2018­12­13 Matlab Dynamic Optimization of Batch Fermentation Processes

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TOMLAB /PROPT Manual
Contents « Previous « Start » Next »
1  PROPT Guide Overview
2  Introduction to PROPT
3  Modeling optimal control problems 11  Batch Fermentor
4  Multi­phase optimal control
5  Scaling of optimal control problems
6  Setting solver and options Dynamic optimization of bioprocesses: efficient and robust numerical
7  Solving optimal control problems strategies 2003, Julio R. Banga, Eva Balsa­Cantro, Carmen G. Moles and
8  | | OPTIMAL CONTROL EXAMPLES | | Antonio A. Alonso 
9  Acrobot
10  A Linear Problem with Bang Bang Control Case Study I: Optimal Control of a Fed­Batch Fermentor for Penicillin
11  Batch Fermentor Production 
11.1  Problem description
11.2  Solving the problem on multiple grids.
11.3  Plot result 11.1  Problem description
12  Batch Production
13  Batch Reactor Problem This problem considers a fed­batch reactor for the production of penicillin, as
14  The Brachistochrone Problem studied by Cuthrell and Biegler (1989). This problem has also been studied
15  The Brachistochrone Problem (DAE
formulation) by many other authors (Dadebo & McAuley 1995, Banga & Seider 1996,
16  Bridge Crane System Banga et al. 1997). We consider here the free terminal time version where
17  Bryson­Denham Problem the objective is to maximize the amount of penicillin using the feed rate as the
18  Bryson­Denham Problem (Detailed) control variable. It should be noted that the resulting NLP problem (after using
19  Bryson­Denham Problem (Short version) CVP) does not seem to be multimodal, but it has been reported that local
20  Bryson­Denham Two Phase Problem gradient methods do experience convergence problems if initialized with far­
21  Bryson Maxrange from­optimum profiles, or when a very refined solution is sought. Thus, this
22  Catalyst Mixing example will be excellent in order to illustrate the better robustness and
23  Catalytic Cracking of Gas Oil
24  Flow in a Channel efficiency of the alternative stochastic and hybrid approaches. The
25  Coloumb Friction 1 mathematical statement of the free terminal time problem is: 
26  Coloumb Friction 2
27  Continuous State Constraint Problem Find u(t) and t_f over t in [t0; t_f ] to maximize 
28  Curve Area Maximization
29  Denbigh’s System of Reactions J = x2(tf)*x4(tf) 
30  Dielectrophoresis Particle Control
31  Disturbance Control
32  Drug Displacement Problem
33  Optimal Drug Scheduling for Cancer
Chemotherapy subject to: 
34  Euler Buckling Problem
35  MK2 5­Link robot dx1 u*x1
36  Flight Path Tracking  = h1*x1 −   
37  Food Sterilization dt 500*x4
38  Free Floating Robot
39  Fuller Phenomenon dx2 u*x2
40  Genetic 1  = h2*x1 − 0.01*x2 −   
41  Genetic 2 dt 500*x4
42  Global Dynamic System
43  Goddard Rocket, Maximum Ascent dx3 h1*x1 h2*x1 x1*0.029*x3 x3
44  Goddard Rocket, Maximum Ascent, Final  =   −   −   + u*x4*(1− ) 
time free, Singular solution dt 0.47 1.2 0.0001+x3 500
45  Goddard Rocket, Maximum Ascent, Final
time fixed, Singular solution dx4 u
46  Greenhouse Climate Control  =   
47  Grusins Metric dt 500
48  Hang Glider Control
49  Hanging Chain
50  High Dimensional Control
51  Hyper Sensitive Optimal Control
52  Initial Value Problem 0.11*x3
53  Isometrization of alpha pinene h1 =   
0.006*x1+x3
54  Isoperimetric Constraint Problem
55  Jumbo Crane Container Control h2 = 0.0055 * x3 * (0.0001 + x3*(1 + 10*x3)) 
56  Lee­Ramirez Bioreactor
57  Linear Tangent Steering Problem
58  Linear Gas Absorber
59  Linear Pendulum
60  Linear Problem with Bang Bang Control where x1, x2, and x3 are the biomass, penicillin and substrate concentrations
61  LQR Problem (g=L), and x4 is the volume (L). The initial conditions are: 
62  Marine Population Dynamics
https://tomopt.com/docs/propt/tomlab_propt012.php 1/7
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63  Max Radius Orbit Transfer x(t0) = [1.5  0  0  7]′ 
64  Sequential Activation of Metabolic
Pathways
65  Methanol to Hydrocarbons
66  Min Energy Orbit Transfer
67  Minimum Climb Time (English Units) There are several path constraints (upper and lower bounds) for state
68  Missile Intercept variables (case III of Cuthrell and Biegler, 1989): 
69  Moonlander Example
70  Nagurka Problem 0 <= x1 <= 40 
71  Nishida problem
72  Nondifferentiable system 0 <= x3 <= 25 
73  Nonlinear CSTR 0 <= x4 <= 10 
74  Obstacle Avoidance
75  Oil Shale Pyrolysis
76  One Dimensional Rocket Ascent
77  Parametric Sensitivity Control
78  Orbit Raising Maximum Radius The upper and lower bounds on the only control variable (feed rate of
79  Orbit Raising Minimum Time substrate) are: 
80  Parallel Reactions in Tubular Reactor
81  Parameter Estimation Problem 0 <= u <= 50 
82  Park­Ramirez bioreactor
83  Path Tracking Robot
84  Path Tracking Robot (Two­Phase)
85  Pendulum Gravity Estimation
86  Penicillin Plant Reference: [3]
87  Plug­Flow Tubular Reactor
88  Quadratic constraint problem
89  Quadruple Integral 11.2  Solving the problem on multiple grids.
90  Radio telescope
91  Rayleigh Unconstrained The problem is solved in two stages. First, a solution is computed for a small
92  Rigid Body Rotation
93  Robot Arm Movement number of collocation points, then the number of collocation points is
94  Time­optimal Trajectories for Robot increased, and the problem is resolved. This saves time, compared to using
Manipulators the fine grid immediately. 
95  Satellite Control
96  Second Order System toms t 
97  Space Shuttle Reentry toms t_f 
98  Simple Bang Bang Problem  
99  Singular Arc Problem nvec = [35 70 80 90 100]; 
100  Singular CSTR  
101  Singular Control 1 for i=1:length(nvec) 
102  Singular Control 2
103  Singular Control 3     n = nvec(i); 
104  Singular Control 4     p = tomPhase('p', t, 0, t_f, n); 
105  Singular Control 5     setPhase(p); 
106  Singular Control 6  
107  Spring Mass Damper (2 Degree     tomStates x1 x2 x3 x4 
Freedom)  
108  Stirred Tank     tomControls u 
 
