1

NGUYỄN ĐÌNH THÀNH
MèI LI£N QUAN CÊU TRóC,

TÝNH CHÊT Vµ T¸C DôNG SINH häc
(Dành cho sinh viên, học viên cao học
và nghiên cứu sinh chuyên ngành Hoá học Hữu cơ và Hoá Dược)
NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI

2
MỤC LỤC
Chương 1. MỞ ĐẦU................................................................................................................... 9
1.1. GIỚI THIỆU CHUNG..................................................................................................9
1.2. ỨNG DỤNG CỦA THIẾT KẾ PHÂN TỬ VỚI TRỢ GIÚP MÁY TÍNH ...................10
1.2.1. Các tác dụng sinh vật .......................................................................................10
1.2.2. Một số ví dụ về ứng dụng QSAR......................................................................11
Chương 2. CẤU TRÚC HÌNH HỌC CỦA PHÂN TỬ HỢP CHẤT HỮU CƠ TỰ
DO............................................................................................................................ 13
2.1. HYDROCARBON KHÔNG VÒNG..........................................................................13
2.1.1. Các hydrocarbon no mạch thẳng.......................................................................13
2.1.1.1. Độ dài liên kết..................................................................................................... 13
2.1.1.2. Góc liên kết......................................................................................................... 14
2.1.2. Các hydrocarbon no phân nhánh.......................................................................16
2.1.3. Alken và cumulen ............................................................................................17
2.1.3.1. Độ dài liên kết..................................................................................................... 17
2.1.3.2. Góc hóa trị .......................................................................................................... 18
2.1.3.3. Cấu dạng ............................................................................................................. 19
2.1.4. Alkyn ..............................................................................................................20
2.1.5. Hợp chất có liên kết liên hợp ............................................................................21
2.1.5.1. Các hydrocarbon với liên kết đôi liên hợp........................................................ 21
2.1.5.2. Các hợp chất với hệ liên kết liên hợp C=C−C=O và O=C−C=O................... 22
2.1.5.3. Cấu dạng của phân tử với hệ liên kết đôi liên hợp........................................... 22
2.2. HYDROCARBON THƠM.........................................................................................24
2.2.1. Benzen và đồng đẳng .......................................................................................24
2.2.2. Diphenyl và dẫn xuất .......................................................................................25
2.2.3. Các hydrocarbon thơm ngưng tụ.......................................................................27
2.3. HYDROCARBON ĐỒNG VÒNG.............................................................................27
2.3.1. Hydrocarbon đơn vòng no................................................................................27
2.3.1.1. Độ dài liên kết..................................................................................................... 27
2.3.1.2. Góc hóa trị .......................................................................................................... 28
2.3.2. Hydrocarbon đơn vòng không no .....................................................................29
2.3.2.1. Liên kết bội trong vòng...................................................................................... 29
2.3.2.2. Liên kết bội trong mạch nhánh.......................................................................... 31
2.3.3. Spiran..............................................................................................................33
2.3.4. Bicyclohydrocarbon.........................................................................................34
3
2.3.4.1. Bixcloro[m.n.0]alkan (alken) ............................................................................ 34
2.3.4.2. Bixcloro[m.n.1]alkan (alken) ............................................................................ 35
2.4. DẪN XUẤT HALOGEN CỦA HYDROCARBON ...................................................37
2.4.1. Quy luật về giá trị độ dài liên kết và góc hóa trị .................................................38
2.4.2. Một số vấn đề về cấu dạng ở các dẫn xuất halogen của hydrocarbon..................44
2.5. HỢP CHẤT CHỨA OXY ..........................................................................................44
2.5.1. Alcohol và ether...............................................................................................44
2.5.2. Aldehyd và keton.............................................................................................48
2.5.2.1. Formaldehyd, acetaldehyd, aceton.................................................................... 48
2.5.2.2. Các dẫn xuất halide của aceton và acetylaceton.............................................. 49
2.5.2.3. Acetyl halide....................................................................................................... 50
2.5.2.4. Keten ................................................................................................................... 52
2.5.3. Acid carboxylic, dimer và anhydrid của nó .......................................................52
2.5.3.1. Acid carboxylic và dimer của nó....................................................................... 52
2.5.3.2. Acid carboxylic thế α......................................................................................... 53
2.5.3.3. Anhydrid của các acid carboxylic..................................................................... 54
2.6. HỢP CHẤT CHỨA NITROGEN...............................................................................54
2.6.1. Các amin béo và thơm đơn giản nhất ................................................................55
2.6.1.1. Amoniac và methylamin.................................................................................... 55
2.6.1.2. Các dẫn xuất của hydrazin................................................................................. 57
2.6.1.3. Các amin thơm ................................................................................................... 57
2.6.2. Cấu trúc các phân tử amid của acid carboxylic ..................................................58
2.6.3. Các hợp chất với nguyên tử nitrogen phối trí 2 ..................................................60
2.6.4. Nitril và các dẫn xuất của cyanamid..................................................................62
2.6.5. Hợp chất nitro..................................................................................................63
2.7. HỢP CHẤT DỊ VÒNG...............................................................................................65
2.7.1. Cấu trúc của các hợp chất dị vòng với số nguyên tử trong vòng từ 3 đến 6 .........65
2.7.2. Bàn luận các số liệu cấu trúc.............................................................................66
2.7.2.1. Các hợp chất dị vòng no .................................................................................... 66
2.7.2.2. Các dị vòng 4 cạnh............................................................................................. 68
2.7.2.3. Các dị vòng 5 cạnh............................................................................................. 69
2.7.2.4. Các dị vòng 6 cạnh............................................................................................. 69
2.7.2.5. Các dị vòng thơm ............................................................................................... 70
Chương 3. CÁC THAM SỐ CẤU TRÚC............................................................................... 72

3.1. THÔNG SỐ ELECTRON ..........................................................................................72
3.1.1. Hằng số σ Hammett.........................................................................................72
3.1.2. Moenyme dipol ...............................................................................................75
3.1.3. Mật độ điện tích ...............................................................................................81
3.1.4. Thế tĩnh điện phân tử........................................................................................81
3.1.5. Năng lượng orbital ...........................................................................................81
4
3.1.6. Thế ion hóa......................................................................................................82
3.1.7. Thang độ âm điện ............................................................................................83
3.2. THÔNG SỐ HÓA LÝ ................................................................................................85
3.2.1. Hệ số phân bố octanol-nước ..............................................................................85
3.2.1.1. Bản chất của hệ số phân bố ............................................................................... 85
3.2.1.2. Tính toán logP theo phương pháp kinh nghiệm............................................... 87
3.2.1.3. Ứng dụng phương pháp hóa lượng tử trong tính toán logP ............................ 90
3.2.2. Thông số ưa dầu.......................................................................................................... 93
3.3. THÔNG SỐ KHÔNG GIAN ............................................................................................... 96
3.3.1. Thông số không gian Taft.................................................................................96
3.3.2. Thông số STERIMOL......................................................................................97
3.3.3. Độ khúc xạ phân tử gam (đối với chất lỏng)......................................................98
3.3.4. Thể tích phân tử .............................................................................................100
3.3.5. Độ khả phân cực ............................................................................................100
Chương 4. MỐI TƯƠNG QUAN ĐỊNH LƯỢNG CẤU TRÚC-HOẠT TÍNH............ 102
4.1. CÁC THÔNG SỐ QSAR .........................................................................................102
4.2. MỐI LIÊN QUAN GIỮA CẤU TRÚC HÓA HỌC VÀ TÁC DỤNG SINH HỌC ....108
4.2.1. Tác dụng của thuốc và chất thụ cảm................................................................108
4.2.1.1. Khái niệm về chất thụ cảm .............................................................................. 108
4.2.1.2. Tác dụng của thuốc và chất thụ cảm............................................................... 109
4.2.2. Các nhóm có tác dụng sinh học.......................................................................111
4.2.3. Sự biến đổi cấu trúc và tác dụng .....................................................................114
4.2.3.1. Dãy đồng đẳng.................................................................................................. 114
4.2.3.2. Đồng phân vị trí nhóm chức............................................................................ 124
4.2.3.3. Đồng phân hình học ......................................................................................... 125
4.2.3.4. Đồng phân cấu dạng......................................................................................... 126
4.2.3.5. Đồng phân quang học ...................................................................................... 126
4.2.3.6. Sự thế tương đồng lập thể................................................................................ 128
4.3. BẢN CHẤT HÓA HỌC CỦA QUÁ TRÌNH DỊ HOÁ THUỐC................................132
4.3.1. Các phản ứng biến hóa sinh học giai đoạn I.....................................................132
4.3.1.1. Phản ứng oxy hóa............................................................................................. 132
4.3.1.2. Phản ứng khử hóa............................................................................................. 142
4.3.1.3. Phản ứng thủy phân.......................................................................................... 143
4.3.2. Các phản ứng biến hóa sinh học giai đoạn II ...................................................145
4.3.2.1. Methyl hóa........................................................................................................ 145
4.3.2.2. Acetyl hóa......................................................................................................... 146
4.3.2.3. Kết hợp với sulfat............................................................................................. 147
4.3.2.4. Kết hợp với acid glucuronic ............................................................................ 147
4.3.2.5. Kết hợp với α-aminoacid................................................................................. 148
5
4.4. GIỚI THIỆU VỀ MỐI LIÊN QUAN ĐỊNH LƯỢNG CẤU TRÚC-TÁC DỤNG
(QSAR)..................................................................................................................148
4.5. MÔ HÌNH TOÁN CỘNG TÍNH ..............................................................................150
4.5.1. Mở đầu..........................................................................................................150
4.5.2. Mô hình toán cộng tính Free-Wilson...............................................................151
4.5.2.1. Giới thiệu .......................................................................................................... 151
4.5.2.2. Mô hình Free-Wilson....................................................................................... 157
4.5.2.3. Mô hình Fujita-Ban.......................................................................................... 161
4.5.2.4. Mô hình Cammarata ........................................................................................ 163
4.5.2.5. Mô hình Kopecký............................................................................................. 165
4.5.2.6. Xác định mối quan hệ giữa cấu trúc và họat tính........................................... 166
4.5.3. Phép phân tích hồi quy tuyến tính đa biến. Phương pháp Hansch.....................168
4.5.3.1. Mô hình phân bố cân bằng Furguson ............................................................. 168
4.5.3.2. Mô hình Hansch ............................................................................................... 168
4.5.3.3. Tính hợp lệ của phương trình hồi quy tuyến tính đa biến.............................. 183
4.4. THUYẾT LƯỢNG TỬ VÀ TÁC DỤNG SINH HỌC ..............................................186
4.4.1. Thuyết Inuoye. “Hai điểm họat động” trên chất thụ cảm..................................187
4.4.2. Thuyết nhiều electron của Klopmann-Hudson.................................................189
4.4.2.1. Phức chất bị kiểm tra bởi obitan biên ............................................................. 190
4.4.2.2. Phức chất điều khiển bởi điện tích .................................................................. 191
4.4.2.3. Khảo sát obitan phân tử của tính ưa dầu......................................................... 191
4.4.2.4. Quan hệ “gần đúng” thực nghiệm................................................................... 192
4.4.3. Nghiên cứu thăm dò thuốc nhờ hóa lượng tử...................................................193
4.4.3.1. Mối quan hệ định lượng giữa tác dụng sinh học và các tham số hóa
lượng tử. Thuyết “liên kết hai điện dương” của Pullman ........................................... 193
4.4.3.2. Các chất kìm hãm acetylcholinesterraza......................................................... 194
Chương 5. THỰC HÀNH TÍNH TOÁN TRONG HYPERCHEM ................................ 196

Phần I. CƠ SỞ HYPERCHEM.......................................................................................196
Bài 5.1. Công cụ trong HyperChem .................................................................................196
Bài 5.2. Khởi tạo các phân tử nhỏ ở dạng 2D và 3D..........................................................210
Bài 5.3. Di chuyển, quay và đặt lại phân tử.......................................................................215
Bài 5.4. Đo lường các tính chất cấu trúc ...........................................................................220
Bài 5.5. Lập chuỗi polypeptit ...........................................................................................229
Bài 5.6. Chọn và hiển thị các tập hợp con .........................................................................235
Bài 5.7. Làm việc với đại phân tử.....................................................................................243
Phần II. TÍNH TOÁN TRONG HYPERCHEM ..............................................................256

Bài 5.8. Cực tiểu hóa năng lượng của hệ phân tử ..............................................................256
Bài 5.9. Động lực học mô phỏng và các tính chất cân bằng ...............................................268
6
Bài 5.10. Tính toán obitan nguyên tử................................................................................287
Bài 5.11. Tương tác của nước với N-methyl−acetamid......................................................300
Phần bài tập....................................................................................................................308

Phần I - CÁC BÀI TẬP VỀ QSAR .................................................................................308
Phần II- CÁC BÀI TẬP VỀ TRƯỜNG LỰC ..................................................................316
Phần III- CÁC BÀI TẬP CƠ BẢN..................................................................................317
Phần phụ lục .............................................................................................................................. 335

PHỤ LỤC 1. CHÚ GIẢI THUẬT NGỮ DÙNG TRONG THIẾT KẾ PHÂN TỬ
TRỢ GIÚP MÁY TÍNH.........................................................................................335
PHỤ LỤC 2. MỘT SỐ ĐẠI LƯỢNG VẬT LÝ..............................................................347
PHỤ LỤC 3. MỘT SỐ PHẦN MỀM THÔNG DỤNG DÙNG TRONG THIẾT KẾ
PHÂN TỬ..............................................................................................................349
PHỤ LỤC 4. MỘT SỐ TRƯỜNG LỰC TRONG CƠ HỌC PHÂN TỬ ........................ 355
PHỤ LỤC 5. TÓM TẮT MỘT SỐ PHƯƠNG PHÁP HOÁ LƯỢNG TỬ ...................358
TÀI LIỆU THAM KHẢO ......................................................................................................... 365
7
8
Chương 1
MỞ ĐẦU
1.1. GIỚI THIỆU CHUNG
Trong vài thập kỉ gần đây, với sự phát triển vượt bậc của ngành tin học, với tốc độ
xử lý của bộ xử lý trung tâm (Central Processor Unit-CPU) ngày càng tăng, sự thâm
nhập của tin học vào các ngành khoa học nói chung, và hóa học nói riêng ngày càng sâu
sắc. Các ngành khoa học trong hóa học với sự trợ giúp của máy tính (Computer-assisted
Chemistry), trong đó đặc biệt là ngành hóa lý thuyết, đặc biệt phát triển. Hoá tin học
(Computational Chemistry) có thể nói là một ngành mới. Sự xuất hiện và tính phổ biến
của nó song song với sự tiến bộ về năng lực tính toán trong mấy thập kỉ qua. Cũng như
các ngành khác trong hóa học, hóa tin sử dụng các công cụ riêng của mình để hiểu các
phản ứng và quá trình hóa học: Các nhà khoa học sử dụng các phần mềm máy tính để
hiểu rõ các quá trình hóa học này và mối quan tâm đầu tiên là để mở mang các hiểu biết
về hóa học. Trong ngành hóa tin học, có thể có các hướng chính như sau:
- Hoá lượng tử (Quantum Chemistry) nghiên cứu giải phương trình Schrödinger
theo các phương pháp khác nhau để hiểu được các thông tin về electron trong phân tử.
- Cơ học phân tử (Molecular Mechanics) xem xét thế năng của phân tử bằng cách
sử dụng các phương trình của cơ học cổ điển để mô tả các bề mặt thế năng và các tính
chất vật lý của nguyên tử.
- Động học phân tử (Molecular Dynamics) tính toán vị trí và tốc độ của các
nguyên tử và phân tử trong phản ứng hóa học hoặc trong một số quá trình hoá lí.
- Đồ họa phân tử (Molecular Graphics): hiển thị phân tử.
Thiết kế phân tử với trợ giúp máy tính (Computer-Assisted Molecular Design-
CAMD) nói chung, và thiết kế thuốc với trợ giúp máy tính (Computer-Assited Drug
Design-CADD) nói riêng là sự kết hợp các hiểu biết về các hướng trên của hóa tin học
và các công cụ toán học cần thiết khác (như thống kê...) để nghiên cứu về mô hình phân
tử các hợp chất hữu cơ mới có các tính chất hóa lý hay họat tính sinh học mong muốn
có thể dự đoán được trước. Cả hai đều dựa trên cùng một cơ sở là các mô hình mối
tương quan định lượng giữa cấu trúc-tác dụng và cấu trúc-tính chất, được xác định dưới
hình thức các mô hình toán học của thống kê toán nhờ sự trợ giúp của máy tính.
Tóm lại, việc nghiên cứu mối tương quan định lượng cấu trúc-tác dụng (QSAR-
Quantitative Structure-Activity Relationships) và mối tương quan định lượng cấu trúc-
tính chất (QSPR-Quantitative Structure-Activity Relationships) cần thiết cả kiến thức và
kinh nghiệm chuyên môn và cả các kiến thức về tin học.
9
1.2. ỨNG DỤNG CỦA THIẾT KẾ PHÂN TỬ VỚI TRỢ GIÚP MÁY
TÍNH
1.2.1. Các tác dụng sinh vật
Nhiều lớp hợp chất có tác dụng sinh vật đã được dự đoán bằng mô hình mối tương
quan cấu trúc-tác dụng và đã được tổng hợp trong thực tế. Trong bảng dưới đây dẫn ra
một số hợp chất hoặc lớp hợp chất tiêu biểu và tác dụng sinh vật của chúng (xem bảng
dưới).
Nhóm hợp chất Tác dụng sinh vật
Các propynylamin Ức chế enzyme monoamin oxidase
Erythromycin Kháng khuẩn
Đồng đẳng của acid fusaric Ức chế enzyme dopamin β-oxidase
Dẫn xuất amid của dopamin Thủy phân bởi enzyme arylamin
Các phenanthren Kháng sốt rét
Các pyrimidon Ức chế phản ứng Hill
Các pyridin-2-methanol Co giật cơ
Các arylamidinure Kháng sốt rét
Rifamicin Kháng khuẩn
Các cyclopropylamin Ức chế enzyme monoamin oxidase
Các 3-carbamoylpiperidin Ức chế enzyme cholinesterrase
Các azapurin-6-on Kháng dị ứng
Các β-carbolin Ức chế enzyme monoamin oxidase
Các sulfamid Kháng khuẩn
Dẫn xuất clornidin Chống huyết áp cao
Các phenyloxazolidon Chống tác dụng phóng xạ
Các hydantoin Kháng ung thư
10
1.2.2. Một số ví dụ về ứng dụng QSAR
Vào năm 1980, hãng Searle đã đưa ra thiết kế 63 hợp chất mới, nhưng thực tế đã
tổng hợp được 57 hợp chất và tiến hành thử họat tính sinh học. Kết quả cuối cùng là 24
hợp chất có họat tính như dự đoán, với tỷ lệ đúng 42%.
Ngoài ra, các hợp chất đã được tìm ra nhờ thiết kế phân tử còn được gạn lọc kỹ
lưỡng bằng các thử nghiệm sinh học sau các thử nghiệm in vitro và in vivo (các thử
nghiệm tiền lâm sàng và lâm sàng), do vậy chỉ có một số ít trong hàng ngàn hợp chất đó
được sản xuất và bán ra trên thị trường. Sau đây là một số ví dụ khác.
Ví dụ 1: Từ những năm 1960 người ta đã biết rằng nhiều hợp chất dị vòng, anilit và
phenol thế, ... có tác dụng diệt cỏ. Draber và cộng tác ở hãng Bayer (Đức) đã tiến hành
thăm dò tác dụng diệt cỏ của các dẫn xuất thế khác nhau của 4-amino-1,2,4-triazin-5-on
(hợp chất a). Các tác giả đã sử dụng hệ số phân bố octanol/nước làm tham số trong mô
hình Hansch và đến năm 1968 đã tìm ra hợp chất mới có tên gọi Metamidron (hay
Goltix) (hợp chất b). Hợp chất mới này được sử dụng rộng rãi ở châu Âu để diệt cỏ cho
củ cải đường.
N N N N
R1 R2 CH3
N N
O NH2 O NH2
(a) (b)
Ví dụ 2: Acid nalidixic (a) có tính kháng vi khuẩn Gram-(-). Từ những năm 1960
hợp chất này đã được dùng dưới dạng thuốc uống để điều trị bệnh nhiễm trùng đường
tiết niệu. Sau đó, Koga và cộng tác (1970) đã tiến hành thăm dò các dẫn xuất khác nhau
của acid này bằng mô hình mối liên quan định lượng giữa các tính chất hóa lý và tác
dụng kháng khuẩn nhờ phép hồi quy đa tham số. Và 70 dẫn xuất mới được thiết kế và
tổng hợp, sau cùng, họat chất mới với tên gọi norfloxacin (hay AM-75) và có tính kháng
khuẩn mạnh gấp 500 lần hợp chất mẫu acid nalidixic ban đầu, được sản xuất và bán
trên thị trường Nhật, Mỹ, Ý,...
O O
COOH COOH
H3C N N N N N
HN C2H5
C2H5
(a) (b)
Ví dụ 3: Các dẫn xuất n-alkyl của aminonacetonitril (a) cũng có tác dụng diệt cỏ
dại. Kirino và cộng sự ở hãng Sumitomo đã nghiên cứu các dẫn xuất với nhóm thế R
11
khác nhau và thấy rằng trong trường hợp này, tham số không gian Es và tính ưa dầu
(logP) cần thiết trong mô hình tương quan định lượng cấu trúc-tác dụng. Họ đã thiết kế
và thử nghiệm hơn 74 dẫn xuất mới và tìm ra một dẫn xuất n-benzyl của butanamid (b)
có tác dụng diệt được nhiều cỏ dại, nhưng an toàn đối với lúa. Dẫn xuất mới này được
sản xuất và bán ở Nhật từ năm 1987 dưới tên gọi Bromobutid (hay S-47 hoặc
Sumiherb).
Br H
H
H3C N
NC N
H3C
CH3
CH3 O H3C CH3
(a) (b)
Ví dụ 4: Với mục đích tìm ra các chất diệt nấm trong nông nghiệp, Fujimoto và
cộng sự ở hãng Rohm & Haas (Mỹ) đã tiến hành nghiên cứu 67 dẫn xuất khác nhau của
2-(2,4-diclorophenyl)-1-(1-imodazolyl)hexan (a). Mật độ điện tích nguyên tử được tính
từ phương pháp MNDO đã được dùng cùng với các thông số khác, như thông số ưa dầu
(logP), thông số lập thể Es và tham số Hammett, để thiết lập mô hình tương quan định
lượng cấu trúc-tác dụng. Sản phẩm với tên gọi Myclorobutanil (hay Systhane, Rally,
RH-3866) (hợp chất b) được sản xuất và dùng ở châu Âu (từ 1986) và Mỹ (từ 1989) để
trị bệnh nấm cho cây nho.
CH3
R4 Cl
R2
X N
R3 N C N
R1 N N
N
(a) (b)
12
Chương 2
CẤU TRÚC HÌNH HỌC
CỦA PHÂN TỬ HỢP CHẤT HỮU CƠ TỰ DO
2.1. HYDROCARBON KHÔNG VÒNG

2.1.1. Các hydrocarbon no mạch thẳng
Các hydrocarbon no có công thức chung CnH2n+2, hiện nay người ta đã nghiên cứu
tỉ mỉ tất cả các các hợp chất của dãy đồng đẳng từ methan đến heptan, và cả hexadecan.
Bảng 2.1 dẫn ra các thông số cấu trúc của methan và một số đồng đẳng của nó. Từ đó
người ta cho rằng trong các hydrocarbon bão hòa thì độ dài liên kết r(C−C)=1,54 Å, còn
góc hóa trị ∠CCC=109,5o, nhưng điều đó không hoàn toàn đúng đối với các
hydrocarbon khác nhau.
Bảng 2.1. Các thông số cấu trúc của các phân tử alkan mạch thẳng
Phân tử C−C C−H ∠CCC ∠CCH

CH4 - 1,107(1) - -
C2H6 1,5340(11) 1,1122(12) - 111,0(0,2)
C2D6 1,5323(0,011) 1,1071(0,012) - 111,0(0,2)
C3H8 1,532(0,003) 1,107(0,005) 112(1) HCH(CH3)107(3)
C4H10 1,539(0,003) 1,100(0,003) 112,1(0,1) 110,3(0,25)
1,531(0,002) 1,117(0,005) 113,8(0,4) 111,0(0,5)
C5H12 1,531(0,002) 1,118(0,004) 112,9(0,2) 110,4(0,3)
C6H14 1,533(0,003) 1,118(0,006) 111,9(0,4) 109,5(0,5)
C7H16 1,534(0,003) 1,121(0,007) 112,6(0,3) 109,8(0,3)
C16H34 1,542(0,004) 1,130(0,008) 114,6(0,6) 110,4(1,1)
2.1.1.1. Độ dài liên kết

Khoảng cách C−C đo được đối với 6 phân tử đầu tiên gần bằng nhau, bởi vậy đối
với các hydrocarbon có thể chấp nhận giá trị trung bình 1,533±0,003Å. Giá trị này khác
hẳn với giá trị chuẩn trước đây, bằng khoảng cách C−C trong kim cương là 1,5445Å.
Nguyên nhân kéo dài r(C−C) trong kim cương có thể là do tương tác không hóa trị ở
các hướng gauche không thuận lợi về mặt năng lượng.
Sự không phụ thuộc của r(C−C) vào độ dài của mạch carbon trong các alkan ngắn
13
(từ C2 đến C7) bị phá vỡ khi chuyển sang phân tử hexadecan phức tạp hơn. Khoảng cách
C−C (1,542Å) tăng gần ~0,01Å.
Các thông số hình học của C2H6 và C2D6 chứng tỏ rằng khi thế các đồng vị thì
không chỉ độ dài liên kết r(C−H) thay đổi (hiệu ứng đồng vị bậc 1) mà cả độ dài liên kết
r(C−C) cũng thay đổi (hiệu ứng đồng vị bậc 2). Hiệu ứng bậc 1 (0,0050±0,0006Å) thể
hiện rõ rệt hơn hiệu ứng bậc 2 (0,0016±0,0007Å). Những thay đổi này được giải thích
bởi các tương tác không hóa trị.
Liên kết C−H được đặc trưng bởi khuynh hướng kéo dài độ dài liên kết khi tăng số
nguyên tử carbon trong phân tử. Điều đó phù hợp với sự tăng r(C−H) khi thay đổi các
nhóm thế của nguyên tử carbon theo thứ tự: bậc nhất → bậc hai → bậc ba.
2.1.1.2. Góc liên kết

