Za odreivanje N-terminalnog kraja polipeptida, odnosno za odreivanje aminokiseline na strani NH2 kraja proteina ili poplipeptida esto se koristi 2,4-dinitrofluorbenzen. Ovo jedinjenje ima na svom aromatinom prstenu atom fluora, koji se u reakcijama nukleofilne supstitucije ponaa kao odlazea grupa, dok sa druge strane amino grupa iz polipeptida predstavlja dobar nukleofil. Ove dve injenice predstavljaju potrebne uslove da se desi reakcija nukleofilne supstitucije u kojoj atom azota iz polipeptida menja atom fluora na sp3 hibridizovanom atomu ugljenika. Ova reakcija predstavlja i prvu od dve faze metoda za odreivanje N-terminalne aminokiseline.
U drugoj fazi, u kiseloj sredini se hidrolizuje polipeptidni lanac do aminokiselina iz kojih je sastavljen. N-terminalna aminokiselina koju odreujemo se sada nalazi vezana na aromatini prsten i nekom od pogodnih metoda (hromatografski, spektroskopski...)se vri njena karakterizacija-odreuje se koja je kiselina u pitanju.
Nukleofilna supstitucija iz prve faze reakcije ne bi bila mogua da nije dve nitro grupe u molekulu 2,4-dinitrofluorbenzena. Naime sam benzenov prsten nije dobar supstrat za reakcije nukleofilne supstitucije jer su njegovi supstituenti (u ovom sluaju fluor) koji su inae dobre odlazee grupe, vrsto vezani za sp2 hibridizovani atom ugljenika iz benzenovog prstena i odgovarajui ugljenikov atom je nedovoljno elektropozitivan za nukleofilnu supstituciju. Elektronprivlane grupe kao to je nitro grupa, privlaei elektone iz prstena ine C-atom koji spominjemo elektropozitivnijim i podlonijim nukleofilnoj supstituciji. Proteolitiki enzimi Autor: Mishica, Pet, 20/05/2011 - 17:30. Spadaju u grupu hidrolitikih enzima, jer katalizuju hidrolizu peptidne veze u proteinu ili peptidu. Ova grupa ima znaajnu ulogu u procesima digestije. Proteoliticke enzime sadrze i neke elijske organele (lizozomi). Kombinovanjem ovih enzima dolazi do potpune hirolize proteina do slobodnih aminokiselina, koje putem cirkulacije dospevaju u elije i slue za sintezu specifinih intracelularnih proteina sisara, jer elije sisara nisu u stanju da sintetiu sve neophodne aminokiseline.
Prema mestu delovanja u proteinu, proteolitiki enzimi se dele na peptidaze (egzopeptidaze) i proteinaze (endopeptidaze). Peptidaze Ispoljavaju aktivnost na krajevima molekula proteina, pri tom hidrolizujui peptidnu vezu terminalnih aminokiselina, pri emu se kao proizvod dobijaju iskljuivo slobodne aminokiseline. Hidroliza terminalnih aminokiselina se vri sekvencijalo, tj hidrolizuje se aminokiselina po aminokiselina iz polipeptida. Peptidaze se u odnosu na mesto delovanja dele na aminopetdaze i karboksipeptidaze. Aminopeptidaze su enzimi koji zahtevaju prisustvo slobodne amino grupe na NH2 kraju polipeptidnog lanca i obiino deluju na proteine i peptide. Tako je u ivotinjskim tkivima pronadjen enzim aminopeptidaza koja specifino hidrolizuje tripeptide kao to su L-alanil-glicil- glicin, dajui kao produkt L-alanin i L-glicil-glicin.
