GIXS: hands-on data analysis

Joe  Strzalka  
Beamline  8-­‐ID-­‐E  
Time-­‐Resolved  Research,  X-­‐ray  Science  Division  
Advanced  Photon  Source  
 
strzalka@anl.gov            630-­‐252-­‐0283  
 
 
 
Outline

  GIXS  at  8-­‐ID-­‐E  of  the  APS  

  GIWAXS  by  inspecOon:  ordering  and  orientaOon  
  GIWAXS  linecuts:  d-­‐spacing  and  resoluOon  
–  Also:  paracrystallinity  
  Different  representaOons  of  GIWAXS  data  
  Determining  texture  and  crystallinty    
  SoTware:  GIXSGUI  
  Conclusions  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  

2  
 GIXS at Beamline 8-ID-E of the APS

2.2  m  GISAXS  

upstream  

0.2  m  GIWAXS  
  GIWAXS:  mostly  in  air,  0.2  m,  vacuum  for  
  Undulator-­‐based  (2  x  APS  Undulator  A;)   thermal  annealing  (qz,  qy  <  2.2  Å-­‐1  )  
  Single  bounce  monochromator  (fixed  E)       Pilatus  1M  fast  opOon,  135  frames/sec  
–   7.35keV  [Si(111)]  
  High-­‐resoluOon  reflecOvity  for  qz  <  0.2  Å-­‐1  
  No  focusing,  high  q-­‐space  resoluOon  
  Sample  environment  
  Typical  flux:  5x1010  photon/s    100  (h)  x  50  (v)  μm2   –  Vacuum  sample  chamber  (-­‐20  to  230  °C)  
  Transverse  coherence  length:  5  (h)  x  140  (v)  μm2     –  High-­‐temperature  oven  (750  °C)  in  air  
–  XPCS  with  contrasts  of  ~40%   –  Humidity  controlled  chambers  
  GISAXS:  Adjustable  vacuum  flight  path  length                       –  Filmetrics  UV  for  thickness  monitor  
(1.5  –  2.2m)  →qmax  ≈  0.14-­‐0.2  Å-­‐1     Liquid  scauering  geometry  (Olt  <  0.5°)  
–  Langmuir  trough  
2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  
Z.  Jiang,  X.  Li,  J.  Strzalka,  et  al;  J.  Synchr.  Rad.  19  627-­‐636  (2012).   3  
Grazing Incidence X-ray Scattering (GIXS)
conventions

  area  detector  
  pixels  ↔  ​"   
  in-­‐plane:    ​"↓%   
  out-­‐of-­‐plane:    ​"↓&     

Only    for  specular  condiOon  

​α↓' =​α↓(   
 
 ​"↓) =0  

 Images:  Prof.  Andreas  Meyer,  U.  Hamburg,,  www.gisaxs.de  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  

4  
8-ID-E also hosts high-resolution x-ray reflectivity
qz  =  kf  -­‐ki   • Point  detector  and  collimaOon  measure  
strictly  along  qz  =  (4π/λ)sin(α)  
ki   kf   • ResoluOon  constant  over  enOre  q-­‐range  
αi   αf=αi  
 

0
10
1

0.8
  ReflecOvity  from  a  ~800nm  polymer  
-1
10 film  supported  on  Si  
0.6
Reflectivity

  Total  external  reflecOon  occurs  at  

-2
0.4
small  angles  (grazing  incidence)  
Standing  waves  
10
Reflectivity

0.2
Wave  guide  effect   –  One  criOcal  angle  for  the  polymer  
-3 0
film  αcp  
10 0.02 0.025 0.03 0.035
qz (A -1) –  One  criOcal  angle  for  the  Si  support  
αcSi  
qz  resolu,on  <  0.001  A-­‐1  
-4
10
–  GIXS  usually  αcp  <  αi    <  αcSi    (penetrate  
thin  film  but  not  substrate  →  surface  
-5
resolve  films  up  to  1  μm  thick!     sensiOvity)  
10
0.02 0.04 0.06 0.08 0.1 0.12 0.14 0.16 0.18 0.2
qz (A-1)