1) Góc hóa trị ∠CCC
Góc hóa trị 109o28' là hiện tượng hiếm có trong hóa học lập thể của các hợp chất
hữu cơ, bởi vì đó là đặc trưng của phân tử tứ diện đều. Tọa độ của nguyên tử trung tâm
như vậy phù hợp với cách xa tương hỗ cực đại của các nhóm thế với năng lượng tương
tác cực tiểu giữa chúng. Đây là cơ sở của lý thuyết va chạm của các cặp electron hóa trị
thường được dùng để giải thích các góc hóa trị trong các phân tử khác nhau.
Khi chuyển từ methan sang các hydrocarbon khác, sự đối xứng tứ diện bị mất và
không một góc hóa trị nào (∠CCC, ∠CCH, ∠HCH) có thể đạt chính xác bằng 109o28',
mặc dù sự lệch về phía lớn hơn hay nhỏ hơn thường không lớn và bằng 2-4o. Từ Bảng
2.1 ta thấy rằng góc ∠CCC trong tất cả các alkan mạch thẳng đều lớn hơn góc tứ diện
và trung bình bằng 112,7o(0,1). Giá trị này cùng với độ dài liên kết r(C−C)=1,533Å là
các đặc trưng hình học quan trọng nhất của các alkan mạch thẳng.
2) Các góc hóa trị ∠CCH và ∠HCH
Giá trị góc ∠CCH trong các hydrocarbon thực tế giữ nguyên không đổi và bằng
110,0o±0,4. Nếu trong mạch tách ra mảnh C−CH2−C, thì khi biết giá trị các góc hóa trị
∠CCC và ∠CCH có thể tính được góc hóa trị ∠HCH, và bằng 104,8o. Như vậy việc
chuyển từ tứ diện sang toạ độ C−CH2−C với sự đối xứng C2v kèm theo sự tăng độ lớn
của góc hóa trị ∠CCC và sự giảm góc hóa trị ∠HCH vào khoảng 3o. Việc xem xét các
số liệu ở các phân tử khác xác nhận đặc tính thay đổi các góc hóa trị ∠CCC và ∠HCH
trong một khoảng rộng và được mô tả bằng phương trình tuyến tính sau:
∠HCH =126,1-0,175(∠CCC)
3) Góc nhị diện hay cấu dạng
Ethan là hydrocarbon đơn giản nhất mà giá trị khoảng cách giữa các nguyên tử và
góc hóa trị của nó không đủ để mô tả duy nhất hình học của phân tử. Để mô tả hình học
phân tử cần dùng giá trị góc nhị diện. Dưới đây nhờ phép chiếu Newmen có thể chỉ ra
sự phân sắp xếp đối xứng của các nguyên tử trong phân tử ethan:
14
(I) (II)
Góc nhị diện trong hai dạng này bằng 60, 180 và 0, 120o. Sự quay của nhóm
methyl đi 60o so với liên kết C−C dẫn đến sự chuyển từ dạng này sang dạng khác. Sự
sắp xếp không đồng nhất của các nguyên tử trong phân tử sinh ra khi quay một hay một
số liên kết một cách tương đối gọi là cấu dạng. Cấu dạng (I) gọi là cấu dạng "xen kẽ" và
có thế năng cực tiểu, tức là nó thực sự tồn tại, cấu dạng (II) gọi là cấu dạng "che khuất"
và có thế năng cực đại. Sự thay đổi thế năng của phân tử ethan khi phụ thuộc vào góc ϕ
được cho bởi phương trình Pitser:
1
V( ϕ) = V0 (1 − cos3ϕ)
2
ở đây V0 là độ lớn của hàng rào năng lượng.
Phương pháp nhiễu xạ electron ít thích hợp để giải quyết bài toán cấu dạng của các
phân tử như ethan. Điều cần thiết là phải đo chính xác khoảng cách H....H tương ứng
cho các nhóm methyl khác nhau. Nhưng khi thay thế tất cả các nguyên tử hydro bằng
các nguyên tử cloro thì cho phép không những xác định được cấu dạng bền vững, mà
còn xác định được chiều cao hàng rào năng lượng của sự quay nội phân tử.
Phân tử ethan ở cấu dạng khuất có sức căng cực đại, sức căng này làm tăng khoảng
cách giữa các nguyên tử hydro, và đạt được bằng sự tăng độ dài liên kết r(C−C) thêm
0,00281Å và sự giảm góc hóa trị ∠HCH đi 0,05o.
Đối với các dẫn xuất đối xứng của ethan dạng CH2XCH2X thì tồn tại một loạt các
cấu dạng xen kẽ khác nhau như sau:
X X X
X X
(T) (G) (G')
Cấu dạng đầu tiên với các nhóm thế nằm cách xa nhau nhất gọi là cấu dạng trans
hay anti và được kí hiệu là T. Hai cấu dạng còn lại, tương đương nhau về khoảng cách
giữa các nhóm thế, được gọi là cấu dạng gauche, và có thể kí hiệu chúng là G và G', hay
có thể cho rằng đồng phân cấu dạng gauche có mặt trong hỗn hợp với trọng lượng thống
kê bằng 2. Việc xác định hàm lượng các đồng phân cấu dạng gauche và trans cho phép
tính toán độ bền tương đối của chúng.
15
5 C-C
f(r) 4
C-H
3
C...H.
2
C...C
G T
1
C...C C...C
0
1 10
2 3 4
r.10 , m
Hình 2.1. Đường cong thực nghiệm của sự phân bố hướng tâm ở butan
với sự chỉ ra sự đóng góp của các đồng phân cấu dạng gauche (G) và trans (T)
Trên Hình 2.1 chỉ ra đường cong phân bố hướng tâm của butan với sự chỉ ra
khoảng cách C....C đối với các đồng phân quay riêng biệt. Từ tỉ lệ diện tích dưới các pic
ta nhận thấy rằng hàm lượng đồng phân cấu dạng trans là gần bằng 60%. Các kết quả
nhận được khi thay thế các số liệu này vào phương trình nG/nT=2exp(−∆Go/RT) chứng
tỏ rằng đồng phân trans bền hơn đồng phân gauche với sự khác nhau về năng lượng là
2635,92±1464,40 J/mol (hay 630±350 cal/mol) ở T≈278K.
Phân tử butan là hydrocarbon đơn giản nhất cho phép làm rõ quy luật cơ bản về đặc
tính cấu dạng của phân tử kiểu này. Khi làm phức tạp thêm phân tử thì cần thiết chỉ tính
đến tất cả sự kết hợp có thể có theo các hướng trans và gauche. Chẳng hạn đối với
pentan C1−C2−C3−C4−C5 thì sự quay tương đối của hai liên kết C2−C3 và C3−C4 là có
thể xảy ra. Khi đó sinh ra 3 tổ hợp: TT, TG và GG; số lượng của chúng tăng lên nhanh
khi làm phức tạp thêm phân tử và đạt đến 10 tổ hợp khác nhau ở heptan.
2.1.2. Các hydrocarbon no phân nhánh
Mạch nhánh làm cho phân tử hydrocarbon có sức căng và sức căng này có ảnh
hưởng đến tất cả các thông số cấu trúc. Khoảng cách C−C tăng lên khi chuyển từ ethan
và propan sang các dẫn xuất thế của ethan, isobutan, neopentan, và CHn(tert-C4H9)4-n
(n=1,2), tức là khi xuất hiện các nguyên tử carbon bậc 3 và bậc 4 như được chỉ ra ở
dưới:
16
C C C C
1 .534 1 .544 1 .582
C C C C C C C C
C C C C
1.539 1 .542
C
1 .537
C C C
C
C
1 .532 1.535 C
C
C C
C C C
1 .548 C
C C
1 .545 1.611
C C
C C C C
C C C
C
C C C
C C C C C
Phân tử hydrocarbon không vòng trong đó có sự cản trở không gian lớn chính là
tri-tert-butylmethan. Tất cả các thông số cấu trúc của phân tử này phản ánh sự có mặt
của các tương tác đẩy mạnh. Giá trị độ dài liên kết r(C−C)=1,611Å, lớn hơn 0,078Å so
với khoảng cách chuẩn trong các alkan. Đây là liên kết dài nhất trong các hydrocarbon
không vòng. Góc hóa trị cũng bị lệch khỏi giá trị bình thường 112,7o. Chẳng hạn sự
tương tác giữa các nhóm butyl bậc ba làm mở góc ở nguyên tử carbon trung tâm đến
116,0o còn góc liên kết ∠CCC ở bản thân các nhóm butyl thì giảm xuống còn 105,7o.
Phân tử đáng chú ý nữa là isobutan. Khoảng cách Cbậc ba−H =1,122Å lớn hơn nhiều
so với khoảng cách C−H ở các nhóm methyl (1,113Å), nhưng đặc trưng chủ yếu của
isobutan là góc hóa trị ∠CCC. Việc thay thế 2 nguyên tử hydro trong methan bằng các
nhóm methyl sẽ làm tăng góc hóa trị của nguyên tử carbon, như vậy việc đưa nhóm
methyl thứ 3 phải mở rộng góc hóa trị ∠CCC:
CH4 ∠HCH=109,5o; CH3CH2CH3 ∠CCC=112,7o; CH3CH(CH3)CH3 ∠CCC=110,8o
Góc hóa trị "lý tưởng" ∠CCC phụ thuộc vào số liên kết C−C kết hợp với nguyên tử
carbon được xét như sau:
Nguyên tử carbon
bậc 2 bậc 3 bậc 4
Góc hóa trị "lý tưởng" 112,7 110,8 109,5
2.1.3. Alken và cumulen

Khoảng cách carbon-carbon trong các dẫn xuất thế khác nhau của ethylen đã được
xem xét có hệ thống (xem Bảng 2.2).
17
Bảng 2.2. Các thông số hình học của phân tử ethylen,
các dẫn xuất thế methyl của nó và các cumulen
∠CCCa ∠HCCb
Phân tử C=C C−C C−H
∠HCHc
CH2=CH2 1,337(2) - 1,103(2) 117,2(1,2)c
CH3CH2=CH2 1,342(2) 1,506(3) 1,104(10) (C2H3) 124,3(0,4)a
1,227(8)(CH3) 121,3(1,4)b
(CH3)2C=CH2 1,342(3) 1,508(2) 1,095(20)(CH2) 122,2(0,2)a
1,119(7)(CH3) 121,3(1,5)b
cis-CH3CH=CHCH3 1,347(3) 1,508(2) - 125,4(0,4)a
trans-CH3CH=CHCH3 1,348(3) 1,510(2) - 123,8(0,4)a
(CH3)2C=C(CH3)2 1,353(4) 1,511(2) 1,118(4) 123,9(0,5)a
107(1)c
CH2=C=CH2 1,312 - 1,082 120,8b
CH2=C=C=CH2 (1-2) 1,318(5) - 1,083(5) 122,5b
(2-3) 1,283(5)
• Khoảng cách C=C ngắn nhất là ở ethylen; khi thế lần lượt các nguyên tử
hydro bằng các nhóm methyl thì khoảng cách này dần dần tăng lên; sự
tăng giới hạn đến 0,016Å tìm thấy ở tetramethylethylen.
• Khoảng cách C−C gắn với liên kết đôi cũng có khuynh hướng tăng lên
khi gắn các nhóm methyl vào phân tử; nhưng hiệu ứng này thể hiện ít và
chỉ vào khoảng 0,002Å khi thế một nguyên tử hydro bằng nhóm methyl;
giá trị này trùng với sai số của phép đo; chẳng hạn, sự khác nhau lớn
nhất ở propylen (1,506±0,003) và tetramethylethylen (1,511±0,002) là
0,005Å.
r (Å) r(Å) r(Å)
C=C 1,337 C=C= 1,313 =C=C= 1,283
C−C 1,534 C−C= 1,506 =C−C= 1,465
Khi có mặt của liên kết C=O thì độ dài của liên kết C−C ngắn lại từ 0,01-0,06Å
(xem phần hợp chất carbonyl).
2.1.3.2. Góc hóa trị

Người ta đã biết rằng nguyên tử carbon ở trạng thái lai hóa sp2 đặc trưng bởi góc
hóa trị 120o. Từ Bảng 2.2 ta thấy rằng giá trị góc này không có ở ethylen và các dẫn
xuất của nó.
18
F
1200 1200
B <1200 C CH2
F F
1200
BF 3 H2C CH2
Lý thuyết va chạm của các cặp electron hóa trị cho thấy rằng góc hóa trị này chỉ có
thể bằng 120o chỉ khi xung quanh nguyên tử trung tâm có 3 cặp electron tương đương,
như phân tử BF3. Nguyên tử carbon trong ethylen có 3 đám mây electron không tương
đương, trong đó đám mây lớn nhất là thuộc về liên kết đôi, điều này dẫn đến làm giảm
giá trị góc hóa trị ∠HCH. Sự thay đổi góc hóa trị khi thay thế các nguyên tử hydro ở
ethylen bằng các nhóm methyl có đặc tính khác với alkan. Sự giảm góc hóa trị khi
chuyển từ ethylen sang isobutylen dẫn đến sự giảm tiếp theo trong phân tử
tetramethylethylen, đạt đến giá trị 112,2o nhỏ hơn góc hóa trị ∠CCC trong alkan
(112,7o).
H H3C H3C
117,2 C CH2 115,8 C CH2 112,2 C C(CH3)2
H H3C H3C
∆ 1=1,6 ∆ 2=3,4
Đồng thời ta thấy rằng sự thế ở nguyên tử carbon bên cạnh có ảnh hưởng lớn hơn
đến độ lớn của góc, bởi vì ∆2>2∆1. Yếu tố này chứng tỏ rằng trong các dẫn xuất của
ethylen, ngoài tương tác giữa các nhóm thế geminal X....X tương ứng với độ lớn
∠XCX, tương tác giữa các phần khác của phân tử cũng có giá trị xác định. Sự thay thế
nhóm C=CH2 bằng nhóm C=O thực tế không gây nên sự thay đổi của góc hóa trị.
Một trong những vấn đề quan trọng nhất của hóa lập thể cumulen là sự không
thẳng của mạch C=C=C, C=C=C=C, v.v...
2.1.3.3. Cấu dạng

Propylen là olefin đơn giản nhất thú vị về quan điểm phân tích cấu dạng. Nếu đưa ý
tưởng về độ bền của cấu dạng xen kẽ ở alkan vào alken thì đối với propylen có thể có
hai cấu dạng có thể có như sau:
CH2
(I) (II)
CH2
19
Do sự đối xứng của nhóm vinyl làm xuất hiện sự che khuất không thể tránh khỏi
trong mỗi cấu dạng, do vậy sự tương tự hoàn toàn với ethan không đạt được và việc
chọn lựa giữa các cấu dạng I và II là khó khăn.
Trên cơ sở các số liệu về nhiệt động học đã đưa ra giả thiết về độ bền lớn hơn của
cấu dạng I. Ở đây có lẽ xảy ra sự uốn cong của liên kết đôi, và đối với trường hợp
propylen có hai dạng như sau:
CH2
(I') (II')
CH2
Việc chọn cấu dạng I’ là hiển nhiên, vì ở cấu dạng này có sự xen kẽ của các hướng
liên kết, còn ở cấu dạng II’ thì các liên kết bị che khuất.
2.1.4. Alkyn
Hydrocarbon có chứa liên kết ba riêng rẽ có các đặc trưng hình học như sau:
1,078(2) 1,212(2) 1,210(4) 1,407(4)
H C C H HC C CH3
1,468(2) 1,214(2) CH3

CH3 C C CH3 1,498(5)
CH3 C C CH
1,210(5)
1,529(7)
CH3
Liên kết ba là liên kết carbon−carbon ngắn nhất, và liên kết ≡ C−H cũng vậy.
Obtan lai hóa của nguyên tử carbon ở acetylen (a) chứa 50% đặc tính s, ở ethylen (e) là
33%, còn ở nguyên tử carbon của hydrocarbon no (n) là 25%, từ đó có thể dự đoán rằng
liên kết C−H bị co lại theo thứ tự n→e→a. Sự co lại trong trường hợp n→e có thể gần 2
lần nhỏ hơn sự co lại trong trường hợp e→a tương ứng với sự giảm đặc tính s. Chẳng
hạn, so sánh r(C−H) trong các hydrocarbon sau:
C2H6 1,112(1) C2H4 1,103(2) C2H2 1,078(2)
∆=0,009(3) ∆=0,025(4)
o
Góc hóa trị ở liên kết ba bằng 180 , vì thế hệ thống bao gồm liên kết ba là đồng
phẳng. Sự phá vỡ hệ này chỉ xảy ra khi liên kết ba nằm trong vòng.
Về mặt cấu dạng, đáng quan tâm nhất là phân tử dimethylacetylen. Nhóm methyl
trong phân tử này nằm cách xa nhau (4,15Å) đến nỗi chúng thực hiện được sự quay tự
do:
20
H H H
H H H
2.1.5. Hợp chất có liên kết liên hợp

Trong lý thuyết cấu tạo hóa học, hai liên kết bội được ngăn cách bởi một liên kết
đơn được xem như là liên kết liên hợp. Sự có mặt của hệ liên hợp trong phân tử dẫn đến
một đặc trưng cấu trúc duy nhất, dù cho khác nhau ở dạng nguyên tử tạo thành liên kết
bội (C, O, N, v.v...). Trước hết, đó là sự thay đổi độ dài của liên kết đơn nằm giữa các
liên kết kết bội và sự sắp xếp ưu tiên của hệ các nối đôi liên hợp trong một mặt phẳng.
2.1.5.1. Các hydrocarbon với liên kết đôi liên hợp

Từ các số liệu phổ nhiễu xạ electron, người ta thấy rằng độ dài của liên kết (I) ở hệ
liên hợp nhỏ hơn 0,03-0,04Å so với liên kết (II) trong alken và giá trị 1,47Å của nó
chính là đặc trưng cho các hydrocarbon liên hợp:
C C C C
Liªn kÕt liªn hîp Liªn kÕt olefin

(I) (II)
Để giải thích sự co ngắn lại của liên kết (I) người ta thường sử dụng các khái niệm
lai hóa, liên hợp và tương tác của các nguyên tử không liên kết với nhau. Mặc dù
chuyển từ phân tử này sang phân tử khác, độ dài của liên kết (I) có thay đổi chút ít,
nhưng nói chung giá trị của nó khác ít so với giá trị trung bình. Chẳng hạn, trong 3 đồng
phân của 3,4-dimethyl-2,4-hexadien giá trị của liên kết (I) là như nhau, mặc dù phân tử
của đồng phân cis,cis- là phẳng, còn phân tử của 2 đồng phân kia cis,trans- và
trans,trans- là không phẳng, tức là độ dài liên kết không thay đổi khi thay đổi góc quay
của các nhóm liên hợp:
CH3 CH3 CH3 CH3 CH3

H3C H3C
CH3
CH3 CH3 CH3 CH3
cis,cis cis,trans trans,trans
Giá trị độ dài liên kết r(C=C) trong các hydrocarbon dien liên hợp cũng giống như
trong alken. Khi phân tích cẩn thận hơn có thể nhận thấy sự tăng lên thêm 0,008(2)Å
của r(C=C) trong butadien so với ethylen, điều này được giải thích bởi hiệu ứng liên
hợp trong butadien. Trong các hệ trien liên hợp, như 1,3,5-hexatrien thì độ dài liên kết
C=C cuối mạch cũng giống như ở ethylen, còn độ dài của liên kết C=C trung tâm cao
21
hơn 0,03Å so với độ dài của liên kết cuối mạch và là chính độ dài của liên kết đôi
carbon−carbon trong các hydrocarbon vòng.
Độ dài của các liên kết =C−CH3 giống như trong các olefin có nhóm thế methyl.
Góc hóa trị ∠C=CC trong các hydrocarbon liên hợp thường lớn hơn 120o. Sức căng
không gian đáng kể trong các phân tử cis-1,3,5-hexatrien và 2-methyl-1,3,5-hexatrien
dẫn đến làm tăng góc hóa trị α2 đến 126-127o:
α1 α1
α2 α2
H H H3C H
2.1.5.2. Các hợp chất với hệ liên kết liên hợp C=C−C=O và O=C−C=O
Trong Bảng 2.3 dẫn ra các số liệu cấu trúc của một số hợp chất với các liên kết liên
hợp có chứa nhóm carbonyl nhận được từ phương pháp phổ nhiễu xạ electron.
Giá trị của độ dài liên kết (I) (xem ở trên) trong các hợp chất có chứa nhóm
carbonyl tương đối lớn hơn liên kết này ở các hydrocarbon liên hợp. Chẳng hạn:
H2C=CH−CH=CH2 H2C=CH−CH=O O=CH−CH=O
1,465Å 1,484Å 1,526Å
∆=0,019Å ∆=0,042Å
Trong acid glyoxylic cũng như trong acid oxalic và các dẫn xuất halogen của nó,
liên kết (I) đạt được giá trị của liên kết C−C trong alkan.
Một số đặc điểm có thể nhận thấy khi phân tích giá trị r(C=O). Ở đa số hợp chất
dẫn ra trong Bảng 2.4, giá trị r(C=O) không khác giá trị bình thường đối với các hợp
chất oxo. Giá trị r(C=O)=1,214(2)Å lớn nhất quan sát thấy ở diacetyl, r(C=O)=1,174Å
nhỏ nhất ở acid glyoxylic. Trong các acid oxalic thế halogen r(C=O) cũng giảm đến trị
số 1,18Å; trong trường này ảnh hưởng của các nguyên tử halogen (Cl, Br) là hoàn toàn
hiển nhiên.
Để có khái niệm đủ về hình học của các hợp với liên kết đôi liên hợp, ta dẫn ra các
thông số của hai hợp chất dãy thơm: 2-clorobenzaldehyd và para-benzoquinon:
2.1.5.3. Cấu dạng của phân tử với hệ liên kết đôi liên hợp
Đa số phân tử được dẫn ra trong Bảng 2.4 và 2.5 có cấu hình trans phẳng của các
liên kết đôi. Điều này đặc trưng không những cho các hợp chất có liên kết C=C và C=O
liên hợp, mà cả cho các hợp chất trong đó các liên kết C=N hay C=N và C=O liên hợp
với nhau. Chẳng hạn, đó là các hợp chất: acetaldazin (i), diazabutadien (ii),
oximinoaceton (iii).
22
Cl 1,344(2)
1,732(5)
O 120,0(2,5) 1,396(2)(trung bçnh) 1,225(2)
1,195(7) O O
116,9(0,9)
1,466(21) 1,481(3)
H
O H
C C
CH3 N OH
(iii)
Bảng 2.3. Các thông số hình học của phân tử hiđrocarbon liên hợp
C C ∠C=CCH
Phân tử C=C ∠C−CH3 ∠C=CC Cấu dạng
3
Butadien 1,345 1,465 - 123,3 - trans

(1) (1) (0,5)
Isopren 1,338 1,470 1,510 α1 122,4 120 trans
(5) (5) (7) (2,0) (1)
α2
α2 120
α1
(1)
2,3-Dimethyl- 1,349 1,491(6) 1,511(6) 122,0 120,1 trans
butadien (6) (1,0) (0,8)
3,4-Dimethyl- 1,350 1,473 1,521 122,6 α122,3 trans

2,4-hexadien (5) (5) (2) (0,8) (0,8)
α
α 1,359 1,460 1,528 120,6 α123,0 gauche

(10) (20) (10) φ=114o
1,349 1,479 1,521 123,5 α121,4 gauche

α
(4) (9) (3) (1,0) (1,0) φ=113o
23
Nhưng trong một số phân tử sức căng không gian đáng kể sẽ dẫn đến cấu hình
gauche. Điều đó xảy ra, chẳng hạn, trong các phân tử cis,trans- và trans-3,4-dimethyl-
2,4-hexadien, tính không đồng phẳng phát sinh do tương tác không gian mạnh giữa các
nhóm methyl ở các nguyên tử carbon tạo thành liên kết trung tâm:
CH(CH3) CH3 CH3 CH3 CH3
CH(CH3) H CH3
H H
CH3 φ
CH3 CH3 H CH3
CH3
Cấu hình không phẳng cũng tìm thấy trong các dẫn xuất thế halogen của butadien
như CF2=CFCF=CF2 (φ=47o) và CCl2=CClCCl=CCl2 (φ=102o) , và trong phân tử
(CH3)3CN=CHCH=NC(CH3)3 (φ=115o), ở đây hai liên kết C=N liên hợp với nhau.
Trong phân tử O=CXCX=O (X=Cl,Br), được nghiên cứu ở ba nhiệt độ khác nhau,
có hỗn hợp các đồng phân: dạng trans- với sự phân bố phẳng các liên kết C=O và dạng
gauche-:
X
O X
X
O
X O
O
Lượng dạng trans- là, %:

t,oC 0 80 190
(COCl)2 67,6(8,4) 51,3(10,0) 42,4(10,2)
o
t, C 6 80 211
(COBr)2 48,0(9,5) 42,3(9,9) 35,9(12,4)
2.2. HYDROCARBON THƠM
2.2.1. Benzen và đồng đẳng

Sự hiểu biết hình học của phân tử benzen có ý nghĩa quan trọng đối với hóa học
cấu tạo. Người ta đã xác định được sự đối xứng của phân tử C6H6, do vậy tất cả các liên
kết C C thơm và C−H là như nhau và bằng 1,399 và 1,101Å; góc ∠CCC và ∠HCC
o
bằng120 . Sự trung bình hóa độ dài liên kết C=C và C−C trong phân tử hexatrien mà sự
vòng hóa nó dẫn đến sự tạo thành benzen cho giá trị 1,403Å, gần với
r(C C)=1,399Å trong benzen và phù hợp với khái niệm về độ bội của liên kết C−C
bằng 1,5 trong benzen. Chẳng hạn, hình học của toluen và hexamethylbenzen đã được
nghiên cứu bằng phổ nhiễu xạ electron:
24
CH3
1,51(2)
1,39(5)
2.2.2. Diphenyl và dẫn xuất

Diphenyl và các dẫn xuất thế meta- và para- của nó cấu trúc phẳng ở trạng thái tinh
thể, còn trong pha khí thì các hợp chất này là không phẳng với góc quay xung quanh
C C
liên kết trung tâm từ 42-54o. Các giá trị tính toán bán thực nghiệm
đường cong thế năng cho cực tiểu năng lượng ở ϕ=40o và chiều cao hàng rào năng
lượng ~8,4-17,0 kJ/mol (2-4 kcal/mol); cần thấy rằng hàng rào ở ϕ=0o cao hơn chút ít
so với ở ϕ=90o. Sự khác nhau về cấu dạng trong pha khí và tinh thể cũng thấy ở phân tử
triphenylbenzen và hexaphenylbenzen, mặc dù ở trạng thái tinh thể các phân tử này
không đồng phẳng:
a=46 5o (khÝ) a= 90o (khÝ)
Trong pha khí các vòng ngoài của phân tử hexaphenylbenzen hầu như vuông góc
với vòng trung tâm, nhưng do biên độ dao động xoắn lớn, độ lệch ra khỏi vị trí vuông
góc lên tới ±10o.
Cấu dạng không phẳng trong pha khí cũng đã được xác định ở một số phân tử
tương tự diphenyl, như ở 4,4'-dipyridyl và 3,3'-dithienyl:
1,470 S
N N S
ϕ=37,2o ϕ=30o
cũng như cis- và trans-stylben:
25
1,489 1,481(5)
CH CH CH CH
C2, ϕ=43,2ο (3,2) C2, ϕ=35,2ο (3,1)

cis -stiben trans -stiben
Người ta nhận thấy rằng, khác với những hợp chất khác, 3,3'-dithienyl tồn tại ở 2
cấu dạng với góc quay ϕ≈30o và ϕ≈150o (từ vị trí cis-). Cấu dạng thứ hai, theo đánh giá
từ số liệu phổ nhiễu xạ electron, thì bền hơn cấu dạng thứ nhất vào khoảng 2,5kJ/mol
(0,6kcal/mol).
Trong phân tử 2-fluordiphenyl góc quay của vòng (ϕ=49o) chỉ cao hơn chút ít góc
ϕ=42o trong diphenyl, trong khi đó trong các phân tử có dạng:
X X
và trong peclorodiphenyl thì góc ϕ tương đối lớn hơn trong diphenyl và các dẫn
xuất thế meta và para của nó. Trong tất cả các dẫn xuất thế 2,2'-dihalogen của diphenyl,
các nguyên tử halogen nằm gần vị trí cis (ϕ=0o) hơn là vị trí trans (ϕ=180o), ngược lại,
các kết quả tính toán bán thực nghiệm đối với các hợp chất này cho cực tiểu thấp hơn
đối với ϕ>90o, trừ 2,2'-iododiphenyl.
Nếu thế nguyên tử hydro ở vị trí 2,2' bằng các nhóm thế có thể tích lớn hơn sẽ dẫn
đến sự cản trở không gian lớn hơn và do đó làm tăng góc ϕ thì trong những hợp chất
như 2,2'-dipyridyl và 2,2'-dithienyl:
N N S
1,489
ở đây nhóm CH được thay thế bằng các nguyên tử N hay S có thể chờ đợi sự giảm
cản trở không gian và cấu dạng phẳng của phân tử. Nhưng cấu dạng phẳng "chặt chẽ"
không phù hợp với các số liệu thực nghiệm trong cả hai trường hợp. Đối với 2,2'-
dipyridyl, cấu dạng ưu tiên chưa xác định được, nhưng người ta nhận thấy rằng sự quay
C C
xung quanh liên kết tự do hơn so với trường hợp 4,4'-dipyridyl. Ở 2,2'-
dithienyl, góc quay trung bình ϕ≈34o, nhưng số liệu thực nghiệm lại phù hợp với sự
quay hoàn toàn tự do với khoảng góc lớn. Có lẽ, hàng rào quay trong các phân tử 2,2'-
dipyridyl và 2,2'-dithienyl thấp hơn trong diphenyl thế meta và para và đồng đẳng của
nó.
26
2.2.3. Các hydrocarbon thơm ngưng tụ
Trong các hợp chất với các vòng benzen ngưng tụ, các liên kết C C trong vòng
đều khác nhau. Giá trị trung bình r(C C) tăng lên với sự tăng lên của kích thước
phân tử; trong benzen, naphtalen, antraxen và coronen r(C C) thứ tự là 1,397;
1,401; 1,408 và 1,415Å.
b c b c c d b c
a d a d b a d
a
e
f j
naphtalen antraxen
coronen perilen
a
a b c b a
c
d c d
biphenilen inden azulen
Bảng 2.6. Độ dài liên kết C C trong các phân tử với các vòng benzen ngưng tụ
Liên kết Naphtalen Antraxen Coronen Perilen

a 1,412(14) 1,419 1,438(9) 1,420(9)
b 1,371(4) 1,390 1,381(19) 1,375(10)
c 1,422(4) 1,420 1,444(16) 1,412(12)
d 1,420(7) 1,425 1,362(17) 1,451(14)
e - 1,404 - 1,429(11)
f - - - 1,402(15)
j - - - 1,473(5)
2.3. HYDROCARBON ĐỒNG VÒNG

2.3.1. Hydrocarbon đơn vòng no
Đặc trưng cấu trúc của các cycloalkan được dẫn ra trong Bảng 2.7.

Khoảng cách C−C trong các hydrocarbon vòng (CH2)n phụ thuộc nhiều vào kích
thước vòng n (xem Hình 2.3). Ở các vòng với n=3-6 thì r(C−C) thay đổi khá đặc thù: sự
tăng lên tuyến tính khi chuyển từ C6H12 sang C4H8 được kết thúc bởi sự co đột ngột trong
phân tử C3H6. Từ Hình 2.3 ta thấy rõ rằng cyclopropan là phân tử duy nhất mà trong đó
r(C−C) nhỏ hơn giá trị bình thường, còn trong các trường hợp còn lại thì khoảng cách này
luôn lớn hơn. Quy luật tương tự cũng giữ nguyên ở các hợp chất dị vòng.
27
Các vòng 3, 4, 5 và 6 cạnh là những đơn vị cấu trúc trong việc xây dựng các
hydrocarbon đa vòng. Khi đó kích thước trung bình của các đơn vị cấu trúc này bị thay
đổi không nhiều và khoảng cách C−C trong các vòng 5 và 6 cạnh gần bằng khoảng cách
bình thường trong các hydrocarbon không vòng; các vòng 3 cạnh được đặc trưng bởi sự
co ngắn liên kết C−C, còn các vòng 4 cạnh được đặc trưng bởi khoảng cách C−C được
kéo dài.
Bảng 2.7. Các thông số hình học của các phân tử hydrocarbon vòng
Hợp chất C−C C−H ∠CCC ∠HCH Dạng vòng

