The process during which the genetic information (which is stored in the sequence

of nucleotides in an Translation mRNA molecule) is translated following the dictations of the

genetic code, into the sequence of amino acids in the polypeptide gene product is complex
requiring the functions of a large number of macro molecules. These include (1) over 50
polypeptides and from 3 to 5 RNA molecules present in each ribosome (the exact
composition varies from species to species), (2) at least 20 amino acid-activating enzymes
(aminoacyl-tRNA molecules, and (4) at least 9 soluble proteins involved in polypeptide chain
initiation, elongation, and termination. Since many of these macromolecules particularly the
components of the ribosome, are present in large quantities in each cell, the translation
system makes up a major portion of the metabolic machinery of each cell.
Proses di mana informasi genetik (yang disimpan dalam urutan nukleotida dalam
molekul mRNA Terjemahan) diterjemahkan mengikuti dikte kode genetik, ke dalam urutan
asam amino dalam produk gen polipeptida kompleks yang membutuhkan fungsi dari suatu
sejumlah besar molekul makro. Ini termasuk (1) lebih dari 50 polipeptida dan dari 3 hingga 5
molekul RNA yang ada di setiap ribosom (komposisi yang tepat bervariasi dari spesies ke
spesies), (2) setidaknya 20 enzim pengaktif asam asam amino (molekul aminoasil-tRNA, dan
(4) ) setidaknya 9 protein terlarut yang terlibat dalam inisiasi, perpanjangan, dan pemutusan
rantai polipeptida. Karena banyak dari makromolekul ini terutama komponen ribosom,
terdapat dalam jumlah besar di setiap sel, sistem terjemahan membentuk bagian utama dari
mesin metabolisme dari setiap sel.
An overview of protein synthesis, illustrating its on ribosomes, complexity and the
major macromolecules involved, is presented in fig 11. The translation process occurs on
ribosomes, complex macromolecular structures located in the cytoplasm. Translation
involves three types of RNA, all of which are transcribed from DNA templates (chromosomal
genes). In addition to mRNA (see the preceding section entitled Transcription),3 to 5RNA
molecules (rRNA molecules) are present as part of the structure of each ribosome, and 40-60
small 70-80 nucleotides) RNA molecules tRNA molecules) function as adaptors mediating
the incorporation of the proper amino acids in response to specific codons in mRNA. The
ribosomes may be thought of as work benches, complete with machines and tools needed to
make a polypeptide. They are nonspecific in the sense that they can synthesize any
polypeptide (any amino acid sequence) specified by a particular mRNA molecule. Given this
superficial overview of protein synthesis, we will now examine more closely some of the
more important components and steps involved in the translation process.
Tinjauan umum sintesis protein, menggambarkannya pada ribosom, kompleksitas
dan makromolekul utama yang terlibat, disajikan dalam gambar 11. Proses penerjemahan
terjadi pada ribosom, struktur makromolekul kompleks yang terletak di sitoplasma.
Terjemahan melibatkan tiga jenis RNA, yang semuanya ditranskripsi dari templat DNA (gen
kromosom). Selain mRNA (lihat bagian sebelumnya berjudul Transkripsi), molekul 3 sampai
5RNA (molekul rRNA) hadir sebagai bagian dari struktur setiap ribosom, dan 40-60
nukleotida 70-80 kecil) Molekul RNA molekul Molekul tRNA) berfungsi sebagai adaptor
memediasi penggabungan asam amino yang tepat dalam menanggapi kodon spesifik dalam
mRNA. Ribosom dapat dianggap sebagai bangku kerja, lengkap dengan mesin dan peralatan
yang diperlukan untuk membuat polipeptida. Mereka tidak spesifik dalam arti bahwa mereka
dapat mensintesis polipeptida (urutan asam amino) yang ditentukan oleh molekul mRNA
tertentu. Dengan gambaran sintesis protein yang dangkal ini, kami sekarang akan memeriksa
lebih dekat beberapa komponen dan langkah yang lebih penting yang terlibat dalam proses
penerjemahan.
Early studies using pulse-labeling (with radioactive amino acids) and
autoradiography showed that proteins are synthesized largely in the cytoplasm on small, but
complex, macromolecular structures called ribosomes. In prokaryotes, the ribosomes are
distributed throughout the cells; in eukaryotes, they are located in the cytoplasm, frequently
on an extensive intracellular membrane network called the endoplasmic reticulum (Fig.
10.12).
Studi awal menggunakan pelabelan nadi (dengan asam amino radioaktif) dan
autoradiografi menunjukkan bahwa protein sebagian besar disintesis dalam sitoplasma pada
struktur makromolekul kecil namun kompleks yang disebut ribosom. Pada prokariota,
ribosom didistribusikan ke seluruh sel; pada eukariota, mereka terletak di sitoplasma,
seringkali pada jaringan membran intraseluler yang luas yang disebut retikulum endoplasma
(Gambar 10.12).
Ribosomes are approximately half protein and half RNA (Fig. 10.13). They are
composed of two subunits, one large and one small, which dissociate when the translation of
an mRNA molecule is completed; they reassociate during the initiation of translation.
Ribosome sizes are most frequently expressed in terms of their rates of sedimentation during
centrifugation, in units called S or Svedberg units. The E coli ribosome, like those of most
prokaryotes, has a molecular weight of 2.7 X 106 and a "size" of "70S." The ribosomes of
eukaryotes are larger (usually about 80S); however, size varies from species to species. The
ribosomes present in organelles (mitochondria and chloroplasts) of eukaryotic cells are
smaller (usually about 60S).
Ribosom adalah sekitar setengah protein dan setengah RNA (Gbr. 10.13). Mereka
terdiri dari dua subunit, satu besar dan satu kecil, yang berdisosiasi ketika terjemahan
molekul mRNA selesai; mereka bergabung kembali selama inisiasi terjemahan. Ukuran
ribosom paling sering dinyatakan dalam hal laju sedimentasi selama sentrifugasi, dalam
satuan yang disebut satuan S atau Svedberg. E coli ribosom, seperti prokariota kebanyakan,
memiliki berat molekul 2,7 X 106 dan "ukuran" 70 ". Ribosom eukariota lebih besar
(biasanya sekitar 80-an); Namun, ukuran bervariasi dari satu spesies ke spesies lainnya.
