Onderzoeksmethoden:

Neuroimaging II
Ilja Sligte

DOWNLOAD ALVAST:
opensesame (PC werkt altijd, MAC niet altijd)
osdoc.cogsci.nl/getting-opensesame/download/
1

Overview

GISTEREN: Korte beschrijving onderzoeksmethoden (H2)

GISTEREN: in-depth EEG (correlationele

onderzoeksmethode) + in-depth transcranile elektrische
hersenstimulatie (causale onderzoeksmethode)

VANDAAG: in-depth fMRI (correlationele

onderzoeksmethode) + in-depth transcranile
magnetische hersenstimulatie (causale
onderzoeksmethode)

EEG-TES horen bij elkaar, fMRI-TMS horen bij elkaar

2

Topics MRI/fMRI

Wat meet je met fMRI?

Welk neuraal circuit meet je met fMRI?

fMRI is heel nauwkeurig in de ruimte

fMRI is niet nauwkeurig in de tijd (maar dit is niet echt een

probleem)

Waar moet je op letten bij fMRI analyses?

Hoe kan je fMRI gebruiken?

MRI fysica: wat voor signaal meet je?

3

Functionele MRI (T2*)

functionele MRI: meet

fluctuaties in de hoeveelheid
zuurstof in het bloed.

Zuurstofarm bloed: magneet =

minder signaal

Zuurstofrijk bloed: nietmagnetisch = meer signaal

Meer neurale activiteit, meer

zuurstofrijk bloed, meer signaal
4

Deoxygenated Blood Signal Loss

Oxygenated blood?
No signal loss

Deoxygenated blood?
Signal loss!!!
Because, deoxy HB acts as little
magnet and causes more rapid
desynchronisation of spin-spin
alignment = less signal
measured
Images from Huettel, Song & McCarthy, 2004, Functional Magnetic Resonance Imaging

Envelope of the BOLD response

First oxygen is
consumed, which causes
T2* signal loss (initial
dip)
Then, flow of oxygen rich
blood happens, which
causes T2* signal
increase (positive BOLD
response).
BOLD =
blood oxygenation level dependent
6

Neurale activiteit leidt tot een

magnetische signaalverandering die altijd
dezelfde vorm heeft

Topics MRI/fMRI

Wat meet je met fMRI?

Welk neuraal circuit meet je met fMRI?

fMRI is heel nauwkeurig in de ruimte

fMRI is niet nauwkeurig in de tijd (maar dit is niet echt een

probleem)

Waar moet je op letten bij fMRI analyses?

Hoe kan je fMRI gebruiken?

MRI fysica: wat voor signaal meet je?

8

What does BOLD measure?

Source: Arthurs & Boniface, 2002, Trends in Neurosciences

9

Neural Networks

10

Simple Circuits Arent Simple

gray matter
(dendrites, cell bodies
& synapses)

Lower tier area

(e.g., thalamus)

white matter
(axons)

Middle tier area

(e.g., V1, primary visual
cortex)

Higher tier area

(e.g., V2, secondary
visual cortex)

Will BOLD activation from the blue

voxel reflect:
output of the black neuron (action
potentials)?
excitatory input (green synapses)?
inhibitory input (red synapses)?
inputs from the same layer (which
constitute ~80% of synapses)?
feedforward projections (from
lower-tier areas)?
feedback projections (from highertier areas)?

11

Ok right, but what does BOLD measure?

We need a combined intracortical recording/FMRI
experiment.
Logothetis et al. (2001 in Nature) did this and
presented a visual stimulus for 4, 12 or 24 s.
Compared local field potentials (LFP) and multiunit acitivity (MUA) with BOLD MRI.
Local Field Potentials (LFP)

reflect post-synaptic potentials (combined input)

similar to what EEG (ERPs) and MEG measure

Multi-Unit Activity (MUA)

reflects action potentials (output)

similar to what most electrophysiology measures.

RESULT: BOLD activity

is more closely related
to LFPs than MUA

12

Welk neuraal circuit?

Hetzelfde als EEG, maar dan veel nauwkeuriger in

de ruimte (local-field potentials; LFP)

Dat wil zeggen: input van groepen pyramidaal

cellen (richting van neuronen is alleen niet
belangrijk!)

