Leerhulp voor zelfstudie uit boek Alle informatie verteld bij colleges en werkcolleges zijn leerstof.

Hieronder staat aangegeven wat je moet weten uit het boek. Leerstof uit boek Hoofdstuk 2 An introduction to genes and genomes - Verschillen in structuur kunnen noemen tussen een prokaryote en een eukaryote cel. Prokaryote cel Eukaryote cel Cel types Echte bacterie, Protisten, fungi, plant, dier archaeabacterie Grote 100 nm 10 micrometer 10-100 micrometer Structuur Geen nucleus: DNA los in DNA gesloten in een c toplasma! Geen membraan met organellen! Dubbel c toplasma! Nucleus! $ele gelaagde celmembraan %erschillende organellen! "met pepl dogl caan#

- De organellen kunnen noemen van een eukaryote cel met de bijbehorende functie !abel "."#. Plasma membraan, c toplasma, mitochondria, ribosomen, rough endoplasmatic reticulum, smooth endoplasmic reticulum, golgi apparaart, l sosomen, pero&isomen, microtubuli, microfilamenten, intermediate filamenten, centrioles, cilia, flagella, nucleus met' nuclear en%elop, nucleoli, chormatide! (i) planten nog: %acuole en chloroplasten! - De structuur van D$A en de bouwstenen kunnen beschrijven en de soorten bindingen tussen deze bouwstenen kunnen noemen.

eerst een fosfaatgroep, %er%olgens bindt dit aan de *+ %an de deo& ribose sui,ergroep, en aan de *1 bindt een base! De purines bestaan uit t-ee cir,els, p rimidines uit ..n cir,el! - Drie verschillen tussen D$A en %$A kunnen aangeven. DNA RNA /h mine 0racil Deo& ribose 1ibose Dubbelstrengs En,elstrengs "hoeft niet alti)d# - Het begrip gen en genoom kunnen defini&ren. Een gen is een %olgorde %an nucleotides die de cel de instructie ge%en om een specifie, ei-it te s ntheti2eren of een bepaald deel %an 1NA! Een genoom is al het DNA in een organisme bi) el,aar! - 'unnen uitleggen wat een karyotype is en de structuur en onderdelen van een menselijk chromosoom kunnen beschrijven. (i) een ,ar ot pe is een delende cel uitgespreid onder een glas microscoop en 2i)n de chromosomen 2ichtbaar! De2e -orden %er%olgens bi) el,aar ge,oppeld om grote, positie %an centromeren en de ,leuring! Een chromosoom bestaat uit t-ee 2uster chormatide, el,e 2uster chromatide bestaat -eer uit t-ee telomeren een p-arm, centromeer, 3-arm - De stappen van D$A replicatie kunnen aangeven van zowel de (leading) als de (lagging) streng met de daarbij behorende enzymen en hun functies kunnen noemen. 1#4elicase bindt aan DNA en splitst de t-ee strengen uit el,aar! 5#single-strand binding proteins binden aan het open gesplitste DNA om te %er,omen dat 2e -eer met el,aar binden! 6#1NA primers bindt met hulp %an primase aan de origins of replication! 7# DNA pol merase 6 bindt aan de 1NA primers en begint met s nthetiseren %an nieu- DNA! De leading streng is de streng -aar continue s nthese is door DNA pl merase 6! 4ierbi) -ordt het DNA opgebou-d %an + 6! 8p de lagging streng -orden er steeds o,a2a,i fragmenten gebou-d om het DNA oo, %an + 6 te ,unnen opbou-en! +# DNA pol merase 1 %er-i)dert de 1NA primers in DNA en DNA ligase bindt de o,a2a,i fragementen aan el,aar %ast! - Het centrale dogma van de moleculaire biologie kunnen beschrijven. 99

