‫יחידה ‪ – 3‬חלבונים א‬ ‫בס"ד‬

‫הכוח המניע את יצירת המבנה המקופל של החלבונים הוא‬ ‫)‪( 1‬‬

‫מבנה חלבונים‬
‫הכוח האנטרופי ששואף למעט מגע בין הסביבה ובין הקבוצות‬
‫ההידרופוביות בחלבון‪ .‬קבוצות הידרופוביות‪ ,‬היוצרות קשרי מימן‬ ‫התפקוד הייחודי של כל חלבון מעיד על כך שלכל חלבון מבנה מרחבי‬
‫עם הסביבה יגמרו לאי יציבות של החלבון‪ ,‬ולכן נעדיף שהן‬ ‫שונה‪ .‬בעזרת טכניקה של קריסטליזציה הנחה זו אכן אושרה‪ .‬הנחת היסוד‬
‫תמוקמנה בתוך החלבון‪.‬‬ ‫היא שהחלבונים במצב ביולוגי רגיל נמצאים בקונפורמציה היציבה ביותר‬
‫השאיפה היא ליצור מבנה שממקסם את מספר הקשרים‬ ‫)‪( 2‬‬ ‫)=האנרגיה החופשית שלהם היא הנמוכה ביותר(‪.‬‬
‫שנוצרים בתוך אטומי החלבון עצמו‪ ,‬ולא עם הסביבה‪.‬‬
‫המבנה הראשוני‬ ‫‪.1‬‬
‫המבנה הראשוני של החלבון הוא בעצם רצף חומצות האמינו‬
‫שמרכיבות אותו‪ ,‬בלי להתייחס בשלב זה למבנה מרחבי‪.‬‬ ‫ייצוב המבנה החלבוני‬
‫מה מחזיק את החלבונים במצב הטבעי שלהם )‪ ?(native‬עקרונית‪ ,‬במצב‬
‫המבנה השניוני‬ ‫‪.2‬‬
‫הלא מקופל החלבון הוא בעל אנרגיית קונפורמציה גבוהה ואנטרופיה‬
‫הקשר הפפטידי‬ ‫גבוהה‪ ,‬שנוצרת מהקשרים בין החלבון והמים‪ .‬אלו קשרים חזקים‪ ,‬ולא‬
‫ברור כיצד נוצר המבנה המקופל‪ .‬נתגלה‪ ,‬כי בפועל הכוחות שנותנים‬
‫כפי שהזכרנו לקשר הפפטידי יש אופי‬
‫לחלבון את המבנה הייחודי המקופל שלו הם דוקא הכוחות החלשים‬
‫חלקי של קשר כפול – כלומר‪ ,‬קיים‬
‫בתוך המולקולה החלבונית‪ :‬קשרי מימן‪ ,‬קשרים הידרופוביים )ואן דר‬
‫רזוננס מסויים שבו האלקטרונים נעים‬
‫ולס( וקשרים יוניים‪ .‬למרות שזה נראה הפוך מההגיון‪ ,‬החלבון שלו‬
‫בין ה ‪ O‬השלילי ובין ה ‪ N‬החיובי‪ .‬קשר‬
‫קונפורמציה בעלת אנרגיה חופשית הנמוכה ביותר‪ ,‬הוא זה שיש לו את‬
‫כזה הוא גם בעל דיפול‪ .‬התוצאה היא‬
‫מקסימום הקשרים החלשים )כי הם הקשרים שמייצבים אותו במבנה‬
‫שארבעת האטומים‪ :‬הפחמן )לא פחמן ‪ – α‬השני(‪ ,‬החמצן‪ ,‬החנקן והמימן –‬
‫המסויים שלו(‪.‬‬
‫כולם נמצאים על מישור פלנרי אחד ‪,‬כאשר החמצן והחנקן בעלי המטען‬
‫המנוגד נמצאים במצב טרנס זה לזה‪ .‬הסיבוב אפשרי אם כן רק סביב‬ ‫נמצא שהסיבה האמיתית להעדפת המצב הטבעי קשורה ביחס בין‬