Dit wordt wel met een vertraging van 5-6 seconden

gemeten ten opzichte van wanneer de LFP
daadwerkelijk optreedt.
13

Topics MRI/fMRI

Wat meet je met fMRI?

Welk neuraal circuit meet je met fMRI?

fMRI is heel nauwkeurig in de ruimte

fMRI is niet nauwkeurig in de tijd (maar dit is niet echt een

probleem)

Waar moet je op letten bij fMRI analyses?

Hoe kan je fMRI gebruiken?

MRI fysica: wat voor signaal meet je?

14

Ocular Dominance Columns

Columns on the order of ~0.5 mm have been observed with
fMRI

15

Submillimeter Resolution
Stria of Gennari
(Layer IV)

Spin Echo
Functional
(activation
localized to
Layer IV)

Gradient Echo
Functional
(superficial activation
includes vessels)

Spin Echo
Anatomical

vein

Gradient Echo
Anatomical

Goenze, Zappe & Logothetis, 2007, Magnetic Resonance Imaging

anaesthetized monkey; 4.7 T; contrast agent (MION)
~0.3 x 0.3 x 2 mm
16

Topics MRI/fMRI

Wat meet je met fMRI?

Welk neuraal circuit meet je met fMRI?

fMRI is heel nauwkeurig in de ruimte

fMRI is niet nauwkeurig in de tijd (maar dit is niet echt een

probleem)

Waar moet je op letten bij fMRI analyses?

Hoe kan je fMRI gebruiken?

MRI fysica: wat voor signaal meet je?

17

Het maakt niet uit of je fMRI op een

snelle manier meet

Huettel, Song & McCarthy, 2004, Functional Magnetic Resonance Imaging

18

Hu et al., 1997, MRM

19

Het is niet erg dat fMRI niet snel te meten is.

Het signaal telt lineair op.

red = 2 - 1
green = 3 - 2
Sync each trial response to
start of trial

Not completely
linear,
but good enough!
Source: Dale & Buckner, 1997

20

Topics MRI/fMRI

Wat meet je met fMRI?

Welk neuraal circuit meet je met fMRI?

fMRI is heel nauwkeurig in de ruimte

fMRI is niet nauwkeurig in de tijd (maar dit is niet echt een

probleem)

Waar moet je op letten bij fMRI analyses?

Hoe kan je fMRI gebruiken?

MRI fysica: wat voor signaal meet je?

21

Beware of the big magnet!

22

Sample Artifacts
Ghosts

Hardware Malfunctions

Metallic Objects (e.g., hair tie)

Spikes

23

Head Motion: Main Artifacts

24

Head Motion: Good, Bad,

25

 and catastrophically bad

26

The Fridge Rule

When it doubt, throw it out!

27

Head Restraint

Vacuum Pack
Head Vise
(more comfortable than it
sounds!)

Bite Bar
Thermoplastic mask
Often a whack of foam padding works as well as anything

28

Topics MRI/fMRI

Wat meet je met fMRI?

Welk neuraal circuit meet je met fMRI?

fMRI is heel nauwkeurig in de ruimte

fMRI is niet nauwkeurig in de tijd (maar dit is niet echt een

probleem)

Waar moet je op letten bij fMRI analyses?

Hoe kan je fMRI gebruiken?

MRI fysica: wat voor signaal meet je?

29

Stel: ik heb 2 condities (een huis in blauw

en een gezicht in grijs). Waar reageert deze
voxel (= 3D beeldpunt) dan sterker op?

30

Stel: ik heb 2 condities. Waar

reageert deze voxel dan sterker op?

31

Stel: ik heb 2 condities. Waar

reageert deze voxel dan sterker op?

32

fMRI signaal bestaat uit

Signaalverandering
conditie 1

fMRI signaal

Ruis

Signaalverandering
conditie 2

33

Het enige dat je moet doen met fMRI is per conditie

inschatten hoe groot de signaalveranderingen zijn
(least-squares fitting), de vorm is altijd hetzelfde

34

Dit doe je voor een heleboel beeldpunten

( 300.000) en dat visualiseer je weer

35

Disclaimer

GEEN signaalverandering betekent niet dat er GEEN

informatie aanwezig is in het fMRI-signaal!!!

