Professional Documents
Culture Documents
MALDI-TOF MS BioTyper BRUKER PDF
MALDI-TOF MS BioTyper BRUKER PDF
Microbial Identification
for the 21st century… and
beyo d
beyond
• Estudios de evaluación
• Ejemplos de identificación
ó
• Micobacterias y Hongos
g
Microbiology- How is (was) ID Done
Methods for microorganism identification
Biolog system
BD Phoenix system
Biochemical methods
Take 24-48 hours for results to develop after culture
$4-$10
$4 $10 per sample
Automated
Culture media dependent
Sequencing and d molecular
l l methods
h d
4-6 hours after culture
Will ID even non-viable organisms (+/- aspects)
Can be automated, $30-$50 per sample
Other specific detection methods based on primers
available
Riboprinter for strain typing
FAME
Wouldn´t it be great, ...
• if this
thi method
th d would
ld be
b a molecular
l l approach
h
and not a phenotypical one?
• Estudios de evaluación
• Ejemplos de identificación
ó
• Micobacterias y Hongos
g
Qué es el MALDI-TOF?
MALDI-TOF-MS
b l
balanza para moléculas
lé l
Pesando moléculas
¿cómo
¿ ó podemos
d poner un
microorganismo en un espectrómetro
de masas y transformarlo en moléculas ?
Preparación de muestra
M est a
Muestra
Disolución
de matriz
Mezclamos ambas
en la
l placa
l de
d MALDI
Muestra p
preparada
p
Las moléculas se pueden generar
por evaporación
MALDI:
Thermo labile
H+
molecules are
embedded into host
lattice of small matrix
D
Desorption
i I i i i
Ionisiation
molecules in order to
protect them.
MALDI-
MALDI Matrix Sample
target
MALDI-Ionisation
Vacuum
Principio del
lock MALDI-TOF MS.
Vacuum system
• Estudios de evaluación
• Ejemplos de identificación
ó
• Micobacterias y Hongos
g
Identificación de microorganismos por
MALDI TOF MS
Flujo de trabajo con MALDI Biotyper:
? S l
Selección
ió de
d una colonia
l i Identificación
Microorganismo Preparación en la
MALDI-TOF MS Interpretación de los datos
desconocido placa de MALDI
(disponibles placas
reutilizables o de un
solo uso).
• Cost-effective
Each microbial species has a unique
proteomic fingerprint
fingerprint.
a.u.]
06
4364.0
Intens. [a
0.64
RS32 5095,82
6254..64
5380
RL34 5380 39
5380,39
RL33meth. 6255,39
4000
RL32 6315,19
315.49
RL30 6410,60
RL35 7157,74
63
RL29 7273,45
5096.01
3000
RL31 7871,06
7157.65
RS21 8368,76
73.87
6410.90
7
727
2000
70.62
68.99
787
836
1000
0
4000 4500 5000 5500 6000 6500 7000 7500 8000
m/z
MALDI Biotyper
Identifica bacterias gram+ y gram-,
gram levaduras y hongos
mediante su “huella dactilar“ proteómica
Bacillus subtilis
Escherichia coli
1 min
Candida albicans
Aspergillus fumigatus
MALDI Biotyper Features
02/2009
ghk@bdal.com
Preparación
p de muestra
Transferencia directa:
Transferencia Directa
90 – 95 %
Ex DT
~8%
Extracc.
~3 %
Seq.