Ribosom hadir dalam organel (mitokondria dan kloroplas) sel eukariotik lebih kecil (biasanya
sekitar 60S).
In all cases, each ribosome consists of two subunits. In the case of E. coli, the small
(30S) ribosomal subunit contains a 16S (mol. wt. about 6 x 105) RNA molecule plus 21
different polypeptides, and the large (50S) subunit contains two RNA molecules (5S, mol wt.
about 4 x 104, and 23S, mol. wt. about 1.2 x 106) plus 31 polypeptides. In eukaryotic
ribosomes, the small subunit contains an 18S (average size) RNA molecule and the large
subunit contains a 5S, a 5.8S and a 28S (average size) RNA molecule. Drosophila ribosomes,
but not those of several other eukaryotes examined, also appear to contain a small 2S RNA
molecule. In organelles, the corresponding rRNA sizes are 5S, 13S, and 21s.
Dalam semua kasus, setiap ribosom terdiri dari dua subunit. Dalam kasus E. coli,
subunit ribosom kecil (30S) mengandung 16S (mol. Wt. Sekitar 6 x 105) molekul RNA
ditambah 21 polipeptida yang berbeda, dan subunit besar (50S) berisi dua molekul RNA (5S,
mol sekitar 4 x 104, dan 23S, mol sekitar 1,2 x 106) ditambah 31 polipeptida. Dalam ribosom
eukariotik, subunit kecil mengandung molekul RNA 18S (ukuran rata-rata) dan subunit besar
mengandung molekul RNA 5S, 5,8S, dan 28S (ukuran rata-rata). Drosophila ribosom, tetapi
bukan yang dari beberapa eukariota lain yang diperiksa, juga tampaknya mengandung
molekul 2S RNA kecil. Dalam organel, ukuran rRNA yang sesuai adalah 5S, 13S, dan 21s.
In the case of E coli, M. Nomura and his colleagues have been able to completely
dissociate the 30S ribosomal subunit into the individual macromolecules and then
reconstitute functional 30S subunits from the components. This has allowed them to study the
function(s) of individual RNA and protein molecules .
Dalam kasus E coli, M. Nomura dan rekan-rekannya telah mampu sepenuhnya
memisahkan subunit ribosom 30S ke dalam makromolekul individu dan kemudian menyusun
kembali subunit 30S fungsional dari komponen. Ini memungkinkan mereka untuk
mempelajari fungsi molekul RNA dan protein individu.
The ribosomal RNA molecules are transcribed from a DNA template, just like
mRNA molecules. In eukaryotes, however, rRNA synthesis occurs in the nucleolus and is
catalyzed by a special RNA polymerase present only in the nucleolus. Moreover,
transcription f the rRNA genes produces rRNA precursors that are larger than the RNA
molecules found in ribosomes These rRNA precursors undergo posttranscriptional processing
to produce the rRNA molecules involved in translation. In E coli, the rRNA gene transcript is
a 30S precursor, which undergoes cleavage by endoribonucleases to produce the 5S, 16S, and
23S rRNAs plus a 4S transfer RNA molecule (Fig. 10.14). In eukaryotes, the 2S (when
present), 5.8S, 18S, and 28S rRNAs are cut from a 40S to 45S (depending on the species)
precursor, whereas the 5S rRNA is produced by posttranscriptional processing of a separate
gene transcript.
Molekul RNA ribosom ditranskripsi dari cetakan DNA, seperti molekul mRNA.
Namun, pada eukariota, sintesis rRNA terjadi pada nukleolus dan dikatalisis oleh RNA
polimerase khusus yang hanya ada dalam nukleolus. Selain itu, transkripsi gen rRNA
menghasilkan prekursor rRNA yang lebih besar dari molekul RNA yang ditemukan dalam
ribosom. Prekursor rRNA ini menjalani pemrosesan pasca transkripsional untuk
menghasilkan molekul rRNA yang terlibat dalam terjemahan. Dalam E coli, transkrip gen
rRNA adalah prekursor 30S, yang mengalami pembelahan oleh endoribonukleas untuk
menghasilkan rRNA 5S, 16S, dan 23S ditambah molekul RNA transfer 4S (Gbr. 10.14).
Dalam eukariota, rRNA 2S (saat ini), 5.8S, 18S, dan 28S dipotong dari prekursor 40S
menjadi 45S (tergantung pada spesies), sedangkan rRNA 5S dihasilkan oleh pemrosesan
pasca transkripsi dari transkrip gen terpisah.
In addition to the posttranscriptional cleavages of rRNA precursors,
posttranscriptional methylation of many of the nucleotides in rRNA occurs. Presumably the
methylation protects the rRNA molecules from intracellular ribonucleases that are involved
in mRNA degradation, its exact function is not yet clear, however.
Selain pembelahan pasca transkripsi dari prekursor rRNA, metilasi pasca
transkripsional banyak nukleotida dalam rRNA terjadi. Agaknya metilasi melindungi molekul
rRNA dari ribonucleases intraseluler yang terlibat dalam degradasi mRNA, namun fungsi
pastinya belum jelas.
 Multiple copies of the genes for rRNA are present in the genomes of all organisms
studied to date. This is not surprising considering the large number of ribosomes present per
cell. In E. coli, there are estimated to be 5-10 copies of the rRNA (rrn) gene, with at least one
copy at each of three distinct sites on the chromome. In eukaryotes, the rRNA genes are
present in hundreds to thousands of copies. The 5.8S-18S-28S rRNA genes of eukaryotes are
present in tandem duplication in the nucleolar organizer regions of the chromosomes. In some
eukaryotes, such as maize, there is a single pair of nucleolar organizers (on chromosome pair
6 in maize). In Drosophila and the extensively studied South African clawed toad, Xenopus
laevis, the sex chromosomes carry the nucleolar organizers. Humans, on the other hand, have
five pairs of nucleolar organizers, located on the short arms of chromosomes 13, 14, 15, 21,
and 22. Careful studies indicate that there are about 500 copies of the 5.8S- 18S-28S rRNA
gene per nucleolar organizer in Xenopus laevis. Similar levels of redundancy have been
estimated to occur in several other animals. Plants exhibit a greater variation in rRNA gene
redundancy, with several thousand copies present in some genomes. Intraspecies variation in
the amount of rRNA gene redundancy has also been documented in several species.
Beberapa salinan gen untuk rRNA hadir dalam genom semua organisme yang diteliti
hingga saat ini. Ini tidak mengejutkan mengingat sejumlah besar ribosom hadir per sel.
