See discussions, stats, and author profiles for this publication at: https://www.researchgate.

net/publication/281456576

Docking Molekular Terbalik dari Senyawa Zerumbon (Reverse Molecular

Docking of Zerumbone)

Conference Paper · April 2014

CITATIONS READS

0 924

6 authors, including:

Broto Santoso Dedi Hanwar

Universitas Muhammadiyah Surakarta Universitas Muhammadiyah Surakarta
21 PUBLICATIONS   3 CITATIONS    18 PUBLICATIONS   4 CITATIONS   

SEE PROFILE SEE PROFILE

Andi Suhendi
Universitas Muhammadiyah Surakarta
44 PUBLICATIONS   34 CITATIONS   

SEE PROFILE

Some of the authors of this publication are also working on these related projects:

Zerumbone Development View project

I'm working the research on anti-diabetic and anti-inflammatory of extract from Channa striata fish and some Indonesian medicinal plants View project

All content following this page was uploaded by Dedi Hanwar on 04 September 2015.

The user has requested enhancement of the downloaded file.

 Docking Molekular Terbalik dari Senyawa Zerumbon
 
 
Reverse Molecular Docking of Zerumbone
 
 
Broto Santoso*, Dedi Hanwar, Andi Suhendi, Ika Trisharyanti Dian Kusumowati,
Rosita Melannisa
Faculty of Pharmacy, Universitas Muhammadiyah Surakarta
*Broto.Santoso@ums.ac.id
 
 
ABSTRACT
 
Background: Main compounds contained in Zingiber zerumbet are zerumbone and two
of its derivates, humulen and epoxy-humulen. Previous research for its antioxidant
activity using DPPH did not showed the better potency from the activity of known
compounds. However zerumbone has stated several researchers have a variety of
biological activities. Reverse molecular docking can be used to determine how close the
predictions are given for a variety of biological activities claimed.
Methods: The study was conducted in a way, all protein targets acquired from
www.pdb.org and can represent the chosen biological activity and target ligand
(zerumbone and its derivatives gained from PubChem) were prepared using Chimera,
including protein spheres calculations. Dock6 software that achieved from
http://dock.compbio.ucsf.edu was used for computing the gridbox of binding site pockets
of protein and binding activity of the target protein-ligand. Molecular docking was
performed to the native ligand of the target protein and three compounds of zerumbone
using Dock6 to 59-target protein.
Results: The results showed that RMSD value of native ligands obtained from
molecular docking have suited the requirement compared to its crystallography
product. All of zerumbone have the ligand-protein binding score improved sequentially
in 2QAK protein (protein of HIV-1 PR mutant is one of the successful crystallography
result of HIV protease ligands with nelfinavir), 4NOS (protein of the human inducible
nitric oxide synthase inhibitor with antioxidant activity that represented the mechanism
of enzyme inhibition nitric oxide synthase), 3D9C (crystal structure of PTP1B complex
acids with aryl Seleninic representing anti-diabetic activity through the mechanism of
inhibition of tyrosine phosphorylation) and 1D6N (ternary complex structure of human
HGPRTase, PRPP, Mg2+ and the inhibitor HPP reveals the involvement of the flexible
loop in substrate binding is the enzyme hypoxanthine phosphoribosyltransferase
(HGPRTase) which is responsible for rheumatic arthritis).
Conclusions: The research proves that zerumbone allegedly still has antioxidant
activity, anti-HIV, anti-diabetic and anti-arthritic with a particular mechanism in
accordance with the target protein. Further research on the four modeling activities
must be carried out in the laboratory to validate the reverse approach to molecular
docking.
 
Keywords: Zerumbone, Reverse Molecular Docking, Dock6, Chimera, Ligand-Protein.
 

