Trans  –  BIO  110  Lec  1(August  30  2018)   

PHOTOSYNTHESIS  AND  CELL  RESPIRATION  THE LIGHT REACTIONS OF PHOTOSYNTHESIS 

(ENERGETICS OF CELLS)   

A  summary  of  concepts  or  reiteration  from  the 

Youtube videos provided by Ma’am. 

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
   
   
   
   
PHOTOSYNTHESIS   
Occurs in autotrophs (self-synthesizing)   
   
CELLULAR RESPIRATION   
Occurs  in  BOTH  autotrophs  and  heterotrophs   
(relies on external sources)   
   
- Both  processes  are  linked  as  based  on  the   
figure above   
   
EQUATIONS   
Photosynthesis​:   The  structure  of  the  leaf  cell  in  which 
6CO​2​ + 6H​2​O + Light Energy -> C​6​H​12​O​6 +
​ 6O​2  photosynthesis occurs.  
  - The bottom structure is the typical plant 
Cellular Respiration  cell 
C​6​H​12​O​6​ + 6O​2 ​-> 6CO​2​ + 6H​2​O + Heat Energy  - The  magnified  box  figure  at  the  upper 
  right of the plant cell is the c
​ hloroplast 
- They are reverse reactions of one another  o Outer and Inner membrane 
- Note the side which has energy:   o Thylakoid Membrane 
o For  photosynthesis,  light  energy  is  the  o Granum  –  a  stack  of 
one  that  drives  process  for  making  the  thylakoids 
carbon-based  materials/products  o Stroma  –  the  inner  fluid 
(Organic Molecules)  where carbon fixation occurs 
o For  cellular  respiration,  heterotrophs  - The  black  and  white  image  is  an 
utilize  the  carbon-based  materials  electron  microgram  of  an  actual 
(Glucose  –  one  of  the  simplest  carbon  chloroplast  
based  compound)  to  derive  energy  to   
promote  cellular  processes  to  maintain    
life    
   
   
PHOTOSYNTHESIS   
- It  is  often in plants where photosynthesis takes   
place   
- Occurs in the chloroplasts of plants   
- REQUIREMENTS: Carbon Dioxide and Water   
- PRODUCTS:  Organic  Molecules   
(Hydrocarbons) and Oxygen   
o These  products  are  in  turn  utilized  by   
heterotrophs  HOWEVER  autotrophs   
also has cellular respiration occurring in   
their mitochondria  This  images  shows  that  to  catch  sunlight,  light 
  capturing  pigments  are  needed  (example  here  is 
  chlorophyll b) 
  ● We  see  green  when  chlorophyll  is 
  present  in  the  leaves  because 
  pigments  like  chlorophyll  a  and  b 
  reflect the color green 
 ● Chlorophyll  a  is more light absorbing 
in  the  relative  spectrum  of  visible 
light 
 
This  left  image  shows  the  region  which  is the main 
light capturing portion of the chlorophyll molecule.  
● The  hydrocarbon  tails  shown  here 
are  strictly  anchorage  structures  to 
the thylakoid membrane 
● Porphyrin  ​is  the  name  of  the  head 
region  of  chlorophyll  molecules  and 
at  the  very  center  there  is 
magnesium  where  the  electrons  will 
eventually  jump  out  when  a  photon   
of  light  hits  the  porphyrin  portion  of   
the molecule.  This  summarizes  part  of  the  light  dependent 
● The  arrangement  of  the  chlorophyll  reactions (see HW) 
molecules  in  the  thylakoid  actually  ● The  arrow  at  the  extreme  left  is  an 
comprises the p ​ hotosystem  indication of energy state. 
  o The  higher  the point in the arrow, the 
  higher  the  energy  state.  The  higher 
  the  position  of  any  parts  within  the 
  system,  the  greater  is  the  energy 
  state. 
  P680 Photosystem (Photosystem II) 
  o The P680 refers to the wavelength of 
  light  
  o The  naming  is  based  on  the 
  chronological discover and evolution 
  o The  first  photosystem  where  light 
  interacts with 
   