Dalam E. coli, diperkirakan ada 5-10 salinan gen rRNA (rrn), dengan setidaknya satu salinan
di masing-masing dari tiga situs berbeda pada kromom. Pada eukariota, gen rRNA hadir
dalam ratusan hingga ribuan salinan. Gen 5,8S-18S-28S rRNA dari eukariota hadir dalam
duplikasi tandem di daerah pengorganisasian nukleolus kromosom. Pada beberapa eukariota,
seperti jagung, ada satu pasang pengatur nukleolar (pada pasangan kromosom 6 pada jagung).
Di Drosophila dan kodok bercakar Afrika Selatan yang dipelajari secara luas, Xenopus laevis,
kromosom seks membawa organisator nukleolar. Manusia, di sisi lain, memiliki lima pasang
pengatur nukleolar, yang terletak di lengan pendek kromosom 13, 14, 15, 21, dan 22.
Penelitian yang cermat menunjukkan bahwa ada sekitar 500 salinan dari rRNA 5.8S-18S-28S
gen per organ nukleolar di Xenopus laevis. Tingkat redundansi yang serupa telah
diperkirakan terjadi pada beberapa hewan lain. Tumbuhan menunjukkan variasi yang lebih
besar dalam redundansi gen rRNA, dengan beberapa ribu salinan hadir di beberapa genom.
Variasi intraspesies dalam jumlah redundansi gen rRNA juga telah didokumentasikan dalam
beberapa spesies.
The 5S rRNA genes in eukaryotes are not located in the nucleolar organizer regions.
Instead, they are usually distributed over several chromosomes. They are, however, highly
redundant, like the 5.8S-18s-28s rRNA genes.
Gen 5S rRNA dalam eukariota tidak terletak di daerah pengatur nukleol. Sebaliknya,
mereka biasanya didistribusikan melalui beberapa kromosom. Namun, mereka sangat
berlebihan, seperti gen rRNA 5.8S-18s-28s.
Although the ribosomes provide the workbenches and much of the machinery
required for protein synthesis, and the specifications for each polypeptide are encoded in an
mRNA molecule, the translation of a coded mRNA message into a sequence of amino acids
in a polypeptide requires one additional class of RNA molecules, the transfer RNA (tRNA)
molecules. Chemical considerations suggest that a direct interaction between the amino acids
and the nucleotide sequences or codons in mRNA is unlikely. (A codon is a nucleotide
sequence in mRNA that specifies the incorporation of one amino acid.) In 1958, Crick there-
fore proposed that some kind of an "adapter" molecule mediates amino acid codon
recognition during protein synthesis. The "adapter" molecules were soon identified and found
to be small (4S, 70-80 nucleotides long) RNA molecules. These molecules, first called
"soluble RNA" (sRNA) molecules and subsequently transfer RNA (tRNA) molecules,
contain a triplet base sequence, called the anticodon sequence which is complementary to and
recognizes the codon sequence in mRNA during translation. There are from one to four
known tRNAs for each amino acid.
Meskipun ribosom menyediakan meja kerja dan banyak mesin yang diperlukan untuk
sintesis protein, dan spesifikasi untuk setiap polipeptida dikodekan dalam molekul mRNA,
terjemahan pesan mRNA yang dikodekan ke dalam urutan asam amino dalam polipeptida
membutuhkan satu kelas tambahan dari Molekul RNA, molekul transfer RNA (tRNA).
Pertimbangan kimia menunjukkan bahwa interaksi langsung antara asam amino dan sekuens
nukleotida atau kodon dalam mRNA tidak mungkin. (Sebuah kodon adalah urutan nukleotida
dalam mRNA yang menentukan penggabungan satu asam amino.) Pada tahun 1958, Crick
karenanya mengusulkan bahwa beberapa jenis molekul "adaptor" memediasi pengenalan
kodon asam amino selama sintesis protein. Molekul "adaptor" segera diidentifikasi dan
ditemukan sebagai molekul RNA kecil (4S, 70-80 nukleotida). Molekul-molekul ini, mula-
mula disebut "molekul RNA" (sRNA) dan kemudian mentransfer molekul RNA (tRNA),
mengandung urutan basa triplet, yang disebut urutan antikodon yang saling melengkapi dan
mengenali urutan kodon dalam mRNA selama penerjemahan. Ada satu hingga empat tRNA
yang diketahui untuk setiap asam amino.
The amino acids are attached to the tRNAs by high-energy (very reactive) bonds
between the carboxyl groups of the amino acids and the 3'-hydroxyl termini of the tRNAs.
These reactive aminoacyl tRNAs are formed in a two-step process, both steps being catalyzed
by a specific "activating enzyme” or aminoacyl-tRNA synthetase There is at least one ami-
noacyl-tRNA synthetase for each of the 20 amino acids The first step in aminoacyl-tRNA
synthesis involves the activation of the amino acid using energy from adenosine triphosphate
(ATP) :
Asam amino melekat pada tRNA oleh ikatan berenergi tinggi (sangat reaktif) antara
gugus karboksil dari asam amino dan 3'-hidroksil termini dari tRNA. TRNA aminoasil amino
reaktif ini dibentuk dalam proses dua langkah, kedua langkah dikatalisis oleh "enzim
pengaktif" atau sintetase aminoasil-tRNA spesifik. Setidaknya ada satu ami-noacyl-tRNA
synthetase untuk masing-masing dari 20 asam amino. Langkah pertama dalam sintesis
aminoasil-tRNA melibatkan aktivasi asam amino menggunakan energi dari adenosin trifosfat
(ATP):
The amino acid AMP intermediate is not normally released from the enzyme before
undergoing the second step in aminoacyl-tRNA synthesis, namely, the reaction with the
appropriate tRNA:
Asam amino AMP intermediate biasanya tidak dilepaskan dari enzim sebelum
menjalani langkah kedua dalam sintesis aminoacyl-tRNA, yaitu reaksi dengan tRNA yang
sesuai:
The aminoacyl tRNAS (amino acid~ tRNAS) are the recursors of polypeptide
synthesis on ribosomes, with each activated tRNA recognizing the correct mRNA codon and
presenting the amino acid in steric configuration (three dimensional structure) that facilities
peptides bond formation.
