3/1/2017

Glucose Metabolism

Pratt and Cornely, Chapter 13

Glycolysis Expectations
• Memorize/learn Figure 13.2
• Know overall reaction and stages
• Explain chemical logic of each step
• Enzyme mechanisms presented in book

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Glycolysis
• Ten enzymes that take 
glucose to pyruvate
• Cytosol
• ATP and NADH

Reactions and Enzymes of Glycolysis
ATP ATP
Pi + NAD+

2x
ADP ADP

ADP ADP NADH

2x 2x 2x

ATP ATP

• Hexose and triose 
phases
• Energy input and 
payoff phases

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Energy Input

Energy Payoff

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Know...
• Substrates 
• Co‐substrates 
• Products 
• Enzyme names

1.  Hexokinase 
• Previous concepts:  Induced fit, kinase
• Utilizes 1 ATP
• Chemical logic?

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Problem 3
• (Notice miswording) The Go’ value for 
hexokinase is ‐16.7 kJ/mol, but it is twice as 
spontaneous under cellular conditions.
– What is the ratio of G‐6‐P to glucose under cellular 
conditions when the ratio of ATP:ADP is 10:1?
– How high would the ratio of G‐6‐P to glucose have 
to be to reverse the hexokinase reaction by mass 
action?

2.  Phosphoglucose Isomerase
• Previous concepts:  Isomerization
• CONCEPT:  Near‐equilibrium
• Chemical logic:
• Stereochemistry—reverse does not produce mannose!

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3.  PFK‐1
• Previous concepts:  Allosteric inhibition
• Utilizes 1 ATP
• Pathway logic:
• First committed step of glycolysis
– Why?
– regulation

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Regulation: Bacteria vs. Human

4.  Aldolase
• Previous concepts:  Standard free energy is 
+23kJ, but it is a near equilibrium reaction
• Pathway logic:
• Beginning of triose stage

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Aldolase
Mechanism

5.  Triose Phosphate Isomerase
• Previous concepts:  Catalytic perfection
• Pathway logic:
• Most similar to which previous reaction?

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6.  Glyceraldehyde‐3‐P DH
• Previous concepts:  Redox and dehydrogenase
• Pathway logic: Utilizes negative free energy of 
_____________ to drive nonspontaneous 
formation of ___________________

GAPDH Mechanism
Be able to draw mechanism with full NAD+ structure

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7.  Phosphoglycerate Kinase  
• Previous concepts:  High energy bond
• Produces 2 ATP: substrate level phosphorylation
• Pathway logic?
• Coupled to reaction 6 by Le Chatelier

Coupled Reactions
• GAPDH = 6.7 kJ/mol
• PG Kinase = ‐18.8 kJ/mol
• Overall: 

A set of near‐equilibrium reactions at cellular concentration 

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8.  Phosphoglycerate Mutase
• Previous concepts:  Covalent catalysis
• Pathway logic:
• Mutase—isomerization with P transfer

Mechanism
• Not a simple transfer
• What happens if the bisphosphate escapes?

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9.  Enolase
• Concept:  Phosphoryl group transfer potential
• Chemical logic?

10.  Pyruvate Kinase
• Production of 2 ATP
• VERY high energy bond allows formation of 
_________ while still being irreversible
• Regulation: F‐1,6‐BP can act as a feed‐forward 
activator to ensure fast glycolysis

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Overall Energetics
• Standard Free 
energies are up and 
down
• Free energies under 
cellular conditions 
are downhill or near 
zero
– Three irreversible

Fate of Pyruvate
Amino acid
and nitrogen
metabolism

Gluconeogenesis
Aerobic 
Energy

Anaerobic in Anaerobic in
higher organisms microorganisms

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The Problem of Anaerobic Metabolism
• With oxygen, the NADH produced in glycolysis 
is re‐oxidized back to NAD+
• NAD+/NADH is a co‐substrate which means…
• If there is no oxygen, glycolysis will stop 
because…
• The solution to the problem is to…

The solution in Yeast
• Pyruvate is decarboxylated to 
acetaldehyde
• Acetaldehyde transformed to 
ethanol 
– What type of reaction?
– What cofactor?
• NAD+ is regenerated to be 
reused in GAPDH

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The Solution in Us
• Lactate formation: Draw a mechanism