- Het proces van transcriptie kunnen beschrijven en alle betrokken componenten kunnen noemen en hun functies omschrijven. 1# 1NA pol merase bindt aan de promoter se3uence op het DNA en -i,,elt het DNA uit el,aar "initation# 4i) -ordt geholpen om een promoter te %inden door transcriptie factoren en enhancers! 5#1NA pol merase bindt aan de template streng "6 +# 2odat m1NA ,an opgebou-d -orden %an +6! "elongation# 6# aange,omen bi) de termination se3uence -orden er nog specifie,e base paren gebonden 2odat er loops ontstaat aan het einde %an het 1NA! $er%olgens laat het los " termination# 7# Na het loslaten -orden de intronen nog %er-i)dert, en -orden er een +-cap "6 fosfor groepen# en een pol "a# tail aan de toege%oegd! 4ierna ,an het m1NA de nucleus uit! - *eten in welke richting +)of ,)# D$A en %$A# wordt gemaakt en afgelezen en wat de coding en de template streng zijn. Alles -ordt opgebou-d %an + 6 en %aa, afgele2en %an 6 +! De template streng daaraan -ordt m1NA opgebou-d en is dus die %an 6 +! De coding streng is de tegeno%ergestelde en is dan meestal %an + 6! - Drie modificaties noemen die het primaire transcript in eukaryote cellen ondergaat. 1# intronen -orden %er-i)dert %an m1NA 5# e&onen splicen samen 6# +: cap -ordt toege%oegd en pol aden lation "pol -a-staart -ordt toege%oegd# - *eten wat de genetische code is en die kunnen aflezen. De genetische code in m1NA is een code %oor specifie,e %olgorde %an amino2uren die uit een tabel af te le2en 2i)n! - De drie stappen van translatie kunnen opnoemen en kort kunnen beschrijven. De bijbehorende componenten kunnen noemen.

- De drie types %$A betrokken bij translatie kunnen noemen en hun functie. m1NA: coderende streng t1NA: bindt aan m1NA en heeft daarbi) een peptide ,eten! r1NA: be-egen langs het m1NA en binden t1NA! - *eten op welk niveau de productie van een eiwit gereguleerd kan worden figuur ".-.#

E&tra info plaat)e: 1# DNA demeth lation en histone acet lation reguleren of een gen ,laar is %oor transcriptie 5# transcriptie regulatie 6# 1NA processing, -aarna %er%olgens transport naar c toplasma $erder als laatste stap nog afbraa, %an actief protein!

- 'unnen uitleggen wat transcriptie regulatie is en welke eiwitten en se/uenties daarbij betrokken zijn. /ranscriptie regulatie is het reguleren %an een cel of bi) een bepaald gen transcriptie -ordt gedaan! Dit -ordt geregeld door de promoter, bestaande uit *AA/ bo& ";0 nucleotide %oor begin gen#, /A/A bo& "60 nucleotide %oor begin gen# en binding plaats %oor transcriptie factoren met hun acti%ators! De acti%ators binden 2ich een stu, eerder op het gen aan hun enhencers, die daar be%inden! Daaraan binden -eer de transcriptie factoren die %er%olgens oo, aan de promotor binden! 4ieraan bindt uiteindeli), 1NA pol merase! - 'unnen beschrijven wat een operon is en hoe het lac operon wordt gereguleerd door binding van een repressor aan een operator 0ig ".-1#. 8peron is een essentiele cluster %an %erschillende aan el,aar gerelateerde genen! Een lac operon -ordt gebrui,t bi) bacterien en ,an reageren op de aan-e2igheid %an sui,er lactose! Als er geen lactose aan-e2ig is, bindt de lac repressor aan de operator en blo,,eert de transcriptie! Als lactose aan-e2ig is, bindt dit aan de repressor -aardoor die inactief -ordt, hierdoor ,an transcriptie plaats %inden %an het operon! - 'unnen uitleggen wat bedoeld wordt met point mutations2 silent mutations2 missense mutations2 nonsense mutations2 frameshift2 inherited mutations2 ac/uired mutations and 3$4s. Deze mutaties kunnen herkennen en beredeneren wat hun effect is. Point mutatie <utatie -aarbi) ..n nucleotide %erschil is silent mutatie <utatie -aarbi) beide coderen %oor het2elfde amino2uur, en dus geen effect heeft! <issense mutatie Een bepaald codon %erandert in een andere codon -aardoor een ander amino2uur -ordt ingebou-d! Nonsense mutatie Een normaal codon %erandert in een stopcondon -aardoor het ei-it maar half -ordt afgemaa,t! =rameshift De insertie of deletie %an nucleotide 2orgt er%oor dat het reading frame -ordt opgescho%en >nherited mutatie <utatie die -orden o%ergebracht aan na,omelingen! ?omt %oor in geslachtcellen Ac3uired mutatie @orden niet door gege%en en gebeuren dus niet in geslachtcellen! ANPs 8p ..n plaats in het genoom ,an men bi) %erschillende mensen een andere nucleotide aantreffen! - Verschillen kunnen noemen tussen prokaryote en eukaryote cellen wat betreft transcriptie en translatie en kunnen aangeven welke veranderingen nodig zijn om een eukaryoot gen in een prokaryoot tot e5pressie te brengen en vice versa. Bie eerste leerdoel!