The aminoacyl tRNAS (asam amino ~ tRNAS) adalah reseptor dari sintesis
polipeptida pada ribosom, dengan masing-masing tRNA teraktivasi mengenali kodon mRNA
yang benar dan menyajikan asam amino dalam konfigurasi sterik (struktur tiga dimensi) yang
memfasilitasi pembentukan ikatan peptida.
The tRNAs are transcribed from chromosomal genes. As in the case of rRNAs, the
tRNAs are transcribed in the form of larger precursor molecules that undergo
posttranscriptional processing (cleavage, trimming, methylation, etc.) The mature tRNA
molecules contain several nucleosides not present in mRNA or in the primary tRNA gene
transcripts. These are transcribed from chromosomal unusual nucleosides, such as inosine,
pseudouridine, dihydrouridine, 1-methylguanosine, and several others, are produced by
posttranscriptional, enzyme-catalyzed modifications of the four nucleosides incorporated inco
RNA during transcription.
TRNA ditranskripsi dari gen kromosom. Seperti dalam kasus rRNA, tRNA
ditranskripsikan dalam bentuk molekul prekursor yang lebih besar yang menjalani
pemrosesan pasca transkripsional (pembelahan, pemangkasan, metilasi, dll.) Molekul tRNA
yang matang mengandung beberapa nukleosida yang tidak ada dalam mRNA atau dalam
transkrip gen tRNA primer . Ini ditranskrip dari nukleosida kromosom yang tidak biasa,
seperti inosin, pseudouridine, dihydrouridine, 1-methylguanosine, dan beberapa lainnya,
diproduksi oleh modifikasi pasca-transkripsi, modifikasi enzim dari empat nukleosida yang
dimasukkan RNA selama transkripsi.
Because of their small size (70-80 nucleotides long), tRNAs have been more
amenable to structural analysis than the other, larger molecules of RNA in volved in protein
synthesis. The complete nucleotide sequence and proposed "cloverleaf" structure of the
alanine tRNA of yeast (Fig. 10.15) was published by R W. Holley and colleagues in 1965;
Holley shared the 1968 Nobel Prize in physiology and medicine for this work. Since then,
many tRNAs have been sequenced, and the yeast alanine tRNA gene has even been
synthesized in vitro from mononucleotides by H. G. Khorana (another 1968 Nobel Prize
winner; in Khorana's case, for work on the nature of the genetic code) and coworkers. The
three-dimensional structure of the phenylalanine tRNA of yeast has been determined by X-
ray diffraction studies (Fig. 10.16). The anticodons of the alanine (Fig. 10.15) and
phenylalanine (Fig, 10.16) tRNAs of yeast occur within a loop (nonhydrogen- bonded region)
near the center of the molecule. In fact, the anticodons of all the tRNAs sequenced to date
(over 70 from all organisms) have been found within comparably located anticodon loops.
Karena ukurannya yang kecil (panjang 70-80 nukleotida), tRNA lebih cocok untuk
analisis struktural daripada yang lain, molekul RNA yang lebih besar terlibat dalam sintesis
protein. Urutan nukleotida lengkap dan struktur "cloverleaf" yang diusulkan dari alanine
tRNA ragi (Gambar 10.15) diterbitkan oleh R W. Holley dan rekan pada tahun 1965; Holley
berbagi Hadiah Nobel 1968 dalam bidang fisiologi dan kedokteran untuk pekerjaan ini. Sejak
itu, banyak tRNA telah diurutkan, dan gen tRNA alanin ragi bahkan telah disintesis secara in
vitro dari mononukleotida oleh H. G. Khorana (pemenang Hadiah Nobel 1968 lainnya; dalam
kasus Khorana, untuk pekerjaan pada sifat kode genetik) dan rekan kerja. Struktur tiga
dimensi dari tRNA fenilalanin ragi telah ditentukan oleh studi difraksi sinar-X (Gambar
10.16). Antikodon alanin (Gbr. 10.15) dan fenilalanin (Gbr, 10.16) tRNA ragi terjadi dalam
satu lingkaran (daerah yang tidak terikat hidrogen) di dekat pusat molekul. Faktanya,
antikodon dari semua tRNA yang diurutkan sampai saat ini (lebih dari 70 dari semua
organisme) telah ditemukan dalam loop anticodon yang terletak sebanding.
Each ribosome has two tRNA binding sites (Fig 10.17). The A or aminoacyl site
binds the incoming aminoacyl-tRNA, the tRNA carrying the amino acid that is next to be
added to the growing polypeptide chain. The P or peptidyl site binds the tRNA to which the
growing polypeptide is attached. The specificity for uenced,aminoacyl-tRNA binding in these
sites is provided by (or as the mRNA is shuttled across the ribosome), the P sites changes as
different mRNA codons move into the mRNA codons that make up part of the A and P
binding sites. As the ribosome moves along an mRNA specificity for the aminoacyl-tRNA
binding in the A and P sites change mRNA codons move into register in the binding sites.
The ribosomal binding sites by themselves (minus mRNA) are thus capable binding any
aminoacyl-tRNA.
Setiap ribosom memiliki dua situs pengikatan tRNA (Gambar 10.17). Situs A atau
aminoasil mengikat aminoasil-tRNA yang masuk, tRNA yang membawa asam amino yang
selanjutnya ditambahkan ke rantai polipeptida yang sedang tumbuh. Situs P atau peptidyl
mengikat tRNA yang melekat polipeptida tumbuh. Spesifisitas untuk pengikatan, pengikatan
aminoasil-tRNA di situs-situs ini disediakan oleh (atau karena mRNA dipindah-pindahkan
melintasi ribosom), situs P berubah ketika kodon mRNA yang berbeda pindah ke kodon
mRNA yang membentuk bagian dari pengikatan A dan P situs. Ketika ribosom bergerak
sepanjang kekhususan mRNA untuk ikatan aminoasil-tRNA di situs A dan P mengubah
kodon mRNA pindah ke register di situs pengikatan. Situs pengikatan ribosom dengan
sendirinya (minus mRNA) dengan demikian mampu mengikat setiap aminoasil-tRNA.
