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2D NMR y procesamiento de la seal

Algunas diapos robadas de un curso de Joanna Long y otras
ms

Getting ready for 2D: a Simple Pulse

Sequence

90x

90 I
tIz
I z x I y I
( I y cos (I t) + I x sin (I t)) * e ( R2 *t )

Joanna R. Long October 18, 2004

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The next step

90x

What happens to the spins if the receiver is not turned

on?
Just the same thing (they dont care if you record their signal or not).

90 I
tIz
I z x I y I
( I y cos (I t) + I x sin (I t)) * e ( R2 *t )

A. S. Edison
University of Florida

Joanna R. Long October 18, 2004

Time to add another pulse

90x 90x
t

What happens here?

90 Ix
tIz
I z
I y I
( I y cos (I t) + I x sin (I t)) * e ( R2 *t )
90 Ix

( I z cos (I t) + I x sin (I t)) * e ( R2 *t )

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A. S. Edison
University of Florida

Joanna R. Long October 18, 2004

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Lets look in more detail

Here is the real part (cosine) of a signal following a 90
degree x-axis pulse. Thus, this is the signal along the yaxis. Below is an expansion of the first 10 points.

A. S. Edison
University of Florida

Joanna R. Long October 18, 2004

What will happen with a second 90x pulse at these different

points?
Remember that these points started from a 90x pulse, so they start out along the y
axis.

The first 90x pulse is filled black. The second is unfilled and placed at different points.
The second pulse is trying to rotate the magnetization to the z axis. It does that for
the first point, but the second point is already pointing along the +y axis, so it will be
rotated up toward the +z axis. However, it is not as long as the first point. The 3rd point
is almost zero, but will still be rotated up.
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A. S. Edison
University of Florida

Joanna R. Long October 18, 2004

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Next Step: Add a 3rd 90x pulse some fixed time after the 2nd
pulse

90x 90x

90x

Right now, nothing happens along the

z-axis except relaxation.

90 I
tIz
I z x I y I
( I y cos (I t) + I x sin (I t)) * e ( R2 *t )
90 I
x ( I z cos (I t) + I x sin (I t)) * e ( R2 *t )

( I z cos (I t) + I x sin (I t)) * e ( R2 *t ) * e ( R1* )

90 I
x ( I y cos (I t) + I x sin (I t)) * e ( R2 *t ) * e ( R1* )

NOTE: There is a mistake

in this analysis. The Ix term
will process under the
chemical shift operator
during the time . This will
lead to problems. I have
ignored it here but it can
be fixed with phase-cycles.

A. S. Edison
University of Florida

Joanna R. Long October 18, 2004

Indulge me for a minute for a thought experiment

The ring above contains the only 2 protons in a NMR

sample. The red environment on the left causes H1 to
have a frequency of 128 Hz, and the blue environment
causes H2 to have a frequency of 30 Hz.

A. S. Edison
University of Florida

Joanna R. Long October 18, 2004

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Indulge me for a minute for a thought experiment

After the ring flips, the red environment on the left

now causes H2 to have a frequency of 128 Hz, and
the blue environment causes H1 to have a frequency
of 30 Hz. This is called chemical exchange.

A. S. Edison
University of Florida

Joanna R. Long October 18, 2004

Indulge me for a minute for a thought experiment

For now, the rule is that the ring flips 1 time during
a time and only when the magnetization is pointing
along the z-axis. Lets see what happens to H1 during
our 3 pulse experiment.

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A. S. Edison
University of Florida

Joanna R. Long October 18, 2004

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Chemical exchange thought experiment

90x

90x

90x

H1 stays:

90x

90x

90x

H2 stays:

A. S. Edison
University of Florida

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Joanna R. Long October 18, 2004

Chemical exchange thought experiment

90x

90x

90x

H1 to H2:

90x

90x

90x

t
H2 to H1:

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A. S. Edison
University of Florida

Joanna R. Long October 18, 2004

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t1

t2

2D Exchange NMR
FT of t2

FT in t1 will give 2D frequency spectrum

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A. S. Edison
University of Florida

Joanna R. Long October 18, 2004

2D Exchange NMR

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15 l NNdimethylacetamide in 700 l d-chloroform at 29 C

15

Joanna R. Long October 18, 2004

2D NMR
t1
increment=1/2*SW1

t2
DW=1/2*SW2

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Joanna R. Long October 18, 2004

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Y la idea en gral. es la misma para 2D y

para 3D, 4D, 5D

HOMONUCLEAR

HETERONUCLEAR

Procesamiento de la seal y FT
}

dato crudo de RMN=FID

} Dominio del tiempo! ( otras espectroscopas)
} No es interpretable directamente (!)
} Paso al dominio de frecuencia (seales-energa) FT
} FID digitalizada, FFT

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Definicin de FT
}

La frmula es muy simple

f ( ) =

f (t)cos(t)dt

Los cos(t) son ortogonales

! contribucin nica

Se puede entender como una bsqueda contnua de

frecuancias que estn presentes en f(t)

Forma de la seal
}

Deteccin en cuadratura, seal compleja

Como la FID decae por relajacin

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Forma de la seal
}

A partir de seal compleja, FT da espectro complejo

FT de sinusoidal amortiguada

FT de sinusoidal amortiguada
}

Funciones correspondientes a FT, real e imaginaria

Absorcin y dispersin
}
}

Intensidad y ancho de las dos funciones depende de R2

Conviene la Absorcin!
FT

S0e(it )e(RT )

