BIOCHEMIJA

Devinta paskaita

Fermentų nomenklatūra, klasifikacija, vitaminai, kofermentai

Fermentų nomenklatūroje darbiniai ir sisteminiai pavadinimai. Darbiniai pavadinimai

mažai ką pasako apie medžiagą pvz.: tripsinas, pepsinas. Jie susiformavę istoriškai,
prigyję iki šių dienų. Fermentai turi galūnė –azė. Tai sisteminiai pavadinimai 1961 m.
atsiradę, jie daugiau pasakantys apie medžiagą. Priklausomai nuo fermento klasės, jų
pavadinimai sudaromi skirtingai. Hidrolazės – substratas + -azė – maltazė, sacharazė. Dar
tikslesnis pavadinimas – įvardijant šifrą. ALAT šifras, kurį sudaro keturi skaičiai. I
skaičius – klasė, II skaičius nusako poklasį (aminotransferazės), III skaičius - popoklaisis
(alfaketoglutaratas), IV skaičius – eilės numeris popoklasyje. 2.6.1.2. Toliau fermentai
klasifikuojami į šešias klases: oksidoreduktazės, transferazės, hidrolazės, liazės,
izomerazės, ligazės.

Pirmoji klasė – oksidoreduktazės

Fermentai, katalizuojantys reakcijas, kurių metu fermentai atima elektronus iš

oksiduojamo substrato ir perduoda juos redukuojamam. Priskaičiuojama 580 fermentų,
kurie suskirstyti į 17 poklasių. Ir poklasiai sudaromi pagal vandenilio akceptorių
(laktatdehidrogenazės, malatdehidrogenazės).

Antroji klasė – transferazės

Tai fermentai, katalizuojantys reakcijas, kurių metu pernešamos funkcinės grupės ar

radikalai. Šioje klasėje 566 fermentai ir 8 poklasės. Poklasės sudaromos pagal tai kokią
atomų grupę fermentai perneša:

 Vienanglių grupių transferazės. Metilo, fenilo grupe perneša. kofermentai –

THFR.
 Aldehidų transferazės.
 Acilų transferazės (rūgšti liekana).
 Glikozidtransferazės.
 Didesnes atomų grupes pernešantys fermentai: geraniltransferazės.
 Aminotransferazės
 Fosfotransferazės
 Sieros grupę pernešantys fermentai

Trečioji kalsė – hidrolazės

Šie fermentai katalizuoja reakcijas, kai, veikiant vandens molekulei, yra nutraukiamos
atitinkamos jungtys tarp C ir O, C ir C, C ir N, ir kt. Šitoje klasėje yra 575 fermentai ir 11
poklasių. Poklasiai sudaromi pagal hirolizuojamį ryšį:
 Esterių hidrolazės
 Glikozidhidrolazės
 Peptidhidrolazės ir kt.

Ketvirta klasė – liazės

Šioje klasėje yra 240 fermentų ir 7 poklasės. Liazės suardo ryšius tarp įvairių atomų
C-C, C-O, C-N ir kitų, ir vietoj paprastų ryšių toje vietoje susiformuoja dvigubi
ryšiai, prisijungus atitinkamiems atomams, arba atvirkščiai, suardomi dvigubi ryšiai
ir sudaromi viengubi ryšiai (fumarazė – Krebso ciklo fermenatai). Poklasiai
sudaromi pagal veikiamą ryšį:
 C-C
 C-O
 C-N ir tt.

Penktoji klasė – izomerazės

Vienus izomerus verčia kitais. Žinoma apie 100 izomerazių ir skiriami 6 poklasiai.
 Racemazės – fermentai D izomerą verčia į L.
 Cis-trans izomerazės (intramolekulinės izomerazės)

Šeštoji klasė – ligazės

Šitei fermentai katalizuoja reakcijas, kuomet susijungia dvi molekulės ir

tokioms reakcijos reikia papildomai energijos – ATF. Skiriama apie 100
fermentų ir 5 poklasiai, kurie sudaromi pagal tai, kokie ryšiai susifromuoja:

 C-O
 C-S
 C-N ir tt

Fermentų lokalizacija ląstelėje

Citoplazmoje yra fermentai kurie dalyvauja reibalų rūgščių sintezėje,

glikolizėje, kai kuirų aminorūgščių sintezėje.