Cyclopropan 1,510(2) 1,089(3) 60,0 115,1(1,0) phẳng
Cyclobutan 1,548(3) 1,092(10) 87 110 uốn cong 35o
Cyclopentan 1,546(1) 1,113(1) 104,4 106,0 không phẳng; giả quay
Cyclohexan 1,536(2) 1,121(4) 111,4(0,2) 107,5(1,5) ghế với góc xoắn
τ=54,9(0,4)
Cycloctan 1,540 1,107 116,56 108,0 phân tử uốn cong
Cyclodecan 1,545(3) 1,115(3) 116,1(1,1) 105,4 cấu dạng cơ bản
thuyền-ghế-thuyền
E, 90 10 1.57
r(C-C).10
80
(m) 1.56
70
1.55
60
50 1.54
40 1.53
30
1.52
20
1.51
10
1.5
0
3 4 5 6 8 10 11
3 4 5 6 7 8 9 10
n
n
Hình 2.3. Sự thay đổi sức căng và khoảng cách C−C
2.3.1.2. Góc hóa trị

Sự thay đổi ∠CCC phụ thuộc vào kích thước của vòng (xem Hình 2.4). Khi so sánh
với Hình 2.3 thì rõ ràng là độ dài liên kết và góc tuân theo các quy luật khác nhau.
Khoảng cách C−C phụ thuộc phức tạp vào kích thước của vòng, còn sự thay đổi của góc
có dạng đường cong. Giá trị giới hạn của ∠CCC gần với giá trị bình thường đặc trưng
cho các hydrocarbon mạch hở.
28
Trong Hình 2.3 và 2.4, vị trí vắng mặt là hai hydrocarbon: cyclopropan và
cyclohexan. Hydrocarbon đầu có sự sai lệch lớn nhất (luôn luôn về phía nhỏ hơn) các
đặc trưng tiêu chuẩn. Hydrocarbon thứ hai có các chỉ số không khác các alkan mạch
thẳng.
2.3.2. Hydrocarbon đơn vòng không no
2.3.2.1. Liên kết bội trong vòng

Độ dài liên kết trong các olefin không vòng và vòng gần giống nhau. Các
hydrocarbon có một liên kết đôi hay hai liên kết đôi riêng rẽ được so sánh với propylen
như sau:
1,506(3) 1,519(2) 1,566(3) 1,546(35)

1,517(2) 1,519(30)
1,342(2) 1,304(3) 1,342(4) 1,342(10)
1 2 3
1,549(2)
1,537(20) 1,534(6)
1,515(20)
1,511(4) 1,502(20) 1,499(8) 1,506(6)
1,347(4) 1,344(4) 1,322(3) 1,326(4)
4 5 6 7
Các hydrocarbon với các liên kết liên hợp được so sánh với butadien:
1,509(2) 1,534(20) 1,520(20)

1,345(2)
1,523(16) 1,509(20)
1,465(3) 1,342(3)
1,469(2) 1,350(4) 1,347(6)
1,468(14) 1,550(15)
8 9 10
1,505(7) 1,5422
1,5090(5)
1,446(7)
1,3474(5) 1,340(4)
1,356(5) 1,476(4)
1,475(1)
10a 11 11a
29
120 C3H8
góc CCC,
độ 110
100
90
80
70
60
50
3 4 5 6 7 8 9 10
n
Hình 2.4. Sự thay đổi góc hóa trị ∠CCC phụ thuộc vào kích thước của vòng (CH2)n.
Như đã thấy, các vòng nhỏ lại có tính đặc thù lớn nhất. Liên kết C=C ngắn nhất
(1,304Å) được tìm thấy ở cyclopropen, còn liên kết C–C dài nhất (1,566Å) là ở
cyclobutan. Sự thay đổi góc hóa trị ở liên kết đôi trong các cyclolefin được chỉ ra trong
Hình 2.5 và 2.6.
Hai phân tử có chứa liên kết ba trong vòng sau đã được nghiên cứu:
1,584(9)
1,470 1,210 1,491(9)
1,459(12) 1,536
1,208 1,475
1,232(6)
Khác với cyclotetradeca-1,8-diin, hình học của cycloctin không cho phép bảo toàn
tính thẳng của nhóm −C≡C− và góc ở liên kết ba bằng 158,5(0,9)o.
Việc đưa liên kết đôi vào trong phân tử các hydrocarbon vòng có ảnh hưởng chủ
yếu đến cấu dạng của chúng. Nói chung ảnh hưởng này bao gồm sự nén phẳng vòng,
bởi vì sự quay tương đối của liên kết đôi thực tế là không thể được. Chẳng hạn, điều đó
thể hiện trong hệ vòng 4 cạnh: cyclobutan bị uốn cong với góc 35o, còn phân tử
cyclobuten thì phẳng.
Liên kết đôi trong vòng 5 cạnh bền hóa cấu dạng "phong bì" với góc lệch ra khỏi
mặt phẳng 28,8o. Việc đưa liên kết đôi thứ hai vào làm cho vòng 5 cạnh có cấu trúc
phẳng.
Sự xuất hiện liên kết đôi trong vòng 6 cạnh cũng kèm theo sự nén phẳng chung.
Hai liên kết đôi trong cyclohexadien-1,4 làm cho vòng hoàn toàn phẳng.
Cyclohexadien-1,3 liên hợp, giống với các hệ vòng 7 và 8 cạnh, thì không phẳng. Giá trị
góc nhị diện lớn nhất −C=C−C=C (56,3o) đạt được trong phân tử cycloctatetraen.
30
góc C=CC, độ góc C=CC,đ?
CH2=CHCH=CH2
130 CH2=CHCH3 130 10

11
5 7
120
4 6
110 3
120 9
100
90 2
110
80 8
70
1
60 100
2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 4 6 8 10
n n
Hình 2.5. Góc hóa trị ∠CC=C trong các Hình 2.6. So sánh góc hóa trị ∠C=C−C(=C)
cyclolefin và các cyclodien không liên hợp trong butadien và các cyclodien không
(so sánh với propylen ). Đường nằm ngang liên hợp. Đường nằm ngang tương ứng
tương ứng với góc hóa trị ∠CC=C trong với góc hóa trị ∠CC=C trong butadien
propylen
Sự có mặt của liên kết đôi trong vòng cũng dẫn đến sự giới hạn số cấu dạng có thể
có, điều đó liên quan với khuynh hướng của 4 nguyên tử carbon C−C=C−C cùng nằm
trong một mặt phẳng. Đồng thời một số quy tắc chung được tuân theo: cấu dạng của
cycloalken tương ứng với một trong những cấu dạng có thể có của cycloalkan với số
nguyên tử carbon nhỏ hơn 1 đơn vị. Chẳng hạn, đối với cyclohexen, tương tự với các
cấu dạng của cyclopentan, có thể đề nghị hai phương án với sự đối xứng Cs và C2:
+ +
+
Cs -
C2
Cấu dạng đầu kém bền hơn do sự có mặt của cấu dạng khuất trong mắt xích
C−CH2−CH2−C được nâng lên khỏi mặt phẳng. Cấu dạng thứ hai, cấu dạng nửa ghế,
không có yếu tố bền hóa như vậy và chính cấu dạng này được có mặt ở cyclohexen.
2.3.2.2. Liên kết bội trong mạch nhánh

Khoảng cách giữa các hạt nhân trong các hydrocarbon có các liên kết đôi ngoài
vòng được dẫn ra dưới đây:
1,516(20)
1,3317(14) 1,343(20) 1,3485
1,335(3) 1,355 1,468(1)
1,4570(14) 1,453(20)
1,488(9) 1,357(1)
1,525 1,565
1,5415(3) 1,357(5)
1,476
31
Độ dài của liên kết đơn C−C phụ thuộc rõ rệt vào kích thước của vòng. Khoảng
cách nhỏ nhất được tìm thấy trong vòng 3 cạnh, độ dài C−C này ngắn hơn không chỉ ở
cyclopropen (1,519Å) mà cả trong butadien (1,465Å). Ngoài ra, khoảng cách này không
phụ thuộc vào số nhóm methylen kết hợp với vòng. Khoảng cách lớn nhất đặc trưng cho
các vòng 4 cạnh.
Khi chuyển từ methylencyclopropan sang cyclopropanon, các thông số của vòng
thay đổi chút ít: các phía mạch nhánh của vòng 3 cạnh tăng thêm ~0,02Å, còn các liên
kết trong vòng tăng thêm 0,03Å. Như vậy theo quan điểm ảnh hưởng đến độ lớn của
vòng, các nhóm C=O và CH2= không đồng nhất. Nhưng cần phải tính đến điều là các
keton vòng được nghiên cứu tương đối kĩ hơn, bởi vậy có thể sử dụng các số liệu này để
đánh giá kích thước và cấu dạng của các vòng carbon.
Việc so sánh liên kết trung tâm C−C trong các phân tử sau
1,465 1,475 1,506
CH2 CH CH CH2 CH CH2 CH3 CH CH2
chỉ ra rằng vinylcyclopropan gần với butadien hơn là với propylen. Liên kết C−C
trong bicyclopropan cũng ngắn lại rõ rệt (1,499Å). Tương tự, có thể chờ đợi sự tương
tác của vòng cyclopropan với liên kết ba khi so sánh các hợp chất sau:
1,434 1,466 1,470
CH2 CH C CH C CH CH3 C CH
Thực tế tương tác như vậy hoặc là vắng mặt hoặc là rất nhỏ, bởi vì r(C−C) trong
hai phân tử sau gần như nhau.
Để xem xét vấn đề cấu dạng của các phân tử bao gồm vòng cyclopropan và nhóm
không no kết hợp với nó, thì có hai quan niệm sau: khái niệm về tính tương tự π của
cyclopropan và khái niệm các liên kết bị uốn cong. Phù hợp với khái niệm đầu, cấu
dạng mà trong đó sự che phủ của các obitan π của vòng và nhóm không no là cực đại.
Trong trường hợp thứ hai, cần phải phân biệt các hướng liên kết che khuất và xen kẽ.
Đối với phân tử dạng này tồn tại 3 sự sắp xếp tương đối của nhóm không no đối với
vòng cyclopropan:
trans cis gauche
Bảng 2.8. Thành phần đồng phân (%) của một số dẫn xuất cyclopropan
32
Phân tử trans cis gauche
CH CH2 75(6) - 25(6)
C O 45(10) 55(10) -
H
C O 15(15) 85(15) -
Cl
C O 20(15) 80(15) -
CH3
(CH3)2CH C O 10 - 90
H
47,5 - 52,5
Br 33 - 67
Br
Br 100 - -
Br
100 - -
N N
Hai cấu dạng đầu tiên phù hợp với đặc tính π của cyclopropan; khái niệm về liên
kết bị cong thích hợp hơn với cấu dạng thứ nhất và thứ ba, bởi vì ở dạng cis thì xuất
hiện sự uốn cong liên kết.
Các kết quả xác định thành phần cấu dạng của vinylcyclopropan và các hợp chất
giống nó được dẫn ra trong Bảng 2.8. Đặc điểm xác định của các nhóm không no là rõ
ràng bởi vì cấu dạng cis chỉ quan sát thấy ở trong các hợp chất carbonyl. Sự khác biệt
một phần này được quyết định bởi hiệu ứng không gian, nhưng có thể cũng là sự tương
tác với cặp electron không chia xẻ.
2.3.3. Spiran
Chỉ có một số spiran được nghiên cứu. Người ta thấy rằng spiro[3,3]heptan có cấu
trúc không phẳng. Nếu so sánh spiropentan với cyclopropan thì các liên kết được tạo
thành bởi nguyên tử trung tâm bị ngắn đi gần 0,04Å, còn các liên kết biên (peri) thì lại
33
dài thêm 0,01Å. Mặt khác, các thông số cấu trúc của cyclopropan và cyclopentadien
thực tế không bị thay đổi khi tạo thành phân tử spiro[2,4]hepta-4,6-dien.
1,510 1,341 Cl
Cl
1,519 1,460
1,469
1,509 Cl Cl
2.3.4. Bicyclohydrocarbon
Các bicyclo[m.n.k]alkan được phân loại theo số nguyên tử ở cầu nối: k = 0,1,2.
2.3.4.1. Bixcloro[m.n.0]alkan (alken)

1) Độ dài liên kết
Các giá trị độ dài liên kết của một số bicyclo[m.1.0]- và bicyclo[m.m.0]alkan được
dẫn ra dưới đây:
1,528 1,549 1,535
1,497 1,498 1,507
1,565 1,520
1,536 1,455
I II III IV
CC(tb) CC(tb)
1,546 1,554 1,542
1,506 cis 1,535 cis 1,536
1,546 1,557 trans 1,532 trans 1,537
1,473 1,344 1,577
V VI VII VIII
Các hydrocarbon có mảnh cyclobuten:

1,56
1,543 1,574 1,524
1,341 1,34
1,345
1,533
1,511
Ở các cycloalkan, r(C−C) trong cyclopropan (1,510Å) và cyclobutan (1,555Å)

khác nhau nhiều hơn, hiệu số của chúng là 0,045Å. Trong phân tử của hydrocarbon II
có chứa các mảnh vòng 3 và 4 cạnh, khoảng cách lớn nhất (1,565Å) được tìm thấy trong
mảnh vòng 4 cạnh, còn độ dài kiên kết nhỏ nhất thì ở trong mảnh vòng 3 cạnh. Như
vậy, hiệu số khoảng cách (0,058Å) tăng lên, nhưng cả hai hiệu ứng thực tế đã bổ chính
cho liên kết chung (1,536Å).
Độ dài liên kết chung trong các hydrocarbon ngưng tụ không phải luôn luôn nằm
giữa khoảng cách lớn nhất và khoảng cách nhỏ nhất trong phân tử, điều này có thể xảy
ra khi san bằng các hiệu ứng cạnh tranh. Chẳng hạn trong hợp chất III và IV, khoảng
34
cách chung là cực tiểu và cực đại theo từng phân tử nói chung.
2) Góc hóa trị
Góc hóa trị trung bình trong các hợp chất bicycloalkan gần bằng các giá trị đặc
trưng cho các hydrocarbon đơn vòng: 60o trong các vòng 3 cạnh, ~90o trong các vòng 4
cạnh, ~104o trong các vòng 5 cạnh và ~111o trong các vòng 6 cạnh. Sức căng góc trong
các phân tử bicycloalkan phải tăng lên do sự xuất hiện của nguyên tử carbon bậc ba, bởi
vì thông thường tất cả các góc hóa trị của nó bị sai lệch so với giá trị bình thường
(110,8o).
3) Cấu dạng
Trong dãy các hợp chất I-VIII, các vòng 3 và 4 cạnh là các đơn vị cấu trúc thường
gặp nhất, vì vậy ta chỉ xem xét ảnh hưởng của chúng đến cấu dạng của các vòng mà
chúng ngưng tụ với.
Về một số đặc trưng, vòng cyclopropan giống với nối đôi. Tính tương tự này có thể
mở rộng hơn nữa khi nhận thấy rằng cấu dạng của vòng lớn nhất trong phân tử
bicyclo[m.1.0]alkan trùng với cấu dạng của cyclolefin có chứa m+2 nguyên tử carbon.
Quy tắc này đúng cho các cặp sau: II-cyclobuten, III-cyclopenten, IV-cyclohexen, V-
cyclohexadien-1,3.
Vòng 4 cạnh ngưng tụ, do tính uốn được của mình, giữ nguyên trong vòng kép khả
năng quay nội phân tử so với liên kết chung. Do vậy, sự thay đổi cấu dạng uyển chuyển
hơn như thấy rõ theo các góc nhị diện của các vòng 4 cạnh được dẫn ra dưới đây:
35o 11,5 o 9,0o

0o
2.3.4.2. Bixcloro[m.n.1]alkan (alken)

Theo mức độ phức tạp hóa phân tử, khó khăn khi đo khoảng cách thực C−C tăng
lên, mà khoảng cách này thường nhỏ. Trong số các góc hóa trị ở trong phân tử
bicycloalkan của lớp chất này, đáng chú ý là góc ở nguyên tử carbon cầu nối và sự thay
đổi của nó theo sự lớn lên của vòng ở cả hai phía của vòng. Đối với các
bicyclo[m.m.1]alkan đối xứng độ lớn của góc ∠CCC này tuân theo phương trình bán
kinh nghiệm sau:
∠CCC=0,1+18,6n (n=m+3=4,5,6)
Phương trình này cũng mô tả thích hợp cho các góc trong các hydrocabon không
đối xứng bicyclo[2.1.1]hexan và bicyclo[3.2.1]octan (xem Hình 2.7). Tất cả các giá trị
đo được phù hợp với các kết quả tính toán bán kinh nghiệm.
Hệ vòng kép từ cyclobutan riêng rẽ có thể được tạo thành bằng cách nối vị trí 1,2
hay 1,3. Phương án đầu tiên luôn dẫn đến sự nén phẳng vòng 4 cạnh. Ngược lại, sự kết
hợp ở vị trí 1,3 kèm theo sự tăng lên của tính không phẳng:
35
1,3 1,2
o o o o
60 57,3 35 11,5
Hình 2.7. Sự thay đổi góc hóa trị ở

nguyên tử carbon cầu nối trong
bicyclo[m.m.1]alkan (|) theo phương
trình trên và so sánh với các kết quả đối
với hydrocarbon không đối xứng().
Góc nhị diện 60o ở bicyclo[1.1.1]pentan có được do sự đối xứng, nhưng khi thay
thế vòng 4 cạnh bằng vòng 5 cạnh chỉ gây nên sự thay đổi không đáng kể góc, và chỉ
trong sự kết hợp của vòng 6 cạnh thì góc này mới giảm xuống 42,7o:
o o o
60 55 o
53,3 42,7
Các mảnh 5 cạnh tham gia vào thành phần của các bicyclohydrocarbon luôn có cấu
dạng "phong bì" được đặc trưng bởi góc lệch ra khỏi mặt phẳng phân tử:
o o o
28,8 47,0 o
56,55 57,5
Sự xuất hiện mảnh 4 cạnh trong phân tử dẫn đến sự uốn cong lớn hơn của vòng 5
cạnh:
o o o
62,5 63,35 63,35
36
Cấu dạng của mảnh vòng 6 cạnh dạng ghế tham gia vào thành phần của các
hydrocarbon vòng kép được đặc trưng bởi hai góc nhị diện α1 và α2; đối với cyclohexan
α1=α2=55,1o:
α2
α1
α1: 37o [18,1o] 42,6o [12,5o] 38,4o [16,7o]

α2 : 68,6o [-13,5o] 62,9o [-7,8o] 55,9o [-0,8o]
Như đã chỉ ra theo hiệu số 55,1o-αi đặt trong dấu ngoặc vuông, sự biến đổi lớn nhất
vòng 6 cạnh xảy ra trong bicyclo[3.1.1]heptan. Trong phân tử này vòng 6 cạnh đồng
thời nằm ở cấu dạng ghế và thuyền do sự đối xứng. Có lẽ, sự có mặt của tương tác đẩy
trong cấu dạng thuyền là nguyên nhân của sự nén phẳng rõ rệt vòng 6 cạnh (phán đoán
theo α1=37o). Sự nén phẳng giống như thế cũng xảy ra trong phân tử
bicyclo[3.3.1]nonan, mặc dù nguyên nhân của hiện tượng này hoàn toàn khác, đó là do
tương tác của hydro-endo ở vị trí 3,7.
Cấu dạng thuyền cũng có thể được đặc trưng bởi góc nhị diện được dẫn ra để so
sánh trong hai nhóm hợp chất:
88,8o 73,7 o 54,3o 71,4o 23,8 o 79,1o 34,9 o
Trong số đó, bicyclo[3.1.0]hexan được chú ý đặc biệt. Trong hợp chất này cấu
dạng thuyền được bền hóa bởi sức căng xoắn. Trong khi đó tương tác đẩy bị yếu đi do
sự nén phẳng của mảnh vòng 5 cạnh.
2.4. DẪN XUẤT HALOGEN CỦA HYDROCARBON

Trong các dẫn xuất halogen của hydrocarbon béo no và dẫn xuất của ethylen,
acetylen và benzen, độ dài liên kết carbon-halogen rất khác nhau. Sự giảm r(C−Hal)
trong các dẫn xuất halogen của hydrocarbon không no được xem như là sự sai lệch khỏi
r(C−C) trong các hợp chất bão hòa và được giải thích bằng sự tăng lên của độ bội liên
kết C−Hal (xem bảng 2.9).
37
Bảng 2.9. Giá trị trung bình r(C−Hal) của các dạng liên kết khác nhau
Dạng liên kết

Hal C Hal C Hal
C Hal C Hal (Csp)
(Csp3) (Csp2)
F 1,36 1,33 1,27

Cl 1,77 1,72 1,63
Br 1,94 1,88 1,80
I 2,15 2,09 2,08 1,99
2.4.1. Quy luật về giá trị độ dài liên kết và góc hóa trị
Các số liệu dẫn ra trong Bảng 2.10-2.14 chỉ ra rằng quy luật chung trong sự thay
đổi của r(C−Hal) (Hal=F, Cl, Br, I) kèm theo sự thay đổi dạng liên kết được bảo toàn.
Nhưng dưới ảnh hưởng của các liên kết xung quanh, r(C−Hal) có thể có giá trị khác với
giá trị được xác định chỉ bởi trạng thái hóa trị của nguyên tử carbon. Ảnh hưởng này
của các nguyên tử và nhóm nguyên tử là đáng kể nhất đối với dạng liên kết tứ diện
C−Hal.
Bảng 2.10. Độ dài liên kết C−F
Phân tử C−F Phân tử C−F
C F
Dạng liên kết (Csp3)
CH3F 1,3890(8) (CF2Cl)2CF2 1,336(1)
CH2F2 1,357(1) CF3CHF2 1,335 CF3
CHF3 1,332(1) 1,345 CHF2
CF4 1,319(5) CF3ClF2 1,338(3)
CF3I 1,344(2) CF3CF3 1,326(2)
CClF 1,362(3) (CF3)3CH 1,334(2)
CHClF2 1,350(3) CH2=CHCH2F 1,382(10) (cis)
CH3CH2F 1,398(5) 1,371(15)(trans)
FCH2CH2F 1,394(1) CH2=CClCH2F 1,371
(CH3)2CHF 1,405(5) CH2=CHCF3 1,347(3)
(CH3)3CF 1,425(3) CH2=C(CF3)2 1,327(2)
(CF)2ClF 1,338(3) ClC≡CCF3 1,336(6)
CH3CClF2 1,328(20) F3CC≡CCF3 1,331(3)
38
Phân tử C−F Phân tử C−F
C F
CH2=CHF 1,348(4) CHF=CF2 1,336(2)
CHF=CHF 1,338(3) (trans) CF2=CF2 1,319(2)
1,332(2) (cis) CH3CF=CH2 1,324
1,344(2) (trans) CF2=CF−CF=CF2 1,323(2)
CH2=CF2 1,324(2) CCl2=CF2 1,315(15)
Dạng liên kết ≡C−F
CH≡C−F 1,279
Người ta thấy rằng trong các dẫn xuất của methan, r(C−Hal) giảm khi tăng số
nguyên tử halogen kết hợp với nguyên tử carbon. Sự thay đổi lớn nhất (đến 0,06Å) xảy
ra ở liên kết C−F trong các fluoromethan. Trong dãy các cloromethan có thể sự ngắn lại
khá rõ của liên kết C−Cl khi chuyển từ CH3Cl sang CHCl3. Trong phân tử CH4-nBrn
(n=1-4), đặc trưng phụ thuộc của sự thay đổi khoảng cách C−Br vào số nguyên tử
bromo khác với các fluoromethan: liên kết C−Br trong CH2Br2 có giá trị nhỏ nhất.
Bảng 2.11. Độ dài liên kết C−Cl
Phân tử C−Cl Phân tử C−Cl
C Cl
CH3Cl 1,778(2) CHCl2CCl2CHCl2 1,780(5) ở CH2Cl
CH2Cl2 1,767(1) 1,752(9) ở CCl2
CHCl3 1,758(1) CHCl2CCl2CCl3 1,779(12) ở
CHCl2,CCl2
CCl4 1,767(2) 1,767(28) ở CCl3
CHF2Cl 1,747(2) CCl3CCl2CCl3 1,764(12) ở CCl3
CFCl3 1,754(1) 1,812(10) ở CCl2
CH3CH2Cl 1,788(2) C4H9Cl 1,780(4)
CH2CF2Cl 1,736(20) CH3CHClCH2CH3 1,781(4)
ClCH2CH2 Cl 1,788(2) (CH3)2CHCH2Cl 1,804
CH2ClCHCl2 1,76(1) (CH3)3CCl 1,827(5)
CH3CHCl2 1,766(10) (CH3)2C(CH2Cl)2 1,192(4)
CCl3CCl3 1,769(3) CH3C(CH2Cl)3 1,792(6)
(CH3)2CHCl 1,798(8) C(CH2Cl)4 1,792(6)
(CH2Cl)2CH2 1,798(6) C6H5CH2Cl 1,802(6)
CH2ClCHClCH2Cl 1,792(4) CH≡CCH2Cl 1,780(3)
CHCl2CH2CCl3 1,774(4) CH2=CHCH2Cl 1,809
39
Phân tử C−Cl Phân tử C−Cl
C Cl
Dạng liên kết
CH=CHCl 1,728(7) Cl2C=CCl−CCl=CCl2 1,715(2)
CHCl=CHCl 1,718(7)(cis) CH≡C−CH=CHCl 1,716(5)(cis)
CCl2=CCl2 1,718(3) 1,717(4)(trans)
CH2CH=CHCl 1,728 CH≡C−CCl=CH2 1,738(4)
CCl2CCF2 1,796(8) CH2=C=C=CHCl 1,733(5)
Dạng liên kết ≡C-Cl
CH≡CCl 1,637 (CH3)3C−C≡CCl 1,637(5)
BrC≡CHCl 1,636(3) H2C=CH−C≡CCl 1,637(4)
F3C−C≡CCl 1,627(9)
Hiệu ứng co ngắn liên kết C−Hal đối với cloro- và bromomethan tương đối nhỏ
hơn so với ở fluoromethan, chỉ vào khoảng 0,02Å. Sự có mặt của nguyên tử fluor bên
cạnh liên kết C−Hal (Hal=Cl, I) trong các halogenalkan dẫn đến làm giảm độ dài của
liên kết này:
C−Cl C−Cl C−I
CH3Cl 1,778(2) CH3CH2Cl 1,788(2) CH3I 2,132(1)
CHF2Cl 1,747(2) CH3CF2Cl 1,736(20) CF3I 2,101(9)
Các số liệu đối với liên kết C−I là ngoại lệ:
CH3CH2I 2,139(5)Å CF3CF2I 2,142(23)Å
Bảng 2.12. Độ dài liên kết C−Br
Phân tử C−Br Phân tử C−Br
C Br
CH3Br 1,933(2) (CH3)2CHBr 1,957(4)
1,939(1) CH2BrCHBrCH2Br 1,948(6)
CH2Br2 1,925(2) CH2BrCH2CH2Br 1,959(4)
1,924(3) n-C4H9Br 1,950(10)
CHBr3 1,930 C(CH2Br)4 1,951(8)
CBr4 1,942(3) CH2=CH−CH2Br 1,976
CH3CH2Br 1,950(4) C6H5CH2Br 1,978(8)
CH2BrCH2Br 1,960(8) CH≡CCH2Br 1,942
BrCH2C≡CCH2Br 1,972
40
C Br
Dạng liên kết
CH2=CHBr 1,940(15) CBr2=CBr2 1,881(3)
CHBr=CHBr 1,871(5) CH3CH=CHBr 1,884
Dạng liên kết ≡C−Br
HC≡C−C≡CBr 1,790(5) IC≡CBr 1,795(6)
ClC≡CBr 1,784(3)
Độ dài liên kết C−Hal trong các halogenalkan phụ thuộc chủ yếu vào nguyên tử
carbon bậc nào (bậc nhất, bậc hai hay bậc ba) liên kết với nguyên tử halogen, chẳng hạn:
CH3Cl 1,778(2) CH3CH2Cl 1,788(2) (CH3)2CHCl 1,798(8) (CH3)3CCl 1,803(2)
Trong các phân tử allyl halide CH2=CHCH2X (X=Cl, Br), độ dài liên kết C−Hal
tăng lên so với giá trị trung bình đặc trưng cho dạng liên kết Csp3−Hal.
Đối với các hợp chất có chứa nhóm nguyên tử −C≡C-CH2Hal, thì lại trái ngược,
chẳng hạn:
1,950 1,942
CH CH Br HC CCH Br
3 2 2
1,976 1,972
CH CHCH Br Br CH C CCH Br
2 2 2 2
Ảnh hưởng của các nhóm liên kết lân cận đến r(C−Hal) của dạng tứ diện rất rõ rệt
trong các hợp chất trinitro HalC(NO2)3 (Hal=Cl,Br). Giá trị r(C−Cl) trong ClC(NO2)3 và
r(C−Br) trong BrC(NO2)3 tương ứng bằng 1,712(4) và 1,885(9)Å, nhỏ hơn giá trị đối
với dạng liên kết Csp2−Hal (Hal=Cl, Br). Như vậy đối với liên kết C−Hal dạng tứ diện
thì có một sự thay đổi đáng kể độ dài liên kết (đến 0,1Å), điều này có liên quan đến các
nhóm liên kết lân cận.
Bảng 2.13. Độ dài liên kết C−I
Phân tử C−I Phân tử C−I
C I
CH3I 2,133(2) CH3CH3I 2,139(5)
2,132(1) CF3CF2I 2,142
2,143(2) CF3CFICF3 2,139(18)
CF3I 2,101(9) (CFF3)3CI 2,157(30)
C I
Dạng liên kết
CI2=CI2 2,106(5)
Dạng liên kết ≡C-I
HC≡CI 1,988 BrC≡CI 1,972(8)
41
Đối với dạng liên kết phẳng Csp2−Hal, giá trị độ dài liên kết trong các dẫn xuất
halide không no thay đổi khoảng 0,03Å, ngoài ra không có sự thay đổi có tính hệ thống
kèm theo sự thay đổi số nguyên tử halogen. Nhưng trong các dẫn xuất thế fluor và cloro
của benzen có thể nhận thấy sự co ngắn không nhiều của độ dài liên kết Csp2thơm−Hal
(Hal=F,Cl) kèm theo sự tăng số nguyên tử halogen (xem Bảng 2.14). Ta nhận thấy rằng
trong các phân tử acetyl halide CH3CHal(=O), giá trị r(C−Hal) lệch đáng kể khỏi giá trị
trung bình đặc trưng cho dạng liên kết phẳng. Trong dạng liên kết thẳng ≡C−Hal không
quan sát thấy những thay đổi đáng kể r(C−Hal) dưới ảnh hưởng của nhóm thế theo liên
kết ba. Cùng với sự thay đổi r(C−Hal) trong các dẫn xuất của hydrocarbon, khoảng cách
C−C cũng thay đổi (xem Bảng 2.10, 2.11).
Bảng 2.14. Độ dài liên kết C−Hal (Hal=F, Cl, Br, I) trong các phân tử hợp chất thơm
Phân tử C−Hal Phân tử C−Hal

