PEMODELAN MOLEKUL DAN HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR-

AKTIVITAS SITOTOKSIK TURUNAN BENZOILUREA SEBAGAI ANTITUMOR

NUZUL WAHYUNING DIYAH1*, SISWANDONO2, SUKO HARDJONO3, BAMBANG TRI

PURWANTO4
1,2,3,4
Fakultas Farmasi Universitas Airlangga, Jl. Dharmawangsa Dalam Surabaya
* e-mail : nuzul_wd@yahoo.com

ABSTRACT
Molecular modeling and QSAR of ring-substituted Benzoylurea derivatives was done to find compound(s) which
would be promoted as antitumor agent(s). Molecular modeling which had been performed using Molegro
Virtual Docker 5.5, explored interaction between Benzoylureas and Ribonucleotide Reductase (pdb. 3HNC) and
determined total interaction energy of ligand-protein complex as Rerank Score (RS). QSAR analysis used Log
P, cMR, and RS as predictor against LC50 cytotoxicity which was determined using Brain Shrimp Lethality Test
(BST). The result showed that each of seven Benzoylureas bound to 3HNC with the same pattern as hydroxyurea
where amino acid involved in ligand-protein interaction via hydrogen bonding is Asn 270, and docking scores
(RS) of all compounds are higher than hydroxyurea. The BST showed that their cytotoxic activities were higher
than hydroxyurea. QSAR analysis indicated linear relationship between RS value and LC50 cytotoxic activity
(pLC50= -0.018RS –0.797; n= 8, r= 0.767, p= 0.027, F= 8.546, s= 0.236), and between CMR and cytotoxic
activity (pLC50= 0.231CMR –0.770; n= 8, r= 0.925, p= 0.001, F= 35.562, s= 0.1396). It was concluded that
Benzoylurea derivatives had potency as antitumor agent, the activity test in silico could described the cytotoxic
activity in vitro, and physicochemical properties that supported the activity were molar volume CMR and
interaction energy (RS).

Key words : Ring-Substituted Benzoylurea; Molecular Modeling; QSAR; LC50 BST.

PENDAHULUAN Terdapat hubungan kuat antara aktivitas RR dan

Kanker adalah salah satu penyakit penyebab
utama kematian di negara berkembang dan juga di
seluruh dunia. Di Indonesia, kanker menjadi
penyumbang kematian ketiga terbesar
setelah penyakit jantung (DepKes RI, 2006).
Hingga kini masih terus dilakukan usaha untuk
menemukan obat antikanker baru karena obat-obat
yang sudah lama digunakan lambat laun menjadi
kurang efektif dan banyak tumor yang masih
kurang sensitif terhadap obat antikanker (Finch et
al., 2000). Kemoterapi kanker telah memasuki era
baru molecularly targeted therapy, yaitu terapi
dengan mekanisme hambatan pada molekul target
spesifik yang sangat diperlukan dalam
karsinogenesis dan pertumbuhan sel kanker
(Zhukov and Tjulandin, 2008).
Ribonukleotida reduktase (RR) adalah enzim
yang bertanggung jawab pada konversi de novo
ribonukleosida difosfat menjadi
deoksiribonukleotida difosfat yang esensial untuk
replikasi DNA (Saiko et al., 2011). Meskipun
aktivitas reduktasenya tinggi pada sel normal,
aktivitas RR meningkat lebih tinggi dalam sel
tumor. Aktivitas RR juga berhubungan dengan
derajat transformasi keganasan (Finch et al., 2000)
laju replikasi sel kanker sehingga RR dapat
dipertimbangkan sebagai target yang sangat baik
untuk kemoterapi kanker (Saban and Bujak, 2009).
RR dalam sel mamalia mengandung dua komponen
protein, yaitu R1 dan R2 yang dikode oleh dua gen
pada kromosom yang berbeda. Protein R1 dan R2
berinteraksi pada C-terminal untuk membentuk
holoenzim aktif. Sejumlah senyawa baru telah
dikenal sebagai inhibitor RR seperti:
hidroksiguanidin, tiosemikarbazida, dan turunan
asam benzohidroksamat, tetapi hidroksiurea (HU)
adalah penghambat RR pertama dan satu-satunya
yang digunakan di klinik untuk pengobatan
beberapa penyakit kanker. Ada dua kelompok
inhibitor RR : kelompok pertama meliputi analog
nukleosida yang mengikat subunit R1, kelompok
kedua adalah inhibitor RR yang mengikat zat besi
non-heme dengan afinitas tinggi; HU termasuk
kelompok yang kedua (Giles, 2007). HU terbatas
efektivitasnya karena afinitasnya terhadap RR
relatif rendah. Oleh karena itu perlu dikembangkan
inhibitor RR yang lebih efektif untuk
meningkatkan keberhasilan kemoterapi kanker.
Di samping HU, beberapa turunan urea telah
digunakan sebagai antikanker antara lain :

Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol. 2 No. 2, November 2013

karmustin dan lomustin yang merupakan senyawa
pengalkil, serta sorafenib yang termasuk kelompok
kemoterapi molekul target (Jin et al., 2011).
Pengembangan turunan urea sangatlah menarik
untuk dilakukan karena potensial sebagai senyawa
antikanker. Siswandono (2003) melaporkan bahwa
turunan benzoilurea mempunyai aktivitas penekan
sistem saraf pusat pada mencit. Hardjono (2012)
telah mensintesis 9 turunan 1-(benzoiloksi)urea
yang mempunyai aktivitas sitotoksik in vitro
terhadap se HeLa lebih tinggi dibanding
hidroksiurea dan menyimpulkan bahwa ada
hubungan linier antara aktivitas sitotoksik in vitro
dengan hasil uji in silico terhadap reseptor
ribonukleotida reduktase yeast (pdb. 2EUD).
Adanya cincin benzena dalam struktur urea dapat
meningkatkan aktivitas sitotoksiknya.
Dalam rangka menelusuri potensi turunan
benzoilurea sebagai antikanker, dilakukan uji
aktivitas sitotoksik turunan benzoilurea secara in
vitro dengan uji kematian larva udang (Brain
Shrimp Lethality Test). Hasil uji sitotoksik in vitro
beserta sifat fisikokimia senyawa digunakan untuk
studi hubungan kuantitatif struktur-aktivitas
(HKSA) sitotoksik. Kemampuan molekul senyawa
untuk berinteraksi dengan ribonukleotida reduktase
manusia dipelajari melalui pemodelan molekul
menggunakan struktur kristal enzim ribonukleotida
reduktase yang membentuk kompleks dengan ligan
TTP (pdb. 3HNC). Permasalahannya adalah: (1)
apakah aktivitas sitotoksik turunan benzoilurea
lebih tinggi dibanding hidroksiurea berdasarkan uji
kematian larva udang, (2) apakah terdapat
hubungan antara aktivitas sitotoksik in vitro dengan
afinitasnya terhadap ribonukleotida reduktase
secara in silico, dan (3) sifat fisikokimia manakah
yang berperan pada aktivitas sitotoksik turunan
benzoilurea. Adapun tujuan penelitian ini adalah
mengetahui potensi antitumor turunan benzoilurea
dan menentukan hubungan antara aktivitas
sitotoksik dengan sifat fisikokimia dan afinitas
molekul terhadap enzim ribonukleotida reduktase.
Model HKSA akan dijadikan acuan untuk
merancang struktur turunan benzoilurea yang
mempunyai aktivitas antitumor lebih tinggi.
Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol. 2 No. 2, November 2013
METODE PENELITIAN
Bahan
Turunan benzoilurea adalah hasil sintesis
menurut prosedur yang telah dilaporkan oleh
Siswandono (2003), obat antikanker hidroksiurea
(HU) sebagai senyawa standar diperoleh dari
Sigma. Untuk uji kematian larva udang (nauplii),
senyawa dilarutkan dalam campuran
dimetilsulfoksida (DMSO) dan air laut dengan
teknik pengenceran untuk mendapatkan larutan
dengan konsentrasi antara 1–300 mg/mL.
Uji kematian larva udang (Brine shrimp lethality
test)
Brine shrimp lethality test (BST) digunakan
untuk mengetahui aktivitas sitotoksik senyawa (Mc
Laughlin and Rogers, 1999). 50 mg telur Artemia
salina Linn. diaerasi dalam bejana gelas 1 L yang
berisi air laut. Setelah 24 jam inkubasi pada suhu
kamar (29 °C), larva yang baru menetas (nauplii)
dan berenang bebas dipanen dan digunakan 10 ekor
untuk tiap senyawa uji. Dibuat larutan induk
senyawa uji dari 25 mg tiap senyawa yang
dilarutkan dalam 25 mL aseton. Sejumlah volume
tertentu larutan dipipet ke dalam tabung gelas 5 mL
yang telah ditera untuk memperoleh berbagai
konsentrasi (1, 25, 50, 100, 150, 200, 250, 300
mg/L) dalam 5 mL larutan akhir, dan kemudian
aseton diuapkan. Senyawa dalam tabung dilarutkan
kembali dengan 50,0 L DMSO dan diberi 10 ekor
nauplii, kemudian ditambahkan air laut untuk
memperoleh volume 5 mL.
Setelah 24 jam, nauplii yang masih hidup dalam
tiap tabung diamati menggunakan kaca pembesar
dan dihitung jumlahnya. Kematian nauplii