  1  
 PENDAHULUAN dalam hal ini dipilih secara in silico. Studi
  ini pun diharapkan dapat menjembatani
Zerumbon (ZER) beserta dua
pendekatan mekanisme aksi dari beberapa
molekul ikutannya, yaitu hidroksi humulen
aktivitas biologis yang dimiliki oleh
(HH) dan epoksi humulen (EPH) dapat
zerumbon atau didapatkan aktivitas biologis
diperoleh dari ekstraksi Zingiber zerumbet.
lainnya. Studi in silico dilakukan dengan
Beberapa peneliti menyatakan bahwa
metode molecular docking menggunakan
zerumbon memiliki aktivitas biologis yang
perangkat lunak Dock6 (diperoleh dari
berguna untuk pengobatan, diantaranya
http://dock.compbio.ucsf.edu) dalam sistem
adalah sebagai antikanker, antioksidan,
operasi Ubuntu (virtual).
anti inflamasi, antipiretik, antibakteri,
antimalaria dan antiviral (Sriphana et al.,
2013; Singh et al., 2012; Sutthanont et al., SUBJEK DAN METODE
 
2010). Perangkat keras yang digunakan
Hasil penelitian sebelumnya untuk dalam penelitian ini adalah seperangkat
sifat antioksidan zerumbon melalui komputer dengan spesifikasi prosesor Intel
mekanisme penangkapan radikal bebas QuadCore Q6600 2,4GHz dengan random
menggunakan metode DPPH diperoleh access memory (RAM) 8 GB dan video
hasil yang kurang baik, yaitu % inhibisi graphic adapter (VGA) NVidia GT520
untuk ekstrak rimpang dan daun berturut- dengan sistem operasi Linux Ubuntu
turut adalah 2123 dan 326,24 ppm secara virtualisasi. Perangkat lunak yang
(Hanwar et al., 2012). Hal ini digunakan adalah Dock6, Chimera,
dimungkinkan terjadi karena reaksi OpenBabel, LigPlot+ dan PyMOL.
penangkapan radikal bebas DPPH oleh Metodologi penelitian yang
zerumbon tidak dapat mewakili aktivitas dilakukan secara singkat dapat diuraikan
antioksidan zerumbon yang telah diteliti sebagai berikut: semua protein target yang
sebelumnya oleh Giang et al. (2009). diperoleh dari www.pdb.org (maksimal
Mekanisme antioksidan zerumbon yang resolusi kristal adalah 2,5 Å) dipreparasi
dilaporkan tersebut adalah melalui menggunakan perangkat lunak Chimera
penghambatan pembentukan NO dalam untuk memisahkan antara protein dan
lipopolisakarida. ligannya kemudian dilakukan penambahan
Aktivitas antioksidan zerumbon hidrogen dan muatan menggunakan script
yang tidak terekspresikan oleh uji DPPH DockPrep. Chimera pun digunakan untuk
menjadi landasan diperlukan studi lainnya, melakukan preparasi dalam proses

  2
 
 kalkulasi sphere dari protein untuk
mendapatkan file DMS yang digunakan
pada tahap molecular docking. Molekul
zerumbon, hidroksi humulen dan epoksi
humulen diperoleh dari database
PubChem dan dilakukan preparasi
menggunakan Chimera dan digabungkan
menjadi satu file menggunakan bantuan
OpenBabel.
Perhitungan sphere dilakukan
menggunakan Chimera dan dilanjutkan
dengan penentuan gridbox (area terpilih
untuk melakukan docking berdasarkan
posisi dari ligan asli) dari protein target
dan dilakukan validasi proses molecular
docking menggunakan perangkat lunak
Dock6. Sistem terpilih adalah jika nilai
RMSD dari konformasi 3 dimensi (3D)
ligan asli dari protein hasil molecular
docking yang diperoleh mendekati nilai 0
atau dengan kata lain posisi 3D ligan
hasil molecular docking mendekati posisi
3D dari ligan kristalnya. Nilai RMSD
diperoleh dengan melakukan alignment
kedua molekul dengan PyMOL.
ZER
Gambar 1. Konformasi 3D zerumbon (ZER), hidroksi humulen (HH) dan epoksi humulen (EPH) dari
PubChem.
 
