‫‪30/10/07‬‬

‫גנטיקה – שיעור ‪4‬‬

‫מבנה ה – ‪DNA‬‬

‫בתאים בגוף‪ ,‬ה –‪ DNA‬אינו חשוף‪ ,‬אלא מאורגם בכרומטין ‪ -‬קשור לחלבונים‬
‫קטנים (היסטונים)‪ ,‬אנזימים‪ ,‬חלבוני בקרה והובלה היוצרים מבנה דינמי‪.‬‬
‫ל – ‪ DNA‬קשורים גם יונים שונים‪.‬‬

‫הרכב ה‪DNA -‬‬

‫‪.1‬סוכר‪.‬‬
‫‪.2‬בסיסים חנקניים‪.‬‬
‫‪.3‬פוספט‪.‬‬

‫כימיה ‪ -‬סוכרים‬
‫‪ – Ribose‬סוכר ‪ 5‬פחמני‪ ,‬בעמדות ‪ 2‬ו‪ 3 -‬יש קבוצות ‪,OH‬‬
‫שייר זה מאוד פעיל ויכול לתקוף ולהפעיל דברים‪.‬‬
‫הריבוז נמצאה ב‪.RNA -‬‬
‫‪ – Deoxi-Ribose‬סוכר דומה שנמצא ב – ‪ DNA‬שבעמדה‬
‫‪ 2‬יש רק ‪ H‬במקום ה‪ OH -‬בריבוז ולכן פחות פעיל‪.‬‬
‫קבוצת ה‪ OH -‬בעמדה ‪ 3‬של הדהאוקסי ריבוז גורם לו להיות פעיל‪.‬‬

‫כימיה – בסיסים‬
‫‪.1‬אדנין (פורינים)‪.‬‬
‫‪.2‬גואנין (פורינים)‪.‬‬
‫‪.3‬ציטוזין (פירמידינים)‪.‬‬
‫‪.4‬טימין – ‪( DNA‬פירמידינים)‪.‬‬
‫‪.5‬אורסיל – ‪( RNA‬פירמידינים) ‪( ,‬חוסר של קבוצה‬
‫מתילית מהטימין) – יותר רגיש לפעולות אנזמטיות‪,‬‬
‫נדרש לפעולות התא‪.‬‬
‫בסיסים אלו נמצאים ב‪ DNA -‬וב‪ RNA -‬ומכילים קשרים‬
‫כפולים רבים ולכן יכולים לקלוט אור וצבע‪.‬‬
‫(לדוגמה – אור השמש יכול להקלט ב – ‪ DNA‬ולפגוע בו – סרטן)‪.‬‬
‫הפורינים והפירמידינים קשורים דרך החנקן שלהם לפחמן '‪ 1‬בסוכר (תמיד עמדה‬
‫‪ ,)1‬מבנה של סוכר ובסיס נקרא נוקליאוזיד‪ ,‬אם יקשר פוספט זה יקרא‬
‫נוקליאוטיד‪.‬‬

‫כשה –‪ DNA‬מתחיל לבנות את עצמו הוא מתחיל מקבוצת טרי פוספט‬

‫(‪ ,)ATP‬מולקולה עשירה באנרגיה‪.‬‬
‫כשה – ‪ DNA‬יבנה הוא יפרק את הקשרים הפוספטים וייצור אנרגיה‪.‬‬
‫הפוספטים מסומנים באותיות יווניות ‪( α‬הקרוב ביותר לסוכר וישתלב‬
‫ב – ‪ β ,)DNA‬ו – ‪. γ‬‬

‫קשר בטה גליקוזידי – הקשר בין בסיסי ה – ‪ DNA‬וה‪ RNA -‬לסוכר (גליקוזידי –‬
‫סוכרי)‪.‬‬

