, en ribonuclease fra Bacillus amyloliquefaciens, bruges ofte som modelprotein.

Det har en molekulvægt på 17.5 kDa og er stabilt foldet, så det ikke let denaturerer.
Man har fremstillet fusionsproteiner bestående af de 35, 65, eller 95 N-terminale
aminosyrer fra pre-cytochrom b2 sat foran N-terminus på barnase. Når
fusionsproteinerne bliver inkuberet med mitochondrier, importeres de til matrix. N35-
barnase importeres meget langsomt, N65-barnase hurtigere, og N95-barnase hurtigst.
En hæmmer af barnase (barstar) nedsætter importhastigheden af proteinerne væsentligt.
Barnase domænet er stabilt i alle 3 fusionsproteiner. Hvis proteinerne denatureres,
bliver de alle 3 importeret med høj hastighed i mitochondrier. Forklar resultaterne ud fra
dit kendskab til protein-import i mitochondrier.
 Opgave 5.

Cytokinesen i celler fra højere planter.

1. Angiv ganske kort det karakteristiske ved cytokinesen i planteceller

sammenlignet med celler fra dyr.

2. Hvilken type cytoskeletkomponent er den mest centrale ved dannelsen af

initialet til den nye cellevæg. Angiv et forsøg der underbygger, at der specifikt er
tale om den type cytoskeletkomponent.

3. Hvad kaldes initialet til den nye cellevæg, og hvor i cellen dannes det?

4. Ved dannelsen af initialet til den nye cellevæg dannes håndvægts-lignende rør.
Hvilken type organeller danner disse rør, og hvilken type protein synes at være
medvirkende ved rørenes dannelse?

5. Angiv kort forskelle og ligheder på funktionen af denne type protein i

planteceller og i dyreceller.

6. Beskriv kort det videre forløb i dannelsen af initialet til den nye cellevæg.

7. Når initialet til den nye cellevæg er næsten færdigdannet, hæftes det til
eksisterende cellevægge på ganske bestemte steder. Beskriv dette forløb og den
formodede mekanisme.

8. Angiv forsøg der underbygger hypotesen om den foreslåede mekanisme ved

tilhæftningen. Skitser desuden forsøg som viser, at tilhæftningen sker på ganske
bestemte steder.