didefinisikan sebagai tidak adanya gerak maju
terkendali nauplii selama 30 detik pengamatan
(Apu et al., 2010). Sebagai kontrol positif
digunakan HU dan sebagai kontrol negatif
digunakan pelarut DMSO-air laut. Konsentrasi
larutan uji yang menyebabkan 50% kematian
nauplii setelah 24 jam terpapar larutan uji
dinyatakan sebagai LC50, yang dihitung dengan
analisis regresi probit pada interval kepercayaan 95
% menggunakan SPSS 11.5 for windows. Nilai
LC50 yang lebih besar dari 200 mg/L dianggap
sebagai tidak aktif, dan kemudian nilai LC50
dikonversi menjadi miliMolar .
Pemodelan Molekul
Software dan Program
ChemBioDraw Ultra 11.0 digunakan untuk
menggambar struktur 3 dimensi molekul senyawa
(ligan) dan menentukan sifat fisikokimianya (log P
dan CMR). Geometri molekul ligan dioptimasi
menggunakan metode MMFF94 untuk mencapai
tingkat energi minimal, kemudian struktur molekul
disimpan dalam format sybyl mol2. Molegro
Virtual Docker 5.5 digunakan untuk docking dan
pemodelan molekul. SPSS 11.5 for windows
digunakan untuk analisis regresi dan studi HKSA
setelah docking molekul. Struktur dan sifat
fisikokimia turunan benzoilurea disajikan pada
Tabel 1.
Reseptor dan ligan
Struktur X-ray ribonukleotida reduktase (PDB :
3HNC) dengan resolusi 2,41 Ao diunduh dari RCSB
Protein Data Bank (www.pdb.org), yaitu struktur
kristal RR1 manusia yang mengikat ligan TTP.
TTP (Timidin Trifosfat) adalah ligan dalam struktur
3HNC. Struktur RR yang digunakan sebagai model
adalah kompleks RR1-RR2 yang menjaga
keseimbangan dNTP. RR1 adalah subunit katalitik
dan RR2 adalah tempat radikal bebas yang
diperlukan untuk katalisis. RR diregulasi secara
alosterik dengan cara oligomerisasi terinduksi-
dATP, yaitu suatu inhibitor RR (Fairman et al.,
2011).
Docking molekul
Struktur kristal 3HNC diunduh ke dalam
workspace dan ditentukan active site-nya. Diimpor
struktur 3D molekul turunan benzoilurea ke dalam
workspace dan diletakkan ke dalam cavity-3 dengan
cara align pada reference ligand TTP. Docking
Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol. 2 No. 2, November 2013
molekul ligan dilakukan terhadap cavity-3
menggunakan algoritma SE MolDock dengan
iterasi maksimum 1500. Afinitas ligan dengan
protein enzim ditentukan dari docking score yang
dinyatakan dalam Rerank Score (RS). RS
merupakan total energi interaksi ligan-protein dan
energi internal ligan, termasuk ikatan hidrogen
ligan-protein. Kompleks ligan-protein dengan
energi terendah (pose dengan skor tertinggi)
menunjukkan model interaksi yang paling baik.
Validasi docking dilakukan dengan redocking ligan
TTP terhadap active site 3HNC (cavity-3).
Makin rendah energi menunjukkan makin kuat
interaksi. Struktur senyawa post-docking yang
terbaik harus memenuhi syarat : mempunyai energi
paling rendah dan molekul berada dalam active site
yang sama dengan TTP, yang dapat diamati secara
visual dalam cavity-3 struktur 3HNC. Pengamatan
interaksi ligan-protein yang meliputi : ikatan
hidrogen, interaksi sterik (van der Waals), dan
elektrostatik dilakukan untuk pose dengan skor
tertinggi. Analisis HKSA setelah docking dilakukan
dengan analisis regresi menggunakan deskriptor
fisikokimia log P (hidrofobik), CMR (sterik), serta
RS (elektronik) sebagai variabel bebas, dan LC50
sitotoksisitas terhadap larva udang sebagai variabel
tergantung.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Sifat fisikokimia dan aktivitas sitotoksik
senyawa
Hasil penentuan sifat fisikokimia turunan
benzoilurea dengan program ChemBioDraw Ultra
11.0 dan aktivitas sitotoksiknya yang diuji dengan
metode kematian larva udang ditampilkan pada
tabel 1.
 Tabel 1. Struktur, sifat fisikokimia, dan LC50 turunan benzoilurea tersubstitusi pada cincin