Karboksipetidaze za hidrolitiko delovanje zahtevju prisustvo slobodne karboksilne grupe na COOH-kraju polipetida i hidrolizuje poslednju peptidnu vezu u polipeptidu. Kao produkt potpune reakcije dobijaju se slobodne aminokiseline. Postoje dve vrste karboksipeptidaze: Karbokspeptidaza A za iju aktivnost je potrebno prisustvo jona cinka (Zn2+), koji je sastavni deo aktivnog centra enzima, a neophodan je za katalizu hidrolize peptidne veze. Ovaj enzim hidrolizuje peptidnu vezu na COOH-kraju polipeptida, bez obzira na vrstu terminalne aminokiseline, mada je najaktivniji ukoliko je u pitanju aromatina aminokiselina (Phe, Tyr, Trp). Karboksipeptidaza B je specifina za peptidne veze, koje na COOH-kraju polipetida formiraju arginin(Arg), lizin (Lys) ili histidin (Hys). Proteinaze Glavni proteolitiki enzim eluca je pepsin, koji se sintetie u mukoznim elijama u inaktivnoj formi, u proenzimu oznaenom kao pepsinogen. Stabilan je u neutralnoj pH, ali se brzo prevodi u pepsin u kiseloj sredini stomanog soka. (Optimalan pH za delovanje pepsina je 2) Sam pepsin moze aktivirati pepsinogen procesom autokatalize koji podrazumeva oslobadjanje polipeptida od 44 aminokiseline sa NH2-kraja pepsinogena. Ovaj polipeptid deluje kao inhibitor pepsina. Pepsin hidrolizuje peptidnu vezu izmedju amino grupa aromatinih aminokiselina, najee je to tirozin, i karboksilna grupa susedne aminokiseline. Osim ove, hirolizuje i vezu izmedju amino grupe glutaminske kiseline i karboksilne grupe leucina. Produkti reakcije su oligopeptidi razliitih duina. Prelaskom delimino degradiranih proteina iz eluca u duodenum dolazi do hidrolize tripsinom i himotripsinom. Tripsin, enzim koji se sintetie u pankreasu, u vidu neaktivne forme tripsinogena, i kao takav izluuje su u duodenum, zajedno sa alkalnim sokom pankreasa, kako bi se neutralisala kisela sredina i akivirao tripsin za iju je optimalnu aktivnost potrebna pH 8. Tripsinogen se u tripsin akivira autokatalitiki, delovanjem samog tripsina, takodje, intestinalni enzim enterokinaza moe specifio aktivirati tripsinogen i pevesti ga u tripsin. Tripsinogen je izgradjen od jednog polipeptidnog lanca i proces aktivacije obuhvata hidrolizu jedne peptidne veze, pri emu se obavlja jedan heksapeptid (Val-/Asp/4-Lys) sa NH2-kraja tripsinogena. Tripsin hidrolizuje peptidnu vezu izmedju karboksilen grupe baznih aminokiselina (Lys, Arg, His) i aminogrupe susedne aminokiseline. Himotripsin se sintetie u pankrasu u inaktivnoj formi, himotripsinogena, koji podrazumeva polipeptidni lanac od 245 aminokiselina, i potpuno je katalitiki neaktivan. Aktivacija himotripsinogena je neto sloenija od aktivacije pepsinogena i tripsinogena. Himotripsinogen se aktivira u potpuno aktivni enzim -himotripsin, kad tripsin hidrolizuje peptidnu vezu izmedju arginina na 15-om i izoleucina na 16-om mestu u polipeptidu. Nastajanje -himotripsina, aktivne, stabilne forme himotripsina je vezano za isecanje dva dipeptida. Prvi je Ser-Arg(14-o i 15-o mesto), a drugi Thr-Asp (147-o i 148-o mesto) u polipeptidnom lancu -himotripsina. Zahvaljujui disulfidnim vezama (kovalentnim vezama izmedju atoma sumpora dva cisteina), kojih ima pet u molekulu, tri novonastala polipeptida ostaju medjusobno vezana. Ova aktivacija dovodi do promene konformacije himotripsinogena, pri cemu dolazi do formiranja aktivnog centra himotripsina, koji cine Hys, Ser, i Asp. Himotripsim hidrolizuje proteine na mestu peptidne veze u kojoj ucestvuju karboksilna grupa aromaticnih kiselina, pre