INICIJACIJA TRANSLACIJE KOD PROKARIOTA

Startni kodon AUG (redje GUG). AUGMet

2 tRNK nose Met (sto katalizuje ista aminoacil-tRNK sintetaza). Prva tRNK je inicijatorska (prepoznaje start kodon),
druga nosi Met za kasniju ugradnju.
Kad se Met veze za inicijatorsku tRNK, njegova NH2 grupa se formiliei nastaje fMet-tRNK
Met
(enzim za ovo
specificno prepoznaje samo inicijatorsku tRNK).
[Uklanjanje formil grupe vrsi se (deformilazom) u toku elongacije ili posle zavrsetka translacije.Nekad se
(aminopeptidazom) ukljanja sam metionin. ]

U proces inicijacije ulaze 3 faktora inicijacije (IF): IF1, IF2, IF3 (neophodni za povezivanje male subjedinice ribozoma
za iRNK i za ulazak prve tRNK u ribozom).
IF3-vezuje se za 30S subjedinicu (da se ne bi vezala za 50S i postala 70S ribozom) i kontrolise sposobnost
vezivanja 30S za iRNK
IF1-pomaze vezivanje IF3 i ubrzava disocijaciju 70S ribozoma

Desetak nukleotida uzvodno od start kodona, na iRNK je ajn-Dalgarnov niz, koji je komplementaran sa 3 krajem
16S iRNK.

iRNK, IF2,GTP i fMet-tRNK
Met
formiraju kompleks koji se vezuje za 30S subjedinicu, i nastaje inicijacioni kompleks.
U ovom stadijumu ucestvuje i IF3. Kad se vezala mala subjedinica, doslo je do sparivanja baza izmedju iRNK i rRNK.
Sparivanje baza omogucuje ribozomu da odabere startni kodon (koji je u P mestu male subjedinice).
P mesto je nekompletno*, za njega moze da se veze samo inicijatorska tRNK. Sve ostale aminoacil-tRNK vezuju se
samo za kompletno A mesto ribozoma.
*P mesto ce biti kompletno tek pri vezivanju velike subjedinice

Od 30S subjedinice se odvaja IF3, a vezuje se 50S subjedinica *(gradeci 710S inicijacioni kompleks). Stvaranjem
70S kompleksa mesto P postaje kompletno i u njemu lezi fMet-tRNK
Met
, dok je A mesto slobodno da primi
aminoacil-tRNK, ciji je antikodon komplementaran kodonu u A mestu.
*Vezivanje 50S subjedinice stimulise IF2 da hidrolizuje (za sebe vezani) GTP na GDP i Pi. Oslobadjaju se inicijacioni
faktori.

INICIJACIJA TRANSLACIJE KOD EUKARIOTA
Inicijacija kod eukariota se u odnosu na inicijaciju kod prokariota razlikuje samo u detaljima.
Eukarioti imaju mnogo vise (preko 10) inicijacionih faktora,koji su pritom kompleksniji.
Startni kodon je samo AUG (prvi AUG kodon nizvodno od 5kape).
Iako postoje 2 vrste metionil-tRNK (za inicijaciju i elongaciju), njihov metionin nikad nije formilisan.
Eukariotska iRNK nema komplementrni niz nukleotida koji bi se spario sa 18SrRNK.
Mala subjedinica ribozoma se (uz pomoc eIF-4E) vezuje za 5kapu. Zatim se pomera duz ceonog niza* sve dok ne
naidje na start kodon. Prepoznavanje start kodona omoguceno je njegovim komplementarnim sparivanjem sa
antikodonom na Met-tRNK
Met
.
*Ceoni niz rastojanje izmedu 5 kape i startnog kodona (oko 100 nukleotida)
Velika subjedinica ribozoma se vezuje posle uklanjanja eIF2 i eIF3 (sto obavlja eIF5) i to u blizini start kodona.
Disocijaciju ribozoma stimulise eIF3.
Vezivanje eIF6 za 60S subjedinicu sprecava reasocijaciju subjedinica.


FAZA ELONGACIJE POLIPEPTIDNOG LANCA
Elongacija se vrsi dodavanjem rezidua aminokiselina na C-kraj rastuceg polipeptidnog lanca i sastoji se od 3
stadijuma:
-vezivanje aminoacil-tRNK za slobodno A mesto
-transpeptidacija
-translokacija