‫הפחמן הכירלי‪ ,‬פחמן ‪ – α‬או בצד שמחובר אל החנקן או בצד שמחובר‬ ‫המולקולה החלבונית והתמיסה‪ .‬נסביר זאת בעזרת מים‪ :‬מוכנסות למים‬
‫אל הפחמן הבא‪.‬‬ ‫מולקולות הידרופוביות – נוצרת שכבה נפרדת כי המולקולות מתאגדות‪ ,‬יש‬
‫ירידה בכמות המים שבאה במגע עם החומר ההידרופובי‪ ,‬והמים חוזרים‬
‫ישנו גרף שמציג את כל השילובים האפשריים בין שתי הזוויות הללו‬
‫למצבם הטבעי המבולגן – אי הסדר עולה = עלייה רצויה באנטרופיה‪.‬‬
‫שנקרא עקומת רמשנדרן‪ .‬חשוב בעיקר לדעת שכאשר שתי הזויות ‪) 0‬או‬
‫‪ (180‬המישורים למעשה מקבילים וזה מצב שלא יכול להתקים בטבע‬ ‫מבנה החלבון מציית לעקרון לפיו למרות שהקשרים בתוך המולקולה הם‬
‫משום שאז אטום החמצן ואטום המימן חופפים‪.‬‬ ‫חלשים מן הקשרים בין המולקולה והמים‪ ,‬הרי ש"החבאה" של הקבוצות‬
‫ההידרופוביות בתוך החלבון‪ ,‬הרחק מן המים‪ ,‬היא מצב מועדף משיקולי‬
‫המבנה השניוני מתייחס למבנה המרחבי של רצף כמה חומצות אמינו‬
‫אנטרופיה – כפי שהוסבר בפיסקה הקודמת‪ .‬אם נרצה לנסח זאת באופן‬
‫סמוכות )בד"כ ‪ .(8-15‬ישנם כמה מבנים שניוניים שניתן למצוא בחלבונים‬
‫כללי‪:‬‬
‫אורגנים‪ ,‬ועליהם נדון‪.‬‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪1‬‬

 ‫יחידה ‪ – 3‬חלבונים א‬ ‫בס"ד‬

‫)גליצין או אלאנין( תהיינה ממוקמות באיזור החיבור‪ ,‬כדי להקטין הפרעה‬ ‫מבנה ‪ α‬הליקס‬
‫‪δ‬‬ ‫סטרית‪.‬‬ ‫מבנה זה מייצג קרוב לרבע מן השיירים האמיניים בפוליפפטידים‪ .‬המבנה‬
‫תופעה נוספת הקשורה במבנה זה הם "סיבוב ‪ ,"β‬כלומר‪ ,‬מצב שבו‬ ‫הוא מעין סליל של חומצות אמינו מלופפות סביב ציר מרכזי‪ ,‬כאשר כל ‪3.6‬‬
‫שרשרת ‪ β‬מבצעת סבוב ב‪ 180 -‬מעלות ומחליפה כוון‪ .‬כך נוצרות בד"כ‬ ‫חומצות יש "סבוב" סביב הציר‪ .‬שיירי ה ‪ R‬של החומצות מופנים כלפי חוץ‪.‬‬
‫האנטי‪-‬מקבילות שתארנו קודם‪ .‬מהלך הסבוב מתבצע בעזרת ‪ 4‬חומצות‬ ‫בטבע בדרך כלל כוון הסיבוב הוא בורג יד ימין‪ .‬יציבותו של המבנה נובעת‬
‫אמינו‪ ,‬בד"כ בעלות שייר קטן כדי לאפשר את הסיבוב‪ .‬ישנם עוד כמה‬ ‫מקשרי מימן יציבים בין המימן המחובר לחנקן של החומצה הראשונה ובין‬
