Professional Documents
Culture Documents
ملخص الوحدة02 علاقة بن البنية والوظيفة
ملخص الوحدة02 علاقة بن البنية والوظيفة
ملخص الوحدة02 علاقة بن البنية والوظيفة
العالقة بين بنية ووظيفة الروتين تمثيل البنية الفراغية للبروتين
-إن اختالف البنية الفراغية للبروتينات يعود الى اختالف عدد تمثيل البنية الفراغية للجزيئات البسيطة:
ونوع وترتيب األحماض األمينية الداخلة في تركيبها. يمكن تمثيلها بعدة نماذج أهمها:
تعريف األحماض األمينية: * نموذج الكرة والعود (:)Boules et Bâtonnets
-هي جزيئات بسيطة تمثل الوحدة البنائية األساسية للبروتينات، يهدف الى اظهار الذرات والروابط الموجودة فيما بينها.
وهي مركبات عضوية مقسمة الى جزأين: * نموذج الكرة او المكدس (:)Sphères
* جزء ثابت :يتكون من وظيفة أمينية ( )NH2ووظيفة اظهار حجم الجزيئة وتظهر الذرات فقط.
كربوكسيلية ( )COOHمتصلتين بذرة كربون مركزية( )Cαالتي * نموذج العود (:)Bâtonnets
تتصل أيضا مع ( ،)Hوهو موجود عند جميع األحماض األمينية. اظهار الروابط الكيميائية في الجزيئة.
* جزء متغير :يتمثل في سلسلة جانبية أو جذر ألكيلي يرمز له * نموذج الخيط الحديدي (:)Fil de fer
( ،)Rويختلف تركيبه من حمض أميني آلخر. يبين الروابط وتكون على شكل خيط رقيق.
تصنيف األحماض األمينية: -نماذج مختلفة لتمثيل بنية حمض أميني :الوثيقة ( )1ص.40
يمكن تصنيفها حسب الجزء المتغير (الجذر )Rإلى 3أصناف: تمثيل البنية الفراغية للجزيئات الكبيرة:
* أحماض أمينية حامضية: يمكن تمثيلها بنفس النماذج السابقة باإلضافة الى نماذج أخرى
يحتوي الجذر على مجموعة حمضية ( )COOHعددها 2هي: تسمح بتوضيح جوانب أخرى من البنية الفراغية وهي:
غلوتاميك ( )Gluوأسبارتيك (.)Asp * الشريطي( )Rubansوالشريطي السميك (:)Caricatures
* أحماض أمينية قاعدية: يسمح بتوضيح البنيات الثانوية للجزيئة حيث تظهر البنيات
يحتوي الجذر على مجموعة أمينية ( )NH2عددها 3وهي: الحلزونية αعلى شكل شريط حلزوني وردي اللون ،بينما البنيات
ليزين ( ،)Lysأرجينين ( ،)Argهيستدين (.)His الوريقية βتظهر بشكل وريقات مطوية بلون أصفر ،كما يسمح
* أحماض أمينية متعادلة: بإظهار مناطق االنعطاف في شكل خيط سميك أبيض أو أزرق.
تمتاز بعدم وجود مجموعة حمضية أو قاعدية في الجذر R -نماذج مختلفة لتمثيل بنية بروتين :الوثيقة ( )2ص.41
وعددها 15يمكن تقسيمها حسب نوع الوظائف الموجودة في مميزات برنامج Rastopفي دراسة البروتينات:
جذورها الى :كحولية ،عطرية ،كبريتية ،أليفاتية ،أميدية ،حلقية. -عرض البنية الفراغية ثالثية األبعاد للجزيئات بنماذج مختلفة.
تشكل الرابطة الببتيدية بين األحماض األمينية: -دراسة البنية الثانوية بتحديد عددها ونوعها في البروتين.
-هي رابطة تكافؤية قوية تتشكل بين المجموعة الكربوكسيلية -تحديد عدد السالسل الببتيدية المكونة للبروتين.
للحمض األميني األول والمجموعة األمينية للحمض األميني -تحديد عدد ونوع وتسلسل األحماض األمينية في البروتين.
الموالي مع انطالق جزيء من الماء. -تحديد الجزء البروتيني والجزء غير البروتيني في الجزيئات.
سلوك األحماض األمينية في الوسط: -التعرف على الموقع الفعال للبروتين.
-يتغير سلوك الحمض األميني بتغير درجة pHالوسط ،وهجرته -التعرف على مختلف الروابط التي تساهم في ثبات البنية
في المجال الكهربائي تعتمد على نوع الشحنة التي يكتسبها. (روابط هيدروجينية ،جسور كبريتية).....