Hoofdstuk 3 Introduction to Recombinant DNA echnolog! and DNA "loning tot aan paragraaf 3#$ %enomics and &ioinformatics# - 'unnen beschrijven wat restrictie&nzymen zijn2 wat ze doen in de cel en waarvoor ze gebruikt worden. 1estrictieen2 men ,omen uit bacterien, ,nippen DNA en dienen als bescherming tegen %reemd DNA "b% %rirussen# 4et eigen DNA -ordt beschermd door meth latie! "*46 op ,nip ple, %an een restrictie en2 m# - De karakteristieken van een restrictiesite kunnen aageven en weten wat sticky of cohesive# en blunt ends zijn. El,e restrictiesite is een palidrome' de %olgorde %an nucleotide is het2elfde %oor-aards en achter-aards op tegeno%ergestelde strengen! Atic, : als er een stu, o%erhangend singel streng DNA is (lunt: fragementen met alleen dubbel strengs DNA, is dus recht doorge,nipt! - 6envoudige restrictiemaps kunnen interpreteren en een eenvoudige kloneringsstrategie kunnen bedenken. Ceren uit -er,college! - 'unnen uitleggen wat een plasmide is en met welke technieken men plasmiden in bacteri&n kan brengen. Plasmide is een dubbelstrengs circulaire DNA in een bacterie die ge,opieerd ,an -orden! Plasmiden in bacterie ,ri)gen ,an door middel %an transformatie "2ie hoofdstu, +, leerdoel#! Een andere manier is electroporatie: hierbi) -orden ,orte scho,)es met een hoge %oltage aan de bacterie gege%en,-aardoor er ,leine gaat)es ontstaan in de cel-and, -aardoor DNA naar binnen ,an! - Het eerste recombinante humane eiwit dat op de markt kwam kunnen noemen. Penicilline 99 - De eigenschappen van een plasmide kunnen aangeven inclusief antibioticum selectie en blauw-wit screening#. Een plasmide heeft een deel dat ampicilline resistantie %er2orgt "amp gen# en een gen -aaronder oo, het lacB gen -aarin in restrictie en2 men ,unnen ,nippen! Door 2i)n lacB gen is het en2 m instaat om lactose om te 2etten! Als een bepaald stu, gen is geplaatst in de plasmide -er,t dit lacB niet! 8m te ,i),en of )e bacterien dus het stu,)e bepaalde gen hebben plaatsen 2e eerst alle bacterien op een ampicilline plaat)e! 4ierop 2ullen alleen de bacterien met een plasmide groeien -ant die hebben een gen %oor resistentie! Daarna 2ullen 2e D-gal toe%oegen, die is geli), aan lactose en ,leurt blau- als het -ordt omge2et! "de bacterien 2onder stu,)e gen# Als het D-gal -it bli)ft, -er,t dus het lac B gen niet meer -aardoor geen (-galactose -ordt ge%ormd -at het D-gal ,an om2etten, is dat een bacterie met )ou- stu, gen! - 'unnen omschrijven wat plasmiden2 bacteriofagen2 cosmiden2 e5pressie vectoren2 7A8s2 9A8s zijn2 kunnen aangeven wanneer ze gebruikt worden en wat hun capaciteit is met betrekking tot insert size. Plasmiden: dubbelstrengscirculaire DNA in bacterie, -orden gebrui,t om stu,,en gen tot e&pressie te laten ,omen! (acteriofagen: hebben lineaire DNA %an 7E ,b groot! ?unnen ingepa,t -orden in ,leine %irale delen die een bacterie ,unnen infecteren! @ordt gebrui,t %oor cloneren!

