Lab Activity 1 : Membandingkan STO dan GTOs

A. Pengantar Set Dasar

"Holy Grail" dari kimia komputasi adalah perhitungan orbital molekul (MOs) untuk
molekul tertentu. Jika kita dapat menghitung MOs untuk molekul, kemudian kita dapat
mengetahui banyak hal tentang molekul, diantaranya :
• energi
• kerapatan elektron
• potensial elektrostatik
• keadaan transisi (jika ada)
• frekuensi
Namun, menghitung MOs tidaklah mudah. Komputer, bagaimanapun, melakukan hal ini
untuk kita. Tapi, kita sebagai ahli Kimia harus memberitahu komputer beberapa informasi
pertama. Input file untuk semua paket kimia utama komputasi mengandung tiga bagian
ini:

1. Geometri yang mencakup :

a. panjang ikatan
b. Ikatan Angles
c. Dihedral
2. Jenis Perhitungan :
a. energi titik
b. Frekuensi
c. Keadaan transisi
d. Kerapatan elektron
e. Potensial elektrostatik
3. Mulai mengatur matematika dan perkiraan
a. Metode perhitungan (mekanika molekul, semiempirik, atau ab initio)
b. Tipe (s) dari pendekatan (Hartree-Fock, Moller-Plesset, dll)
c. Dasar Set Pendekatan
Grafik di bawah "menangkap" esensi dari apa yang menjadi tanggungjawab ahli kimia dan
tanggung jawab komputer :
Pada lab ini kita akan melihat ketiga bahan basis set. Sebuah perhitungan teori orbital
molekul adalah ekspresi matematis dari sebuah elektron dalam molekul. Meskipun ada
banyak jenis fungsi orbital molekul, di laboratorium ini kita hanya akan melihat Slater
Types Orbital (STO) dan Gaussian Types orbital (GTO).

Meskipun tidak ada perbedaan besar dalam dua metode ini saat menghitung molekul
kecil, discrepencies utama timbul karena molekul yang lebih besar dari 30 atau lebih
atom. STO memerlukan lebih banyak perhitungan, yang membutuhkan waktu lama,
namun perhitungan mereka telah ditemukan dan menjadi lebih akurat daripada GTOs.
Meskipun kurang akurat, GTOs jauh lebih cepat untuk menghitung daripada STO. Hal ini
memaksa para ilmuwan untuk berkompromi waktu atau akurasi.

Akhirnya, para ilmuwan menyadari bahwa dengan menambahkan beberapa GTOs,

mereka mampu meniru akurasi STO. Bahkan, jumlah GTO digunakan meningkat, lebih
baik mereka mampu untuk model persamaan STO.

Bila menggunakan GTOs untuk model STO, persamaan baru diberi nama baru. Mereka
diidentifikasi sebagai persamaan STO-kG di mana k adalah konstanta yang mewakili
jumlah GTO yang digunakan. Misalnya, dua persamaan umum adalah STO-3G dan STO-
6G di mana 3 dan 6 GTOs digunakan masing-masing.
B. Tujuan untuk Set Dasar, Fungsi, dan CPU Time Activity Lab

1. Untuk memperoleh pemahaman tentang hubungan antara ukuran

molekul dan waktu CPU.
2. Menentukan rumus yang menghitung jumlah fungsi dasar yang
dibutuhkan untuk molekul dengan (x) jumlah karbon dan (y)
jumlah hidrogen.

C. Latar Belakang Membaca untuk Set Dasar

Poin kunci
Tujuan dari kimia komputasi adalah secara matematis dapat mengungkapkan sifat-sifat
molekul. Salah satu sifat yang paling penting adalah bahwa dari orbital molekul.
Ilmuwan menggunakan sesuatu yang disebut basis set untuk mendekati orbital ini.