-تسلك األحماض األمينية سلوك األحماض (تفقد بروتونات) في مستويات البنية الفراغية لبروتينات
الوسط القاعدي وتسلك سلوك القواعد (تكتسب بروتونات) في -تتميز البنية الفراغية البروتينات بالتعقيد وتختلف درجته بين
الوسط الحامضي لذلك تسمى بالمركبات األمفوتيرية (الحمقلية). البروتينات ويمكن وصف 4مستويات بنيوية متدرجة التعقيد هي:
-القاعدة التي تسمح بتحديد شحنة الحمض األميني: البنية األولية:
-تعريف نقطة التعادل الكهربائي (:)PHi -ارتباط أحماض أمينية بروابط ببتيدية لتكوين سلسلة ببتيدية
-هي قيمة يكون عندها الحمض األميني متعادل كهربائيا ،عدد بدايتها NH2ونهايتها .COOH
الشحنات الموجبة والسالبة متساوي أي شحنة معدومة (.)0 -مميزات البنية األولية :الوثيقة ( )1ص.42
PHi=PH -شحنة الحمض األميني معدومة (:)0 البنية الثانوية:
-ال يهاجر الى أي قطب (يبقى في المنتصف) ويدل على تساوي -هي التفاف البنية األولية في مناطق محددة في شكل بنيات
الشحنات ( )+و( )-أي تأين الوظيفة األمينية ( )NH3+والحمضية حلزونية αأو بنيات وريقية βوهذا بتشكل روابط هيدروجينية
(ــ )COOومنه يسلك سلوك حمض وقاعدة في نفس الوقت. بين NHو COالتابعة للروابط الببتيدية.
PHi>PH -شحنة الحمض األميني موجبة (:)+ -مميزات البنية الثانوية :الوثيقة ( )2ص.42
-يهاجر الى القطب ( )-ويدل على اكتسابه بروتون Hمن الوسط
+
البنية الثالثية:
وتأين الوظيفة األمينية ومنه يسلك سلوك قاعدة في وسط حامضي. -هي انطواء البنية الثانوية على مستوى مناطق االنعطاف لتأخذ
PHi<PH -شحنة الحمض األميني سالبة (:)- بنية فراغية محددة تحافظ على ثباتها بروابط مختلفة (كبريتية،
-يهاجر الى القطب ( )+ويدل على فقدانه بروتون H+من الوسط شاردية ،هيدروجينية ،تجاذب الجذور الكارهة للماء).
وتأين الوظيفة الحمضية ومنه يسلك سلوك حمض في وسط قاعدي -مميزات البنية الثالثية :الوثيقة ( )3ص.43
-القاعدة التي تحدد قيمة PHiالتقريبية لألحماض األمينية: البنية الرابعية:
* األحماض األمينية المتعادلة لها PHiقريب من المعتدل. -هي ارتباط سلسلتين ببتيديتين أوأكثر بروابط ضعيفة تحافظ على
* األحماض األمينية الحامضية لها PHiأقل من المعتدل. استقرارها لكل منها بنية ثالثية وتسمى كل واحدة "تحت الوحدة".
* األحماض األمينية القاعدية لها PHiأكبر من المعتدل. -مميزات البنية الرابعية :الوثيقة ( )4ص.44
1
الصيغة العامة للأحماض الأمينية :
العلأقة يين الينية الفراعية ثلأيية الأبعاد ووظيفة البرويننات (تج يرة العالـم :)Anfinsen
-تعود خصوصية البنية الفراغية للبروتينات الى وجود عدد ونوع وترتيب محدد من
المحاا المينية الي تدخ ي نناهاا ،ناإلضافة الى الروانط املختلفة الي تنشأ نين
جذور أمحاا أمينية من نوع محدد وي أماكن محددة (روانط كبريتية ،روانط
شاردية ،هيدروجينية ،تجاذب الجذور الكارهة للااء) وتساح هذه الروانط ناملحافظة
على ثبات واستقرار البنية الفراغية الطبيعية للبروتين وبالتال على التخصص
الوظيفي للبروتين.
-ي محالة تغير ي األمحاا األمينية أو تفكك أو تغير مواقع هذه الروانط يفقد البروتين
ننيته الفراغية الطبيعية فيصبح غير فعال وبالتال يفقد وظيفته.
ا ألس تاذ :حـمـزة سـمـراين BAC 2016 2 الـوحـدة :02العـالقـة بـيـن بـنـيـة ووظيفــة الربوتـيـن