Biohemija nukleinskih kiselina

Genetska informacija
deoksiribonukleinske kiseline (DNK) ribonukleinske
kiseline (RNK)

DNK je nosilac naslednih informacija u ćeliji, dok RNK

učestvuju u prenošenju tih informacija i njihovom
prevoñenju u proteine.

RNK je nolisac naslednih informacija kod nekih virusa.

Graña nukleozida i nukleoida

ostatak fosforne kiseline nukleotid

azotna baza

šećer – pentoza
nukleozid
Azotne baze
Pentoze Fosfatna grupa
Sastav DNK nukleotida:

dezoksiriboza
azotna baza (A, G, C ili T)
ostatak fosforne kiselina
Sastav RNK nukleotida:

riboza
azotna baza (A, G, C ili U)
ostatak fosforne kiselina
Hemijske veze u nukleotidu

ostatak fosforne kiseline

azotna baza

šećer – pentoza
 Nazivi nukleozida i nukleotida

Nukleotide možemo smatrati, s jedne strane kao

estre nukleozida (fosfate), a sa druge strane kao
kiseline zbog prisustva ostataka fosforne kiseline
pa im u skladu sa tim dajemo i nazive.
 Dezoksiribonukleotidi

NUKLEOTID: dezoksiadenozin-5'-monofosfat dezoksiguanozin-5'-monofosfat

dezoksiadenozinmonofosfat dezoksiguanozinmonofosfat
5'-dezoksiadenilna kiselina 5'-dezoksiguanilna kiselina
dezoksiadenilat dezoksiguanilat

SKRAĆENICE: A, dA, dAMP G, dG, dGMP

NUKLEOZID: dezoksiadenozin dezoksiguanozin

 Dezoksiribonukleotidi

NUKLEOTID: (dezoksi)timidin-5'-monofosfat dezoksicitidin-5'-monofosfat

(dezoksi)timidinmonofosfat dezoksicitidinmonofosfat
5'-(dezoksi)timidilna kiselina 5'-dezoksicitidilna kiselina
(dezoksi)timidilat dezoksicitidilat

SKRAĆENICE: T, dT, dTMP C, dC, dCMP

NUKLEOZID: (dezoksi)timidin dezoksicitidin

 Ribonukleotidi

NUKLEOTID: adenozin-5'-monofosfat guanozin-5'-monofosfat

adenozinmonofosfat guanozinmonofosfat
5'-adenilna kiselina 5'-guanilna kiselina
adenilat guanilat

SKRAĆENICE: A, AMP G, GMP

NUKLEOZID: adenozin guanozin

 Ribonukleotidi

NUKLEOTID: uridin-5'-monofosfat citidin-5'-monofosfat

uridinmonofosfat citidinmonofosfat
5'-uridilna kiselina 5'-citidilna kiselina
uridilat citidilat

SKRAĆENICE: U, UMP C, CMP

NUKLEOZID: uridin citidin

Povezivanje nukleotida u polinukleotidni niz

fosfodiestarske veze između

C3’ atom pentoze jednog
nukleotida i C5’ atoma pentoze
narednog nukleotida u lancu
Redosled nukleotida – primarna struktura DNK i RNK

Početak polinukleotidnog niza je 5’ kraj

Genetska informacija je uskladištena u

primarnoj strukturi nukleinske kiseline
 Sekundarna struktura DNK – dupli heliks

-2 antiparalelna lanca
formiraju dvostruki heliks
formiranjem vodoničnih
veza izmeñu
komplementarnih baza i
hidrofobnim interakcijama

- jedna zavojnica je 3.4 nm

(34A) i cini je oko 10.4
baznih parova (bp)

-precnik duplog heliksa je

2nm (20A)

-- rastojanje izmedju
susednih baznih parova je
0.34 nm (3.4A)
G-C: 3 vodonične veze
A-T: 2 vodonične veze
DNK je fleksib
fleksibilan molekul, moze imati razlicite konformacione forme u
zavisnosti od sekvence baza i/ili uslova izolovanja

B-DNK (Watson-
(Watson-Crick
struktura)-
struktura)-desna zavojnica,
precnik heliksa 2.4 nm, 10.4 bp
po zavojnici, jedna zavojnica 3.4
nm
A-DNK – desna zavojnica,
precnik heliksa 2.6 nm, 11 bp
po zavojnici, jedna zavojnica 2.5
nm
Z-DNK – leva zavojnica, precnik
heliksa 1.8 nm, 12 bp po
zavojnici, jedna zavojnica 4.5
nm
 Struktura RNK