svega fenilalanina i tirozina, i amino grupa susedne aminokiseline. Najveu aktivnost ispoljava u hidrolizi peptidne veze koju formiraju karboksilna grupa tirozina i amino grupe glicina. Neaktivni oblici enzima su proenzimi. Ukoliko bi se enzimi sintetisali u aktivnoj formi, dolo bi do hidrolize proteina u elijama koje ih sintetiu (eije pankreasa i mukozne elije eluca). Ba zbog toga se sintetiu proenzimi koji se aktiviraju posle ekskrecije. Pankreas je, na primer, viestruko zatien od delovanja tripsina i himotripsina koje sintetie. Prvo, oba enzime se sintetiu u neaktivnoj formi u acinarnim elijama egzokrinog pankreasa. Pored toga, oni se pakuju u specijalne granule, koje su obavijene membranom koja predstavlja barijeru izmedju sadrzaja elije i proenzima. Naime, oboljenje, akutni pankreatitis, se karakterie naruavanjem zatitnih mehanizama pakreasa, to dovodi do prerane aktivacije proteolitikih enzima tj njihove aktivacije jo u pankreasu, tako da dolazi do proteolize pakreasa. Izvor: Dinamika biohemija prof. dr Ljubia Topisirovi Osnove biljnog i ivotinjskog metabolizma U prirodi (ivoj i neivoj) stalno se deavaju promene. Promene u ivom svetu usmerene su ka njegovom odranju i napredovanju. Zelena jabuka je kisela. Za nekoliko nedelja jabuka sa istog stabla je slatka i crvena. Ako jabuke ne poberemo na vreme, postaju branjave (neukusne) i miriljave. Kuvanjem moemo da utvrdimo da su one i dalje slatke. Koje su se promene izdeavale u plodu jabuke? U zelenoj jabuci preovlauje samo jedan pigment-hlorofil, koji uzrokuje zelenu boju. Kiselost nam govori da se u njoj nalaze neke kiseline (taninska). Zrela jabuka je crvena zbog prisustva (anto)cijanskih pigmenata. Slatka je jer sadri eere. Otkuda eeri u jabuci? U prezreloj jabuci su se pojavila miriljave supstance (etri i estri). Nestale su kiseline, a eer kao da je zarobljen. Prouavanjem prostih osobina jedne jabuke naili smo na veliki broj pitanja. Sva ona nas navode da poenmo da otkrivamo kako zaista funkcionie svaki ivi organizam pa i jabuka. Za obavljanje ivotnih procesa potrebna je energija. ivo bie je visoko ureen sistem. Bez energije spontani procesi u njemu vodili bi neureenosti (drugi zakon termodinamike).
Fotosinteza Sva iva bia, posredno ili neposredno dobijaju energiju iz ovog procesa. Fotosinteza je proces koji se odvija u zelenim biljkama. U prisustvu suneve svetlosti, hlorofila i enzima iz neorganskih supstanci (voda, CO 2 ) sintetiu se monosaharidi. Zbirna reakcija fotosinteze je: nH 2 O + nCO 2 ------> C n (H 2 O) n + nO 2
Proces je, meutim, znatno sloeniji. U osnovi se deli na deo kome je potrebna suneva energija i na "mrani deo". Hlorofil upija veliki deo sunevog spektra, a dodatne talasne duine upijaju i karotenski pigmenti. Voda, usisana preko korena, se razbija, pod uticajem suneve energije, razbija na vodonik i kiseonik. Deo kiseonika se isputa u vazduh. Drugi deo se opet vee s vodonikom da bi se dobila energija potrebna za sintezu ATP (adenozin-trifosfata). ATP je univerzalna jedinica potencijalne energije u ivim organizmima. On snabdeva i odvodi energiju hemijskih reakcija. Tada poinje deo fotosinteze za koji nije vie potrebno svetlo ("mrani deo"). U njemu se vodonik i CO 2 veu za odgovarajue molekule (primaoci), a zatim se u nizu enzimskih reakcija stvaraju prosti eeri (monosaharidi). eeri su dalji nosioci energije. Putem fotosinteze ceo ivi svet usvaja sunevu energiju i koristi je za ivot. Ovim moemo objasniti zato je jabuka postala slatka.