‫סוגים של "סבובים" ושינויי כוון )‪.(β strand‬‬ ‫החמצן המחובר לפחמן שבחומצה הרביעית הבאה אחריה‪.‬‬
‫חשוב עוד לציין כי כל חומצות האמינו המרכיבות את ההליקס צריכות‬
‫מבנה שלישוני ורביעוני‬ ‫‪.3‬‬
‫להיות ‪ D‬או ‪ ;L‬תערובת של סטריאואיזומרים שונים לא מתאפשרת בטבע‪.‬‬
‫המבנה השלישוני מתייחס לצורתו המרחבית של‬ ‫הליקס‪:‬‬ ‫מספר הערות נוספות לגבי מבנה ה ‪α‬‬
‫הפוליטפפטיד הבסיסי שמרכיב את החלבון השלם –‬ ‫במטען זהה עוקבים או קרובים זה‬ ‫כאשר שיירי ‪ R‬טעונים‬ ‫)‪( 1‬‬
‫כלומר‪ ,‬המבנה השלישוני מתייחס למבנה החלבון הכולל‬ ‫לזה החומצות לא תצורה מבנה של ‪ α‬הליקס בגלל שהדחייה בין‬
‫שנוצר מהמבנים השניוניים )הסלילים והיריעות וכו'(‪.‬‬ ‫השיירים חזקה מקשרי המימן‬
‫מבנה רביעוני מתייחס למצב שבו חלבון מורכב יותר‬
‫קביעה )‪ (1‬נכונה גם כאשר לחומצות שייר גדול במיוחד‬ ‫)‪( 2‬‬
‫עשוי מכמה פוליפפטידים שגם הם ביחד יוצרים מבנה‬
‫שיכול ליצור מן הפרעה סטרית בשילובו ברצף‬
‫מרחבי ייחודי‪.‬‬
‫פרולין בקושי נמצאת בשרשאות ‪ α‬משום שהשייר שלה‬ ‫)‪( 3‬‬
‫כולל טבעת וכן אטום המימן הקשור לחנקן שלה לא מעוניין ליצור‬
‫קשרי מימן‪ .‬הגליצין גם היא נדירה ביותר בשרשראות ‪ α‬משום‬
‫שהיא יוצרת שרשאות מסולסלות ולא יציבות‬
‫באופן עקרוני‪ ,‬ב ‪ α‬הליקס הקצה האמיני טעון שלילית‬ ‫)‪( 4‬‬
‫והקרבוקסילי – חיובית‪ .‬במידה וקבוצות חיוביות תמצאנה בצד‬
‫האמיני )ולהפך( זה יגרור חוסר יציבות‬
‫המבנה השלישוני של החלבונים מתחלק בדרך כלל לשני סוגים‪:‬‬ ‫קונפורמציית ‪ β‬ו ‪sheetsβ -‬‬
‫פיברוטי )סיבי(‬ ‫)‪( 1‬‬ ‫קונפורמציית ‪ β‬היא מבנה מרחבי שבו החומצות מסודרות זו אחר זו במבנה‬
‫בדרך כלל מכילים סוג אחד של מבנה‬ ‫של זיג זג‪ .‬זהו מבנה יותר פרוש ומוארך בהשוואה לסליל‪ .‬כאשר כמה‬
‫שניוני‪ .‬נועדו לספק תמיכה‪ ,‬הגנה‬ ‫שרשראות ‪ β‬מקבילות זו לזו – אנו מקבלים את ה ‪ , β sheet‬שניתן לתארו‬
‫וצורה‪ ,‬ולכן נמצאים הרבה ברקמות‬ ‫כמו נייר מלא כפלים‪ .‬כוון ההקבלה יכול להיות מקביל או אנטי‪-‬מקביל‪,‬‬
‫שזה תפקידן )רקמה חיבורית למשל(‪.‬‬ ‫כאשר בכל מקרה המבנה מיוצב ע"י קשרי מימן‪ ,‬כמו בסליל ‪ .α‬כאשר‬