C6H5F 1,354(6) CH3C6H4Cl 1,74(1)
1,2-C6H4F2 1,306(trung bình) 1,2-C6H4Cl2 1,72303)
1,3-C6H4F2 1,304(trung bình) 1,3-C6H4Cl2 1,716
1,3,5-C6H3F3 1,305(10) 1,2,4,5-C6H2Cl4 1,724(5)
1,2,4- C6H3F3 1,312 C6Cl6 1,717(5)
1,2,3,4-C6H2F4 1,317 2,2'-C6H4Cl−C6H4Cl 1,733(4)
C6HF5 1,328 C6H5Br 1,867
C6F6 1,324(6) 1,2-C6H4Br2 1,833(8)
C6F5−C6F5 1,325(1) C6Br6 1,879(7)
C6H5Cl 1,7248(1) C5H5I 2,08
Bảng 2.15. Sự thay đổi độ dài liên kết C−C trong các phân tử halogenalkan
Hal CH3CH2Hal ∆* (CH3)2CHHal ∆* (CH3)3CHal ∆*

H 1,532(3) - 1,533(2) -1 1,535(1) 2
1,526(2) - 1,526 0 1,4259(1) -1
F 1,517(4) -21 1,505(4) -16 1,522(3) -11
Cl 1,522(4) -6 1,520(3) -4 1,528(2) -5
Br 1,508 -8 1,518(4) -18 -
* -13
Hiệu số ∆ (.10 m) so với liên kết C−C trong ethan
42
Bảng 2.16a. Sự thay đổi độ dài liên kết C=C ở các phân tử dẫn xuất halogen của ethylen
Phân tử C=C ∆ Phân tử C=C ∆

H2C=CH2 1,337(2) - ClHC=CHCl (cis) 1,354(5) 17
F2C=CH2 1,316(6) -12 BrHC=CHBr (cis) 1,360(10) 23
1,340(6) 3 CCl2=CCl2 1,355(3) 18
FHC=CHF (cis) 1,331(4) -6 CBr2=CBr2 1,363(9) 26
FHC=CHF (trans) 1,329(4) -8 CI2=CI2 1,364(15) 27
F2C=CF2 1,311(7) -26
* -13
Hiệu số ∆ (.10 m) so với liên kết C=C trong ethylen
Từ Bảng 2.16 ta thấy rằng liên kết C−C trong các monohalogenmethan nhỏ hơn so
với trong bản thân các alkan. Trong một số các dẫn xuất thế polyhalogen thì ngược lại,
chẳng hạn, liên kết C−C trong CF3CF3 và trong CCl3CCl3 tăng lên so với trong ethan.
Sự kéo dài rất lớn của liên kết C−C so với propan được tìm thấy trong các phân tử
CHCl2CCl2CCl3 và CCl3CCl2CCl3.
Đáng chú ý là sự tăng độ dài liên kết C=C trong các dẫn xuất thế cloro, bromo và
iot của ethylen so với bản thân ethylen. Trong các dẫn xuất tương ứng chứa fluor liên
kết C=C nhỏ hơn trong ethylen (xem Bảng 2.16). Ảnh hưởng của các nguyên tử halogen
đến liên kết ba trong các dẫn xuất của acetylen thể hiện chỉ ở sự co ngắn không đáng kể
liên kết này:
1,209(2) 1,198 1,204
HC CH FC CH ClC CH
Đặc trưng thay đổi các góc hóa trị ∠XCX trong các dẫn xuất fluor rất đáng chú ý.
Giá trị ∠FCF ở nguyên tử carbon phẳng gần bằng với giá trị này ở nguyên tử carbon tứ
diện và nhỏ hơn 7-8o so với giá trị các góc ∠HCH và ∠CCC tương ứng trong CH2=CH2
và (CH3)2C=CH2. Sự khác nhau trong các giá trị ∠HalCHal đối với một số dẫn xuất
fluor, clor và brom được chỉ ra trong Bảng 2.16b.
Bảng 2.16b. Sự khác nhau trong các giá trị ∠HalCHal ở một số dẫn xuất fluor
Hal Hal Hal

Hal HC HC Hal HC C
2
Hal Hal 2 Hal
F 108,3(0,1) 108,8(10) 109,3(0,6)

Cl ~113 111,3(0,2) ~114
Br 113,2(0,4) 110,8(0,3) -
Khi chuyển từ CH2F2 sang CH2Br2, giá trị ∠HalCHal tăng lên 5o, sự thay đổi nhỏ
hơn một ít quan sát thấy trong dãy HCHal3 (Hal=F, Cl, Br). Sự lệch đáng kể các góc hóa
trị ra khỏi giá trị tứ diện được tìm thấy trong phân tử 1,2,2,3-hexacloropropan và
octacloropropan, còn sự thay đổi r(C−C) trong phân tử này lớn hơn:
43
Cl3C Cl
119,0(0,2) C 104,5(0,5)
Cl3C Cl
2.4.2. Một số vấn đề về cấu dạng ở các dẫn xuất halogen của
hydrocarbon
Cấu dạng phân tử ở các dẫn xuất halogen của ethan đã được nghiên cứu bằng các
phương pháp quang phổ và nhiễu xạ. Người ta chỉ ra rằng tương tự như ethan, đối với
các hợp chất này cấu dạng xen kẽ là bền hơn cả. Các 1,2-dihalogenethan có thể tồn tại ở
2 dạng đồng phân: trans và gauche.
Các nghiên cứu nhiễu xạ electron các phân tử FCH2CH2F, ClCH2CH2Cl và
BrCH2CH2Br đã chứng tỏ rằng đối với FCH2CH2F, dạng gauche bền nhất; ở nhiệt độ
phòng nó chiếm đến ~98%. Các phân tử 1,2-dicloroethan và 1,2-dibromoethan tồn tại
chủ yếu ở dạng trans, ảnh hưởng của nhiệt độ đến thành phần đồng phân của 1,2-
dicloroethan như sau:
t, oC -13 2 40 140 300

Hàm lượng dạng trans,% 89±4,4 81,4±3,8 78,7±3,4 67,9±3,6 63,9±5,8
Hiệu số năng lượng giữa dạng trans và gauche là 4,40(40) kJ/mol [1,05(10)
kcal/mol]. Giá trị trung bình của góc nhị diện ∠HalCCHal ở dạng gauche của các 1,2-
dihalogenethan là ~74o. Trong các n-propyl halide CH3CH2CH2Hal (Hal=F, Cl, Br), sự
quay quanh liên kết −CH2−CH2− cũng giống như trong HalCH2CH2Hal dẫn đến sự tồn
tại của hai dạng trái ngược, trans và gauche, đồng thời dạng gauche bền hơn. Trong các
dẫn xuất này hai liên kết C−C có thể quay. Sự sắp xếp tương đối của các nhóm thế xung
quanh mỗi liên kết C−C ít khác với dạng khuất.
2.5. HỢP CHẤT CHỨA OXY
2.5.1. Alcohol và ether

Đại diện đơn giản nhất của lớp hợp chất này với nguyên tử oxy phối trí 2 là alcohol
methylic và dimethylether. Cấu trúc của các hợp chất này đã được nghiên cứu bằng
phương pháp phổ vi sóng và nhiễu xạ electron. Khi chuyển từ alcohol methylic CH3OH
sang ether CH3OCH3 có thể nhận thấy sự giảm không đáng kể r(C−O) và sự tăng
∠COX (xem Bảng 2.17). Ở các methylamin tình hình cũng tương tự.
44
Bảng 2.17a. Các thông số hình học của phân tử dạng CH3−O−X
X C−O O−X ∠COX

H 1,421(2) 0,945(3) 108,5(0,5)
CH3 1,410(2) 1,410(3) 111,7(0,3)
C2H5 1,415(6) 1,404(7) 111,8(0,5)
CH2Cl 1,414 1,368 113,2
CH2=CH− 1,428(3) 1,360(3) 118,3(1,1)
CH2=C=CH− 1,427(8) 1,375(7) 115,0(1,2)
HC≡C- 1,434 1,313 112,4
−CHO 1,437(10) 1,334(10) 114,8(1,0)
C6H5− 1,423(15) 1,361(15) 120,0(2,0)
Đặc tính của các hợp chất này là sự lệch của liên kết C−O ra khỏi trục đối xứng của
nhóm CH3 vào khoảng 3o. Hiện tượng tương tự cũng quan sát thấy trong các phân tử
khác có chứa đồng thời nhóm CH3 hay CF3 và nguyên tử của nguyên tố nhóm V và VI
(N, O, S, v.v...), chẳng hạn, trong CH3OC2H5, CF3OF và trong các methylamin.
Khi chuyển từ các alcohol và ether no sang các hợp chất không no và thơm tương
ứng, r(C−O) thường giảm. Chẳng hạn, r(C−O) trong CH3OH bằng 1,421(2)Å, còn trong
C6H5OH là 1,364Å.
Trong các ether với các nhóm thế không như nhau ở nguyên tử oxy thì r(C−O)
khác nhau, đồng thời H3C−O thường lớn hơn khoảng cách C−O khác (xem Bảng 2.17).
Khoảng cách C−O ngắn nhất trong các ether với các nhóm thế như nhau tìm thấy trong
các phân tử CF3OCF3 và CH2CloroC2HCl.
Sự giảm r(C−O) trong nhóm OCH2Cl của phân tử CH3OCH2Cl và CH2CloroCH2Cl
kèm theo sự tăng r(C−Cl) đến 1,80-1,81Å so với các cloroalkan.
Góc hóa trị ∠COC tăng lên đến 120o dưới ảnh hưởng của các nhóm vinyl và
phenyl (xem Bảng 2.17). Điều tương tự cũng xảy ra khi thay thế nhóm CH3 trong phân
tử CH3OCH3 bằng nhóm SiH3. Sự thay đổi đáng kể góc hóa trị của nguyên tử oxy được
đặc trưng trong trường hợp chung của các dẫn xuất của các nguyên tố nhóm II, IV và V.
Chẳng hạn, trong các hợp chất đối xứng XOX của các nguyên tố nhóm IV, các giá trị
thông số được dẫn ra trong Bảng 2.17b.
Bảng 2.17b. Các thông số hình học ở hợp chất XOX của các nguyên tố nhóm IV
X H3Si CH3Si H3Ge CH3Ge CH3Sn

X−O 1,634 1,631 1,766 1,770 1,940
∠XOX 144,1 148,0 126,5 141,0 141,0
45
Góc hóa trị ∠BOB [144,4(2,7)o] trong phân tử (CH3)2BOB(CH3)2 và ∠BOC
[121,4(0,5)o] trong phân tử B(OCH3)3 cũng tăng đáng kể so với ∠COC trong
CH3OCH3. Sự tương tác của các nhóm methyl trong phân tử (CH3)2BOB(CH3)2 dẫn đến
góc nhị diện giữa hai mặt phẳng CBC bằng 72,1(6,8)o.
Vấn đề hóa lập thể quan trọng là cấu dạng của alcohol, ether và các dẫn xuất của
chúng. Vấn đề cấu dạng liên quan đến sự quay xung quanh liên kết C−C đã được xem
xét trên những dẫn xuất của 2-fluoro- và 2-cloroethanol bằng phương pháp nhiễu xạ
electron và đánh giá các thông số cấu trúc và hiệu số năng lượng giữa các đồng phân
quay.
Nghiên cứu 2-fluorethan ở 156oC cho phép xác định rằng phân tử của hợp chất này
tồn tại ở dạng gauche với hàm lượng >90% với góc nhị diện ∠OCCF=64,46(1,1)o:
H H
O O
X H H H
I,gauche II,trans
H X
Hiệu số năng lượng giữa 2 dạng trên là 11,7 kJ/mol (2,8 kcal/mol). 2-Cloroethanol
có hiệu số năng lượng ∆E=ET-EG=10,9 kJ/mol (2,6 kcal/mol), ở nhiệt độ 37oC dạng
đồng phân gauche chiếm >90% với góc nhị diện ∠ClCCO=60,6(3,9)o; ở 200oC phần
đồng phân trans tăng lên đến 15-20%, còn góc nhị diện trong đồng phân gauche thay
đổi [70,2(2,0)o]. Các hợp chất 2-bromo và 2-aminoethanol cũng có dạng đồng phân
gauche chiếm ưu thế.
Phân tử của alcohol allylic tồn tại ở dạng gauche. Ở alcohol propagylic
HC≡CCH2OH, dạng gauche bền hơn cả, còn các phân tử của alcohol ethylic tồn tại ở cả
hai dạng đồng phân trans và gauche:
CH
H CH3 CH3 C
O H
H H
H
O O O
H H H H H H H H
CH2
gauche CH2=CHCH2OH gauche trans gauche HC C CH2OH
CH3CH2OH
Các đồng phân quay tương đối so với liên kết C−C trong ether cũng đáng chú ý.
Phân tử của dimethyl ether có đối xứng C2v và cấu dạng khuất cân bằng. Khi thay thế
một trong số các nguyên tử của nhóm methyl bằng cloro thì có thể có sự sắp xếp tương
hỗ khác nhau của nhóm Cl và OCH3, nguyên tử cloro ở vị trí gauche so với liên kết
H3C−O. Giá trị của góc nhị diện ∠ClCOC là 74,3o. Trong phân tử CH2CloroCH2Cl có
hai nhóm cloromethyl và trong pha khí có thể tồn tại ba dạng cấu dạng sau:
46
Cl Cl Cl
Cl Cl Cl
aa
-
ag + g+-g +-
Cả hai nguyên tử cloro dều có sự sắp xếp gauche (g+g+ hay g-g-) so với mạch
C−O−C; góc nhị diện ∠ClCOC bằng 69,6o. Nói chung, sự đối xứng của phân tử là C2 và
cấu dạng là gauch-gauche. Cấu dạng gauche trong các cloromethyl tương ứng với cấu
dạng axial trong các clorodioxan.
Các ether không no, như CH2=CHOCH3, tồn tại ở hỗn hợp của hai đồng phân cấu
dạng cis với sự phân bố phẳng của các nhóm nguyên tử nặng mà ở nhiệt độ 200oC
chiếm 73±2% và trans (xem Bảng 2.18):
CH
3
O
HC O HC O CH3
CH2 CH CH2
3
cis trans 1-metoxixiclohexen
Trong khi đó trong các dẫn xuất tương tự của lưu huỳnh CH2=CHSCH3 thì cấu
dạng gauche chiếm ưu thế với góc nhị diện ∠112,1(1,9)o, còn dạng cis chỉ chiếm
38±7%. Trong 1-methoxycyclohexen, mảnh =COCH3 có cấu dạng cis.
Phân tử của ether thơm anisol C6H5OCH3 ở 55oC thì phẳng. Khác với nó, trong
phân tử C6H5OSiH3 nhóm SiH3 lệch ra khỏi mặt phẳng của vòng phenyl 68,3o, còn độ
dài liên kết Cφ−O không thay đổi.
Bảng 2.18. Các thông số hình học của các phân tử ether với một số nhóm methoxy
Phân tử Thông số (ra)

CH3 CH3 C−O 1,432(4) ∠OC'O 114,3(0,7)
O O
C'−O 1,382(4) τ* 19,8(2,0)
C'
H H ∠C'OC 114,6(0,5) ∠COC'O 63,3(0,9)
C2 cấu dạng gauche, gauche
CH3 CH3 C−O 1,423(6) (tb) ∠CC'C 112,3(2,9)

O O C−C 1,513(8) τ *
15,9(2,1)
C' ∠C'OC 114,0(1,4) ∠COC'O 52,0(1,2)
CH3 CH3 ∠OC'O 117,4(2,2)
C2 cấu dạng gauche, gauche
47
CH3 CH3 C−O 1,422 ∠OC'O 106,9
O O *
C'−O 1,395 τ 15(2)
C'
O O ∠C'OC 114,0 ∠COC'O 63,1
CH3 CH3 ∠OC'O 114,7

S4
τ*: góc quay của nhóm CH3 trong mảnh C'H3O xung quanh liên kết C'O từ cấu dạng xen kẽ
lý tưởng.
2.5.2. Aldehyd và keton
2.5.2.1. Formaldehyd, acetaldehyd, aceton

Các thông số hình học của một số hợp chất có chứa nhóm carbonyl được dẫn ra
trong Bảng 2.19.
Bảng 2.19. Các thông số hình học của các phân tử formaldehyd, acetaldehyd, aceton
Phân tử Thông số hình học
O C=O 1,209(3)
H C
H C−H 1,097(54)
O...H 2,053(54
O C=O 1,207(4) ∠C−C=O 124,2(0,5)

CH3 C C−C 1,512(4) ∠CCHaldehyd 115,3(0,3)
H
C−Haldehyd 1,114(9) ∠HCHmethyl 109,6(0,9)
C−Hmethyl 1,093(6)
H3C C=C 1,210(4) ∠C−C=O 122,0(0,3)

C O C−C 1,517(3) ∠CCC 116,0(0,4)
H3C
C−H 1,091(3) ∠HCH 108,5(0,5)
Trong các phân tử này sự khác nhau của các nhóm thế xung quanh liên kết C=O
không ảnh hưởng đến độ dài của liên kết này. Thực tế, độ dài liên kết C=O như vậy
[1,206(12)] đặc trưng cho aldehyd isopropylic. Nhưng sự thay thế nguyên tử hydro-
aldehyd bằng nhóm nguyên tử halogen âm điện hơn làm giảm r(C=O ); đó là các hợp
chất HCF=O, CF2=O, FClC=O, CCl2C=O trong đó r(C=O) không vượt quá 1,18Å và ở
các acetyl halide (xem ở phần dưới).
Liên kết C−C= trong CH3CHO và (CH3)2CO hầu như bằng nhau. Cấu dạng cân
bằng của nhóm methyl trong acetaldehyd và aceton giống như trong alken, tức là liên
kết C−Hmethyl nằm ở vị trí cis so với nối đôi:
48
O
X H
O
(X=H, CH3)
H
H H
H H X
Sự thay thế một trong số các nguyên tử hydro của nhóm methyl trong acetaldehyd
và aceton bằng các nguyên tử khác hay nhóm kèm theo sự xuất hiện các đồng phân
quay. Phân tử CH3CH2CHO tồn tại ở dạng hai đồng phân: dạng cis bền hơn và dạng
gauche với góc quay so với dạng cis bằng 131o:
O O
CH3 H
H
H H CH3
X X
cis gauche
Sự khác nhau về năng lượng giữa hai đồng phân này là 3,8±0,4 kJ/mol (900
cal/mol). Cấu dạng cis chiếm ưu thế trong glycolaldehyd nhưng với nhóm OH cùng
phía với nhóm CH3; khung HO−C−CHO của phân tử là phẳng. Tương tự như aldehyd
propylic, trong các methylketon, nhóm methyl cũng nằm chủ yếu ở dạng cis so với nối
đôi nhưng có một lượng không lớn (5±3%) đồng phân gauche với góc nhị diện 110o:
O
H3C C H
CH2 CH2
Khác với hợp chất này, trong 2-methylbuten-1 H2C=C(CH3)CH2CH3 có lượng như
nhau của cả hai đồng phân.
2.5.2.2. Các dẫn xuất halide của aceton và acetylaceton

Các thông số hình học của các hợp chất này khác với phân tử aceton (xem Bảng
2.20). Trong cả 3 phân tử, hai nhóm CX3 (X=F,Cl) hay CX3, CY3 (X=F,Y=H) nằm ở vị
trí xen kẽ đối với nhau như thấy rõ từ hình chiếu Newmen dọc theo liên kết C....C:
O
X X
C X X
X C C
X X X C X
X
X X O
Khác với các hợp chất có các nhóm methyl đã xem xét ở trên, ở đây cấu dạng che
khuất của các liên kết đơn và đôi vắng mặt, tức là góc nhị diện τ(O=C−C−X) ≠ 0.
49
Trên cơ sở các hợp chất CH3COCH3 và CF3COCF3 đã nghiên cứu ảnh hưởng của
các hiệu ứng thế các nguyên tử hydro bằng fluor trong các hợp chất có nhóm carbonyl
và nhận thấy rằng độ dài liên kết C−C tăng lên khi thay thế nhóm CH3 bằng nhóm CF3
(xem Bảng 2.21).
Acetylaceton và các dẫn xuất fluor của nó tồn tại ở hai dạng tautome nằm trong cân
bằng động sau:
H
O O O O
C C C C
C C C C C C
d¹ng xeton d¹ng enol
Hexacloroacetylaceton tồn tại hoàn toàn ở dạng enol. Tautome enol là một vòng
đối xứng phẳng với các liên kết hydro nội phân tử. Sự thay đổi các thông số cấu trúc
như vậy, như sự co ngắn các liên kết C−C và sự kéo dài của các liên kết C=O, chứng
minh cho giả thuyết về sự giải toả electron trong vòng.
Bảng 2.20. Các thông số hình học ở các dẫn xuất halogen của aceton
τ(O=C−C−X)
Phân tử C=O C−C ∠CCC
X=H, F, Cl
H3C C CF3 1,207(6) 1,482(19) 121,3(1,4) 25,0(6,0) CH3
O 24,8(1,2) CF3
F 3C C CF3 1,246(14) 1,549(8) 121,4(0,4) 36,6(1,1)
Cl3C C CCl3 1,184(13) (I)** 1,574(9) 122,2(1,0) 16,2(1,4); 36,1(1,8)

**
O 1,200(14) (II) 1,595(9) 123,4(1,3) 16,9(1,4); 39,5(1,8)
*
Góc nhị diện τ được tính từ vị trí cis của các liên kết C=O và C−X;
**
Số liệu đo ở 65oC (I), 300oC (II).
2.5.2.3. Acetyl halide

Các số liệu cấu trúc của acetyl halide chứng tỏ rằng các hợp chất này có một loạt
các đặc trưng cấu trúc mà không thể giải thích được bằng các quan niệm gần đúng về sự
tương tác của các nguyên tử trong phân tử, trong trường hợp riêng, bằng quan niệm liên
hợp (xem Bảng 2.22). Theo quan điểm liên hợp, sự tương tác của liên kết bội C=O với
cặp electron không chia xẻ của nguyên tử halogen phải dẫn đến sự giảm r(C−Hal).
Nhưng độ dài của liên kết này không những không giảm mà trái lại, còn lớn hơn cả độ
dài của liên kết tương tự trong methyl halide CH3Hal, ngoài C−Hal có giá trị gần tương
tự.
50
Độ dài liên kết C=O trong các acetyl halide ngắn hơn so với trong acetaldehyd và
aceton. Giá trị trung bình r(C−C) bằng 1,510Å, gần bằng giá trị của khoảng cách này
trong propylen và aceton.
Bảng 2.21. Các thông số hình học của các phân tử acetylaceton và các dẫn xuất fluor
H3C C'H2 CH3 H3C C'H2 CF3 F3C C'H2 CF3

Thông số
C C C C C C
hình học
O O O O O O
C=O 1,287(6) 1,270(8) 1,259(18)

C'−C 1,405(5) 1,416(6) 1,407(31)
C−CH3 1,510(5) 1,511(21) -
C−CF3 - 1,536(18) 1,546(8)
∠CC'C 118,3(1,8) 117,2(18) 115,2(2,3)
∠C'C=O 123,2(1,7) 123,6(1,7) 126,4(1,3)
∠CCCH3 122,0(1,2) 118,1(2,3) -
∠CCCF3 - 123,0(1,4) 119,7(1,5)
τ(O=C−C−H) 29,3(4,9) 39,2(15,4) -
τ(O=C−C−F) - 42,3(2,1) 46,7(2,0)
Bảng 2.22. Các thông số hình học của các phân tử acetyl halide
Thông số F Cl Br I
C−Hal 1,362(2) 1,798(2) 1,977(3) 2,217(9)
C=O 1,185(2) 1,188(3) 1,184(3) 1,198(13)
C−C 1,505(2) 1,507(3) 1,519(3) 1,492(15)
∠O=CHal 120,7(0,4) 121,2(0,5) 122,3(1,5) 119,5(0,8)
∠CCHal 110,5(0,5) 111,6(0,6) 111,0(1,5) 111,7(0,9)
Trong các acetyl halide các góc hóa trị ở nguyên tử carbon thay đổi đáng kể. Năng
lượng quay quanh liên kết −C−C= là 4,2-5,4 kJ/mol (1,0-1,3 kcal/mol). Trong
FCH2COHal, ClCH2COHal (Hal=F,Cl) và trong ClCH2COBr có thể có cân bằng của
một số cấu dạng. Từ số liệu phổ vi sóng của FCH2COHal, người ta thấy rằng có hai
đồng phân: đồng phân trans chiếm ưu thế và đồng phân cis, hiệu số năng lượng giữa
chúng là Ecis-Etrans=3,8±0,4 kJ/mol (910±100 kal/mol):
O
F O
CH2 C
CH2 C
F F
F
trans cis
51
2.5.2.4. Keten
Keten CH2=C=O và các dẫn xuất của CH3CH=C=O, (CH3)2C=C=O,
[(CH3)3Si]2C=C=O và [(CH3)3Ge]2C=C=O có giá trị r(C=C)=1,306-1,318Å và
r(C=O)=1,161-1,171Å, tương tự trong H2C=C=CH2 và H2C=C=C=CH2. Các góc hóa trị
tương ứng là: ∠HCH=122,5o; ∠CH3CH=123,7o; ∠SiCSi=129o và ∠GeCGe=127,6o.
2.5.3. Acid carboxylic, dimer và anhydrid của nó
2.5.3.1. Acid carboxylic và dimer của nó

Ở điều kiện bình thường, các acid carboxylic tồn tại chủ yếu ở dạng dimer với các
liên kết hydro nội phân tử. Khi nâng cao nhiệt độ thì cân bằng dimer↔monomer chuyển
dịch về bên phải. Khi lựa chọn điều kiện thí nghiệm (nhiệt độ và áp suất) có thể nhận
được các thông số cấu trúc của monomer và dimer, và do đó nghiên cứu được ảnh
hưởng của liên kết hydro đến cấu trúc của phân tử.
Sự tạo thành liên kết hydro trong dimer của các acid carboxylic kèm theo sự thay
đổi khoảng cách carbon-oxy. Trong các monomer, r(C=O) gần với độ dài của các liên
kết tương ứng trong aldehyd và keton và có thể xem như là các liên kết C=O đôi bình
thường (xem Bảng 2.23).
Bảng 2.23. Các thông số hình học của các phân tử monomer
và dimer của các acid carboxylic
Thông Acid formic Acid acetic Acid propionic

số HCOOH (HCOOH)2 CH3COOH (CH3COOH)2 C2H5COOH (C2H5COOH)2
C=O 1,217(3) 1,220(3) 1,214(3) 1,231(3) 1,211(3) 1,232(6)

C−O 1,361(3) 1,323(3) 1,364(3) 1,334(4) 1,367(4) 1,329(8)
O−H 0,984(24) 1,036(17) - - - -
H2C−C - - 1,520(5) 1,506(5) 1,518(10) 1,518(10)
H3C−C - - - - 1,543(10) 1,547(15)
O...H−O - 2,703(7) - 2,68(1) - 2,71(1)
∠OC=O 123,4(0,5) 126,2(0,5) 122,8(0,5) 123,4(0,5) 122,1(0,8) 123,7(1,7)
∠CCO - - 110,6(0,6) 113,0(0,8) 111,2(0,8) 113,4(1,6)
Độ dài liên kết C−O ngắn hơn 0,06Å so với trong alcohol và ether béo và tương tự
khoảng cách r(O−CH2) trong methylvinyl ether, ở đây có tương tác của nguyên tử oxy
với liên kết đôi. Trong các dimer, giá trị độ dài liên kết C−O khác với trong monomer:
r(C=O) dài hơn (trừ HCOOH), còn r(C−O) tương đối ngắn hơn. Sự thay đổi độ dài liên
kết C−O và C=O trong dimer xảy ra là do sự tạo thành liên kết hydro. Ảnh hưởng của
yếu tố này đến liên kết C=O nhỏ hơn so với liên kết C−O, điều này có liên quan với
hằng số lực lớn hơn của liên kết đôi. Ta có thể nhận thấy rằng xảy ra sự kéo dài r(O−H)
và sự tăng ∠OC=O trong (HCOOH)2 so với HCOOH. Các phân tử dimer của tất cả các
acid carboxylic là một vòng phẳng có tâm đối xứng:
52
O H O
R C C R
O H O
Trong monomer của acid acetic, cấu dạng cân bằng của nhóm CH3 cũng như trong
acetaldehyd. Gần 50% phân tử monomer của acid propionic có cấu dạng "phẳng" với
nhóm methyl ở vị trí cis so với liên kết đôi như trong methylethylketon; 10% là phần
phân tử có cấu dạng trans "phẳng". Phần còn lại có lẽ bao gồm hỗn hợp các đồng phân
cấu dạng với góc quay trung bình 65o hay 105o (so với vị trí cis):
OH H3C OH
CH2 C CH2 C
H3C O O
cis trans
2.5.3.2. Acid carboxylic thế α

