2020‐03‐24

przekazywanie sygnałów EKSPRESJA GENÓW

zmiana ekspresji genów może być wywoływana przez bodźce zewnętrzne

(działające z zewnątrz mitogeny – hormony, czynniki wzrostu)

Przekazywanie sygnału
Ekspresja genów

Maria A. Ciemerych
ciemerych@biol.uw.edu.pl

Essential Cell Biology (© Garland Science 2010)

Ilustracje pochodzą z poniższych podręczników przekazywanie sygnałów EKSPRESJA GENÓW

z Molecular Biology of the Cell pod red. Bruce'a Albertsa i wsp.
a także z innych oznaczonych źródeł
zmiana ekspresji genów może być wywoływana przez bodźce zewnętrzne
(działające z zewnątrz mitogeny – hormony, czynniki wzrostu)
Komórki budujące organizm zawierają informację niezbędną do utworzenia
całego organizmu

Essential Cell Biology (© Garland Science 2010)

Polecam także:
EKSPRESJA GENÓW

komórka
eukariotyczna

DNA – deoksyryboza DNA – A T C G

RNA – ryboza RNA – A U C G

1
 2020‐03‐24

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

zmiana ekspresji genów może być wywoływana przez bodźce zewnętrzne
(działające z zewnątrz mitogeny – hormony, czynniki wzrostu)
Różne rodzaje komórek organizmu wielokomórkowego zawierają ten sam DNA
ale geny mogą być eksprymowane na różnym poziomie
Komórki te różnią się pod względem aktywności różnych genów

Molecular Biology of the Cell. 4th edition.

Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al.

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

zmiana ekspresji genów może być wywoływana przez bodźce zewnętrzne
(działające z zewnątrz mitogeny – hormony, czynniki wzrostu)
Różne rodzaje komórek organizmu wielokomórkowego zawierają ten sam DNA
ale ekspresja genu może być regulowana na wielu etapach
Komórki te różnią się pod względem aktywności różnych genów
1. kontrola transkrypcji
2. kontrola dojrzewania RNA
3. kontrola transportu RNA
4. kontrola translacji
5. kontrola aktywności białka
(np. modyfikacje posttranslacyjne – glikozylacja, fosforylacja itd)

Figure 7-73The importance of combinatorial gene control for development

Molecular Biology of the Cell. 4th edition. Molecular Biology of the Cell. 4th edition.
Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al.

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

nieaktywny mRNA
JĄDRO CYTOZOL regulacja
Różne rodzaje komórek organizmu wielokomórkowego zawierają ten sam DNA degradacji 
ale mRNA
Komórki te różnią się pod względem aktywności różnych genów transkrypcja mRNA mRNA
ale DNA

kontrola
 
kontrola
transkrypcji kontrola regulacja
dojrzewania
RNA transportu
kontrola
translacji
 aktywności
i lokalizacji białka
w każdej z tkanek niewielka ich liczba będzie bardzo aktywna – intensywna mRNA
 nie-
ekspresja (np. geny globinowe w komórkach prekursorowych erytrocytów) białko aktywne
białko
kilka tysięcy genów - umiarkowanie aktywne – housekeeping genes –
geny metabolizmu podstawowego - geny kodujące białka niezbędne dla przetrwania komórki

geny nie ulegające ekspresji

Essential Cell Biology (© Garland Science 2010)

2
 2020‐03‐24

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

hetrochromatyna - euchromatyna hetrochromatyna - euchromatyna

Transferazy (EC 2[1]) – klasa enzymów

katalizujących reakcję przeniesienia grupy
chemicznej (np. tiolowej (-SH), aminowej
(-NH2), metylowej (-CH3) czy fosforanowej
(-OPO3H2)) lub atomu z jednej cząsteczki
(donora) na drugą (akceptora)

modyfikacje DNA lub białek z nim związanych

metylacja cytozyn – 5-metylocytozyna – metyltransferaza DNA
metylowane są cytozyny w sekwencjach CG – wyspy CpG
metylacja cytozyn prowadzi do represji aktywności genów
Molecular Biology of the Cell. 4th edition.
Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al.