Kode Senyawa MW Log P cMR (cc/mol) LC50 (mM)

HU Hydroxyurea 76,05 -1,12 1,5674 2,21
BU-1 R=H 164,27 0,56 4,4250 0,72
BU-2 R = 4-OCH3 194,21 0,43 5,0419 0,32
BU-3 R = 4-C(CH3)3 220,30 2,26 6,2802 0,17
BU-4 R = 3-CF3 232,17 1,48 4,9353 0,56
BU-5 R = 2-Cl 198,67 1,12 4,9164 0,49
BU-6 R = 4-Br 243,07 1,39 5,2020 0,23
BU-7 R = 4-NO2 209,18 0,28 5,0365 0,58

Pada tabel 1 tampak bahwa perbedaan
substituen pada cincin aromatik yang menghasilkan
perbedaan sifat fisikokimia molekul (Log P dan
CMR) menunjukkan perbedaan aktivitas sitotoksik
di antara turunan benzoilurea. Semua turunan
benzoilurea menghasilkan aktivitas sitotoksik yang
lebih tinggi dibanding hidroksiurea menurut metode
BST. Hasil ini menunjukkan bahwa turunan
benzoilurea tersubstitusi pada cincin memiliki
potensi sebagai senyawa antitumor. Turunan
benzoilurea yang menunjukkan aktivitas tertinggi
adalah BU-3 dengan LC50 sebesar 0,17 mM.
Pemodelan Molekul
Untuk mengetahui pengaruh cincin benzena dan
peran substituen pada cincin tersebut dalam
aktivitas biologisnya telah dilakukan pemodelan
molekul yang menghasilkan nilai RS (total energi
interaksi ligan-protein) dan menunjukkan adanya
interaksi antara molekul dengan protein dalam
cavity-3 reseptor 3HNC, berupa ikatan hidrogen
serta van der Waals (interaksi sterik) yang
ditampilkan dalam tabel 2. Pada tabel tersebut
ditampilkan pula nilai LC50 yang kemudian diubah
menjadi pLC50 yang nilainya digunakan dalam
analisis HKSA.
Menurut data pada tabel 2, adanya cincin
benzena dalam struktur urea (pada BU-1 sampai
BU-7) dapat meningkatkan nilai RS, yang
menunjukkan peningkatan kekuatan interaksi
dengan protein reseptor. Masuknya cincin benzena
tanpa substituen (BU-1) menambah terbentuknya
ikatan hidrogen. Substituen pada cincin benzena
berkontribusi pada kekuatan interaksi melalui
pembentukan interaksi sterik (ikatan van der
Waals), kecuali untuk substituen klor (BU-5).
Adanya halogen yang diwakili klor dan brom (BU-
6) tidak menambah jumlah ikatan hidrogen, tetapi
substituen nitro dapat menambah interaksi melalui
pembentukan ikatan hidrogen sehingga senyawa