•Opšte karatkteristike:
–Riboza, uracil
–Obično jednolančana, ipak često
prisutna sekundarna i tercijerna
struktura
–Nosilac naslednih informacija nekih
virusa
•Vrste:
–iRNK, tRNK, rRNK – učestvuju u
sintezi proteina
–druge RNK – učestvuju u sintezi i
obradi RNK
•Neke RNK imaju enzimsko dejstvo
 •Eukarioti – DNK
spakovana u hromozome,
interakcija sa histonskim i
Pakovanje DNK u ćeliji nehistonskim proteinima

•Prokarioti –
superspiralizovana
cirkularna DNK,
interakcija sa RNK i
proteinima
Nukleozomi – prvi nivo pakovanja
30 nm vlakno – sledeći nivo pakovanja

• učestvuje histon H1
 nukleozomi
30 nm vlakno
Dvolančana zavojnica DNK

Nukleozomi

Nukleozomski paketi

Petlje

Trake na hromozomima

Metafazni hromozom
 Centralna dogma molekularne biologije

–DNK
DNK se prepisuje
u RNK,a RNK nosi
informaciju za
sintezu proteina
 Replikacija (replika=kopija)

• Proces dupliranje molekula DNK pri kome od jednog

nastaju dva potpuno identična molekula DNK.

Semikonzervativan proces

Semidiskontinuiran proces
 SEMIKONZERVATIVNI MODEL
REPLIKACIJE

roditeljski razdvajanje komplementarno dva

molekul lanaca pri čemu sparivanje baza novonastala
DNK će svaki molekula DNK
poslužiti kao
matrica za
sintezu novog
lanca
 DNK-polimerazama – glavni enzim replikacije
• DNA-polimeraza uvek sintetišu novi lanac u smeru 5’-3’
(matrica se čita u 3’-5’ smeru)

• DNK-polimeraza ne može započeti (inicirati) sintezu novog lanca

DNK
– započinje je primaza (RNK polimeraza)

• DNK-polimeraza se vezuje za
dezoksribonukleozidtrifosfate

• DNK-polimeraza kopira DNK sa

vrlo visokom tačnošću
-greška prilikom replikacije 10-9
–formira se estarska veza izmedju 5’
fosfata novog nukleotida i 3’ hidroksilne
grupe na kraju lanca koji se sintetiše

–sinteza novog lanca u 5’→3’ smeru, na

osnovu komplementarnosti

–DNK polimeraza se vezuje za

deoksiribonukleozid trifosfate (dATP,
dGTP, dCTP, dTTP)

–pirofosfat se oslobaña (dalje u 2Pi),

obezbeñuje energiju za vezivanje
dezoksiribonukleozid monofosfata
(dAMP, dGMP, dCMP, dTMP)

–enzim ostaje stalno vezan za

replikacionu viljusku
 Opšti pregled replikacije - Bakterijska DNK

Replikacija cirkularne DNK:

- započinje u replikativnom početku (origin replikacije) gde se

vezuju proteini inicijatori replikacije

- odvija se u oba pravca istovremeno

- mesto replikacije (aktivne DNK sinteze) se označava kao

replikativna viljuška (uvek ih ima dve)

- replikacija se završava u terminacionom regionu

 Replikacija kod bakterija

dve replikativne viljuške

 Replikativna viljuška

Replikativna viljuška je asimetrična, oba lanca se sintetišu u 5’-3’ smeru, ali

jedan lanac se sintetiše kontinuirano (vodeći lanac) a drugi diskontinuirano,
u vidu Okazaki fragmenata koji se kasnije povezuju (lanac koji zaostaje).

=> Replikacija je semidiskontinuiran proces

 Enzimi replikacije
1. DNK polimeraza

2. RNK polimeraza ili primaza – enzim koji vrši sintezu RNK početnice
(prajmera) na čiji će 3‘ kraj DNK polimeraza nastaviti da ugrañuje nukleotide

(RNK početnica je neophodna kako za vodeći lanac, tako i za svaki

Okazaki fragment)

3. Ligaza- enzim koji povezuje Okazaki fragmente

(jako je važno da pre povezivanja Okazaki fragmenata, RNK početnice

budu isečene i da se ta praznina popuni, a to vrši enzim DNK polimeraza)
 Bakterijske DNK polimeraze
•DNK polimerazu I uključena u proces
replikacije
• polimerazna aktivnost u smeru 5’-3’
• egzonukleazna aktivnost u smeru 3’-5’
• egzonukleazna aktivnost u smeru 5’-3’.

