PELAYANAN

MIKROBIOLOGI KLINIK

Komite Pengendalian Resistensi Antimikroba

KEMENTERIAN KESEHATAN R.I

Kuntaman
1
 INTRODUCTION
• Dua tempat tugas utama Clin
Microbiologist (Finch et al, 2005):
– Di Laboratorium Mikro: melakukan
pemeriksaan Lab Mikro
– Secara fisik di area klinik (Wards): bersama
klinisi terkait, melakukan interpretasi dan
terapi penyakit infeksi

Finch, R., Itrymewicz, W. and van Eldere, J. 2005. Report of working group 2: Health care needs in the
organization and management of infection. Clin Microbiol Infect; 11(Suppl.1):41-45
2
• Kebutuhan klinik

– Laporan Mikro yg akurat dan cepat

– Untuk de-escalasi
– Pasien segera sembuh
(WHO, 2001)

3
• Microbiological need
– sample collection: akurat dan cepat
– Pengambilan sampel cara aseptik
– Segera kirim ke Lab Mikro
– Beri data lengkap
– Who (Pts)
– What (Specimen)
– When (Sample collection)
– What examination
4
 Update Issues:
Apa yg bisa didapat oleh Klinisi dari Mikro

• When: the report can be informed

• What : to be reported
• How : to report the susceptibility test
• Background:
– de-escalating therapy base on Micro data (1-3
days)
– the principles of prudent use of antimicrobial drug
therapy (right drug, dose)

5
KAPAN ??

6
 Case-1: FMale, 48 th,
Observation for Contusio Cerebri, Respirator,
Febris & Resp distress; Auscultation: Crepitation
Thoraks photo: Pneumonia
Blood: Leuco 18.000/ml

?
Micro Lab 7
 SAMPEL MIKRO ??
• What disease?
• Where the source of nfection?  it should be
sampled
• The time of sampling is essential

8
DAY-1 of Diagn:
• Blood Culture
– Blood: Bactec
• Sputum Culture

– Day 1: Gram Stain:  GNB

Epithel (<10/low power field ?),
Leucocyte (>25/low power field ?),
– Day 2 : ?
– Day 3 : ?
– Day 4 : ?
– Day 5 : ?
– Day 6 : ?
– Day 7 : ?

9
 ICU – Dr Soetomo Hospital SBY
Sputum: Jan – Dec 2010
Mirobes n % % %
Pseu aeruginosa 75 45
Kleb pneumoniae
69
40 24 84
Acinetobacter spp 26 15
Entero aerogenes 7 4
Pseudomonas spp 5 3
E.coli 3 2
Proteus mirabilis 1 1
Staphy aureus 7 4
Staphy coa negatif 2 1
Strepto pneumoniae 2 1
Total 168 100
 Resistance = %
Ps aer Kleb Acin Ent
Amikacin 32 9 35 11
Cotrimoxazole 73 57 50 48
Cefotaxim 71 71 63 50
Ceftazidime 34 62 53 40
Ceftriaxon 61 72 67 53
Cefepim 20 32 41 21
Fosfomycin 36 11 50 14
Meropenem 21 2 3 2
Ciprofloxacin 47 47 53 41
Amox-Clav 95 34 63 54
Piper-Tazobactam 19 16 28 18
Ampi-Sulbactam 96 68 26 57
Cefo-Sulbactam 49 33 25 26
DAY-2 etc of Diagn:
• Blood Culture
– Bactec
• Sputum Culture
– Day 1: Gram Stain:
Epithel (<10 ?), Leucocyte (>25 ?), GNB
– Day 2 : Bactec (-)
– Day 3 : Klebsiella pneumoniae & Res Pattern; Bactec (-)
– Day 4 : ?
– Day 5 : ? Bactec (-)

Report by phone
12
Hasil Pemeriksaan Mikrobiologi
Bakteri: Klebsiella pneumoniae
Antibiotika Hasil resistensi
Ampicillin R
Cephalotin R
Gentamicin R
Amikacin S
Amox-Clavulanic S
Cefotaxime S
Ceftriaxone S
Cefepim S
Ciprofloxacin S
Co-trimoxazole R
Cefoperazon-Sulbactam S
Meropenem S 13
 PRINSIP PENGELOLAAN SPESIMEN

1. Utamakan keselamatan dan keamanan petugas

pengambil spesimen:
Menggunakan alat pelindung
diri (APD) sesuai keperluan

Wadah spesimen bertutup ulir

dan tidak mudah bocor

Lepaskan jarum

2. …….
 … prinsip pengelolaan spesimen

2. Pertimbangkan kenyamanan dan

keamanan pasien:

Informed consent sebelum mengambil spesimen

Tepat dalam waktu, pemilihan dan cara
pengambilan spesimen  mencegah resampling

3. …..
 … prinsip pengelolaan spesimen

3. Jumlah mikroorganisme hidup saat kultur

cukup
Waktu pengumpulan spesimen tepat
Volume spesimen cukup
Media transport , penyimpanan dan transportasi yang
baik
Permintaan jenis pemeriksaan yang tepat
Sebelum pemberian antibiotika / bebas antibiotika ±
3 hari
Bakteri anaerob: transportasi khusus
4. …..
 … prinsip pengelolaan spesimen

4. Hindari kontaminasi flora normal atau

dari lingkungan

Cara pengumpulan spesimen

Tindakan asepsis
Wadah steril dan tertutup rapat / tidak bocor
5. Komunikasi yang baik antara dokter
dan laboratorium mikrobiologi
 PELABELAN
• Identitas penderita: Nama, Umur, Jenis
Kelamin
• Jenis permintaan pemeriksaan/ biakan
• Jam dan tanggal pengambilan spesimen
• Jika sampel lebih dari satu pada tiap
penderita, misal tiga spesimen, beri tanda: ‘1
dari 3’, ‘2 dari 3’, 3 dari 3’

18
20/Jan/06; 06.00 wib 10/Maret/06; 10.00 wib
Sarti, Wanita, 60 th, Suto, Laki, 35 th
Darah 1 dari 2;
Biakan aerobik
Abses; Anaerob

20/Jan/06; 06.00 wib

Sarti, Wanita, 60 th, 20/Jan/06; 06.00 wib
Darah 2 dari 2; Hidayat, Laki, 60 th,
Biakan aerobik Urin; Biakan aerobik

19
FORMULIR PENGIRIMAN SPESIMEN
Identitas pasien (nama lengkap, jenis kelamin, umur)
Identitas dokter pengirim (nama lengkap, alamat,
nomor telepon)
Alamat lengkap rumah sakit/ tempat pasien dirawat
Deskripsi singkat dan jelas asal spesimen
Tanggal dan jam pengambilan spesimen
Diagnosis atau keadaan klinis pasien saat pengambilan
spesimen
Permintaan pemeriksaan laboratorium mikrobiologi:
Aerob, anaerob, Gram
Antibiotika yang telah diberikan
 PENYIMPANAN DAN PENGIRIMAN
• Wadah :Steril, tidak pecah/ tidak bocor / tidak
tumpah
• Terbaik bila spesimen langsung dikirim ke
laboratorium pada suhu ruang
pemeriksaan/penanaman dilakukan dalam waktu
kurang dari 1 jam.
• Darah  SEGRA DIPERIKSA
• Swab  HARUS dalam medium transpor
 … penyimpanan & pengiriman

• Transportasi > 1 jam

– spesimen tanpa medium transport harus disimpan
dalam 4C, KECUALI untuk pemeriksaan darah,
anaerob, cairan tubuh, swab luka atau curiga
infeksi oleh Haemophilus, Meningokokus, dan
Gonokokus

– Gunakan medium transport  diperiksa kurang dari

24 jam.

• Medium transport : Stuart, Amies, Cary-Blair,

Pepton alkali, thioglikolat
Spesimen yang Diambil Pasien Sendiri
• Urin, Sputum, Feses, Semen

• Jangan menganggap pasien sudah tahu cara

mengambil

• Jika perlu: Instruksi tertulis: apakah akan

dibaca dan dimengerti?
Verbal, gambar dan tertulis
 SALURAN KEMIH: URIN

• Pemeriksaan semikuantitatif
• Sampel:
– Mid stream urine ( Clean catch urine, urin porsi
tengah)
– Supra pubic puncture – terutama kultur anaerob
– Urin kateter
• Transport :
– Dalam 2 jam, suhu ruang
– > 2 jam : lemari es 40C (bukan freezer)
 Cara pengumpulan spesimen urin

1. Mid stream urine ( Clean catch urine )

JELASKAN!
urin pertama di pagi hari
spesimen dikumpulkan di
pertengahan urin dikeluarkan
Penis / vulva dibersihkan dengan air
sabun atau tissue basah steril
Hindari urin mengenai kulit
 Cara pengumpulan spesimen urin

2. Urin Kateter
• bukan dari catheter bag

• kumpulkan dari selang indwelling catheter

melalui sampling port setelah dibersihkan
dengan swab alkohol terlebih dahulu

• TIDAK dapat digunakan potongan ujung kateter

Cara pengumpulan spesimen urin

Juni 2006
 SPESIMEN SALURAN CERNA

 FESES
 Feses segar sebanyak + 10 gram/ 1 sendok
teh, taruh dalam wadah bersih, jangan
tercampur dengan urine atau air kloset.
 Feses berdarah atau berlendir, ambil
bagian berdarah/ berlendir
 … spesimen saluran cerna

USAP DUBUR (rectal swab)