  Electron Transport Chain 
  ● A  series  of  proteins  in  the  thylakoid 
  membrane  which  is  responsible  for 
The  surrounding  molecules are typically chlorophyll  pumping  hydrogen  ions  into  the  thylakoid 
b  and  the  one  at  the  center  is usually chlorophyll a.  space.  Hence,  the  hydrogen  ions  inside  the 
It would generate a much higher excited electron.  thylakoid  space  increases  (H+  ions 
● This  photon  of  light  jumps  from  one  increase)  
chlorophyll  molecule  to  another  until  it  ● Energy  for  the  transport  of  ions  through 
reaches the center (the ​reaction center​)  pumps  is  derived  from  the  movement  of 
  electrons  through  the  electron  transport 
● The  different  chlorophyll  molecules  chain. (Some ATP has been produced) 
surrounding  the  center  are  called  an   
antenna  complex​.  It  captures  a  signal 
(photon).  
 
● Once  center,  an  excited  electron  (high 
energy)  is  generated.  As  it  goes  down,  it 
provides  the  energy.  Without  material  to 
capture  this  fall,  this  energy  will only be lost 
as  heat  BUT  in  the  chloroplast,  materials 
catch  this  release  of  energy  as  the  electron 
falls  back  to  the  ​ground  state  ​(unexcited 
state). 

 
 
P700 Photosystem (Photosystem I) 
The transfer of electrons in another photosystem 
 
● Electron is being passed on to Fd. 
o Fd  is  ​pyridoxine.  ​The  chemical  that 
catches  the  excited  electron  in  this 
photosystem 
● Fd  coveys  this  electron  to  an  enzyme 
(NADP+ reductase) 
 o NADP+  Nicotinamide  adenine 
dinucleotide  phosphate  (oxidized 
version because it lacks an electron) 
o NOTE:  If  there  is  an  H  that  means  it 
has  become  ​reduced  ​as  it  receives 
an  electron  with  an  accompanying 
hydrogen ion.  
o NADPH  ​is  formed  (reduced  form  of 
NADP+) 
 
 
 
 
 
 
   
   
   
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
The  equation  shown  there  represents  what 
  happens  and  what  is  needed  to  generate  a 
The production of ATP  carbon-based source for energy utilization.  
● The  picture  above  shows  a  portion  of  the   
thylakoid  membrane  and  the  gray  area  is  IT  IS  NOT  DIRECTLY  GLUCOSE  BUT  ​G3P 
the  thylakoid  space  and  shown  in  white  is  (glyceraldehyde  triphosphate)  ​that  is  formed 
the outside is the stroma  during the Calvin Cycle. 
   *​It  is  not  needed  to  memorize  the  products  and 
● 4H+  is  the  proton  number  of  ions  reactions  of  the  light  reactions  and  calvin  cycle  – 
contributed  by  the  Electron  Transport  Chain  HOWEVER,  take  note  of  the  ​accounting  molecules 
(ETC)  during  photophosphorylation  of  the  used and produced in the cycle. 
ATP   
    
 
● A  gradient  of  H+  ions  will  facilitate  the 
 
production  of  ATP  via  chemiosmosis  as 
 
they  pass  through  the  only  opening  of  the 
 
membrane  –  ​ATP synthase​, an enzyme that 
 
will  activate  the  phosphorylation  of  ATP 
 
once H+ ions pass through. 
 
 
 
CONCLUSION   
Two products are formed: ATP and NADPH   
   
   
THE CALVIN CYCLE   
 
 

G3P  ​is  not  only  a  source  material  for  glucose  but 

also  for  other  carbon-based  compounds  including 
fatty acids. 
 
A  separate  process  occurring  in  the  stroma 
explains the production of glucose. 
 