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

hetrochromatyna - euchromatyna hetrochromatyna - euchromatyna

heterochromatyna konstytutywna – np. centromery, telomery

modyfikacje DNA lub białek z nim związanych
heterochromatyna fakultatywna – geny nieaktywne – białka biorące udział w ekspresji
genów nie mają dostępu do DNA metylacja cytozyn – 5-metylocytozyna – metyltransferaza DNA
metylowane są cytozyny w sekwencjach CG – wyspy CpG
euchromatyna – obszary DNA zawierające aktywne geny – białka biorące udział w metylacja cytozyn prowadzi do represji aktywności genów
ekspresji genów mają łatwy dostęp do DNA
Molecular Biology of the Cell. 4th edition.
Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al.

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

hetrochromatyna - euchromatyna hetrochromatyna - euchromatyna ułożenie nuklosomów moduluje
ekspresję danego genu

modyfikacje DNA lub białek z nim związanych

metylacja cytozyn – 5-metylocytozyna – metyltransferaza DNA
metylowane są cytozyny w sekwencjach CG – wyspy CpG
metylacja cytozyn prowadzi do represji aktywności genów
Molecular Biology of the Cell. 4th edition.
Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. Essential Cell Biology (© Garland Science 2010)

3
 2020‐03‐24

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

hetrochromatyna - euchromatyna hetrochromatyna - euchromatyna

inaktywacja chromosomu X – ciałko Barra piętnowanie genomowe – imprinting

Mary Lyon ustaliła, że jest to jeden z chromosmów X

McGrath, Solter 1984

modyfikacje DNA lub białek z nim związanych

metylacja cytozyn – 5-metylocytozyna – metyltransferaza DNA
metylowane są cytozyny w sekwencjach CG – wyspy CpG
metylacja cytozyn prowadzi do represji aktywności genów Review
Genomic Imprinting and Physiological Processes in Mammals
ValterTucci1, Anthony R.Isles, GavinKelsey, Anne C.Ferguson-Smith
Cell 2019

EKSPRESJA GENÓW
EKSPRESJA GENÓW
hetrochromatyna - euchromatyna
hetrochromatyna - euchromatyna

inaktywacja chromosomu X
piętnowanie genomowe – imprinting

Review
Genomic Imprinting and Physiological Processes in Mammals
ValterTucci1, Anthony R.Isles, GavinKelsey, Anne C.Ferguson-Smith
Cell 2019 Molecular Biology of the Cell. 4th edition.
Essential Cell Biology (© Garland Science 2010) Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al.

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

hetrochromatyna - euchromatyna hetrochromatyna - euchromatyna

inaktywacja chromosomu X

nukleosom 2 x H2A
oktamer 2 x H2B
2 x H3
2 x H4

histon łącznikowy H1

do przeczytania:
https://www.khanacademy.org/science/high-school-biology/hs-
regulacja ekspresji genów – modyfikacje DNA lub histonów
http://www.punnettssquare.com
classical-genetics/hs-sex-linkage/a/x-inactivation
Essential Cell Biology (© Garland Science 2010)

4
 2020‐03‐24

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW Aktywatory

białka wiążące się do
hetrochromatyna - euchromatyna CZYNNIKI enhancerów – przyspieszają
Represory
białka wiążące się do pokreślonych
TRANSKRYPCYJNE transkrypcję sekwencji (silencers) – spowolniają
transkrypcję
komórki eukariotyczne

nukleosom 2 x H2A
oktamer 2 x H2B
2 x H3
2 x H4

histon łącznikowy H1

Koaktywatory
cząsteczki adaptorowe
inegrują sygnały płynące od
aktywatorów oraz represorów czynniki transkrypcyjne
transkrypcji - czynniki lokalizujące
polimerazę RNA w miejscu
regulacja ekspresji genów – modyfikacje DNA lub histonów startu transkrypcji
inicjują proces syntezy RNA
Essential Cell Biology (© Garland Science 2010)