 Bayi, konstipasi
 memasukkan lidi kapas steril
sepanjang 1 inchi/ 2,5 cm ke
dalam sfingter anus. Secara hati-
hati, putar lidi kapas pada kripte
anus searah jarum jam dan putar
balik lidi kapas.
 Bila tidak langsung ditanam,
masukkan ke dalam media
transport Carry-Blair.
Juni 2006
 … spesimen saluran cerna

 Spesimen feses dikirim pada suhu dingin dalam

2 jam
 Usap dubur di dalam medium transpor dikirim
pada suhu ruang sampai 6 jam
 Pemeriksaan spesimen feses dilakukan dengan
tujuan untuk mengisolasi Shigellae,
Salmonella, E. coli patogen, dan dengan
permintaan khusus yaitu Clostridium difficile,
Vibrio, dan Yersinia.
 SALURAN NAPAS BAWAH

• SPUTUM
– Bukan saliva !!!
– Mukolitik dan inhalasi
sebelumnya
– Bangun tidur – berkumur
dengan air matang
– batuk dalam
– Wadah steril
 Sputum
• Sputum yang dikeluarkan secara spontan
• Sputum yang dikeluarkan dengan induksi
• Sputum dari endotrakheal yang diambil melalui
mucus extractor atau double lumen suction
• TIDAK dapat digunakan potongan ujung selang

mucus extractor
 LUKA / ABSES
• Cara : biopsi (terbaik), aspirasi, dan swab
• Anaerob : biopsi dan aspirasi
• Aspirasi untuk :
– Abses tertutup
– Luka bergaung dengan cairan di dalamnya yang tertutup
debris superfisial
• Swab :
– Pus diluar dibersihkan terlebih dahulu dengan swab yang
telah dicelupkan dengan NaCl steril;
– dengan swab baru buat usapan dari dasar ulkus
• Tidak dianjurkan untuk mengambil pus yang berasal
dari drain
Faktor Penting dalam Pengambilan Spesimen
DARAH

• Tipe bacteremia
• Metode pengambilan
spesimen
• Volume
• Jumlah spesimen
• Waktu pengambilan spesimen
• Interpretasi
 Jumlah Set
2-3 set spesimen akan dapat meningkatkan
angka deteksi~99% episode sepsis.

JANGAN hanya menggunakan 1 set

spesimen untuk diagnosis sepsis pertama
kali

Jka 2 spesimen: lengan kanan & Kiri

• Pemeriksaan biakan ujung CVC hanya dilakukan
bersamaan dengan pengambilan darah vena
untuk biakan
• Indikasi: sepsis karena infeksi aliran darah
• Biasanya dilakukan bila tidak ditemukan sumber
infeksi lain (pneumonia, infeksi intra abbdomen,
ISK, dll)
• Bila hasil biakan ujung CVC sama dengan biakan
darah, dianggap sumber infeksi adalah ujung CVC
 Kasus-2
• Laki, 55 th, dirujuk ke RS karena gagal jantung
yang tidak teratasi
• Terapi saat masuk: obat untuk gagal jantung
• Pemeriksaan di RS:
• Pasien dgn Gagal Jantung
• Suhu tubuh 380C (axilla)
• DPL: Lekosit 16.000/dl
• Kultur Darah dari 2 tempat pengambilan (2
botol)

37
 Hasil lab Mikrobiologi Klinik

Staphylococcus epidermidis
(pd 2 spesimen)
–Penyebab ? atau
–Kontaminan?

38
CLINICAL SIGNIFICANCE OF Staphylococcus
epidermidis

# of sets # of sets % % % Pos Pred

Positive Obtained Significant Contam Indeterm Value (%)
1 1 0 97 3 55
1 2 2 95 3 20
2 2 60 3 37 98
1 3 0 100 0 5
2 3 75 0 25 91
3 3 100 0 0 100

Spesimen: darah vena

Tokars, JI. Clin Infect Dis , 2004; 39:333
 SPUTUM
– Sputum patients, screening required:
• <10 epis/lpf: Read and report Gram stain.
Accept specimen for culture
• >10 epis/lpf: Report epithelial cells only.
Reject and report a indicate excessive
oropharyngeal contamination. Please
resubmit new specimen” Call the physician
immediately to notify him/her of the
rejection.