 
 
 
  ● Why would photorespiration so problematic? 
  o In  producing  CO​2​,  the  ATP  and 
  NADPH  which  came  from  the  light 
  dependent  reactions  are  spent  and 
  O​2 is
​ used up 
   
  ● RuBisCO  actually  has  an  affinity  for  both  O​2 
  and  CO​2  but  with  greater  affinity  for  CO​2 
  hence,  C3  photosynthesis  occur  typically 
  BUT  when  the  CO​2  concentrations  are really 
  low, it shifts affinity for O​2 
RuBisCO  Rubilose  Biphosphate  Carboxylase  o CO​2  levels
​   decrease  because  of  the 
Oxidase  following: 
● It  can  function  as  a  carbon  fixing  ▪ Hot  temperatures  –  the 
enzyme. In carbon fixation, inorganic  stomata  (breathing  holes  of 
carbon  dioxide  is  transformed  into  the  plant) close up in order to 
usable carbon-based material.  conserve  water  but  less  CO​2 
● It  can  function  as  an  oxygenase  –  enters thus, lower levels of it. 
when  RuBisCO  interacts  with  o As  CO​2  levels
​   decrease, 
oxygen,  the  consequence  is  photorespiration  occurs.  C3  Plants 
photorespiration​.  have  no  defense  against  it  –  unlike 
  C4 Plants. 
  o They  have  no  way  of  inhibiting  the 
  costly effects of p ​ hotorespiration​. 
  ▪ Oxygen   is   used  up  and  CO​2 
  fixation does not happen. 
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
C3 Plants   
● When  photorespiration occurs in this kind of  C4 Plants 
plants,  45%  of  carbon  atoms  are  lost.  ● Notice  the  Palisade  Mesophyll  surrounding 
Instead  of  becoming  sugar,  these  carbons  the  vascular  bundle  is  very  important  since 
are lost as CO​2.  it provides an advantage 
  o It  is  in  the  green  palisade  mesophyll 
● The  C3  corresponds  to  the  three  where most Calvin Cycles will occur 
carbon-molecule  3-PGA  which  is  the  first  o In  the  C4  Plants,  this  palisade 
reaction  product  of  RuBisCO  interacting  mesophyll  is  associated  with  the 
with  the carbon-based material of the Calvin  vascular  bundle  (bundle  sheath 
Cycle.  cells)  where  photorespiration  takes 
  place. 
● Example  of  C3  Plants  are  culturally  o They  are  compartmentalized.  There 
important plants such as rice, wheat etc.  are separate areas where CO​2 and O​2 
  are produced. 
 ▪ Therefore,  the  effects  of   
photorespiration is reduced.   
 
 
 
 
 
 
 
 
CRASSULACEAN ACID METABOLISM 
Compartmentalization  can  be  ​temporal  (based  on 
time).  
 
Photorespiration  can  occur  at  a  different time from 
  the  typical  light  independent  reactions  (spatial 
● These  are  the  bundle  sheet  cells  where  the  compartmentalization). 
Calvin Cycle occurs.   
● The  bundle  sheet  in  C3  plants  do  not  have  Ex. Family of succulent plants like cacti 
RuBisCO  but  are present in the bundle sheet   
of the C4 plants.  Both  the  light  independent  reactions  and 
● When  limited  CO​2  is  present,  it  enters  the  photorespiration  both  occur  in  the  mesophyll  – but 
mesophyll.  CO​2  is  catalyzed  by  the  enzyme  are  occurring at different times (one at daytime and 
PEP  the other at nighttime) 
● Malate  is  also  a  four  carbon  compound  –   
an  intermediate  compound  for  the  Adaptations  that  help in limiting the costly effects of 
conversion.  Malate  enters  the  bundle  photorespiration 
sheath  cell  (plasmadesmata)  where  it  can   
be  contribute  to  the  Calvin  Cycle  (it  is being  1. Spatial compartmentalization for C4 plants 
recycled)  2. Temporal  compartmentalization  for  CAM 
● This special compartmentalization of the C4  plants 
plants  allow  for  formation  of  pyruvate   
molecules despite low levels of CO​2​.   
● Why C4? ​Due to the four carbon compound.  CELLULAR RESPIRATION 
  ● Also  known  as  ​aerobic respiration ​(requiring 
C4  plants  are  efficient  in  conserving  energy  when  the process of oxygen) 
temperatures  are  hot  and  are  more  productive  ● Although  some  forms  of  respiration  do  not 
(corn and sugar cane).  require oxygen 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
   
   
   
   
  FOUR MAJOR PHASES 
  1. Glycolysis  
 2. Conversion  of  pyruvate  (Pyruvate oxidation)  These show the gains. (See white box) 
to a cofactor Acetyl CoA 
3. Kreb’s Cycle or Citric Acid Cycle  
4. Electron Transport Chain Phosphorylation  
 
This  occurs  in  the  mitochondrial  membranes  and 
each  phase  generates  ATP  with  the  most  number 
of  ATP  being  generated  during  oxidative 
phosphorylation. 