109  Temperature Control
    % Initial guess 
110  A Simple Terminal Constraint Problem     % Note: The guess for t_f must appear in the list before 
111  Third order system     % expression involving t. 
112  Time Delay 1     if i==1 
113  Time Delay 1 (Approximate)         x0 = {t_f == 126 
114  Time Delay 2             icollocate(x1 == 1.5) 
115  Time Delay 2 (Approximate)             icollocate(x2 == 0) 
116  Transfer Min Swing             icollocate(x3 == 0) 
117  Tubular Reactor             icollocate(x4 == 7) 
118  Turbo Generator             collocate(u==11.25)}; 
119  Two­Link Robot     else 
120  Two­Link Robotic Arm         % Copy the solution into the starting guess 
121  Two­Phase Schwartz         x0 = {t_f == tf_init 
122  Two Stage CSTR             icollocate(x1 == x1_init) 
123  Van der Pol Oscillator             icollocate(x2 == x2_init) 
            icollocate(x3 == x3_init) 
124  Zermelos problem (version 1)
            icollocate(x4 == x4_init) 
125  Zermelos problem (version 2)             collocate(u == u_init)}; 
References     end 
Notes  
    % Box constraints 
    % Setting the lower limit for t, x1 and x4 to slightly more than zero 
    % ensures that division by zero is avoided during the optimization 
    % process. 
    cbox = {1 <= t_f  <= 256 
        1e‐8 <= mcollocate(x1) <= 40 
        0    <= mcollocate(x2) <= 50 
        0    <= mcollocate(x3) <= 25 
        1    <= mcollocate(x4) <= 10 
        0    <= collocate(u)   <= 50}; 
 
https://tomopt.com/docs/propt/tomlab_propt012.php 2/7
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    % Various constants and expressions 
    h1 = 0.11*(x3./(0.006*x1+x3)); 
    h2 = 0.0055*(x3./(0.0001+x3.*(1+10*x3))); 
 
    % Boundary constraints 
    cinit = initial({x1 == 1.5; x2 == 0 
        x3 == 0; x4 == 7}); 
 
    % This final condition is not necesary, but helps convergence speed. 
    cfinal = final(h2.*x1‐0.01*x2) == 0; 
 
    % ODEs and path constraints 
    ceq = collocate({ 
        dot(x1) == h1.*x1‐u.*(x1./500./x4) 
        dot(x2) == h2.*x1‐0.01*x2‐u.*(x2./500./x4) 
        dot(x3) == ‐h1.*x1/0.47‐h2.*x1/1.2‐x1.*... 
        (0.029*x3./(0.0001+x3))+u./x4.*(1‐x3/500) 
        dot(x4) == u/500}); 
 
    % Objective 
    objective = ‐final(x2)*final(x4); 
 
    options = struct; 
    options.name = 'Batch Fermentor'; 
    %options.scale = 'auto'; 
    %if i==1 
    %    options.solver = 'multiMin'; 
    %    options.xInit = 20; 
    %end 
    solution = ezsolve(objective, {cbox, cinit, cfinal, ceq}, x0, options); 