It should be quite apparent that the tRNA molecules contain a great deal of
specificity despite their small size. Not only must they (1) have the correct anticodon
sequences, so as to respond to the right codons, but they must also (2) be recognized by the
correct aminoacyl tRNA synthetases, so that they are activated with the right amino acids,
and (3) bind to the A and P sites on the ribosomes. F. Chapeville and G. vor Ehrenstein and
colleagues have proven, by means of a simple and direct experiment (Fig. 10.18), that the
specificicy for codon recognition resides in the tRNA portion of an aminoacyl-tRNA, rather
than in the amino acid. They treated cysteyl-tRNAcys (the cystein tRNA activated with
cysteine) with a strongly reducing nickel powder (Raney nickel), which converted (reduced)
the cyscine to alanine- attached, however, to the cystine tRNA. When this "hybrid”
aminoacyl-tRNA, alanyl-tRNAcys was used in in vitro protein-synthesizing systems, alanine
was found to be incorporated into positions in polypeptides normally occupied by cysteine.
Seharusnya cukup jelas bahwa molekul tRNA mengandung banyak spesifisitas
walaupun ukurannya kecil. Mereka tidak hanya harus (1) memiliki urutan antikodon yang
benar, sehingga untuk menanggapi kodon yang tepat, tetapi mereka juga harus (2) dikenali
oleh sintetase tRNA aminoasil yang benar, sehingga mereka diaktifkan dengan asam amino
yang tepat, dan (3) ikat ke situs A dan P pada ribosom. F. Chapeville dan G. vor Ehrenstein
dan rekannya telah membuktikan, melalui eksperimen sederhana dan langsung (Gbr. 10.18),
bahwa spesifisitas untuk pengenalan kodon berada di bagian tRNA dari aminoasil-tRNA,
daripada di asam amino . Mereka memperlakukan cysteyl-tRNAcys (tRNA sistein yang
diaktifkan dengan sistein) dengan bubuk nikel yang sangat berkurang (Raney nickel), yang
mengubah (mengurangi) sisin menjadi alanin yang menempel, namun, menjadi sistin tRNA.
Ketika aminoacyl-tRNA "hibrid" ini, alanyl-tRNAcys digunakan dalam sistem sintesis
protein in vitro, alanin ditemukan dimasukkan ke dalam posisi dalam polipeptida yang
biasanya ditempati oleh sistein.
Protein synthesis is initiated by a special initiator tRNA, designated tRNAmet. This
means that all polypeptides begin with methionine during synthesis. The amino-terminal
methionine is subsequently cleaved from many polypeptides. Thus, functional proteins need
not have an amino-terminal methionine. In prokaryotes and in eukaryote organelles, the
methionine on the initiator tRNAfmet has the amino group blocked with a formyl (…) group.
In eukaryotic cytoplasmic systems, a special initiator tRNAimet also exists, but the amino
group is not formylated. A distinct methionine tRNA, tRNAmet, which responds to internal
methionine codons, exists in both prokaryotic and eukaryotic systems. Both methionine
tRNAs have the same anticodon and both respond to the same codon (AUG) for methionine.
In prokaryotes, the formylated amino group on methionyl-tRNAfmet prevents the formation
of a peptide bond between the amino group and the carboxyl group of the amino acid at the
end of the growing polypeptide chain. In eukaryotes, however, the amino group the
methionyl-tRNAimet is not blocked. What, then, prevents methionyl-tRNAimet (I for
initiator) from responding to internal AUG codons and methionyl-tRNAmet from responding
to initiator AUG codons in eukaryotic mRNAs? Apparently, only methionyl-tRNAimet will
react with the protein initiator factors, IF-1, IF-2, and IF-3, and only gation factors, Ef-T, and
Ef-T. In any case, only methionyl-tRNAmet responds to AUG initiation codons and only
methionyl-tRNAMet responds to AUG internal codons. Methionyl-tRNAMet also responds
to an alternate initiator codon, GUG (a valine codon when present at internal positions),
known to be present in certain natural mRNAs.
Sintesis protein diprakarsai oleh inisiator khusus tRNA, yang ditunjuk sebagai
tRNAmet. Ini berarti bahwa semua polipeptida dimulai dengan metionin selama sintesis.
Metionin amino-terminal kemudian dibelah dari banyak polipeptida. Dengan demikian,
protein fungsional tidak perlu memiliki metionin amino-terminal. Pada prokariota dan
organel eukariota, metionin pada inisiator tRNAfmet memiliki gugus amino yang tersumbat
dengan gugus formil (…). Dalam sistem sitoplasma eukariotik, inisiator khusus tRNAimet
juga ada, tetapi gugus amino tidak diformulasikan. Metionin tRNA yang berbeda, tRNAmet,
yang merespons kodon metionin internal, ada dalam sistem prokariotik dan eukariotik. Kedua
tRNA metionin memiliki antikodon yang sama dan keduanya merespons kodon yang sama
(AUG) untuk metionin. Pada prokariota, gugus amino yang diformilasi pada metionil-
tRNAmetri mencegah pembentukan ikatan peptida antara gugus amino dan gugus karboksil
dari asam amino pada akhir rantai polipeptida yang sedang tumbuh. Namun, pada eukariota,
gugus amino metionil-tRNAimet tidak tersumbat. Lalu, apa yang mencegah metionil-
tRNAimet (I untuk inisiator) merespons kodon AUG internal dan metionil-tRNAmet dari
merespons kodon AUG inisiator dalam mRNA eukariotik? Tampaknya, hanya metionil-
tRNAimet yang akan bereaksi dengan faktor inisiator protein, IF-1, IF-2, dan IF-3, dan hanya
faktor gation, Ef-T, dan Ef-T. Dalam setiap kasus, hanya metionil-tRNAmet yang merespons
kodon inisiasi AUG dan hanya metionil-tRNAMet yang merespons kodon internal AUG.
Methionyl-tRNAMet juga merespons kodon inisiator alternatif, GUG (kodon valin bila ada
pada posisi internal), yang diketahui ada pada mRNA alami tertentu.
 In prokaryotes, polypeptide chain initiation occurs with the formation of a complex
between mRNA, methionyl-tRNAMet, and the 30S ribosomal subunit (Figs. 10.19a and b).
The formation of this initiation complex requires the activity of three protein initiation
factors, designated IF. 1, IF-2, and IF.3, plus guanosine triphosphate (GTP). It may be
facilitated by a base-pairing interaction between a base sequence near the 3' end of the 16S
rRNA and a base sequence in the "leader sequence" of the mRNA. (Leader sequences of
mRNA molecules are the nontranslated sequences from the 5' end to the first AUG or GUG
initiation codon. These nontranslated leader sequences vary in length from a certain natural
mRNAs few nucleotides to several hundred nucleotides. Little is known about their
biological significance.)