Trong Bảng 2.24 dẫn ra các thông số cơ bản của các acid carboxylic thế α đơn giản
nhất. Acid monofluoracetic ở 112oC tồn tại ở dạng hai đồng phân: trans (64%) và cis
(36%); các kí hiệu trans và cis thuộc về sự sắp xếp tương hỗ của nhóm OH và nguyên
tử F:
H
O F O F
C C C C
H H
H O H O H
trans cis
Cả hai cấu dạng đều phẳng trừ các nguyên tử hydro của nhóm CH2F. Cấu dạng
trans bền hơn cấu dạng cis 2,52±0,12 kJ/mol (604±28 cal/mol), còn độ cao của hàng rào
năng lượng phân cách hai dạng là ~25 kJ/mol (6 kcal/mol). Ở dạng cis liên kết O−H
hướng về phía nguyên tử fluor và có thể giả thiết sự tạo thành liên kết hydro F....H.
Đối với acid acetic, ở 170oC tương ứng với ba đồng phân cấu dạng nhận được khi
quay quanh liên kết C−C: I-đối xứng Cs với liên kết C−Cl che khuất C=O; II-với góc
quay 79o so với I; III-với góc quay 131o so với I; tỉ lệ phần trăm giữa chúng là 56:14:30
O O O
Cl 79o H
Cl
H 131o
(II) (III)
H H (I) H
H Cl
OH OH OH
53
Bảng 2.24. Các thông số hình học của các phân tử FCH2COOH, ClCH2COOH, F2CHCOOH
Thông số FCH2COOH F2CHCOOH ClCH2COOH

C=O 1,202(4) 1,212(4) 1,223(4)
C−O 1,344(10) 1,345(9) 1,352(5)
C−C 1,534(8) 1,517(6) 1,508(6)
C−Hal (Hal=F,Cl) 1,387(10) 1,354(7) 1,778(5)
O−H 0,971(4) 0,96(2) 0,97
∠CC=O 126,1(0,7) 123,9(1,0) 126,1(0,5)
∠CCO 108,8(0,4) 110,6(1,0) 110,6(0,4)
∠CCHal (Hal=F,Cl) 109,2(1,0) 108,7(0,7) 112,5(0,4)
∠COH 105,9(0,5) (107) 105,8(1,1)
Acid difluoracetic ở 140oC tồn tại ở hỗn hợp hai cấu dạng: 74% là cấu dạng với
nhóm CH2F quay 82,5o ra khỏi vị trí mà liên kết C−H che khuất liên kết C=O, và 26%
là cấu dạng với góc quay 18o của nhóm CH2F ra khỏi vị trí bị che khuất:
O O
82,5o H
Cl
F 18o
F F
F
OH OH
2.5.3.3. Anhydrid của các acid carboxylic

Các thông số cấu trúc của anhydrid acid được dẫn ra trong Bảng 2.25.
2.6. HỢP CHẤT CHỨA NITROGEN

Trong hóa lập thể của các hợp chất hữu cơ chứa nitrogen có thể có những vấn đề cơ
bản sau:
1. Cấu hình của các liên kết của nitrogen hóa trị 3 trong các amin và amid và sự
thay đổi của nó phụ thuộc vào nhóm thế. Người ta đã biết rằng trong những điều kiện
bình thường, amoniac và amin chịu sự quay cấu hình tương đối nhanh do sự nghịch
đảo-"vặn"- của hình tháp của nitrogen. Hàng rào của sự nghịch đảo trong NH3 là ~25
kJ/mol (6 kcal/mol). So sánh năng lượng tạo thành thực nghiệm và tính toán của các
phân tử khác nhau chứng tỏ rằng các yếu tố ảnh hưởng tương hỗ của các nguyên tử
trong phân tử có thể nâng cao giá trị của hàng rào năng lượng nghịch đảo trong các dẫn
xuất của nitrogen. Do đó, ảnh hưởng chính có liên quan với nguyên tử nitrogen của các
nhóm có thể thay đổi trạng thái hóa trị và cấu hình của các liên kết từ hình chóp sang
phẳng hay gần phẳng.
54
Bảng 2.25. Các thông số hình học của các phân tử anhydrid của các acid carboxylic
O O
C C
X O C
Thông số X,Y=H X=H,Y=CH3 X,Y=CH3 X,Y=CF3
C−O 1,384(3) 1,397(1) 1,405(19) 1,360(19)

C=O 1,188(2) 1,195(1) 1,183(10) 1,203(10)
∠COC 115(2) 113,2(0,6) 115,8(2,6) 118,5(2,6)
∠O−C(CH3)=O - 122,4(0,7) 121,7(1,9) 120,5(1,9)
∠O−C(H)=O 123,4(0,5) 118,0(0,6) - -
∠OCC 112,1(1,2) 108,3(1,1) 122,6(1,1)
τ(C−C−C−H) 17(6) 45,6(1,9) - -
τ(C−O−C=O) 26(9) 20,8(2,0) 48,5(0,8) 20,3(3,6)
2. Cấu trúc của các phân tử với nguyên tử nitrogen phối trí 2.
3. Hình học các phân tử của các hợp chất nitro. Các hợp chất nitro chiếm một vị trí
đặc biệt trong hóa học các dẫn xuất của nitrogen, trong đó nguyên tử nitrogen có một
trạng thái hóa trị đặc thù. Theo quan điểm của lý thuyết cấu tạo hóa học cổ điển thì hóa
trị của nguyên tử nitrogen trong nhóm nitro bằng 5. Nhưng các quan niệm cơ học lượng
tử gần đúng thì không cho phép tăng hóa trị của nguyên tử nitrogen cao quá 4. Trên cơ
sở quan niệm về hóa trị 4 của nguyên tử nitrogen, các tính chất hút electron của nhóm
nitro được đề nghị. Việc nghiên cứu cấu trúc hình học của các hợp chất nitro dẫn tới
việc làm sáng tỏ các quy luật trong sự thay đổi của các thông số cơ bản. Vấn đề về ảnh
hưởng tương hỗ của nhóm nitro và các nguyên tử và nhóm khác trong phân tử cũng
quan trọng.
2.6.1. Các amin béo và thơm đơn giản nhất
2.6.1.1. Amoniac và methylamin
Trong phân tử của hợp chất đơn giản nhất của nitrogen hóa trị 3, phân tử amoniac
NH3, giá trị cân bằng của các thông số cấu trúc như sau: r(N−H)=1,024Å, góc hóa trị
∠HNH=106,67o.
55
Bảng 2.26. Các thông số hình học của phân tử các methylamin
Thông số hình học CH3NH2 (CH3)2NH (CH3)3N

N−H 1,011 1,00(2) -
C−H (1,093) 1,106(3) 1,111(5)
C−N 1,474 1,455(2) 1,454(2)
∠CNC - 111,8(0,6) 110,6(0,6)
∠CNH 112,3(1,0) 107(2) -
∠NCH - 112,0(0,8) 109,8(1,3)
∠HCH (109,5) 106,8(0,8) 109,2(0,3)
∠HNH 105,9 - -
Các thông số cấu trúc của các methylamin nhận được bằng phương pháp phổ vi
sóng và phổ nhiễu xạ electron được dẫn ra trong Bảng 2.26. Khi chuyển từ amin bậc 1
sang amin bậc 3 thì có khuynh hướng giảm r(C−N).
Cấu hình của các liên kết của nguyên tử nitrogen là hình chóp. Sự thay thế nguyên
tử hydro trong phân tử NH3 bằng các nhóm methyl dẫn đến sự tăng các góc hóa trị lên
gần 3o. Chẳng hạn, góc hóa trị trung bình ở nguyên tử nitrogen trong CH3NH2 và (CH3)2
NH là ~110o, còn trong triethylamin thế hoàn toàn thì bằng 110,7o. Các đặc trưng cấu
trúc của các methylamin thuộc về các nhóm methyl; cấu dạng cân bằng của các nhóm
methyl là liên kết C−H nằm trong sự sắp xếp xen kẽ. Các nhóm methyl thì bất đối xứng,
còn trục của chúng thì bị lệch ra khỏi hướng của các liên kết C−N gần 3o. Khi nghiên
cứu cấu tạo của các amin béo phức tạp hơn như ethylendiamin NH2(CH2)2NH2 và
trifluorethylamin CF3CH2NH2 thì cần chú ý đến hiện tượng đồng phân quay quanh liên
kết C−C và C−N. Người ta thấy rằng ethylendiamin tồn tại chủ yếu ở dạng gauche
(95%) với góc nhị diện τ=64±1,6o, có lẽ là do ảnh hưởng của liên kết hiđro nội phân tử:
H
NH2 N H
τ NH2
NH2
Đối với trifluorethylamin, dạng trans bền hơn cả:

H CF3
CF3
H
H H
N C
N
H
H H
H
56
2.6.1.2. Các dẫn xuất của hydrazin
Các đặc trưng cấu trúc trong các dẫn xuất của hydrazin rất đáng chú ý, như
(CF3)2N−N(CF3)2 và (SiH3)2N−N(SiH3)2, trong đó nguyên tử nitrogen có phối trí 3 như
trong amoniac. Trong phân tử của các hợp chất này, cấu hình của các liên kết của
nguyên tử nitrogen thì phẳng (khác với hydrazin), nhưng giá trị các góc hóa trị thì khác
nhau căn bản: ∠CNC=121,2(1,5)o trong (CF3)4N2, còn ∠SiNSi=29,5(0,7)o trong
(SiH3)4N2. Các nhóm CF3 và SiH3 trong hai hợp chất này có sự sắp xếp gauche với góc
nhị diện tương ứng bằng τ=88(4)o và 82,5(0,8)o. Sự lệch của τ ra khỏi giá trị 90o có thể
có liên quan với các dao động có biên độ lớn. Trong (CH3)4N2 thì r(N−N) bằng
1,402(20)Å, ngắn hơn 0,05Å so với trong hydrazin [1,440(4)Å].
R R'
τ
R
R'
2.6.1.3. Các amin thơm

Cấu trúc phân tử của một số amin thơm và N-phenylethylenimin được dẫn ra trong
Bảng 2.28. Khi phân tích các độ dài liên kết có thể thấy rằng sự giảm r(Cthơm−N) so với
r(Cbéo−N) trong các methylamin.
Vấn đề về cấu hình các liên kết của nguyên tử nitrogen trong các amin thơm tương
đối phức tạp. Trong phân tử anilin, góc giữa các mặt phẳng của nhóm NH2 và C6H5N
bằng 37,5o, còn trong nhóm amin ∠HNH=113o, điều này chứng tỏ độ chóp của các liên
kết ở nguyên tử nitrogen.
Trong các phân tử dimethylanilin và triphenylamin, các góc hóa trị ở nguyên tử
nitrogen bằng 116±2o, tức là cấu hình các liên kết của nguyên tử nitrogen là gần phẳng.
Ở pha hơi của dimethylanilin và N-phenylethylenimin có mặt của đồng phân dạng I:
N
N (I) CH3 (II)
CH3
CH3
CH3
Ở phân tử kiểu C6H5CH(CH3)2, đồng phân II chiếm ưu thế hơn. Trong phân tử
triphenylamin, các nhóm phenyl quay đi góc ~45o so với cấu hình phẳng.
57
Bảng 2.28. Các thông số hình học của các phân tử của amin thơm
Phân tử Thông số
N−H 1, 001(1) ∠HNH 113,1(2)
3 2 C1−N 1,402(2) ∠C6C1C2 119,43(0,17)
1 H
4 N C1−C2 1,397(3) ∠ C1C2C3 120,11(0,17)
H
5 6 C2−C3 1,394(4) ∠ C2C3C4 120,7(0,1)
Cs C3−C4 1,396(2) ∠ C3C4C5 118,91(0,1)
(C−H) (tb) 1,082(4) ∠HCC (tb) 119,7(0,3)
*
τ 37,5(2)
CH3 C C (1,40) ∠CφNCMe 116(2)

N
CH3 (1,46) ∠CMeNCMe 116(2)
N−CH3
C3 1,43(2)
N−C6H5
N C C 1,392(6) ∠CNC 116(2)

**
1,42(4) φ 47(5)
C−H
Cs
C−C 1,39 α 125,5

α C−H 1,08
CH2
N Cφ−N 1,41
CH2
Cs H2C−N 1,46
CH2−CH2 1,54
2.6.2. Cấu trúc các phân tử amid của acid carboxylic

Sự hiểu biết cấu hình các liên kết bao quanh nguyên tử nitrogen và độ dài các liên
kết trong hệ O=C−N< cho phép biết được cấu tạo của nhóm peptit... Nhóm amino
=C−NH2 có cấu hình không phẳng. Hàng rào năng lượng đối với cấu hình phẳng là
370±50 cm-1. Tính không phẳng của nhóm này được giải thích bởi chuyển động dao
động dạng nghịch đảo-con lắc. Trong Bảng 2.29 dẫn ra cấu trúc của một số amid đơn
giản nhất của acid formic và acetic. Trong tất cả các phân tử này giá trị r(C−N) lớn hơn
0,04Å, còn r(C=O) nhỏ hơn các giá trị tương ứng trong tinh thể. Sự thay đổi như vậy
mô tả ảnh hưởng của liên kết hydro mạnh giữa các phân tử ở trạng thái tinh thể. So sánh
các số liệu đối với các hợp chất được dẫn ra trong Bảng 2.29 chỉ ra rằng giá trị của các
thông số chính thì gần nhau.
58
Bảng 2.29. Các thông số hình học của các phân tử amid đơn giản nhất
của các acid carboxylic và các dẫn xuất N-methyl
O C=O 1,212(3) ∠NC=O 125,0(0,4)
Ha C
N Hs C−N 1,368(3) ∠NCHs 118,7(1,0)
Ht N−H (tb) 1,027(6) ∠CNHt 119,7(1,0)
C−Ha 1,125(12) ∠HaCN (112,7)
O C−C 1,519(6) ∠CCN 115,1(1,6)÷

HC C C=O 1,220(3) 112,2(1,6)
3
NH2 122,0(2,0)
C−N 1,380(4) ∠NC=O
C−H (tb) 1,124(10) ∠CC=O 123,0(0,5)÷
N−H (tb) 1,022(11) 125,9(0,9)
∠CCH (tb) 109,8(2,0)
O C'=O 1,219(5) ∠NC'=O 124,6(0,5)

H C' C'−N 1,366(8) ∠CNC 121,4(0,9)
N CH3
N−C 1,459(6)
H
C−HMe 1,114(25)
O C−C' 1,520(5) ∠CC'N 114,1(1,5)

H3C C' C'−N 1,386(6) ∠CNC 119,7(0,8)
N CH3
C N−C 1,469(4) ∠NC'=O 121,8(0,4)
C=O 1,225(3) ∠CC=O 124,1(1,5)
C−H (tb) 1,107(7) ∠HCH (tb) 110,4(2,0)
∠HNC' 110(5)
Có thể nhận thấy như sau: r(N−CO) trong HCONH2 và HCONHCH3 thì bằng nhau
và nhỏ hơn ~0,01Å so với trong CH3CONH2 và CH3CONHCH3; r(N−CH3) trong
HCONHCH3 nhỏ hơn so với trong CH3CONHCH3; r(C=O) trong formamid nhỏ hơn
trong các hợp chất còn lại. Các góc hóa trị có sự khác nhau lớn: chẳng hạn, ∠NC=O
trong formamid và N-methylformamid thì bằng nhau và lớn hơn 3o so với trong
acetamid và N-methylacetamid. Giá trị ∠CNC trong N-methylformamid tăng lên 2o so
với góc tương ứng trong N-methylacetamid. Đối với phân tử acetamid thì nhận được hai
giá trị góc hóa trị đồng nhất với số liệu thực nghiệm.
Sự giải đoán các phân tử CH3CONH2, HCONHCH3 và CH3CONHCH3 dẫn đến giả
thiết rằng tất cả các phân tử, trừ các nguyên tử hydro của nhóm CH3, đều đồng phẳng.
Trong phân tử N-methylacetamid nhóm CH3 nằm ở vị trí trans gần liên kết N−C. Sự sắp
xếp như vậy của nguyên tử hydro H-aldehyd và nhóm CH3 cũng thấy ở trong acetamid.
Ở diacetamid, r(N−C) lớn hơn so với trong các amid, đồng thời giá trị ∠CNC rất lớn
(129,2o). Phân tử diacetamid hầu như phẳng, góc nhị diện giữa các nhóm acetyl là 36,1o:
59
H3C O
123,7(1,5)
1,210(2)
123,3(1,5) 118,8(1,8)
C C
129,2(1,5) 1,518(3)
1,402(2)
O N CH3
Ảnh hưởng của nhóm carbonyl đến cấu hình các liên kết của nitrogen hóa trị 3 đã
được nghiên cứu trên cơ sở các phân tử của tetramethylure và N-methylethylenimin và
thấy rằng dù cản trở không gian đáng kể của phân tử tetramethylure, khung phân tử
chính thì phẳng:
O
1,215(18)
O
H3C C CH3
117,5(2,0) 1,338(10) 118 126,0 1,226
1,487
120(2) 1,446
1,454(5)
1,485 N C
117,5(2,0) N N
ϕ 114,5 1,515
CH3 CH3 CH3
Trong phân tử N-acetylethylenimin, ở đây một trong các góc hóa trị của nguyên tử
nitrogen bị cố định trong vòng 3 cạnh, cấu hình phẳng không tồn tại nhưng ảnh hưởng
của nhóm C=O dẫn đến sự tăng đáng kể hai góc khác của nguyên tử nitrogen (đến 115o)
và sự giảm không lớn r(N−CO) so với methylamin. Góc quay ϕ của nhóm carbonyl so
với vòng bằng 61,5o.
2.6.3. Các hợp chất với nguyên tử nitrogen phối trí 2
Các hợp chất của nitrogen bao gồm isocyanat, isothiocyanat, azide, hợp chất azo,
imin, oxim...có đặc điểm chung là nguyên tử nitrogen trong đó có số phối trí 2. Giá trị
góc hóa trị ở nguyên tử nitrogen −N= trong các hợp chất dạng R−NCO, R−NCS và
R−N=N≡N (R=H hay CH3) nhỏ hơn 180o, tức là cấu trúc của chúng là dạng góc:
1,207(10) 1,216(7) 1,237(2)
N C O N C S N N N
H 128,1(0,5)
H 135,0(1,2) H 114,1(0,5)
1,168(5) 1,192(6) 1,216(4)

N C O N C S N N N
H3C 140,3(0,4)
H3C 141,6(0,4) H3C 116,8(0,3)
Phenylisocyanat C6H5NCO cũng có cấu trúc tương tự với ∠CN=C 140,6o. Sự thay
thế nguyên tử hydro hay nhóm CH3 bằng nhóm SiH3 dẫn đến sự tăng đáng kể góc −N=
(xem Bảng 2.30a).
60
Bảng 2.30a. Giá trị góc ∠SiNX
Hợp chất ∠SiNX (X=C,N)

H3Si−N=C=O 152,7(1,2)
H3Si−N=C=S 163,8(2,6)
H3Si−N=N≡N 123,7(1,1)
Cloroisocyanat ClN=C=O có cấu trúc không thẳng với ∠ClN=C ≈120o. Giá trị của
góc này nhỏ hơn góc ∠XN=C trong CH3N=C=O và các dẫn xuất tương ứng của silic.
Khuynh hướng tương tự cũng đặc trưng cho các azide, trong phân tử ClN=N≡N thì
∠XN=N bằng 108,7o, còn trong CH3N=N≡N góc này là 116,8o.
Trong các phân tử của imin RN=CR'R, oxim HO−N=CRR' và hợp chất azo
R−N=N−R' (ở đây R,R'=H,CH3), các dạng liên kết −N=C< và −N=N− khác với dạng
liên kết như vậy (−N=C=, −N=N≡) trong các phân tử isocyanat và azide.
Bảng 2.30b. Các thông số hình học của các phân tử với liên kết −N=C<
∠XN=C
Phân tử N=C
(X=H,CH3,OH)
CH3−N=CH2 1,30 116,9
H−N=C(CF3)2 1,294(29) 110,0(0,9)
HO−N=CH2 1,276 110,2
HO−N=CHC(=O)CH3 1,260(4) 112,3(0,4)
Trong các phân tử có liên kết −N=C< (xem Bảng 2.30b), r(N=C) tăng đáng kể, còn
góc hóa trị ở nguyên tử nitrogen thì giảm so với isocyanat RNCO và isothiocyanat
RNCS (R=H,CH3). Hàng rào năng lượng quay của nhóm CH3 ở CH3−N=CH2 bằng 8,25
kJ/mol (1970 kcal/mol), khác với giá trị 0,21 kJ/mol (50 cal/mol) ở CH3N=C=O.
Bảng 2.31. Các thông số hình học của các phân tử nitril
H−C≡N C−H 1,10(2) C≡N 1,158(3)
F−C≡N C−F 1,262 C≡N 1,159
Cl−C≡N C−Cl 1,629(6) C≡N 1,160(7)
Br− C≡N C−Br 1,789 1,160
I−C≡N C−I 1,995 C≡N 1,159
H3C−C≡N C−C 1,468(2) C≡N 1,159(2)
∠CCH 109,7(0,2)(tb)
61
F3C−C≡N C−F 1,335 C≡N 1,153
C−C 1,46
∠FCF 107,5
Cl3−C≡N C−C 1,460 C≡N 1,165
C−Cl 1,769
∠ClCCl 110,05
H3C−C'H2−C''≡N C−C' 1,548(2) C≡N 1,157(2)
C'−C'' 1,474(2)
∠CCC 110,55(0,05)
(CH3)2−C≡N C−C≡ 1,495(15) C≡N 1,159(1)
N≡C−CH2−C≡N C−C 1,468(34) C≡N 1,167(26)
∠CCC 109,4(2,9)
C(C≡N)4 C−C 1,484(5) C≡N 1,161(3)
Khi chuyển từ azide R−N=N≡N sang hợp chất azo RN=NR' thì không quan sát
thấy sự thay đổi hệ thống như vậy:
CH3 125,9(2,0) CF3
1,254(3) 1,219(8) 1,236(15)
N N N N N N
H3C 111,9(0,5) H3C 110,5(4,0) F3C 133,0(0,8) CF3
Trong các phân tử của hợp chất azo sự có mặt của các nhóm CF3 có ảnh hưởng rất
lớn đến hình học của phân tử, các nhóm này làm thay đổi giá trị của các góc hóa trị ở
nguyên tử nitrogen và cấu hình của phân tử. Trong khi azomethan CH3N=NCH3 và
1,1,1-trifluorazomethan H3CN=NCF3 tồn tại ở dạng trans, phân tử hexafluormethan
F3CN=NCF3 lại có cấu hình cis. Sức căng không gian trong phân tử này dẫn đến sự tăng
góc ∠CN=N lên 20o so với azomethan.
2.6.4. Nitril và các dẫn xuất của cyanamid

Phân tích các số liệu cấu trúc của nitril (xem Bảng 2.31) cho thấy rằng r(C≡N)
trong các hợp chất này thực tế không phụ thuộc vào bản chất của nhóm thế. Chỉ trong
phân tử F3CCN thì r(C≡N) mới ngắn hơn do sự siêu liên hợp. Giá trị r(C−Hal) nằm bên
cạnh liên kết C≡N gần với giá trị tương ứng trong các hợp chất acetylenic tương tự. Các
phân tử XCN (X=H,Hal) và nhóm C−C≡N có cấu trúc thẳng. Trong các cyanamid và
dẫn xuất của chúng có sự tương tác của nguyên tử nitrogen của nhóm amino với liên kết
C≡N. Người ta đã xác định được rằng trong các phân tử H2NCN và F2NCN, cấu hình
các liên kết của nguyên tử nitrogen-amino thì không phẳng. Phân tử (CH3)2NCN cũng
có cấu trúc không phẳng. Liên kết trung tâm N−C≡ trong cyanamid tương đối ngắn hơn
r(N−C) trong amin.
62
Bảng 2.32. Các thông số hình học của các phân tử và cyanamid
N C N N−H 1,001(15) ∠HNH 113,5(2)

φ
N−C 1,346(5) φ 38,0(1)
H
H C≡N 1,160(5)
N C N N−F 1,399(8) ∠NCN 173,9(2,2)

N−C 1,386(9) ∠CNF 105,4(0,7)
F F C≡N 1,158(4) ∠FNF 102,8(0,5)
(CH3)2N−C≡N N−CH3 1,463(1) ∠H3C−N−CH3 115,5(0,6)
N−C≡ 1,338(2) ∠ H3C−N−C 116,0(0,3)
C≡N 1,161(2) φ* 34,7
C−H 1,098(3)
2.6.5. Hợp chất nitro

Khi phân tích các số liệu cấu trúc của các dẫn xuất mononitro của methan người ta
thấy rằng trong phân tử nitromethan, r(C−N)=1,498Å và có thể có sự quay tự do xung
quanh liên kết này với hàng rào năng lượng cao 25,2 J/mol (6,03 cal/mol). Tương tự,
trong phân tử cloropicrin CF3NO2 thì r(C−N)=1,49Å và sự quay tự do với hàng rào
năng lượng cao 0,305 kJ/mol (73 cal/mol). Đặc trưng hình học của nhóm C−NO2 là tính
phẳng của nó.
Trong các hợp chất polynitro, các nhóm nitro có ảnh hưởng đến hình học của phân
tử. Diclorodinitromethan CCl(NO2)2 (I) có các thông số cấu trúc gần với thông số cấu
trúc của các dẫn xuất mononitro CH3NO2 và CH2ClNO2. Phân tích các số liệu cấu trúc
của hợp chất trinitro CX(NO2)3 chứng tỏ rằng các thông số của nhóm nitro [r(N=O) và
∠ONO] thay đổi ít khi có nhóm thế khác.
O O
X O
O O N N O
O C O
N N N N C O
O C O N N
O
Cl Cl O O O N
O O
O
63
Bảng 2.33a. Các thông số hình học của các phân tử nitromethan và các dẫn xuất của nó
Thông số CH3NO2 CH2 ClNO2 CF3NO2 CCl3NO2 CBr3NO2

N=O 1,224(5) 1,228(2) 1,21(1) 1,190(6) 1,22(1)
C−N 1,489(5) 1,506(9) 1,56(2) 1,594(20) 1,59(2)
C−X (X=F,Cl.Br) - 1,765(9) 1,325(5) 1,726(5) 1,92(7)
∠O=N=O 125(0,5) 129,0(1,5) 132 131,7(6) 134
∠XCN (X=F,Cl.Br) - 114 109 106,0(1,1) 108,3
Việc nghiên cứu cấu trúc phân tử của các hợp chất nitro thơm nhằm các mục đích
sau:
• Làm sáng tỏ các quy luật trong sự thay đổi hình học của vòng benzen
trong các dẫn xuất thế ortho-, para- và meta-nitro của benzen.
• Đánh giá ảnh hưởng của nhóm nitro đến độ dài liên kết carbon-nhóm thế
para và ảnh hưởng tương hỗ của nhóm nitro-vòng benzen-nhóm thế
para.
• Xác định cấu dạng của các hợp chất nitro thơm.
Các kết quả nghiên cứu chứng tỏ rằng giá trị r(C C) của vòng benzen so với
các dẫn xuất thế mono-C6H5NO2 và p-ClC6H4NO2, di-[p-C6H4(NO2)2] và tri-[sym-
C6H3(NO2)3] của benzen thì nhỏ hơn rõ rệt giá trị r(C C)=1,399(1)Å trong phân tử
benzen. Số nhóm nitro trong vòng thực tế không ảnh hưởng đến r(C C). Trong các
o
phân tử này và trong vòng ∠CCNO2C lớn hơn 120 một ít. Vòng của phân tử o-
C6H4(NO2)2 không khác về hình học so với những phân tử như vậy của benzen. Có thể
điều này có liên quan đến sự quay của nhóm nitro ra khỏi mặt phẳng của vòng benzen,
làm cho tương tác của các nhóm thế với vòng trở nên yếu. Giá trị r(C C) trong phân
tử p-NO2C6H4NH2 cũng gần với giá trị này trong phân tử benzen. Sự khác nhau về hình
học này của p-nitroanilin so với hình học của các dẫn xuất nitro khác có thể có liên quan
với sự tương tác đáng kể của vòng benzen với các nhóm amino và nitro (hệ đẩy
electron-vòng benzen-hút electron). Trong các nitrobenzen thế para, nhóm nitro làm co
ngắn liên kết carbon-nhóm thế para. Nhóm thế para không có ảnh hưởng đến góc ở vị
trí đối diện trong vòng; điều này hoàn toàn phù hợp với số liệu được dẫn ra trong Bảng
2.33b.
Bảng 2.33b. Các thông số hình học của các phân tử dẫn xuất thế của benzen
Hợp chất r(C C)(tb) r(C−X) (X=NH2,Cl) ∠CC(X)C

C6H5NH2 1,396 1,402(2) 119,5(2)
p-NO2C6H4NH2 1,402(3) 1,367(17) 119,8(17)
C6H4Cl 1,400(1) 1,737(5) 121,7(6)
p-ClC6H4NO2 1,388(1) 1,707(4) 120,5(6)
64
Các thông số của nhóm C−NO2 thực tế giống nhau trong các phân tử hợp chất nitro
thơm, trừ p-ClC6H4NO2, trong hợp chất này r(N=O) lớn hơn, còn ∠ON=O thì nhỏ hơn.
Trong khi đó r(O....O) trong nhóm nitro cũng giống như trong nitrobenzen. Góc ∠ONO
giảm khi chuyển từ nitromethan sang nitrobenzen. Đối với phân tử o-C6H4(NO2)2 đã tìm
thấy cấu dạng không phẳng của các nhóm nitro.
2.7. HỢP CHẤT DỊ VÒNG