BU-7 mempunyai skor docking paling tinggi. Hasil
pemodelan molekul menunjukkan bahwa semua
senyawa yang berinteraksi dengan protein dalam
active site 3HNC dapat membentuk ikatan hidrogen
dengan residu asam amino Asp 270 reseptor
ribonukleotida reduktase.

Tabel 2. Skor Docking (RS) dan aktivitas sitotoksik turunan benzoilurea

Kode Senyawa RS (kkal/mol) Jumlah Ikatan Ha Interaksi Sterika LC50 (mM) pLC50b
HU -29,9329 1 (Asn 270) - 2,21 -0,3442
BU-1 -53,7136 2 (Asn 270) - 0,72 0,1401
BU-2 -71,8875 2 (Asn 270) 2 (Arg 256, Asp 226) 0,32 0,5017
BU-3 -70,3575 2 (Asn 270) 4 (Arg 256, Asp 226, 0,17 0,7603
Ile 228, Ser 227)
BU-4 -70,7310 2 (Asn 270) 1 (Ile 228) 0,56 0,2549
BU-5 -64,1358 1 (Asn 270) - 0,49 0,3066
BU-6 -62,1602 1 (Asn 270) 1 (Ile 228) 0,23 0,6345
BU-7 -74,3452 2 (Asn 270) 1 (Arg 1 (Asp 226) 0,58 0,2364
256)

a
dengan asam amino dalam active site reseptor 3HNC; b nilai –log LC50; tanda (-) : tidak ada interaksi.

Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol. 2 No. 2, November 2013

 Interaksi ligan-protein yang meliputi : ikatan senyawa dengan skor docking tertinggi (BU-7), dan
hidrogen, interaksi sterik (van der Waals), dan obat antikanker hidroksiurea (HU) ditampilkan
elektrostatik untuk molekul senyawa induk (BU-1), pada gambar 1 sampai 4.
molekul dengan aktivitas biologis teringgi (BU-3),

Gambar 1. Konformasi-docking 3D molekul HU (1A) dan BU-1(1B) dalam cavity-3 (grid hijau) reseptor 3HNC,
menunjukkan ikatan hidrogen (garis putus warna biru) dengan residu asam amino Asn 270. Gambar struktur diperoleh
dengan program Molegro 5.5.

Gambar 1 menunjukkan ikatan hidrogen yang
terbentuk dari interaksi antara molekul senyawa
HU dan BU-1 (benzoilurea) dengan residu asam
amino Asn 270 dalam active site ribonukleotida
reduktase (cavity-3). HU membentuk satu ikatan
hidrogen (-N ⋅ ⋅ ⋅ H-O=C), sementara hampir semua
turunan benzoilurea membentuk dua ikatan
hidrogen (-N ⋅ ⋅ ⋅ H-O=C dan (-N ⋅ ⋅ ⋅ O=C).
Interaksi molekul turunan benzoilurea dengan asam
amino dalam cavity-3 dibandingkan dengan
hidroksiurea secara 3 dimensi ditampilkan pada
gambar 2, sedangkan secara 2 dimensi ditampilkan
gambar3.