Je kijkt naar signaalveranderingen per voxel, niet naar

patronen van signaalverandering

De laatste jaren kijken we naar patronen van

signaalverandering: pattern classification en multivoxel
pattern classification
36

Standaard fMRI

37

Repetition suppresion: als een hersengebied

gevoelig is voor een stimulus, zal het hersengebied
de tweede keer minder sterk reageren

38

Patronen zijn betekenisvol

39

Gezicht of een huis?

40

Gezicht of een huis?

41

Je kunt orintaties, kleuren, objecten en

zelfs hele beelden terugschatten uit
patronen in fMRI activatie!

42

Zelfs als er geen significante signaalverandering is in

een heel hersengebied, kan je uit de patronen nog
steeds inschatten welke informatie wordt verwerkt

43

44

Hoe kan je fMRI gebruiken?

Univariate: je kijkt per voxel of er verschillen in
zuurstof-verbruik zijn tussen condities (meeste
studies). Daarna middel je over groepen voxels en
kan je uitspraken doen over gemiddelde activatie in
een hersengebied.
Multivariate: je kijkt per conditie of (nabijgelegen)
voxels verschillen in zuurstof-verbruik; je kijkt dus naar
patronen (tussen voxels). Zelfs als een hersengebied
gemiddeld geen verschil in zuurstof-verbruik laat zien,
kan je toch verschillen in patronen waarnemen!
45

Topics MRI/fMRI

Wat meet je met fMRI?

Welk neuraal circuit meet je met fMRI?

fMRI is heel nauwkeurig in de ruimte

fMRI is niet nauwkeurig in de tijd (maar dit is niet echt een

probleem)

Waar moet je op letten bij fMRI analyses?

Hoe kan je fMRI gebruiken?

MRI fysica: wat voor signaal meet je?

46

Kijk deze video!

https://www.youtube.com/watch?
v=djAxjtN_7VE
Je moet T2 kunnen uitleggen (T1 is al in
het vorige tentamen voorgekomen)
Spin-synchronisatie veroorzaakt een
magnetische lading, dit kan je alleen
haaks op het B0 veld meten
47

Magnet

Spinning top (tol)

(Some atoms will do)

Radio

MRI PHYSICS
48

Some atoms produce a magnetic field

1. The hydrogen atom is charged
and moves around its axis

2. Moving charged particles

produce a magnetic field

3. The big arrow is

the magnetic field
of the H particle

Only odd-numbered atoms

(proton/neutron) are measurable.
1H, 13C, 19F, 23Na, 31P

49

...and align with other magnetic fields

In a non-magnetic environment
hydrogen atoms have a random
orientation

When hydrogen atoms are placed in

a large magnet they align with the
magnetic field.

50

H atoms can be in a high or low energy state

Per Tesla and atom per million

hydrogen atoms only 6 atoms
more are aligned with the field
than against the field.

Low energy
state

High energy
state

51

Proton, magnetism, precession

1. Because of the spin
the hydrogen atom is
shifted from the axis of
the B0 field.
2. This results in a
rotation around the axis
of the magnetic field (the
precession rate).
3. The frequency of the
precession depends on
the strength of the
magnetic field!
52

Magnet

Spinning top (tol)

Radio

SO THE MAGNET CAUSES ATOMS TO SPIN AROUND

THE MAGNETIC AXIS. BUT WHAT DOES THE RADIO DO?
53

Radio waves and magnetism

Protons jumps to higher energy state

If an electromagnetic radio
frequency (RF) pulse is applied
at the resonance (Larmor)
frequency, then the protons
can absorb that energy.
At the quantum level, 2 things
happen:
1. Magnetization changes
(longitudinal excitation),
2. The phase of spins will
become synchronized
(transversal excitations).