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  

5  
GIWAXS by Inspection: Ordering
GIWAXS  from  pBTTT  

isotropic  

as  cast  
textured/oriented    
with  broad  distribuOon  

highly-­‐oriented   annealed  

Adapted  from  DeLongchamp,  Kline,  Fisher,  Richter,  and  Toney,  Adv.  Mater.  23  319-­‐337  (2011).  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  

6  
GIWAXS by Inspection: orientation

P3HT  GIWAXS  

Crystal  Structure  
Edge-­‐on     Face-­‐on  

Adapted  from  DeLongchamp,  Kline,  Fisher,  Richter,  and  Toney,  Adv.  Mater.  23  319-­‐337  (2011).  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  

7  
Linecuts in GIXS Patterns Quantify Structure

VerOcal  linecut  →  out  of  plane  structure  

 

Horizontal  linecut  →    in  plane  structure  

 

Fits  help  quanOfy  peak  center,  linewidth  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis   Wei  Chen  et  al;    Nano  Le7.    2011,  11,  3707-­‐3713.  
8  
Linecuts in GIXS Patterns Quantify Structure

+  

VerOcal  linecut  →  out  of  plane  structure   Linewidths  correspond  to  grain  size,  but  
 

Horizontal  linecut  →    in  plane  structure   can  also  be  affected  by  disorder.  
 

Fits  help  quanOfy  peak  center,  linewidth  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis   Wei  Chen  et  al;    Nano  Le7.    2011,  11,  3707-­‐3713.  
9  
Lattice Disorder Affects Linewidths

Crystalline  system    (non-­‐cumulaOve  disorder):    grain  size  determines  linewidth.  

Paracrystalline  system  (cumulaOve  disorder):        coherence  length  ≠  grain  size.  
Need  to  measure  more  than  one  order  to  determine  grain  size.  
 Rivnay;    Mannsfeld;    Miller;    Salleo;    Toney;  Chem.  Rev.    112,  5488-­‐5519  (2012)  
2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  
10  
Quantifying Linewidths on an Area Detector
The  coherence  length  of  a  parOcular  reflecOon  (hkl)  
         Dhkl  =  2πK/Δqhkl  
 K:    geometry-­‐dependent  constant  (0.866  for  lamellae)  
 λ:      x-­‐ray  wavelength  (1.6868  Å,  7.35  keV)  
 

The  experimental  width,  Δqexp,  must  be  corrected  for  the  resoluOon  Δqres  
         Δqhkl    =  ((Δqexp)2–  (Δqres)2)1/2    
 

The  resoluOon  is  dominated  by  the  geometry  of  the  area  detector,  related  to  the  
angular  resoluOon,  Bres.      For  qz  direcOon:  
   Δqres=  (4π/λ)cos(αf/2)(Bres/2)  
 

           Bres  =    Bgeo  =    w  tan(αf)/L  

   L:  specimen-­‐detector  distance  (204  mm)  
   αf:  scauering  angle  in  the  scauering  plane  
   w:  footprint  on  sample  (~  6  mm)  
     20  μm  verOcal  slits    (200  μm  horizontal  slits)  
       αi:  incident  angle  (0.2°)  
     w  =  20  μm/sin(0.2°)  ≈  6  mm  
 
VerEcal    s   lit  size  determines  the  resoluEon.  
  Smilgies,  J.    Appl.  Cryst.  42  1030-­‐1034  (2009)  
2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  
11  
 Representing GIWAXS data

Diagram:  www.gisaxs.de  
Prof.  Andreas  Meyer,  U.  Hamburg  

YHL_temp1_P3HTbPFOp172_th0.15_cool_100c_001_GapFilled.tif YHL_temp1_P3HTbPFOp172_th0.15_cool_100c_001_GapFilled.tif

100

200
30

300
25
400
20

α (deg)
y pixel

500

f
600 15

700 10

800 5

900 0

1000

200 400 600 800 -30 -20 -10 0

x pixel 2θ (deg)

Data:  Rafael    Verduzco    group,  Rice  University  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  
Angle  representaOon  I(2θ,  αf)  correct,  
but  limits  informaOon   12  
 Representing GIWAXS data

Diagram:  www.gisaxs.de  
Prof.  Andreas  Meyer,  U.  Hamburg  

YHL_temp1_P3HTbPFOp172_th0.15_cool_100c_001_GapFilled.tif YHL_temp1_P3HTbPFOp172_th0.15_cool_100c_001_GapFilled.tif