*osmiden: hebben *8A ends "bacteriofagen oo,, 2orgt %oor circulaire %orm#, origing of replicatie en genen %oor antibioticum! @er,t %er%olgens -eer het2elfde als bacteriofagen! Be ,unnen alleen grotere fragmenten opnemen! E&pressie %ectoren: -orden gebrui,t %oor een hoge le%el s nthese %an eu,ar ote ei-itten in pro,ar ote cellen omdat 2e een bacteriele promotor be%atten! (A*s: 2i)n grote-lang2ame-ge,opieerde-aantallen plasmide aan-e2ig als ..n of t-ee ,opieen in bacteriele cellen en 2e be2itten genen die coderen %oor de =factor" de2e controleren de bacteriele gen replicatie#! Be ,unnen DNA accepteren tussen 100-600 ,b! $ooral gebrui,t in 4uman Genome Pro)ect! FA*s: 2i)n ,leine plasmide groeind in E! coli en geintroduceerd in gistcellen! Een ac is een miniatuur %ersie %an een eu,ar otisch chromosoom! @orden gebrui,t %oor ,loneren %an grote fragmenten, spelen oo, een belangri),e rol bi) 4GP! - 'unnen uitleggen hoe een genomic en een cD$A library wordt gemaakt zie figuur ,..# en kunnen berederen wanneer welke type library gebruikt moet worden.

- 'unnen beschrijven wat een probe is en hoe je aan de se/uentie van een probe kunt komen. Probe: een singelstreng DNA fragment dat complementair is aan het gen %an intresse! Ge ,unt aan een probe ,omen door middel %an P*1!

- 'unnen beschrijven hoe colony hybridization wordt gedaan zie figuur ,.+#

- 'unnen aangeven waarvoor 48% wordt gebruikt figuur ,.:# en welke componenten er tijdens de reactie aanwezig zijn. P*1 -ordt gebrui,t om %an een bepaald stu, DNA heel %eel stu,,en te ,ri)gen! Dus %oor het ,loneren %an een gen! /i)dens een reactie start )e met )e target DNA, ta3 DNA pol merase ",an tegen hoge temperaturen#, nucleotides en primers! - Van de drie stappen van een 48% cyclus kunnen aangeven wat de temperatuur is en wat er in die stap gebeurd. 1# %erhitten 2odat target DNA loslaat door dat -aterstofbindingen bre,en! /ot E7 graden! H denaturation 5# af,oelen tot tussen ++ en I+ graden 2odat primers binden h bridi2ation 6# %er%olgens -eer op-armen tot tussen de J0 en J+ graden, 2odat ta3 DNA pol merase de target DNA gaat ,opieren e&tension - 4rimers kunnen bedenken voor een 48% reactie. De primers moeten complentair 2i)n aan de nucleotide %an beide target DNA strengen! - *eten wat een ! vector is en waarom die een rol spelen bij het kloneren van 48% producten. / %ector is een singel streng DNA met th mine nucleotides aan beide eindes dat complentaire base paren ,an %ormen met o%erhangende adenine nucleotides in P*1 producten! Als dat is gebeurd ,an het product -orden geKntroduceerd in een bacterie en ,an de nucleotide se3uentie -orden gedetermineerd! - 'unnen uitleggen hoe D$A fragmenten worden geanalyseerd met behulp van agarose gel electrophorese figuur ,.-;# Ge hebt %erschillende buis)es met DNA fragmenten! De2e -orden in -ells op een agrose gel plaat met ethidium bromide geplaatst! Er is ..n baan -aar%an alle lengte be,end 2i)n en dat is de mar,er! Er -ordt stroom op de plaat ge2et met de Anode "L# aan de onder,ant 2odat het DNA gaat lopen! De ,leinere stu,,en lopen sneller -aardoor 2e onderaan ,omen! 8p de2e manier ,an de grote -orden bepaald %an bepaalde fragmenten!

- 'unnen uitleggen hoe de se/uence methode van 3anger werkt en wat er tijdens de reactie voor componenten aanwezig zijn en hoe de methode geautomatiseerd is. Een DNA primer is geh bridi2eerd tot een denatured template DNA! De2e ging een stu, DNA opbou-en met een buis -aarin in dN/Ps -aren en ddN/Ps! Als de primer een ddN/P pa,te stopte de transcriptie! 8p de2e manier ,reeg hi) ,orte een lange stu,,en DNA en ,on hi) 2e se3uensen! De2e methode is gemodificeerd met dat el,e ddN/P een andere ,leur heeft! Een laser ,an de2e ,leur dedecteren en een computer ,an 2o het DNA se3uensen! - De technieken 0<3H2 3outhern blotting2 $orthern blotting2 *estern blotting kunnen uitleggen2 data verkregen door die technieken kunnen interpreteren en kunnen beredeneren welke techniek gebruikt moet worden. =>A4: -ordt gebrui,t om uit2oe,en -el,e chromosoom het gen %an intresse be%at! Een DNA of 1NA probe is gelabeld met een ,leur! 4et chromosoom is gesplitst op een glas microscoop! De probe bindt aan het stu, gen %an intresse en dit licht op! Bo ,un )e 2ien op -el chromosoom het licht! Aouthern blotting: is met DNA Northern blotting: is met 1NA @estern blotting: is met ei-itten @er,ing is %oor beide allemaal het2elfde:

- 'unnen aangeven waarvoor reverse transcriptase 48% wordt gebruikt. 8m alleen maar DNA te ,ri)gen -at dat -er,eli), tot e&pressie ,omt, dus DNA 2onder intronen! 4et is af,omstig %an het m1NA! - 'unnen uitleggen wat real-time of =uantitative 48%# is en twee methodes kunnen beschrijven voor =-48%2 397% >reen en !a/man probes figuur ,.-:# 1eal-time P*1 is de mogeli), %oor onder2oe,en om ,-antitatie%e %erster,ende reacties te ma,en 2oals dat in het echt oo, gebeurd! @er,ing: 2e hebben een laser en de2e ,an de lichtintensiteit %an de bodem %an een P*1 tube meten! 4oe meer fragmenten hoe meer licht! AF(1 Green bindt aan dubbel streng DNA, hoe meer fragmenten er 2i)n hoe meer licht er dan oo, ,omt! /a3man probe 2i)n complementair aan specifie,e regio %an het target DNA! "%erder uit-er,en ,,,,#

- *eten wat een gene microarray analyse is blz ,.-?# en een toepassing kunnen noemen voor een microarray gehybridiseerd met D$A en een met cD$A. /oepassing: ei-it e&pressie, gen mutaties studies!

Hoofdstuk ' (roteins as (roducts - 'unnen uitleggen wat de primaire2 secundaire2 tertiaire en /uaternaire structuur van een eiwit zijn en hoe ze bepaald worden. Primaire: de %olgorde %an een ,eten amino2uren bepaald doorMmet DNA Aecundaire: de alpha heli& of beta sheet %eroor2aa,t doordat 2i),etens %an amino2uren gaan binden door -aterstofbruggen bepaald door regelmatige inter%al "alpha heli&# of de lin, tussen sti,stof "N# en 2uurstof "8# "beta sheets, doordat N en 8 in de ,eten 2it standaard#, die parallel "2elfde richting ,etens# en antieparallel ",etens in andere richtingen# ,unnen %oor,omen! /ertiaire: >s een unie,e 6D structuur %an het ei-it doordat alpha heli&en en beta sheets attractie hebben met el,aar bepaald door ,ristalisatie en D-ra Nuaternaire: 2i)n meerdere amino2uur,etens bi) el,aar -aardoor er een specifie, 6D structuur ontstaat %an meerdere ,etens! - @itleggen wat post-translationele modificaties van een eiwit zijn en wat glycosylatie is. Post-translationele modificaties: is een en2 mge,atal seerde %erandering aan een ei-it nadat het is ges nthetiseerd bi) de translatie! Gl cos latie: carboh draat stu,,en "sui,er moleculen# -orden %astgemaa,t aan specifie,e locaties op de ei-itten! De2e %erandering ,an effect hebben op de oplosbaarheid en de orientatie %an het ei-it -aardoor een ei-it actief ,an -orden in een organisme! - 'unnen omschrijven wat upstream en downstream processing is. 0pstream: de echte e&pressie %an het ei-it in de cel!

Do-nstream: het ei-it is eerst gescheiden %an andere delen %an de cel en geisoleerd %an andere ei-itten! - Aes productiesystemen voor eiwitten kunnen noemen met voor ieder een voor- en nadeel.