54

T1 or spin-lattice relaxation

http://www.youtube.com/watch?v=0YBUSOrH0lw

55

Radio waves and magnetism

Protons jumps to higher energy state

If an electromagnetic radio
frequency (RF) pulse is applied
at the resonance (Larmor)
frequency, then the protons
can absorb that energy.
At the quantum level, 2 things
happen:
1. Magnetization changes
(longitudinal excitation),
2. The phase of spins will
become synchronized
(transversal excitations).

56

When turning off the radio

Protons jumps back to low energy

and emit a radio wave.

If an electromagnetic radio
frequency (RF) pulse is applied
at the resonance (Larmor)
frequency, then the protons
can absorb that energy.
At the quantum level, 2 things
happen:
1. Magnetization changes
(longitudinal excitation),
2. The phase of spins will
become synchronized
(transversal excitations).

57

When turning off the radio

Protons jumps back to low energy

T1 or spin-lattice relaxation.
Groot molecuul (=vet), snelle
recovery
Klein molecuul (=water),
langzame recovery

and emit a radio wave.

58

T2 or spin-spin relaxation
If an electromagnetic radio
frequency (RF) pulse is applied
at the resonance (Larmor)
frequency, then the protons can
absorb that energy.
At the quantum level, 2 things
happen:
1. Magnetization changes
(longitudinal excitation),
2. The phase of spins will
become synchronized
(transversal excitations) and
desynchronize again.

http://www.youtube.com/watch?v=P0YuwCphcRU&feature=channel&list=UL

59

Magnet

Spinning top (tol)

Radio

1. THE MAGNET CAUSES ATOMS TO SPIN AROUND THE MAGNETIC AXIS WITH A SPECIFIC
FREQUENCY, THE SO-CALLED LARMOR FREQUENCY
2. WHEN THE RADIO EMITS RADIO SIGNALS EXACTLY AT THE RIGHT FREQUENCY, IT WILL
EXCITE THE ATOMS IN TWO WAYS: LONDITUDINAL (T1) & TRANSVERSAL (T2).
3. AFTER TURNING OFF THE RADIO, THE ORIENTATION OF THE ATOMS WILL REALIGN WITH THE
MAGNETIC FIELD AND SEND BACK A RADIO SIGNAL (T1) AND SPINS BETWEEN ATOMS WILL
60
DESYNCHRONIZE (T2) CAUSING SIGNAL LOSS OVER TIME

How functional MRI works (T2*)

In the real world, spins
desynchronize much faster
than T2 would predict.
This is because pure T2 decay is
a function of completely
random interactions between
spins.
In reality, there are many
imperfections in the
homogeneity of a magnetic
field.

61

Susceptibility Artifacts
T1-weighted image

T2*-weighted image

sinuses

ear
canals

-T2* artifacts occur near junctions between air and tissue

sinuses, ear canals

62

The Benefit of Susceptibility

Susceptibility variations can also be seen around blood vessels
where deoxyhemoglobin affects T2* in nearby tissue

Aha!

63

BOLD MRI

64

Deoxygenated Blood Signal Loss

Oxygenated blood?
No signal loss

Deoxygenated blood?
Signal loss!!!
Because, deoxy HB acts as little
magnet and causes more rapid
desynchronisation of spin-spin
alignment = less signal
measured
Images from Huettel, Song & McCarthy, 2004, Functional Magnetic Resonance Imaging

65

Kijk deze video!

https://www.youtube.com/watch?
v=djAxjtN_7VE
Je moet T2 kunnen uitleggen (T1 is al in
het vorige tentamen voorgekomen)
Spin-synchronisatie veroorzaakt een
magnetische lading, dit kan je alleen
haaks op het B0 veld meten
66

Topics MRI/fMRI

Wat meet je met fMRI?

Welk neuraal circuit meet je met fMRI?

fMRI is heel nauwkeurig in de ruimte

fMRI is niet nauwkeurig in de tijd (maar dit is niet echt een

probleem)

Waar moet je op letten bij fMRI analyses?

Hoe kan je fMRI gebruiken?

MRI fysica: wat voor signaal meet je?