Mitochondrijos matrikse randami Krebso ciklo femrentai, riebalų rūgščių

beta-oksidacijos fermentai, PDG feremento kompleksai, šlapalo sintezės
fermentai.

Vidinėje mitochondrijos membranoje ir ant jos radnami audinių

kvėpavimo grandinės kompleksai, kurių f-ja – energijos gamyba.
Lizosomose būna visų poklasių hidrolazių. Tai ląstelės vriškinimo
apartaas.

Mikrosomose (endoplazminiame tinkle) daug oksidoreduktazių, ypač

hidroksilazių. Šitie fermenai dalyvauja cholesterolio sintezėje, tulžies
rūgšąių gamyboje,steroidinių hormonų sintezėje, kaikurių AR
modifikavime.

Membranoje randama daug fermentų, kurie vadinami siurbliais arba

transporteriais. Perneša molekules į ar iš ląsterlės. Na - K siurblys (Na K
ATF-azė).

Branduolyje randami fermentai, dalyvaujantys DNR ir RNR sintezėje.

Ribosomose randami fermentai dalyvaujantys baltymų sintezėje.

Fermentai ląstelėje gali būti pavieniai arba sudaryti multifermetninius

kompleksus. Jie labai svarbus, ns kai ateina substratas, nesusidaro jokių
tarpinių produktų, o substratai. 60 polipept grandinių, vit b1, lipo r,
pantoteno r, vit PP vit b2. Glikolizės fermentai komplekso, Krebso ciklo
fermentai ciklų nesudaro, todėl tarpiniai produktai gali išeiti ir būti
panaudoti kitur.

Fermentų aktyvumo nustatymo kraujyje, šlapime nustatymo daignostinė

reikšme – pažiūrėti patiems.

Fermentų kofaktoriai ir kofermentai

Kadangi dauguma fermentų išskyrus ribozimus yra baltymai. Taigi jie

gali būti paprasti ir sudėtiniai. Sudėtinių fermentų papildomos molekulės
– kofaktoriai. Gali turėti metalų jonų, jonai imti vadinti kofaktoriais, o
paaiškėjus, kad gali būti ir didesnių organinių molekulių, jos imtos
vadinti kofermentais –dažnai, tai vandenyje tirpių vit dariniai. Fermentai
su kofaktorium gai būti sujungti netvirtai arba kovalentinėm jungtim.
Tuomet šie vadinami prostetinėmis grupėmis. Fermentas be kofermento
yra vadinamas apofermentu. Fermentas + kofermentas = holofermentas.
Kofektoriai gali veikti keliaisi būdais – jos gali būti kaip tarpininkai tarp
fermento ir substrato. Jonai padeda susidaryti koordinaciniams ryšiams
tarp Ferm ir subst; jie gali tiesiogiai atlikti katalitinio centro funkciją
(katalizę).

Pirmo atv pavyzdys Mg jonai ir fermentas heksokinazė, kuris gliukozę

paverčia gliukozės-6-fosfatu.. Antro atv pavyzdys – geležies jonai ir
fermentas katalazė. Fermentai, kuriems būtini jonai Zn jonai –
 karboksipeptidazėms, Mg jonai – fosfotransferazėms. Citochormai,
katalazė, peroksidazė turi Fe jonų.

Kofermentai skirstomi į 3 grupes:

 Nukleotidai. ATF, GTF, CTF, UTF.

 Vandenyje tirpių vitaminų dariniai.
 Oksidacijos-redukcijos reakcijoskofermentai, kurių sudėtyje
yra vitaminų ir kurie dalyvauja vieno tipo reakcijose.

Pirmoji grupė – nukleotidų trifosfatai

Adeninas-ribozė-F~F~F

Šioje moelkulėje skiriamos dvi makroerginės jungtys. ATF labai svarbus fermentams
dalyvaujantiems angliavandenių apykaitoje, energijos apykaitoje, susidarant aktyvioms
AR formoms:

ATF + AR --> AR-AMF + PF

GTF – labia svarbus Krebso ciklo reakcijose, svarbus baltymų sintezėje.

CTF (citidintrifosfatas) – labai svarbus fosfolipidų sintezėje, susidarant aktyvioms

medžiagų formoms pvz.: CDF-cholinui, CDF-etanolaminui ir kitoms, kurie naudojami
fosfolipidų sintezėje.