- Weten welke technieken er zijn om eiwitten te zuiveren, hoe ze werken en op welke eigenschap van het eiwit ze zuiveren en kunnen beredeneren wanneer te gebruiken. Techniek Werking Eigenschap eiwit Gebruik Precipitation De eiwitmoleculen Hydrofoob Bij zout worden neergeslagen Ultra filtration Een net met Grote Eiwitten van bepaalde grote andere eiwitten in gaatjes laat kleine een gemixt moleculen door en mengsel haalt de grotere eruit Centrifugation: scheidt door ze op hoge snelheid rond te draaien, grote komen onder te liggen. Size-exclusion Buis met bolletjes Grote ,, chromatography van draden (gel beads) waarin

Ion exchange chromatography

Affinity chormatography

Hydrophobic interaction chromatography

kleine moleculen kunnen blijven hangen. Grote gaan eerste door de buis heen. Steeds wordt 3 ml van de uit de buis gekomen eiwitten opgevangen in een buisje Negatief geladen bolletjes (ionic resin beads) zitten aan de zijkant van de buis. De positief geladen eiwitten zullen daaraan vast blijven zitten terwijl de negatief geladen en ongeladen door de buis zullen gaan. Met een oplossing van H+ worden vervolgens de positieve geladen uit de buis gelaten Werkt op dat de meeste eiwitten binden aan specifieke en omkeerbare moleculen = ligand. De buis is nu gevuld met hydrofobische moleculen waarin de hydrofobische eiwitten zullen blijven handen

Lading

Affinity meestal met antibodys

hydrofoob

- Twee analytische methodes kunnen noemen voor eiwitzuivering. Massa spectometrie en SDS-PAGE - 'unnen uitleggen hoe eiwitten geanalyseerd worden met behulp van 3D3-4A>62 *estern blotting2 <so-electricfocussing2 "D electrophorese en 6B<3A en data verkregen met deze technieken kunnen interpreteren. ADA-PAGE: sodium dodec l sulfaat "ADA# -ordt gebonden aan een monster %an het gemi&te ei-it en de2e -ordt %er%olgens %erhit! De sulfaat ladingen 2i)n 2oor de hitte

%ernietigd en de hoe%eelheid ADA binding hangt af %an de grote %an het molecuul "hoe meer hoe negatie%er het molecuul door ADA -ordt#! Na de2e behandeling -ordt het op een speciaal gel matri& geplaats, die onder stroom staat met een plus "onder,ant# en min,ant "bo%en,ant#! De ei-itten gaan stromen en %ormen allemaal een band bepaald om grote %an het molecuul! @estern blotting: scheiden %an ei-itten op grootte met ADA-PAGE, blotten %an de ei-itten op nitrocellulose membraan, binden %an eerste antilichaam, binden %an t-eede antilichaam "bind aan het eerste antilichaam -aaraan een en2 m ge,oppeld is#, toe%oegen %an substraat -aardoor band 2ichtbaar -ordt! >so-elctricfocussing: Ge hebt een buis)e met een speciale matri&! Daar 2et )e electrische stroom op -aardoor door en2 matische acti%iteit een p4 gradient op ,omt! Ge %oegt de ei-itten toe en die migreren naar die positie -aar hun lading nul is! Acheiding is dus op lading ip% grote! 5D electrophorese: hierbi) scheidt )e honderden ei-itten eerst op lading en dan op grote! $er%olgens ,un )e met massa spectometrie indentificeren %an ei-itten op hun massa! EC>AA: antilichamen tegen ei-it -orden gebonden in uitsparing "-ells#, monster -ordt toege%oegd "bloed#, -assen, toe%oegen %an antilichamen tegen ei-it met daaraan ge,oppeld een en2 m, -assen, toe%oegen substraat %oor en2 m en meteen de %orming %an ge,leurd product ,un )e 2ien -el,e er tot e&pressie ,omen! -6en definitie kunnen geven van proteomics en de technieken kunnen noemen die gebruikt worden in dit veld. >s een manier om begrip te ,ri)gen o%er de relatie %an 2ie,tes en ei-it e&pressie! 4ierbi) gebrui,en 2e 5D gel ele,troforese en massa spectometrie! Hoofdstuk $ )icrobial biotechnolog! tot aan paragraaf $#* )icrobes for making &iofuels - De drie domeinen van het leven kunnen noemen. Eu,ar oten: plant en diercellen' schimmel 2oals east'algen' en singel-cel organisme "protisten# (acteria: hebben cel-anden met daaromheen peptidogl can "archaea niet# Archaea: organisme die 2o-el eu,ar oot als pro,ar oot 2i)n - De basisstructuur van de cel en het genetisch materiaal van een bacterie kunnen beschrijven. (assistructuren: *occi: spherical cells, (acilli: rod-shapped cellen, *ro,scre-shaped en spiral bacteria Genetisch materiaal: meestal singelcirculaire chromosomen, -aardoor 2e heel smal -orden en er %eel in ..n cel ,-i)t ,an! $erder hebben 2e %aa, plasmide, de2e be%atten DNA die niet essentieel 2i)n %oor le%en! - *eten wat het verschil is tussen een >ram-positieve en een >ram-negatieve bacterie.