S0 R
S ( )
+i 2 0
2
R + ( )
R + ( ) 2
2

ancho=R/

ancho=3.7R/

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Faseado de seales
El hardware no distingue la fase relativa de
los pulsos y de la adquisicin
} La seal resultante de la FT va a ser una
mezcla de Abs y disp
}

Faseado de seales
}

Correccin de fase: multiplicar por fase

correctiva para anular la fase inicial

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Faseado de seales
}

Correccin de primer orden

}
}

Efecto del primer punto/eff

Correccin lineal con la frecuencia
y

La fase absoluta es ARBITRARIA

}

La correccin de fase equivale a fijar un sistema de

referencia para la FT
y

y
x

R
y

x
I
x

Puedo decidir cul eje est en dispersin y cul en

absorcin J
}

pero no puedo poner dos seales en absorcin si estn

intrinsecamente defasadas 90

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Digitalizacin, teorema de Nyquist, DW, SW

}
}

Lmite por muestreo digital: SW = 1/(2DW)

Seales de mayor frecuencia se pliegan en el espectro

DW, SW, AQ y resolucin

}

FT da vuelta todo
}
}

Resolucin en FID (DW) extensin en tiempo

Extensin en FID (AQ=DW*NP) resolucin en tiempo

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Manipulacin de la FID
}

Conribucin del ruido

}
}

Constante todo el tiempo

pesa ms a medida que la seal decae

Manipulacin de la FID
}

Truncacin
}
}

FT de escaln=sinc
Seal con sinc tails

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Zero filling
}
}
}

FFT, puntos = puntos FID

Baja digitalizacin pero la info est ahi!
Solucin, agregar ceros
}
}

llenado de 2^n (para FFT)

"dibuja" mejor el espectro

Premultiplicacin
}
}
}

info en la primara parte de la seal

llegada suave a cero (evitar sinc)
Diferentes funciones, diferentes efectos

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filtrado de ruido, LB (EM)

}

W=e-t*LB
}
}

Baja ruido pero baja seal! (aumenta el "T2

efectivo)
Si LB=LW, filtro "adaptado (ptima S/N)

Mejora resolucin, Gaussian (GM)

}

Exponencial
creciente Mucho
ruido!
Combinada con
Gauss (W=e-at^2)!
campana
LB<0 (reduccin
ancho de linea), a
!posicin del
mximo respecto de
fid
Si LB=T2,
lorenz2gauss
(gausiana)

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Campana sinusoidal
}
}

Un solo parmetro (fase)

Cae a cero

Alternativas a FT
Muestreo incompleto (trunco) y/o no lineal,
sobre todo en dimensiones indirectas
(limitacin de tiempo vs. resolucin)
} Evolucin en tiempo constante, T2,efvo=
}

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Prediccin lineal
Modelado de la FID a partir de los puntos
existentes
} Reconstruccin del espectro a partir de los
coeff
} necesita buena S/N
} FT de la fid modelada
} Especialmente til en evolucin tiempo
constante
}

Prediccin lineal

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Mxima entropa
}
}

Correspondencia espectro <-> FID no biunivoca

(ruido!)
De todos los espectros posibles tomar el que
da la mxima entropa (informacin)
}
}

}
}
}

Si tiene menor entropa, se asume informacin que

no hay
Si tiene mayor no se est usando la informacin
existente

Permite procesar seales de muestreo nouniforme (aumento resolucin!!)

Puede dar artefactos dificiles de verificar
No necesita premultiplicacin -> no
"desperdicia" informacin

Mxima entropia

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Evolucin tiempo constante

Obtener evolucin de
sin variar el tiempo total
de evolucin
} Me permite esperar algo
que pase durante este
tiempo fijo
}

}
}

Transferir magnetizacin
Eliminar un acoplamiento

Evolucin tiempo constante

}

Obtener evolucin de sin variar el tiempo total de

2T
evolucin
T-t1/2

T+t1/2

Si hay otro spin acoplado, puedo al mismo tiempo hacer

evolucionar el acoplamiento
2T
T-t1/2

T+t1/2

15N
13C

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CT vs. RT
}

En CT, el
tiempo total de
edicin es fijo
limita la
resolucin del
espectro

Para RT tengo
que esperar
pierdo
magnetizacin

Discriminacin del signo de

}

Si tengo solamente una seal real:

FT da pares de seales a

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Discriminacin del signo de

}

Que pasa si la seal empieza en el otro eje:

FT da pares de seales a de signo OPUESTO

Discriminacin del signo suma

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Cmo logro esto en deteccin indirecta?

}

Cambio de fase en los pulsos que ponen la magnetizacin

en el plano para la evolucin de ( cual?)

TPPI
}

Corre la referencia al borde del espectro todo +

Introduccin de una fase proporcional al tiempo

La seal resultante es

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TPPI
El DW necesario es 1=1/(2SW1) (Nyquist)
} El incremento de fase se da en cada punto la fase de
cada espectro va a ser n1
} Necesito que el espectro se corra en SW1/2 (additional)
}

Tengo que incrementar la fase del pulso de en /2 en cada incremento

States-TPPI
}

Eliminacin de picos axiales

}
}

Deteccin en cuadratura States

}

Seal a =0 relajacin
Se generan despus del pulso de cuadratura
No afecta las seales axiales (no ests)

Incremento en de las fases del pulso de cuadratura y

del detector en cada t1
}
}

Seales moduladas quedan igual

Seales axiales, tienen un incremento de se corren al
borde del espectro

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Echo - anti echo

}

Seleccin de coherencias por gradientes seal

compleja (no componentes separados!)

Signo de los gradientes:

}
}

Echo (N)

Anti-Echo (P)

Suma y resta dan los componentes cos y sin como States

Los interesados leanlo en el Keeler

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