100
2
200

300

400 1.5

~​"↓&   (​Å↑−1 )  
qz (A-1)
y pixel

500

1
600

700
0.5
800

900 0

1000

200 400 600 800 -2 -1.5 -1 -0.5 0

x pixel -1
qy (A )

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  

Q-­‐space  representaOon  I(qy,  qz)  oTen  
convenOonal,  but  not  correct.   13  
 Representing GIWAXS data

Diagram:  www.gisaxs.de  

Map  of  constant  qr  values  in  pixel  space.   Prof.  Andreas  Meyer,  U.  Hamburg  

YHL_temp1_P3HTbPFOp172_th0.15_cool_100c_001_GapFilled.tif

6
1.357

81
6
1.6275

1.08
1.898

0.
100
2
200

55
54
0.
300

0.54
400 1.5

55
0.816
1.0865
1.357

0.2
qz (A-1)
y pixel

1.627 5
500

1.898

75
1
600

0.5455
2.1685

0.275
700
0.5
800

0.816
1.0865

0.275
1.357
900 0

1.898
1000

200 400 600 800 -2 -1.5 -1 -0.5 0

x pixel -1
qy (A )

Features    follow  contours  of  equal  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis   ​"↓+ =  √⁠​"↓) ↑2 +​"↓% ↑2    
14  
 Representing GIWAXS data

Reshaping  the  data  into  I(qr,  qz)  

makes  relaOonship  between   Diagram:  www.gisaxs.de  
Prof.  Andreas  Meyer,  U.  Hamburg  

reflecOons  more  clear.  

YHL_temp1_P3HTbPFOp172_th0.15_cool_100c_001_GapFilled.tif
2

6
1.357

81
6
1.6275

1.08
1.898

0.
1.8
2
1.6

55
54
0.
1.4

0.54
1.2 1.5

55
0.816
qz (A-1)

1.0865
1.357

0.2
qz (A-1)
1

1.627 5
1.898

75
0.8 1

0.5455
2.1685

0.275
0.6
0.5
0.4

0.816
0.2

1.0865

0.275
1.357
0

1.898
0
0 0.5 1 1.5 2
-1 -2 -1.5 -1 -0.5 0
qr (A )
-1
qy (A )

Features    at  constant  qr    follow  straight  lines.   Features    follow  contours  of  equal  
2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis   ​"↓+ =  √⁠​"↓) ↑2 +​"↓% ↑2    
15  
 Representing GIWAXS data

Further  reshaping  into  I(χ,q)  very  

useful  for  comparing  arcing  features   Diagram:  www.gisaxs.de  
Prof.  Andreas  Meyer,  U.  Hamburg  

1.8 1.66

1.6
1.33
1.4

χ  
1.2

q / A-1
1.00
qz (A-1)

0.8
0.66
0.6

0.4 qtot   qz   0.33

0.2

0 0.00
qr  
0 0.5 1 1.5 2 10 20 30 40 50 60 70 80 90
qr (A ) -1 chi / deg

Ordinate  is  now  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  
​"↓-.- =  √⁠​"↓+ ↑2 +​"↓& ↑2    
16  
Representing GIWAXS data: sector plots

Sector  plot  shows  different  crystalline  forms.    

 Rogers,  Schmidt,  Toney,  Kramer,  and  Bazan,  Adv.  Mater.  23  2284-­‐2288  (2011).  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  

17  
Filling in the GIWAXS “blind spot”

Baker;  Jimison;  Mannsfeld;    Volkman;  Yin;  Subramanian;  Salleo;    Alivisatos;    Toney;  Langmuir    26,  9146-­‐9151  (2010).  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  

18  
 Constructing Pole Figures

SOtch  together  linecuts    

GIWAXS  +  specular  +  rocking  curve  →  pole  figure  I(χ)
IntegraOng  I(χ) gives Degree of Crystallinty  
 
 Baker  et  al;  Langmuir    26,  9146-­‐9151  (2010)  
 Rivnay;    Mannsfeld;    Miller;    Salleo;    Toney;  Chem.  Rev.    112,  5488-­‐5519  (2012)  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  

19  
GIXSGUI software package

GIXSGUI  by  Zhang  Jiang  is  a  Matlab  package  for  GIXS  data  visualizaOon  and  reducOon.  