Pada prokariota, inisiasi rantai polipeptida terjadi dengan pembentukan kompleks
antara mRNA, metionil-tRNAMet, dan subunit ribosom 30S (Gambar 10.19a dan b).
Pembentukan kompleks inisiasi ini membutuhkan aktivitas tiga faktor inisiasi protein, yang
ditunjuk IF. 1, IF-2, dan IF.3, ditambah guanosine triphosphate (GTP). Ini dapat difasilitasi
oleh interaksi pasangan-basa antara urutan basa di dekat ujung 3 'rRNA 16S dan urutan basa
dalam "urutan pemimpin" mRNA. (Urutan pemimpin molekul mRNA adalah urutan
nontranslated dari ujung 5 'ke kod inisiasi AUG atau GUG pertama. Urutan pemimpin
nontranslated ini bervariasi panjangnya dari nukleotida mRNA alami tertentu hingga
beberapa ratus nukleotida. Sedikit yang diketahui tentang signifikansi biologisnya. .)
The initiation complex then combines with the 50S ribosomal subunit, and the
methionyl-tRNA/Met becomes bound to the peptidyl site (Figs. 10.19b and c). This requires
the hydrolysis of one molecule of GTP. The alignment of the AUG initiation codon with the
anticodon of tRNAMet (in the P site) fixes the codon present at the A site, thus establishing
the specificity for aminoacyl-tRNA binding at the A site (for alanyl-tRNAala in the example
diagrammed in Fig. 10.19d). The binding of alanyl-tRNAala in the A site (and all subsequent
aminoacyl-tRNA binding) requires the hydrolysis of one molecule of GTP and the protein
elongation factors designated Ef-T, and Ef-T, (Figs. 10.19c and d). Peptide bond formation
between the carboxyl group of f-methionine bound to the tRNAfmet in the P site and the
amino group of the alanine molecule bound to tRNAala in the A site is then catalyzed by
peptidyl transferase, an enzyme bound to the 50S ribosomal subunit (Figs. 10.19d and e).
This reaction leaves the f-met-ala dipeptide attached to tRNAala bound to the A site of the
ribosome (Fig. 10.19e).
Kompleks inisiasi kemudian bergabung dengan subunit ribosom 50S, dan metionil-
tRNA / Met menjadi terikat ke situs peptidil (Gambar 10.19b dan c). Ini membutuhkan
hidrolisis satu molekul GTP. Penjajaran kodon inisiasi AUG dengan antikodon tRNAMet (di
situs P) memperbaiki kodon yang ada di situs A, sehingga menetapkan kekhususan untuk
pengikatan aminoasil-tRNA di situs A (untuk alanyl-tRNAala pada contoh yang digambarkan
pada diagram di Gambar 10.19d). Pengikatan alanyl-tRNAala di situs A (dan semua ikatan
aminoasil-tRNA berikutnya) membutuhkan hidrolisis satu molekul GTP dan faktor
pemanjangan protein yang ditunjuk Ef-T, dan Ef-T, (Gambar 10.19c dan d) . Pembentukan
ikatan peptida antara gugus karboksil f-metionin yang terikat pada metoda tRNA di situs P
dan gugus amino dari molekul alanin yang terikat pada tRNAala di situs A kemudian
dikatalisis oleh peptidil transferase, suatu enzim yang terikat pada subunit ribosomal 50S (
Gambar 10.19d dan e). Reaksi ini membuat f-met-ala dipeptide melekat pada tRNAala yang
terikat pada situs A dari ribosom (Gambar 10.19e).
 The next step in translation, called translocation, involves (1) movement of f-met-
ala-tRNAla from the A site to the P site and (2) movement of the mRNA molecule exactly
three nucleotides, relative to the position of the ribosome, so that the codon previously in
register with the A site moves into register with the P site (Figs. 10.19e and f). In Figs. 10.19e
and f, the alanine codon GCC moves from its position at the A site into register with the P
site, and the subsequent codon, the serine codon UCC, moves into register with the A site.
Translocation requires the activity of the elongation factor designated Ef G and the hydrolysis
of one molecule of CTP.
Langkah selanjutnya dalam penerjemahan, yang disebut translokasi, melibatkan (1)
pergerakan f-met-ala-tRNAla dari situs A ke situs P dan (2) pergerakan molekul mRNA
persis tiga nukleotida, relatif terhadap posisi ribosom , sehingga kodon yang sebelumnya
dalam register dengan situs A pindah ke register dengan situs P (Gambar 10.19e dan f).
Dalam Gambar. 10.19e dan f, kodon alanin GCC bergerak dari posisinya di situs A ke
register dengan situs P, dan kodon berikutnya, UCC serine codon, pindah ke register dengan
situs A. Translokasi membutuhkan aktivitas faktor perpanjangan yang ditunjuk Ef G dan
hidrolisis satu molekul CTP.
The next aminoacyl-tRNA specified by the mRNA codon at the A site (seryl-
tRNAser in Figs. 10.19fand g) then binds at the A site, and the peptide bond formation and
translocation steps are repeated. The just described sequence is repeated for each codon of the
mRNA (about 300 codons on average) until a chain- termination codon is reached (Figs.
10.19g and b). The formyl group on the amino-terminal methionine is usually removed by a
deformylase (Figs. 10.19g and b) before synthesis of the polypeptide is completed. When one
of the three polypeptide chain-termination codons (UAG, UAA, or UGA; see pp. 280-281)
comes into register with the A site ( Fig . 10.1 % ) , the nascent polypepcide, the tRNA in the
P site, and the mRNA are the ribosomal subunits dissociate (Figs. 10.19h and 1). Termination
requires the activity of one of two protein release factors, designated RF-1 and RF-2. The
dissociated ribosomal subunits are then free to initiate the translation of another mRNA
molecule (Fig. 10.11).
Asam amino-tRNA berikutnya yang ditentukan oleh kodon mRNA di situs A (seryl-
tRNAser dalam Gambar 10.19 dan g) kemudian mengikat di situs A, dan pembentukan ikatan
peptida dan langkah-langkah translokasi diulang. Urutan yang baru saja dijelaskan diulang
untuk setiap kodon mRNA (rata-rata sekitar 300 kodon) sampai tercapai kodon pemutusan
rantai (Gambar 10.19g dan b). Gugus formil pada terminal amino metionin biasanya
dihilangkan dengan deformilase (Gambar 10.19g dan b) sebelum sintesis polipeptida selesai.
