DNA Addressing with Microelectrodes

A unique and novel application patented by Nanogen of San Diego, California [25],
makes use of microelectrode arrays in the analysis of DNA fragments of unknown
sequences. The approach exploits the polar property of DNA molecules to attract
them to positively charged microelectrodes in an array. The analysis consists of two
sequential operations, beginning first with building an array of known DNA capture
probes over the electrode array, followed by hybridization of the unknown
DNA fragments. DNA capture probes are synthetic short chains of nucleotides of
known specific sequence.
Applying a positive voltage to a selection of microelectrodes in the array attracts
previously synthesized DNA capture probes to these biased electrodes, where they
chemically bind in permeable hydrogel layer that had been impregnated with a coupling
agent (see Figure 6.10) [26]. Microelectrodes in the array that are negatively
biased remain clear. Subsequent washing removes only unbound probes. Immersion

in a second solution binds a second type of DNA capture probes to another set of
biased electrodes. Repetition of the cycle with appropriate electrode biasing sequentially
builds a large array containing tens and potentially hundreds of individually
distinct sites of DNA capture probes differing by their sequence of nucleotides. The
removal of a capture probe from a particular site, if necessary, is simple, accomplished
by applying a negative potential to the desired microelectrode and releasing
the probe back into the solution. It is this electrical addressing scheme to selectively
attract or repel DNA molecules that makes this method versatile and powerful.
Once the array of DNA capture probes is ready, a sample solution containing
DNA fragments of unknown sequence (target DNA) is introduced. These fragments
hybridize with the DNA capture probes—in other words, the target DNA binds only
to DNA capture probes containing a complementary sequence. Optical imaging of
fluorescent tags reveals the hybridized probe sites in the array and, consequently,
information on the sequence of nucleotides in the target DNA. This approach is particularly
beneficial in the detection of specific gene mutations or in the search for
known pathogens.
Positive biasing of select electrodes during the hybridization phase accelerates
the process by actively steering and concentrating with the applied electric field target
DNA molecules onto desired electrodes. Accelerated hybridization occurs in
minutes rather than the hours typical of passive hybridization techniques. The method is sufficiently
sensitive to detect single base differences and single-point
mutations in the DNA sequence.

Figure 6.10 Illustration of the Nanogen electronic addressing and detection schemes. (a) A positive
voltage attracts DNA capture probes to biased microelectrodes. Negatively biased electrodes
remain clear of DNA. Repetition of the cycle in different solutions with appropriate electrode biasing
sequentially builds an array of individually distinct sites of DNA capture probes that differ by
their sequence of nucleotides. (b) A DNA fragment with unknown sequence hybridizes with a DNA
capture probe with a complementary sequence. Fluorescence microscopy reveals the hybridized
site and, consequently, the unknown sequence.

Cell Cultures over Microelectrodes

Many types of cells, in particular nerve and heart cells, can grow in an artificial culture
over a microelectrode array. The growth normally requires a constant temperature,
often at 37ºC (the core temperature of the human body), a suitable flow of
oxygen, and a continuous supply of nutrients [27]. Bioelectric activity, or action
potential, capacitively couples across the cell membrane and surrounding fluid to
the nearest microelectrode, which then measures a small ac potential, typically
between 10 and 1,000 μV in peak amplitude. The array of microelectrodes essentially
images the dynamic electrical activity across a large sheet of living cells. The
measured action potentials and their corresponding temporal waveforms are characteristic
of the cell type and the overall health of the cell culture. For example, toxins
that block the flow of sodium or potassium ions across the cell membrane
suppress the action potentials or alter their frequency content (see Figure 6.11) [27].
This approach may be useful in the future for studying the effects of experimental
drugs in vitro or for the early detection of airborne toxic particles.

Microfluidics for Biological Applications

The biological applications of MEMS (bio-MEMS) and microfluidics are inextricably
linked because the majority of devices in systems for biological and medical
analysis work with samples in liquid form. Outside of biological analysis, microfluidics
have applications in chemical analysis, drug synthesis, drug delivery, and
point-of-use synthesis of hazardous chemicals. In this section, we discuss common
pumping methods in bio-MEMS and the issue of mixing.

Pumping in Microfluidic Systems

Examples of flow channels used in microfluidics are rectangular trenches in a
substrate with cap covers on top, capillaries, and slabs of gel, having cross-sectional
dimensions on the order of 10 to 100 μm and lengths of tens of micrometers to
several centimeters. For microfluidic biological analysis, fluid drive or pumping
methods include applied pressure drop, capillary pressure, electrophoresis, electroosmosis,
electrohydrodynamic force, and magnetohydrodynamic force; the first
four are common. Pressure drive, the most familiar from the macroscopic world, is
simply the application of a positive pressure to one end of a flow channel. Alternatively,
a negative pressure (vacuum) can be applied to the other end. Due to drag at
the walls, the flow is slowest at the edges, increasing in a parabolic profile to a maximum
at the center [see Figure 6.1(a)].
Another familiar pumping force is the wicking action of small-diameter capillaries.
This force is due to surface tension (i.e., the surface energy of the system can be
lowered if the solid-gas interface is replaced by a solid-liquid interface). Capillary
action is commonly used to load liquid into a channel. After insertion of the end of a

Microfluidos para aplicaciones biologicas

Las aplicaciones biológicas de MEMS (bio-MEMS) y microfluidos son inextricablemente

Vinculados porque la mayoría de dispositivos en sistemas para uso biológico y médico.