Zerumbon dan turunannya dilakukan
molecular docking dengan sistem terpilih
tersebut menggunakan Dock6.
Visualisasi 3D hasil menggunakan
Chimera (Gambar 1), untuk interaksi ligan
zerumbon dan turunannya terhadap protein
terpilih secara 3D menggunakan PyMOL
(Gambar 2, 6, 8, 10 dan 12) dan interaksi
2D ligan-protein menggunakan LigPlot+
(Gambar 5, 7, 9, 11, 13) menunjukan
residu-residu protein yang terlibat.
HASIL
Konformasi 3D dari zerumbon dan
turunan hidroksi atau epoksi (Gambar 1)
memperlihatkan perbedaan posisi semua
atom-atom penyusunnya. Keberadaan
atom oksigen (warna merah) dan jumlah
atom hidrogen (warna putih) sangat
berkontribusi dalam penampakan molekul
3D. Hal ini mempengaruhi fleksibilitas
molekul ketika dilakukan molecular
docking karena residu pembentuk area
binding site pocket protein target bersifat
rigid (tetap) menggunakan Dock6.
HH EPH
3
 Gambar 2. Contoh hasil validasi ligan-protein: 1BZY, hijau=ligan hasil kristalografi dan merah
muda=ligan hasil molecular docking dengan Dock6 (HA_RMSD = 0.20217, RMSD = 0.067).

Validasi konformasi 3D telah lunak Dock. Salah satu contoh terdapat

dilakukan terhadap molekul ligan asli yang pada Gambar 2 yang merupakan ligan
menyertai protein target hasil kristalografi kuanosin-5-fosfat modifikasi dari protein
dengan konformasi 3D hasil dari target hipoksantin-guanin fosforibosil-
perhitungan molecular docking perangkat transferase pada manusia.

Gambar 3. Hasil molecular docking (-Log10 Dock6 Score (kkal/mol)) antara ligan (L_Protein, biru)
dalam kristal protein target (diperoleh dari www.pdb.org), zerumbone (ZER, merah), hidroksi-humulen
(HH, hijau) dan epoksi-humulen (EPH, ungu) yang diperoleh dari database PubChem dengan berbagai
protein yang mewakili mekanisme obat sebagai antioksidan (6 protein), analgesik (7 protein), antibakteri
terhadap Staphylococcus aureus (10 protein), anti-diabetes (9 protein), anti-rematik (4 protein),
antihipertensi (5 protein), anti inflamasi (5 protein), antimalaria (2 protein) dan antiviral (11 protein).

  4  
 Skrining molecular docking Kelompok penyakit dari protein
memberikan hasil seperti pada Gambar 3. target yang digunakan adalah analgesik
Zerumbon dan dua senyawa turunannya (1S2A, 2BXG, 2BXK, 2BXM, 2ZB8,
menunjukkan energi ikatan yang terbaik 3ADS, 3ADX), antioksidan (1JNK,
hanya pada 4 protein target yang mewakili 1TDI, 1YVL, 3LJR, 4NOS, 18GS),
4 jenis penyakit dari 59 protein target uji antimikrobial S. aureus (2ZCP, 2ZCQ,
(terbagi dalam 9 kelompok penyakit), 2ZCR, 2ZCS, 2ZY1, 3ACW, 3ACX,
yaitu: 4NOS (aktivitas antioksidan melalui 3ACY, 3ADZ, 4F6X), anti-diabetes
penghambatan enzim nitritoksida sintase), (2QBQ, 2QBR, 2QBS, 2ZMM, 2ZN7,
3D9C (aktivitas antidiabetes melalui 3CWE, 3D9C, 3EAX, 3EB1), anti-
mekanisme penghambatan fosforilasi rematik (1BZY, 1D6N, 2JHK, 2JHL),
tirosin), 1D6N (hypoxanthine phospho- antihipertensi (3K1W, 3OWN, 3Q4B,
ribosyltransferase atau HGPRTase yang 3Q5H, 3SFC), antiinflamasi (1J1A,
bertanggung jawab terhadap artritis 1KQU, 2OFU, 3DPK, 3V99),
rematik) dan 2QAK (enzim protease HIV antimalaria (1V0O, 1V0P) dan anti-HIV
yang berhasil dikristalografi bersama ligan (1EBY, 1T7K, 2QAK, 2Z4O, 3B7E,
nelfinavir). 3CKZ, 3CL0, 3NU3, 3OXC, 3S43,
Zerumbon dan epoksi humulen 3S53).
memberikan energi ikatan ligan-protein Energi ikatan antara ligan dan
sangat rendah dibandingkan hidroksi protein dinyatakan dalam –Log(Dock6
humulen pada protein target 4F6X (enzim Score) sehingga akan diperoleh nilai
dehidroskualen sintase (crtm) S. aureus). akhir yang positif.