Vezivanje aminoacil-tRNK za A mesto odvija se uz pomoc elongacionog faktora EF-T (prokarioti) / EF-1 (eukarioti)
Faktor je vezan za ribozom samo dok se aminoacil-tRNK ne veze za A mesto (onda napusta ribozom i ide da se veze
za drugu aminoacil-tRNK).
Stvaranje peptidne veze izmedju COOH grupe rastuceg polipeptidnog lanca (vezanog za tRNK koja se nalazi u P
mestu) i NH2 grupe aminokiseline (vezane za tRNK u A mestu) katalizuje peptidil transferaza. Kad se stvori peptidna
veza, polipeptidni lanac postaje duzi za 1 aminokiselinu.
Reakcija se odvija bez utroska energije.
Peptidil transferazu cine nekoliko ribozomskih proteina (5S i deo 23 S rRNK).Uloga okolnih proteina velike
ribozomske subjedinice je da odrzi aktaliticki centar u aktivnoj konformaciji.
Slobodna (deacilovana) tRNK iz P mesta prelazi u E mesto, peptidil-tRNK iz A mesta se premesta u P mesto, a
ribozom se pomera za 3 nukleotida duz iRNK.
U translokaciji ucestvuje elongacioni factor (EF-G) koji se vezuje za ribozom zajedno sa GTP. Hidrolizom GTP se
obezbedjuje energija za translokaciju. EF-G se odvaja pre nego sto se veze sledeci aminoacil-tRNK-EF-Tu-GTP u A
mesto.

Ciklus elongacije se zavrsava oslobadjanjem tRNK koja se nalazi u E mestu.

Kod eukariota, funkcije EF-Tu i EF-Ts preuzimaju 2 posebne subjedinice elongacionog faktora eEF-1. Elongacioni
faktor eEF-2 ima ulogu u EF-G u prokariota.

Za ugradjivanje jedne aminokiseline u polipeptidni lanac utrose se 4 energijom bogate fosfodiestarske veze.


FAZA TERMINACIJE POLIPEPTIDNOG LANCA
Stop kodoni UAA, UAG, UGA.
Ne postoji tRNK koja bi prepoznala neki od stop kodona. Njih prepoznaju terminacioni faktori (proteini).* Deluju
iskljucivo u A mestu i zahtevaju prisustvo peptidil-tRNK u P mestu.

Kad se jedan od stop kodona nadje u A mestu, za njega se veze terminacioni faktor koji stimulise hidroliticku
aktivnost peptidil transferaze (hidrolizuje vezu izmedju tRNK i nascentnog polipeptidnog lanca).
Posto se polipeptidni lanac oslobodi, deacilovana tRNK se odvaja od ribozoma, kao i terminacioni faktor uz
hidrolizu GTP.
Neaktivni ribozom se odvaja od iRNK i priprema za novi cikllus sinteze polipeptidnog lanca.

*Kod prokariota, terminacioni faktori su RF1 i RF2. RF1 prepoznaje UAA i UAG, a RF2 prepoznaje UGA i UAA.








INHIBITORI SINTEZE PROTEINA
Sintezu proteina inhibiraju mnogi antibiotic, toksini i druge materije.
Antibiotici proizvodi bakterija ili gljivica; imaju sposobnost da inhibiraju rast drugih organizama. Inhibiraju mnoge
bitne bioloske procese (replikaciju DNK novobiocin, transkripciju rifamicin B, sintezu celijskog zida bakterija
penicillin). Najveci broj poznatih antibiotika blokiraju translaciju (jer je toliko slozen proces).
STREPTOMICIN pogresno ocitava iRNK i inhibira inicijaciju polipeptidnog lanca u prokariota
HLORAMFENIKOL inhibira peptidil transferazu prokariota
TETRACIKLIN inhibira vezivanjeaminoacil-tRNK prokariota
PUROMICIN izaziva prerano zavrsavanje lanca prokariota i eukariota
TOKSIN DIFTERIJE inaktivira eEF-2 u eukariota

Tetraciklin (i njegovi derivati) anitibiotici sirokog spektra. Vezuju se za malu subjedinicu prokariotskih ribozoma,
inhibirajuci vezivanje aminoacil-tRNK. Najcesci uzrok rezistencije bakterija je smanjena propustljivost celijske
membrane za tetraciklin
Puromicin inhibira translaciju prokariota i eukariota. slican je 3 kraju Tyr-tRNK takod a ga ribozom ugradjuje u A
mesto (izaziva prerano zavrsavanje polipeptidnog lanca i oslobadjanje peptidil-puromicina).
Streptomicin u niskim koncentracijama dovodi do pogresnog citanja iRNK prokariota (pirimidinsku bazu u 1. ili 2.
poziciji kodona ocitava kao neki drugi pirimidin / pirimidin u 1. poziciji kodona cita kao adenine). Zbog toga celija
prezivljava, a rast bakterije je inhibiran. U visokim koncentracijama sprecava inicijaciju polipeptidnog lanca i zbog
toga izaziva smrt celije.
Hloramfenikol antibiotik sirokog spektra. Inhibira aktivnost peptidil transferaze u velikoj subjedinici prokariotskih
ribozoma. Ima toksicne efekte (osetljivost ribozoma mitohondrija na hloramfenikol)
Toksin difterije Difteriju izaziva infekcija bakterijom Corynebacterium diphteriae, koja u sebi skriva bakteriofag
corynefag . Bakterija izlucuje protein (diftericni toksin),koga kodira fag, koji je odgovoran za letalni ishod bolesti.
Toksin difterije specificno inaktivira eukariotski elongacioni faktor eEF-2 i tako inhibira sintezu proteina eukariota.