• Balanced equation

We don’t operate anaerobically...
• Most energy still 
trapped in lactate
• Back to pyruvate, 
then acetyl‐CoA
• Citric acid cycle

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Other sugars enter glycolysis

High fructose diet 
puts sugars through 
glycolysis while 
avoiding major 
regulation step

Glucose Metabolism 
Overview

• Keep the main 
pathway 
purposes distinct
• But learn details 
of chemistry and 
regulation based 
on similarities

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Glucose Metabolism 
Energy Production
Overview ATP
Pentose
Phosphate
Pathway

Pyruvate Ribose,
NADPH
Glycogen Synthesis
• Gluconeogenesis DHAP
Glycogen

• Glycogen  OH

O
metabolism HO
HO

• Pentose 
OH

OH (P)
Glycerol
Phosphate  (Triacylglycerides)

Pathway DHAP Glycogen

Lactate Glycogen Degradation

Pyruvate
Amino Acids

Gluconeogenesis

Precursors for Gluconeogenesis
OH
OH

• Names of  OH
O

compounds? OH
OPO3

• Type of reaction?
• Type of enzyme?
O
O
O
O
NH2

• Cofactor(s)? O

O
O
O
O
OH
O

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Chemistry of Gluconeogenesis

• Pyruvate transformed to glucose
• But energetically costly—no perpetual motion 
machine!
• Points of regulation

Glycolysis • Gluconeogenesis
• Step 1: costs 1 ATP • Step 10: no ATP 
• Step 3: costs 1 ATP back
• Step 7: makes 2 ATP • Step 8: no ATP back
• Step 10: makes 2  • Step 3: costs 2 ATP
ATP • Step 1a/b: costs 4 
ATP equivalents

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Step 1a

• Pyruvate Carboxylase
– Biotin
– Costs ATP to make driving force for next reaction
• TIMES TWO!
– First step in biosynthesis of glucose and many other 
molecules
• Related to which amino acid?

Mechanism
• Mixed anhydride 
activates carboxyl 
group
• Coupled through 
biotin coenzyme
• Enolate attacks 
activated 
carboxylate

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Step 1b
• PEP carboxykinase
– ATP cost to restore PEP
• TIMES TWO!
– CO2 loss drives rxn

Step 8
• Fructose‐1,6‐bisphosphatase
• No additional energy input
• Phosphate ester hydrolysis is spontaneous

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Step 10
• Glucose 6‐phosphatase
– Liver (and others)
– Not in muscle

Problem 34
• A liver biopsy of a four‐year old boy indicated 
that the F‐1,6‐Bpase enzyme activity was 20% 
normal. The patient’s blood glucose levels 
were normal at the beginning of a fast, but 
then decreased suddenly. Pyruvate and 
alanine concentrations were also elevated, as 
was the glyceraldehyde/DHAP ratio. Explain 
the reason for these symptoms. 

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Key Regulation
• At the committed step in glucogenic cells
• Principle of Reciprocal Regulation
• Local regulation vs Hormone regulation

Key Regulation
• Local regulation
– AMP/ATP (energy charge)
– Citrate (feedback)
• Hormone regulation
– Fructose‐2,6‐bisphosphate
• Gluconeogenesis is inhibited
• Glycolysis is stimulated

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Problem 39
• Brazilin, a compound found in aqueous 
extracts of sappan wood, has been used to 
treat diabetics in Korea. It increases the 
activity of the enzyme that products F‐2,6‐BP 
and stimulates the activity of pyruvate kinase. 
What is the effect of adding brazilin to liver 
cells in culture? Why would brazilin be an 
effective treatment for diabetes?