Respiracija Prilikom fotosinteze stvaraju se eeri. Energija se iz eera oslobaa u procesu respiracije (inverzan fotosintezi), koji je jedinstven za itav ivi svet: C n (H 2 O) n + nO 2 -------> nCO 2 + nH 2 O Respiracija je, kao i fotosinteza sloen enzimski proces. Stvara se toplotna i hemijska energija (koja se dalje koristi za druge ivotne procese posredstvom ATP-a). U nekim delovima biljke (jezgro ploda) nema dovoljno kiseonika, pa se odvija bezkiseonina respiracija (alkoholno vrenje monosaharida). primer takvog oslobaanja energije je alkoholno vrenje glukoze: C 6 H 12 O 6 -----------> 2C 2 H 5 OH + 2CO 2
Proces se odvija uz uee oko dvadeset enzima. Alkohol koji se dobija vrenjem se sjedinjuje se kiselinama i tvori estre (esterifikacija), od kojih potie miriljavost jabuke. Etri su, takoe, derivati alkohola. Monosaharidi polimerizuju (polimerizacija glukoze), nC 6 (H 2 O) 6 ------> (C 6 H 10 O 5 ) n + (n-1)H 2 O pri emu nastaju polisaharidi. Jedan od njih je i celuloza, koja gradi elijske omotae starijih elija. Prezrela jabuka je branjava, jer tvri celulozni omotai onemoguavaju oslobaanje slatkog elijskog soka.Kuvanjem se taj sok oslobaa. Polazei od promena u plodu jedne jabuke uspeli smo da obajsnimo neke osnove najvanijih biljnih i ivotinjskih hemijskih procesa. Za biljni i ivotinjski metabolizam vani su jo mnogi drugi sloeni procesi u kojima krui energija. U njima se javlja mnotvo vanih jedinjenja. Sve to ini biljni i ivotinjski metabolizam veoma obimnom i vanom oblau hemije.
Literatura:
-"Tajne biljnog sveta", Frist W. Went Termodinamika metabolizma Bio sam potpuno zbunjen sluajui o termodinamici ivih organizama. Da budem iskren tako neto se i moglo oekivati od nekoga ko je mislio da je energetika biolokih sistema isto to i bioenergija. Termodinamika je ustvari itava jedna nauna oblast. Naravno da sam svim silama pokuavao da je izbegnem, ali sam veoma brzo shvatio, da je nemogue razumeti jedan fenomen kao to je ivot, bez razumevanja njegove termodinamike. Pa da ponemo. Prelistavajui literaturu o energijskim promenama u biolokim sistemima, zapazio sam par pojmova, koji su mi se uinili veoma vanim: energija toplota rad entalpija entropija slobodna energija energija toplota i rad Najbolje je da bez obzira na dosadanje iskustvo, pretpostavimo da nizata od gore navedenog nimo uli. Ali da se vratimo na iva bia i njihove oigledne karakteristike. Jedna od njih je manje-vie konstantna telesna temperatura, a druga neprestano kretanje, to samih organizama u odnosu na okolinu, to estica-molekula i jona unutar njihovih tela. A sada prizovimo u pomo iskustvo. Konstantna temperatura je posledica toplote koju naa tela stvaraju, a kretanje je mogue zahvaljujui radu koji naa tela ili nai molekuli vre. Znai toplota i rad su nam poznati po njihovim spoljanjim manifestacijama koje zahvaljujui iskustvu lako prepoznajemo, ali zna li neko da objasni sutinu ova dva pojma na molekulskom nivou? Stvar je vrlo jednostavna. Svi molekuli se neprestano kreu, ali posmatrajui mejusobni odnos putanja, uoiemo dva naina kretanja molekula: 1. haotino kretanje 2. organizovano kretanje Razlika je oigledna. Haotino kretanje molekula opaamo kao toplotu, a organizovano kretanje kao rad. Kao i svako drugo telo koje se kree, molekuli poseduju odreenu kinetiku energiju. U sluaju haotinog kretanja, molekuli tu energiju predaju prilikom sudara sa zidom posude u kojoj se nalaze ili u meusobnim sudarima. to je kinetika energija molekula vea, a ona je vea to su molekuli bri, poveava se i broj sudara-znai poveava se koliina toplote u sudu. Organizovano kretanje molekula sa druge strane ima jednu znaajnu razliku u odnosu na haotino. Energija kretanja je u ovom sluaju usmerena i moe se iskoristiti za