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

hetrochromatyna - euchromatyna regulacja transkrypcji

obecny represor transkrypcji

konieczna inaktywacja represora
np. fosforylacja pRb

metylacja histonów
acetylacja histonów
fosforylacja histonów

regulacja ekspresji genów – modyfikacje DNA lub histonów

metylacja cytozyn – DNA – inaktywacja transkrypcji

metylacja histonów – aktywacja transkrypcji
acetylacja histonów - aktywacja transkrypcji
Essential Cell Biology (© Garland Science 2010)

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

CZYNNIKI regulacja transkrypcji
TRANSKRYPCYJNE

domeny wiążące sekwencje DNA

obecny represor transkrypcji
konieczna inaktywacja represora
domena typu helisa-skręt-helisa
np. fosforylacja pRb
palce cynkowe

domena TBP (TATA binding protein)

5
 2020‐03‐24

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

regulacja transkrypcji potranslacyjna obróbka białek
aktywacja transkrypcji
poprzez przyłączenie
obecny represor transkrypcji
aktywatora – np. hormonu
konieczna inaktywacja represora
np. fosforylacja pRb fałdowanie i
niekowalencyjne
wiązanie kofaktorów

modyfikacje kowalencyjne
glikozylacja, fosforylacja,
acetylacja itd

łączenie się z innymi

podjednostkami
białkowymi

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

regulacja transkrypcji potranslacyjna obróbka białek
aktywacja transkrypcji
poprzez przyłączenie fałdowanie
obecny represor transkrypcji
aktywatora – np. hormonu struktura pierwszo-, drugo- i trzeciorzędowa
konieczna inaktywacja represora
nie wszystkie białka fałdują spontanicznie
np. fosforylacja pRb
białka opiekuńcze – molecular chaperon – molekularna przyzwoitka/towarzyszka

Hsp70 wiąże się z hydrofobowym rejonem białka

jeszcze w trakcie jego syntezy

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

potranslacyjna obróbka białek

nieaktywny mRNA proteolityczne rozszczepienie białka

JĄDRO CYTOZOL regulacja usuwanie krótkich peptydów z N lub C końca – skrócona cząsteczka jest aktywna
degradacji  np. usunięcie peptydu sygnałowego, który zatrzymywał białko w cytoplazmie
mRNA
i uniemożliwiał transport na zewnątrz komórki
transkrypcja mRNA mRNA
DNA
  cięcie dużej cząsteczki na mniejsze – aktywne cząsteczki białka
kontrola kontrola

transkrypcji kontrola regulacja
dojrzewania
RNA transportu
kontrola
translacji
 aktywności
i lokalizacji białka
mRNA

białko aktywne
białko

6
 2020‐03‐24

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW losy białek

potranslacyjna obróbka białek

chemiczna modyfikacja białka

acetylacja (np. histon H3) - acetylazy
metylacja (np. histon H3) - metylazy

sekwencje
sekwencja kierująca kierujące do różnych
fosforylacja - kinazy do retikulum organelli

wydzielanie jądro komórkowe

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW

potranslacyjna obróbka białek

chemiczna modyfikacja białka

glikozylacja – przyłączenie bocznego łańcucha cukrowego poprzez grupę
hydroksylową do seryny lub treoniny
Lub
aminową asparaginy

acylacja – przyłączenie łańcuchów lipidowych poprzez serynę lub cysteinę

EKSPRESJA GENÓW EKSPRESJA GENÓW losy białek degradacja

degradacja nieprawidłowo pofałdowanych białek lub uszkodzonych

degradacja białek podczas cyklu komórkowego, białek regulatorowych

recykling aminokwasów (głodzenie komórki)