Ketika salah satu dari tiga kodon pemutusan rantai polipeptida (UAG, UAA, atau UGA; lihat
hal. 280-281) masuk ke dalam register dengan situs A (Gbr. 10.1%), polipeptida yang baru
lahir, tRNA di situs P, dan mRNA adalah sub-unit ribosom yang berdisosiasi (Gambar 10.19h
dan 1). Pengakhiran membutuhkan aktivitas salah satu dari dua faktor pelepasan protein,
yang ditunjuk RF-1 dan RF-2. Subunit ribosom yang terdisosiasi kemudian bebas untuk
memulai penerjemahan molekul mRNA lain (Gbr. 10.11).
Rather than each mRNA molecule being translated by a single ribosome, most
mRNAs are simultaneously translated by several ribosomes, spaced about 90 nucleotides
apart along the mRNA molecule. The size of these translation complexes, called
polyribosomes or polysomes, is highly variable but is correlated with the size of the
polypeptide being synthesized. Hemoglobin chains (about 150 amino acids), for example, are
synthesized on pentaribosome (average size) complexes.
Daripada setiap molekul mRNA yang diterjemahkan oleh ribosom tunggal,
kebanyakan mRNA secara simultan diterjemahkan oleh beberapa ribosom, berjarak sekitar
90 nukleotida di sepanjang molekul mRNA. Ukuran kompleks terjemahan ini, yang disebut
polyribosom atau polisom, sangat bervariasi tetapi berkorelasi dengan ukuran polipeptida
yang disintesis. Rantai hemoglobin (sekitar 150 asam amino), misalnya, disintesis pada
kompleks pentaribosome (ukuran rata-rata).
Coupled Transcription and Translation in Prokaryotes In prokaryotes,
The translation of an mRNA molecule frequently begins before its synthesis
(transcription) is complete. This is possible because mRNA molecules are both synthesized
and translated in the 5' to 3 eptidydirection, and because there is no nuclear membrane
separating transcription from translation as in eukaryotes. This coupling between
transcription and translation facilitates the very rapld and efficient "turn-on and "turn-off" of
gene expression that is observed in prokaryotes (see Chapter 14) O. L Miller, B. A. Hamkalo,
and colleagues have developed techniques by which transcription and translation can be
visualized directly using electron microscopy. Figure 10.20, for example, shows the cou- pled
transcription and translation of a gene in E. coll
Transkripsi dan Terjemahan Digabungkan dalam Prokariota Dalam
prokariota,Terjemahan molekul mRNA sering dimulai sebelum sintesis (transkripsi) selesai.
Ini dimungkinkan karena molekul mRNA disintesis dan diterjemahkan dalam eptidydirection
5 'sampai 3, dan karena tidak ada membran nuklir yang memisahkan transkripsi dari
terjemahan seperti pada eukariota. Penggandengan antara transkripsi dan translasi ini
memfasilitasi ekspresi gen yang sangat cepat dan efisien "turn-on dan" turn-off "yang diamati
pada prokariota (lihat Bab 14) O. L Miller, BA Hamkalo, dan rekannya telah
mengembangkan teknik yang dengannya transkripsi dan terjemahan dapat divisualisasikan
secara langsung menggunakan mikroskop elektron. Gambar 10.20, misalnya, menunjukkan
transkripsi yang dibuat dan terjemahan gen dalam E. coll
Transcription, RNA Processing and Transport, and Translation in Eukaryotes
In eukaryotes, transcription and translation cannot be coupled, transcription occurs in
the nucleus and translation occurs in the cytoplasm. This poses the questions of how gene
transcripts are transported from the nucleus to the cytoplasm and what determines the time
and place of mRNA translation. Unfortunately, we do have these questions We do know that
the transcription and translation processes in eukaryotes are more complex than those in
prokaryotes, involving several intermediate mRNA processing steps, as well as trasport from
nucleus to cytoplasm.
Transkripsi, Pemrosesan dan Transportasi RNA, dan Terjemahan dalam Eukaryotes
Pada eukariota, transkripsi dan translasi tidak dapat digabungkan, transkripsi terjadi dalam
nukleus dan translasi terjadi dalam sitoplasma. Ini menimbulkan pertanyaan tentang
bagaimana transkrip gen diangkut dari nukleus ke sitoplasma dan apa yang menentukan
waktu dan tempat terjemahan mRNA. Sayangnya, kami memiliki pertanyaan-pertanyaan ini.
Kami tahu bahwa proses transkripsi dan terjemahan dalam eukariota lebih kompleks daripada
prokariota, yang melibatkan beberapa langkah pemrosesan mRNA menengah, serta trasport
dari nukleus ke sitoplasma.
The mRNAs of eukaryotes are derived from the primary gene turanscript by several
ypes of processing codon, and noncoding sequences (called "inter.(1) veming sequences" or
"introns") that are located between coding sequences (see the following sectiontra and
Chapter 13, pp. 356-359). Individual gene transcripts may undergo some or all of these four
types of processing. Not all mRNAs contain the 5' cap, nor do all of them have poly-A tails.
This has made it difficult to part determine the functions of these posttranscriptional of
modifications.
MRNA eukariota diturunkan dari turanscript gen primer oleh beberapa ypes kodon
pemrosesan, dan sekuens nonkode (disebut "inter. (1) sekuen veming" atau "intron") yang
terletak menjadi sekuen pengkodean rween (lihat bagian berikut dan Bab 13, hlm. 356-359).
Transkrip gen individu dapat menjalani beberapa atau semua dari empat jenis pemrosesan ini.
Tidak semua mRNA mengandung tutup 5 ', juga tidak semuanya memiliki ekor poli-A. Hal
ini membuat sulit untuk menentukan fungsi posttranskripsi modifikasi.