Ada dua kategori umum basis set:

Set Dasar Minimal
Sebuah basis set yang menggambarkan hanya satu aspek yang paling dasar dari orbital
Set Dasar yang Diperpanjang
Sebuah basis set yang menggambarkan orbital rinci
Dalam arti yang paling umum, dasar set tabel angka yang secara matematis
memperkirakan di mana elektron dapat ditemukan. Seorang fisikawan Amerika bernama
JC Slaterdeveloped algoritma dengan pas linear kuadrat-data yang bisa dengan mudah
dihitung. Tiba-tiba, basis set menjadi jauh lebih mudah untuk mengekspresikan.
Persamaan Slater dikenal sebagai orbital slater atau (STO). Persamaan yang diberikan di
bawah ini.

Dimana : N = normalisasi konstan

Alpha = eksponen orbital
r = Radius dalam angstrom
Ungkapan ini diberikan sebagai persamaan Slater Types Orbital (STO) adalah:

Pada titik ini, persamaan STO tampak seperti solusi yang bagus untuk menemukan dasar
set molekul. Meskipun persamaan STO adalah pendekatan yang baik untuk orbital
molekul, masalahnya terletak pada perhitungan. Anda lihat, menghitung molekul STO
memerlukan sejumlah besar pekerjaan. Ini menggunakan terlalu banyak waktu, bahkan
untuk komputer super. Sebaliknya, seorang ilmuwan dengan nama SF mengembangkan
metode menggunakan kombinasi Gaussian Types Orbital (GTO) untuk mengungkapkan
persamaan STO. Berikut ini adalah persamaan Gaussian Types Orbital (GTO).

Perhatikan bahwa perbedaan antara STO dan GTO adalah di "r." GTO kotak "r" sehingga
produk dari "primitif" gaussian (persamaan gaussian asli) adalah gaussian lain. Dengan
melakukan ini, kita memiliki persamaan yang jauh lebih mudah sehingga lebih mudah
untuk dikerjakan. Namun, harga yang kami bayar adalah kehilangan akurasi. Untuk
mengkompensasi kerugian ini, kita menemukan bahwa persamaan Gaussian yang kita
gabungkan maka persamaannya semakin akurat. Dalam Dasar Set Lab, Anda akan
melihat sebuah STO-3G basis set:
• "STO" memberitahu Anda bahwa Anda sedang berusaha untuk mewakili
persamaan STO untuk molekul Anda.
• 3G memberitahu Anda bahwa untuk melakukan hal ini Anda menggabungkan 3
primitif gaussian.
Dalam hal ini, STO-NG, jumlah "N" sebelum "G" adalah jumlah primitif gaussian yang
digunakan untuk mensimulasikan persamaan STO. Ingat, semakin besar N Anda, semakin
akurat hasil Anda.

Semua persamaan basis set dalam bentuk STO-NG dianggap "minimal" basis set. (Ingat
definisi kita tentang minimal.) "diperpanjang" basis set, adalah ketika orang-orang yang
menganggap orbital yang lebih tinggi dari molekul.

Cara untuk berpikir tentang basis set yang diperpanjang adalah untuk memikirkan
membersihkan lantai dapur. Pertama, Anda harus menyapu untuk mendapatkan semua
potongan-potongan besar kotoran. Kemudian Anda kembali dan menyapu itu untuk
mendapatkan potongan-potongan kecil kotoran. Kemudian Anda pergi lagi dan lilin
untuk memastikan semuanya dibersihkan dan lantai mengkilap. Itulah apa yang Anda
lakukan untuk molekul. Menggunakan minimal basis set seperti menyapu lantai.
Anda hanya menggambarkan sifat besar. Menggunakan basis set yang diperpanjang
seperti mengepel. Anda baik-baik saja menyetel deskripsi Anda.