 
Gambar 4. Keterkaitan antara deskriptor ligan (molecule polarizability, LogP dan molecule volume)
dengan hasil docking (Dock6 Score beserta nilai –Log-nya) ligan (zerumbon, hidroksi humulen dan
epoksi humulen) dan protein (4NOS, 3D9C, 1D6N dan 2QAK).

  5
 
 Hubungan antara besaran tiga
deskriptor ligan ketiga molekul uji dengan
nilai perolehan energi ikatan ligan-protein
(kkal/mol dan –Log-nya) pada keempat
protein target terpilih dipaparkan dalam
Gambar 4. Interaksi kimia antara molekul-
molekul uji dengan residu-residu (asam
amino) dari protein-protein target terpilih
ditunjukkan pada Gambar 5, 7, 9 dan 11.
Beberapa interaksi kimia yang terjadi
dapat berupa interaksi hidrofobik dan
interaksi ikatan hidrogen.

 
Gambar 5. Interaksi ligan ZER, HH dan EPH dengan residu protein 4NOS.

 
Gambar 6. Konformasi 3D interaksi antara ligan ZER, HH dan EPH dengan protein 4NOS.

 
Gambar 7. Interaksi ligan ZER, HH dan EPH dengan residu protein 3D9C.

  6  
  
Gambar 8. Konformasi 3D interaksi antara ligan ZER, HH dan EPH dengan protein 3D9C.

 
Gambar 9. Interaksi ligan ZER, HH dan EPH dengan residu protein 1D6N.

 
Gambar 10. Konformasi 3D interaksi antara ligan ZER, HH dan EPH dengan protein 1D6N.

  7  
  
Gambar 11. Interaksi ligan ZER, HH dan EPH dengan residu protein 2QAK.

 
Gambar 12. Konformasi 3D interaksi antara ligan ZER, HH dan EPH dengan protein 2QAK.

Tabel 1. Residu-residu protein target yang berinteraksi dengan ligan uji (ikatan hidrogen=garis bawah,
residu sama=ditebalkan, residu mirip ligan asli=latar gelap dan selainnya adalah interaksi hidrofobik).
PDB-id ZER HH EPH
4NOS Hem422, Gln181, Arg299, Hem422, Gln181, Val270, Hem422, Gln181, Arg184,
Asp300, Asp303, Arg306, Asp300, Arg306 Tyr291, Glu295, Arg299,
H2b423 Asp300, Arg306
Phe369, Trp372, Glu377; Data PoseView*: Glu377, Trp372
3D9C Glu114, Lys115, Lys119, Tyr45, Lys115, Lys119, Glu114, Lys115, Lys119,
Gly182, Cys214, Ser215, Cys214, Ser215, Arg220, Trp178, Gly182, Ser215,
Arg220, Gln261, Gln265 Gln261, Thr262, Gln265 Arg220, Gln261, Gln265
Asp48, Cys215, Ala217, Arg221, Gln262; Data PoseView*: Tyr45, Arg220
1D6N Asp104, Gln105, Lys162, Asp104, Gln105, Lys162, Asp104, Asp134, Lys162,
Arg166, Asp181, Lys182 Arg166, Asp181, Lys182, Arg166, Asp181, Lys209
Phe183
Ile135, Asp137, Lys165, Phe186, Val187, Asp193; Data PoseView*: Lys165, Phe186
2QAK Arg8, Pro81, Asp128, Arg8, Asp128, Gly147 Arg8, Val82, Asp128,
Gly147, Gly148, Gly147
Asp25, Asp29, Asn30, Ile50, Pro81, Data PoseView*: Asp25, Gly27, Ala28, Asn30,
Val32, Ile50, Pro81, Val82, Ile84