2.7.1. Cấu trúc của các hợp chất dị vòng với số nguyên tử trong vòng
từ 3 đến 6
Các thông số hình học cơ bản của các dị vòng được dẫn ra trong Bảng 2.34. Các
hợp chất phức tạp hơn có chứa mảnh dị vòng 3 cạnh được dẫn ra dưới đây:
O O
N P N N C CH3 N
O
N O
X O O
(X=O,S)
Bảng 2.34. Các thông số hình học của các phân tử hợp chất dị vòng 3 cạnh
Phân tử C−X C−C ∠CXC

1,475(1) 1,481(1) 60,25(0,01)
N H
1,482(3) - ∠C−N=N 65,5

N N
N 1,489(9) - ∠C−N−N 61,0
1,436 1,472 61,4

O
1,867(5) 1,502(5) 47,4(0,5)

P
65
Phân tử C−X C−C ∠CXC Góc khác

1,482(6) 1,553(9) 92,2(0,4) 33(2)
NH
1,448(5) 1,546(5) 91,9(1,0) vòng phẳng

O
1,895(2) 1,607(6) 80,8(0,5) 34(2)

SiH2
1,847(2) 1,549(3) 76,8(0,3) 26(2)

S
Cấu trúc của các dị vòng 4 cạnh được dẫn ra trong Bảng 2.35. Các thông số cấu
trúc của các dị vòng 5 cạnh được dẫn ra trong Bảng 2.36, của các dị vòng 6 cạnh được
dẫn ra trong Bảng 2.37.
2.7.2. Bàn luận các số liệu cấu trúc
2.7.2.1. Các hợp chất dị vòng no
1) Độ dài liên kết
Sự thay đổi r(C−C) và r(C−X) phụ thuộc vào kích thước của vòng trong dãy các dị
vòng đơn giản nhất với một dị tố:
X Y
X X X X X X
(I) (II) (III) (IV) (V) (VI)
Việc đưa dị tố vào trong hệ vòng carbo ít có ảnh hưởng đến khoảng cách C−C.
Khoảng cách C−X thay đổi theo một số đặc thù sau: sự giảm r(C−X) khi chuyển từ
vòng 4 cạnh sang vòng 3 cạnh nhỏ hơn so với khoảng cách C−C. Do vậy tất cả các
khoảng cách C−X trong hệ dị vòng lớn hơn các khoảng cách tương ứng trong các hợp
chất mạch thẳng. Sự phụ thuộc như vậy của r(C−X) vào kích thước vòng cho phép dự
đoán các thông số này trong các hợp chất chưa nghiên cứu.
66
1,428(1) 1,536(1) 106,4-110,6

O
1,893(4) 1,551(4) 93,6(0,9)

SiH2
1,839(2) 1,536(2) 93,4(0,5)

S
1,963(2) 1,549(3) (2-3) 90,7(1,2)

Se 1,527(2) (3-4)
1,894(3) 1,524(6) 95,7(1,2)
SiH2 1,329(11)
1,370 1,382 109,8
NH 1,417
1,362(1) 1,361(1) 106,5(0,07)
O 1,431(2)
1,714(1) 1,370(2) 92,1(0,1)
S 1,423(2)
2) Góc hóa trị
Tương tự như các hệ vòng carbo, giá trị của góc hóa trị tăng lên theo kích thước
vòng và phụ thuộc vào vị trí của dị tố trong Bảng hệ thống tuần hoàn. Sức căng góc
trong các vòng 5 và 6 cạnh không lớn, bởi vậy giá trị ∠CXC trong các hệ dị vòng và
không vòng khá gần nhau. Đối với các dị vòng 3 và 4 cạnh thì có thể chờ đợi là sức
căng góc sẽ lớn, nhưng góc hóa trị trong dị vòng 3 cạnh hoàn toàn được xác định bởi
khoảng cách C−C và C−X. Trong các dị vòng 4 cạnh khoảng cách này được bảo toàn,
nhưng lại có 3 dạng góc hóa trị (∠CXC, ∠XCC và ∠CCC) có thể sai lệch ở mức độ
khác nhau so với giá trị bình thường.
Một vài thay đổi góc hóa trị xảy ra khi uốn cong vòng. Chẳng hạn, đối với
cyclobutan thì ∠CCC giảm đi 3o khi vòng bị uốn cong 35o.
67

1,467(4) 1,540(8) 109,0(0,8)
HN NH
1,423(3) 1,523(5) 112,45(0,5)

O O
O 1,393(25) (O−C2) 1,528(13) 110,9(1,5)

1,439(39) (O−C6)
O
O 1,411(2) - 108,9(0,8)
O
O
1,826(4) (C−S) 1,521(6) ∠CSC 97,1(2,0)
S O 1,418(4) (C−O) ∠COC 115,1(2,2)
S 1,812(3) 1,533(5) 98,1(0,7)
S
1,3376(4) 1,3938(5) (2-3) 116,94(0,03)
1,3916(4) (3-4)
N
1,730(26) 1,409(38) 101,13(0,3)
1,380(37)
P
1,850(3) 1,390(32) 97,3(1,7)
1,401(32)
As
3) Cấu dạng
Trong cấu dạng của các hợp chất dị vòng và vòng carbo có nhiều điểm chung, đặc
biệt là ở các dị vòng 6 cạnh, đối với chúng cấu dạng ghế luôn bền nhất. Nhưng cũng có
những sự khác nhau xác định hình học của cấu dạng cân bằng của các dị vòng và vòng
carbo. Bất kỳ một dị tố nào tham gia vào trong vòng khi làm thay đổi khoảng cách, góc
hóa trị hay góc nhị diện đều có ảnh hưởng đến hình học của vòng.
2.7.2.2. Các dị vòng 4 cạnh

Giá trị góc nhị diện của một vài dị vòng 4 cạnh được dẫn ra dưới đây:
(35o) NH (33o) O (0o) S (26o) S S O (37o)
(I) (II) (III) (IV) (V)
68
Vì mức độ không phẳng của các dị vòng 4 cạnh được xác định bằng ảnh hưởng
cạnh tranh của sức căng góc và sức căng xoắn, nên các đặc trưng của chúng thay đổi khi
thay đổi dị tố.
Tất cả các góc hóa trị trong ở I-III gần bằng 90o, điều này chứng tỏ sự gần như không
đổi của sức căng góc trong các phân tử này. Mặt khác, chiều cao của hàng rào năng lượng
quay giảm trong dãy ethan, ethylamin, alcohol methylic, bởi vậy sức căng xoắn sẽ bị yếu
đi và xảy ra sự nén phẳng từ từ vòng theo thứ tự I, II, III. Mặc dù nói chung điều dự đoán
như vậy là đúng, đối với II mức độ không phẳng lớn hơn dự đoán. Khi chuyển từ III sang
IV xảy ra sự tăng không lớn sức căng xoắn, kèm theo sự giảm đồng thời góc hóa trị ở dị
vòng và sự tăng ∠CCC. Điều này một lần nữa chứng tỏ cấu trúc không phẳng của vòng.
Tính không phẳng được bảo toàn đối với 1,3-dithiacyclobutan monooxit (V) (với góc nhị
diện 37o) nhưng vắng mặt đối với (F2CX)2, ở đây X=S,Se. Sự uốn cong vòng khi đưa
nguyên tử S vào cũng xảy ra như vòng 6 cạnh.

Như đã chỉ ra trong phần 2.3.1, trong cyclopentan sự uốn cong vòng 5 cạnh không
xuất hiện, mà được chuyển dịch theo nhóm không có bất kỳ hàng rào năng lượng nào
(sự giả quay). Khi hạ thấp tính đối xứng bằng cách đưa vào trong vòng nhóm thế hay dị
tố thì sự giả quay bị phá vỡ một phần hay toàn bộ. Các dị tố nằm trong chu kỳ II thực tế
không thay đổi động học chuyển động nội và sự giả quay được giữ nguyên không chỉ
đối với tetrahydrofuran, mà cả đối với dẫn xuất 3-bromo của nó. Nhưng nếu khối lượng
(kích thước) của dị tố tăng lên thì cấu dạng nửa ghế với sự đối xứng C2 được đặc trưng
bởi góc xoắn τ được bền hóa:
τ
SiH2 S Se
τ=21−25ο 29,4ο 29,7ο

Dạng ghế là cấu dạng duy nhất của tất cả các dị vòng 6 cạnh, nhưng các đặc tính
của nó thay đổi có quy luật phụ thuộc vào bản chất của dị tố, điều này hoàn toàn rõ ràng
khi so sánh góc xoắn τ trong dãy: piperazin-dithian; cyclohexan được chọn làm chất so
sánh ban đầu:
NH O O S
τ
NH O S S
54,9o 37o 57o 60,1o 69,5o
Đặc điểm khác của các dị vòng trên là hướng axial của các nguyên tử halogen, khác
với các dẫn xuất của cyclohexan, hợp chất này có các đồng phân equatorial bền hơn.
69
So với các vòng 4 cạnh, trong các hệ vòng 6 cạnh, sự thay thế nhóm methyl bằng
nguyên tử oxy không dẫn tới sự nén phẳng vòng. Chẳng hạn, ở 1,3-dioxan cả hai góc
nhị diện đều lớn hơn trong cyclohexan: 58,9o (O−C−O−C), 56,0o (C−O−C−C) và 57,4o.
Trong 1,3,5-trioxan góc nhị diện O−C−O−C cũng khá lớn (58,6o).
Phân tử 4-thiacyclohexanon đáng chú ý ở chỗ các hiệu ứng trái ngược nhau tác
dụng ở cuối vòng 6 cạnh: tác dụng nén phẳng của nhóm carbonyl và sự uốn cong thêm
vòng do nguyên tử lưu huỳnh. Các giá trị của góc nhị diện tìm thấy C−C−C−C (50,0o)
và C−C−S−C (58,0o) phù hợp với các giá trị dự đoán.
O
2.7.2.5. Các dị vòng thơm

Nếu các hệ dị vòng 5 và 6 cạnh có chứa số nối đôi cực đại và bao gồm các nguyên
tử oxy, lưu huỳnh hay nitrogen, thì chúng thể hiện một loạt các tính chất cho phép gọi
chúng là các dị vòng thơm. Với quan điểm hình học, khái niệm này được xác nhận khi
so sánh khoảng cách giữa các hạt nhân trong phân tử. Khi so sánh độ dài liên kết
carbon-carbon trong các hợp chất có liên kết đơn và liên kết đôi riêng rẽ, rồi chuyển
sang butadien và cyclopentadien thì ta thấy rằng liên kết đơn bị co ngắn lại, còn liên kết
đôi thì được kéo dài ra:
1,694
1,342
1,534 1,337 1,345 1,465
CH3 CH3 CH2 CH2 CH2 CH CH CH2
Sự thay đổi định lượng xảy ra có thể đặc trưng cho tính trung bình số học r(C−Ctb)
của độ dài liên kết r(C−C) và r(C=C) và sự không đẳng giá của các liên kết này, tức là
hiệu số ∆. Chẳng hạn, việc so sánh độ dài liên kết C−C ở các dị vòng thơm được dẫn ra
trong Bảng 2.38.
Bảng 2.38. so sánh độ dài liên kết C−C ở các dị vòng thơm
Thông số C5H6 pyrrol furan thiophen selenophen

r(C−Ctb), Å 1,465 1,400 1,396 1,396 1,401
∆r, Å 0,127 0,035 0,075 0,053 0,064
Để xem xét hình học của các dị vòng 6 cạnh, ta dẫn ra số liệu của các đồng phân
hexatrien và benzen:
1,345
1,462
1,399 1,392
1,458 1,394
70
Sự sắp xếp lại các liên kết xảy ra khi vòng hóa hexatrien hầu như không bị phá vỡ
bằng cách đưa dị tố (N, P, As) vào benzen. Mặc dù trong tất cả các trường hợp có sự
không đẳng giá không nhỏ của các liên kết C−C, giá trị trung bình hầu như không đổi
và gần với giá trị 1,399Å trong benzen: trong pyridin là 1,393Å, trong phosphabenzen là
1,394Å, còn trong azabenzen là 1,395Å.
Giống như trong trường hợp các dị vòng 5 cạnh, khoảng cách C−C có mức độ chặt
chẽ tương đối, chẳng hạn, khoảng cách C−As là 1,850Å ngắn hơn các liên kết C−As
bình thường. Như vậy các thông số hình học của các dị vòng 5 và 6 cạnh phù hợp với sự
có mặt của các tính chất thơm ở chúng.
71
Chương 3
CÁC THAM SỐ CẤU TRÚC
Với mục đích mô tả mối quan hệ giữa cấu trúc-tính chất và cấu trúc-hoạt tính của
các hợp chất hữu cơ, người ta đã đưa ra khoảng 200 thông số và chỉ số khác nhau. Các
thông số và chỉ số này hoặc có liên quan đến sự sắp xếp tương hỗ giữa các nguyên tử
trong phân tử hoặc liên quan đến các yếu tố electron hay không gian, hoặc các tính chất
nhiệt động học của phân tử hợp chất hữu cơ.
3.1. THÔNG SỐ ELECTRON
3.1.1. Hằng số σ Hammett

Các tính chất electron được phát triển lúc đầu từ việc chú ý đến các hiệu ứng nhóm
thế trong các hợp chất thơm. Chẳng hạn, hằng số phân ly của các acid benzoic thế
(Kx105 ở 25oC) do Hammett đưa ra như sau (xem Bảng 3.1):
K
COOH + H2O COO + H3O
R R
Bảng 3.1. Hằng số tốc độ phản ứng phân li của các acid benzoic thế
R H CH3 OCH3 F Cl NO2

ortho 6,27 12,3 8,06 54,1 11,4 671
meta 6,27 5,35 8,17 13,6 14,8 32,1
para 6,27 4,24 3,38 7,22 10,5 37,0
Vậy hiệu ứng của nhóm R lên pKa của một acid được thể hiện như thế nào? Từ
Bảng 3.1 ở trên ta nhận thấy như sau:
- Dạng acid được bền hóa nếu R là nhóm thế đẩy electron, do vậy cân bằng dịch
chuyển sang bên trái.
- Dạng anion được bền hóa nếu R là nhóm thế hút electron, do vậy cân bằng dịch
chuyển sang bên phải.
Các tính chất electron có thể được định lượng bằng Ka như sau:
logKa(acid thế) − logKa(acid không thế) = logKa(RX) −logKa(RH) = log(Ka(RX)/Ka(RH)) = σ
ở đây, σ là hằng số nhóm thế đối với nhóm thế R đã cho, và vị trí của nó, và Ka là hằng
số phân ly acid. Có thể có các giá trị σo, σm và σp. Các giá trị điển hình của các hằng số
nhóm thế σm và σp được đưa ra trong Bảng 3.2.
72
Bảng 3.2. Một số giá trị hằng số nhóm thế σm và σp điển hình
Số
Nhóm thế σm σp σpo σ p+ σ p- R F
TT
1 Br 0,39 0,23 0,30 0,15 0,25 -0,22 0,45
2 Cl 0,37 0,23 0,28 0,11 0,19 -0,19 0,42
3 F 0,34 0,06 0,21 -0,07 -0,03 -0,39 0,45
4 SF3 0,70 0,80 - - - 0,17 0,63
5 SF5 0,61 0,68 - - 0,86 0,12 0,56
6 I 0,35 0,18 0,31 0,14 0,27 -0,24 0,42
7 NO2 0,71 0,78 0,82 0,79 1,27 0,13 0,65
8 N3 0,37 0,08 - - 0,11 -0,40 0,48
9 H 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00
10 OH 0,12 -0,37 -0,16 -0,92 -0,37 -0,70 0,33
11 NH2 -0,16 -0,66 -0,36 -1,30 -0,15 -0,74 0,08
12 SO2NH2 0,53 0,60 - - 0,94 0,11 0,49
13 CF3 0,43 0,54 0,54 0,61 0,65 0,16 0,38
14 OCF3 0,38 0,35 - - - -0,04 0,39
15 SO2CF3 0,86 0,96 0,93 - 1,63 0,22 0,74
16 CN 0,56 0,66 0,68 0,66 1,00 0,15 0,51
17 CHO 0,35 0,42 0,54 0,73 1,03 0,09 0,33
18 CONH2 0,28 0,36 - - 0,61 0,10 0,26
19 CH3 -0,07 -0,17 -0,12 -0,31 -0,17 -0,18 0,01
20 NHCONH2 -0,03 -0,24 - - - -0,33 0,09
21 OCH3 0,12 -0,27 0,11 -0,78 -0,26 -0,56 0,29
22 SOCH3 0,52 0,49 0,57 - 0,73 -0,03 0,52
23 SO2CH3 0,60 0,72 0,75 - 1,13 0,19 0,53
24 SCH3 0,15 0,00 0,08 -0,60 0,06 -0,23 0,23
25 C≡CH 0,21 0,23 0,23 0,18 0,53 0,01 0,22
26 CH = CH2 0,06 -0,04 0,00 -0,16 - -0,17 0,13
27 COCH3 0,38 0,50 0,50 - 0,84 0,17 0,33
28 COOCH3 0,36 0,5 0,46 0,49 0,64 0,11 0,34
29 NHCOCH3 0,21 0,00 -0,09 -0,60 -0,46 -0,31 0,31
30 N(CH3)3 -0,16 -0,83 -0,48 -1,70 -0,12 -0,98 0,15
31 Cyclopropyl -0,07 -0,21 -0,10 -0,41 -0,09 -0,23 0,02
32 CH(CH3)2 -0,04 -0,15 -0,16 -0,28 -0,16 -0,19 0,04
33 CH = C(CN)2 0,66 0,84 0,80 0,82 1,20 0,28 0,57
34 C(CH3)3 -0,10 -0,20 -0,17 -0,26 -0,13 -0,18 -0,02
35 C6H5 0,06 -0,01 0,04 -0,18 0,02 -0,13 0,12
36 N = NC6H5 0,32 0,39 0,36 -0,19 0,45 0,09 0,30
37 OC6H5 0,25 -0,03 0,08 -0,50 -0,10 -0,40 0,37
38 NHC6H5 -0,02 -0,56 -0,27 -1,40 -0,29 -0,78 0,22
39 COC6H5 0,34 0,43 0,50 0,51 0,83 0,12 0,31
40 CH2C6H5 -0,08 -0,09 - -0,28 -0,09 -0,05 -0,04
41 C≡CC6H5 0,14 0,16 - -0,03 0,30 0,01 0,15
42 CH = 0,03 -0,07 - -1,00 0,13 -0,17 0,10
CHC6H5
+
43 N(CH3)3 +0,88 +0,82
44 O(−) -0,708 -1,00
73
Hằng số σ được dùng cho nhiều phản ứng bao gồm nhân thơm benzen và các hệ
thơm khác, tuân theo dạng chung của phương trình Hammett:
ρσ = logKa (R) − logKa(H)
ρ là hằng số đối với phản ứng đã cho, σ là hằng số nhóm thế, và Ka là hằng số cân bằng
(hay hằng số tốc độ ka) đối với phản ứng đang xem xét.
Có nhiều cách để định lượng các hiệu ứng electron. Chẳng hạn, các hiệu ứng
electron có thể được biểu diễn bằng tổ hợp tuyến tính của hiệu ứng trường (cảm ứng) F,
và hiệu ứng cộng hưởng R:
σ = aF + bR
ở đây a và b là các hệ số xác định từ phép thống kê số liệu. Việc sử dụng σ đã được mở
rộng cho các hệ các hợp chất có tác dụng sinh học.
Ví dụ: Hoạt tính kháng khuẩn của các sulfanilamid được xem là phụ thuộc vào tính
tương đồng của chúng với dạng chất chuyển hóa tự nhiên, PABA, cho thấy rằng chúng
hoạt động ở dạng anion.
Phản ứng phân ly của các sulfanilamid, tương tự như các acid benzoic, phụ thuộc
vào các tính chất electron của nhóm thế R, nhóm thế này có thể bền hóa anion bằng hiệu
ứng hút electron, do vậy làm tăng hoạt tính sinh học. Đồ thị ở Hình 3.1 chỉ ra sự tương
quan giữa σ và pKa đối với hoạt tính kìm hãm vi khuẩn của dãy 20 và 14 sulfanilamid
tương ứng.
R R
HN N
S O S O + H
O O
H2N H2N
Sunfanilamit
O
O
H2N
H2N + H
O
OH
Axit p-aminobenzoic (PABA)
74
Hình 3.1. Sự tương quan giữa σ (log(1/C) = 1,05σ – 1,28) và pKa (log(1/C) = -0,32pKa +
7,33) đối với hoạt tính kìm hãm vi khuẩn của dãy 20 và 14 sulfanilamid tương ứng.
3.1.2. Moenzyme dipol

Sự phân bố của điện tích trong phân tử cung cấp các thông tin quan trọng về nhiều
tính chất của phân tử. Do vậy cần có sự hiểu biết chi tiết về lí thuyết và sự áp dụng của
moenzyme dipol của các hợp chất hữu cơ. Moenzyme dipol cho thông tin quan trọng về
bản chất và đặc điểm của dạng tương tác hóa học khác thường như liên kết hydro và đặc
tính phân cực/không phân cực của phân tử.
Tất cả các nguyên tử có mặt trong phân tử đều được đưa vào để tính moenzyme
dipol. Một vài nhóm thế có thể có ảnh hưởng đến moenzyme dipol hơn các nhóm khác.
Hơn nữa, vị trí tương đối của các nhóm thế đối với nhau là một yếu tố quan trọng,
chẳng hạn, các phân tử có tính đối xứng thì moenzyme dipol của chúng rất nhỏ hay gần
bằng 0.
Moenzyme dipol bằng 0 nếu phân tử có mặt phẳng gương hay trục quay.
Moenzyme dipol 0 D được thấy ở các phân tử có trung tâm nghịch chuyển hay trục
quay/phản chiếu hay có nhiều hơn 1 trục quay hay trục quay cắt mặt phẳng gương. Các
phân tử sau có trung tâm nghịch chuyển và do đó moenzyme dipol của chúng bằng 0 D:
1,2-dicloroethylen, ethylen, benzen, ethan, ...
Có một số biểu thức hay được sử dụng để tính toán moenzyme dipol từ một số tính
chất khác của phân tử mà có thể đo bằng thực nghiệm được:
- Biểu thức của Debye:
⎛ ε −1 ⎞ M 4πNα o 4πNµ 2
⎜ ⎟. = +
⎝ ε + 2 ⎠ Dkhi 3 9kT
- Biểu thức của Onsager:
µ =
2 ( )(
9 MkT ε − nD2 2ε + nD2
.
)
4πNd A (
ε nD2 + 2
2
)
- Biểu thức của Kirkwood:
75
(ε − 1)(2ε + 2) = 4 πN ⎛⎜α +
µ2g ⎞
⎟
9ε 3 ⎜ o
3kT ⎟⎠
⎝
- Biểu thức của Scholte:

⎛ αo ⎞
µ 2 = 3kT (1 − fα o )⎜⎜ P − ⎟
⎝ 1 − fα o ⎟⎠
trong đó, ε: hằng số điện môi; M: phân tử lượng, g/mol; dℓ: tỷ trọng chất lỏng, g/ml; N:
số Avogadro, 6,023.1023 phân tử/mol; k: hằng số khí cho mỗi phân tử, 1,38.10-16; αo: độ
khả phân cực phân tử; µ: moenzyme dipol của phân tử, Debye; T: nhiệt độ tuyệt đối, K;
nD: chỉ số khúc xạ; g: được tính toán từ lực tương tác giữa các phân tử; f: thừa số trường
nội phân tử.
Các phương trình trên đã được kiểm nghiệm bằng cách so sánh các giá trị
moenzyme dipol tính toán với các giá trị đo được bằng thực nghiệm. Trong thực tế,
phương trình Debye được sử dụng đối với các chất tan không phân cực trong dung môi
không phân cực, và cho các khí tinh khiết. Sự khác nhau giữa các giá trị dung dịch và
khí là do hiệu ứng dung môi.
Bảng 3.3. Giá trị moenzyme dipol của một số hợp chất hữu cơ
Moenzy
Phương
Số me
Công thức Tên hợp chất pháp Nhiệt độ (K)
TT dipol µ,
xác định
D
1 CH2 = CH = CH2 allen khí 298-368 0,20
2 CH3-C≡CH allylen khí 298-348 0,77
3 CH3-CH = CH2 propen khí 246-476 0,35
4 CH3OH methanol khí 308-482 1,69
5 C2H5OH ethanol khí 308-483 1,67
6 n-C3H7OH n-propanol khí 376-205 1,657
7 iso-C3H7OH iso-propanol khí 300-463 1,682
8 C6H11OH cyclohexanol B 18oC 1,69
9 C2H5OC2H5 diethylether khí 288-476 1,17
10 C6H5OC6H5 diphenylether khí 445-483 1,14
11 C6H5OCH3 anisol khí 403 1,35
12 CH3F methyl fluoride khí 224-498 1,808
13 CH3Cl methyl cloride khí 298-418 1,86
14 CH3Br methyl bromide khí 306-406 1,78
15 CH3I methyl iodide khí 295-337 1,64
16 CHCl3 clorofom khí 298 1,06
17 CCl4 carbon khí 0
tetracloride
18 HCOOH acid focmic khí 345-423 1,51
19 CH3COOH acid acetic khí 298-494 1,73
20 ClCH2COOH acid B 30oC 2,29
monocloacetic
76
Moenzy
Phương
Số me
TT dipol µ,
xác định
D
21 C6H5COOH acid benzoic B 30oC 1,64
22 HCOOC2H5 ethyl focmiat khí 292-435 1,92
23 CH3COOC2H5 ethyl acetat khí 302-467 1,76
24 HONH2 focmamid khí 425-449 3,20
25 CH3CONH2 acetamid D 30oC 3,72
26 CH3CON(CH3)2 dimethylacetamid D 30oC 3,79
27 CH3COCl acetyl cloride khí 320-483 2,67
28 CH3COBr acetyl bromrua B 20oC 2,43
29 ClCH2COCl cloacetyl cloride khí 358-529 2,20
30 (CH3CO)2O anhidrit acetic khí 320-540 2,7-2,9
31 (C6H5CO)2O anhidrit benzoic B 25oC 4,15
32 CO anhidrit phtalic B 20oC 5,25
O
CO
33 HCH = O focmaldehyd khí 420-520 2,27
34 CH3CHO acetaldehyd khí 420-469 2,72
35 CH2 = CH-CHO acrolein khí 377-478 3,04
36 CH3COCH3 aceton khí 301-455 2,85
37 CH3COC2H5 methylethylxeton B 22oC 1,82
38 CH3COCH2Cl cloaceton khí 336-454 2,20
39 CH3NH2 methylamin khí 298 1,28
40 (CH3)2NH dimethylamin khí 298 1,02
41 (CH3)3N trimethylamin khí 289-418 0,65
42 H2NCH2CH2NH2 etilendiamin khí 355-429 1,94
43 HOCH2CH2NH2 ethanolamin D 25 oC 2,27
44 HCN hydroxynua khí 301-470 2,93
45 ClCN xianocloride MW 2,80
46 CH3CN acetonitrin khí 354-463 3,94
47 CH2 (CN)2 malodinitrin B 25 oC 3,56
48 CH3NO2 nitromethan khí 337-454 3,54
49 CCl3NO2 clopicrin khí 303-425 1,18
50 CS2 carbon disulfua khí 322-414 0
51 (NH2)2CS thioure D 25 oC 4,89
52 C6H6 benzen khí 326-480 0
53 C6H5CH3 toluen khí 357-482 0,37
54 1,2-(CH3)2C6H4 o-xilen hơi 0,62
55 1,3-(CH3)2C6H4 m-xilen B 20 oC 0,37
56 1,4-(CH3)2C6H4 p-xilen B 20 oC 0,10
57 C6H5CH = CH2 stiren khí 442-462 <0,20
58 C6H5NO2 nitrobenzen khí 442-549 4,19
59 1,2-(NO2)2C6H4 o-dinitrobenzen B 20 oC 5,98
60 1,3-(NO2)2C6H4 m-dinitrobenzen B 25 oC 3,96
61 1,4-(NO2)2C6H4 p-dinitrobenzen B 20 oC 0,58
62 1,2-CH3C6H4NO2 o-nitrotoluen B 30 oC 3,79
63 1,3-CH3C6H4NO2 m-nitrotoluen B 30 oC 4,29
64 1,4-CH3C6H4NO2 p-nitrotoluen B 30 oC 4,53
65 C6H5SO3H acid B 3,77
benzensulfonic
66 C6H5SO2NH2 benzensulfonami B 25 oC 4,73
d
77
Moenzy
Phương
Số me
TT dipol µ,
xác định
D
67 C6H5NH2 Anilin khí 459 1,48
68 C6H5NHCH3 methylanilin B 25 oC 1,64
69 1,2-CH3C6H4NH2 o-toluidin B 20 oC 1,58
70 1,3-CH3C6H4NH2 m-toluidin B 20 oC 1,44
71 1,4-CH3C6H4NH2 p-toluidin B 20 oC 1,31
72 C6H5NHNH2 phenylhydrazin B 18-19 oC 1,65-
1,79
73 C6H5OH phenol khí 450 1,40
74 1,2-CH3C6H4OH o-crezol B 1,41
75 1,3-CH3C6H4OH m-crezol B 1,54
76 1,4-CH3C6H4OH p-crezol B 1,57
77 C6H5F flobenzen khí 344-507 1,57
78 C6H5Cl clobenzen khí 374-518 1,70
79 C6H5Br brombenzen khí 374-483 1,71
80 C6H5I iotbenzen B 25 oC 1,38
81 1,2-CH3C6H4Cl o-clotoluen B 20 oC 1,0
82 1,3-CH3C6H4Cl m-clotoluen B 20 oC 1,0
83 1,4-CH3C6H4Cl p-clotoluen B 20 oC 1,94
84 1,2-ClC6H4OH o-clophenol khí 423-598 2,17
85 1,3-ClC6H4OH m-clophenol B 25 oC 2,17
86 1,4-ClC6H4OH p-clophenol B 2,22
87 C6H5CH2Cl benzyl cloride Dec 20-160 oC 1,72
88 C6H5COOH acid benzoic B 30 oC 1,64
89 1,2-NH2C6H4COOH acid o- D 1,51
aminobenzoic
90 1,3-NH2C6H4COOH acid m- D 2,70
aminobenzoic
91 1,4-NH2C6H4COOH acid p- D 3,51
aminobenzoic
92 C6H5CONH2 benzamid D 30 oC 3,77
93 C6H5CHO benzaldehyd B 25 oC 2,77
94 C10H8 naphtalen Hp 20 oC 0,0
95 C10H7NH2 (1) α-naphtylamin B 25 oC 1,49
96 C10H7NH2 (2) β-naphtylamin B 25 oC 1,77
97 C10H7OH (1) α-naphtol B 20-60 oC 1,40
98 C10H7OH (2) β-naphtol B 25 oC 1,53
Chú thích B: đo trong dung dịch benzen; Dec: đo trong dung dịch decan; D: đo trong dung dịch dioxan;
Hp: đo trong dung dịch heptan
Thông thường người ta tính toán moenzyme dipol từ các giá trị hằng số điện môi.
Mối liên quan trực tiếp giữa hằng số moenzyme dipol rút gọn (ε-1)M/dℓ và moenzyme
dipol µ của 45 hợp chất hữu cơ lỏng được Salem biểu diễn như sau:
ε −1
M = 184 µ 2
dA
78
ở đây, dℓ là tỷ trọng chất lỏng, g/cm3; M: phân tử lượng, g/mol; µ: moenzyme dipol,
Debye.
Chẳng hạn, moenzyme dipol µ của chất lỏng 1,2-dicloroethan ở 20oC được tính
toán như sau:
ε = 184dℓ.µ2/M + 1
Bằng cách biến đổi biểu thức này ta nhận được:
1/ 2 1/ 2
⎡ M ⎤ ⎡ 98,96 ⎤
µ = ⎢(ε − 1). ⎥ = ⎢(10,23 − 1) = 2,00 D
⎣ 184d A ⎦ ⎣ 184 x1,2351⎥⎦
Ngoài các phương pháp thực nghiệm bằng các phép đo thực nghiệm qua việc xác
định hằng số điện môi ε, tỷ trọng d và chiết suất nD như trên, moenzyme dipol còn có
thể được tính toán dựa vào phương pháp cộng vectơ, khi biết các giá trị moenzyme
dipol liên kết hay moenzyme dipol nhóm.
Moenzyme dipol của một hợp chất phức tạp có thể được biểu diễn bằng tổng vectơ
của các moenzyme liên kết dọc theo hướng của các liên kết riêng biệt. Moenzyme dipol
là một tính chất điện chủ yếu của phân tử. Nó thường được sử dụng một cách đồng
nghĩa với độ phân cực của chất lỏng, mặc dù moenzyme cao hơn có thể có ý nghĩa. Đối
với hầu hết các hydrocarbon, moenzyme dipol gần bằng 0 D. Việc tính toán moenzyme
dipol của các hợp chất hữu cơ có thể được thực hiện bằng cách cộng vectơ các
moenzyme dipol của các liên kết hay nhóm liên kết. Trong Bảng 3.3 đưa ra một số giá
trị moenzyme dipol của một số hợp chất hữu cơ.
Phương pháp này dựa trên cơ sở là vectơ moenzyme dipol phân tử bằng tổng vectơ
moenzyme dipol của các liên kết trong phân tử:
G n G
µ = ∑ µi (1)
i =1
Thông qua hình chiếu của vectơ moenzyme dipol mx, my và mz trên 3 trục toạ độ x,
y và z ta có:
1/ 2
⎡ n n n
⎤
µ = ⎢( ∑ m x ) 2 + ( ∑ m y ) 2 + ( ∑ m z ) 2 ⎥ (2)
⎣ i =1 i =1 i =1 ⎦
hoặc tính µ theo cặp liên kết các cực:
µ = (µ12 + µ 22 + 2 µ1µ 2 cos θ12 )1/ 2 (3)
ở đây µ1, µ2 là moenzyme liên kết cực, θ12 là góc giữa các vectơ moenzyme này.
Trong Bảng 3.4 chỉ ra moenzyme dipol của các liên kết C-X và H-X. Ở các hợp
chất no và thơm, do sự lai hóa các liên kết mà moenzyme dipol của các liên kết C-X
không trùng với các giá trị trong bảng. Vì thế để tính moenzyme dipol của các hợp chất
nói trên cần phải tính tổ hợp các moenzyme dipol có tính đến góc nghiêng vectơ (ϕ).
79
Bảng 3.4. Moenzyme dipol của liên kết *
Liên kết µC-X Liên kết µC-X

