Reparacijski mehanizmi

1. Direktna reparacija
- fotoreaktivacija
- uklanjanje metilne skupine
2. Jednolanani lomovi
- popravak uklanjanjem baza
- popravak uklanjanjem nukleotida
- mismatch repair
3. Dvolanani lomovi
- non-homologous end joining
- microhomology-mediated end joining
- homologna rekombinacija
Fotoreaktivacija
Fotoreaktivacija je popravak koji se aktivira kada se formiraju timinski dimeri (dva timina se
poveu i formiraju ciklobutanski prsten). Enzim koji popravlja ovo oteenje naziva se CPD
fotoliaza (ciklobutan pirimidinski dimer). Fotoliaza ima dva kofaktora:
1. FADH
2. MTHF
Kofaktori prime svjetlost i prelaze u vie energetsko stanje na nain da prime elektron, taj
elektron predaju ciklobutanskom prstenu, on se odvoji, timin se upari sa adeninom.
Uklanjanje metilne skupine
Guanin se pod uticajem odreenih mutagena metilira i prelazi u O6-metilguanin, guanin se inae
uparuje sa citozinom, a O6-metilguanin sa timinom, zato je veoma bitno ukloniti ovo oteenje
kako ne bi dolo do pogrenog uparivanja.
Glavni enzim je O6-metilguanin-DNK-metiltransferaza, on uklanja metilnu skupinu sa guanina i
prebacuje je na sebe, na jedan od svojih cisteina. Svaka metiltransferaza koja sebe metilira prelazi
u inaktivnu formu.
Eksciziona reparacija
Reparacija isjecanjem baza
Kada se desi spontana deaminacija citozina ili adenina, takvu bazu prepozanaje enzim
glikozilaza, on kida glikozidnu vezu, uklanja tu bazu i na tom mjestu ostavlja AP mjesto (Apurinsko ili A-pirimidinsko mjesto), drugi enzim je AP endonukleaza, on uklanja to mjesto, tu
ostaje praznina, njega popunjava polimeraza i zalijepi ligaza.

Eksciziona reparacija
Reparacija isjecanjem nukleotida
Popravak se tie oteenja isto timinskih dimera, i prokarioti i eukarioti koriste ovaj popravak.
UvrA i UvrB su proteini koji formiraju zajedno kompleks, idu niz molekulu DNK i detektuju
oteenja, kada detektuju timinski dimer, zaustavljaju se, UvrA disocira, a UvrB savija molekulu
DNK, to predstavlja signal drugim faktorima da se veu za DNK.
Sljedei protein koji se vee je UvrC koji ima endonukleaznu aktivnost, on raskida
fosfodiesterske veze, isjeca taj fragment i to 8 nukleotida ispred lezije i 4-5 nukleotida poslije
lezije, odlazi i onda dolazi UvrD koji ima helikaznu funkciju i on odvaja taj fragment i ostaje
praznina koju popunjava polimeraza i lijepi ligaza.
Mismatch repair
Dolazi do nepravilnog sparivanja baza, protein MutS klizi niz molekulu DNA i detektuje
nepravilno sparene baze, kada detektuje, zaustavlja se na tom mjestu i njemu se pridruuju MutH
i MutR, taj itav kompleks klizi dalje niz molekulu DNA sve dok ne pronae metilirani GATC.
Taj kompleks mora da razgranii koji je lanac roditeljski, a koji je novosintetizirani. Kako e ih
razlikovati? Roditeljski lanac je uvijek metiliran, tek kad se dogodi sinteza novog lanca, tek
nakon odreenog vremena, novosintetizirani lanac se metilira. Znai taj kompleks trai GATC
koji je metiliran, ako je metiliran, to je signal kompleksu da je taj lanac roditeljski lanac, to znai
da je tu ispravna informacija, a da je do greke dolo u drugom lancu.
Kad prepozna taj CATG, ree suprotan lanac, vraa se ispred lezije, zaree, fragment se odvaja
pomou UvrD helikaze i polimeraza III popunjava tu prazninu i ligaza spaja.
SOS odgovor
Karakteristian je za prokariote. Sos odgovor se aktivira ukoliko se u bakterijskoj stanici nakupi
veliki broj mutacija, ondosno lezija koje nije mogue popraviti normalnim mehanizmima
reparacija.
Sos karakterie poveana mutageneza, poveano se unose mutacije u lanac DNK, jer je bakterija
svjesna da nee preivjeti, dodatnim mutacijma pokuava ispraviti ono to je oteeno, to
uglavnom rezultira smru bakterije, samo mali broj bakterija preivi Sos odgovor, i obino te
koje preive postanu rezistentne na mutagen koji je izazvao te mutacije.
Kada nema oteenja u bakterijskoj eliji geni za Sos odgovor su suprimirani. Postoji represorLexA koji onemoguava ekspresiju gena iz sos operona. Meutim, kada se dese mutacije, drugi
protein se eksprimira - RecA, on ima proteaznu funkciju, to znai da pocijepa LexA, kada nema
vie represora, dogaa se ekspresija gena Sos gena.
Sos geni: RecA, UmuC, UvrA. UmuC zajedno sa UmuD ima glavnu ulogu da omogui nastavak
replikacije iako postoji oteenje i zato stanica to i ne preivi.