UTF (uridintrifosfatas) – labai svarbus angliavandenių apykaitoje, susidarant aktyvioms

monosacharidų formoms, pvz UDF-gl (glikogeno sintezės substratas).
------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Antroji grupė – vandenyje tripių vitaminų dariniai

Biotinas, Tiaminas,Piridoksalis, Folio rūgštis, Kobalaminas, Pantoteno r..(nuotrauka).

Kalbant apie vitaminus paminėti struktūra, biologinė reikšmę, šaltinius, normą ir kas
gresia, kai vitamino trūksta.

Biotinas

Struktūra. Sudaro du žiedai: imidazolo ir tiofeno. Prie tiofeno prisijungusi valeriono

rūgštis. Dalyvaujant fermentui holokarboksilazės sintazei šis vitaminas prisijungia prie
fermento lizino NH gupės, esančios radikale. Susiformuojant peptidinis ryšys tarp... Kai
prisijungia šis vitaminas prie blatymo vadinamas kofermentu – karboksibiocitinu.

Biologinė svarba. Labai svarbi riebalų rūgščių sintezėje. Kadangi riebalų rūgštys
ilginamos prijungiant Malonil-koA. Svarbi tiek sočių tiek nesočių r sintazėje. Svarbi
riebalų r su nelyginiu anglies atomu skaičiumi oksidacijai. Vykstant riebalų rūgščių
oksidacijai, grandinės karpomos į dvianglius fragmentus, bet jei nelyginis skaičius,
trianglis leiak fragmentas. (3) svarbi Krebso ciklo reguliavimui

Vitamino paros norma 0,1 – 0,2 mg per parą. Šio vitamino yra mielies, įvairiose
daržovėse, kepenyse, mėsoje,
Trukstant vitamino, atsiranda odos pažeidimas – dermetitas. Sunkiais atvėjais CNS
sutrikimas. Haliucinacijomis, depresijomis. Vit H trūkumas gali susidaryti žmonėms,
kurie vartoja daug žalių kiaužinių, nes baltyme esatnis avidinas sudaro kompleksą, kuris
nesirazorbuoja.

Vitaminas B1 – Tiaminas

Jį sudaro du žiedai: pirimidinas (6), tiofenas (5). Kofermentas susidaro kai prie tiofeno
žiedo šoninės grandinės prisijungia difosfatas. Susidaro tiamino difosfatas. Šitą reakciją
katalizuoja tiamino pirofosfato kinazė. Tiaminas rezorbuojasi žarnyne lengvai, patenka į
kraują ir kraujyje būna laisvas, nefosforilintas, o vėliau patenka į audiniu, kur yra
fosforilinamas. Toks vitaminas turi neigiamą krūvį ir iš ląstelės išeiti negali. Šis
vitaminas yra daugelio fermentų kofermentas (24 fermentai). Vitaminas labia svarbus
angliavandeniu apykaitoje, Krebso ciklui, leucino, izoleucino, valino apykaitai.

3 svarbiausi fermentai  turintys šį kofermentą:

 PDG - svarbus nervinio audinio aprūpinimui energija

 α-ketoglutarato dehidrogenazė. Jei neveiks, sustos Krebso ciklo reakcija.
Reakcijos blokada nepavojinga smegenims, nes čia vyksta Krebso ciklo
apeinamoji reakcija.
 Transketolazė. Angliavandenių pentozinio ciklo fermentas, kuris labai
svarbus dviem aspektais:
1. Pentozių susidaryme
2. Susidaro redukuoti NADFH.

Trūkstant vitamino B1 atsiranda Beri-beri liga.Trys formos:

Eksudacinė forma. Širdies ir kraujagyslių pažeidimai

Neurologinė forma. PNS pažeidimai, degeneraciniai polineuritai.

Cerebralinė forma. CNS pažeidimai – psichozės, haliucinacijos ir kt.

Šaltinis – grūdų sėlenos, ankštinės daržovės, mielės, kepenys, inkstai.

Normos kaip ir B2 ir B6 1,5-2,5 mg.

Vitaminą B1 padaro neveiklų kava ar arbata. Jo mažiau gali turėti žmonės,
kurie valgo žalią žuvį.