DNK polimeraza II
uključena u procese
• polimerazna aktivnost u smeru 5’-3’ reparacije
• egzonukleazna aktivnost u smeru 3’-5’

DNK polimeraza III (DNK replikaza) glavni enzim

• polimerazna aktivnost u smeru 5’-3’ replikacije
• egzonukleazna aktivnost u smeru 3’-5’
 Razdvajanje lanaca DNK i formiranje
replikativne viljuške

1. DNK helikaze (mašine na ATP pogon)-omogućavaju raskidanje H-veza

i otvaranje dvolančane zavojnice

2. SSB proteini (single strand binding)-proteini koji se vezuju

za jednolančanu DNK i održavaju replikativnu viljušku otvorenu

3. DNK TOPOIZOMERAZE-smanjenje tenzije uvrtanja u

dvolančanom delu DNK usled otvaranja replikativne viljuške (kod
prokariota se nazivaju DNK žiraze)
Tenzija uvrtanja
Replikacija DNK
 Replikacija DNK kod eukariota
• Replikacija počinje na više mesta duž hromozoma - replikoni,
što obezbeñuje brže udvajanje velikog molekula DNK

• Smatra se da se ne narušava struktura nukleozoma

 DNK polimeraze kod eukariota
DNK polimeraze α , β, γ, δ, ε …….

γ – replikacija mitohondrijske DNK

β –reparacija oštećenja DNK
α i δ i ε –replikacija hromozomske DNK
 Transkripcija
• iRNK, tRNK, rRNK, mala nuklearna (snRNA), mala nukleolarna (snoRNA)....

• Sve osim iRNK su krajnji produkti ekspresije gena

• RNK polimeraza – glavni enzim transkripcije

sinteza novog molekula RNK u pravcu 5’ →3’

• Transkripciona jedinica – segment DNK koji se prepisuje

• Segment DNK koji prepoznaje i za koji se vezuje RNK polimeraza

se naziva promotor

• Transkripcija je važno mesto regulacije genske ekspresije

 RNK polimeraza

• ne zahteva prisustvo prajmera ili

početnice
U
• RNK polimeraza se vezuje za
ribonukleozidtrifosfate ATP, GTP,
CTP i UTP
• po principu komplementarnosti sa
bazama u DNK ugrañuje
komplementarne
ribonukleozidmonofosfate
• energija dobijena odvajanjem
PPi, a zatim 2Pi
Tri faze transkripcije:

1. inicijacija (vezivanje RNK polimeraze za promotor,

otvaranje dvolancane zavojnice

2. elongacija (ugradnja nukleotida, formiranje fosfodiestarske

veze)

3. terminacija
 Orijentacija promotora i
izbor lanca-matrice

Novosintetisani lanac RNK je i po smeru i po redosledu nukleotida

identičan lancu DNK koji nije prepisan osim što umesto T ugradjuje U.
Lanac kom je identičan se naziva sense ili kodirajući, a lanac koji se
prepisuje je lanac matrice
 Transkripcija kod prokariota
•Kod prokariota transkripcija se odvija u nukleoidu.
•Sve tri vrste RNK prepisuje jedna RNK polimeraza

•Molekul iRNK, koji nastaje na ovaj način se ne obrañuje,

odmah po sintezi je funkcionalan, nosi informaciju za
sintezu obično više proteina, koji su potrebni za
obavljanje jednog metaboličkog procesa.
•Pošto se set susednih gena prepisuje na jednu RNK koja
onda kodira više proteina, ova RNK je označena kao
POLICISTRONSKA
Cistron – deo DNK kodira za jedan polipeptidni
lanac
•Kod eukariota-1gen-1RNK-1 protein-
MONOCISTRONSKA RNK
TRANSKRIPCIJA KOD PROKARIOTA

• Istovremeno sa translacijom
• iRNK - kratkoživeće

• RNK polimeraza E.coli

•Holoenzim: jezgro (α
α, α΄( ω), β, β’) i σ

Sigma subjedinica ima ulogu u prepoznavanju promotorskog

regiona, a da bi otpočela transkripcija sigma subjedinica mora da
disosuje
TERMINACIJA TRANSKRIPCIJE

signal za terminaciju:

- specificno uvrtanje
transkripta (formiranje
intramolekulske zavojnice)
zbog uzastopnih U
ostataka ili