C-F 1,39 C=N 1,4
C-Cl 1,47 C=O 2,4
C-Br 1,42 C ≡N 3,1
C-I 1,25 H-C 0,4
C-N 0,45 N-H 1,31
C-O 0,7 H-O 1,51
Bảng 3.5. Moenzyme dipol nhóm C-X (Debai) *
X µ(C6H5-X) ϕo µ(CH3-X) ϕo
CH3 -0,37 0 0 0
CF3 2,54 180 2,32 180
CCl3 2,04 180 1,57 180
CN 4,05 180 3,57 180
CHO 2,96 146 2,49 125
COCH3 2,96 132 2,75 120
COOCH3 1,83 110 1,75 130
F 1,47 180 1,79 180
Cl 1,59 180 1,87 180
Br 1,57 180 1,82 180
I 1,40 180 1,65 180
OH -1,55 90 -1,70 118
OCH3 -1,28 72 -1,28 124
OCOCH3 -1,69 66
NH2 -1,53 49 -1,46 91
N(CH3)2 -1,58 30 -0,86 109
NO 3,09 149
NO2 4,01 180 3,10 180
* Dấu dương được viết cho nhóm X là đầu âm của dipol R-X, góc ϕ ứng với góc giữa liên kết C-X và
hướng vectơ moenzyme của nhóm X. Khi tính moenzyme dipol phân tử theo sơ đồ cộng vectơ thì không
được sử dụng đồng thời giá trị moenzyme dipol nhóm và liên kết, bởi vì đại lượng moenzyme dipol nhóm
trong phân tử CH3-X khác với moenzyme liên kết C-X. Khi ϕ = 0o, hiệu số này bằng moenzyme liên kết
Csp3-H (0,4 D)
Có một số phương pháp tính toán moenzyme dipol từ các phương pháp hóa lượng
tử khác nhau (CNDO/2, PPP, STO-3G, MNDO, AM1, PM3). Các giá trị moenzyme
dipol từ các tính toán này khá phù hợp (sai số khoảng 15%) với các giá trị đo được ở
nhiều dãy hợp chất hữu cơ. Cần nhận thấy rằng điện tích nguyên tử nhận được từ các
tính toán hóa lượng tử cho phép ta tính toán cấu trúc phân tử và năng lượng. Ở đây,
moenzyme dipol bao gồm hai thành phần: một thành phần có được từ điện tích nguyên
tử và thành phần kia là do sự phân bố electron bất đối xứng ở các hạt nhân có orbital p
và d.
80
3.1.3. Mật độ điện tích
Mật độ điện tích (nguyên tử) trên nguyên tử A, QA, và mật độ electron PA có quan
hệ với nhau theo biểu thức sau:
QA = ZA - PA ,
trong đó, ZA là điện tích hạt nhân nguyên tử của nguyên tử A (tức là số electron hóa trị).
Thông số này nhận được từ các tính toán orbital phân tử. Mật độ electron cho biết sự
phân bố điện tử trên từng nguyên tử trong phân tử. Mật độ điện tích cho biết phần điện
tích trên từng nguyên tử.
3.1.4. Thế tĩnh điện phân tử

Thế tĩnh điện phân tử (Molecular Electrostatic Potentials (MEP)) là các tính chất
tĩnh điện của phân tử dựa trên cơ sở mật độ điện tích, được tính toán trực tiếp từ hàm
sóng phân tử. Thế tĩnh điện (vô hướng với thứ nguyên của năng lượng) được tính toán
tại điểm trong vùng lân cận của một phân tử. Đạo hàm không gian là lực điện từ (vectơ)
tác động lên đơn vị điện tích dương tại điểm mà hạt nhân và các electron của phân tử
gây nên.
Thế tĩnh điện này được sử dụng trong các nghiên cứu mối quan hệ định lượng cấu
trúc-tác dụng 3 chiều (3D-QSAR) và để so sánh hay đánh giá tính giống nhau của một
tập hợp phân tử. Một tính chất vật lí ngang bằng về độ lớn với năng lượng tĩnh điện
giữa mật độ điện tích tĩnh điện, ρ(r), của hệ nguyên tử hay phân tử và điện tích điểm
dương nằm ở r. Thế tĩnh điện V(r) được tạo ra ở điểm bất kỳ r bởi các electron và hạt
nhân A của hệ được cho bởi biểu thức:
ZA rr' dr
V( r ) = ∑ −∫
RA − r r '− r
trong đó, ZA là điện tích hạt nhân nguyên tử của nguyên tử A (tức là số electron hóa trị)
tại vị trí RA; ρ(r) là mật độ electron; r’ là biến tích phân ảo.
Khi một cấu trúc phân tử tiến gần đến thụ thể, thì nhờ có thế tĩnh điện phân tử mà
thụ thể có thể cảm nhận được trước khi xảy ra tương tác giữa hoạt chất đó và thụ thể.
3.1.5. Năng lượng orbital

• Năng lượng orbital phân tử bị chiếm cao nhất (Highest Occupied Molecular
Orbital (HOMO) Energy) nhận được từ các tính toán orbital phân tử và có liên quan đến
thế ion hóa của phân tử và khả năng phản ứng của nó như là một nucleophil.
• Năng lượng orbital phân tử trống thấp nhất (Lowest Unoccupied Molecular
Orbital (LUMO) Energy) nhận được từ các tính toán orbital phân tử và biểu thị ái lực
electron của phân tử hay khả năng phản ứng của nó như là một electrophil.
81
3.1.6. Thế ion hóa
Thế ion hóa được xác định như là năng lượng cần thiết để tách một electron hoàn
toàn ra khỏi một nguyên tử hay một phân tử ở trạng thái cơ bản dẫn đến sự tạo thành ion
mang điện dương và electron tự do. Thế ion hóa thứ nhất có liên quan với electron liên
kết kém chặt chẽ nhất mà trong các phân tử liên hợp đó là electron thuộc về orbital π bị
chiếm cao nhất. Nếu phân tử có chứa nguyên tử nitrogen, chẳng hạn như các hợp chất
dị vòng: piridin, picolin, trong đó nguyên tử nitrogen có chứa 1 cặp electron không liên
kết thì electron được ion hóa có thể được do một trong số các electron không liên kết.
Sự khác nhau về mặt năng lượng giữa trạng thái bị ion hóa và trạng thái trung hòa
sẽ trở nên nhỏ hơn đối với các phân tử bị thế so với phân tủ không thế tương ứng. Do
vậy, thế ion hóa sẽ giảm khi đưa nhóm thế vào nhân benzen. Thế ion hóa của tất cả các
benzen thế thì nhỏ hơn ở benzen. Các giá trị thực nghiệm chỉ ra rằng thế ion hóa của các
benzen thế tuân theo thứ tự benzen > toluen > phenol > thiophenol > anilin, nghĩa là đối
với các nhóm thế:
−H > −CH3 > −OH > −SH > −NH2
Quy tắc cộng tính còn đúng cho các benzen thế. Sự thay thế lần lượt hydro trong
phân tử benzen bằng các nhóm methyl, ethyl, propyl,v.v... gây nên sự giảm thế ion hóa,
giảm nhiều đối với nhóm methyl nhỏ, và càng nhỏ hơn khi số nguyên tử carbon tăng
lên. Sự phân nhánh của mạch hydrocarbon chỉ gây nên những thay đổi nhỏ.
Nếu phân tử có chứa liên kết đôi thì thế ion hóa trở nên nhỏ hơn vào khoảng từ 0,5-
1,0 eV so với hợp chất tương ứng với liên kết đơn. Sự có mặt của liên kết ba làm cho
thế ion hóa hầu như không thay đổi.
Thế ion hóa của các alkyl halogenua nằm trong khoảng 10,9-12,8 eV, trong khi đối
với các olefin là 9,6-10,6 eV.
Sự có mặt của các nhóm thế khác nhau trên cùng một cấu trúc phân tử cho sự gần
đúng bậc 1 để thiết lập dãy sau:
−CH > −H > −CH3 > −Cl > −OH > −C2H5 > −Br > −COOH > −n-C3H7 >
−n-C4H9 > −CH = CH2 > −CHO > −COCH3 > −I > −NH2
Những điểm quan trọng của thế ion hóa có thể tóm tắt như sau:
• Thế ion hóa xác định electron nào liên kết kém chặt chẽ nhất.
• Thế ion hóa cho thông tin về lực liên kết, độ dài liên kết, bậc liên kết và sự
phân bố điện tích.
• Thế ion hóa cung cấp số liệu để tính toán các hàm sóng electron.
Đánh giá mối liên quan giữa thế ion hóa và khả năng phản ứng hóa học
Mối liên quan tuyến tính giữa thế ion hóa (Ip,eV) của dãy đồng đẳng và yếu tố cảm
ứng Taft của các nhóm thế (σ*) cũng đã được xác nhận. Các dãy đồng đẳng phân biệt
nhau bởi trung tâm phản ứng của chúng. Phù hợp với thế ion hóa, trung tâm phản ứng là
electron liên kết kém chặt chẽ nhất.
82
Thế ion hóa đối với các hydrocarbon đã halogen hóa khác nhau tuân theo dãy
F>Cl>Br>I.
Độ lớn của thế ion hóa của các chất trong dãy đồng đẳng của alcohol, aldehyd và
keton tuân theo mô hình tương tự:
alcohol>aldehyd>keton
Điều này được giải thích bởi cấu trúc của phân tử. Các nhóm thế được gắn trực tiếp
vào oxy ở alcohol trong khi đó ở aldehyd và keton thì nhóm thế lại ảnh hưởng thông
qua nguyên tử carbon.
Thế ion hóa của các parafin mạch phân nhánh đôi khi thấp hơn so với ở các parafin
thẳng. Sự tăng trọng lượng phân tử cùng với sự tăng mức độ phân nhánh sẽ làm giảm
thế ion hóa.
3.1.7. Thang độ âm điện

Độ âm điện do Pauling xác định đo khả năng hút điện tử của một nguyên tử về phía
nó. Năng lượng liên kết giữa hai nguyên tử A và B không phải là trung bình hình học
của các liên kết A−A và B−B. Năng lượng liên kết A−B nhận được thì lớn hơn trị số
tính toán, và căn bậc 2 của sự khác nhau này chính là số đo độ âm điện tương đối. Bằng
cách gán một giá trị tuỳ ý cho một nguyên tố thì có thể xây dựng thang hoạt độ
electron. Từ chỗ đưa vào khái niệm độ âm điện, một vài thay đổi và mở rộng đã được
đề nghị. Thang độ âm điện dựa trên năng lượng liên kết có tương quan với nhiều tính
chất hóa học và vật lí của các hợp chất. Đặc biệt, phương pháp âm điện nhóm là phương
pháp quan trọng để hiểu được cơ chế phản ứng và khả năng của một nhóm đối với việc
cho hay nhận điện tích. Độ âm điện của các nguyên tố thường gặp trong các hợp chất
hữu cơ được dẫn ra trong Bảng 3.6.
Bảng 3.6. Độ âm điện trung bình của một số nguyên tố
Nguyên tố Kí hiệu Độ âm điện, χe Nguyên tố Kí hiệu Độ âm điện, χe

Carbon C 2,55 Photpho P 2,19
Hydro H 2,20 Flo F 3,98
Oxy O 3,44 Clo Cl 3,16
Nitrogen N 3,04 Brom Br 2,96
Lưu huỳnh S 2,58 Iot I 2,66
Độ âm điện nhóm được tính toán như sau:
na
χG =
n
∑ χs
e
ở đây, na = số nguyên tử trong nhóm; χe = độ âm điện của nguyên tố; ns = số nguyên tử

cùng loại trong nhóm.
83
Độ âm điện nhóm của một vài nhóm đã được tính toán nhờ phương trình trên được
dẫn ra trong Bảng 3.7.
Ví dụ 1:
na 4
χ CH = = = 2,28
3
ns 1 3
∑ χ 2,55 + 2,20
e
7
χC H = = 2,29
2 5
2 5
+
2,55 2,20
11
χC H = = 2,38
6 5
6 5
+
2,55 2,20
3
χ CHO = = 2,64
1 1 1
+ +
2,55 2,20 3,44
6
χ COCH = = 2,46
3
2 3 1
+ +
2,55 2,20 3,44
Bảng 3.7. Độ âm điện nhóm (χG)
Độ âm điện nhóm (χG) Độ âm điện nhóm (χG)

Nhóm theo Datta Nhóm theo theo Datta
theo Allred
& Singh Allred & Singh
−CH3 2,28 2,68 −CF3 3,49 2,58
−CH2CH3 2,29 2,59 −CCl3 2,98 -
−C6H5 2,38 - −CN 2,77 -
−CHO 2,64 2,44 −NH2 2,42 3,10
−COCH3 2,46 2,42 −OH 2,68 -
−COOH 2,80 - −F - 4,00
−Cl - 3,00
Độ âm điện tuyệt đối (χabs) và độ cứng tuyệt đối (ηhard) được tính như sau
Ip + Ae Ip − Ae
χ abs = và η hard =
2 2
84
Ở đây, Ip = thế ion hóa; Ae = ái lực electron.
Cả χabs và ηhard được sử dụng để dự đoán đặc tính hóa học của các nguyên tử ,
ion, phân tử hay gốc.
3.2. THÔNG SỐ HÓA LÝ

3.2.1. Hệ số phân bố octanol-nước
3.2.1.1. Bản chất của hệ số phân bố
Hệ số phân bố P đã được chứng tỏ là một thông số đặc biệt có ích trong việc phản
ánh cách di chuyển của một chất thuốc qua các mô tới chỗ tác dụng, nhất là có thể hình
dung quá trình này là một quá trình sắc ký. Mặt khác, có mối quan hệ tuyến tính giữa π
(hoặc logP) và Rm. Giá trị Rm là độ lớn của hiệu ứng của nhóm thế trên Rf của phân tử
không thế trong sắc ký trên giấy hay sắc ký lớp mỏng. Trong việc chọn một hệ thống
dung môi thích hợp để mô hình hóa các hiệu ứng kị nước trong quá trình sinh hóa, ta có
thể xét hai loại khác nhau. Có thể chọn một hydrocarbon, như heptan, trong đó có ít
tương tác dung môi-solvat. Do đó, hệ số phân bố, hay chính xác hơn, logarit của hệ số
phân bố logP, phản ánh sự khử solvat các phân tử nước ở xung quanh, cũng như năng
lượng cần thiết để làm đứt liên kết hydro hoặc tương tác dipol-dipol giữa dung môi và
nước. Hệ số phân bố P là một thông số đặc biệt có ích trong việc phản ánh cách di
chuyển của một chất thuốc qua các mô tới chỗ tác dụng, nhất là nếu quá trình này có thể
hình dung như một quá trình sắc ký.
Rõ ràng là quá trình hấp thụ và phân bố trong các hệ sinh học được xác định bằng
các tính chất ưa nước hay kị nước của các phân tử, mà đối với chúng, hệ số phân bố P
của phân tử được sử dụng. Hệ số phân bố P được xác định như sau:
Co
P = K ow =
Cw
ở đây, Co và Cw là là nồng độ phân tử gam hay khối lượng ở trong pha octanol bão hòa
nước và trong pha nước bão hòa octanol tương ứng. Kow thường được viết tắt là P hay
Pow và logKow hay logP có thể được dùng như là số đo tương đối về tính kị nước của
hợp chất. Bằng cách sử dụng quan hệ logarit, P trở nên có tính cộng tính:
logP = log[drug]n-octanol - log[drug]nước
Thang tính kị nước thay đổi từ −2,6 đối với các hợp chất ưa nước như p-
aminophenyl β-D-glucoside đến +8,5 đối với hợp chất kị nước như decabromobiphenyl.
Một hệ thống quy chiếu như vậy có thể phản ánh đúng sự phân bố trong hệ thống sinh
vật học của một số chất như ROH hoặc RCONH2, nhưng không có khả năng phản ánh
đúng trong trường hợp một số chất có nhiều nhóm chức kiểu:
X COO CH2 CH2 NR2
85
Nếu X là nhóm thế khác nhau thì không có nhiều khả năng để xác định mối quan
hệ cấu trúc-tác dụng một cách định lượng nhờ hệ thống dung môi nước-heptan. Tuy
nhiên có thể đưa vào số hạng bổ chính phản ánh tương tác dipol hoặc liên kết hydro.
Chẳng hạn, trong trường hợp cac phenol, giữa hệ số phân bố của chúng trong hệ nước-
octanol và trong hệ nước-cyclohexan có mối tương quan kém:
logPoctanol = 0,50logPcyclohexan + 2,43 (n = 9; r = 0,791; s = 0,391)
Tuy nhiên, nếu đưa vào một sự hiệu đính như là hằng số liên kết hydro KHL thì mối
tương quan trên trở nên thoả mãn:
logPoctanol = 1,00logPcyclohexan + 1,20KHL + 2,35 (n = 9; r = 0,979; s = 0,140)
Hệ số 1,00 của logPcyclohexan chỉ ra rằng các quá trình khử solvat thì như nhau trong
cả hai trường hợp.
Qua việc phân tích nhiều dãy hợp chất hữu cơ có tác dụng sinh học, người ta đã đi
đến kết luận là để xác định mối quan hệ định lượng cấu trúc-tác dụng sinh vật học, hệ
thống dung môi thích hợp nhất là nước-octanol. Nhóm chức −OH của octanol có thể
hoạt động như chất cho hoặc chất nhận ở liên kết hydro trong mô hình tương tác của các
phân tử lớn của tướng sinh vật, vì trong cả hai trường hợp (chất cho hay chất nhận),
nhóm −OH được tìm thấy trong môi trường phân cực rõ rệt. Mô hình này đặc biệt có lợi
trong mối tương quan của tác dụng sinh vật học có bản chất kị nước không đặc hiệu.
Mô hình cho kết quả tốt trong những lớp chất thuốc có cùng nhóm chức mang dược tính
nhưng có những nhóm thế khác nhau. Giá trị logPoctanol thích hợp cả trong những trường
hợp mà liên kết hydro chiếm vai trò trung tâm trong tương tác chất thuốc-chất thụ cảm,
vì trong trường hợp này, ảnh hưởng điện tử của các nhóm thế khác nhau trên liên kết
hydro có thể biểu thị rõ ràng nhờ hằng số nhóm thế σ Hammett.
Các hằng số nhóm thế kị nước (xem thêm phần 3.2.2) được tính xuất phát từ các
phân tử quy chiếu như acid phenoxyacetic, acid benzoic, phenol, alcohol benzylic. Các
giá trị π của các nhóm thế thường gặp nhất được dẫn ra trong Bảng 3.8.
Một tính chất quan trọng của logP, và giá trị tương ứng π, là đặc điểm cộng tính.
Điều này cho phép ta tính được nhiều giá trị logP hay π khác từ những số liệu trong
bảng trên. Chẳng hạn, logP của diphenylhidramin được tính như sau:
CH3
CH O CH2 CH2 N
CH3
logPtênh=+4,26 +0,30 -0,98 +0,50 -0,95 =3,13
logPtçm tháúy= =3,40
86
Bảng 3.8. Giá trị của các hằng số nhóm thế kị nước đối với các hệ khác nhau
Hằng số π của nhóm thế kị nước

Nhóm thế Alcohol
Acid phenoxyacetic Acid benzoic Phenol
benzylic
H 0,00 0,00 0,00 0,00
2-Cl 0,59 - - -
2-Br 0,75 - - -
2-I 0,92 - - -
2-NO2 -0,23 - - -
2-CH3 0,68 - - -
2-C2H5 1,22 - - -
2-CH3CO 0,03 - - -
2-OCH3 -0,34 - - -
3-F 0,13 - - -
3-Br 0,95 - - -
3-Cl 0,76 0,81 - 0,84
3-I 1,17 - - -
3-NO2 0,11 - - 0,11
3-CH3 0,51 - 0,46 0,50
3-C2H5 0,62 - - -
3-OCH3 0,11 - 0,08 -
3-CN -0,32 - - -
3-OH -0,51 - -0,70 -0,61
3-COOH 0,16 - - -
3-C6H5 1,91 - - -
3,4-(CH3)2 - - 0,90 -
3-NH2 - - - 1,15
4-F 0,14 0,22 - -
4-Cl 0,70 0,80 0,89 0,86
4-Br 1,02 1,01 1,09 0,98
4-I 1,26 1,17 - -
4-NO2 0,24 0,04 0,46 0,16
4-CH3 0,52 0,43 0,44 0,48
4-CH3CO -0,35 - - -
4-CN -0,31 - - -
4-OH -0,62 -0,27 - -0,85
4-OCH3 -0,04 0,11 - 0,00
3.2.1.2. Tính toán logP theo phương pháp bán kinh nghiệm
1) Khái niệm về hệ chuyên gia
Trung tâm của hệ chuyên gia là tập hợp các quy tắc có liên quan với quy tắc cơ
bản hay sự hiểu biết cơ bản được gắn với nhau bằng “chuyên gia”.
87
2) Tính toán logP
Một trong các ứng dụng sớm nhất của hệ chuyên gia trong lĩnh vực QSAR là việc
phát triển sơ đồ tính toán cho hệ số phân bố octanol/nước. Mặc dù các tính toán với
hằng số π đã chỉ ra rằng chúng ít nhiều có tính cộng tính, nhưng một số dị thường đã
được xác định. Thêm vào đó, để tính toán các giá trị logP từ hằng số π thì cần thiết có
giá trị logP đã được đánh giá cho hợp chất gốc và điều này thường không thể thực hiện
được.
Bảng 3.8. Một số hằng số mảnh
và thừa số hiệu chỉnh cho phương pháp dự đoán logP của Rekker
Mảnh Giá trị Mảnh Giá trị

Br (Al) 0,249 COOH (Al) -0,938
Br (Ar) 1,116 COOH (Ar) -0,071
Cl (Al) 0,057 COOH (Al) -1,975
Cl (Ar) 0,924 COOH (Ar) -1,108
NO2 (Al) -0,920 CH3 0,701
NO2 (Ar) -0,053 C6H5 1,840
OH (Al) -1,470 pyridin 0,520
OH (Ar) -0,314 indolyl 1,884
Thừa số hiệu chỉnh
Hiệu ứng kề, cách 2C 2 x 0,28
Hiệu ứng kề, cách 1C 3 x 0,28
H gắn với nhóm âm điện 0,27
Liên hợp Ar-Ar 0,31
Các hiệu ứng kề (thực nghiệm-là tổng các mảnh thành phần)
-COOH 8 x 0,28
-CONH2 4 x 0,28
-NHCONH2 11 x 0,28
(Al - alkan; Ar - aren)
Cách giải quyết câu hỏi tính toán logP từ cấu trúc hóa học như thế nào là phân tích
một số lớn các giá trị logP đã đo được để xác định sự đóng góp trung bình cộng của các
mảnh cấu trúc hóa học do Nys va Rekker đưa ra năm 1973. Các đóng góp mảnh tạo nên
các quy tắc của hệ chuyên gia, đặc biệt là các quy tắc được đưa ra ở dạng các thừa số
hiệu chỉnh. Phép tính toán của hệ chuyên gia này bao gồm một số bước đơn giản sau
(xem Bảng 3.8) :
1. Phân nhỏ cấu trúc hóa học thành các mảnh có mặt trong bảng các mảnh.
2. Xác định các thừa số hiệu chỉnh cần thiết.
3. Thêm các giá trị mảnh và áp dụng các thừa số hiệu chỉnh cần thiết để nhận được
logP tính toán.
88
Bảng 3.8 đưa ra ví dụ một vài đóng góp mảnh cho phương pháp này; đáng chú ý là
các thừa số hiệu chỉnh luôn luôn có vẻ như là được chấp nhận giá trị như nhau 0,28 hay
bội số của nó, và có tên là “hằng số ma thuật”. Hệ thống tính toán logP của Rekker dựa
trên phân tích thống kê một số lớn các hệ số phân bố đã đo được và có thể được gọi là
phép gần đúng được đơn giản hóa.
Hansch và Leo đã đưa ra một phương pháp lựa chọn bao gồm một số nhỏ các giá
trị mảnh “cơ sở” từ các phép đo hệ số phân bố rất chính xác của một số tương đối nhỏ
hợp chất. Kỹ thuật này có thể được xem như là phép gần đúng được giải thích và đòi hỏi
một số lớn các thừa số hiệu chỉnh như đã chỉ ra trong Bảng 3.9 và 3.10.
Trong cả hai trường hợp, cách thức tính giá trị logP là như nhau; hợp chất được
phân nhỏ thành các mảnh thích hợp, các thừa số hiệu chỉnh được xác định, và các mảnh
và các giá trị thừa số hiệu chỉnh được cộng lại.
Bảng 3.9. Một số giá trị mảnh và thừa số hiệu chỉnh cho hệ dự đoán logP
của Hansch và Leo
Giá trị a
Mảnh f fφ f φφ
Br 0,20 1,09
Cl 0,06 0,94
NO2 -1,16 -0,03
OH -1,64 -0,44
COOH -1,11 -0,03
CONH2 -2,18 -1,26
-O- -1,82 -0,61 0,53
-NH- -2,15 -1,03 -0,09
-CONH- -2,71 -1,81 -1,06
-CO2- -1,49 -0,56 -0,09
Thừa số hiệu chỉnh
Liên kết đôi thường -0,55
Liên hợp với φ -0,42
Chuỗi liên kết đơn -0,12 (tỉ lệ với độ dài chuỗi)
Liên kết H giữa các phân tử 0,60 (đối với N)
Liên kết H giữa các phân tử 1,0 (đối với O)
a
giá trị được dẫn ra đối với hydrocarbon no (f), thơm (f φ), và đối với mảnh giữa
hai hệ thống thơm (f φφ).
Trong Bảng 3.10 trình bày quá trình tính toán cho 3 hợp chất khác nhau và ta có
thể thấy rằng cả hai phương pháp có thể cho các kết quả có thể so sánh được và phù hợp
với các giá trị thực nghiệm. Song đối với một vài dạng hợp chất thì phương pháp
Rekker có thể cho kết quả tốt hơn sự gần đúng Hansch và Leo, và đối với tập hợp các
hợp chất khác thì lại bị sai lệch (xem Bảng 3.10).
89
Bảng 3.10. So sánh các giá trị logP tính toán theo phương pháp Rekker
và phương pháp Hansch và Leo cho 3 phân tử
logP (đo được) = -1,11