Preparación de muestra
Transferir
material
Agua
desionizada
Preparación de muestra
Etanol
Inactivación
de patógenos
Preparación de muestra
Etanol
Preparación de muestra
Ácido fórmico
Acetonitrilo
Preparación de muestra
Analizar
sobrenadante
10 min
Preparación de muestra
MALDI Biotyper – Puntuación basada en los
patrones de coincidencia
Match to
Unknown references
samples
Identification
results
MALDI Biotyper
Open Microbiology Concept
Export MSP
• Estudios de evaluación
• Ejemplos de identificación
ó
• Micobacterias y Hongos
g
Estudios de Evaluación
Baja
j influencia de las condiciones de cultivo
Pseudomonas oleovorans crecido en medios diferentes
1000
0 Psdm. oleovorans B396_Medium 464
1000
0 Psdm. oleovorans B396_Medium 53
1000
0 Psdm. oleovorans B396_Medium 65
1000
0 Psdm. oleovorans B396
B396_Medium
Medium 98
1000
500
0 Psdm. oleovorans B396_MRS10
2000
1000
0 Psdm. oleovorans B396_YPD
2000
1000
0 4000 5000 6000 7000 8000 9000 10000 11000
m/z
Estudios Multi-Centro
Estudio de Evaluación de Cumplimiento
Test de estrés
est és
Identificación de 20 especies de cultivos de colección complicadas
de identificar,, medidas múltiples
p en días consecutivos
(reproducibilidad inter- e intra-dia)
Objetivo: Exactitud en la identificación > 90%
Miller, J.M. 1991, Evaluating biochemical identification systems. J. Clin. Microbiol. 29:1559-2101
Manual for Clinical Microbiology, Murray, Patrick R., ed. in chief; Baron, Ellen Jo, ... [et al.], 9th ed. ASM
Press, 2007, page 202
Estudios Multi-Centro
Estudio de Evaluación de Cumplimiento
Bacterias Gram
Gram-positivas:
positivas:
Test de estrés Kocuria kristinae DSMZ 20321
Streptococcus
pyogenes DSMZ 2071
Enterobacteriaceae: Staphylococcus
lugdunensis DSMZ 4804
Leclercia adecarboxylata DSMZ 5077 Staphylococcus
Proteus vulgaris DSMZ 13387 sciuri DSMZ 20345
Enterobacter cloacae DSMZ 30062 Streptococcus equi DSMZ 20727
Test de estrés
Levaduras: Otras Bacterias Gram
Gram-negativas
negativas
Saccharomyces cerevisiae DSMZ 70449
Ochrobactrum
Yarrowia lipolytica DSMZ 1345
anthropi DSMZ 6882
C did tropicalis
Candida t i li DSMZ 1346
Brevundimonas
Candida albicans DSMZ 1386 diminuta DSMZ 7234
Candida parapsilosis DSMZ 5784
Sphingobacterium
S hi b t i
Candida glabrata DSMZ 11950 spiritivorum DSMZ 11722
Clavispora lusitaniae DSMZ 70102
Estudios Multi-Centro
Estudio de Evaluación de Cumplimiento
• Estudios de evaluación
• Ejemplos de identificación
ó
• Micobacterias y Hongos
g
MALDI Biotyper - nonclinical
Food Pharma
• Trace-back of contaminations • Trace-back of contaminations
• Dairy products • Control of raw materials
• Beer production • 2 CFR
21 C Part 11 Support
S
• Rapid Salmonella detection
• Fish and meat species
• Product authenticity testing
Animal Health
Agriculture/
A i lt / • Mastitis
Environmental • Difficult organisms
• Ballast water analysis
y • Subtyping to differentiate
• Taxonomy d
dangerous iinfections
f ti ffrom
• Dereplication of microbial opportunistic pathogens
communities • Tracking of microbes specific
for certain poultry flocks.
Identification of lactic acid bacteria
www.bruker.com
Pectinatus sp.
sp S.
S cerevisiae
Carola Kern
Julia Usbeck L. brevis
Mathias Hutzler
Rudi F. Vogel
100%
75%
50%
9.4
90 6
90.6
25%
0%
Correct 1.100 1.1205 1.1326 1.1370 1.315
Strain
St i level
l l id
identification
tifi ti was achieved
hi d iin around
d 90% off a ttotal
t l off more than
th
200 samples
Product Authenticity Testing
Espectros
Espect os de diferentes
dife entes especies de Listeria:
Liste ia
L.monocytogenes, L.ivanovii ssp ivanovii, L.ivanovii ssp londoniensis,
L.innocua, L.seeligeri, and L.welshimeri.
Diferenciación de Listeria spp
• Estudios de evaluación
• Ejemplos de identificación
• Micobacterias y Hongos
g
Fungi
g Library
y & Mycobacteria
y Library
y