Fondasi Kehidupan

Kimia Air dan Biomolekul

Faizah Fulyani, S.Si, M.Sc, Ph.D

Referensi bacaan:
1. Biochemistry, Lehninger, 6th ed
2. Biology, Campbell, 6th edition
3. Biochemistry, Mathews, 4th ed
4. Biochemistry, Strayer, 6th ed
PERHATIAN: slide ini merupakan alat bantu dalam perkuliahan dimana penjelasan detail
anda dapatkan dalam proses perkuliahan. Bacalah textbook yang disarankan di atas dan
catatan yang anda dibuat selama proses perkuliahan.

Disclaimer: All Materials in this presentation are belong to their respective owner and used for educational purposes only.
 Tujuan

1. Memahami konsep bangun ruang (stereokimia)

2. Mengetahui gugus fungsi pada biomolekul
3. Memahami ikatan kimia pada sistem biologis
4. Memahami konsep kelarutan molekul di dalam air
Tingkat Organisasi Kehidupan

http://anatomyandphysiologyi.com
Proses pd sistem biologis  Pemeran utama, Dimana, Kapan, dan Bagaimana

Amoeba sister channel

 Pengobatan masa depan
PROCESSES Science mag, 2017

Lipid
Carbohydrates

KEY PLAYER
 Tabel Elemen

Tubuh manusia tiada lain merupakan kumpulan sel yang diibaratkan sebuah pabrik kimia
yang terdiri atas mesin-mesin produksi (protein dan enzim) yang memanfaatkan
karbohidrat dan lemak sebagai bahan bakar utamanya dan asam nukleat (gene) sebagai
manager produksinya sehingga menghasilkan produk yang disebut KEHIDUPAN.
Komposisi kimia tubuh manusia
 Senyawa Organik

• Organic chemistry is the study of carbon

compounds
• C atoms are versatile building blocks
– bonding properties
– 4 stable covalent bonds

C
H H
H
 Isomer

• Molecules with same molecular formula

but different structures (shapes)
– different chemical properties
– different biological functions

6 carbons
6 carbons

6 carbons
 Isomer
Arrangements

Covalent

spatial

Mirror image
 Structure define its function
• Structural differences create important
functional significance

– amino acid alanine

• L-alanine used in proteins
• but not D-alanine
– medicines
• L-version active
• but not D-version

stereoisomers
 Thalidomide tragedy
>> 15.000
Gugus fungsi pada biomolekul
 Hidroksil
• –OH
– organic compounds with OH = alcohols
– names typically end in -ol
• ethanol
 Karbonil
• C=O
– O double bonded to C
• if C=O at end molecule = aldehyde
• if C=O in middle of molecule = ketone
 Karboksil

• –COOH
– C double bonded to O & single bonded to OH
group
• compounds with COOH = acids
– fatty acids
– amino acids
 Amino
• -NH2
– N attached to 2 H
• compounds with NH2 = amines
– amino acids
• NH2 acts as base
– ammonia picks up H+ from solution
 Sulfhidril
• –SH
– S bonded to H
• compounds with SH = thiols
• SH groups stabilize the structure of proteins
 Fosfat
• –PO4
– P bound to 4 O
• connects to C through an O
• lots of O = lots of negative charge
– highly reactive
• transfers energy between organic molecules
– ATP, GTP, etc.
 Male or Female ??
• Basic structure of male & female hormones is identical
– identical carbon skeleton
– attachment of different functional groups
– interact with different targets in the body
• different effects
Konsep ikatan/ interaksi pada sistem
biologis
 Struktur atom

• Efek elektron
– Menentukan sifat kimia atom
– Bergantung jumlah e- pada kulit
terluar (valensi)
Elektron valensi dan pengelompokan unsur

Elements in the same column

have the same valence &
similar chemical properties
 Kereaktifan
Untuk mencapai konfigurasi stabilnya, atom cenderung untuk:

• Melengkapi elektron pada kulit valensinya atau

• Melepaskan elektron pada kulit valensinya

This tendency drives chemical reactions…

and creates bonds
–
–

–
 Ikatan kimia dalam mahluk hidup

1. Ikatan kuat
i. Ikatan kovalen
2. Ikatan lemah
i. Gaya van der Waals
ii. Interaksi elektrostatik
iii. Ikatan hidrogen
iv. Interaksi hidrofobik dan hidrofilik
 Ikatan kovalen
• Mengapa dikategorikan ikatan kuat?
– pemakaian pasangan elektron valensi secara
bersama oleh dua atom
– Masing2 atom menyumbangkan 1e
– Sangat stabil
– Menghasilkan molekul
• Perbedaan kelektronegatifan antara kedua atom:
– kovalen polar
– Kovalen non polar
Ikatan kovalen non polar vs polar

+ –
H –
–
H—H
Oxygen
–

H –
H2 (hydrogen gas)
+ –

H2O (water)
 Ikatan kovalen majemuk
Melibatkan penggunaan > 1 pasangan elektron bersama
Ikatan lemah : gaya van der waals
interactions between any two atoms

strayer
Ikatan lemah: interaksi elektrostatik

An electrostatic interaction
formed between charged residues
in a protein.
interaksi elektrostatik biomolekul

Interaction between DNA and Histone in chromosome

Ikatan lemah: ikatan hidrogen
A hydrogen bond forms when a hydrogen
atom covalently bonded to one
electronegative atom is also attracted to
another electronegative atom
Tipe ikatan hidrogen

Mathews
Kekuatan ikatan hidrogen
ikatan hidrogen pada biomolekul
 ikatan
Water hidrogen pada air
 Ikatan lemah: efek hidrofobisitas

Molekul yang strukturnya bersifat hidrofobik (rantai C

panjang, bergugus aromatik) cenderung untuk
meminimalkan interaksi dengan air dengan cara
berinteraksi dengan sesama molekul yang bersifat
hidrofobik.
AIR
Reaksi kimia terjadi di lingkungan air

Air > 70 %
Padat vs cair
 Air membentuk ikatan hidrogen
• H2O molecules form H-bonds
with each other
– +H attracted to –O
– creates a
sticky molecule  Td >>
 Kelarutan senyawa di air
• Ions
– polar H2O molecules surround + & – ions (hydrated)
– solvents dissolve solutes creating solutions
 Kelarutan senyawa di air
• Hydrophilic
– substances have attraction to H2O
– Capable forming H bond with water
 Kelarutan senyawa di air

• Hydrophobic
– No hydration shell
– water form clathrate
structure (cage)
Kelarutan senyawa di air
Why do water and canola oil (or any hydrophobic material)
spontaneously separate when first mixed?

increases in entropy is more favorable thermodynamically

 Kelarutan senyawa di air
• Amphipatic
– Fatty acids, lipid, detergents
Kelarutan senyawa di air

The hydrophobic effect induce micelle formation

 Ionisasi air

H2O H+ + OH-

Water has a slight tendency to ionize

Selamat Belajar