Professional Documents
Culture Documents
Zadaci Aminokiseline I Proteini Za Studente PDF
Zadaci Aminokiseline I Proteini Za Studente PDF
Biohemija I
05.01.2016.
Aminokiseline i proteini
1.
a) Gly je prisutan predominantno kao jon +H3N-CH2-COOH (I)
b) Prosječni ukupni naboj Gly je +1/2 (II)
c) 50% amino grupa je jonizirano (IV)
d) pH je jednak pKa karboksilne grupe (II)
e) pH je jednak pKa protonirane amino grupe (IV)
f) Gly ima svoj maksimalni puferski kapacitet (II i IV)
g) Prosječni ukupni naboj Gly jednak je nuli (III)
Aminokiseline i proteini
1.
a) Histidin ima tri jonizirajuće funkcionalne grupe. Napisati ravnotežnu reakciju za sve tri
jonizacije i dodijeliti odgovarajuću pKa za svako jonizirajuće stanje. Nacrtati strukture
histidina u svakom jonizirajućem stanju. Koji je naboj molekule histidina u svakom od
jonizacijskih stanja.
b) Nacrtati strukture najdominantnijeg jonizirajućeg stanja histidina na pH 1, 4, 8 i 12.
Uzeti u obzir da jonizirajuće stanje može biti procjenjeno tretirajući svaku jonizirajuću
grupu nezavisno.
c) Koje je naelektrisanje histidina na pH 1, 4, 8 i 12. Za svaki pH odrediti hoće li histidin
migrirati prema anodi (+) ili katodi (-) kada se postavi u električno polje.
Aminokiseline i proteini
2.
a) Histidin ima tri jonizirajuće funkcionalne grupe. Napisati ravnotežnu reakciju za sve tri
jonizacije i dodijeliti odgovarajuću pKa za svako jonizirajuće stanje. Nacrtati strukture
histidina u svakom jonizirajućem stanju. Koji je naboj molekule histidina u svakom od
jonizacijskih stanja.
b) Nacrtati strukture najdominantnijeg jonizirajućeg stanja histidina na pH 1, 4, 8 i 12.
Uzeti u obzir da jonizirajuće stanje može biti procjenjeno tretirajući svaku jonizirajuću
grupu nezavisno.
Aminokiseline i proteini
2.
c) Koje je naelektrisanje histidina na pH 1, 4, 8 i 12. Za svaki pH odrediti hoće li histidin
migrirati prema anodi (+) ili katodi (-) kada se postavi u električno polje.
1 1 +2 Katoda
4 2 +1 Katoda
8 3 0 Nema kretanja
12 4 -1 Anoda
Aminokiseline i proteini
3.
a) Asp i Lys
Asparaginska kiselina (Asp) je dikarbonska, tako da se pri bilo kojoj pH vrijednosti
slabije veže za kationski jonoizmjenjivač, te će se prije eliuirati nego lizin (Lys) koji je
diamino kiselina i ima više pozitivnog naboja u odnosu na Asp.
b) Arg i Met
Arginin ima i gvanidinsku grupu koja pri datom pH još uvijek ima određeni udio
pozitivnog naboja koji doprinosi jačem vezanju na sulfonatne grupe kationskog
izmjenjivača, tako da će se prije eluirati metionin.
c) Glu i Val
Slično kao i u prvom slučaju s tom da je valin samo aminokiselina sa nepolarnim bočnim
lancem koji doprinosi jačoj interakciji sa česticama smole, tako da će se prvo eluirati
glicin.
d) Gly i Leu
Gly
e) Ser i Ala
Ser
Aminokiseline i proteini
pHi=1,
karboksilne grupe,
asparaginska i glutaminska kiselina
Aminokiseline i proteini
b) Koji od korištenih postupaka je najefikasniji (npr. daje najveći relativni porast u čistoći)? Korak 4
c) Koji od korištenih postupaka je najniže efikasnosti? Korak 3
d) Postoji li naznaka utemeljena na rezultatima u tablici da je enzim nakon koraka 6 čist? Šta bi se još moglo
uraditi za određivanje čistoće enzimskog preparata? Da, specifična aktivnost se nije povećala u koraku 6.
Mogal si se uraditi i elektroforeza, natrij-dodecilsulfat-poliakrilamidna gel elektroforeza (SDS-PAGE)
Aminokiseline i proteini
13. U litar rastvora glicina koncentracije 1,0 mol/l pri izoelektričnoj tački
dodano je 0,3 mola NaOH. Odredite pH dobivenog rastvora.