67

Overview

GISTEREN: Korte beschrijving onderzoeksmethoden (H2)

GISTEREN: in-depth EEG (correlationele

onderzoeksmethode) + in-depth transcranile elektrische
hersenstimulatie (causale onderzoeksmethode)

VANDAAG: in-depth fMRI (correlationele

onderzoeksmethode) + in-depth transcranile
magnetische hersenstimulatie (causale
onderzoeksmethode)

EEG-TES horen bij elkaar, fMRI-TMS horen bij elkaar

68

Causale methoden
Extracranile stimulatie
Magnetische stimulatie
door de schedel heen
Vrij nauwkeurig (1 cm)
Online Transcranile
magnetische stimulatie
(TMS) = tijdens taak

TMS en MRI zijn bondgenoten

Offline TMS = voor taak

69

Wat details TMS

Redelijk duur (50k)

Zwaar apparaat

Veroorzaakt neurale
activiteit (spikes) tijdens
TMS en dit kan
epileptische insulten
opwekken
70

What is TMS?
TMS is a technique with which you can disrupt neural activity at a local level and
influence activity in neural networks.

Motor Area

Occipital (Visual) Area

A TMS coil is placed above the cortical area you want to target
71

Neuraal gezien

Door snelle veranderingen in het magnetisch veld,

wordt elektrische stroom in het onderliggende
weefsel veroorzaakt (headbangen achter MRI
scanner = full brain TMS)

TMS veroorzaakt vaak actiepotentialen.

Maar benvloedt ook andere neurale processen.

72

Electrical current is generated and discharged.

This generates a magnetic pulse

changing at a rapid rate.
As a result, an electric field is
induced.
A current is induced in cortical tissue.
This current causes neurons to depolarize and fire
Prolonged stimulation results in a decrease of the firing rate.
73

74

Wagner et al., 2009

Neuraal gezien

Door snelle veranderingen in het magnetisch veld,

wordt elektrische stroom in het onderliggende
weefsel veroorzaakt (headbangen achter MRI
scanner = full brain TMS)

TMS veroorzaakt vaak actiepotentialen.

Maar benvloedt ook andere neurale processen.

75

Nauwkeurigheid, invloed
van frequentie, online/offline

De vorm van de spoel bepaalt hoe nauwkeurig

TMS is.

Hoe hoger de frequentie en hoe langer de duur,

hoe meer invloed op neural signaal.

Offline TMS (voor taak) kan tot verslechtering (lage

frequentie, continue theta-burst) of verbetering
(hoge frequentie, intermittent theta-burst) leiden

76

coils

The difference in induced fields between a circular coil

and a figure-of-8 coil over the same brain region.

Induced electrical field by the two different coils

77

78

Allen et al., 2007

rTMS
In an online experiment
(pulses during task) the
higher the frequency, the
higher the disruption.
In offline experiments this
is more complex
Slow rTMS decreases cortical
excitability
Fast rTMS increases cortical
excitability

Show relatively large

variability between subjects.

79

rTMS

80

TBS
Theta Burst stimulation based on the physiologic pattern of neuronal firing found in the
hippocampus.
Three-pulse burst at 50Hz given every 200 milliseconds (5 Hz).
Two paradigms: Continuous and intermittent stimulation

Huang et al., 2009

81

TBS
cTBS produces inhibition of MEP s, whereas iTBS facilitates MEP s for a several
minutes after stimulation

Huang et al., 2005

82

Nauwkeurigheid, invloed
van frequentie, online/offline

De vorm van de spoel bepaalt hoe nauwkeurig

TMS is.

Hoe hoger de frequentie en hoe langer de duur,

hoe meer invloed op neural signaal.

Offline TMS (voor taak) kan tot verslechtering (lage

frequentie, continue theta-burst) of verbetering
(hoge frequentie, intermittent theta-burst) leiden

83

Advies

TMS is erg nauwkeurig

Gebruik neuronavigatie op basis van fMRI of MRI

84

Image guided TMS

Position sensor
Defines a coordinate space
Monitors changes in this
space
Trackers
Keep track of the TMS coil
and markers on the subject.
Computer
Obtains coordinates of
trackers from position sensor
Displays anatomical MRI of
subject.
Overlay TMS on MRI
85

86

87

88

Advies

TMS is erg nauwkeurig

Gebruik neuronavigatie op basis van fMRI of MRI

89

VRAGEN?

90