‫‪-1-‬‬
‫‪30/10/07‬‬
‫גנטיקה – שיעור ‪4‬‬
‫כיצד בונים את ה – ‪DNA‬‬
‫בקצה '‪ 5‬בסוכר יושבים הפוספטים‪ ,‬קצה '‪ 3‬עם קבוצת ה – ‪OH‬‬
‫יכולה לתקוף את הפוספט ‪ α‬בנוקליאוטיד הבא אחריו ויוצר קשר‬
‫שנקרא קשר פוספו‪-‬די‪-‬אסטרי '‪.5'-3‬‬
‫לחיבור הזה יש קוטביות בכך שתמיד יהיה קצה '‪ 5‬אחד פנוי וקצה‬
‫'‪ 3‬אחד פנוי‪ ,‬לקוטביות זו יש משמעות גדולה שנלמד בהמשך‪.‬‬

‫‪ – Erwin Chagaff‬החוקר שגילה את זיווג הבסיסים ב – ‪.DNA‬‬

‫הוא לקח ‪ DNA‬ממקורות שונים והכניס אותו לחומצה פורמית‬

‫(חומצת נמלים) שמפרקת את הקשרים של ה – ‪.DNA‬‬
‫ע"י כרומטוגרפיית נייר הוא הפריד את הבסיסים‪ ,‬מיצה את הבסיסים מהנייר ובדק‬
‫כמה בסיסים יש ב – ‪.DNA‬‬
‫הוא גילה שכמות הטימין והאדנין די זהה‪ ,‬ושכמויות הגואנין והציטוזין די זהות‪.‬‬
‫היחס בין אדנין לגואנין אינו זהה‪.‬‬

‫ב – ‪ DNA‬דו גדילי‪ ,‬סכום ‪ A+G‬שווה תמיד לסכום ‪.C+T‬‬

‫היחס בין ‪ CA++GT‬שווה בכל תאי האורגניזים אך יכולה להיות שונה בין אורגניזמים‬
‫שונים (חשוב לזכור – תהיה שאלה במבחן)‪.‬‬

‫בצילום עם קרני ‪ X‬של ‪ DNA‬ניתן למדוד מרחקים על‬

‫ה – ‪ DNA‬ועל בסיס התמונה הגיעו למסקנה שה – ‪DNA‬‬
‫בנוי משני סלילים שהבסיסים פונים פנימה‪.‬‬

‫לאחר בדיקה של מרחקים‪ ,‬גילו שאם מחברים את ‪ A‬ו‪T -‬‬

‫ואת ‪ G‬ו‪ C -‬מקבלים מרחקים שווים‪.‬‬
‫זיווג הבסיסים מבוסס על קשרי מימן בין הקבוצות הצדדיות‬
‫של הבסיסים‪.‬‬

‫קוטר ה – ‪ DNA - 20‬אנגסטרום‪.‬‬

‫בין בסיסים ‪ 3.4 -‬אנגסטרום‪.‬‬
‫סיבוב של ה – ‪ DNA – 34‬אנגסטרום‪.‬‬

‫בנוסף גילו שקוטביות הגדילים הפוכה‪ ,‬אחד הולך‬

‫מ – '‪ 3‬ל‪ 5' -‬והגדיל שמולו מ – '‪ 5‬ל – '‪.3‬‬

‫בפיתול של הסליל נוצרים שני חריצים‪ ,‬גדול (‪)major‬‬

‫‪-2-‬‬
‫‪30/10/07‬‬
‫גנטיקה – שיעור ‪4‬‬
‫וקטן (‪.)minor‬‬

‫‪-3-‬‬
‫‪30/10/07‬‬
‫גנטיקה – שיעור ‪4‬‬
‫ה – ‪ DNA‬יכול להיות בכל מיני מצבי צבירה (מבנה מרחבי)‪,‬‬
‫המבנה הרגיל (פעיל פיזיולוגי) נקרא ‪.B DNA‬‬

