海洋生物保育特論實驗操作單元 – 實驗一之二

核酸萃取（DNA Extraction）
遺傳物質（基因）存在於細胞核中的 DNA。人類基因體大約含有 30 億個
鹼基，這些鹼基共同組成約 30000 個基因，調控人體不同的生理反應。人與人
間的基因相似度極高（約 99.9％），只有不到 0.1％的差異，卻可以造就出完全
不同個體。生物體不同組織的細胞其所含的 DNA 都是相同的，並不會因為組織

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差異而有所不同，也就是說不論是從血液、口腔黏膜、毛髮或是其它的細胞組織
所萃取出來的 DNA 都是相同的，並不會因為檢體來源不同而有所改變。

萃取純化 DNA 的方法很多，目前最常見的方法分成兩類：管柱萃取純化法

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（Column Purification）與試劑萃取純化法（Reagents Purification）。在試劑萃取
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純化法方面，又分成兩類：有機溶劑萃取法與非有機溶劑萃取法。每種萃取方法
各有其優點、缺點，然而，由於有機溶劑具腐蝕毒性，人員在操作安全上需特別

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小心，同時其廢棄物的處理亦較為煩瑣，因此，使用非有機溶劑萃取方法已慢慢
成為趨勢。

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1. 管柱萃取純化法（Column Purification）：其原理主要是先以陰離子性清潔劑
將細胞打破，並使蛋白質變性，以抑制 DNase 的活性，隨後加入蛋白分解

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酶 K（Proteinase K）讓 DNA 上的蛋白質解離，以增加 DNA 產率。接著將
此含有 DNA 的混合物滴入純化管柱中，DNA 會與純化管柱中的過濾膜結

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合，其它物質不會與過濾膜結合而流出，最後再利用緩衝液將過濾膜上的

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DNA 洗提使其流出。

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2. 有機溶劑萃取純化法（Organic Sorvant Reagents Purification）：其原理主要是
利用有機溶劑：酚（Phenol）、氯仿（Chloroform）將細胞溶解，經過超高速
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離心，再利用 DNA 會分佈於水相層的原理，將 DNA 分離出來，經過酒精
清洗沉澱，最後回溶於緩衝液中。

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3. 非有機溶劑萃取純化法（Non-Organic Sorvant Reagents Purification）：其原理
主要是先以陰離子性清潔劑將細胞打破，並使蛋白質變性，以抑制 DNase 的
活性，並加入蛋白分解酶 K（Proteinase K）讓 DNA 上的蛋白質解離，以增
加 DNA 產率。接著再以鹽類沉澱方法去除蛋白質。萃取到的 DNA 以酒精
沉澱法濃縮，並回溶於緩衝溶液中保留。

完成 DNA 萃取與純化後,需要進一步作品質上定性及定量的控制分析（Quality
Control Assay），包括：瓊膠電泳分析（Agarose Gel Electrophoresis Analysis）與
紫外光吸光值分析（UV Absorption Analysis）。

本計畫受教育部顧問室海洋教育先導型計畫補助
海洋生物保育特論實驗操作單元 – 實驗一之二

1. 瓊膠電泳分析：利用 DNA 分子大小與帶負電荷與的特性，當其通過洋菜瓊

膠所形成的孔篩時，DNA 會往陽極方向移動，分子越小移動速度越快，分
子越大移動速度越慢。如果檢體組織細胞中的 DNA 分子完整無缺，未被破
壞，利用上述之技術方法分離純化所得的 DNA 分子大小大約為 23000 bp，
透過此項檢測可以得知 DNA 是否保持完整、或是有被分解的現象。

2. 紫外光吸光值分析：利用 DNA 分子在波長 260nm 時有吸光、蛋白質在波長

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280nm 有吸光的特性，分析 DNA 的濃度與純度。當波長 260nm 的吸光值
為 1 時，DNA 的濃度為 50ug/mL，依此類推，若波長 260nm 的吸光值為

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0.5 時，DNA 的濃度則為 25ug/mL。DNA 的純度可利用波長 260nm/波長
280nm 的比值來評估，當 A260/A280 的比值越大，代表蛋白質汙染越低、
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DNA 純度越高。當 A260/A280 的比值介於 1.7~2.0 時，則表示此 DNA 的
品質相當高！若低於此值，表示蛋白質未被去除乾淨。

以烏魚肌肉萃取 DNA 為例。在操作台內進行 DNA 萃取步驟。

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1. 細胞分解（Cell Lysis）：利用含陰離子性清潔劑的細胞分解液（Cell Lysis
Buffer）將細胞徹底地打破，讓細胞核中的 DNA 暴露到分解液中。

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2. 蛋白分解酶（Proteinase K）水解：蛋白分解酶 K 可以將蛋白質水解，其中，

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它會水解與 DNA 結合的組蛋白（Histone），使 DNA 完全裸露出來，因此
可以大提高 PCR 的成功率。此酵素作用溫度為 55℃，作用時間約需 1 小時

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以上，作用時間越久（1 小時~隔夜）DNA 產率越高。

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3. 蛋白質沉澱（Protein Precipitation）：利用含有高濃度鹽類的蛋白質沉澱液，
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經過高速離心（約 16000x g）將蛋白質與 DNA 兩者分離。

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4. DNA 沉澱（DNA Precipitation）：利用異丙醇將 DNA 離心沉澱出來，可加
入肝醣（Glycogen）增加 DNA 產率。

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5. 酒精清洗：利用 70％的乙醇清洗 DNA 分子，去除多餘鹽類。

6. DNA 乾燥：最後將純化的 DNA 進行真空乾燥，呈現半透明凝膠狀即可，千

萬別過度乾燥，以免影響 DNA 回溶（Re-suspend）。

7. DNA 回溶（Re-suspend）：加入適量體積的鹼性緩衝液（TrisBuffer，pH8.0），
並且適當的混合使 DNA 分子均勻地分散在其中，可用 65℃水浴幫助 DNA
回溶。

8. DNA 電泳定性分析。

本計畫受教育部顧問室海洋教育先導型計畫補助
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9. DNA 定量分析。

10. DNA 保存於-80℃冰箱中。

問題

1. 蛋白分解酶（Proteinase K）的反應效率若減低，對結果的影響為何?

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2. DNA 回溶（Re-suspend）時，若有大塊白色物質無法溶解，是什麼原因所造
成? 如何解決?
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本計畫受教育部顧問室海洋教育先導型計畫補助