‫כל החלבונים מסוג זה אינם מסיסים‬ ‫כמה ‪ β sheet‬מחוברות זו לזו‪ ,‬חומצות אמיניות בעלות שייר יותר קטן‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪2‬‬

 ‫יחידה ‪ – 3‬חלבונים א‬ ‫בס"ד‬

‫אמיניות‪ .‬מבנים אלו נקראים ‪) α chains‬לא ה ‪ α‬הליקסים‬ ‫במים‪ ,‬ותכונה זו מתבססת על ריכוז גבוה של חומצות הידרופוביות‪ ,‬בצידו‬
‫שאנו רגילים(‪ 3 .‬שרשראות ‪ α‬כאלו נכרכות ביחד בכוון ימין‬ ‫החיצוני והפנימי של החלבון‪.‬‬
‫)שוב – הפוך מהקרטין(‪ ,‬ליצירת המבנה השלישוני‬ ‫גלובולרי )פקעתי(‬ ‫)‪( 2‬‬
‫)שלעתים מכונה טרופוקולגן(‪.‬‬
‫בדרך כלל מכילים כמה סוגים של מבנים שניוניים‪ .‬רוב רובם של האנזימים‬
‫הקולגן מורכב מ ‪ 35%‬גליצין‪ 11% ,‬אלנין ו ‪ 21%‬פרולין‬ ‫והחלבונים בעלי התפקוד הרגולטורי בגוף בנויים גלובולרית‪.‬‬
‫והידרוקסיפרולין‪ .‬המבנה הבסיסי של השרשראות הוא‬
‫גליצין – ‪ – X‬פרולין ‪ /‬הידרוקסיפרולין‪ ,‬כאשר ‪ X‬יכולה להיות כל חומצה‬
‫אמינית אחרת‪ .‬בדרך כלל הגליצין נמצאת ב"סבוב" בגלל השייר המאוד‬ ‫‪ α‬קרטין‪ ,‬קולגן וסיבי משי הם דוגמאות לחלבונים סיביים‪ .‬הם נותנים‬
‫קטן שלה‪ .‬הרצף הזה יוצר חוזק בלתי רגיל לסיב הקולגן בגלל המבנה‬ ‫גמישות וחוזק למבנה‪.‬‬
‫המולקולרי הצפוף והחזק‪ .‬השרשראות מחוברות זו לזו בקשרים קוולנטים‬ ‫‪ α‬קרטין מיועד בעיקר לספק תמיכה וחוזק‪ .‬אצל יונקים הוא מהווה מרכיב‬
‫שכוללים שיירים של חומצות כמו ליזין והידרוקסיליזין או היסטידין‪ .‬אצל‬ ‫מרכזי או בלעדי בשיער‪ ,‬צמר‪ ,‬פרסות‪ ,‬קרניים וחלק משמעותי מהעור‬
‫אנשים מבוגרים הרקמה החיבורית נחלשת ונעשית פריכה‪ ,‬בין השאר‪,‬‬ ‫החיצוני‪ .‬הוא משתייך למשפחה יותר נרחבת של חלבונים – ‪intermediate‬‬
‫בגלל שבירה הקשרים הקוולנטים בין סיבי הקולגן‪.‬‬ ‫‪ – filaments‬שמשמשים פעמים רבות בציטוסקלטון של התא‪.‬‬
‫אצל יונקים ובני אדם אנו יודעים על למעלה מ‪ 30 -‬סוגים שונים של‬
‫וריאנטים של סיבי הקולגן‪ ,‬ומחלות רבות – חלקן קטלניות – קשורות‬ ‫המבנה הרביעוני‪ ,‬למעשה‪ ,‬של ה ‪ α‬קרטין הוא בעצם רצף של ‪ α‬הליקסים‬