‫קשרי מימן יכולים להיווצר בין הקבוצות הצדדיות בכל מיני‬

‫שילובים (זיווג הוגסטיין או זיוג ווטסון קריק)‪ ,‬ב – ‪ DNA‬נורמלי‬
‫יכולים להיווצר שני הזיווגים על פי הסיבוב של ה – ‪DNA‬‬
‫והפונקציונליות של ה –‪.DNA‬‬
‫בין ‪ A‬ל – ‪ T‬יש ‪ 2‬קשרי מימן‪ ,‬בין ‪ C‬ל – ‪ G‬יש ‪ 3‬קשרי‬
‫מימן‪.‬‬
‫ה – ‪ DNA‬קשור בנוסף לקשרי מימן‪ ,‬ע"י האלקטרונים‬
‫באורביטלי ‪ π‬של בסיסים קרובים – קשרי ‪. π‬‬
‫קשרים אלו נוצרים בגלל קרבת הבסיסים‬
‫ונקראים ‪.Base stacking‬‬

‫למה סליל כפול?‬

‫‪ DNA‬הוא הידרופילי אך הבסיסים ההידרוציקליים‬
‫הם הידרופובים‪.‬‬
‫כדי למנוע ממים להגיע לבסיסים ההידרופובים‬
‫צריך לקרב את הבסיסים כך שהמרווח בניהם לא‬
‫יאפשר כניסת מים‪.‬‬
‫אם נשכיב את המולקולות אחת על השניה לא יהיה‬
‫מרווח אך היא לא תהיה גמישה‪.‬‬
‫אם נפתל את המולקולה לא יהיה מרווח והמולקולה‬
‫תשמור על גמישות יחסית‪.‬‬
‫ה – ‪ DNA‬מסתדר בצורה שלו בגלל כל הכוחות‬
‫‪π‬‬
‫דחיה של הפוספטים‪ ,‬הדחיפה של המים‪ ,‬קשרי המימן וקשרי ה ‪. -‬‬

‫ה – ‪ DNA‬יכול להתקפל ולהסתובב על הצירים שבין‬

‫הסוכרים לפוספט‪ ,‬דבר שמאפשר לו גמישות מירבית‪,‬‬
‫לשנות קונפורמציה ולשנות כיוון פיתול וכו'‪.‬‬

‫גמישות ה – ‪ DNA‬נדרשת גם כדי לתקן אותו‪ ,‬במקרה‬

‫של בסיס פגום הוא מסתובב החוצה (‪,)Base flipping‬‬
‫חלבון מתקן אותו והוא יכול לחזור פנימה‪.‬‬

‫‪-4-‬‬
‫‪30/10/07‬‬
‫גנטיקה – שיעור ‪4‬‬
‫פעילות של חלבונים ב – ‪ DNA‬תהיה בחריץ הגדול (יכולים להכנס‬
‫לשם)‪ ,‬הבטה שיט בחלבון חובק את החריץ הקטן וה – אלפה‬
‫הליקס נכנס לחריץ הגדול‪.‬‬
‫קיימות אינטרקציות ספציפיות בין חומצות אמינו בחלבון‬
‫לבסיסים‪ ,‬קשר זה אחראי לפעילות כמו הפעלה‪ ,‬עיכוב או שיעתוק‪.‬‬

‫לפעמים ה – ‪ DNA‬יכול להיות בעל ‪ 4‬גדילים (לדוגמה‪ ,‬בזמן רקומבינציה)‪,‬‬

‫ניתן גם להפוך ל – ‪ 6‬ויותר‪.‬‬

‫ניתן גם לזווג בסיסים בגדיל בודד (מתקפל על עצמו)‪.‬‬

‫קונפורמציית ה – ‪ DNA‬יכולה להיות משולבת במהלך ה – ‪,DNA (A DNA‬‬

‫‪ B DNA‬וכו')‪.‬‬

‫בצילום של מיקרוסקופ אלקטרוני‪ ,‬ניתן לראות שהוא נראה בדיוק כמו החיזוי‬
‫שלנו‪.‬‬

‫‪-5-‬‬