•  Display  2-­‐D  data  (pixel-­‐,  angle-­‐  or  q-­‐

space)  
•  Apply  correcOons    
•  Calibrate  detector  distance  from  
standard  data  
•  Compute  linecuts  
•  Sum/average  2-­‐d  files  
•  InteracOve  GUI    
•  Fully  scriptable  

Available  for  download  (requires  Matlab  license  to  run):  hup://www.aps.anl.gov/

Sectors/Sector8/OperaOons/GIXSGUI.html  
2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  
20  
GIXSGUI software package

GIXSGUI  by  Zhang  Jiang  is  a  Matlab  package  for  GIXS  data  visualizaOon  and  reducOon.  

Under  development:  
•  ReflecOon  indexing  
YHL_temp1_P3HTbPFOp172_th0.15_cool_100c_001_GapFilled.tif

-570
470
370 270
-170
170

-560
1.5 460 360 260 -160
160
060

-550

(A-1)
450 350

-1
250 150

qz (A
-540 440
1 340 240 140 040

-530 430 330 230 130

-520
0.5 420 320 220 120 020

-510 410 310 210 110

0 400 200 000

-2 -1.5 -1 -0.5 0
Available  for  download  (requires  Matlab  license  to  run):  hup://www.aps.anl.gov/
-1
q (A )
y y
-1

Sectors/Sector8/OperaOons/GIXSGUI.html  
2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  
21  
References
  “Microstructural  CharacterizaOon  and  Charge  Transport  in  Thin  Films  of  Conjugated  
Polymers,”  Alberto  Salleo,  R.  Joseph  Kline,  Dean  M.  DeLongchamp,  Michael  L.  Chabinyc    
  “Molecular  CharacterizaOon  of  Organic  Electronic  Films,”  Dean  M.  DeLongchamp,  R.  Joseph  
Kline,  Daniel  A.  Fisher,  Lee  J.  Richter,  Michael  F.  Toney,  Adv.  Mater.    23(3)  319-­‐337  (2011)  
  “QuanOtaOve  DeterminaOon  of  Organic  Semiconductor  Microstructure  from  the  Molecular  
to  the  Device  Scale,”  Jonathan  Rivnay,  Stefan  C.  B.  Mannsfeld,  Chad  E.  Miller,  Alberto  Salleo,  
Michael  F.  Toney,  Chem.  Rev.  ,  112(10)  5488-­‐5519  (2012).  
  “QuanOficaOon  of  Thin  Film  Crystallographic  OrientaOon  Using  X-­‐ray  DiffracOon  with  an  Area  
Detector,”  Jessy  L.  Baker,  Leslie  H.  Jimison,  Stefan  Mannsfeld,  Steven  Volkman,  Shong  Yin,  
Vivek  Subramanian,  Alberto  Salleo,  A.  Paul  Alivisatos  and  Michael  F.  Toney,  Langmuir,  26(11)  
9146-­‐9151  (2010).  
  “Structural  Order  in  Bulk  HeterojuncOon  Films  Prepared  with  Solvent  AddiOves,”  James  T.  
Rogers,  KrisOn  Schmidt,  Michael  F.  Toney,  Edward  J.  Kramer  and  Guillermo  C.  Bazan,  Adv.  
Mater.  23(20)  2284-­‐2288  (2011).  
  “Scherrer  grain-­‐size  analysis  adapted  to  grazing-­‐incidence  scauering  with  area  detectors,”  
Detlef  Smilgies,  J.  Appl.  Cryst.  42  1030-­‐1034  (2009).    
  "Hierarchical  Nanomorphologies  Promote  Exciton  DissociaOon  in  Polymer/Fullerene  Bulk  
HeterojuncOon  Solar  Cells,”    Wei  Chen,  Tao  Xu,  Feng  He,  Wei  Wang,  Cheng  Wang,  Joseph  
Strzalka,  Yun  Liu,  Jianguo  Wen,  Dean  J.  Miller,  Jihua  Chen,  Kunlun  Hong,  Luping  Yu,  Seth  B.  
Darling,  Nano  Le7.  11(9)  3707-­‐3713  (2011).  