obavljanje nekog rada. Kinetika energija etiri molekula sa prethodne slike jednaka je zbiru pojedinanih kinetikih energija, ali sada ovi molekuli mogu da izvre rad jer jer je kretanje usmereno. U sluaju sa slike molekuli bi mogli na primer da pokreu klip neke maine ukoliko bi ukupna kinetika energija njihovog kretanja bila dovolja da izvri potreban rad. Kod haotinog (termalnog kretanja) ovo je nemogue jer se energija "rasipa na sve strane". Ipak toplotu i rad ne bi trebalo shvatati kao dve nepovezane suprotnosti, naprotiv toplota se neprestano pretvara u rad i obrnuto, meutim vano je upamtiti da se toplota nikada ne moe potpuno pretvoriti u rad, dok se sa druge strane rad moe potpuno pretvoriti u toplotu. Prvi sluaj sreemo najoiglednije kod parne maine, a drugi kod tela koje sa velike visine pada na zemlju, a iji se rad nakon pada potpuno pretvara u zagrevanje samog tela i tla. Sada smo povezali energiju toplotu i rad. Ovo o emu smo priali je ustvari sutina Prvog principa termodinamike. Energija se ne moe niotkuda stvoriti ve samo moe prelaziti iz jednog oblika u drugi. entropija Ako ste posle spominjanja Prvog principa termodinamike oekivali i Drugi, niste se prevarili. Drugi princip termodinamike upravo preti da Vas ponovo zbuni!!! Ali krenuemo od oiglednih injenica. Na primer, pogledaemo nae radne sobe i zamisliemo jedan eksperiment u kojem je na zadatak da deset dana u svojim sobama ivimo kao i obino, ali da uopste ne ulaemo nikakav napor da stvari vraamo na odgovarajue mesto. Nakon deset dana u sobi e biti takav NERED da e ona verovatno biti potpuno neupotrebljiva. Rei ete da je to svima dobro poznato i da ne vidite nikakvu vezu sa termodinamikom, ali prevarili ste se. Upravo ovaj primer nam pokazuje da je NERED prirodno-spontano stanje stvari u prirodi i da u svim sistemima spontano raste neureenost. Ukoliko pak elimo da uvedemo neki red, moramo u to uloiti rad. Pa, zamislite samo koliko je rada potrebno da se ponovo sredi soba iz naeg prethodnog eksperimenta. U tome je sutina Drugog principa termodinamike. U prirodi se spontano deavaju samo oni procesi u kojima raste neureenost sistema. U termodinamici postoji i mera za neureenost i ona se zove ENTROPIJA. Pa dobro, kakve veze sad ta entropija ima sa ivotom na zemlji? ivi organizmi su jedan visoko ureen sistem, ili jezikom termodinamike- sistem u kojem treba entropiju odravati na niskom nivou. Ako sad paljivije pogledamo jedan ivi organizam, primetiemo da tu postoji odreeni raspored: organa, tkiva, elija, elijskih komponenata. Da bi ivot funkcionisao, nuno je da svaki inilac bude na svom mestu. Meutim prema Drugom principu termodinamike, ovakvu ureenost je potrebno odravati dovoenjem energije iz okoline. engalpija Odavno smo zakljuili, da se iza svih ivotnih procesa kriju molekuli i hemijske reakcije. Poto u svetu hemijskih reakcija postoje izvesna pravila, moemo slobodno da pretpostavima da ista pravila vae i za hemijske reakcije, koje se deavaju u okviru ivotnih procesa, pa i metabolizma. A pravila o hemijskim reakcijama kau da postoje hemijske reakcije koje su praene oslobaanjem toplote (setimo se reakcije izmeu jake kiseline i jake baze), i reakcije kojima je da bi se uopte desile potrebno dovesti toplotu. Znai jedna hemijska reakcija moe biti praena: 1. Oslobaanjem toplote u okolinu 2. Vezivanjem toplote iz okoline Setimo se, hemijske reakcije prema toplotnom efektu mogu biti: egzotermne endotermne Vrednost toplote koja se emituje ili apsorbuje iz okoline naziva se entalpija i pokazuje nam da li je reakcija mogua bez dovoenja energije sa strane. Negativna vrednost entalpije je karakteristina za spontane reakcije, a pozitivna za reakcije kojima je potrebno dovesti energiju da bi se odigrale. Najvei