Salah satu cara untuk mengepel kotoran kecil di deskripsi molekul Anda adalah dengan
menggunakan metode yang disebut "Split-Valence Basis Sets." Teori di balik metode
ini adalah bahwa hal itu akan sangat membosankan untuk mencoba menghitung
ekspresi untuk setiap atom orbital tunggal. Sebaliknya, dengan menggabungkan
ekspresi untuk orbital yang lebih besar dan lebih kecil dari yang kita melihat, kita bisa
mendekati orbit kita tertarik. Metode ini perlu menggabungkan dua atau lebih STO
dalam rangka untuk menggambarkan suatu orbital. STO hanya berbeda dengan nilai
eksponen mereka (zeta) dan dapat dimanipulasi oleh sebuah konstanta "d" sehingga
Anda dapat ukuran orbital dengan apa yang Anda cari.

Sekarang kita perlu lilin molekul. Hal ini dilakukan dengan memperhatikan efek
Polarisasi. Efek polarisasi efek yang dihasilkan ketika dua atom dibawa dekat bersama-
sama. Dengan mempertimbangkan efek polarisasi berarti akuntansi untuk d dan f-
kerang dengan menambahkan STO momentum sudut orbital yang lebih tinggi. tanda
bintang adalah simbol yang digunakan saat mengambil dalam polarisasi akun. Salah
satu tanda bintang melambangkan akuntansi untuk d-shell dan dua tanda bintang
melambangkan f-shell. Jika tanda bintang dalam kurung melambangkan bahwa fungsi
polarisasi ditambahkan hanya untuk elemen baris kedua. Standar dasar polarisasi set 3-
21G * dan 6-31G *.

Adalah penting bahwa Anda memahami cara membaca setiap basis set. Sebagai contoh,
mari kita perhatikan 6-311G * basis set. 6 mewakili 6 primitif gaussian digunakan untuk
menghitung s-shell, 3 mewakili jumlah GTO untuk salah satu sp-shell dan masing-masing
1 mewakili jumlah GTO untuk dua sp-shell lainnya. * Merupakan pertimbangan d-shell.
standar lainnya basis set yang STO-3G, 3-21G, 3-21G *, 4-31G, 6-31G, 6-31G *, 6-
311G, dan 6-311G *. Ketika berhadapan dengan anion, penggunaan fungsi difus
dianjurkan. Memang, ini adalah kasus ketika kerapatan elektron dari molekul yang jauh
dari pusat nuklirnya. Fungsi difusi juga berguna untuk sistem dalam keadaan gembira,
untuk sistem dengan potensi ionisasi yang rendah, dan sistem dengan beberapa muatan
negatif yang signifikan terpasang. Kehadiran fungsi difus dilambangkan dengan
penambahan tanda plus, +, dengan basis set designator: 6-31G + atau 6-31 + G. Sekali
lagi, + kedua, seperti 6-31 ++ G, menyiratkan fungsi menyebar ditambahkan ke hidrogen.
Penggunaan ganda-baur basis set ini sangat berguna jika Anda bekerja dengan hidrida.

Ketika memilih basis set, memilih basis set yang terbaik untuk batas waktu Anda. Ingat,
semakin baik basis set, semakin banyak waktu yang diperlukan untuk menghitung!
Sekarang, mari kita lihat secara khas ditetapkan cetakan.

Berikut adalah dump untuk H dan C, menunjukkan data untuk STO-2G basis set. Anda
dapat melihat bahwa untuk hidrogen, 2 primitif gaussian digunakan untuk membangun
orbital s. Nilai pertama dari 1,309 adalah eksponen orbital, dan 0.430 adalah koefisien
kontraksi. Dengan karbon, Anda melihat nilai Selain itu, sehingga yang pertama adalah
eksponen orbital, yang kedua adalah s-bagian dari sp-hybrid, dan bagian ketiga adalah p-
bagian dari sp-hybrid.