  8
 
*diperoleh dari www.pdb.org
Penampakan warna residu yang
memiliki interaksi hidrofobik dengan
ligan oleh perangkat lunak LigPlot+
ditampakkan berupa kode dari residu
dengan lingkaran berupa sisir berwarna
merah, sedangkan interaksi ikatan
hidrogen ditunjukkan dengan struktur dari
residu secara utuh dengan garis interaksi
ikatan berwarna hijau.
Visualisasi 3D dari interaksi yang
terjadi antara ligan uji dengan protein
target terpilih diperlihatkan pada Gambar
6, 8, 9 dan 11 disertai dengan visualisasi
oleh perangkat lunak PoseView dari
Gambar 13. Interaksi ligan asli dengan protein target masing-masing.
 
keempat ligan asli protein target tersebut.
Zerumbon ditampilkan dengan kerangka
karbon berwarna ungu, sedangkan
hidroksi humulen dan epoksi humulen
secara berurutan berwarna merah muda
dan kuning.
Residu-residu protein yang
terlibat dalam interaksi kimia antara
ligan dan protein disimpulkan dalam
Tabel 1. Tabel ini pula menampilkan
residu-residu dari protein target terpilih
yang berinteraksi dengan ligan aslinya
(Gambar 13). LigPlot+ yang digunakan
telah dilakukan beberapa modifikasi.
9

 
PEMBAHASAN karenanya senyawa ini merupakan marker
dari spesis tanaman ini. Pengembangan
Reverse atau inverse molecular
metode isolasi dari sumber tanaman
docking (RMD) merupakan teknik
Indonesia telah dikembangkan (Hanwar et
rancang obat yang relatif baru. RMD
al., 2013) untuk memperoleh konstituen
dapat digunakan untuk melakukan
zerumbon murni. Zerumbon yang
skrining protein target yang potensial
diperoleh dapat digunakan untuk
terhadap ligan. Teknik ini dapat
mengidentifikasi aktivitas biologi lainnya
diaplikasikan untuk mengenali aktivitas
yang dimiliki dikarenakan zerumbon tidak
biologis yang belum diketahui atau
menunjukkan aktivitas penangkap radikal
aktivitas terapetik kedua dari suatu obat,
melalui mekanisme penangkapan radikal
senyawa penuntun, produk alam dan
bebas DPPH (Hanwar et al., 2012).
ligan-ligan lainnya (Zheng et al., 2011;
Zerumbon beserta dua senyawa
Chen and Zhi, 2001).
ikutannya yaitu hidroksi humulen dan
Metode ini telah dikembangkan
epoksi humulen merupakan senyawa
oleh banyak akademisi dan praktisi
utama Z. zerumbet. Ekstrak tanaman ini
peneliti di kalangan industri obat baik
sendiri telah banyak diteliti dan memiliki
ditujukan untuk penelitian murni atau
berbagai khasiat. Hal inilah yang
bahkan untuk dikomersialkan. Strategi
mendasari dalam pemilihan protein target
spesifik untuk reverse docking dapat
yang digunakan dalam melakukan RMD
menggunakan perangkat lunak yang
ketiga senyawa penanda Zingiber
sudah ada, seperti Dock, MDock, Vina,
zerumbet. Beberapa peneliti bahkan telah
Gold, FlexX, Maestro secara offline atau
mengembangkan turunan senyawa dari
Tarfisdock, PharmMapper, idTarget yang
zerumbon dan mengujicobakan beberapa
dapat diakses secara online (Chen and
aktivitas biologi yang ditemukan ketika
Ren, 2014). Chen and Ung (2001)
masih berbentuk ekstrak tanaman
berhasil menemukan strategi yang efektif
(Kitayama et al., 2013; Santosh Kumar et
dalam memprediksi potensi ketoksikan
al., 2013; Pitchuanchom et al., 2011).
dan efek samping molekul kecil obat
Protein target sebanyak 59 buah
menggunakan metode RMD.
dikelompokkan dalam 9 jenis macam
Zerumbon merupakan molekul
penyakit berdasarkan kajian yang telah
kecil yang dihasilkan oleh Z. zerumbet
dilakukan terhadap ekstrak tanaman
dan dalam kuantitas yang dominan oleh
penghasil zerumbon. Hasil interaksi ikatan