- vezivanje ρ faktora
 Razlike izmedju inicijacija transkripcije kod
prokariota i eukariota

• bakterije sadrže jedan tip RNK polimeraze dok eukarioti sadrže 3 tipa
RNK polimetaze

• transkripcija i translacija su vremenski i prostorno odvojeni kod

eukariota

• bakterijska RNK polimeraza može sama inicirati transkripciju dok

eukarioteske zahtevaju pomoć odredjenih proteina koji se nazivaju
transkripcioni faktori

• inicijacija transkripcije kod eukariota je kompleksnija i zbog pakovanja

DNK u nukleozome
 RNK polimeraze u eukariotskoj ćeliji

lokalizacija produkti

RNK pol I nukleolus 28S , 18S , 5.8S rRNK

RNK pol II nukleus iRNK

RNK pol III

nukleus tRNK , 5S rRNK
 Posttranskripciona obrada
iRNK kod eukariota

Nastala pre-mRNK (hnRNA) sadrzi egzone (kodirajuca sekvenca

za polipeptidni lanac) i introne (umetnute sekvence) i podleže
čitavom nizu transformacija:

•Vezivanje modifikovanog guanozina na 5’ kraj (5’

kapa)
•Vezivanje poli A na 3’ kraj (3’ rep)
•Isecanje introna i povezivanje egzona - splajsovanje
(vrši se u splajsozomima)
 Translacija – sinteza proteina
Proces prevodjenja sekvence nukleotida mRNK u
sekvencu aminokiselina u proteinu.
proteinu

Translacija se odvija na ribozomima

 geneticki kod

Triplet baza na iRNK – KODON

=> šifra za jednu
aminokiselinu

Triplet baza na tRNK – ANTIKODON

(antikodon je komplementaran kodonu)
Standardni genetički kod
• iRNK klizi duž ribozoma i nosi informaciju o redusledu
aminokielina

• tRNK dovodi jednu po jednu aminokiselinu do ribozoma

(antikodoni na tRNK su komplementarni kodonima na iRNK)

• Faze translacije: inicijacija, elongacija i terminacija

• mnogi proteinski faktori potrebni za svaki korak

• start kodon (AUG za metionin kod eukariota, formilmetionin

kod prokariota)

• stop kodoni, signal za prestanak prevodjenja

Vezivanje kodon - antikodon
sinteza proteina: od N ka C kraju
čitanje kodona na iRNK: od 5‘ ka 3‘ kraju
 Sinteza proteina – u tri koraka

•Peptidil transferaza –
katalitička aktivnost
velike subjedinice
ribozoma

•Utrošak energije (GTP)

Da bi postao funkcionalan novosintetisani protein
podleže posttranslacionim modifikacijama
 Kontrola ekspresije gena kod prokariota

• najviše na nivou transkripcije

Geni koji kodiraju funkcionalno povezane

enzime se nalaze jedan do drugog, imaju
zajednički promotor i čine jednu ekspresionu
jedinicu (od njih nastaje policistronska iRNK)

Elementi koji kontrolišu njihovu ekspresiju

OPERON
• U okviru promotora nalazi se operator, mesto za koje se vezuju
regulatorni proteini koji mogu biti aktivatori ili represori i koji
aktiviraju ili inhibiraju transkripciju datog operona

Primer: negativna kontrola Lac operona

Laktozni operon: tri gena čiji produkti učestvuju u razgradnji laktoze

Nema laktoze,
represor vezan za
operator =>
nema
transkripcije

Ima laktoze,
represor se
vezuje za laktozu
=> teče
transkripcija
Kontrola ekspresije gena kod
eukariota
 GENI
Kontrola
Transkripcija
regulacijom transkripcije

RNK
Kontrola
Translacija
regulacijom translacije

Kontrola
Bez modifikacije PROTEINI proteazama NEAKTIVNI
(ENZIMI) Degradacija ENZIMI
Kontrola
Kovalentna
posttranslacionom
modifikacija
FUNKCIONALNI modifikacijom
ENZIMI
Inhibiija
Kontrola
i aktivacija
funkcionalnosti enzima

AKTIVNI
ENZIMI
GEN
deo DNK koji koji nosi informaciju za sintezu RNK
molekula (rRNK, tRNK) ili polipeptidnog lanca
(preko iRNK)

GENOM
kompletan genetički materijal organizma
(obuhvata gene ali i nekodirajuće sekvence)

GENOTIP
čitav set gena jednog organizma