ASM-PAMKI Training, 2014

 Interpretasi Uji Kepekaan

• Ikuti Pedoman CLSI

• Grup mikroba tertentu, diuji dgn Grup
AB tertentu (CLSI)
• Perhatikan intrinsic resistance:
–Enterobacteriaceae vs Ery
 Antibiogram
• Mikroba dan kepekaannya terhadap
antimikroba di suatu fasyankes (rumah sakit)
yang diperoleh dari spesimen pasien dengan
infeksi

• Pedoman CLSI M39-A 4: Analysis and

Presentation of Cumulative Antimicrobial
Susceptibility Data
 Antibiogram
Digunakan untuk:
• Acuan pemilihan terapi antibiotik empirik
• Memonitor kecenderungan (trends) resistensi
mikroba di suatu fasyankes atau wilayah
tertentu  pengendalian AMR
• Membandingkan kepekaan antar
institusi/fasyankes
Kebijakan Antibiotik adalah salah satu komponen
penilaian akreditasi pelayanan kesehatan,
antibiogram adalah salah satu acuan dalam
penyusunan Kebijakan Antibiotik
Pedoman Penyusunan Antibiogram
• Analisis data dilakukan 1x/tahun
• Hanya isolat dari pasien dengan infeksi, bukan
skrining atau kontaminan
• Jumlah isolat ≥30 per spesies
• Hanya isolat yang diperoleh pertama kali selama
pasien dirawat di RS
• Uji kepekaan dilakukan hanya terhadap antibiotik
yang rutin diuji
• Dilaporkan: persen peka (%S)
• Keterangan metode yang digunakan
Health Services Microbes Quant (%)
Inter-Surgery E coli 446 (40,3)
K pneumo 159 (14,4)
Urine Ac baumannii spp 114 (10,3)
Entero faecalis 98 (8,9)
Enterobacter spp 90
Staph haemolyticus 89
Pse aeruginosa 73
Staph sciuri 14
Staph aureus 13
Proteus mirabilis 11
Total 1.107
 Internal Med & Surgical: Urine
E coli Ent aerog Ent cloacae P.mirabilis
n Sen% n Sen% n Sen% n Sen%
AK 446 98 22 82 68 96 11 100
GEN 446 67 22 41 68 44
TOB 446 45 22 36 68 34 11 73
CIP 446 20 22 32 68 34 11 55
LEVO 446 21 22 32 68 68 11 55
CTX 446 25 22 18 68 19 11 73
CRO 446 15 22 14 68 15 11 55
CAZ 446 11 10 80 10 90
PTZ 446 40 22 41 68 46 11 82
FEP 446 18 22 50 68 24 11 64
ERTA 446 65 22 68 68 54 11 82
IMI 446 73 22 82 68 91 11 100
MEM 446 95 22 82 68 91 11 100
TET 446 23 22 36 68 34 11 0
SXT 446 22 22 36 68 34 11 55
 Contoh Antibiogram: Spesimen Sputum
Ruang Rawat Penyakit Dalam, RS X, Jan-Juli 2014

% Susceptibility
Organisms N AMK GEN TOB AMC FEP CTX CAZ CRO TZP CIP LVX ETP IPM MEM
Acinetobacter
baumanii 92 67 45 47 0 27 8 - 19 35 35 40 0 61 35
Enterobacter
cloacae 36 100 41 30 0 33 22 - 19 33 41 82 63 96 100
Escherichia coli 215 99 62 41 17 18 23 18 13 40 18 19 63 94 95
Klebsiella
pneumoniae 120 86 53 32 22 25 27 27 22 41 26 47 61 90 91
Pseudomonas
aeruginosa 62 71 44 42 0 44 0 75 0 71 34 46 0 71 69
AMK: Amikacin CTX: Cefotaxime CIP: Ciprofloxacin
GEN: Gentamicin CAZ: Ceftazidime LVX: Levofloxacin
TOB: Tobramicin CRO: Ceftriaxone ETP: Ertapenem
AMC: Amoxicilin clav-acid FEP: TZP: Piperacilin tazobactam IPM: Imipenem
Cefepime MEM: Meropenem
 Pemanfaatan hasil
pemeriksaan mikrobiologi

1. Sebelum ada hasil pemeriksaan

mikrobiologi terapi antibiotik empirik
2. Setelah ada hasil pemeriksaan
mikrobiologi  terapi antibiotik definitif
 RINGKASAN

1. Pelayanan Mikrobiologi Klinik:

 Dari Lab  Ruang perawatan
 Sebelum  setelah pemeriksaan Mikro
2. Diagnosis mikrobiologi:
• Pengecatan  biakan uji kepekaan
• Metode sederhana, lama kompleks, cepat
 RINGKASAN

3. Interpretasi klinik hasil Lab Mikro, dilakukan

lebih terarah di tempat perawatan pasien
4. Hasil pemeriksaan mikrobiologi klinik
digunakan:
a. Dasar terapi definitif saat ini
b. Dasar terapi empirik untuk masa datang
c. Analisis respon terapi
 RINGKASAN

5. Pemeriksaan radiologi: bisa sebagai penentu

penyebab dugaan sepsis

6. Peningkatan peran pelayanan mikrobiologi

klinik bersama Klinisi akan bisa menghemat
obat, waktu dan uang, serta menyelamatkan
pasien & Lingkungan