  10
 
 kimiawi secara virtual melalui
perhitungan docking menunjukkan
bahwa hanya terdapat 4 protein target
yang berhasil dilampaui nilai aktivitas
ikatan ligan-protein dibandingkan dengan
ligan aslinya. Besaran afinitas ikatan
ligan uji dibandingkan dengan 3 jenis
deskriptor ketiganya (Gambar 4) akan
diperoleh hubungan keterkaitan, yaitu
semakin kecil nilai logP yang dimiliki
ligan uji akan menaikkan nilai aifinitas
ikatan ligan-protein 4NOS secara
perlahan dan 1D6N dengan signifikan.
Kedua protein lainnya, 3D9C dan 2QAK
tidak memberikan profil keterkaitan yang
cukup baik. Polaritas dan volume 3D
molekul akan mempengaruhi hasil ikatan
ligan-protein hanya pada 3D9C walaupun
nilai kedua deskriptor untuk ligan uji
tidak terlalu berbeda. Besaran kedua
deskriptor cenderung ditentukan oleh
jumlah atom oksigen dan jenis gugus
fungsional dari atom tersebut yang bisa
berupa karbonil keton, epoksi atau
hidroksil.
Interaksi ikatan antara residu
protein dengan ligan uji menunjukkan
bahwa atom oksigen berperan dalam
interaksi ikatan hidrogen baik secara
langsung atau melalui perantara
komponen air pada protein 2QAK
(Gambar 11), zerumbon dan hidroksi
humulen pada 4NOS (Gambar 5). Ligan
 
uji akan mengalami interaksi hidrofobik
pada protein 3D9C (Gambar 7), kedua
humulen pada 1D6N (Gambar 9) serta
epoksi humulen pada 4NOS. Interaksi
yang terjadi memperlihatkan bahwa atom
O pada ligan menjadi faktor penentu
afinitas ikatan ligan-protein yang juga
telah dibuktikan oleh Kitayama et al.
(2013) dalam mengembangkan senyawa
novel turunan zerumbon.
Gambar 6, 8, 10 dan 12
memperlihatkan bahwa tidak ada ligan uji
yang memiliki konformasi 3D yang saling
berhimpitan satu sama lainnya diantara
atom-atom penyusunnya. Ini menjelaskan
perbedaan awal yang terjadi pada Gambar
1 sebelum ketiganya dilakukan docking
bahwa ketiga ligan memiliki konformasi
3D dasar yang berbeda. Namun ligan-ligan
uji ini memiliki kemiripan residu-residu
yang berinteraksi dengan ligan seperti
yang terlihat pada Tabel 1 (ditandai
dengan ditebalkan).
Hal menarik lainnya yang perlu
dikonfirmasi melalui penelitian lanjutan
adalah ada beberapa residu protein yang
menentukan nilai afinitas ikatan ligan-
protein sama dengan hasil pemotretan
interaksi ligan-proetin yang terjadi dengan
menggunakan LigPlot+ dan PoseView
pada Tyr45 untuk hidroksi humulen-3D9C
dan Pro81 untuk zerumbon-2QAK. Hal ini
menjadi landasan kuat bahwa ada
11
 kemiripan interaksi yang terjadi antara of a Potential Anticancer Target Of
Danshensu by Inverse Docking.
ligan uji dengan ligan asli hasil
Asian Pac J Cancer Prev, 15(1):
kristalografi dari protein target dan 111-6.
mendukung bahwa ligan dapat memiliki
Chen YZ and Zhi DG (2001). Ligand-
aktivitas yang sama atau bahkan lebih Protein Inverse Docking and Its
Potential Use in The Computer
baik.
Search of Protein Targets of A
Small Molecule. Proteins, 43(2:
217-26.
SIMPULAN
DOCK6.5 (2011). University of California
Hasil penelitian membuktikan at San Francisco; San Francisco,
bahwa zerumbon diduga masih memiliki CA.
aktivitas antioksidan, anti-HIV, Giang PM, Son PT, Jin HZ, Lee JH and Lee
antidiabetes dan anti-rematik dengan JJ (2009). Comparative Study on
Inhibitory Activity of Zerumbone
mekanisme tertentu sesuai dengan protein and Zerumbone 2,3-Epoxide on
targetnya. NF-κB Activation and NO
Production. Sci. Pharmaceutica,
77(3): 589-95.
SARAN
Hanwar D, Suhendi A, Santoso B,
Penelitian lanjutan terhadap Kusumowati ITD. and Melannisa R
(2013). Isolation and Purification
keempat pemodelan aktivitas tersebut of Chemical Marker from Zingiber
perlu dilakukan di laboratorium untuk zerumbet Rhizome from Indonesia.
International Conference on
membuktikan kebenaran pendekatan Natural Products. Shah Alam,
reverse molecular docking (RMD). Malaysia, 4-6 March 2013, 11.