HO CH2 COOH
Rekker: logP = fOH, al + fCH2 + fCOOH, al + 3CM = -1,022 ∆ = 0,09
Hansch và Leo: logP = fOH + fCH2 + fCOOH + (2-1)Fb + FPl = -1,06 ∆ = 0,05
logP (đo được) = 1,16

O CH2CH2OH
Rekker: logP = fC6H5 + fO, or + fCH2 + fOH, al + 2M = -1,55 ∆ = 0,39

Hansch và Leo: logP = fC6H5 + fOφ +2fCH2 + fOH + (4-1)Fb + FP2 = -1,20 ∆ = 0,04
O logP (đo được) = 2,08
O
Rekker: logP = fC6H4 + 2fO, or + fCH2 + 3M = 2,17 ∆ = 0,09
φ φ
Hansch và Leo: logP = 4fCH2 + 2fC + fO + fCH2 + 3Fb + FP1 + FP2φ = -1,34
φ
∆ = -0,74
3.2.1.3. Ứng dụng phương pháp hóa lượng tử trong tính toán logP
Hệ số phân bố logP có thể tính được từ các phương pháp hóa lượng tử (xem Bảng
3.11).
Bảng 3.11. Các giá trị logP thực nghiệm
và tính toán bằng các phương pháp bán thực nghiệm AM1 và PM3
logP logP
STT Hợp chất (thực (tính toán )
nghiệm) AM1 PM3
N,N-Bis(2,3-dihydroxypropyl)-3-N-methyl-acetamido-
1 -2.06 -1.82 -2.13
2,4,6-triiodo-m-phthalamid
2 Acid xitric -1.72 -2.00 -1.12
3 Phenylalanin -1.52 -1.42 -1.29
4 1,3-Propanediol -1.04 -0.43 -0.30
5 Acid maleic-hydrazit -0.84 -1.34 -1.09
6 N-Formyl-cyclobutane-carboxamid -0.70 -0.10 0.00
7 Nitrofurantoin -0.47 -1.20 -0.83
8 2,2-Dimethylpropionic acid-hydrazit -0.35 -0.53 0.01
9 3-Fluoropropanol -0.28 -0.10 0.05
10 2',3'-Didesoxyadenosin -0.22 0.24 0.80
11 3-Mesylphenyl-ure -0.12 0.16 -0.31
12 o-Methyl-THPO -0.04 0.42 0.43
13 Acid 5,6-dihydro-2-methyl-1,4-oxathiin-3-carboxylic 0.04 0.86 0.71
14 Acid mecapto-acetic 0.09 -0.68 -0.67
90
logP logP
nghiệm) AM1 PM3
15 Merbaron 0.14 0.72 1.26
16 o-Methylbenzoyl-hydrazin 0.22 0.65 0.65
17 Nikethamid 0.33 0.98 0.90
18 2,2-DiCloroethanol 0.37 0.73 0.92
19 1-Acetyl-N-(4-fluorophenyl)-hydrazin-carboxamid 0.42 1.19 1.31
20 Piperazin-2-carboxanilit 0.48 1.07 1.55
21 2-Nitro-p-phenylendiamin 0.53 -0.46 0.62
22 2-Amino-5-methoxy-benzimidazol 0.57 0.95 1.52
23 Acid glutaric-dimethylester 0.62 0.53 0.91
24 3-(5-Nitro-2-furanyl)-2-propenoicamid 0.65 -0.08 1.59
25 1-Acetyl-6-dimethyl-7-methoxymitosen 0.72 0.37 0.07
26 2-Azacycloheptanthion 0.75 0.85 0.75
27 N-(2-Benzoyl-oxyacetyl)-2-carboxyazetidin 0.79 0.58 1.08
28 Cloropentazit 0.84 1.08 0.88
29 4-Pyridin-butaneamin 0.86 0.87 1.22
30 2-Iodo-benzamid 0.93 1.51 1.33
31 4-Methylthiazol 0.97 0.55 0.90
32 6-Xianoquynoxalin 1.01 1.38 0.47
33 1-Phenyl-3-xianoguanidin 1.05 1.37 2.50
34 m-Acetylamino-acetophenon 1.10 1.21 1.02
35 Acid acetylsalicylic 1.19 2.14 1.50
36 2-Nitrobenzyl-alcohol 1.24 2.43 2.47
37 Benzaldehyd-semicarbazon 1.27 0.65 0.97
38 Acid 4-oxo-4-phenyl-butanoic 1.30 1.64 1.73
39 2-Phenyl-ethanol 1.36 2.25 1.95
40 3-Bromo-benzensulfonamid 1.39 1.04 0.74
41 Bromocloromethane 1.41 1.05 1.33
42 2-Imino-3-methyl-5-(5-nitro-2-furfurilidin)-thiazolin-4-on 1.44 0.62 1.16
43 Acid trimethylacetic 1.47 0.54 0.69
44 Acid o-fluorophenylacetic 1.50 0.78 0.49
45 2-(2,6-DiCloro-4-hydroxy-phenylimino)-imidazolidin 1.52 1.06 1.44
46 N-Phenyl-4-aminophenylsufonamid 1.55 1.32 2.63
N,N-Dimethylcarbamate-p-(n,n-dimethylcarbamate)-
47 1.59 2.34 1.90
benzylester
48 2-Methylquynoxalin 1.61 1.28 1.65
49 3,5-Dimethoxyphenol 1.64 1.32 1.44
50 Indol-3-ethanolcarbamat 1.69 1.67 2.34
51 3-Indolylpropionic acid 1.75 2.03 2.34
52 Propylen 1.77 1.72 1.80
53 Acid 2-oxoisopropyl-5-phenyl-5'-ethylbarbituric 1.79 1.08 1.55
54 4-Dimethylamino-thieno(2,3-D)-pyrimidin 1.82 1.68 1.00
91
logP logP
nghiệm) AM1 PM3
55 2-Acetyl-oxyethyl-benzoic acid-ester 1.85 2.87 2.45
56 2-nitro-5-fluorophenol 1.91 0.90 0.51
57 N-Methyl-2,3-dimethylphenyl-carbamat 1.95 1.98 1.76
58 Acid o-methylphenoxy-acetic 1.98 1.59 1.77
59 Acid acetic-m-methoxybenzylester 2.02 2.04 2.09
60 1,1'-Dioxo-3-cyclohexen-3-yl-1,2,4-benzothiadiazin 2.05 1.64 2.14
61 3,4-Dimethylacethanilid 2.10 1.98 1.71
62 Indol 2.14 1.78 2.37
63 1,2-Dinitro-4-Clorobenzen 2.18 3.15 3.00
64 1-Hydroxyethyl-2-styryl-5-nitroimidazol 2.25 2.59 1.82
65 o-Methyl-benzaldehyd 2.26 1.84 1.57
66 2,6-Dimethoxypyridin 2.30 1.68 1.33
67 Thiophen-2-carboxylic acid-ethylester 2.33 1.95 1.52
68 21-Desoxybetamethason 2.35 1.82 2.13
69 Acid thiosalicylic 2.39 1.79 1.36
70 1-Pyrrol-2-yl-pentanon 2.42 3.03 3.21
71 5,5'-Diphenyl-hydantoin 2.47 2.66 2.45
72 8-Trifluoromethyl-quynolin 2.50 1.58 0.34
73 2,17-dihydroxy-3-oxolacton-7,21-dicarboxy-pregan-4-en 2.54 2.81 2.50
74 N-Benzyl-N-formylanilin 2.62 3.11 3.29
75 2-Ethyl-4,6-dinitrophenol 2.67 2.88 1.54
76 5,6-Diazaphenanthren 2.71 2.92 2.41
1-Methyl-1,3-dihydro-5-(2-fluorophenyl)-7-Cloro-1,4-
77 2.75 1.92 1.83
benzodiazepin-2-on
78 3-Butyl-RS-1(3H)-isobenzofuranon 2.80 2.23 2.38
79 2-Anilino-1,4-Naphthoquynon 2.84 3.02 2.78
80 4-Aminobiphenyl 2.86 2.99 3.97
81 Dihydromorphanthridin 2.90 3.21 3.42
82 p-Phenoxy-anilin 2.93 2.64 3.74
83 Acid octanoic 3.05 1.99 1.92
84 Deoxycorticosteron-acetat 3.08 2.67 3.51
85 3,4-DiCloronitrobenzen 3.12 2.51 2.98
86 N-(3,4-DiClorophenyl)-difluoroacetamid 3.18 3.46 3.39
87 Iodobenzen 3.25 2.81 2.79
88 1-(3,4-DiClorophenyl)-2-isopropylaminoethanol 3.32 2.65 3.23
89 3-Methoxy-4-cyclohexyl-methoxy-phenylacetic acid 3.35 4.34 3.79
90 Anthraquynon 3.39 3.43 3.28
91 Prometrin 3.51 3.43 2.33
92 4,7-DiCloroquynolin 3.57 3.73 3.05
93 9-(N-((N,N’-Diethylamino)acetyl)amino)-fluoren 3.64 3.57 3.45
94 Indigo 3.72 4.56 3.00
92
logP logP
nghiệm) AM1 PM3
95 3,4-Dimethylclorobenzen 3.82 3.69 3.64
96 1-(4-Cyclohexylphenyl)-3-methoxy-3-methylure 4.08 3.76 3.30
97 Acid propanoic -(1-phenyl-1-benzyl-2-methyl-3-(n,n-
4.18 3.90 4.13
dimethylamino))-propylester
98 2,6-Dimethylnaphthalen 4.31 4.24 4.27
99 1,3-Dimethylnaphthalen 4.42 4.27 4.17
100 Propanoic acid-1,3-dithiolan-2-ylidin-dibutylester 4.60 4.26 2.65
101 2,4,4'-Triclorobiphenyl 5.62 6.09 5.97
102 2,4,5-Triclorobiphenyl 5.90 5.81 5.74
103 1,3,7,8-Tetraclorodibenzodioxin 6.30 6.24 6.03
104 1,2,3,6,7-Pentaclorodibenzodioxin 6.74 5.86 5.86
105 3,3',4,4',5,5'-Hexaclorobiphenyl 7.41 6.38 6.93
3.2.2 Thông số ưa dầu

Sự đóng góp của nhóm thế X vào logP của phân tử được xác định như sau:
PRX
π X = log Phîp chÊt thÕ − log Phîp chÊt gèc = log
PRH
ở đây, π là thông số kị nước đối với nhóm thế riêng biệt. Các phép đo và việc sử dụng
các tương quan lí thuyết cho kết quả dưới dạng bảng của các giá trị logP và π. Các giá
trị điển hình đối với π cho các nhóm thế khác nhau được đưa ra trong Bảng 3.12 dưới
đây.
Bảng 3.12. Các giá trị điển hình đối với π cho các nhóm thế
Kị nước Ưa nước
Nhóm thế π>0 Nhóm thế π<0
-CH3 0,56 -NO2 -0,28
-C(CH3)3 1,98 -OH -0,67
-C6H5 1,96 -CO2H -0,32
-C6H11 2,51 -NH2 -1,23
-CF3 0,88 -CHO -0,65
Ích lợi của các giá trị π là để đánh giá logP của hợp chất thế khi biết giá trị logP
của phân tử chất mẫu. Chẳng hạn, giá trị logP của một số dẫn xuất của benzen được tính
toán như sau:
logPphenol = logPbenzen + πOH = 2.13 + (-0.67) = 1.46
93
[drug ]n −oc tan ol 2884
P= =
[drug ]n−íc 100
logPtoluen = logPbenzen + πCH3 = 2.13 + (0.56) = 2.69

P= =
[drug ]n−íc 100
logPPABA = logPbenzen + πCO2H + πNH2 = 2.13 + (-0.32) + (-1.23) = 0.58

P= =
[drug ]n−íc 100
Bảng sau đưa ra ví dụ về các giá trị logP (xem Hình 3.2).
Ví dụ 1: Giá trị logP phụ thuộc vào phương pháp thực nghiệm như được chỉ ra đối
với các giá trị đo được đối với phenolbarbital, C12H12N2O3. Khi phân tử mang một hay
nhiều nhóm thế có thể ion hóa, thì mỗi nhóm thế này sẽ có sự đóng góp vào hệ số phân
bố chung, khi đó logP yêu cầu một cách đặc biệt tại giá trị pH ở xa giá trị pH của dạng
trung hòa của phân tử đang xem xét. Dựa trên các tương quan giữa các giá trị đo được
bằng thực nghiệm và các giá trị lí thuyết, các đóng góp vào logP được tính toán cho các
mảnh phân tử cho phép đánh giá giá trị logP cho phân tử dựa trên công thức cấu trúc.
H3C *
O * O O O
*
HN NH HN NH
O O
Acid bacbituric Phenolbacbital
94
Hình 3.2. Ví dụ về các số liệu giá trị logP
Chẳng hạn, đối với phenobarbital, giá trị logP = 1,71 đã được đánh giá khi dùng
các hằng số mảnh sau:
Nhóm thế π Nhóm thế π
−CH = (aryl) 0,37 −CH = (aryl*) -0,08
>C<(*) -0,22 −CH2− 0,53
−CH3 0,91 barbiturat -2,65
Tương tác giữa các hệ béo và thơm 0,35
Tương tác bên trong hệ barbiturat 0,67
logP = 5(0,37) -0,08 -0,22 + 0,53 + 0,91 -2,65 + 2(0,35) + 0,67 = 1,71
Chú ý rằng các mảnh −C = O và −NH− của phần barbiturat có hiệu ứng kết hợp
vào logP khi liên kết gần nhau như trong các phân tử trên, điều này khác với các giá trị
của chúng khi ở xa nhau. Như vậy, acid barbituric có giá trị logP tính toán là -1,41.
Tương tự, các nguyên tử được đánh dấu sao (*) khác với các nguyên tử sp3 và sp2 bình
thường ở các tương tác giữa các phân tử phụ thuộc vào chúng nằm ở trong acid
barbituric hay ở phenobarbital mà ở đó các hiệu ứng phụ xảy ra.
Ví dụ 2: Hoạt tính chống co giật của các dãy thuốc khác nhau cho thấy có mối quan
hệ với logP theo phương trình sau:
log(1/C) = 0,73logP + 2,5
95
R1
R2 X
X = -NH-, -CH2-, -O-, -CO-NH 2-
O N O
H
Điều này ngụ ý rằng hoạt tính chống co giật sẽ tăng lên vô hạn định bằng cách tăng
tính ưa dầu của thuốc. Tuy nhiên, rõ ràng là có một giới hạn cho sự tăng này: các phân
tử ưa dầu sẽ bị chặn lại ở các mô mỡ, do vậy làm giảm hiệu lực và hoạt tính của chúng.
Sự mở rộng các nghiên cứu ở trên cho các phân tử ưa dầu hơn xác nhận điều này
khi đưa ra mối quan hệ parabon. Bằng cách lấy vi phân sẽ cho ta một giá trị logP tối ưu
gần bằng 1,75 là giá trị điển hình cho hầu hết các thuốc có hoạt tính lên hệ thần kinh
trung ương.
log(1/C) log(1/C) = -0,4(logP)2 + 1,4logP + 3,0
(1,75;4,23) d log(1 / C)
= −0,4x 2 log P + 1,4 = 0
d log P
khi logP = 1,4/0,8 = 1,75
1,75 log(P)
3.3. THÔNG SỐ KHÔNG GIAN
3.3.1. Thông số không gian Taft

Taft đã định lượng các hiệu ứng không gian khi sử dụng sự thủy phân ester:
Ở đây, kích thước của R ảnh hưởng đến tốc độ phản ứng bằng cách ngăn cản sự tấn
công của phân tử nước:
Trong trường hợp này, các hiệu ứng không gian được định lượng bằng thông số
96
Taft Es như sau:
ở đây, k là hằng số tốc độ đối với sự thủy phân ester. Biểu thức này tương tự với
phương trình Hammett.
So sánh H +1.24: giá trị dương, cản trở không gian nhỏ tới sự thủy phân
một số giá Me 0.00: nhóm thế so sánh trong phương trình Taft
trị: t-Bu -2.78: giá trị âm, cản trở không gian lớn tới sự thủy phân
Một số giá trị Es điển hình của một số nhóm thế được dẫn ra trong Bảng 3.13. Chú
ý là H thường được sử dụng như là nhóm thế so sánh (Eso), nhưng đôi khi nhóm thế
khác, như nhóm methyl (Me) được sử dụng làm nhóm thế so sánh như trong phương
trình hóa học ở trên, thì giá trị Es sẽ là 1.24. Giống như trong trường hợp của hằng số σ
của nhóm thế, hằng số không gian Es có thể được sử dụng trong các phản ứng hóa học
khác và để giải thích các hoạt tính sinh học, chẳng hạn, sự thủy phân của chất ức
acetylcholin esterase.
Bảng 3.13. Giá trị Es điển hình của một số nhóm thế
Es
H 0
Me -1,24 OH -0,55
Pr -1,6 SH -1,07
t-Bu -2,78 NO2 -2,52
F -0,46 C6H5 -3,82
Cl -0,97 CN -0,51
Br -1,16 NH2 -0,61
Các hợp chất cơ photphat phải bị thủy phân mới có hoạt tính và người ta thấy rằng
hoạt tính sinh học của chúng tương quan trực tiếp với thông số không gian Taft Es đối
với các nhóm thế R theo phương trình:
log(1/C) = 2,58Es + 7,94.
3.3.2. Thông số STERIMOL

Thông số kích thước STERIMOL (L, B1, B2, B3 và B4) do Verloop đưa ra là các
kích thước của nhóm thế R, được định nghĩa như sau:
L = chiều dài dọc theo trục liên kết nối R với khung phân tử chính,
Bi = bốn thông số độ rộng, ở góc vuông với trục L được nhìn theo mặt cắt ngang, và
97
B1 < B2 < B3 < B4. (Hãy hình dung nhóm thế được bao quanh bằng một hình hộp chữ
nhật, xem Hình 3.3). Các giá trị Bi này đối với một số nhóm thế được đưa ra trong Bảng
3.14.
Hình 3.3. Cách xác định các thông số STERIMOL.
Bảng 3.14. Giá trị các thông số STERIMOL của các nhóm thế khác nhau
Nhóm thế L B1 B2 B3 B4
H 2,06 1 1 1 1
Me 3 1,52 2,04 1,9 1,9
n-Pr 5,05 1,52 3,49 1,9 1,9
t-Bu 4,11 2,59 2,97 2,86 2,86
F 2,65 1,35 1,35 1,35 1,35
Cl 3,52 1,8 1,8 1,8 1,8
Br 3,83 1,95 1,95 1,95 1,95
OH 2,74 1,35 1,93 1,35 1,35
SH 3,47 1,7 2,33 1,7 1,7
NO2 3,44 1,7 1,7 2,44 2,44
C6H5 6,28 1,7 1,7 3,11 3,11
CN 4,23 1,6 1,6 1,6 1,6
NH2 2,93 1,5 1,5 1,84 1,84
3.3.3. Độ khúc xạ phân tử gam (đối với chất lỏng)

Độ khúc xạ phân tử được định nghĩa như sau:
98
n 2D − 1 WM
RM = 2 .
nD + 2 d
ở đây nD là chỉ số khúc xạ của chất lỏng, VM = WM/d là thể tích phân tử gam, WM =
trọng lượng phân tử (g/mol) và d = tỷ trọng (g/cm3). RM là sự tổ hợp của thể tích (VM)
và độ khả phân cực (tỷ lệ với n) trong phân tử, và được sử dụng một cách thành công
trong nhiều nghiên cứu QSAR.
Độ khúc xạ phân tử gam có tính cộng tính và bao gồm độ phúc xạ phân tử gam của
các nguyên tử và liên kết trong phân tử.
Bảng 3.15. Các giá trị độ khúc xạ phân tử MR và thể tích van der Waals VVDW
Số Số
Nhóm thế RM VVDW Nhóm thế RM VVDW
TT TT
1 CH3 5,7 23,08 15 NH2 4,4 19,40
2 CH2Cl 10,5 41,71 16 CN 5,5 23,38
3 CH2Br 13,4 46,40 17 CH2OH 7,2 31,12
4 CH2I 18,6 57,12 18 COOH 6,9 31,38
5 CHF2 5,2 31,41 19 OH 2,6 14,78
-
6 CF3 5,0 34,55 20 COO 6,1 28,42
7 CHCl2 15,3 55,97 21 n-C4H9 19,6 68,05
8 F 0,8 10,29 22 CH2C(O)CH3 15,1 56,33
9 Cl 5,8 24,44 23 CH2OCH3 12,1 48,09
10 Br 8,7 31,01 24 CHBrCH3 18,0 61,92
11 H 1,0 7,22 25 SCH3 13,5 23,92
12 I 14,0 41,52 26 CBr3 28,8 89,04
13 NO2 6,7 26,69 27 CCl3 20,1 70,53
14 C(O)CH3 11,2 37,87 28 C(OH)CH3 16,4 57,98
29 n-C3H7 15,0 53,85
Độ khúc xạ phân tử gam có ích lợi trong việc xác định các liên kết đôi liên hợp, đặc
biệt trong các mono- và secquiterpene. Sự có mặt của các hệ như vậy trong phân tử biểu
lộ ở độ khúc xạ phân tử gam cao hơn giá trị tính toán được từ các độ khúc xạ nguyên tử
và liên kết khác nhau.
Độ khúc xạ phân tử gam RM liên hệ với độ khả phân cực của phân tử theo hệ thức:
4
RM = πNα o , ở đây N là số Avogadro, N = 6,023.1023.
3
Thể tích van der Waals VVDW là một trong các tính chất cơ bản quan trọng được sử
dụng để liên hệ các tính chất khác của phân tử, chẳng hạn đối với các hợp chất phức tạp
mối tương quan định lượng giữa RM và VVDW được mô tả như sau:
99
RM = 26,613VVDW + 4,713
Các đóng góp nhóm để tính toán RM và VVDW được trình bày trong Bảng 3.15.
Người ta nhận thấy rằng độ khúc xạ phân tử gam phụ thuộc vào sự sắp xếp phân tử
trong hợp chất, có nghĩa là vào hình dạng và kích thước của phân tử.
3.3.4. Thể tích phân tử

Thể tích phân tử có thể được tính bằng nhiều cách. Chẳng hạn đối với chất lỏng, ta
có:
VM = WM/d
trong đó, WM là trọng lượng phân tử, d là tỷ trọng.
Ngoài ra, người ta còn tính đến thể tích phân tử theo bán kính van der Waals (xem
Bảng 3.15). Thể tích phân tử có liên quan chặt chẽ với tính ưa dầu của phân tử.
3.3.5. Độ khả phân cực

Phân tử bao gồm hạt nhân mang điện tích dương và các electron mang điện tích
âm. Khi phân tử chịu tác động của một điện trường giữa hai bản tích điện thì các
electron sẽ bị hút về phía bản điện dương và hạt nhân dương di chuyển từ vị trí ban đầu
về phía bản âm. Kết quả là sự sai lệch (méo) điện (trường) hay sự phân cực của phân tử
tạo ra một moenzyme điện với điện tích dương ở một đầu và điện tích âm ở đầu kia của
phân tử. Tuy nhiên, sự phân cực của phân tử chỉ có được khi có điện trường. Khi loại bỏ
điện trường thì phân tử quay trở lại trạng thái ban đầu của nó. Dạng làm “méo” phân tử
như vậy được gọi là sự phân cực cảm ứng và moenzyme tạo thành được gọi là
moenzyme cảm ứng.
Thông thường người ta cho rằng trong điện trường có cường độ trung bình, độ lớn
của moenzyme cảm ứng tỷ lệ thuận với cường độ trường F:
µF = αoF
ở đây, hệ số tỷ lệ αo là tính chất cơ bản của hợp chất và được gọi là độ khả phân cực của
hợp chất.
Độ khả phân cực có nghĩa là lực làm cho các electron của phân tử có thể bị “méo”
đi. Độ khả phân cực của phân tử αo có thể liên hệ với độ phân cực phân tử gam PM theo
hệ thức:
2PM
αo =
4πN
ở đây, độ phân cực phân tử gam PM được đo bằng cm3/mol. Độ phân cực gam tương tự
như độ khả phân cực có cùng thứ nguyên của thể tích phân tử (cm3/mol).
Độ phân cực phân tử gam bao gồm nguyên tử, electron và hướng phân cực:
PM = Pnguyên tử + Pelectron + Ph ư ớng ph ân c ực
100
Tương tự, độ khả phân cực αo cũng bao gồm các thành phần sau:
αo = αnguyên tử + αelectron + αhướng phân cực, hay
2PM
αo = (Pnguyên tử + Pelectron + Phướng phân cực)
4πN
Trong trường hợp phân tử không phân cực, ta có:
αnguyên tử = Pnguyên tử = 0 và αhướng phân cực = Phướng phân cực = 0
Đối với phân tử phân cực, thì
4 4 µ2
Phướng phân cực = πN . αhướng phân cực = πN
3 3 3kT
và αnguyên tử = σ3/8, ở đây σ/2 là bán kính phân tử.
Độ khả phân cực của phân tử có thể được tính toán từ:
i) các liên kết riêng lẻ trong phân tử (độ khả phân cực liên kết)
ii) Độ khúc xạ phân tử gam MR.
iii) Tính cộng tính của các đóng góp electron nhóm.
101

1

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

1

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

NGUYỄN ĐÌNH THÀNH

MèI LI£N QUAN CÊU TRóC,

NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI

Chương 3. CÁC THAM SỐ CẤU TRÚC............................................................................... 72

Chương 5. THỰC HÀNH TÍNH TOÁN TRONG HYPERCHEM ................................ 196

Phần II. TÍNH TOÁN TRONG HYPERCHEM ..............................................................256

Phần bài tập....................................................................................................................308

Phần phụ lục .............................................................................................................................. 335

Các propynylamin Ức chế enzyme monoamin oxidase

Erythromycin Kháng khuẩn

Đồng đẳng của acid fusaric Ức chế enzyme dopamin β-oxidase

Các phenanthren Kháng sốt rét

Các pyrimidon Ức chế phản ứng Hill

Các pyridin-2-methanol Co giật cơ

Các arylamidinure Kháng sốt rét

Rifamicin Kháng khuẩn

Các cyclopropylamin Ức chế enzyme monoamin oxidase

Các 3-carbamoylpiperidin Ức chế enzyme cholinesterrase

Các azapurin-6-on Kháng dị ứng

Các β-carbolin Ức chế enzyme monoamin oxidase

Các sulfamid Kháng khuẩn

Dẫn xuất clornidin Chống huyết áp cao

Các phenyloxazolidon Chống tác dụng phóng xạ

Các hydantoin Kháng ung thư

2.1. HYDROCARBON KHÔNG VÒNG

Phân tử C−C C−H ∠CCC ∠CCH

2.1.1.1. Độ dài liên kết

2.1.1.2. Góc liên kết

(T) (G) (G')

2.1.3. Alken và cumulen

2.1.3.2. Góc hóa trị

2.1.3.3. Cấu dạng

1,468(2) 1,214(2) CH3

2.1.5. Hợp chất có liên kết liên hợp

2.1.5.1. Các hydrocarbon với liên kết đôi liên hợp

Liªn kÕt liªn hîp Liªn kÕt olefin

CH3 CH3 CH3 CH3 CH3

cis,cis cis,trans trans,trans

Butadien 1,345 1,465 - 123,3 - trans

3,4-Dimethyl- 1,350 1,473 1,521 122,6 α122,3 trans

α 1,359 1,460 1,528 120,6 α123,0 gauche

1,349 1,479 1,521 123,5 α121,4 gauche

CH(CH3) CH3 CH3 CH3 CH3

Lượng dạng trans- là, %:

2.2. HYDROCARBON THƠM

2.2.1. Benzen và đồng đẳng

2.2.2. Diphenyl và dẫn xuất

a=46 5o (khÝ) a= 90o (khÝ)

cũng như cis- và trans-stylben:

C2, ϕ=43,2ο (3,2) C2, ϕ=35,2ο (3,1)

biphenilen inden azulen

Liên kết Naphtalen Antraxen Coronen Perilen

2.3. HYDROCARBON ĐỒNG VÒNG

2.3.1.1. Độ dài liên kết

Hợp chất C−C C−H ∠CCC ∠HCH Dạng vòng

Hình 2.3. Sự thay đổi sức căng và khoảng cách C−C

2.3.1.2. Góc hóa trị

2.3.2.1. Liên kết bội trong vòng

1,506(3) 1,519(2) 1,566(3) 1,546(35)

1,509(2) 1,534(20) 1,520(20)

130 CH2=CHCH3 130 10

2.3.2.2. Liên kết bội trong mạch nhánh

trans cis gauche

CH CH2 75(6) - 25(6)