Glucose Metabolism 
Energy Production
Overview ATP
Pentose
Phosphate
Pathway

Pyruvate Ribose,
NADPH
Glycogen Synthesis
• Gluconeogenesis DHAP
Glycogen

• Glycogen  OH

O
metabolism HO
HO

• Pentose 
OH

OH (P)
Glycerol
Phosphate  (Triacylglycerides)

Pathway DHAP Glycogen

Lactate Glycogen Degradation

Pyruvate
Amino Acids

Gluconeogenesis

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Glycogen
• Storage molecule
• Primer necessary
• Very large!
• Multiple ends allow 
for quick synthesis 
and degradation

Chemistry of Synthesis
• Step 1

• Near equilibrium
• The link to glucose‐6‐phophate, our central 
molecule

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Chemistry of Synthesis
• Step 2
• Count high energy 
bonds
• Pyrophosphatase
– Common motiff
• UDP‐glucose: 
activated for 
incorporation

Chemistry of Synthesis
• Step 3
• Glycogen 
synthase
• Growing end is 
non‐reducing
• UDP released

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Branching

Energetics of Synthesis
• Total cost: one ATP equivalent from G‐6‐P

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Four Degradation Enzymes
• Two enzyme debranching process
• Glycogen phosphorylase
• phophoglucomutase

Chemistry of Degradation
• Glycogen 
phosphorylase
• Key Regulation site
• Inorganic phosphate 
as a nucleophile
• Remake G‐1‐P with 
no ATP cost

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Debranching
• Transfer branch
• (16)glycosidase

Overall Energetics
OH

O
HO
Glucose-6-P HO
OH
2 Pi
O P-P-Uridine UDP
UTP
OH

OH
O
HO OH O
HO
HO HO
OH

O O HO O
P OH O
O O
Pi

OH O

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Key Regulatory Enzymes
OH

Glucose-6-P
HO
HO Glycogen Synthase
OH
2 Pi
O P-P-Uridine UDP
UTP
OH

OH
O
HO OH O
HO
HO HO
OH

O O HO O
P OH O
O O
Pi

Glycogen Phosphorylase OH O

Glycogen Storage Diseases

Many disrupt glycogen breakdown in muscle and/or liver
(hypoglycemia, enlarged liver, muscle cramps...)

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Glucose Metabolism 
Energy Production
Overview ATP
Pentose
Phosphate
Pathway

Pyruvate Ribose,
NADPH
Glycogen Synthesis
• Gluconeogenesis DHAP
Glycogen

• Glycogen  OH

O
metabolism HO
HO

• Pentose 
OH

OH (P)
Glycerol
Phosphate  (Triacylglycerides)

Pathway DHAP Glycogen

Lactate Glycogen Degradation

Pyruvate
Amino Acids

Gluconeogenesis

Pentose Phosphate Pathway
• Dual Purpose
– Synthesis of “reducing potential”
– Synthesis of 5‐carbon sugars
• At cost of one carbon worth of carbohydrate
• Net reaction:

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Physiological Purposes

Glutathione: 
Protection from Oxidation
• Glutathione is the redox 
buffer of the cell
• Regenerated by NADPH
• PPP especially 
important in RBC 
because it is only means 
to generate reducing 
power (no 
mitochondria)

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Complex, 2‐Stage Process
• Oxidative Stage
– Generates 
reducing power 
and ribose
• Non‐oxidative 
stage
– Regenerates 3‐ and 
6‐carbon sugars 
from 5 carbon 
sugars

Oxidative Stage Step 1:
• G‐6‐P DH
• Lactone formation

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Oxidative Stage Step 2:
• Also a spontaneous hydrolysis
• Practice mechanism, carbohydrate orientation

Oxidative Stage Step 3:
• Oxidative decarboxylation
– Which is first, oxidation or decarboxylation?
• We will see this process again

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Biosynthesis of Ribose

Non‐oxidative Stage
• To understand purpose, realize that we 
generally need to make much more NADPH 
than ribose
• Problem:  stuck with C5, but need C6 and C3
• Solution: “Shunt” C5 back to C6 through 
near‐equilibrium reactions

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PPP Reactions
• Epimerase
• Isomerase
• Transketolase
• Transaldolase

Epimerase

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Transketolase
• Use cofactor (B1) to overcome chemical problem

Mechanism

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Transketalase, Transaldolase
• Transketalase
– Transfer of an acyl anion
– Requires TPP to stabilize 
unstable anion
• Transaldolase
– Transfer of somewhat 
stable enolate ion
– Schiff base helps
• Be able to recognize 
need for TK vs. TA

Transketalase or transaldolase?

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Different Modes for Different Purposes

Problem 58
• A given metabolite may follow more than one 
metabolic pathway. List all possible fates of 
glucose‐6‐P in (a) a liver cell and (b) a muscle 
cell.

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Summary
of glucose
metabolism

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