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
The  above  diagram  is  the  intermediate  step  of  the 
pyruvate  going  into  the mitochondrion. (See HW for 
description) 
   
  Acetyl CoA  
  Your  carbon  based  molecule  that  will  later  be  the 
  first  to  react  with  the  Kreb’s  Cycle  (Citric  Acid 
  Cycle) 
   
  NOTE:  Just  describe  the  general  cycles  involved  in 
  the cycles 
   
   
 
 
 
 
 
There  are  actually  10  steps  involved  in  the process 
of  glycolysis.  (Take  note  of  the  accounting  of  the 
molecules) 
 
(Next  slide  are  the  products  that  came  out  of 
glycolysis – see HW for full answers) 
 
Glycolysis  starts  with  the  substrate  ​glucose  and 
ends with ​pyruvate​.   
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
This  diagram  shows  the  energy  investment  and 
energy payoff for glycolysis. (Accounting) 
 
Reactions steps 1 – 5 
They invest energy or have to spend ATP. 
Reaction steps 6-10 
  
This  chart  provides  an  overview  of  the  ​oxidative 
phosphorylation f​ ollowing the Kreb’s Cycle.  
   
FADH​2    
● Happens  to  be  another  electron  carrier   
along with NADH (A reduced form)   
● Some  can  come from the Kreb’s Cycle while   
others can come from the cytosol.   
   
THE ELECTRON TRANSPORT CHAIN   
● A  series  of  proteins  where  electrons  are   
passed along   
● Every  time  an  electron  is  passed  along,   
energy is generated to pump protons (H+).   
● In this case, the pump’s direction is from the   
mitochondrial  matrix  (interior)  going  to  the   
cytosol.   
● Every time there is this passage of electrons   
through  these  proteins,  the  protons  are   
pumped  upward  –  generating  the  ​proton  This  is  simply  a  comparison  of  chemiosmosis 
gradient​ for chemiosmosis   occurring  in  the  mitochondrion  and  in  the 
o Chemiosmosis  is  the  movement  of  chloroplast.  Both  require  chemiosmosis  to  operate 
ions  across  a  semipermeable  their respective ATP synthase. 
membrane,  down  their   
electrochemical  gradient.  An  Differences 
example  of  this  would  be  the  ● Direction of movement of the proton pump 
generation  of  adenosine  ● The difference in outcome of production. 
triphosphate (ATP) by the movement   
of  hydrogen  ions  across  a 
membrane during cellular respiration 
or photosynthesis. 
● ATP  Synthase  ​(unlabeled  channel  protein) 
As  H+  moves  to  it,  it  provides  the  force  for 
turning  the  ATP  synthase  on  for  producing 
the ATP 
 
 
 

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
   
   
Why  is  there  no  exact  value  for  the  number  of  ATP 
produced during cellular respiration? ​(see HW) 
It’s  not  a  whole  number​.  ​It  can  vary  from 34 ATP to 
38. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FERMENTATION 
 

 
 
In fermentation, enables us to produce ATP (but not 
as much during aerobic respiration). 
 
The  diagram  above  essentially  summarizes  two 
types of fermentation: 
 
1. Alcohol Fermentation 
- Involved  in  the  process  of  making  wine 
(yeast) 
2. Lactic Acid Fermentation 
- Involved  in  muscle  cramps  where  there 
is  oxygen  debt  in  fatigued  muscles 
which  is  partly  explained  by  a  lack  of 
ATP in muscle contraction 
 
Fermentation  involves  two  or  three  steps  in 
regenerating  the  ​pyruvates​.  They  can  be  used  up 
again if the situation of a lack of oxygen persists 
(Watch the video lol)