2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  

22  
Summary
  GIWAXS  data  reveal  
–  Ordering  
–  OrientaOon  
–  d-­‐spacing    
–  (para)crystalline  disorder  and  someOmes  grain  size  
  GIWAXS  supplemented  with  local  specular  data  gives  quanOtaOve  orientaOon  
distribuOon  (pole  figure)  
  Reshaping  the  data  highlights  different  aspects  
  GIXSGUI  (Zhang  Jiang)  is  Matlab-­‐based  soTware  for  GIXS  data  visualizaOon  and  
reducOon  
Acknowledgments
Thanks  to  Zhang  Jiang,  Jin  Wang,    Alec  Sandy,  Suresh  Narayanan.      CollaboraOons  and  
interacOons  with  Prof.  Ed  Kramer  (UCSB),  Prof.  Lin  X  Chen(Northwestern/Argonne),  Dr.  
Seth  Darling  (CNM  Argonne),  Dr.  Wei  Chen  (CNM  Argonne),  Prof.  Rafael  Verduzco  (Rice)  
are  gratefully  acknowledged.      Use  of  the  APS  is  supported  by  the  U.  S.  Department  of  
Energy,  Office  of  Science,  Office  of  Basic  Energy  Sciences,  under  Contract  No.  DE-­‐
AC02-­‐06CH11357.  
Thank  you  for  your  auenOon!  
2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  
23  
Introduction to GIXSGUI

Joseph  Strzalka  
strzalka@aps.anl.gov  
 
GIXSGUI  by  Zhang  Jiang  
Downloading GIXSGUI
  GIXSGUI  is  a  Matlab  package  available  for  download:  
www.aps.anl.gov/Sectors/Sector8/OperaOons/GIXSGUI.html  
  Use  requires  license  for  Matlab  (DistribuOon  2010a  or  newer).  

IntroducOon  to  GIXSGUI  

25  
Setting up GIXSGUI
  Unzip  the  .zip  file.    The  doc  subfolder  contains  doc.pdf,  documentaOon  for  
GIXSGUI.  
  Start  Matlab.  
  Modify  your  path:  Set  Path  →Add  with  Subfolders  →  <Select  the  path  for  
GIXSGUI>  →  Save  

IntroducOon  to  GIXSGUI  

26  
Starting GIXSGUI
  Enter  gixsgui  into  the  command  window.  

IntroducOon  to  GIXSGUI  

27  
Loading GIXSGUI parameters from a file
  For  an  exisOng  parameter  file:  
–  Load  the  path  for  your  2-­‐D  data  files.  
–  Load  the  parameter  file.  
 

IntroducOon  to  GIXSGUI  

28  
Loading GIXSGUI parameters from a file
  ATer  loading,    
–  Parameters  appear  
–  Flat  field  data  and  mask  data  are  read  in  

29  

IntroducOon  to  GIXSGUI  

Displaying 2-D data in GIXSGUI
  Select  a  file  in  the  path  list  box  
–  Double  click  on  the  filename  OR  
–  Click  the  Add  buuon  
–  Image  appears  
–  Adjust  color  scale  with  controls  
–  Control  axes  with  Axis  label  menu  
–  Make  new  se‹ngs  default  with  Set  as  
Default  buuon  
 

30  

Clim  min  =  10  

Clim  max  =  10000  
Axis  label    =  q  
IntroducOon  to  GIXSGUI  
Applying simple linecuts
  Data  processing  buuon  calls  up  new  window  
  For  Constrained  linecut,  set  X  variable,  Constraints,  enter  #  of  points  in  the  result  
and  set  the  Linecut  plot  scale  
  Click  Constrained  Image  to  see  the  region  included  in  the  integraOon  
  Click  Cut  to  produce  the  linecut  
  Note:  linecut  is  performed  on  whichever  image  is  selected  in  the  list  box.  

IntroducOon  to  GIXSGUI  

31  
Example Linecut

  Se‹ngs  on  previous  slide  produce  the  Constrained  Image  (leT)  and  the  linecut  
(right)  below.  

IntroducOon  to  GIXSGUI  

32  
2014  ACA  MeeOng:  WK02  GISAXS  Theory  &  Analysis  
33