Berikut adalah dump dari 6-31G * untuk H dan C. Untuk H, hanya ada satu elektron
valensi, dan diwakili oleh dua orbital, salah satu dibangun dari 3 primitif dan yang
lainnya dengan 1 primitif. Dengan C, s-orbital adalah inti orbital, dan diwakili oleh 6
primitif gaussian. sp-orbital, di sisi lain, adalah valensi orbital, dan diwakili oleh dua
orbital, satu dengan 3 gaussians dan yang lainnya dengan 1. Karena ini adalah "*", atau
basis set terpolarisasi, melihat bahwa ada beberapa "d" karakter pada atom karbon.
Hubungan antara basis set dan akurasi diwakili dalam diagram di bawah. Tujuan utama
kami adalah untuk menghitung jawaban persamaan Schroedinger (sudut kanan bawah).
Namun, kami masih jauh dari mampu untuk menyelesaikan perhitungan ini. Sekarang
kita berada di pojok kiri atas grafik. Dalam kotak pertama, kita memperlakukan setiap
elektron secara independen dari yang lain. Ketika Anda bergerak melintasi ke kanan,
Anda menemukan perhitungan yang memperhitungkan interaksi elektron. Ketika Anda
bergerak ke bawah kolom Anda menemukan perhitungan basis set yang lebih kompleks
dan lebih akurat. Anda hanya akan diharapkan untuk memahami daerah berbayang.
Ada trade-off lainnya untuk menggunakan setiap jenis basis set. Semakin kompleks basis
set, maka hasilnya semakin akurat, tetapi membutuhkan banyak waktu. Setiap kali Anda
menjalankan perhitungan kimia komputasi Anda akan menggunakan waktu pada
komputer. Biasanya, komputer yang akan menjalankan perhitungan akan menjadi salah
satu yang dibagi dengan banyak orang lain melakukan perhitungan lainnya. Dengan
demikian, adalah penting bahwa Anda bertindak secara bertanggung jawab ketika memilih
dasar yang diatur untuk menggunakan. Anda harus memilih satu yang efisien untuk Anda
gunakan. Ini berarti bahwa Anda harus mempertimbangkan berapa banyak waktu yang
diperlukan untuk menjalankan molekul dan menggunakan basis set yang akan
menjalankan cepat tanpa mengorbankan tingkat akurasi yang diinginkan.

D. Lab Prosedur: Membandingkan STO dan GTOs

Prosedur:
Untuk lab ini, Anda akan memerlukan akses ke spreadsheet.

Bagian I:

Berikut adalah persamaan untuk Gaussian Types Orbital dimana alpha ( ) adalah
0,4166

dan r adalah jari-jari dari inti.

Data Entry:

1. Di bagian atas spreadsheet, label sel "alpha" pertama dalam sel berikutnya
mendefinisikan konstan.
 2. Meninggalkan beberapa baris kosong, mengidentifikasi satu sel "Radius" disinilah
kita akan memberikan persamaan berbagai nilai r.
3. Di bawah Radius, Anda akan membuat daftar nilai dari -3 hingga +3. Membagi
nilai-nilai ke 0,01 bertahap. Untuk melakukan ini, Anda akan menggunakan "Isi"
perintah. Pertama, ketik -3 di sel pertama di bawah "Radius" label. Berikutnya,
sorot -3 dan semua sel ke setidaknya garis 600. Di menu bar, lihat di bawah Edit
untuk menemukan "Isi" perintah. Anda ingin memilih "Seri" pilihan. Hal ini
kemudian akan meminta Anda untuk kenaikan dimana Anda ingin kolom Anda
meningkat. default diatur ke 1, tetapi Anda akan mengetik 0,01. Klik OK. Jika nilai-
nilai Anda tidak mencapai 3, kemudian ulangi langkah ini sampai Anda mencapai
nilai ini.
4. Di samping kolom Radius, judul sel berikutnya "Gaussian" atau "GTO."
5. Di bawah label ini Anda akan perlu untuk memasukkan fungsi GTO seperti yang
diberikan di atas. Ingat untuk mengidentifikasi alpha dan jari-jari dengan nama sel
mereka dan bahwa pi = PI (), e x = EXP (x).

petunjuk:

• Ketika mengacu ke sel, pastikan Anda menggunakan, $, sebelum kolom atau baris
jika tetap konstan.
• Nilai pertama harus 0,00869.