Most of the nonribosomal RNAs synthesized in the th nuclei of eukaryotic cells
consist of very large molecules that are highly variable in size (10S-200s, or ma about 1000-
50,000 nucleotides in length). This RNA 120 has been called heterogeneous nuclear RNA
abbreviated bnRNA. It now seems clear that much, if not most, of this hnRNA is really pre-
mRNA, Rapid processing of ing these giant hnRNA or pre-mRNA molecules in the nucleus
soon after transcription apparently results in (1) the bulk of the nonribosomal RNA
synthesized in the nucleus (probably segments of each prima y ranscript) being rapidly
degraded (average half-life of about 30 minutes) and (2) the formation of the smaller mFNA
nolecules that are transported to the cytoplasm However, It is not yet clear whether all, most,
or only pan of the hnRNA molecules synthesized in the nuclei of eukaryotic cells are, in fact,
pre-mRNA.
Sebagian besar RNA nonribosom yang disintesis dalam nuklei sel eukariotik terdiri
dari molekul yang sangat besar yang sangat bervariasi ukurannya (10S-200s, atau ma sekitar
1000-50.000 nukleotida panjangnya). RNA 120 ini disebut RNA nuklir heterogen yang
disingkat bnRNA. Sekarang tampak jelas bahwa banyak, jika tidak sebagian besar, dari
hnRNA ini benar-benar pra-mRNA, Pemrosesan cepat molekul hnRNA raksasa ini atau
molekul pra-mRNA dalam nukleus segera setelah transkripsi tampaknya menghasilkan (1)
sebagian besar RNA nonribosomal disintesis dalam nukleus (mungkin segmen dari masing-
masing naskah primer) dengan cepat terdegradasi (waktu paruh rata-rata sekitar 30 menit)
dan (2) pembentukan nolecules mFNA yang lebih kecil yang diangkut ke sitoplasma. Namun,
belum jelas apakah seluruh, sebagian, atau hanya bagian dari molekul hnRNA yang disintesis
dalam inti sel eukariotik, pada kenyataannya, pra-mRNA.
Definitive evidence for pre-mRNA processing in the formátion of eukaryotic mRNAs
has been obtained in the lcase of the B-globin gene transcript of the or mouse. In this case, a
15S hnRNA (or pre-mRNA 1200-1500 nucleotides long) is processed to a 9s (about 600
nucleotides long) B-globin mRNA
Bukti definitif untuk pemrosesan pra-mRNA dalam bentuk mRNA eukariotik telah
diperoleh dalam kotak transkrip gen B-globin pada tikus atau. Dalam hal ini, 15S hnRNA
(atau pra-mRNA 1200-1500 nukleotida panjang) diproses menjadi 9s (sekitar 600 nukleotida
panjang) B-globin mRNA
Similar evidence for hnRNA or pre-mRNA process ing in the formation of mature
mRNA molecules is arailable for many other eukaryotic gene transcripts This processing
often involves the excision of noncoding sequences or introns located between coding
sequences (called exons for expression).
Bukti serupa untuk proses hnRNA atau pra-mRNA dalam pembentukan molekul
mRNA dewasa adalah mudah untuk banyak transkrip gen eukariotik lainnya. Pemrosesan ini
sering melibatkan eksisi urutan nonkode atau intron yang terletak di antara sekuens
pengkodean (disebut ekson untuk ekspresi).
In addition, the MRNA of some eukaryotic viruses are known to contain leader
sequences (the sequence from the 5’ ends to the translation-initiation codons of mRNAs that
are transcribed from DNA that are not contiguous with the structural genes. Several different
mRNAs may, in fact, contain identical leader sequences. These leader sequences are
apparently processing. It is believed that these leader sequences must be involved in the
regulation of translation. However, their exact function(s) is not yet known.
Selain itu, MRNA dari beberapa virus eukariotik diketahui mengandung urutan
pemimpin (urutan dari ujung 5 'ke kodon translasi-inisiasi mRNA yang ditranskripsi dari
DNA yang tidak bersebelahan dengan gen struktural. Beberapa mRNA yang berbeda
mungkin, sebenarnya, mengandung urutan pemimpin yang identik. Urutan pemimpin ini
tampaknya sedang diproses. Dipercayai bahwa urutan pemimpin ini harus dilibatkan dalam
regulasi penerjemahan. Namun, fungsi tepatnya belum diketahui.
Translation in eukaryotes appears to be analogose to translation in prokaryotes except
that (1) the amino group of metyhionyl TRNA (the initiation RNA ) is not formylated and
(2) most eukaryoric mRNAs studied to date appear to be monogenic, such that only one
polypeptide species is translated from each mRNA In prokaryores, prokaryotes, many
mRNAs are polygenic that is, two or more different polypeptides synthesized from
nonoverlapping segments of a single mrna (see chapter 14, pp 393-397)
Terjemahan dalam eukariota tampaknya analog dengan terjemahan dalam prokariota
kecuali bahwa (1) gugus amino dari metyhionyl TRNA (RNA inisiasi) tidak diformat dan (2)
mRNA eukarior yang dipelajari sampai saat ini tampaknya bersifat monogenik, sehingga
hanya satu polipeptida Spesies diterjemahkan dari masing-masing mRNA. Dalam
prokaryores, prokaryotes, banyak mRNA bersifat poligenik, yaitu dua atau lebih polipeptida
berbeda yang disintesis dari segmen yang tidak bertumpang tindih dari mrna tunggal (lihat
bab 14, hlm 393-397)
The synthesis of one eukaryotic protein, the silk protein fibroin can bevualized by
electron microscopy using the techniques developed by O. L Miller) 269 B. A. Hamkalo, and
colleagues. Fibroin does not fold up on the surface of the ribosome as other polypeptides do
under the conditions used. As a result, nascent polypeptide chains of increasing length can be
seen atached to the ribosomes as one scans from one end (the mRNA 5' end) of the giant
polysomes (containing ribosomes; fibroin has molecular weight of over 200,000) to the oher
end (Fig 10.22)
 Sintesis dari satu protein eukariotik, protein sutra fibroin dapat dinormalisasi dengan
mikroskop elektron menggunakan teknik yang dikembangkan oleh O. L Miller) 269 B. A.
Hamkalo, dan rekannya. Fibroin tidak terlipat di permukaan ribosom seperti halnya
polipeptida lain dalam kondisi yang digunakan. Akibatnya, rantai polipeptida yang baru
tumbuh dengan panjang yang meningkat dapat dilihat menempel pada ribosom sebagai satu
pemindaian dari satu ujung (ujung mRNA 5 ') dari polisom raksasa (mengandung ribosom;
fibroin memiliki berat molekul lebih dari 200.000) ke ujung lain (Gbr 10.22)