Gambar 2. Konformasi-docking 3D interaksi ikatan hidrogen (garis putus warna biru) antara molekul senyawa uji dengan
asam amino dalam active site enzim RR. Molekul HU (2A) hanya membentuk satu ikatan hidrogen, sedangkan turunan
benzoilurea BU-1 (2B), BU-7 (2C) senyawa dengan skor docking tertinggi dan BU-3 (2D) senyawa dengan bioaktivitas
tertinggi dapat membentuk 2 ikatan hidrogen. Gambar struktur diperoleh dengan program Molegro 5.5.

Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol. 2 No. 2, November 2013

 Gambar 2. menunjukkan bahwa tururnan berinteraksi membentuk ikatan hidrogen dengan
benzoilurea membentuk ikatan hidrogen dengan atom H gugus NH asam amino Asp sehingga
asam amino yang sama dengan hidroksiurea (HU). meningkatkan kekuatan interaksi ligan-protein yang
Adanya cincin benzena pada struktur urea ditunjukkan oleh nilai RS senyawa BU-7 sebesar -
mengakibatkan perubahan konformasi molekul 74,3452 kkal/mol. Selain menambah ikatan
sehingga menambah jumlah ikatan hidrogen yang hidrogen, adanya cincin benzena beserta
terbentuk dari interaksi antara atom O gugus substituennya juga meningkatkan kekuatan
karbonil dengan atom H gugus NH asam amino interaksi ligan-protein melalui interaksi sterik,
Asn. Atom O substituen nitro (senyawa BU-7) juga seperti ditunjukkan pada gambar 3

Gambar 3. Gambar 2 dimensi interaksi ikatan hidrogen (garis putus warna biru) dan interaksi sterik (garis putus warna
merah) antara molekul senyawa uji dengan asam amino dalam active site enzim RR. Molekul HU (gambar 3A) hanya
membentuk satu ikatan hidrogen dengan asam amino Asn 270; BU-1 (gambar 3B) membentuk dua ikatan hidrogen dengan
Asn 270; senyawa dengan skor docking tertinggi BU-7 (gambar 3C) menunjukkan dua ikatan hidrogen dengan Asn 270, satu
ikatan hidrogen dengan Arg 256, dan interaksi sterik dengan Asp 226; senyawa dengan bioaktivitas tertinggi BU-3 (gambar
3D) membentuk dua ikatan hidrogen dengan Asn 270 dan menunjukkan empat interaksi sterik dengan Ile 228, Asp 226, Arg
256, Ser 227. Gambar diperoleh dari program Molegro 5.5.

Gambar 3 menunjukkan interaksi antara
molekul senyawa uji dengan asam amino dalam
active site RR (cavity-3 reseptor 3HNC), baik
ikatan maupun interaksi sterik. Turunan benzoilurea
membentuk ikatan hidrogen dengan asam amino
yang sama dengan yang diikat hidroksiurea (HU),
yaitu Asn 270, tetapi turunan benzoilurea dapat
membentuk dua ikatan hidrogen. Di samping itu,
molekul turunan benzoilurea yang mengandung
substituen pada cincin benzenanya, kecuali BU-5,
juga mengadakan interaksi sterik dengan beberapa
asam amino yang membentuk cavity-3, antara lain
Arg 256, Asp 226, Ser 227, Ile 228. Tidak adanya
interaksi sterik pada senyawa BU-5 adalah karena
pada senyawa ini gugus klor terletak pada posisi
orto gugus karbonil sehingga dapat menimbulkan
halangan sterik.
Hasil pemodelan dan docking molekul
menunjukkan bahwa Asn 270 , 256 Arg , Asp 226 ,
Ile 228 , dan Ser 227 adalah residu asam amino

Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol. 2 No. 2, November 2013

yang penting dalam active site enzim RR untuk
interaksi ligan-protein.
Hubungan Struktur dan Aktivitas
Pada tabel 2 telah ditunjukkan bahwa senyawa
BU-7 yang mempunyai skor docking (RS) tertinggi
dan BU-2 yang nilai RS-nya lebih tinggi dibanding
BU-3 menunjukkan aktivitas sitotoksik yang lebih
rendah; hal ini mungkin berhubungan dengan nilai
log P senyawa BU-2 dan BU-7 yang lebih rendah
dibanding BU-3. Jika dilihat dari data sifat
fisikokimianya (log P, CMR) pada tabel 1 tampak
ada korelasi antara sifat fisikokimia dan aktivitas
sitotoksik. Efek sterik tampaknya memberikan
kontribusi pada bioaktivitas senyawa BU-2, BU-3,
dan BU-6 yang memiliki volume molar (CMR)
lebih tinggi dibanding senyawa uji yang lain.
Hasil analisis regresi antara energi interaksi
molekul secara in silico (RS) dan aktivitas
sitotoksik in vitro (pLC50) menunjukkan terdapat
korelasi antara RS dengan pLC50 (r= 0,767;
s=0,236, p= 0,027<0,05) seperti yang ditunjukkan
dalam gambar 4.

Gambar 4. Korelasi antara skor docking (RS) dan aktivitas sitotoksik in vitro (pLC50) turunan benzoilurea tersubstitusi pada
cincin.

Hasil analisis regresi dan gambar 4 fisikokimia (hidrofobik log P dan sterik CMR) dan
menunjukkan bahwa makin tinggi Rerank Score energi interaksi (RS) sebagai prediktor untuk
(makin rendah energi interaksi ligan-protein), bioaktivitas senyawa, diperoleh beberapa
makin tinggi aktivitas biologisnya. Dari persamaan regresi. Dipilih persamaan yang
perhitungan dengan menggunakan dua sifat memenuhi persyaratan r2 > 0,8 dan P < 0,05 yaitu :

(1) pLC50 = 0,231 CMR - 0,770

(r2= 0,856; s= 0,1396; F= 35,562; p= 0,001)
(2) pLC50 = 0,319 CMR + 0,009 RS - 0,619
(r2= 0,883; s= 0,1375; F= 18,897; p= 0,005)
(3) pLC50 = 0,194 CMR + 0,056 log P - 0,640
(r2 = 0,861; s= 0,1498; F= 15,544; p= 0,007)
(4) pLC50 = 0,341 CMR - 0,020 log P + 0,010 RS - 0,650
(r2= 0,884; s= 0,1535; F= 10,125; p= 0,024)

Berdasarkan persamaan HKSA terpilih, jelas bahwa KESIMPULAN

sifat sterik (CMR) merupakan faktor yang dominan
dalam mempengaruhi aktivitas, diikuti oleh sifat
hidrofobik dan elektronik. Hasil ini sesuai dengan
studi docking bahwa interaksi sterik memberikan
kontribusi terhadap energi interaksi kompleks liga-
protein. Model HKSA terbaik adalah persamaan 1.
Penelitian ini menyimpulkan bahwa tujuh turunan
benzoilurea mempunyai efek sitotoksik terhadap
larva udang lebih tinggi dibanding obat antikanker
hidroksiurea sehingga mempunyai potensi sebagai
antitumor. Terdapat hubungan antara aktivitas
sitotoksik in vitro dengan afinitasnya terhadap

Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol. 2 No. 2, November 2013

ribonukleotida reduktase secara in silico,
ditunjukkan oleh persamaan pLC50= -0.018RS -
0,797; n= 8; r= 0,767; p= 0,027; F= 8,546; s= 0,236
). Turunan benzoilurea terikat 3HNC dengan pola
yang sama seperti hidroksiurea, dan nilai RS semua
senyawa lebih tinggi daripada hidroksiurea.
Aktivitas sitotoksik yang lebih tinggi daripada
hidroksiurea merupakan kontribusi faktor sterik
(CMR) berdasarkan persamaan pLC50= 0,231CMR
-0,770; n= 8; r= 0,925; p= 0,001; F= 35,562; s=
0,1396). Sifat fisikokimia yang mendukung
aktivitasnya adalah volume molar (sterik, CMR)
dan reaktivitas (elektronik, RS). Hasil penelitian
merekomendasikan untuk mempertahankan cincin
aromatik dan menambahkan substituen pada posisi
para yang dapat menghasilkan CMR lebih besar
dari 5 dan log P sekitar 2.
DAFTAR PUSTAKA
Apu AS, Muhit MA, Tareq SM, Pathan AH,
Jamaluddin ATM, and Ahmed M, 2010.
Antimicrobial Activity and Brine Shrimp
Lethality Bioassay of the Leaves Extract
of Dillenia indica Linn J Young Pharm
; 2(1): 50–53.
Departemen Kesehatan RI, 2006. Statistik
Penderita Kanker di Indonesia.
www.puskom.depkes.go.id. Diakses pada 12
Maret, 2012.
Fairman JW, Wijerathna SR, Ahmad MF, Xu H,
Nakano R, Jha S, Prendergast J, Welin RM,
Flodin S, Roos A, Nordlund P, Li Z, Walz
T,. Dealwis CG, 2011. Structural basis for
allosteric regulation of human ribonucleotida
reductase by nucleotide-induced
oligomerization. Nat. Struct. Mol. Biol. 18:
316-322.
Finch RA, Liu M-C, Grill SP, Rose WC, Loomis R,
Vasquez KM, Cheng Y-C, Sartorelli AC,
2009. Triapine (3-Aminopyridine-2-
carboxaldehydethiosemicarbazone): A Potent
Inhibitor of Ribonucleotide Reductase
Activity with Broad Spectrum Antitumor
Berkala Ilmiah Kimia Farmasi, Vol. 2 No. 2, November 2013
Activity. Biochemical Pharmacology 59 :
983–991.
Giles FJ, 2007. A new era for ribonucleoside
reductase inhibition. Leukemia Research 31 :
1163–1164
Hardjono S. 2012, Structure Modification of 1-
(Benzoyloxy)urea and Quantitative Structure
Cytotoxic Activity Relationship. Disertasi.
Faculty of Science and Technology Airlangga
leotida
Jin C, Liang Y-J, He H, Fu L, 2011. Synthesis and
antitumor activity of ureas containing
pyrimidinyl group. European Journal of
Medicinal Chemistry 46 : 429-432.
McLaughlin JL, Rogers LL, 1999. The use of
biological assays to evaluate botanicals. Drug
Inf J. 32:513.
Saban N, Bujak M, 2009. Hydroxyurea and
hydroxamic acid derivatives as antitumor
drugs. Cancer Chemother Pharmacol 64:
213–221
Saiko P, Graser G, Giessrigl B, Lackner A, Grusch
M, Krinha BN, Jayaprakash V, Jaeger W,
Fritzer-Szekeres, Szekeres T. 2011. A Novel
N-hydroxy-N’-aminoguanidine derivative
inhibits ribonucleotide reductase activity:
Effect in human HL-60 promyelocytic
leukemia cells and synergism with
arabinofuranosylcytosine (Ara-C).
Biochemichal Pharmacology 81: 50-59.
Siswandono, 2003. The Synthesis of Benzoylurea
and the Activity Test of Central Nervous
System Depresssant in Mus Musculus. J.
Biosains Pascasarjana 5 (1): 10–16.
Zhukov NV and Tjulandin SA, 2008. Targeted
therapy in the treatment of solid tumors:
practice contradicts theory. Biochemistry
Mosc 73 (5): 605–618.