Problem type appears to be: qpcon 
Starting numeric solver 
===== * * * =================================================================== * * *
TOMLAB ‐ Tomlab Optimization Inc. Development license  999001. Valid to 2011‐02‐05
=====================================================================================
Problem: ‐‐‐  1: Batch Fermentor                f_k     ‐87.746072952335396000
                                       sum(|constr|)      0.000000000591461608
                              f(x_k) + sum(|constr|)    ‐87.746072951743940000
                                              f(x_0)      0.000000000000000000
 
Solver: snopt.  EXIT=0.  INFORM=1. 
SNOPT 7.2‐5 NLP code 
Optimality conditions satisfied 
 
FuncEv    1 ConstrEv  924 ConJacEv  924 Iter  275 MinorIter 4942 
CPU time: 8.250000 sec. Elapsed time: 8.485000 sec. 

Problem type appears to be: qpcon 
Starting numeric solver 
===== * * * =================================================================== * * *
TOMLAB ‐ Tomlab Optimization Inc. Development license  999001. Valid to 2011‐02‐05
=====================================================================================
Problem: ‐‐‐  1: Batch Fermentor                f_k     ‐87.965550967205928000
                                       sum(|constr|)      0.000000291694933232
                              f(x_k) + sum(|constr|)    ‐87.965550675510997000
                                              f(x_0)    ‐87.746072952334629000
 
Solver: snopt.  EXIT=0.  INFORM=1. 
SNOPT 7.2‐5 NLP code 
Optimality conditions satisfied 
 
FuncEv    1 ConstrEv   98 ConJacEv   98 Iter   58 MinorIter 1466 
CPU time: 6.328125 sec. Elapsed time: 6.453000 sec. 

Problem type appears to be: qpcon 
Starting numeric solver 
===== * * * =================================================================== * * *
TOMLAB ‐ Tomlab Optimization Inc. Development license  999001. Valid to 2011‐02‐05
=====================================================================================
Problem: ‐‐‐  1: Batch Fermentor                f_k     ‐87.989983108591034000
                                       sum(|constr|)      0.000000063125343100
                              f(x_k) + sum(|constr|)    ‐87.989983045465692000
                                              f(x_0)    ‐87.966078735435829000
 
Solver: snopt.  EXIT=0.  INFORM=1. 
SNOPT 7.2‐5 NLP code 
Optimality conditions satisfied 
 
FuncEv    1 ConstrEv  116 ConJacEv  116 Iter   92 MinorIter 2087 
CPU time: 14.265625 sec. Elapsed time: 14.438000 sec. 
https://tomopt.com/docs/propt/tomlab_propt012.php 3/7
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Problem type appears to be: qpcon 
Starting numeric solver 
===== * * * =================================================================== * * *
TOMLAB ‐ Tomlab Optimization Inc. Development license  999001. Valid to 2011‐02‐05
=====================================================================================
Problem: ‐‐‐  1: Batch Fermentor                f_k     ‐88.030366209342986000
                                       sum(|constr|)      0.000000440801301912
                              f(x_k) + sum(|constr|)    ‐88.030365768541685000
                                              f(x_0)    ‐87.990147691715819000
 
Solver: snopt.  EXIT=0.  INFORM=1. 
SNOPT 7.2‐5 NLP code 
Optimality conditions satisfied 
 
FuncEv    1 ConstrEv   99 ConJacEv   99 Iter   88 MinorIter 1713 
CPU time: 15.859375 sec. Elapsed time: 16.078000 sec. 

Problem type appears to be: qpcon 
Starting numeric solver 
===== * * * =================================================================== * * *
TOMLAB ‐ Tomlab Optimization Inc. Development license  999001. Valid to 2011‐02‐05
=====================================================================================
Problem: ‐‐‐  1: Batch Fermentor                f_k     ‐88.044843218600391000
                                       sum(|constr|)      0.000000326396054727
                              f(x_k) + sum(|constr|)    ‐88.044842892204343000
                                              f(x_0)    ‐88.030366874603772000
 
Solver: snopt.  EXIT=0.  INFORM=1. 
SNOPT 7.2‐5 NLP code 
Optimality conditions satisfied 
 
FuncEv    1 ConstrEv  142 ConJacEv  142 Iter  122 MinorIter 2743 
CPU time: 32.906250 sec. Elapsed time: 33.547000 sec. 

11.3  Plot result

    subplot(2,1,1); 
    ezplot([x1; x2; x3; x4]); 
    legend('x1','x2','x3','x4'); 
    title('Batch Fermentor state variables'); 
 
    subplot(2,1,2); 
    ezplot(u); 
    legend('u'); 
    title('Batch Fermentor control'); 
    drawnow 
 
    % Copy solution for initializing next round 
    x1_init  = subs(x1,solution); 
    x2_init  = subs(x2,solution); 
    x3_init  = subs(x3,solution); 
    x4_init  = subs(x4,solution); 
    u_init   = subs(u,solution); 
    tf_init  = subs(t_f,solution); 

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2018­12­13 Matlab Dynamic Optimization of Batch Fermentation Processes

end 

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