broj reakcija sinteze u kojime se u metabolizmu izgrauju elije ima pozitivnu vrednost entalpije, pa im je potrebno dovesti energiju iz okoline. zato se ustvari hranimo? Kao to malopre ve rekosmo, potrebna nam je energija. I to zbog nekoliko razloga: Da bi hemijske reakcije u kojima izgraujemo svoja tela, mogle da se dese Da bi se u naim telima odrao red neophodan za pravilno funkcionisanje metabolizma Obe ove potrebe, kao i potrebu za malim molekulima-gradivnim jedinicama, podmirujemo razgraujui velike molekule: eera, masti ili proteina koje unosimo hranom. Ovaj proces razgradnje se zove katabolizam i on obezbeuje dovoljno energije i malih molekula potrebnih za sintezu supstanci od kojih su izgraene elije ivih organizama. Tokom odvijanja katabolikih i anabolikih reakcija u toku metabolizma, dolazi do pretvaranja hemijske energije supstanci koje unosimo hranom u razliite oblike energije potrebne za odravanje ivota: Energiju potrebnu za odvijanje drugih metabolikih reakcija Prenos razliitih molekula na odreena mesta u organizmu Toplotu za odravanje telesne temperature Mehaniki rad miia Znai Prvi prindip termodinamike koji kae da se energija ne moe niotkuda stvoriti, ve samo moe prelaziti iz jednog oblika u drugi i ovde vai. Ako Vam dosad i nije bilo jasno zato moramo da jedemo, sada Vam je valjda jasno da je to zbog ... Prvog principa termodinamike;) Meutim nije hemijska energija jedina koja moe biti iskoriena za odravanje ivota, biljke u istu svrhu koriste svetlosnu energiju sunca da bi za sebe obezbedile dovoljno energije. Ova razlika sluzi i za jednu klasifikaciju ivog sveta prema nainu uzimanja hrane, pa na osnovu toga postoje: 1. hemotrofni organizmi - koji koriste hemijsku energiju supstanci kojima se hrane 2. fototrofni organizmi - koji koriste sunevu energiju za obezbeivanje energije u procesu koji se zove fotosinteza
Bioloki znaaj elemenata I grupe periodnog sistema elemenata Vodonik Najznaajnije vodonikovo jedninjenje je voda, koja je ujedno i najzastupljenije jedinjenje u prirodi. Njena uloga u organizmu je viestruka. Uestvuje u sastavu krvne plazme i na taj nain omoguava cirkulaciju krvi. Omoguava izbacivanje tetnih materija u vidu mokrae i znoja. Odrava temperaturu tela znojenjem, u vodi se odigravaju sve hemijske reakcije organizma itd. Litijum Njegov ukupan sadrzaj u naem telu je 0,004 po kg telesne mase. Nalazi se u krvi, tkivima i organima coveka. Posebnu ulogu litijum ima u sranom miiu gde se u fazi skraivanja miokarda u elijama miia nakupljaju joni litijuma. Koristi se u famaceutskoj industriji kao litijum karbonat Li 2 CO 3 u leenju bipolarnog poremeaja i depresije. Natrijum Natrijum je jedan od glavnih katjona u organizmu. Uestvuje u metabolizmu vode, regulie kiselo baznu ravnoteu kao pufer, uestvuje u kontakciji miia, omoguava prenoenje ugljen dioksida do plua gde se oslobaa. Natrijum se iz organizma gubi znojenjem i mokrenjem, pa se esto usled velikih napora oseti potreba za neim slanim, to ukazuje da postoji deficit natrijuma u ishrani. Dnevna potreba za natrijumom iznosi 2-6g. Nalazi se u veini namirnica. Kalijum Kalijum je najzastupljeniji unutarelijski katjon, uestvuje u odravanju kiselo bazne ravnotee kao pufer, deluje kao kofaktor i omoguava prenoenje fosfatne grupe ATP a na pirogroanu kiselinu, uestvuje u sprovoenju nervnog impulsa, dejstvu enzima, funkciji celijke membrane. Veliku ulogu ima u radu miokarda. Dnevna potreba za kalijum iznosi 2-4 g, a moze se nai u veini povra, voa, u mesu itd. Rubidijum Rubidijumov izotop Rb 87 koristi se pri leenju raka. Cezijum Cezijum ima stimulativan uticaj na hormone nadbubrezne zlezde i gonada. Francijum U medicini se upotrebljava pri dijagnostici ranih stadijuma malignih oboljenja.