Trabajos de análisis con muestras en forma líquida. Fuera del análisis biológico, microfluidos.

tienen aplicaciones en el análisis químico, la síntesis de fármacos, la administración de fármacos y la

síntesis en el punto de uso de sustancias químicas peligrosas. En esta sección, discutimos los
métodos de bombeo comunes en bio-MEMS y el tema de la mezcla.

Bombeo en sistemas microfluídicos

Ejemplos de canales de flujo utilizados en microfluidos son trincheras rectangulares en un sustrato
con tapas en la parte superior, capilares y placas de gel, que tienen dimensiones de sección
transversal del orden de 10 a 100 μm y longitudes de decenas de micrómetros a varios centímetros.
Para el análisis biológico microfluídico, los métodos de impulsión o bombeo de fluidos incluyen la
caída de presión aplicada, la presión capilar, la electroforesis, la electroosmosis, la fuerza
electrohidrodinámica y la fuerza magnetohidrodinámica; Los primeros cuatro son comunes. El
impulso de presión, el más familiar del mundo macroscópico, es simplemente la aplicación de una
presión positiva en un extremo de un canal de flujo. Alternativamente, se puede aplicar una presión
negativa (vacío) al otro extremo. Debido al arrastre en las paredes, el flujo es más lento en los
bordes, aumentando en un perfil parabólico hasta un máximo en el centro [consulte la Figura 6.1
(a)].

Figura 6.1 Tres tipos de bombeo utilizados en microfluidos: (a) impulsor de presión, en el que una
presión

obliga a fluir el fluido volumétrico; (b) Flujo electroforético, en el que iones de polaridad opuesta en
solución.

flujo en direcciones opuestas bajo el efecto de campo eléctrico aplicado externamente; y (c)
electroosmotic

Flujo, en el que un campo eléctrico mueve la vaina de iones móvil de la capa doble superficial.

arrastrando el volumen en el canal junto con él.

Otra fuerza de bombeo familiar es la acción de absorción de los capilares de diámetro pequeño. Esta
fuerza se debe a la tensión superficial (es decir, la energía superficial del sistema puede disminuirse
si la interfaz de gas sólido se reemplaza por una interfaz de sólido-líquido). La acción capilar se usa
comúnmente para cargar líquido en un canal. Después de la inserción del extremo de un capilar en
un recipiente más grande de muestra, o la adición de líquido a un pozo en la boca de un canal en un
chip, el líquido se introduce en el canal sin la aplicación de presión adicional.

El flujo electroforético se puede inducir solo en líquidos o geles con partículas ionizadas. La
aplicación de un voltaje a través de los extremos del canal produce un campo eléctrico a lo largo del
canal que impulsa los iones positivos a través del líquido hacia el terminal negativo y los iones
negativos hacia el terminal positivo [consulte la Figura 6.1 (b)]. Neutral

Las partículas en el canal no son afectadas directamente por el campo. La velocidad de los iones es
proporcional al campo eléctrico y la carga y está inversamente relacionada con su tamaño.

[2]. En líquidos, la velocidad también está inversamente relacionada con la viscosidad, mientras que
en los geles

La velocidad depende de la porosidad.

El flujo electroosmótico se produce porque los canales en vidrios y plásticos tienden a tener

Una carga fija en sus superficies. En vasos, los grupos de silanol (SiOH) en las paredes son

desprotonados en solución (pierden el hidrógeno como ion positivo), dejando la superficie.

con una carga negativa [3]. Estos iones negativos entonces atraen una capa difusa de

Iones positivos, formando una doble capa en el líquido [ver Figura 6.1 (c)]. La capa de

Los iones positivos no están estrechamente unidos y pueden moverse bajo un campo eléctrico
aplicado.

Cuando esta vaina de iones se mueve, arrastra el resto del volumen del canal junto con

ello, creando flujo electroosmótico. En contraste con el flujo impulsado por presión, la velocidad en

El centro del canal es aproximadamente igual o ligeramente menor, lo que le da al fluido un aspecto
plano.

perfil de velocidad. Este flujo de tapón es ventajoso en muchas situaciones biológicas.

análisis donde la difusión de una muestra de corta duración en las regiones vecinas de una

No se desea el canal. El bombeo electroosmótico funciona mejor con dimensiones pequeñas

canales Las velocidades de flujo pueden variar desde unos pocos micrómetros por segundo hasta
muchos milímetros.

por segundo.