Hanwar D, Suhendi A, Santoso B,

Kusumowati ITD. dan Melannisa R
UCAPAN TERIMA KASIH
(2012). Pengembangan Lempuyang
Penulis berterima kasih kepada Gajah (Zingiber zerumbet) sebagai
Obat Herbal untuk Antioksidan.
Lembaga Penelitian dan Pengabdian Laporan Tahun Pertama Penelitian
Masyarakat (LPPM) Universitas Unggulan Program Studi (PUPS).
Fakultas Farmasi, Universitas
Muhammadiyah Surakarta yang telah Muhammadiyah Surakarta,
mendanai Penelitian Unggulan Program Desember 2012, 38.

Studi (PUPS) ini. Kitayama T, Nakahira M, Yamasaki K,

Inoue H, Imada C, Yonekura Y,
Awata M, Takaya H, Kawai Y,
DAFTAR PUSTAKA Ohnishi K and Murakami A
(2013). Novel Synthesis of
Chen SJ and Ren JL (2014). Identification Zerumbone-pendant Derivatives

  12
 
 and Their Biological Activity.
Tetrahedron, 69(47: 10152-
10160.
O'Boyle N, Banck M, James C, Morley C,
Vandermeersch T and Hutchison
G (2011). Open Babel: An Open
Chemical Toolbox. Journal of
Cheminformatics, 3(1): 33.
Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC,
Couch GS, Greenblatt DM, Meng
EC and Ferrin TE (2004). UCSF
Chimera--a Visualization System
for Exploratory Research and
Analysis. J. Comput. Chem.,
25(13): 1605-12.
Pitchuanchom S, Songsiang U,
Weerapreeyakul N and Yenjai C
(2011). Anticancer Activity of the
Bioreductive and Non-
Bioreductive Zerumbone
Derivatives. Letters in Drug
Design and Discovery, 8(6): 536-
543.
PyMOL (2012). Molecular Graphics
System, Version 1.6.0
Schrödinger, LLC.
Santosh Kumar SC, Srinivas P, Negi PS
and Bettadaiah BK (2013).
Antibacterial and Antimutagenic
Activities of Novel Zerumbone
Analogues. Food Chemistry,
141(2): 1097-1103.
 
View publication stats
Singh CB, Nongalleima K, Brojendrosingh
S, Ningombam S, Lokendrajit N
and Singh LW (2012). Biological
and Chemical Properties of
Zingiber zerumbet Smith: a
Review. Phytochemistry Reviews,
11(1): 113-125.
Sriphanaa U, Pitchuanchoma S,
Kongsaereeb P and Yenjai C
(2013). Antimalarial Activity and
Cytotoxicity of Zerumbone
Derivatives. ScienceAsia, 39(1):
95-99.
Sutthanont N, Choochote W, Tuetun B,
Junkum A, Jitpakdi A, Chaithong
U, Riyong D and Pitasawat B
(2010). Chemical Composition and
Larvicidal Activity of Edible Plant-
Derived Essential Oils Against the
Pyrethroid-Susceptible and -
Resistant Strains of Aedes aegypti
(Diptera: Culicidae). J. Vector
Ecology, 35(1): 106-115.
Zheng R, Chen TS and Lu T (2011). A
Comparative Reverse Docking
Strategy to Identify Potential
Antineoplastic Targets of Tea
Functional Components and
Binding Mode. Int. J. Mol. Sci.,
12(8): 5200-12.
13