- 'unnen aangeven hoeveel C van de bacteri&n ongeveer zijn geDdentificeerd en hoeveel van de schimmels. Er 2i)n 1,+ mil)oen soorten schimmels en onge%eer 10 procent hier%an is geidentificeerd (acterien99 - 'unnen aangeven waarom schimmels en gist belangrijk zijn voor zowel de klassieke als de moderne biotechnologie. Achimmels 2i)n belangri),e bronnen %oor antibioticum en medici)nen die bloedcholesterolgehalte %erlagen! $erder hebben 2e een groter genoom dan bacterien -aardoor 2e een model -orden om chromosoomstructuren, genen regulatie, cel deling en celc clus controle te bestuderen - 'unnen aangeven hoe groot de genomen en het aantal genen van 6. coli2 gist en de mens zijn. E! coli: Gist: %oorbeeld saccharom ces cere%isiae heeft 1I lineaire chromosomen, 15 mil)oen basenparen en I600 genen <ens: - Vijf voorbeelden kunnen noemen van nuttige microbi&le enzymen en hun toepassingen. /ag-en2 m: omdat hi) onder e&treme hitte ,an -er,en "thermofiel#, andere %oorbeelden 2i)n: Pfu, DNA pl merase! *ellulase: %ernietigd cellulose Aubtilisn: belangri), onderdeel in -asmiddel, %er-i)dert en %ernietigd ei-itten %an ,leding!

- 'unnen aangeven wat het belang is thermofiele Archaea en hun enzymen en wat op dit moment de hoogste temperatuur is waarbij leven mogelijk is. 8mdat de2e en2 men op bi) 2ul,e hoge temperaturen nog ,unnen le%en, ,an is DNA als het -are los %an el,aar -orden getro,,en door de hitte en ,an ,unnen de2e en2 men %er%olgens nog -el het -er, doen met dit DNA! Als 2i) niet ,onden le%en bi) de2e temperatuur, 2ou het DNA als het -eer af moest -orden ge,oeld -eer aan el,aar gaan 2itten -aardoor de en2 men hun -er, nog niet 2ouden ,unnen doen! de hoogste temperatuur is 151 graden celsius! - 3tap voor stap kunnen opnoemen hoe transformatie van bacteri&n wordt uitgevoerd met behulp van de 8a8l" methode zie figuur +.,# en kunnen uitleggen wat competente cellen zijn. *ompetente cellen: cellen die meer ont%an,eli), 2i)n gemaa,t %oor DNA! /ransformatie bacterien: cellen -orden behandeld met i)s,oude oplossing %an calcum choloride, de cel-and en membraan -orden %erstoord door ,leine gaat te ma,en -aardoor DNA ,an binnentreden! Als de competent cellen 2i)n bereid ,an transformatie beginnen! 4et DNA is inge%oegd in een plasmide met antibiotische resistente genen! De2e plasmide en de competente cellen -orden in ..n buis gedaan en dat -ordt ,oud gemaa,t! Door de ,ou pla,t het DNA aan de buitenste laag %an de bacterie, oo, 2orgt de ,ou %oor gaps in de lipide laag -aardoor DNA naar binnen ,an! 4et DNA gaat naar binnen bi) temperaturen tussen de 6J en 75 graden *elcius! *alcium chloride 2orgt %oor de neutralisatie %an de negatie%e lading %an de fosfaten in de celmembraan, het DNA 2al anders -orden afgestoten! - @itleggen wat fusie&iwitten zijn2 hoe ze gemaakt worden en waarom ze nuttig zijn voor het zuiveren van eiwitten figuur +.+#. Een fusieei-it is een ei-it met een bepaald gen %an interesse! 4et gen %an interesse -ordt in een plasmide geplaatst met daarbi) een tag ei-it en een promotor! De tag ei-it geeft de mogeli),heid om het ei-it later te isoleren! De promotor 2orgt er%oor dat m1NA %an het gen -ordt gemaa,t als het in de bacterie is geplaatst! - Drie voorbeelden kunnen noemen van tag eiwitten <altose-binding, glutathione, A-transferase, luciferase, green fluorescent protein, (galactosidase! - 6en voorbeeld kunnen noemen van een microbi&le reporter en de reactie waarmee dit eiwit licht uitzendt. (iolouminescence is een %oorbeeld %an het ma,en %an licht! Dit gebeurt door de bacterie $ibrio fischeri, de2e hebben het %ermogen op chemicalien op te sporen "in ,an,ercellen#! Be ma,en licht door de actie %an lu& genen! Een aantal lu& genen coderen %oor ei-iteenheden die het en2 m luciferase ma,en! Dit produceert licht! Cu& genen 2i)n hier de reporter genen! - 'unnen uitleggen hoe je een reporter kan gebruiken voor het detecteren van tuberculose. /uberculose -ordt %eroor2aa,t door < cobacterium tuberculosis! 8m dit op te sporen plaatsen 2e lu& genen in een %irus dat de2e bacterie infecteerd! Als de bacterie is geinfecteerd 2al het licht gaan uitstralen -at ,an -orden -aargenomen!