‫בקידוד לא נכון של הרצף )כאשר הגליצין מקבל שייר לא נכון במקום‬ ‫)כוון סבוב – ימין ]מבנה שלישוני[( ששזורים זה בזה כאשר כל זוג‬
‫המימן(‪.‬‬ ‫הליקסים יוצר מין "חבל" חזק יותר‪ .‬השיירים ההידרופוביים חבויים בפנים‬
‫ה"חבל"‪ ,‬כאשר שני ההליקסים שזורים זה בזה בכוון יד שמאל דווקא‪.‬‬
‫דנטורציה ורנטורציה של חלבונים‬ ‫‪.4‬‬ ‫באופן לא מפתיע ח"א העיקריות המרכיבות את ה ‪ α‬קרטין הן‪ :‬אלנין‪ ,‬ולין‪,‬‬
‫אילאוצין‪ ,‬מתיונין ופנילאלנין‪ .‬כאשר ה"חבלים" הללו שלובים זה בזה‬
‫דנטורציה של חלבונים והקשר למבנה שלישוני‬ ‫ויוצרים חבל עבה יותר – אנו מקבלים מבנה רביעוני מורכב אפילו יותר‬
‫כפי שראינו המצב הנטורלי )=הטבעי( של החלבון הוא לא בהכרח היציב‬ ‫)שיער למשל(‪.‬‬
‫ביותר‪ .‬שינוי קל בסביבה של החלבונים ותתרחש דנטורציה – איבוד‬ ‫סלסול וחמצון שיער – שרשראות ה ‪ α‬מחוברות ביניהן בסיב הגדול יותר‬
‫המבנה המרחבי הטבעי‪ .‬לא בהכרח תתרחש דנטורציה מלאה עד כדי‬ ‫בקשרים דיסולפידיים‪ .‬דבר זה אפשר לנצל כדי לסלסל את השיער‪:‬‬
‫אובדן המבנה לחלוטין; לרוב יווצר מצב ביניים שלא ברור לנו כל צרכו‪.‬‬ ‫בשלב הראשון מגלגלים את השיער סביב משטח עגול בצורה הרצויה‪.‬‬
‫דנטורציה גורמת‪ ,‬כפי שכבר ראינו‪ ,‬לשינוי משמעותי ביכולת תפקודו של‬ ‫לאחר מכן‪ ,‬שוברים את הקשרים הדיסולפידיים עם חומר מחזר )=גורם‬
‫החלבון‪ .‬הגורמים לדנטורציה עשויים להיות‪:‬‬ ‫ליצירת שרשראות שבהן ציסטין במקום הציסטאין(‪ .‬לבסוף‪ ,‬מחמצנים את‬
‫חום – ברור שהחום משפיע על קשרי המימן‪ ,‬אבל לא‬ ‫‪.1‬‬ ‫השיער בצורה החדשה ואז חוזרים ונוצרים הקשרים הדיסולפידיים – אבל‬
‫בדיוק ברור איך‪ .‬אם מחממים חלבון בהדרגה השינויים הם‬ ‫במקומות אחרים‪ ,‬וזהו הסלסול‪.‬‬
‫מזעריים‪ ,‬ואז באופן פתאומי בטווח מאוד קטן של טמפ' – מתרחשת‬ ‫קולגן נמצא בעיקר ברקמות חיבוריות‪ :‬גידים‪ ,‬סחוס‪ ,‬עצם ועוד‪ .‬לקולגן‬
‫דנטורציה‪.‬‬ ‫מבנה שניוני מיוחד‪ :‬כוון הסבוב הוא שמאלי‪ ,‬והסבוב הוא כל ‪ 3‬חומצות‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪3‬‬

 ‫יחידה ‪ – 3‬חלבונים א‬ ‫בס"ד‬

‫מבחינה תרמודינמית התהליך מתואר ב"משפך אנרגיה חופשית"‪ .‬בתיאור‬ ‫– שינוי מטען הח"א גורם לדנטורציה )הרחבנו ביחידה‬ ‫‪Ph‬‬ ‫‪.2‬‬