6. Gunakan "Isi" perintah, (kali ini menggunakan "Bawah" bukan "Series") dalam
rangka untuk mendapatkan nilai-nilai untuk semua jari-jari.

grafik:

1. Sorot daftar "Radius" dan "GTO" termasuk label.

2. Di toolbar, klik pada tombol dengan tongkat dan grafik batang.
3. Pilih area pada spreadsheet di mana Anda ingin grafik untuk muncul.
4. Ikuti langkah-langkah untuk membuat grafik garis.
Petunjuk:
 Dalam Excel, pastikan Anda memilih plot XY pencar dan kedua jenis grafik garis.

Bagian II:

 Sekarang kita akan membandingkan pendekatan ini untuk STO tersebut. Berikut
adalah persamaan STO. "squiggle" adalah karakter Yunani berdiri untuk koefisien
orbital, mirip dengan alpha dalam kurva gaussian. Untuk hidrogen, " squiggle"
(lebih dikenal sebagai "xi") adalah sama dengan 1,24.

1. Di bawah alpha, ketik "xi." Dalam sel berikutnya, ketik nilai.

2. Sekarang, label sel sebelah GTO Anda menuju "Slater" atau "STO." Dalam sel di
bawah judul, masukkan persamaan Slater. Isi bawah kolom Anda.

3. Dengan "Radius," "GTO," dan "STO" kolom disorot, membuat yang baru grafik
untuk membandingkan perhitungan GTO dan STO.
• Perhatikan discrepency utama untuk nilai-nilai jari-jari kecil. Juga, perhatikan
bagaimana perkiraan menjadi serupa untuk jari-jari yang lebih besar.

Bagian III:
Sekarang kami ingin menggunakan beberapa gaussians untuk model hidrogen orbital.
Untuk mendapatkan semua konstanta numerik yang diperlukan, kita harus menggunakan
dasar ditetapkan sebagai referensi. Ini disimpan dalam database besar, dari mana Anda
dapat "order" secara set tertentu.
1. Pergi ke Gaussian Dasar Set Form Order di
http://www.emsl.pnl.gov:2080/forms/basisform.html
2. Browser anda akan terlihat seperti ini :

3. Memesan konstanta Anda:

• Pilih STO-3G basis set. Dengan memilih STO-3G kami meminta untuk
menerima konstanta selama 3 gaussians.
• Berikutnya jenis H untuk hidrogen dalam "Elements" kosong.
• Jangan dimasukkan ke dalam email !!
• Klik Submit.
Hasilnya harus dua kolom tiga nomor masing-masing. Ini adalah dasar ditetapkan
untuk hidrogen. Daftar kiri adalah nilai-nilai alpha, dan daftar yang tepat adalah
koefisien yang akan digunakan untuk meringkas tiga gaussians.
4. Salin konstanta ini sehingga Anda dapat memasukkan mereka ke dalam
spreadsheet Anda.
5. Di bagian atas spreadsheet Anda, di samping konstanta lain, label masing-masing
konstan dan tentukan nilai dalam sel berikutnya.
6. Di samping kolom STO, menempatkan tiga kolom baru, diberi label "G1," "G2,"
dan"G3".
7. Di bawah setiap label baru, masukkan persamaan gaussian menggunakan nilai-
nilai alpha dari basis set dan jari-jari yang diperlukan.
8. Isi bawah kolom, dan ulangi prosedur untuk dua kolom lainnya.
9. Mengubah nomor pertama di bawah Radius menjadi 0. Ketika Anda melakukan
ini, seluruh daftar harus mengubah untuk pergi dari 0 sampai 6 bukannya -3
sampai 3. Juga, nilai-nilai dalam daftar gaussian Anda harus berubah, karena kita
komputasi mereka untuk jari-jari berbeda sekarang. Memeriksa nilai-nilai Anda
terhadap orang-orang dari teman sekelas Anda untuk memastikan Anda semua
mendapatkan jawaban yang benar.
* * Karena kita melihat persamaan di kedua sisi dari inti sebelumnya, Anda harus
telah mengamati bahwa itu adalah persis sama di kedua sisi. Ini penting! Kami
 hanya tertarik pada sisi positif dari grafik sekarang, karena kita tahu bahwa kedua
belah pihak akan persis sama (dan karena negatif dan positif tidak memiliki arti
fisik benar di sini!). ***
10. Bandingkan jawaban dari masing-masing persamaan gaussian baru untuk
orang-orang dari persamaan slater.
Perhatikan bahwa tidak ada satu pun dari tiga gaussians ini adalah perkiraan sendiri;
mereka harus dikombinasikan. Cara menggabungkannya disebut "Kombinasi Linear
dari Atomic orbital" (LCAO). Daftar lainnya dari nomor di basis set adalah koefisien
untuk menambahkan tiga gaussians. Mereka digunakan dalam persamaan berikut.