7
 2020‐03‐24

EKSPRESJA GENÓW losy białek degradacja EKSPRESJA GENÓW losy białek degradacja

degradacja zależna od ubikwityny

degradacja nieprawidłowo pofałdowanych białek lub uszkodzonych

degradacja białek podczas cyklu komórkowego, białek regulatorowych ubikwityna – białko globularne 76 aa
silnie konserwowane ewolucyjnie
recykling aminokwasów
E1 – enzym aktywujący ubikwitynę
trawienie białek pobieranych jako pokarm (lizosomy) E2 – enzym wiążący ubikwitynę
E3 – ligaza ubikwitynowa rozpoznająca substrat

lizosom – pęcherzyki zawierające enzymy

hydrolityczne

fuzjują z fagosomami
(fagolizosom)
lub z uszkodzonymi organellami
(np. mitochondria)

EKSPRESJA GENÓW losy białek degradacja EKSPRESJA GENÓW losy białek degradacja

degradacja nieprawidłowo pofałdowanych białek lub uszkodzonych

degradacja białek podczas cyklu komórkowego, białek regulatorowych

recykling aminokwasów

proteasom – 80-90% białek jest degradowanych przez proteasom

degradacja zależna od poliubikwitynacji

Proteasom
Endopeptydaza

http://www.bostonbiochem.com/products/ubiquitin/ubiquitin-proteins/fluorescein

EKSPRESJA GENÓW losy białek degradacja EKSPRESJA GENÓW losy białek degradacja

degradacja zależna od ubikwityny

ubikwityna – białko globularne 76 aa

silnie konserwowane ewolucyjnie

E1 – enzym aktywujący ubikwitynę

E2 – enzym wiążący ubikwitynę
E3 – ligaza ubikwitynowa rozpoznająca substrat

Ligazy, syntetazy – klasa enzymów

katalizujących powstawanie wiązań
chemicznych pomiędzy cząsteczkami,
zużywając do tego energię pochodzącą z
hydrolizy ATP. W zależności od typu
tworzonego wiązania (C-O, C-S, C-N, lub C-C)

8
 2020‐03‐24

EKSPRESJA GENÓW losy białek degradacja

Cykl komórkowy
Endopeptydazy – enzymy hydrolityczne z grupy
proteaz, katalizujące hydrolizę wiązania 1858 - Rudolf Virchow - "Omnis cellula e cellula"
peptydowego wewnątrz łańcucha
polipeptydowego (w odróżnieniu od
egzopeptydaz, które hydrolizują skrajne Podziały komórki:
wiązania peptydowe, odcinając od łańcucha Powstawanie komórek potomnych
pojedyncze aminokwasy). Endopeptydazy
rozkładają cząsteczkę białka (polipeptydu) na Wzrost i rozwój organizmu
małe fragmenty peptydowe. Do endopeptydaz Dziedziczenie i ewolucja
należą enzymy trawienne, np. pepsyna,
trypsyna, chymotrypsyna.
Konsekwencje zaburzeń przebiegu cyklu komórkowego

Cykl komórkowy

Cykl komórkowy 1858 - Rudolf Virchow - "Omnis cellula e cellula"

podział mitotyczny

1821-1902
Świdwin (Schivelbein) - Berlin

"Musimy sprowadzić wszystkie tkanki do jednego prostego elementu, do komórki.

Jest ona ostateczną niepodzielną cegiełką każdej żyjącej jednostki i z niej
pochodzą funkcje życiowe, zarówno w zdrowiu jak i w chorobie"

przekazywanie sygnałów
Cykl komórkowy

stan spoczynku 1858 - Rudolf Virchow - "Omnis cellula e cellula"

podział

różnicowanie

apoptoza

Figure 4-19 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

9
 2020‐03‐24

Cykl komórkowy Cykl komórkowy

skutki nieprawidłowego funkcjonowanie punktów kontrolnych

Normalny kariotyp Kariotyp komórki pozbawionej genu

Rad17 odpowiedzialnego za zapobieganie
rereplikacji zreplikowanych nici DNA
- endoreduplikacja
Table 18-1 Essential Cell Biology (© Garland Science 2010) Figure 8.5a The Biology of Cancer (© Garland Science 2007)

Cykl komórkowy

Figure 18-2 Essential Cell Biology (© Garland Science 2010)

Cykl komórkowy – punkty kontrolne

Figure 17-14 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

10