‫יש הצטמצמות מתמדת של החומצות בעלות אנרגיה חופשית גבוהה‪ ,‬כך‬ ‫‪(2‬‬
‫שבסוף החלבון מקבל את המבנה בעל הארגיה החופשית הנמוכה ביותר‪,‬‬ ‫סביבה – חומרים כמו אלכוהול‪ ,‬אוריאה ודטרגנטים גורמים‬ ‫‪.3‬‬
‫תוך שדרוג של אופציות הביניים‪.‬‬ ‫דנטורציה ע"י הפרעה לקשרים ההידרופוביים‬
‫ההוכחה לכך שהמבנה השלישוני של החלבון תלוי ברצף חומצות האמינו‬
‫שלו קשורה בניסוי שנעשה בהקשר של דנטורציה של חלבונים‪ ,‬וספציפית‬
‫על ריבונוקלאז‪ .‬בריבונוקלאז ישנן ‪ 8‬ציסטין‪ ,‬ולכן ‪ 4‬קשרים דיסולפידיים‪.‬‬
‫בניסוי שעשה אנפינסן הוא פרק את הקשרים הדיסולפידיים בעזרת חומר‬
‫חיזור )מרקפטואתנול(‪ ,‬והוסיף אוריאה כדי להשפיע על קשרי המימן‪.‬‬
‫החלבון איבד את הקשרים הדיסולפידיים‪ ,‬וקבל מבנה שלישוני חדש‪.‬‬
‫בשלב הבא נעשתה דיאליזה שגרמה להסתלקות האוריאה‪ ,‬והחלבון הושם‬
‫בסביבה מחמצנת – התוצאה‪ :‬רהנטורציה של מבנה החלבון‪ .‬החלבון חזר‬
‫למבנה זהה לחלוטין עם תפקוד מלא!‬
‫במידה והסדר הפוך‪ :‬קודם כל נחמצן ורק אז נפטר מן האוריאה‪ ,‬שוב יווצרו‬
‫קשרים דיסולפידיים – אבל על בסיס קירבה יחסית רנדומלית‪ ,‬ולכן יווצר‬
‫מבנה שלישוני שגוי!‬

‫תהליך הרנטורציה‬
‫תהליך הרהנטורציה של החלבון במבחנה לוקח המון זמן‪ .‬לעומת זאת‪ ,‬בתא‬
‫התהליך מאוד מהיר‪ ,‬ודבר זה תמוה משום שאם התהליך הוא תהליך ניסוי‪-‬‬
‫טעיה מקרי זה אמור לקחת שנים‪ .‬התשובה היא שמהירותו הגבוהה של‬
‫התהליך היא תודות לריבוי אנזימים‪ ,‬וגם משום שבתא יש מנגנונים רבים‬
‫שנועדו לוודא שהתא מתקפל בצורה הנכונה‪.‬‬
‫אחד המודלים המוצעים להסבר תהליך סינתזת החלבונים הוא המודל‬
‫ההיררכי‪ .‬על פי מודל זה נוצרים קודם כל מבנים שניוניים ראשוניים‪ ,‬ואז‬
‫אינטרקציות יותר ארוכות טווח גורמות למבנה על שניוני ]משיכה בין שני‬
‫הליקסים וכדו'[‪ .‬על פי מודל אחר‪ ,‬יצירת החלבון היא פשוט קריסה‬
‫ספונטנית של החלבון למצבו הקומפקטי‪ .‬שלב הביניים לפי הסידור הסופי‬
‫של חומצות האמינו נקרא ‪ .molten globule‬כנראה שבמציאות כל חלבון‬
‫נוצר בשילוב שני המודלים ביחד‪.‬‬

‫© נדב וילנר‬ ‫‪4‬‬