Professional Documents
Culture Documents
Báo Cáo Btts Taq1
Báo Cáo Btts Taq1
MSSV : 20142828
Lớp : Kĩ thuật sinh học 1- K59
I. Tổng quan
DNA polymerase là các enzyme xúc tác cho quá trình gắn các nucleotit A,T,G,C vào
mạch DNA mới đang tổng hợp.DNA polymerase được phân lập từ vi khuẩn suối nước
nóng Thermus aquaticus được gọi là Taq DNA polymerase.Vi khuẩn này chịu được
nhiệt độ từ 50⁰C-80⁰C và sinh trưởng tối ưu ở nhiệt độ 70⁰C
Taq DNA polymerase là enzyme đơn phân,có khối lượng phân tử 90kDa.Bản thân
enzyme chịu được nhiệt ,xúc tác tái bản DNA ở 72⁰C và thậm chí vẫn duy trì khả
năng hoạt động khi sau khi ủ ở 95⁰C.
Enzyme Taq DNA polymerase có 832 aa.Cấu trúc không gian như hình dưới
Nhờ có DNA taq polymerase mà người ta không cần thêm DNA polymerase vào
sau mỗi chu kỳ khiến quá trình PCR trở nên đơn giản và thuận tiện hơn.
Ta vào giao diện NCBI protein taq DNA polymerase, Thermus aquaticus
- Đưa các trình tự tìm được đi so sánh đẻ tìm đoạn bảo thủ
Gen bảo thủ
ATGAGGGGGATGCTGCCCCTCTTTGAGCCCAAGGGCCGGGTCCTCCTGGTGGACGGCCACCACCTGGCCT
ACCGCACCTTCCACGCCCTGAAGGGCCTCACCACCAGCCGGGGGGAGCCGGTGCAGGCGGTCTACGGCTT
CGCCAAGAGCCTCCTCAAGGCCCTCAAGGAGGACGGGGACGCGGTGATCGTGGTCTTTGACGCCAAGGCC
CCCTCCTTCCGCCACGAGGCCTACGGGGGGTACAAGGCGGGCCGGGCCCCCACGCCGGAGGACTTTCCCC
GGCAACTCGCCCTCATCAAGGAGCTGGTGGACCTCCTGGGGCTGGCGCGCCTCGAGGTCCCGGGCTACGA
GGCGGACGACGTCCTGGCCAGCCTGGCCAAGAAGGCGGAAAAGGAGGGCTACGAGGTCCGCATCCTCACC
GCCGACAAAGACCTTTACCAGCTCCTTTCCGACCGCATCCACGCCCTCCACCCCGAGGGGTACCTCATCA
CCCCGGCCTGGCTTTGGGAAAAGTACGGCCTGAGGCCCGACCAGTGGGCCGACTACCGGGCCCTGACCGG
GGACGAGTCCGACAACCTTCCCGGGGTCAAGGGCATCGGGGAGAAGACGGCGAGGAAGCTTCTGGAGGAG
TGGGGGAGCCTGGAAGCCCTCCTCAAGAACCTGGACCGGCTGAAGCCCGCCATCCGGGAGAAGATCCTGG
CCCACATGGACGATCTGAAGCTCTCCTGGGACCTGGCCAAGGTGCGCACCGACCTGCCCCTGGAGGTGGA
CTTCGCCAAAAGGCGGGAGCCCGACCGGGAGAGGCTTAGGGCCTTTCTGGAGAGGCTTGAGTTTGGCAGC
CTCCTCCACGAGTTCGGCCTTCTGGAAAGCCCCAAGGCCCTGGAGGAGGCCCCCTGGCCCCCGCCGGAAG
GGGCCTTCGTGGGCTTTGTGCTTTCCCGCAAGGAGCCCATGTGGGCCGATCTTCTGGCCCTGGCCGCCGC
CAGGGGGGGCCGGGTCCACCGGGCCCCCGAGCCTTATAAAGCCCTCAGGGACCTGAAGGAGGCGCGGGGG
CTTCTCGCCAAAGACCTGAGCGTTCTGGCCCTGAGGGAAGGCCTTGGCCTCCCGCCCGGCGACGACCCCA
TGCTCCTCGCCTACCTCCTGGACCCTTCCAACACCACCCCCGAGGGGGTGGCCCGGCGCTACGGCGGGGA
GTGGACGGAGGAGGCGGGGGAGCGGGCCGCCCTTTCCGAGAGGCTCTTCGCCAACCTGTGGGGGAGGCTT
GAGGGGGAGGAGAGGCTCCTTTGGCTTTACCGGGAGGTGGAGAGGCCCCTTTCCGCTGTCCTGGCCCACA
TGGAGGCCACGGGGGTGCGCCTGGACGTGGCCTATCTCAGGGCCTTGTCCCTGGAGGTGGCCGAGGAGAT