- 'unnen uitleggen hoe je een reporter plasmide maakt voor landmijnen vraag zelfstudie#

- 'unnen aangeven wat de functie is van fermentatie voor de cel2 welke twee vormen van fermentatie er zijn en van iedere vorm drie voorbeelden kunnen noemen van producten die er door gemaakt worden. =unctie: om2etten %an NAD4 en NADL /-ee %ormen: mel,2uur fermentatie' ,aas, 2ure room, oghurt! Alcohol fermentatie: -i)n, bier, brood! - 'unnen uitleggen waar het 9east-!wo-Hybrid systeem voor wordt gebruikt en hoe het werkt zie !ools of the trade blz -,-#.

- 'unnen beschrijven hoe het gelukt is om humaan insuline in 6. coli te produceren figuur +.?#. Be maa,ten t-ee plasmide met ene insuline A en andere insuline ( en daarbi) bi) beide een bacteriele promotor en (-gal! Be lieten een bacterie die gen ma,en door te acti%eren -aardoor 2e in ..n buist (-gal met insuline A hadden en in de andere met

(! De2e insuline ,onden 2e %er%olgens scheiden %an de (-gal en met el,aar laten reageren! Dit ,onden 2in een mens in)ecteren! - 6en definitie kunnen geven van een antibioticum. Antibiotica 2i)n stoffen geproduceerd door microben die de groei %an andere microben inhiberen! - 'unnen noemen wat het eerste antibioticum is dat werd ontdekt en wat de target van dit antibioticum is. Penicilline -as de eerste die -erd ontde,t en -er,t in op de peptidogl can laag %an bacterien! - Kunnen beschrijven hoe verschillende vaccins werken en gemaakt worden. Subunit vaccines: een injectie portie van viral of bacteriele structure. Attenuated vaccins; gebruiken ze levende bacterien of virussen die zwakker zijn gemaakt. Inactieve vaccins: zijn gemaakt om terwijl ze de ziekte dode en worden als dode of inactieve vorm gebruikt om in te spuiten DNA-based vaccines: hierbij is DNA is meestal spiercellen geinjecteerd waardoor deze antilichamen gaat vormen. - Weten wat de functies van antilichamen zijn. Agglutination: klonteren en verhogen fagocytosis. Opsonization: een coat vormen om de bacterie als een soort signaal voor macrofagen Neutralizatie: de virussen, toxines en bacterien blokkeren zodat een cel niet meer kunnen infecteren Activation van complement: binden aan bacterie en aan celmembraan en zorgen er zo voor dat celmembraan de bacterie of virus gaat doden/kapot maken Inflammatie: verstoren van toxische cellen door complent/reactief eiwit en andere immuun cellen Antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity: antilichaam gaat aan target cel zitten en zorgt voor kapot maken van niet specifieke imuunsysteem. - Definities kunnen geven van environmental genomics (ook metagenomics genoemd) en synthetische biologie Metagenomics: omvat de volgorde van genomen voor een gehele communitie van microbe. Synthetische biologie: het (her-) ontwerpen van cellen of delen daarvan, daarbij wordt veel gebruik gemaakt van genetische modificatie.