1. Buat kolom lain di samping tiga gaussians, berlabel "LCAO".

2. Masukan persamaan, mengacu pada konstanta yang sesuai, di sel pertama.
3. Isi kolom.

4. Membuat grafik dari ketiga gaussians baru dan LCAO tersebut.

5. Untuk membuat kontras ini lebih jelas, kita akan memeriksa beberapa Gaussian
perkiraan dan membandingkannya dengan STO tersebut.
6. Label tiga kolom baru untuk dua persamaan yang dibutuhkan untuk STO-2G
model, dan model STO-2G itu sendiri.
7. Lakukan hal yang sama untuk STO-6G
8. Sekarang kembali ke bentuk agar basis set dan menemukan basis set, baik alpha
dan nilai-nilai d, untuk STO-2G dan STO-6G.
9. Menempatkan nilai-nilai ini ke dalam spreadsheet Anda seperti sebelumnya.
10. Mengatur setiap kolom dengan persamaan perlu.
11. Dalam dua kolom baru, menggunakan persamaan LCAO untuk kedua 2G dan 6G
perkiraan.
12. Grafik 1 gaussian (yang pertama dibuat), 2 G, 3 G, 6G, dan STO semua pada
grafik tunggal. ** JANGAN menempatkan semua gaussians untuk setiap
pendekatan di sana, HANYA penjumlahan. **

E. Pertanyaan untuk Membandingkan STO dan Kegiatan GTOs Lab:

Bagian I:
1. Apa yang Anda ingat tentang grafik di kedua sisi inti?
2. Adakah dua sisi yang sama?
3. Jika demikian, apa yang menunjukkan?
Bagian II:
1. Apa yang Anda perhatikan tentang bentuk tiga gaussians?
2. Bagaimana sama mereka?
3. Bagaimana serupa adalah masing-masing dengan gaussian sederhana pertama kita
buat?
4. Bagaimana hubungannya dengan LCAO itu? Diskusikan pertanyaan-pertanyaan
ini dan membandingkan hasil dengan lab partner dan teman sekelas?

Bagian III:
Mengingat bahwa STO adalah pendekatan yang paling akurat dari bentuk gelombang:

1. Seberapa akurat perkiraan dari gaussian?

2. Pendekatan apa yang paling akurat?
3. Mana yang mengambil sebagian waktu untuk menghitung?
4. Bagaimana akurasi berhubungan dengan jumlah gaussians digunakan?
5. Mana yang lebih penting, waktu yang dibutuhkan atau akurasi?
6. Bagaimana kita harus memutuskan mana pendekatan yang akan digunakan untuk
proyek tertentu?