CGCCCGCCTCGAGGCCGAGGTCTTCCGCCTGGCCGGCCACCCCTTCAACCTCAACTCCCGGGACCAGCTG
2. Thiết kế mồi
Ta chọn đoạn gen bảo thủ như đã nêu ở trên chạy trên phần mềm Primer 3
Máy trả về hình ảnh với các dữ liệu ta sẽ khai thác được như sau
ADDITIONAL OLIGOS
start len tm gc% any 3' seq
1 LEFT PRIMER 64 18 61.77 66.67 4.00 0.00 CTGGCCTACCGCACCTTC
RIGHT PRIMER 1035 20 60.46 55.00 7.00 2.0CAGGTCCCTGAGGGCTTTAT
PRODUCT SIZE: 972, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
Mồi ngược
4. Chạy thử PCR
Chạy trên phần mềm http://www.bioinformatics.org/sms2/pcr_products.html
- Ta coppy đoạn gen cần chạy
- Đưa mồi xuôi vào ô bên cạnh T7
- Đưa mồi ngược vào ô been cạnh T3
phản ứng chạy PCR ta thu được đoạn gen như sau :
>969 bp product from linear template Untitled, base 72 to base 1040 (T7 - T3).
GCCTACCGCACCTTCCACGCCCTGAAGGGCCTCACCACCAGCCGGGGGGAGCCGGTGCAG
GCGGTCTACGGCTTCGCCAAGAGCCTCCTCAAGGCCCTCAAGGAGGACGGGGACGCGGTG
ATCGTGGTCTTTGACGCCAAGGCCCCCTCCTTCCGCCACGAGGCCTACGGGGGGTACAAG
GCGGGCCGGGCCCCCACGCCGGAGGACTTTCCCCGGCAACTCGCCCTCATCAAGGAGCTG
GTGGACCTCCTGGGGCTGGCGCGCCTCGAGGTCCCGGGCTACGAGGCGGACGACGTCCTG
GCCAGCCTGGCCAAGAAGGCGGAAAAGGAGGGCTACGAGGTCCGCATCCTCACCGCCGAC
AAAGACCTTTACCAGCTCCTTTCCGACCGCATCCACGCCCTCCACCCCGAGGGGTACCTC
ATCACCCCGGCCTGGCTTTGGGAAAAGTACGGCCTGAGGCCCGACCAGTGGGCCGACTAC
CGGGCCCTGACCGGGGACGAGTCCGACAACCTTCCCGGGGTCAAGGGCATCGGGGAGAAG
ACGGCGAGGAAGCTTCTGGAGGAGTGGGGGAGCCTGGAAGCCCTCCTCAAGAACCTGGAC
CGGCTGAAGCCCGCCATCCGGGAGAAGATCCTGGCCCACATGGACGATCTGAAGCTCTCC
TGGGACCTGGCCAAGGTGCGCACCGACCTGCCCCTGGAGGTGGACTTCGCCAAAAGGCGG
GAGCCCGACCGGGAGAGGCTTAGGGCCTTTCTGGAGAGGCTTGAGTTTGGCAGCCTCCTC
CACGAGTTCGGCCTTCTGGAAAGCCCCAAGGCCCTGGAGGAGGCCCCCTGGCCCCCGCCG
GAAGGGGCCTTCGTGGGCTTTGTGCTTTCCCGCAAGGAGCCCATGTGGGCCGATCTTCTG
GCCCTGGCCGCCGCCAGGGGGGGCCGGGTCCACCGGGCCCCCGAGCCTTATAAAGCCCTC
AGGGACCTG
Kết quả giao diện thể hiện trên hình như sau
Nhận thấy đoạn gen được nhân có độ tương đồng và giống nhau tuyệt đối là 100% so với DNA
taq polymerase. Vậy có thể kết luận đã thiết kế mồi thành công và nhân gen thành công.
III,Kết luận
Ta nhận thấy đoạn gen của DNA polymerase từ Thermus aquaticus khá bảo thủ.Khi thiết
kế mồi,cả mồi xuôi và mồi ngược đều có trình tự đặc trưng cho đoạn gen của DNA polymerase
và sản phẩm PCR cũng được BLAST cho ra kết quả về độ tương đồng và giống nhau tuyệt đối
với đoạn gen ban đầu là 100%.Từ đó có thể kết luận đã tách dòng thành công DNA polymerase
từ Thermus aquaticus