18. Brzina sinteze α-keratina u kosi. Brzina rasta kose je oko 15-20 cm/godinu.
Sav rast je koncentriran na vlakno kose, gdje su α-keratinske niti smještene
unutar živih epidermalnih stanica. Fundamentalni strukturni element α-
keratina je α-heliks, koji ima 3,6 ostataka aminokiselina po zavoju i rast od 5,4
Å po zavoju. Uzimajući u obzir da je biosinteza α-keratinskog lanca limitirajući
faktor za brzinu rasta kose, izračunajte brzinu po kojoj bi peptidna veza u α-
keratinu trebala nastajati (peptidna veza po sekundi) da se dostigne godišnja
brzina rasta (dužina) kose.
19. Disulfidne veze određuju svojstva više proteina. Neki prirodni proteini bogati
su disulfidnim vezama, a njihove mehaničke karakteristike (čvrstoća vlakna,
viskoznost, jačina istezanja itd.) povezane su sa stepenom disulfidnog vezivanja.
a) Glutenin, pšenični protein bogat disulfidnim vezama, odgovoran je za kohezioni i
elastični karakter tijesta napravljenog od pšeničnog brašna. Slično, tvrda i žilava priroda
kornjačinog oklopa potiče od brojnih disulfidnih veza u α-keratinu. Koja je molekularna
osnova za korelaciju između sadržaja disulfidnih veza i mehaničkih karakteristika
proteina?
Disulfidne veze su kovalentne veze, koje su mnogo jače od nekovalentnih interakcija koje
stabiliziraju većinu proteina. One umrežavaju proteinske lance, povećavajući njihovu
čvsrtoću, mehaničku otpornost i tvrdoću
b) Većina globularnih proteina se denaturira i gubi svoju aktivnost grijanjem na 65 °C.
Međutim, globularni proteini koji sadrže više disulfidnih veza moraju se duže ili jače
zagrijavati da bi došlo do denaturacije. Npr. inhibitor tripsina goveđeg pankreasa (BPTI)
ima 58 aminokiselinskih ostataka u jednom lancu i sadrži tri disulfidne veze. Hlađenjem
rastvora denaturiranog proteina vraća se njegova aktivnost. Zašto?
Cisteinski ostaci (disulfidne vez) spriječavaju potpuno razmotavanje (denaturaciju)
proteina.
Aminokiseline i proteini
20.
21.
d) Tretman peptida sa FDNB nakon čega je slijedila potpuna hidroliza i hromatografija,
dala je slobodne aminokiseline i sljedeći derivat: (napomena: DNP-derivat uključuje
amino grupu bočnog lanca, prije nego α-amino grupu) Djelimična hidroliza peptida,
hromatografsko razdvajanje i analiza sekvence dali su sljedeće di- i tripeptide:
Leu-Phe, Phe-Pro, Orn-Leu, Val-Orn
Val-Orn-Leu, Phe-Pro-Val, Pro-Val-Orn
Na temelju prethodnih informacija, predložiti aminokiselinsku sekvencu peptidnog
antibiotika i obrazložiti.
a) LKAENDEAARAMSEA
b) CRAGGFPWDQPGTSN
23. Amiloidna vlakna kod bolesti. Neke male aromatske molekule kao što
je fenol crveno pokazale su sposobnost inhibicije prilikom formiranja
amiloidnih vlakana u laboratorijskim uslovima (in vitro). Cilj ovakvih
izučavanja je pronalaženje lijekova koji mogu biti efikasni kao inhibitori
nastanka amiloida u mozgu kod ljudi koji imaju početni stadij Alzheimer-
ove bolesti.
a) Objasniti zašto molekule sa aromatskim supstituentima mogu narušiti
formiranje amiloidnih vlakana?
b) Neki naučnici predlažu da lijekovi koji se koriste kod Alzheimer-ove
bolestimogu biti efikasni i za tretman diabetesa tipa 2. Zašto isti lijek
može bitikorišten za tretiranje različitih bolesti?
Aminokiseline i proteini
23.
a) Objasniti zašto molekule sa aromatskim supstituentima mogu narušiti
formiranje amiloidnih vlakana?
Aromatski ostaci imaju važnu u stabilizaciji amiloidnih vlakana. Tako
molekule sa aromatskim supstituentima mogu inhibirati nastanak
amiloida interferiranjem sa slaganjem ili udruživanjem aromatskih
bočnih lanaca.
b) Neki naučnici predlažu da lijekovi koji se koriste kod Alzheimer-ove
bolestimogu biti efikasni i za tretman diabetesa tipa 2. Zašto isti lijek
može bitikorišten za tretiranje različitih bolesti?
Amiloid se formira u pankreasu u vezi sa diabetesom, dok je njegovo
prisustvo u mozgu u vezi sa Alzheimerovom bolešću. Iako amiloidna
vlakna u ove dvije bolesti uključuju različite proteine, osnovna strukura
amiloida je slična i na sličan način se stabilizira, tako da dizajn
potencijalnih sličnih lijekova temelji na pometnji ove strukture.
Aminokiseline i proteini